قاعدة بيانات النطاقات المحفوظة

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

قاعدة بيانات النطاقات المحفوظة ( CDD ) هي قاعدة بيانات تضم نماذج محاذاة تسلسل متعددة موثقة جيدًا ونماذج بحث مشتقة منها، وذلك للنطاقات القديمة والبروتينات كاملة الطول. [ 1 ] تتكون قاعدة البيانات من مصفوفات نقاط خاصة بكل موقع، وتُستخدم كمورد لتوصيف البروتينات، مثل تحديد النطاقات المحفوظة أو استنتاج المواقع الوظيفية. [ 2 ]

فلسفة

يمكن اعتبار النطاقات وحدات وظيفية و/أو بنيوية متميزة في البروتين. غالبًا ما يتطابق هذان التصنيفان، فما يُعتبر وحدة طي مستقلة في سلسلة عديد الببتيد يحمل أيضًا وظيفة محددة. تُعرَّف النطاقات عادةً بأنها وحدات متكررة (في التسلسل أو البنية)، والتي قد توجد في سياقات مختلفة. في التطور الجزيئي، ربما استُخدمت هذه النطاقات كعناصر بناء، وربما أُعيد تركيبها بترتيبات مختلفة لتعديل وظيفة البروتين. يُعرّف CDD النطاقات المحفوظة بأنها وحدات متكررة في التطور الجزيئي، ويمكن تحديد نطاقها من خلال تحليل التسلسل والبنية.

يهدف مشروع تنسيق النطاقات المحفوظة التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) إلى تزويد مستخدمي قواعد البيانات بفهم أعمق لكيفية ارتباط أنماط حفظ الأحماض الأمينية واختلافها في عائلة معينة بالخصائص الوظيفية، وتوفير روابط مفيدة لمعلومات أكثر تفصيلًا قد تساعد في فهم علاقات التسلسل/البنية/الوظيفة. ولتحقيق ذلك، يُدرج منسقو النطاقات المحفوظة الأنواع التالية من المعلومات لتكملة وإثراء عمليات محاذاة التسلسلات المتعددة التقليدية التي تُشكل أساس نماذج النطاقات: البنى ثلاثية الأبعاد والوحدات الأساسية المحفوظة، والخصائص/المواقع المحفوظة، والتنظيم التطوري، وروابط لموارد الأدبيات الإلكترونية.

محتوى

يتضمن محتوى قاعدة بيانات CDD نماذج نطاقات مُنسقة يدويًا من قِبل المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، بالإضافة إلى نماذج نطاقات مُستوردة من عدد من قواعد البيانات الخارجية ( Pfam ، SMART، COG، PRK، TIGRFAMs ). ما يُميز النطاقات المُنسقة من قِبل NCBI هو استخدامها لمعلومات البنية ثلاثية الأبعاد لتحديد حدود النطاقات بدقة، ومحاذاة الكتل، وتعديل تفاصيل المحاذاة، وتقديم رؤى حول علاقات التسلسل/البنية/الوظيفة. تُنظم النماذج المُنسقة يدويًا بشكل هرمي إذا كانت تصف عائلات نطاقات مُرتبطة بوضوح من خلال الأصل المشترك. ولتوفير عرض غير مُكرر للبيانات، تُصنف قاعدة بيانات CDD نماذج النطاقات المُتشابهة من مصادر مُختلفة في عائلات فائقة.

البحث في قاعدة البيانات

تُعدّ هذه المجموعة جزءًا من نظام Entrez للاستعلام والاسترجاع التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، وهي مرتبطة بالعديد من الموارد الأخرى. يوفر CDD شرحًا لبصمات النطاقات والمواقع الوظيفية المحفوظة على تسلسلات البروتينات. يمكن استرجاع شرح النطاقات المحسوب مسبقًا لتسلسلات البروتينات المُتتبعة في نظام Entrez التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية، كما يمكن الاستعلام عن مجموعة نماذج CDD باستخدام تسلسلات بروتينية جديدة عبر خدمة "CD-Search" . المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية بالولايات المتحدة.أو في* "بحث الأقراص المدمجة الدفعية" . المركز الوطني الأمريكي لمعلومات التكنولوجيا الحيوية.، مما يسمح بحساب وتنزيل التعليقات التوضيحية لمجموعات كبيرة من استعلامات البروتين.

مراجع

  1. 1 2 مارشلر-باور، أ.؛ تشنغ، س.؛ تشيتساز، ف.؛ ديربيشاير، م.ك.؛ جير، ل.ي.؛ جير، ر.س.؛ غونزاليس، ن.ر.؛ غوادز، م.؛ هورويتز، د.إ.؛ لانكزيكي، س.ج.؛ لو، ف.؛ لو، س.؛ مارشلر، ج.هـ.؛ سونغ، ج.س.؛ ثانكي، ن.؛ ياماشيتا، ر.أ.؛ تشانغ، د.؛ براينت، ش.هـ. (2012). "CDD: المجالات المحفوظة والبنية ثلاثية الأبعاد للبروتين" . أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D348– D352 . doi : 10.1093/nar/gks1243 . PMC 3531192. PMID 23197659 .  
  2. ↑ مارشلر-باور، آرون؛ لو، شينان؛ أندرسون، جون ب.؛ تشيتساز، فريدة؛ ديربيشاير، مايرا ك.؛ ديويز-سكوت، كارول؛ فونغ، جيسيكا هـ.؛ جير، لويس ي.؛ جير، ريناتا س.؛ غونزاليس، نورين ر.؛ غوادز، مارك؛ هورويتز، ديفيد إ.؛ جاكسون، جون د.؛ كي، تشاوكسي؛ لانكزيكي، كريستوفر ج. (2011-01-01). "CDD: قاعدة بيانات النطاقات المحفوظة للشرح الوظيفي للبروتينات" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (ملحق 1): D225– D229. doi : 10.1093/nar/gkq1189 . ISSN 0305-1048 . PMC 3013737 .