الشبكة الموزونة

الشبكة الموزونة هي شبكة تُخصص فيها أوزان للروابط بين العقد. الشبكة نظامٌ ترتبط عناصره بطريقة أو بأخرى. [ 1 ] تُمثل عناصر النظام بالعقد (وتُعرف أيضًا بالجهات الفاعلة أو الرؤوس)، وتُعرف الروابط بين العناصر المتفاعلة بالروابط أو الحواف أو الأقواس أو الصلات. قد تكون العقد خلايا عصبية، أو أفرادًا، أو مجموعات، أو منظمات، أو مطارات، أو حتى دولًا، بينما تتخذ الروابط أشكالًا مختلفة، منها الصداقة، والتواصل، والتعاون، والتحالف، والتدفق، والتجارة، على سبيل المثال لا الحصر.

في العديد من الشبكات الواقعية، لا تتساوى جميع الروابط في الشبكة من حيث السعة. في الواقع، غالبًا ما تُربط الروابط بأوزان تُميزها من حيث قوتها أو شدتها أو سعتها [ 2 ] [ 3 ]. من جهة، جادل مارك غرانوفيتر (1973) [ 4 ] بأن قوة العلاقات الاجتماعية في الشبكات الاجتماعية تعتمد على مدتها، وشدتها العاطفية، وحميميتها، وتبادل الخدمات فيها. ومن جهة أخرى، بالنسبة للشبكات غير الاجتماعية، غالبًا ما تُشير الأوزان إلى الوظيفة التي تؤديها الروابط، مثل تدفق الكربون (ملغم/م² / يوم) بين الأنواع في الشبكات الغذائية [ 5 أو عدد المشابك العصبية والوصلات الفجوية في الشبكات العصبية [ 6 ] ، أو حجم حركة المرور المتدفقة عبر الوصلات في شبكات النقل [ 7 ] .

مثال على شبكة موزونة (يمكن أيضًا تصور الأوزان عن طريق إعطاء الحواف عروضًا مختلفة)

من خلال تسجيل قوة الروابط، [ 8 ] يمكن إنشاء شبكة موزونة (المعروفة أيضًا باسم الشبكة ذات القيمة).

تُستخدم الشبكات الموزونة على نطاق واسع في تطبيقات علم الجينوم وعلم الأحياء النظمي . [ 3 ] على سبيل المثال، يُستخدم تحليل شبكة التعبير الجيني المشترك الموزون (WGCNA) غالبًا لبناء شبكة موزونة بين الجينات (أو منتجات الجينات) استنادًا إلى بيانات التعبير الجيني (مثل بيانات المصفوفات الدقيقة ). [ 9 ] وبشكل أعم، يمكن تعريف شبكات الارتباط الموزونة عن طريق تطبيق عتبة ناعمة على الارتباطات الثنائية بين المتغيرات (مثل قياسات الجينات). [ 10 ]

مقاييس الشبكات الموزونة

على الرغم من أن تحليل الشبكات الموزونة أصعب من تحليل الشبكات التي تحتوي على روابط موجودة أو غائبة فقط، فقد تم اقتراح عدد من مقاييس الشبكة للشبكات الموزونة:

تتمثل إحدى المزايا النظرية للشبكات الموزونة في أنها تتيح استخلاص العلاقات بين مختلف مقاييس الشبكة (المعروفة أيضًا بمفاهيم الشبكة أو إحصاءاتها أو مؤشراتها). [ 3 ] على سبيل المثال، يُبين دونغ وهورفاث (2007) [ 15 ] أنه يمكن استخلاص علاقات بسيطة بين مقاييس الشبكة في مجموعات من العقد (الوحدات) في الشبكات الموزونة. بالنسبة لشبكات الارتباط الموزونة، يمكن استخدام التفسير الزاوي للارتباطات لتقديم تفسير هندسي لمفاهيم نظرية الشبكة واستخلاص علاقات غير متوقعة فيما بينها (هورفاث ودونغ، 2008) [ 16 ].

الشبكات الموزونة ذات الكثافة الجوهرية

في نظرية الشبكات، تُمثل الشبكات الموزونة ذات الكثافة الجوهرية فئةً مميزةً من البنى المعقدة، تتميز باكتمال شبه كامل للروابط والأوزان المرتبطة بها، متجاوزةً بذلك القيود التقليدية لتكوينات الشبكات الأقل كثافة. على عكس الشبكات الأقل كثافة، حيث يشير غياب الروابط عادةً إلى انعدام التفاعل، تُظهر الشبكات ذات الكثافة الجوهرية ترابطًا شاملًا بين العقد، حيث ترتبط كل عقدة ارتباطًا وثيقًا بجميع العقد الأخرى. لا توجد في هذه الأنظمة حدود طبيعية واضحة لاتصال أي عقدة بأي من العقد الأخرى أو جميعها.

