لغة سير العمل المشتركة

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

لغة سير العمل المشتركة ( CWL ) هي معيار لوصف سير عمل تحليل البيانات الحاسوبية. [ 1 ] ويركز تطوير CWL بشكل خاص على خدمة العلوم كثيفة البيانات، مثل المعلوماتية الحيوية ، [ 2 ] والتصوير الطبي ، وعلم الفلك ، والفيزياء ، والكيمياء .

معيار

يتمثل أحد الأهداف الرئيسية لـ CWL في السماح بإنشاء سير عمل قابل للنقل، وبالتالي يمكن تشغيله بشكل متكرر في بيئات حوسبة مختلفة. [ 3 ]

نشأت CWL من مناقشات جرت في عام 2014 بين بيتر أمستوتز ، وجون تشيلتون ، ونيبويشا تيجانيتش ، ومايكل ر. كروسو (في ذلك الوقت كانت انتماءاتهم على التوالي: جالاكسي ، وأرفادوس، وسيفن بريدجز، وجامعة ولاية ميشيغان ) في فعالية البرمجة BOSC 2014 التابعة لمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة .

يدعم CWL العديد من برامج ومنصات التحليل [ 4 ] مثل Apache Airflow (عبر CWL-Airflow [ 5 ] )، و Arvados ، و Rabix [ 6 ]، ومحرك سير عمل Cromwell ، وToil ، وREANA - Reusable Analyses ، و CWLEXEC لـ IBM Spectrum LSF ، وقد تم تحديده في عام 2017 كأحد الاتجاهات المستقبلية لتطوير خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية. [ 2 ] وتقوم العديد من بيئات التحليل الإضافية حاليًا بتطبيق دعم CWL، بما في ذلك Pegasus [ 7 ] و Galaxy [ 8 ] .

التوافر

مشروع CWL [ 9 ] هو مجموعة عمل متعددة الأطراف تضم منظمات وأفرادًا. وهو مشروع عضو في منظمة Software Freedom Conservancy ، وينشر معايير CWL مجانًا عبر مستودع GitHub الخاص به بموجب ترخيص Apache 2.0 المتساهل .

مراجع

  1. ↑ بيتر، أمستوتز؛ ر.، كروسو، مايكل؛ نيبويشا، تيجانيتش؛ براد، تشابمان؛ جون، تشيلتون؛ مايكل، هوير؛ أندريه، كارتاشوف؛ دان، لير؛ هيرفيه، ميناجيه (2016-07-08). "لغة سير العمل المشتركة، الإصدار 1.0" . فيجشير . doi : 10.6084/m9.figshare.3115156.v2 .{{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  2. 1 2 لايبزيغ، جيريمي (2017-05-01). "مراجعة لأطر عمل خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 18 (3): 530-536 . doi : 10.1093/bib/bbw020 . ISSN 1467-5463 . PMC 5429012. PMID 27013646 .   
  3. ↑ بيركل، جيفري م. (2019). "أنظمة سير العمل تحوّل البيانات الخام إلى معرفة علمية" . مجلة نيتشر . 573 (7772): 149-150 . Bibcode : 2019Natur.573..149P . doi : 10.1038/d41586-019-02619-z . ISSN 0028-0836 . PMID 31477884. S2CID 201713827 .   
  4. ↑ "تطبيقات لغة سير العمل المشتركة" . لغة سير العمل المشتركة (CWL) . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 أكتوبر 2021 .
  5. ↑ بارسكي، أرتيم؛ كارتاشوف، أندريه ف.؛ كوتليار، مايكل (2019-07-01). "CWL-Airflow: مدير خطوط أنابيب خفيف الوزن يدعم لغة سير العمل المشتركة" . GigaScience . 8 ( 7). doi : 10.1093/gigascience/giz084 . PMC 6639121. PMID 31321430 .  
  6. ^ كوشيك، جوراف. إيفكوفيتش، سينيسا؛ سيمونوفيتش، يانكو؛ تيجانيتش، نيبويشا؛ ديفيس دوسنبيري، براندي؛ كورال ، دنيز (يناير 2017). “Rabix: منفذ سير عمل مفتوح المصدر يدعم إعادة الحساب وقابلية التشغيل البيني لأوصاف سير العمل”. ندوة المحيط الهادئ حول الحوسبة الحيوية 2017 . وقائع ندوة المحيط الهادئ. المجلد. 22. الصفحات من 154 إلى 165. دوى : 10.1142/9789813207813_0016 . رقم ISBN   978-981-320-780-6. PMC 5166558 . PMID 27896971 .  
  7. ↑ "11.6. pegasus-cwl-converter — وثائق Pegasus WMS 5.0.1" . pegasus.isi.edu . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 أكتوبر 2021 .
  8. ↑ تشيلتون، جون؛ سورانزو، نيكولا. "تنفيذ مجموعة فرعية من لغة سير العمل المشتركة. بواسطة jmchilton · طلب سحب رقم 47 · common-workflow-language/galaxy" . جيت هاب . تم الاطلاع عليه في 10 أكتوبر 2021 .
  9. ↑ كروسو، مايكل ر.؛ أبيلن، سان؛ إيوسوب، ألكساندرو؛ أمستوتز، بيتر؛ تشيلتون، جون؛ تيجانيتش، نيبويشا؛ ميناجيه، هيرفيه؛ سويلاند-رييس، ستيان؛ جافريلوفيتش، بوغدان؛ غوبل، كارول؛ مجتمع لغة سير العمل المشتركة (2022). "الأساليب المضمنة: توحيد إعادة استخدام الحوسبة وقابلية النقل باستخدام لغة سير العمل المشتركة". اتصالات رابطة مكائن ​​الحوسبة . 65 : 54-63 . arXiv : 2105.07028 . doi : 10.1145/3486897 . S2CID 234742536 .