النماذج الحيوية

📅 آخر تحديث: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة

BioModels هو مستودع مجاني ومفتوح المصدر لتخزين وتبادل واسترجاع النماذج الكمية ذات الأهمية البيولوجية التي تم إنشاؤها في عام 2006. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] تم وصف جميع النماذج في القسم المنسق من قاعدة بيانات BioModels في الأدبيات العلمية التي تمت مراجعتها من قبل النظراء .

تتوافق النماذج المخزنة في الفرع المُنسق لـ BioModels مع معيار MIRIAM ، وهو معيار تنسيق النماذج وشرحها. وقد قام المنسقون بمحاكاة هذه النماذج للتأكد من أنها تُعطي، عند تشغيلها في عمليات المحاكاة، نفس النتائج الموضحة في المنشور. كما تم شرح مكونات النموذج، مما يُمكّن المستخدمين من تحديد كل عنصر من عناصر النموذج بسهولة واسترجاع المزيد من المعلومات من مصادر أخرى.

يمكن للمصممين إرسال النماذج بصيغتي SBML و CellML . ويمكن تنزيل النماذج لاحقًا بصيغ SBML وVCML وXPP و SciLab و Octave و BioPAX و RDF/XML . تُعرض شبكات التفاعلات الخاصة بالنماذج في بعض الصيغ الرسومية، مثل PNG و SVG وتطبيق جافا رسومي ، حيث عُرضت بعض الشبكات وفقًا لترميز علم الأحياء النظمي الرسومي . كما يتوفر ملخص سهل القراءة لكل نموذج بصيغة PDF .

محتوى

خط أنابيب قاعدة بيانات النماذج الحيوية

يتألف مستودع النماذج الحيوية (BioModels) من عدة فروع. يستضيف الفرع المُنسق نماذج مُنسقة ومُفهرسة بدقة. أما الفرع غير المُنسق فيوفر نماذج لم تُنسق بعد، أو نماذج غير قابلة للتنسيق (مثل النماذج المكانية، ونماذج الحالة المستقرة، إلخ)، أو نماذج ضخمة جدًا بحيث يتعذر تنسيقها. ويمكن نقل النماذج غير المُنسقة لاحقًا إلى الفرع المُنسق. كما يستضيف المستودع نماذج تم إنشاؤها تلقائيًا من قواعد بيانات المسارات الحيوية.

جميع النماذج متاحة مجانًا بموجب ترخيص المشاع الإبداعي CC0 ، ويمكن الوصول إليها بسهولة عبر الموقع الإلكتروني أو خدمات الويب . [ 4 ] كما يمكن تنزيل أرشيفات جميع النماذج من خادم FTP الخاص بمعهد المعلوماتية الحيوية الأوروبي .

أعلنت منصة BioModels عن إصدارها الحادي والثلاثين في 26 يونيو 2017. [ 5 ] وهي توفر الآن 144,710 نموذجًا متاحًا للجمهور. يتضمن هذا العدد 1,640 نموذجًا منشورًا في الأدبيات العلمية، و143,070 نموذجًا تم إنشاؤها تلقائيًا من مصادر المسارات الحيوية. [ 6 ] وتشجع العديد من المجلات العلمية، بما في ذلك مجلة Molecular Systems Biology ، وجميع مجلات مكتبة العلوم العامة (PLS) ، وجميع مجلات BioMed Central، وجميع المجلات الصادرة عن الجمعية الملكية للكيمياء ، على إيداع النماذج في BioModels .

تطوير

تم تطوير برنامج BioModels بواسطة فريق BioModels.net في EMBL - EBI بالمملكة المتحدة، ومختبر Le Novère في معهد بابراهام بالمملكة المتحدة، وفريق SBML في معهد كاليفورنيا للتكنولوجيا بالولايات المتحدة الأمريكية. [ 7 ] في سبتمبر 2025، انتقل برنامج BioModels إلى كلية الطب بجامعة فلوريدا . [ 8 ]

التمويل

استفاد مشروع تطوير النماذج الحيوية من أموال مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي ، ومجلس أبحاث التكنولوجيا الحيوية والعلوم البيولوجية ، ومبادرة الأدوية المبتكرة ، والبرنامج الإطاري السابع (FP7) ، والمعهد الوطني للعلوم الطبية العامة ، ووكالة مشاريع البحوث الدفاعية المتقدمة (DARPA )، والمركز الوطني لموارد البحوث .

مراجع

  1. ↑ لو نوفير ن. ، بورنشتاين ب.، برويشر أ.، كورتو م.، دونيزيلي م.، داروري هـ.، لي ل.، سورو هـ.، شيلسترا م.، شابيرو ب.، سنوب ج.ل.، هوكا م. قاعدة بيانات النماذج الحيوية: قاعدة بيانات مركزية مجانية لنماذج حركية كمية منسقة ومنشورة للأنظمة الكيميائية الحيوية والخلوية. أبحاث الأحماض النووية (2006)، 34: D689-D691.
  2. ↑ لي، تشين؛ دونيزيلي، ماركو؛ رودريغيز، نيكولاس؛ داروري، هاريش؛ إندلر، لوكاس؛ تشيليا، فيجايالاكشمي؛ لي، لو؛ هي، إينو؛ هنري، أرنو؛ ستيفان، ميلاني الأولى؛ سنوب، جاكي إل؛ هوكا، مايكل؛ لو نوفير، نيكولاس ؛ لايب، كاميل (2010). "قاعدة بيانات النماذج الحيوية: مورد مُحسَّن ومنسق ومُعلَّق عليه لنماذج الحركية الكمية المنشورة" . مجلة BMC لعلم الأحياء النظمي . 4 (1): 92. doi : 10.1186/1752-0509-4-92 . PMC 2909940. PMID 20587024 .  
  3. ^ Chelliah V.، Juty N.، Ajmera I.، Raza A.، Dumousseau M.، Glont M.، Hucka M.، Jalowicki G.، Keating S.، Knight-Schrijver V.، Lloret-Villas A.، Natarajan K.، Pettit J.-B.، Rodriguez N.، Schubert M.، Wimalaratne S.، Zhou Y.، Hermjakob H.، Le Novère N.، Laibe C. BioModels: الذكرى السنوية العاشرة. أبحاث الأحماض النووية (2015) 43 (D1): D542-D548
  4. ↑ لي سي، كورتو إم، لو نوفير إن ، ولايب سي (2009) خدمات الويب BioModels.net، وهي مجموعة أدوات مجانية ومتكاملة لبرامج النمذجة الحاسوبية، Briefings in Bioinformatics، doi : 10.1093/bib/bbp056
  5. ↑ قاعدة بيانات النماذج الحيوية: هينكستون، 26 يونيو 2017
  6. ↑ كوماندو، أليكس. "منطقة بيو سيربونج" . تم الاسترجاع 18 مايو 2024 .
  7. ↑ ممولو ومتعاونو BioModels
  8. ↑ سترو، أوانا (22-09-2025). "انتقال مورد بيانات BioModels إلى جامعة فلوريدا" . المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية .