تحسين البنية غير المنتظمة

الموسوعة الحرة
واجهة المستخدم الرسومية لبرنامج DSR في ShelXle.

صُمم برنامج تحسين البنية غير المنتظمة (DSR) [ 1 ] [ 2 ] ، الذي كتبه دانيال كراتزرت، لتبسيط نمذجة عدم انتظام الجزيئات في البنى البلورية باستخدام برنامج SHELXL [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] لجورج إم. شيلدريك . يحتوي البرنامج على قاعدة بيانات تضم حوالي 120 جزيئًا قياسيًا من المذيبات ووحدات جزيئية. يمكن إدخال هذه الجزيئات في البنية البلورية بسهولة، مع ضبط قيود الربط والزوايا ذات الدلالة الكيميائية [ 6 ] في الوقت نفسه . طُوّر برنامج DSR لأن الوصف السابق لعدم انتظام البنى البلورية باستخدام برنامج SHELXL كان مطولًا جدًا وعرضة للأخطاء. بدلًا من تحرير ملفات نصية كبيرة يدويًا وتحديد القيود يدويًا، تتم هذه العملية تلقائيًا باستخدام برنامج DSR.

طلب

يمكن تشغيل DSR من سطر الأوامر. ويكون شكل الاستدعاء الأساسي كالتالي:

dsr [خيار] (ملف SHELXL)

يتم التحكم في DSR بواسطة أمر خاص في ملف SHELXL المقابل. ويكون هذا الأمر بالصيغة التالية:

REM DSR PUT/REPLACE "fragment" WITH (atoms) ON (atoms or q-peaks) PART 1 OCC -21 = RESI DFIX

يجب أن يبدأ أمر DSR دائمًا بـ REM حتى لا يتعرف برنامج SHELXL على هذا السطر كأمر خاص به. يتم تحديد ذرة الجزء الجزيئي من قاعدة البيانات التي تُقابل أي ذرة أو قمة q في البنية البلورية في القائمة التي تلي WITH و ON.

عن طريق الجري

dsr -r file.res

يتم إجراء عملية مطابقة الأجزاء ونقل القيود.

واجهة المستخدم الرسومية

منذ عام 2016، أصبح لدى ShelXle واجهة رسومية لـ DSR. ويمكن تنفيذ معظم أوامر إصدار سطر الأوامر من خلالها.

لنقل جزء إلى بنية، يجب تحديد ثلاث ذرات/قمم q في برنامج ShelXle وفي واجهة المستخدم الرسومية لبرنامج DSR لتحديد موضع الجزء. ثم يعرض العرض ثلاثي الأبعاد للجزء معاينةً لعملية مطابقة الجزء اللاحقة.

برمجة

تمت برمجة DSR بلغة بايثون فقط. لذلك، فهي تعمل على أي نظام تشغيل يدعم بايثون .

يخضع هذا البرنامج لرخصة Beerware المجانية ويمكن تنزيله مجانًا وتعديله حسب الرغبة.

مراجع

  1. ↑ كراتزرت، دانيال؛ كروسينغ، إنغو (3 مايو 2018). "التحسينات الحديثة في تقنية DSR" . مجلة علم البلورات التطبيقي . 51 (3): 928-934 . doi : 10.1107/S1600576718004508 . ISSN 1600-5767 . تاريخ الاسترجاع: 17 أغسطس 2018 . 
  2. ↑ دانيال كراتزرت؛ جوليان ج. هولشتاين؛ إنجو كروسينج (2015-06-01)، "DSR: نمذجة محسّنة وتحسين للهياكل غير المنتظمة باستخدام SHELXL" ، مجلة علم البلورات التطبيقي (بالألمانية)، المجلد 48، العدد 3، الصفحات 933-938 ، doi : 10.1107/s1600576715005580 ، ISSN 1600-5767 ، PMC 4453980 ، PMID 26089767 ، تاريخ الاسترجاع 2017-02-07      
  3. ↑ "الصفحة الرئيسية لـ SHELX" (باللغة الألمانية) . تم الاطلاع عليها بتاريخ 2017-02-07 .
  4. ↑ جورج م. شيلدريك (1 يناير 2008)، "تاريخ موجز لبرنامج SHELX"، مجلة Acta Crystallographica، القسم أ: أسس علم البلورات (بالألمانية)، المجلد 64، العدد 1، الصفحات 112-122 ، Bibcode : 2008AcCrA..64..112S ، doi : 10.1107/s0108767307043930 ، ISSN 0108-7673 ، PMID 18156677     
  5. ↑ جورج م. شيلدريك (2015-01-01)، "تحسين بنية البلورات باستخدام برنامج SHELXL"، مجلة Acta Crystallographica، القسم ج: الكيمياء البنيوية (بالألمانية)، المجلد 71، العدد 1، الصفحات 3-8 ، doi : 10.1107/s2053229614024218 ، ISSN 2053-2296 ، PMC 4294323 ، PMID 25567568      
  6. ↑ جيرارد ج. كليويغت (2007-01-01)، "التحسين البلوري لمركبات الليجاند"، مجلة أكتا كريستالوغرافيكا، القسم د: علم البلورات البيولوجية (بالألمانية)، المجلد 63، العدد 1، الصفحات 94-100 ، doi : 10.1107/s0907444906022657 ، ISSN 0907-4449 ، PMC 2483469 ، PMID 17164531