أوبن كروم
OpenChrom هو برنامج مفتوح المصدر لتحليل وعرض بيانات قياس الطيف الكتلي والكروماتوغرافيا . [ 4 ] يركز البرنامج على معالجة ملفات البيانات الأصلية من أنظمة قياس الطيف الكتلي المتعددة (مثل GC/MS و LC/MS و Py-GC/MS و HPLC-MS )، من شركات مصنعة مثل Agilent Technologies و Varian و Shimadzu و Thermo Fisher و PerkinElmer وغيرها. كما يدعم البرنامج مؤخرًا تنسيقات البيانات من أنواع أخرى من أجهزة الكشف.
يدعم برنامج OpenChrom تحليل وعرض بيانات الكروماتوغرافيا وقياس الطيف الكتلي فقط. ولا يمتلك إمكانيات جمع البيانات أو التحكم في أجهزة الشركات المصنعة. تم بناء OpenChrom على منصة Eclipse Rich Client Platform (RCP)، لذا فهو متوفر لأنظمة تشغيل متعددة، مثل Microsoft Windows و macOS و Linux . ويتم توزيعه بموجب رخصة Eclipse العامة 1.0 (EPL). أما مكتبات الطرف الثالث، فتُفصل في حزم منفصلة وتُصدر بموجب تراخيص مختلفة متوافقة مع مبادرة المصادر المفتوحة (OSI ).
تاريخ
طُوِّر برنامج OpenChrom بواسطة فيليب وينيغ كجزء من أطروحته للدكتوراه في جامعة هامبورغ ، ألمانيا. [ 5 ] ركزت الأطروحة على تطبيق تقنيات التعرف على الأنماط على مجموعات البيانات المسجلة بواسطة التحليل الحراري المقترن بالكروماتوغرافيا وقياس الطيف الكتلي (Py-GC/MS). [ 6 ] [ 7 ]
فاز برنامج OpenChrom بجائزة توماس كرين للبرمجيات مفتوحة المصدر لعام 2010 [ 8 ] ، بالإضافة إلى جائزة مجتمع إكليبس لعام 2011. [ 9 ] كما أن مطوريه أعضاء مؤسسون في مجموعة عمل إكليبس للعلوم. [ 10 ] بعد النجاح التجاري لتطوير البرامج والخدمات المتعلقة بمشروع OpenChrom، عززت شركة Lablicate التزامها بالبرمجيات الحرة/المفتوحة المصدر بإصدار ChemClipse في أكتوبر 2016، والذي يُعدّ أساسًا لجميع منتجات OpenChrom. [ 11 ]
تنسيقات البيانات المدعومة
يخزن كل مُصنِّع أنظمة بيانات التحليل المسجلة بتنسيقه الخاص ، مما يُصعِّب مقارنة مجموعات البيانات من أنظمة ومُصنِّعين مختلفين. علاوة على ذلك، يُعدّ هذا عائقًا كبيرًا أمام الاختبارات بين المختبرات. يهدف برنامج OpenChrom إلى دعم نطاق واسع من تنسيقات بيانات قياس الطيف الكتلي المختلفة بشكلٍ أصلي. [ 12 ] يحرص OpenChrom على عدم إمكانية تعديل ملفات البيانات الخام وفقًا لأفضل الممارسات المختبرية . ولمساعدة العلماء، يدعم OpenChrom العديد من التنسيقات المفتوحة لاستيراد وتصدير نتائج التحليل. بالإضافة إلى ذلك، يُقدِّم OpenChrom تنسيقه الخاص مفتوح المصدر (*.ocb) الذي يُتيح حفظ الكروماتوغرام المُعدَّل، فضلًا عن القمم ونتائج التحديد.
