نظام الجينومات الميكروبية المتكاملة

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

نظام الجينومات الميكروبية المتكاملة (IMG) هو منصة لتصفح الجينومات وشرحها، طُوِّرت من قِبَل وزارة الطاقة الأمريكية (DOE) - معهد الجينوم المشترك . [ 2 ] [ 3 ] يحتوي IMG على جميع مسودات الجينومات الميكروبية الكاملة والمتسلسلة التي قام معهد الجينوم المشترك التابع لوزارة الطاقة الأمريكية بتسلسلها، مُدمجةً مع جينومات أخرى متاحة للعموم (بما في ذلك العتائق، والبكتيريا، وحقيقيات النوى، والفيروسات، والبلازميدات). يوفر IMG للمستخدمين مجموعة من الأدوات لإجراء تحليل مقارن للجينومات الميكروبية على ثلاثة محاور: الجينات، والجينومات، والوظائف. يمكن للمستخدمين اختيارها ونقلها في عربات التحليل المقارن بناءً على معايير متنوعة. يتضمن IMG أيضًا مسارًا لشرح الجينومات يدمج المعلومات من عدة أدوات، من بينها KEGG و Pfam و InterPro و Gene Ontology . يمكن للمستخدمين أيضًا كتابة أو تحميل تعليقات الجينات الخاصة بهم (تسمى تعليقات جينات MyIMG) وسيسمح لهم نظام IMG بإنشاء ملفات بتنسيق Genbank أو EMBL تحتوي على هذه التعليقات.