يؤكد مصطلح "الكثافة الجوهرية" أن الروابط داخل هذه الشبكات قد لا تمثل علاقات إيجابية فحسب، بل قد تشمل العشوائية أو حتى الارتباطات السلبية بناءً على أوزانها. على سبيل المثال، في الحالات التي تشير فيها أوزان الروابط إلى التشابه بين العقد، فإن الأوزان المنخفضة لا تدل فقط على انعدام التشابه، بل قد تشير إلى عدم التشابه أو وجود روابط سلبية كامنة. قدمت دراسة جورسوي وبادور (2021) [ 17 ] طرقًا لاستخراج هياكل أساسية مُوقّعة ذات دلالة ومتفرقة من هذه الشبكات، مُبرزةً أهميتها في الحفاظ على البنى المعقدة المتأصلة في الشبكات الموزونة ذات الكثافة الجوهرية عبر مجالات متنوعة، بما في ذلك شبكات الهجرة والتصويت والتواصل البشري والتعايش بين الأنواع. يُوسّع هذا النموذج الشبكي المتميز فهم الأنظمة المعقدة الملاحظة في المجالات الطبيعية والاجتماعية والتكنولوجية، مُقدمًا رؤى ثاقبة حول التفاعلات والعلاقات الدقيقة داخل هذه الشبكات المترابطة بكثافة.

برنامج لتحليل الشبكات الموزونة

توجد العديد من حزم البرامج التي يمكنها تحليل الشبكات الموزونة؛ انظر برامج تحليل الشبكات الاجتماعية . ومن بين هذه البرامج برنامج UCINET الاحتكاري وحزمة tnet مفتوحة المصدر. [ 18 ]

