شجرة الزمن

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 4 صور
الموسوعة الحرة

TimeTree هي قاعدة بيانات عامة مجانية طوّرها إس. بلير هيدجز وسودهير كومار، اللذان يعملان حاليًا في جامعة تمبل ، لعرض أوقات التباعد في شجرة الحياة . [ 1 ] [ 2 ] تقوم الفكرة الأساسية على إنتاج وعرض توافق مجتمعي لشجرة الحياة الزمنية [ 3 ] [ 4 ] استنادًا إلى الدراسات المنشورة، وإتاحة الوصول بسهولة إلى هذه المعلومات عبر الإنترنت أو الأجهزة المحمولة. [ 2 ] تتيح قاعدة البيانات البحث عن متوسط ​​أوقات العقد بين نوعين أو تصنيفات أعلى، وعرض خط زمني من منظور تصنيف معين، يُظهر جميع حالات التباعد وصولًا إلى أصل الحياة، وبناء شجرة زمنية لتصنيف مُختار أو مجموعة تصنيفات يُضيفها المستخدم. [ 5 ] استُخدمت TimeTree في التعليم العام لتوضيح مفهوم تطور الحياة، كما هو الحال في المدارس الثانوية. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] استخدم ديفيد أتينبورو في فيلمه وبرنامجه التلفزيوني الحائز على جائزة إيمي، " نهضة الحيوانات" ، شجرة الحياة الدائرية التي وضعها هيدجز وكومار [ 3 ] ، والمستمدة من قاعدة بيانات TimeTree، كإطار عمل للإنتاج. وقد تم تجسيد شجرة الحياة باستخدام صور متحركة مولدة بالحاسوب في مشاهد كل 10 دقائق خلال الفيلم الذي استمر ساعتين. يعود تاريخ التطوير الأصلي لـ TimeTree، من قبل هيدجز وكومار، إلى أواخر التسعينيات، بدعم أولي من معهد ناسا لعلم الأحياء الفلكي. ومنذ ذلك الحين، حظي بدعم إضافي من منح ناسا، ومن مؤسسة العلوم الوطنية (NSF) والمعاهد الوطنية للصحة (NIH). صدرت النسخة الحالية (الإصدار 5) في عام 2022، وتحتوي على بيانات من 4075 دراسة و137306 نوعًا. [ 5 ]

نتائج بحث بسيط عن وقت العقدة في قاعدة بيانات TimeTree لمعرفة وقت تباعد القطط والكلاب بملايين السنين

سمات

نتائج بحث زمني في TimeTree للبشر (Homo sapiens)

يمكن لمستخدمي TimeTree البحث عن اسمي نوعين، مثل القط والكلب، للحصول على متوسط ​​ووسيط تقديرات الوقت لانفصالهما، بالملايين من السنين. كما تُظهر النتائج جميع تقديرات الوقت الفردية، من كل دراسة، بجانب مقياس زمني جيولوجي، يُشير إلى الفترات الجيولوجية. وتُعرض جوانب مختلفة من بيئة الأرض بجانب المقياس الزمني للمقارنة، بما في ذلك اصطدامات الأرض، والإشعاع الشمسي، ومستويات ثاني أكسيد الكربون، ومستويات الأكسجين. ويُدرج جدول منفصل تقديرات الوقت، قابلة للتنزيل كملف جداول بيانات، من كل دراسة مع مراجع وروابط لملخصات المقالات الأصلية. ويمكن للمستخدمين تنزيل بيانات الدراسة الأصلية كملفات Timetree بتنسيق Newick لإجراء المزيد من البحوث. في البحث الزمني، يُدخل المستخدمون اسم التصنيف، فتظهر جميع حالات الانفصال وصولًا إلى أصل الحياة مع أسماء التصنيفات، في شكل سلمي رأسي. كما تُعرض لوحات زمنية لبيئة الأرض بجانب المقياس الزمني الجيولوجي، كما هو الحال في جميع خيارات البحث الثلاثة. يتضمن خيار البحث الثالث، وهو البحث في شجرة الزمن ، إنشاء شجرة زمنية إما بتحديد اسم تصنيف (مجموعة) أو بتحميل قائمة بالأنواع أو التصنيفات الأخرى. بعد تحديد اسم المجموعة، يمكن للمستخدم اختيار المستوى التصنيفي الذي يفضل عرضه. على سبيل المثال، مع اسم مجموعة عائلية، يمكن اختيار شجرة زمنية على مستوى النوع أو على مستوى الجنس. بعد ذلك، تُعرض شجرة الزمن ويمكن إخراجها كملف Newick أو صورة للنشر. يمكن استكشاف الأوقات على الشجرة بالنقر على العقد، والحصول على جداول البيانات المتعلقة بالعقدة. تتيح قاعدة البيانات أيضًا البحث عن مقالات شجرة الزمن باسم المؤلف. كتاب "شجرة الزمن للحياة " [ 3 ] كاملاً ومتاح مجانًا على الموقع.