- Agilent ChemStation *.D (DATA.MS و MSD1.MS)
- مكتبة AMDIS (*.msl)
- Bruker Flex MALDI-MS (*.fid)
- كرومتك (*.dat)
- ملف CSV (*.csv)
- فينيغان (*.RAW)
- فينيجان MAT95 (*.dat)
- فينيجان ITDS (*.DAT)
- فينيجان ITS40 (*.MS)
- فينيغان إليمينت 2 (*.dat)
- JCAMP-DX (*.JDX)
- مايكروسوفت إكسل (*.xlsx)
- mzXML (*.mzXML)
- mzData (*.mzData)
- NetCDF (*.CDF)
- نص NIST (*.msp)
- برنامج الكروماتوغرافيا المفتوح الثنائي (*.ocb)
- الأحمال القصوى (*.mpl)
- بيركن إلمر (*.raw)
- فاريان إس إم إس (*.SMS)
- فاريان إكس إم إس (*.إكس إم إس)
- VG MassLab (*.DAT_001;1)
- شيمادزو (*.qgd)
- شيمادزو (*.spc)
- المياه (*.RAW)
- ملف مضغوط (*.zip)
- جهاز Agilent ICP-MS (*.icp)
- فينيجان آي سي آي إس (*.dat)
- mzML (*.mzML)
- mzMLb (*.mzMLb)
- mz5 (*.mz5)
- mzDB (*.mzDB)
- SVG (*.svg)
- ماس هانتر (*.D)
- فينيجان آي سي آي إس (*.dat)
- MassLynx (*.RAW)
- غرامات مجرية (*.cgm)
- AnIML (*.animl)
- GAML (*.gaml)
- ...
- Agilent FID (*.D/*.ch)
- نص FID (*.xy)
- NetCDF (*.cdf)
- بيركن إلمر (*.raw)
- فاريان (*.run)
- فينيجان FID (*.dat)
- فينيجان FID (*.raw)
- شيمادزو (*.gcd)
- Arw (*.arw)
- AnIML (*.animl)
- GAML (*.gaml)
- ...
- Agilent DAD (*.UV/*.ch)
- ABSciex
- كرومولان
- شيمادزو (*.lcd)
- تمكين المياه
- AnIML (*.animl)
- Thermo Galatics (*.spc)
- Thermo Fisher Nicolet (*.spa)
- GAML (*.gaml)
- Bruker OPUS (*.0)
صيغ أخرى
- الأحمال القصوى (*.mpl)
- قاعدة بيانات NIST (*.msp)
- AMDIS (*.msl)
- AMDIS (*.cal)
- AMDIS (*.ELU)
- MassBank (*.txt)
- سيريوس (*.ms)
الميزات الرئيسية
يوفر برنامج OpenChrom مجموعة متنوعة من الميزات لتحليل البيانات الكروماتوغرافية:
- معالجة البيانات الكروماتوغرافية الأصلية (MSD و FID)
- دعم المعالجة الدفعية
- دعم كاشف خط الأساس
- كاشف الذروة، دعم التكامل
- فك التشفير الذروي
- دعم القمم ومحددات طيف الكتلة
- دعم التحديد الكمي
- دعم المرشحات (مثل إزالة الأجزاء الكبيرة والمسح الضوئي، وتقليل الضوضاء، وتنعيم سافيتزكي-جولاي ، وCODA ، والطي الخلفي)
- دعم تغيير وقت الاحتفاظ
- دعم مؤشر الاحتفاظ
- وضع تراكب الكروماتوجرام
- دعم تحليل المكونات الرئيسية (PCA)
- دعم تنفيذ/ تراجع /إعادة تنفيذ
- دمج OpenOffice / LibreOffice و Microsoft Office
- قابل للتوسيع بواسطة الإضافات
- تحليل نمط قمم الكروماتوجرام
- دعم الكروماتوجرام وقاعدة بيانات القمم
- دعم التحديثات
- تدعم أطياف الكتلة المطروحة
الإصدارات
صدر البرنامج لأول مرة عام 2010. ويحمل كل إصدار اسم عالم مرموق. [ 13 ] ويتم نشر إصدارات جديدة أسبوعيًا ضمن كل إصدار رئيسي. [ 14 ]
| الاسم الرمزي | اسم مشتق من اسم شخص ما | تاريخ | إصدار |
|---|---|---|---|
| تومسون | جوزيف جون طومسون | أبريل 2010 | غير مدعوم: 0.1.0 |
| غولدستر | يوجين غولدشتاين | مايو 2010 | غير مدعوم: 0.2.0 |
| فيينا | فيلهلم فيينا | أكتوبر 2010 | غير مدعوم: 0.3.0 |
| تسويت | ميخائيل سيميونوفيتش تسفيت | أبريل 2011 | غير مدعوم: 0.4.0 |