تُنفذ حزمة WGCNA R وظائف لإنشاء وتحليل الشبكات الموزونة، وخاصة شبكات الارتباط الموزونة. [ 10 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. Wasserman, S., Faust, K., 1994. Social Network Analysis: Methods and Applications. Cambridge University Press, New York, NY.
  2. ١ ٢ ٣ أ. بارات ، م. بارتيليمي ، ر. باستور-ساتوراس ، أ. فيسبيجاني (٢٠٠٤). " بنية الشبكات الموزونة المعقدة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . ١٠١ (١١): ٣٧٤٧-٣٧٥٢ . arXiv : cond-mat/0311416 . Bibcode : 2004PNAS..101.3747B . doi : 10.1073/pnas.0400087101 . PMC 374315. PMID 15007165 .  
  3. 1 2 3 هورفاث، س.، 2011. تحليل الشبكات الموزونة. تطبيقات في علم الجينوم وبيولوجيا الأنظمة. كتاب سبرينغر. ISBN 978-1-4419-8818-8.
  4. غرانوفيتر، م (1973). "قوة الروابط الضعيفة". المجلة الأمريكية لعلم الاجتماع . 78 (6): 1360-1380 . doi : 10.1086/225469 . S2CID 59578641 . 
  5. لوتشكوفيتش، جيه جيه؛ بورغاتي، إس بي؛ جونسون، جيه سي؛ إيفريت، إم جي (2003). "تحديد وقياس تشابه الأدوار الغذائية في الشبكات الغذائية باستخدام التكافؤ المنتظم". مجلة البيولوجيا النظرية . 220 (3): 303-321 . Bibcode : 2003JThBi.220..303L . CiteSeerX 10.1.1.118.3862 . doi : 10.1006/jtbi.2003.3147 . PMID 12468282 .  
  6. دي جيه واتس وستيفن ستروغاتز (يونيو 1998). "الديناميكيات الجماعية لشبكات 'العالم الصغير'" (ملف PDF) . مجلة نيتشر . 393 (6684): 440-442 . رمز Bibcode : 1998Natur.393..440W . doi : 10.1038/30918 . PMID: 9623998. S2CID : 4429113. مؤرشف من النسخة الأصلية (ملف PDF) بتاريخ 21 فبراير 2007.  
  7. توري أوبسال وفيتوريا كوليزا وبيترو بانزاراسا وخوسيه ج. راماسكو (2008). "البروز والتحكم: تأثير النادي الغني الموزون" . رسائل المراجعة الفيزيائية . 101 (16) 168702. arXiv : 0804.0417 . Bibcode : 2008PhRvL.101p8702O . doi : 10.1103/PhysRevLett.101.168702 . PMID 18999722. S2CID 29349737. مؤرشف من الأصل في 27 نوفمبر 2009. تم الاسترجاع في 17 سبتمبر 2009 .  
  8. "تفعيل قوة الروابط في الشبكات الاجتماعية" . 2009-02-06. مؤرشف من الأصل في 2009-08-24 . تم الاطلاع عليه في 2009-09-17 .
  9. 1 2 تشانغ، بين؛ هورفاث، ستيف (2005). "إطار عام لتحليل شبكة التعبير الجيني المشترك الموزون". التطبيقات الإحصائية في علم الوراثة والبيولوجيا الجزيئية . 4 : المقالة 17. doi : 10.2202 /1544-6115.1128 . PMID 16646834. S2CID 7756201 .  
  10. 1 2 لانغفيلدر، بيتر؛ هورفاث، ستيف (2008). "WGCNA: حزمة برمجية R لتحليل شبكات الارتباط الموزون" . BMC Bioinformatics . 9 : 559. doi : 10.1186/1471-2105-9-559 . PMC 2631488. PMID 19114008 .  أيقونة الوصول المفتوح
  11. نيومان، مارك إي جيه (2001). "شبكات التعاون العلمي: الجزء الثاني. أقصر المسارات، والشبكات الموزونة، والمركزية" ( ملف PDF) . مجلة Physical Review E. 64 ( 1) 016132. arXiv : cond-mat/0011144 . Bibcode : 2001PhRvE..64a6132N . doi : 10.1103/PhysRevE.64.016132 . PMID 11461356. S2CID 12985167. مؤرشف (PDF) من النسخة الأصلية بتاريخ 10 أكتوبر 2008. تم الاطلاع عليه بتاريخ 17 سبتمبر 2009 .  
  12. براندس، يو (2008). "حول متغيرات مركزية الوساطة لأقصر مسار وحسابها العام". الشبكات الاجتماعية . 30 (2): 136-145 . CiteSeerX 10.1.1.72.9610 . doi : 10.1016/j.socnet.2007.11.001 . 
  13. أوبسال، ت؛ أغنيسينس، ف؛ سكفوريتز، ج (2010). "مركزية العقدة في الشبكات الموزونة: تعميم الدرجة وأقصر المسارات" . الشبكات الاجتماعية . 32 (3): 245-251 . doi : 10.1016/j.socnet.2010.03.006 . مؤرشف من الأصل في 24 يونيو 2021. تم الاسترجاع في 17 يونيو 2021 .
  14. توري أوبسال ؛ بيترو بانزاراسا (2009). " التجميع في الشبكات الموزونة" . الشبكات الاجتماعية . 31 (2): 155-163 . CiteSeerX 10.1.1.180.9968 . doi : 10.1016/j.socnet.2009.02.002 . S2CID 8822670. مؤرشف من الأصل في 1 يوليو 2019. تم الاطلاع عليه في 17 سبتمبر 2009 .  
  15. دونغ جيه، هورفاث إس (2007) "فهم مفاهيم الشبكة في الوحدات". بي إم سي بيولوجيا الأنظمة 2007، يونيو 1:24أيقونة الوصول المفتوح
  16. دونغ، جون؛ هورفاث، ستيف (2008). ميانو، ساتورو (محرر). "التفسير الهندسي لتحليل شبكة التعبير الجيني المشترك" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 4 (8) e1000117. رمز Bibcode : 2008PLSCB...4E0117H . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000117 . PMC 2446438. PMID 18704157 .  أيقونة الوصول المفتوح
  17. غورسوي، فوركان؛ بادور، بيرتان (18-09-2021). "استخراج البنية الأساسية الموقعة للشبكات الموزونة الكثيفة جوهريًا". مجلة الشبكات المعقدة . 9 (5). arXiv : 2012.05216 . doi : 10.1093/comnet/cnab019 . ISSN 2051-1310 . 
  18. "tnet » Software" . توري أوبسال. ١٢ يونيو ٢٠١١. مؤرشف من الأصل في ١٥ يونيو ٢٠٢١. تم الاطلاع عليه في ١٧ يونيو ٢٠٢١ .