نتائج بحث شجرة الزمن في TimeTree لعائلة أشباه البشر.

مراجع

  1. ↑ هيدجز، إس. بلير؛ دادلي، جويل؛ كومار، سودير (4 أكتوبر 2006). "تايم تري: قاعدة بيانات معرفية عامة لأوقات التباعد بين الكائنات الحية" (ملف PDF) . المعلوماتية الحيوية . 22 (23). مطبعة جامعة أكسفورد: 2971-2972 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl505 . ISSN 1367-4811 . PMID 17021158 .  
  2. 1 2 كومار، سودير؛ هيدجز، إس. بلير (15 يوليو 2011). "TimeTree2: أوقات تباعد الأنواع على جهاز iPhone" . المعلوماتية الحيوية . 27 (14): 2023-2024 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr315 . ISSN 1367-4803 . PMC 3129528. PMID 21622662 .   
  3. 1 2 3 هيدجز، إس. بلير؛ كومار، سودير (23-04-2009). شجرة الحياة الزمنية . أكسفورد، المملكة المتحدة: مطبعة جامعة أكسفورد. ISBN 978-0-19-953503-3.
  4. ↑ هيدجز، إس. بلير؛ مارين، جولي؛ سوليسكي، مايكل؛ بايمر، مادلين؛ كومار، سودير (2015). " شجرة الحياة تكشف عن تنوع وتطور يشبه الساعة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 32 (4): 835-845 . arXiv : 1412.4312 . doi : 10.1093 /molbev/msv037 . ISSN 1537-1719 . PMC 4379413. PMID 25739733 .   
  5. كومار ، سودير؛ سوليسكي، مايكل؛ كريغ، جاك؛ كاسبروفيتش، أدريان؛ ساندر فورد، ماكسويل؛ لي، مايكل؛ ستيتشر، غلين؛ هيدجز، إس. بلير (2022). " TimeTree 5: مورد موسع لأوقات تباعد الأنواع" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 39 (8). doi : 10.1093 / molbev/msac174 . PMC 9400175. PMID 35932227 .  
  6. ↑ ميتزجر كيه جيه (2011). "مساعدة الطلاب على فهم أحداث تباعد الأنواع باستخدام الأداة الإلكترونية "TimeTree: The Timescale of Life"" معلم الأحياء الأمريكي . 73 (2): 106-108 . doi : 10.1525/abt.2011.73.2.9 . S2CID 85026876. " 
  7. ↑ بابايان، كارين؛ كومار، سودير (2018). "السفر عبر الزمن ودفتر ملاحظات عالم الطبيعة: فلاديمير نابوكوف يلتقي بشجرة الحياة الزمنية" . مُعلِّم الأحياء الأمريكي . 80 (9): 650-658 . doi : 10.1525/abt.2018.80.9.650 . S2CID 91951552 . 
  8. ↑ بابايان، كارين؛ كومار، سودير (2020). " الذكريات الجزيئية لأحفورة من العصر الكامبري" . مُعلِّم الأحياء الأمريكي . 82 (9): 586-595 . doi : 10.1525/abt.2020.82.9.586 . PMC 8104914. PMID 33967280. S2CID 227304077 .