| مارتن | آرتشر جون بورتر مارتن | أكتوبر 2011 | غير مدعوم: 0.5.0 |
| سينج | ريتشارد إل إم سينج | أبريل 2012 | غير مدعوم: 0.6.0 |
| نيرنست | والتر نيرنست | أكتوبر 2012 | غير مدعوم: 0.7.0 |
| دمبستر | آرثر جيفري ديمبسترز | يوليو 2013 | غير مدعوم: 0.8.0 |
| ماتوتش | جوزيف ماتوش | يوليو 2014 | غير مدعوم: 0.9.0 |
| أستون | فرانسيس ويليام أستون | يوليو 2015 | غير مدعوم: 1.0.0 |
| ديلز | أوتو ديلز | يوليو 2016 | غير مدعوم: 1.1.0 |
| ألدر | كورت ألدر | أغسطس 2017 | غير مدعوم: 1.2.0 |
| دالتون | جون دالتون | أغسطس 2018 | غير مدعوم: 1.3.0 |
| لورانس | إرنست لورانس | أغسطس 2019 | غير مدعوم: 1.4.0 |
| مكلافرتي | فريد مكلافيرتي | مارس 2022 | غير مدعوم: 1.5.0 |
| هيلينكامب | فرانز هيلينكامب | يناير 2026 | أحدث إصدار: 1.6.0 |
مراجع
- ↑ مساهمو OpenChrom ، Black Duck OpenHub
- ↑ مشروع OpenChrom مفتوح المصدر على Open Hub
- ↑ سوق إكليبس : أوبن كروم
- ↑ OpenChrom: برنامج مفتوح المصدر متعدد المنصات لتحليل بيانات الكروماتوغرافيا باستخدام مطياف الكتلة ، فيليب وينيغ، يورغن أودرمات، BMC Bioinformatics ؛ 2010 ؛ doi : 10.1186/1471-2105-11-405
- ↑ Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierungorganischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie/Massenspektrometrie (Py-GC/MS) ، فيليب وينج، أطروحة ؛ 2012 ; دي إن بي-IDN 1027167683
- ↑ تحسين بيانات Py-GC/MS بعد التحليل: دراسة حالة باستخدام مرشح جديد لتقليل الضوضاء الكيميائية الرقمية (NOISERA) لتحسين جودة البيانات باستخدام برنامج OpenChrom لقياس الطيف الكتلي ، فيليب وينيغ، مجلة التحليل والتطبيق في الانحلال الحراري ؛ 2011 ؛ doi : 10.1016/j.jaap.2011.05.013
- ↑ توصيف الانبعاثات ذات الرائحة باستخدام برنامج جديد لتحديد القمم في النماذج الكيميائية الإحصائية لمجموعات بيانات كروماتوغرافيا الغاز - مطياف الكتلة ، كيه آر مورفي، بي. وينيج، جي. باركسي، تي. سكوف، آر إم ستوتز، الكيمياء الإحصائية وأنظمة المختبرات الذكية ؛ 2012 ؛ doi : 10.1016/j.chemolab.2012.07.006
- ↑ فيرنر فيشر: الفائز بجائزة توماس كرين للمصدر المفتوح لعام 2010
- ↑ مؤسسة إكليبس : الإعلان عن الفائزين بجوائز مجتمع إكليبس ، سانتا كلارا، كاليفورنيا - 21 مارس 2011
- ↑ ديانا كوبر: نظرة ثاقبة على فريق عمل علوم الكسوف ، 11 يونيو 2014
- ^ فيليب وينج: إصدار ChemClipse 0.7.0 في 2 أكتوبر 2016
- ↑ دابروفسكي، لوكاس (2015-08-07). "مراجعة لبرامج معالجة البيانات المجانية للكروماتوغرافيا" . مجلة البحر الأبيض المتوسط للكيمياء . 4 (4): 193-200 . doi : 10.13171/mjc.4.4.2015.15.09.16.35/dabrowski .
- ↑ "إصدارات أوبن كروم" . ويكي أوبن كروم . مؤرشف من الأصل بتاريخ 16-11-2017 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 04-02-2026 .
- ↑ "سجل التغييرات" . GitHub .
روابط خارجية
- برامج المعلوماتية الحيوية
- برنامج قياس الطيف الكتلي
- برامج الكيمياء لنظام لينكس
- برنامج علمي لنظام التشغيل macOS
- برنامج علمي لنظام التشغيل ويندوز
- برنامج الكروماتوغرافيا
- برنامج إكليبس