في الإصدارات المتتالية، توسعت قاعدة بيانات الجينوم الميكروبي المتكاملة (IMG) لتشمل العديد من الأدوات المتخصصة. يُعد نظام الجينومات الميكروبية المتكاملة مع عينات الميكروبيوم (IMG/M) امتدادًا لنظام IMG، حيث يوفر سياقًا لتحليل البيانات الميتاجينومية المُجمّعة مع جينومات العزلات المتاحة للعموم. [ 4 ] [ 5 ] يوفر نظام الجينومات الميكروبية المتكاملة - مراجعة الخبراء (IMG/ER) الدعم للعلماء الأفراد أو مجموعات العلماء لإجراء الشرح الوظيفي وتنسيق جينوماتهم الميكروبية ذات الأهمية. [ 2 ] يمكن للمستخدمين إرسال جينوماتهم المشروحة (أو طلب تطبيق مسار الشرح الآلي لـ IMG أولًا) إلى IMG-ER، ثم المتابعة بالتنسيق اليدوي والتحليل المقارن في النظام، من خلال وصول آمن (محمي بكلمة مرور). يركز نظام IMG-HMP على تحليل الجينومات المتعلقة بمشروع الميكروبيوم البشري (HMP) في سياق جميع الجينومات المتاحة للعموم في IMG. [ 6 ] نظام IMG -ABC هو نظام لتحليل الأيض الثانوي للبكتيريا واكتشاف مجموعات الجينات الحيوية المستهدفة. [ 7 ] نظام IMG-VR (مع الإصدار المُحدَّث الأخير IMG/VR v.2.0) هو أكبر قاعدة بيانات متاحة للعموم للجينومات الفيروسية والميتاجينومات. [ 8 ] [ 9 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ ماركويتز، فيكتور م؛ تشين إي-مين أ؛ بالانيابان كريشنا؛ تشو كين؛ سيتو إرنست؛ غريتشكين يوري؛ راتنر آنا؛ جاكوب بيجو؛ هوانغ جينغهوا؛ ويليامز بيتر؛ هانتمان مارسيل؛ أندرسون إيان؛ مافروماتيس كونستانتينوس؛ إيفانوفا ناتاليا ن؛ كيربيدس نيكوس س (يناير 2012). "IMG: قاعدة بيانات الجينومات الميكروبية المتكاملة ونظام التحليل المقارن" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (1). إنجلترا: D115-22. doi : 10.1093/nar/ gkr1044 . PMC 3245086. PMID 22194640 .  
  2. 1 2 ماركويتز، في إم؛ تشين، آي إم إيه؛ بالانيابان، ك؛ تشو، ك؛ سيتو، إي؛ غريتشكين، واي؛ راتنر، إيه؛ أندرسون، آي؛ ليكيديس، إيه؛ مافروماتيس، ك؛ إيفانوفا، إن إن؛ كيربيدس، إن سي (2009). " نظام الجينومات الميكروبية المتكامل: مورد متنامٍ للتحليل المقارن" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D382– D390. doi : 10.1093/nar/gkp887 . PMC 2808961. PMID 19864254 .  
  3. ^ حاجي توما، ميكاليس؛ تشن، آي مين ايمي؛ تشو، كين؛ راتنر، آنا؛ بالانيابان، كريشنا؛ سزيتو، إرنست؛ هوانغ، جينغهوا؛ ريدي ، تي بي كيه. سيمرمانتشيتش ، بيتر (14/07/2015). "IMG-ABC: قاعدة معرفية لتعزيز اكتشاف مجموعات الجينات الحيوية والأيضات الثانوية الجديدة" . مبيو . 6 (4): e00932. دوى : 10.1128/mBio.00932-15 . ISSN 2150-7511 . بمك 4502231 . بميد 26173699 .   
  4. ↑ ماركويتز، في إم؛ تشين، آي إم إيه؛ تشو، ك؛ سيتو، إي؛ بالانيابان، ك؛ غريتشكين، واي؛ راتنر، إيه؛ جاكوب، بي؛ باتي، إيه؛ هانتمان، إم؛ ليوليوس، ك؛ باجاني، آي؛ أندرسون، آي؛ مافروماتيس، ك؛ إيفانوفا، إن إن؛ كيربيدس، إن سي (2011). "IMG/M: نظام إدارة بيانات الميتاجينوم المتكامل والتحليل المقارن" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D123– D129 . doi : 10.1093/nar/gkr975 . PMC 3245048. PMID 22086953 .  
  5. ^ تشن، آي مين أ؛ ماركويتز، فيكتور م. تشو، كين؛ بالانيابان، كريشنا؛ سزيتو، إرنست؛ بيلاي، مانوج؛ راتنر، آنا؛ هوانغ، جينغهوا؛ أندرسن ، إيفان (2017/01/04). "IMG / M: نظام متكامل لتحليل البيانات المقارنة للجينوم والميتاجينوم" . أبحاث الأحماض النووية . 45 (د1): د507 – د516. دوى : 10.1093/نار/gkw929 . ردمك 1362-4962 . بمك 5210632 . بميد 27738135 .   
  6. ↑ ماركويتز، فيكتور م.؛ تشين، إي-مين أ.؛ تشو، كين؛ سيتو، إرنست؛ بالانيابان، كريشنا؛ جاكوب، بيجو؛ راتنر، آنا؛ ليوليوس، كونستانتينوس؛ باجاني، إيوانا (2012). "IMG/M-HMP: نظام تحليل مقارن للميتاجينوم لمشروع الميكروبيوم البشري" . PLOS ONE . 7 (7) e40151. Bibcode : 2012PLoSO...740151M . doi : 10.1371/journal.pone.0040151 . ISSN 1932-6203 . PMC 3390314. PMID 22792232 .   
  7. ↑ هادجيثوماس، ميخاليس؛ تشين، آي-مين أ.؛ تشو، كين؛ هوانغ، جينغهوا؛ راتنر، آنا؛ بالانيابان، كريشنا؛ أندرسن، إيفان؛ ماركويتز، فيكتور؛ كيربيدس، نيكوس س. (2017-01-04). "IMG-ABC: ميزات جديدة لتحليل الأيض الثانوي البكتيري واكتشاف مجموعات الجينات الحيوية المستهدفة في آلاف الجينومات الميكروبية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 45 (D1): D560– D565 . doi : 10.1093/nar/gkw1103 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210574. PMID 27903896 .   
  8. ^ بايز إسبينو، ديفيد؛ تشين، آي مين أ؛ بالانيابان، كريشنا؛ راتنر، آنا؛ تشو، كين؛ سزيتو، إرنست؛ بيلاي، مانوج؛ هوانغ، جينغهوا؛ ماركويتز ، فيكتور م. (2017/01/04). "IMG/VR: قاعدة بيانات لفيروسات الحمض النووي المزروعة وغير المزروعة والفيروسات القهقرية" . أبحاث الأحماض النووية . 45 (د1): د457 – د465. دوى : 10.1093/نار/gkw1030 . ردمك 1362-4962 . بمك 5210529 . بميد 27799466 .   
  9. ^ بايز إسبينو، ديفيد؛ رو، سيمون؛ تشن ، آي مين أ ؛ بالانيابان، كريشنا؛ راتنر، آنا؛ تشو، كين؛ هنتمان، مارسيل. ريدي ، تي بي كيه. بونس، جوان كارليس؛ لابريس، ميرسي؛ إلوي فادروش ، إميلي أ ؛ إيفانوفا ، ناتاليا ن . كيربيدس ، نيكوس سي (8 يناير 2019). "IMG/VR v.2.0: نظام متكامل لإدارة وتحليل البيانات للجينومات الفيروسية المزروعة والبيئية" . أبحاث الأحماض النووية . 47 (د1): د678 – د686. دوى : 10.1093/نار/gky1127 . بمك 6323928 . بميد 30407573 .