نطاق B3

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يُعد نطاق ربط الحمض النووي B3 (DBD) نطاقًا محفوظًا للغاية يوجد حصريًا في عوامل النسخ (≥40 نوعًا) ( Pfam PF02362 ) مُدمجًا مع نطاقات أخرى ( InterPro : IPR003340 ). يتكون من 100-120 حمضًا أمينيًا، ويشمل سبعة خيوط بيتا واثنين من حلزونات ألفا تُشكل طية بروتينية شبيهة بالبرميل لربط الحمض النووي ( SCOP 117343 )؛ ويتفاعل مع الأخدود الرئيسي للحمض النووي . [ 1 ] 

عائلات B3

في نبات رشاد أذن الفأر (Arabidopsis thaliana) ، توجد ثلاث عائلات رئيسية من عوامل النسخ التي تحتوي على نطاق B3: [ 2 ]

بروتينARF1- B3ABI3- B3RAV1- B3
بنية B3 مشتقة منالنموذج الجزيئي [ 1 ]النموذج الجزيئي [ 1 ]الرنين النووي المغناطيسي [ 1 ]
تسلسل التعرف B3TGTCTC [ 3 ] [ 4 ]CATGCA [ 5 ] [ 6 ]CACCTG [ 7 ]

PDB : 1WID ​[1 ] و PDB : 1YEL ​[8 ] هما البنيتان الوحيدتان المعروفتان في طور محلول الرنين المغناطيسي النووي لنطاق ربط الحمض النووي B3.

يمتلك النطاق الطرفي N لإنزيم القطع EcoRII ؛ والنطاق الطرفي C لإنزيم القطع BfiI بنية بروتينية شبيهة بالبرميل ترتبط بالحمض النووي . [ 9 ] [ 10 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 ياماساكي ك، كيغاوا ت، إينوي م، تاتينو م، ياماساكي ت، يابوكي ت، آوكي م، سيكي إي، ماتسودا ت، تومو ي، هايامي ن، تيرادا ت، شيروزو م، أوساناي ت، تاناكا أ، سيكي م، شينوزاكي ك، يوكوياما س (2004). "البنية الفراغية لنطاق ارتباط الحمض النووي B3 لعامل النسخ RAV1 المستجيب للبرد في نبات الأرابيدوبسيس" . خلية النبات . 16 (12): 3448-59 . Bibcode : 2004PlanC..16.3448Y . doi : 10.1105/tpc.104.026112 . PMC 535885. PMID 15548737 .  
  2. ↑ ريتشمان، جيه إل، هيرد، جيه، مارتن، جي، رويبر، إل، جيانغ، سي، كيدي، جيه، آدم، إل، بينيدا، أو، راتكليف، أو جيه، سماحة، آر آر، كريلمان، آر، بيلغريم، إم، براون، بي، تشانغ، جيه زد، غانديهاري، دي، شيرمان، بي كيه، يو، جي (2000). "عوامل النسخ في نبات الرشاد: ​​تحليل مقارن على مستوى الجينوم بين حقيقيات النوى". مجلة ساينس . 290 (5499): 2105-2110 . Bibcode : 2000Sci...290.2105R . doi : 10.1126/science.290.5499.2105 . PMID 11118137 . 
  3. ↑ أولماسوف تي، هاجن جي، جيلفويل تي جيه (1997). "ARF1، عامل نسخ يرتبط بعناصر الاستجابة للأوكسين". مجلة ساينس . 276 (5320): 1865-1868 . doi : 10.1126/science.276.5320.1865 . PMID 9188533 . 
  4. ↑ تيواري إس بي، هاجن جي، جيلفويل تي جيه (2003). "أدوار نطاقات عامل الاستجابة للأوكسين في النسخ المستجيب للأوكسين" . خلية النبات . 15 (2): 533-43 . Bibcode : 2003PlanC..15..533T . doi : 10.1105/tpc.008417 . PMC 141219. PMID 12566590 .  
  5. ↑ سوزوكي م، كاو سي واي، مكارتي دي آر (1997). "يتمتع نطاق B3 المحفوظ في بروتين VIVIPAROUS1 بنشاط ارتباط تعاوني بالحمض النووي" . خلية النبات . 9 (5): 799-807 . doi : 10.1105/tpc.9.5.799 . PMC 156957. PMID 9165754 .  
  6. ↑ إزكورا، آي.، ويكليف، ب.، نهلين، ل.، إليرستروم، م.، راسك، ل. (2000). "يتطلب التنشيط العابر لمُحفِّز نابين في نبات اللفت (Brassica napus) بواسطة ABI3 تفاعل نطاقي B2 وB3 المحفوظين في ABI3 مع عناصر تنظيمية مختلفة: يُحفِّز B2 التنشيط من خلال ABRE، بينما يتفاعل B3 مع صندوق RY/G". مجلة النبات . 24 (1): 57-66 . doi : 10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x . PMID 11029704 . 
  7. ↑ كاجايا واي، أوميا كيه، هاتوري تي (1999). "RAV1، بروتين جديد يرتبط بالحمض النووي، يرتبط بتسلسل التعرف الثنائي من خلال نطاقين متميزين لربط الحمض النووي موجودين حصريًا في النباتات العليا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 27 (2): 470-478 . doi : 10.1093 / nar/27.2.470 . PMC 148202. PMID 9862967 .  
  8. ↑ والتنر، جيه كيه؛ بيترسون، إف سي؛ ليتل، بي إل؛ فولكمان، بي إف (2005). "بنية نطاق B3 من بروتين At1g16640 في نبات رشاد أذن الفأر" . علوم البروتين . 14 (9): 2478-2483 . doi : 10.1110/ps.051606305 . PMC 2253459. PMID 16081658 .  
  9. ↑ Zhou XE, Wang Y, Reuter M, Mücke M, Krüger DH, Meehan EJ, Chen L (2004). "البنية البلورية لإنزيم القطع الداخلي EcoRII من النوع IIE تكشف عن آلية تثبيط ذاتي بواسطة طية ربط جديدة للمؤثر". مجلة البيولوجيا الجزيئية 335 (1): 307-319 . doi : 10.1016/j.jmb.2003.10.030 . PMID 14659759 . 
  10. ↑ غرازوليس إس، ماناكوفا إي، روسل إم، بوختلر إم، تامولايتين جي، هوبر آر، سيكسنيس في (2005). "بنية إنزيم التقييد BfiI غير المعتمد على المعادن تكشف عن اندماج نطاق ربط الحمض النووي المحدد مع نوكلياز غير محدد" (ملف PDF) . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 102 ( 44): 15797-1802 . Bibcode : 2005PNAS..10215797G . doi : 10.1073/pnas.0507949102 . PMC 1266039. PMID 16247004 .