فطور
BFAST هي أداة عالمية لمحاذاة تسلسل الحمض النووي تم تطويرها في جامعة كاليفورنيا في لوس أنجلوس بواسطة نيلز هومر. [ 1 ]
يمكن استخدام خادم الويب BFAST لمحاذاة القراءات القصيرة مع التسلسلات المرجعية في كل من فضاء النيوكليوتيدات وكذلك فضاء ألوان ABI SOLiD .
تشمل الأدوات المساعدة محاذاة BFAST، والتحويل بين مساحة النيوكليوتيد ومساحة اللون، وحساب القوة المسبقة للمحاذاة، بالإضافة إلى أداة مساعدة لإجراء محاذاة سميث ووترمان .
صفات
يُراعي برنامج BFAST المفاضلة الواضحة بين الوقت والدقة من خلال تقدير مسبق للدقة، مدعومًا بفهرسة التسلسلات المرجعية. ويمكن للبرنامج التعامل مع القراءات القصيرة، وإدخالات الحمض النووي ، والحذف ، والتغيرات النوكليوتيدية المفردة ، وأخطاء الألوان (قراءات فضاء ألوان ABI SOLiD).
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ هومر، نيلز؛ وآخرون (2009). "BFAST: أداة محاذاة لإعادة تسلسل الجينوم على نطاق واسع" . PLOS ONE . 4 (11) e7767. Bibcode : 2009PLoSO...4.7767H . doi : 10.1371/ journal.pone.0007767 . PMC 2770639. PMID 19907642 .
روابط خارجية
فئة :
- تسلسل الحمض النووي