مصفوفة التتبع

📅 آخر تحديث: ١٩ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١٩ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

ArrayTrack أداة متعددة الأغراض في مجال المعلوماتية الحيوية، تُستخدم بشكل أساسي لإدارة بيانات المصفوفات الدقيقة وتحليلها وتفسيرها. طُوِّرت ArrayTrack لدعم أبحاث مصفوفات الترشيح الداخلية لهيئة الغذاء والدواء الأمريكية عام 2001، وأُتيحت مجانًا للجمهور كأداة بحثية متكاملة للمصفوفات الدقيقة عام 2003. [ 1 ] ومنذ ذلك الحين، بلغ متوسط ​​عدد مستخدمي ArrayTrack حوالي 5000 مستخدم سنويًا. ويتم تحديثها بانتظام من قِبل المركز الوطني لأبحاث علم السموم .

سمات

يتألف برنامج ArrayTrack من ثلاثة مكونات رئيسية: قاعدة بيانات الدراسة، والأدوات، والمكتبات، والتي تتولى على التوالي إدارة البيانات وتحليلها وتفسيرها. ويمكن الوصول إلى كل مكون من هذه المكونات مباشرةً من المكونين الآخرين، فعلى سبيل المثال، يمكن استخدام أدوات التحليل مباشرةً على البيانات التجريبية المخزنة في قاعدة بيانات الدراسة، ويمكن الاستعلام عن الجينات المهمة المكتشفة من النتائج في المكتبات لعرض شروحات إضافية والبروتينات والمسارات ومصطلحات علم الجينات المرتبطة بها، وما إلى ذلك. [ 2 ]

  • قاعدة بيانات الدراسة: تحتوي قاعدة بيانات الدراسة على بيانات التجارب التي يستوردها المستخدمون، بما في ذلك البيانات الأولية وبيانات الشرح. تُستخدم بشكل أساسي لإدارة بيانات المصفوفات الدقيقة ، ولكنها تدعم أيضًا بيانات البروتينات والمستقلبات . تكون البيانات المستوردة خاصة بالمالك في البداية ، ولكن يمكن إتاحتها لمستخدمين آخرين. كما تخزن قاعدة بيانات الدراسة قوائم الجينات المهمة، والتي يمكن إنشاؤها مباشرةً من نتائج تحليل البيانات في برنامج ArrayTrack.
  • الأدوات: يتوفر في ArrayTrack مجموعة واسعة من أدوات التحليل والتصوير، تشمل على سبيل المثال لا الحصر: أدوات التحليل الإحصائي مثل اختبار T ، وتحليل التباين (ANOVA) ، واختبار SAM ؛ وأدوات اكتشاف الأنماط غير الخاضعة للإشراف مثل تحليل التجميع الهرمي وتحليل المكونات الرئيسية ؛ وأدوات التنبؤ بالنماذج مثل خوارزمية أقرب الجيران (K-Nearest Neighbors) وتحليل التمييز الخطي . وعلى الرغم من أن أدوات ArrayTrack مصممة لاستيعاب البيانات المستوردة، إلا أنها متوافقة أيضًا مع البيانات الخارجية.
  • المكتبات: يستضيف ArrayTrack مجموعة من المكتبات التي تخزن بيانات الشرح المحددة، والتي يمكن عرضها بتنسيق جدول بيانات ديناميكي. توجد مكتبة خاصة بالجينات ، والبروتينات ، والمسارات، ومصطلحات علم الجينات ، والمركبات الكيميائية ، والنيوكليوتيدات المفردة المتغيرة (SNPs) ، ومواقع الصفات الكمية (QTLs )، وأنواع الرقائق، وغيرها. تدعم كل مكتبة البحث متعدد المدخلات، والفرز، والتصفية، والنسخ واللصق، والتصدير. يمكن الاستعلام عن المكتبات مباشرةً للحصول على المحتويات المطلوبة من قوائم الجينات المخزنة، ونتائج التحليل، والمكتبات الأخرى. يمكن ربط أي مدخل محدد في أي مكتبة بالمدخل المكافئ له في العديد من قواعد المعرفة العامة الشائعة، بما في ذلك المصادر الأصلية للبيانات.

يتكامل برنامج ArrayTrack بشكل مباشر مع مجموعة متنوعة من برامج المعلوماتية الحيوية الأخرى، مثل أدوات تحليل المسارات GeneGo MetaCore و Ingenuity Pathway Analysis. [ 3 ] [ 4 ]

إمكانية الوصول

برنامج ArrayTrack متاح مجانًا للجمهور ويمكن الوصول إليه عبر الإنترنت. يعمل البرنامج على جهاز المستخدم باستخدام واجهة مبنية على لغة جافا تتصل بقاعدة بيانات أوراكل التي تستضيفها إدارة الغذاء والدواء الأمريكية. وباعتباره تطبيقًا مبنيًا على جافا، فإن ArrayTrack متوافق مع أنظمة ويندوز وماك ولينكس .

مراجع

  1. ↑ تونغ، ويدا؛ كاو، شياوكسي؛ هاريس، ستيفن؛ صن، هونغمي؛ فانغ، هونغ؛ فوسكو، جيمس؛ هاريس، أنجيلا؛ هونغ، هويشياو؛ وآخرون  . (2003). "ArrayTrack - دعم أبحاث علم السموم الجينية في المركز الوطني لأبحاث علم السموم التابع لإدارة الغذاء والدواء الأمريكية" . مجلة منظورات الصحة البيئية . 111 (15): 1819-26 . doi : 10.1289/ehp.6497 . PMC 1241745. PMID 14630514 .  
  2. ↑ فانغ، هونغ؛ هاريس، ستيفن سي؛ سو، تشنجيانغ؛ تشين، مينجون؛ تشيان، فينغ؛ شي، ليمينغ؛ بيركنز، روجر؛ تونغ، ويدا (2009). "ArrayTrack: أداة جينومية عامة ومعتمدة من إدارة الغذاء والدواء الأمريكية". شبكات البروتين وتحليل المسارات . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 563. ص 379. doi : 10.1007/978-1-60761-175-2_20 . ISBN   978-1-60761-174-5.
  3. ↑ «ستستخدم إدارة الغذاء والدواء الأمريكية برنامج Metacore من GeneGo لأبحاث علم الجينوم ومراجعة بيانات الجينوم» (ملف PDF) . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 أبريل 2011 .
  4. ↑ "إدارة الغذاء والدواء الأمريكية ستستخدم تحليل مسار إنجينويتي في مراجعة طلبات علم الصيدلة الجينية" (ملف PDF) . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 أبريل 2011 .
  • الصفحة الرئيسية لـ ArrayTrack