ميروبس

تُبنى عائلات الببتيدازات من خلال مقارنة تسلسلات الأحماض الأمينية. تُجمع العائلة حول مثال نموذجي ، وهو تسلسل ببتيداز أو مثبط معروف جيدًا. يجب أن تكون جميع التسلسلات الأخرى في العائلة مرتبطة بالمثال النموذجي للعائلة، إما بشكل مباشر أو من خلال علاقة متعدية تشمل تسلسلًا واحدًا أو أكثر سبق إثبات انتمائها للعائلة. عادةً ما يُستخدم برنامج FastA أو BlastP لتحديد علاقات التسلسل، حيث تُعتبر قيمة التوقع 0.001 أو أقل ذات دلالة إحصائية . تُستخدم عمليات بحث HMMER أو psi-blast لإضافة التسلسلات ذات الصلة البعيدة بالعائلة. تُعرَّف كل عائلة بحرف يُمثل النوع التحفيزي للببتيدازات التي تحتويها، متبوعًا برقم فريد عشوائي.

تُقسّم بعض العائلات إلى عائلات فرعية بسبب وجود أدلة على تباين قديم جدًا داخل العائلة. ويتوافق هذا التباين مع أكثر من 150 طفرة نقطية مقبولة لكل 100 حمض أميني.

يدعم التشابه في البنى ثلاثية الأبعاد الأدلة على أن العديد من العائلات تشترك في أصل مشترك. يُستخدم مصطلح "العشيرة" لوصف هذه المجموعة من العائلات. تُجمع العشيرة أيضًا حول مثال نموذجي، وهو بنية ببتيداز أو مثبط معروف جيدًا. تُضم العائلة إلى عشيرة إذا أمكن إثبات أن البنية الثلاثية لأحد أفرادها مرتبطة ببنية المثال النموذجي للعشيرة. عادةً، يُستخدم برنامج DALI لتحديد عضوية العشيرة، حيث تُعتبر قيمة z التي تبلغ 6.00 وحدة انحراف معياري أو أعلى ذات دلالة إحصائية. بالنسبة للببتيدازات، تشمل الأدلة الأخرى التي تشير إلى وجود صلة بين العائلات، حتى في غياب البنية الثلاثية، تطابق ترتيب البقايا التحفيزية في التسلسلات.