برنامج Cytoscape

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

Cytoscape منصة برمجية مفتوحة المصدر في مجال المعلوماتية الحيوية، تُستخدم لتصوير شبكات التفاعلات الجزيئية ودمجها مع بيانات التعبير الجيني وغيرها من بيانات الحالة. تتوفر ميزات إضافية كإضافات ( Plugins). تُتيح هذه الإضافات تحليل الشبكات والتحليلات الجزيئية، وتصميمات جديدة، ودعمًا لصيغ ملفات إضافية، والربط بقواعد البيانات، والبحث في الشبكات الكبيرة. يمكن لأي شخص تطوير هذه الإضافات باستخدام بنية برمجيات Cytoscape مفتوحة المصدر المكتوبة بلغة Java ، ونشجع مجتمع مطوري الإضافات على المساهمة في تطويرها. [ 2 ] [ 3 ] كما يمتلك Cytoscape مشروعًا شقيقًا مكتوبًا بلغة JavaScript يُسمى Cytoscape.js ، يُمكن استخدامه لتحليل الرسوم البيانية وتصويرها في بيئات JavaScript، مثل المتصفح.

تاريخ

تم تطوير برنامج Cytoscape في الأصل في معهد بيولوجيا الأنظمة في سياتل عام 2002. ويجري تطويره حاليًا من قبل اتحاد دولي من مطوري البرامج مفتوحة المصدر. أُتيح Cytoscape للجمهور لأول مرة في يوليو 2002 (الإصدار 0.8)، ثم صدر الإصدار الثاني (الإصدار 0.9) في نوفمبر 2002، وأُصدر الإصدار 1.0 في مارس 2003. ويُعد الإصدار 1.1.1 آخر إصدار مستقر من سلسلة 1.0. صدر الإصدار 2.0 في عام 2004، ثم صدر Cytoscape 2.83، وهو آخر إصدار من سلسلة 2.xx، في مايو 2012. وصدر الإصدار 3.0 في 1 فبراير 2013، وأُصدر أحدث إصدار، 3.4.0، في مايو 2016.

تطوير

يواصل فريق المطورين الأساسي لبرنامج Cytoscape العمل على هذا المشروع، وقد أصدروا الإصدار 3.0 من البرنامج في عام 2013. وقد مثّل هذا الإصدار تغييرًا جذريًا في بنية البرنامج؛ فهو إصدار أكثر نمطية وقابلية للتوسيع والصيانة. [ 4 ]

الاستخدام

شبكة تفاعلات البروتين-بروتين/البروتين-الحمض النووي في الخميرة، مُصوَّرة باستخدام برنامج Cytoscape. يتم ربط درجة العقدة بحجمها.

على الرغم من أن برنامج Cytoscape يُستخدم في الغالب لتطبيقات البحث البيولوجي، إلا أنه متعدد الاستخدامات. فهو قادر على عرض وتحليل مخططات الشبكات من أي نوع، بما في ذلك العقد والحواف (مثل الشبكات الاجتماعية). ومن أهم جوانب بنية برنامج Cytoscape استخدام الإضافات (Plugins) للميزات المتخصصة، والتي يتم تطويرها من قِبل المطورين الأساسيين ومجتمع المستخدمين.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "تم إصدار Cytoscape 3.10.3!" . groups.google.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 3 يناير 2025 .
  2. ↑ شانون ب، ماركيل أ، أوزير أ، وآخرون (2003). "Cytoscape: بيئة برمجية لنماذج متكاملة لشبكات التفاعل الجزيئي الحيوي" . أبحاث الجينوم . 13 (11): 2498-2504 . doi : 10.1101/gr.1239303 . PMC 403769. PMID 14597658 .   
  3. ↑ بيل، جي دبليو، وليويتر، إف (2006). "تصوير الشبكات". المصفوفات الدقيقة للحمض النووي، الجزء ب: قواعد البيانات والإحصاءات . طرق علم الإنزيمات، المجلد 411، الصفحات 408-421 . doi : 10.1016/S0076-6879(06)11022-8 . ISBN   978-0-12-182816-5PMID 16939803​​ 
  4. ↑ خارطة طريق منتجات Cytoscape