dcGO

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

dcGO هي قاعدة بيانات شاملة لعلم الوجود الخاص بمجالات البروتين. [ 1 ] وبصفتها موردًا لعلم الوجود، تدمج dcGO علم الوجود الحيوي المفتوح من سياقات متنوعة، بدءًا من المعلومات الوظيفية مثل علم الوجود الجيني، وصولًا إلى معلومات أخرى حول الإنزيمات والمسارات، ومن معلومات النمط الظاهري عبر الكائنات النموذجية الرئيسية إلى معلومات حول الأمراض البشرية والأدوية. وبصفتها موردًا لمجالات البروتين ، تتضمن dcGO شروحًا لكل من المجالات الفردية والمجالات الفائقة (أي تركيبات من مجالين متتاليين أو أكثر).

المفاهيم

يقوم نظام dcGO على مفهومين أساسيين. يتمثل المفهوم الأول في تصنيف نطاقات البروتين باستخدام علم الوجود، على سبيل المثال، علم وجود الجينات. ولذلك يُطلق عليه اسم dcGO، أي علم وجود الجينات المتمحور حول النطاق. أما المفهوم الثاني، فيتمثل في استخدام نطاقات البروتين المصنفة باستخدام علم الوجود لأغراضٍ مثل التنبؤ بوظائف البروتين. باختصار، يتناول المفهوم الأول كيفية إنشاء مورد dcGO، بينما يتناول المفهوم الثاني كيفية استخدام هذا المورد.

الجداول الزمنية

  • في عام 2010، نُشرت الخوارزمية التي تقف وراء dcGO في البداية كتحسين لقاعدة بيانات SUPERFAMILY . [ 2 ]
  • في عام 2011، احتلّ "متنبئ dcGO" المرتبة العاشرة في مسابقة CAFA لعام 2011 عند تطبيقه على علم الجينات . [ 3 ] [ 4 ] هذا المتنبئ هو طريقة قائمة على المجال فقط دون استخدام التعلّم الآلي.
  • في عام 2012، تم إصدار قاعدة البيانات رسميًا، ونُشرت في عدد خاص بقاعدة بيانات NAR.
  • في عام 2013، تم تحسين خادم الويب لدعم العديد من التحليلات باستخدام مورد dcGO.
  • في أوائل عام 2014، تم تقديم برنامج "dcGO Predictor" للتنبؤ بالوظائف والأنماط الظاهرية، وحصل على المرتبة الرابعة في التنبؤ بالنمط الظاهري CAFA.
  • في أواخر عام 2014، تم تطوير حزمة R مفتوحة المصدر dcGOR للمساعدة في تحليل الأنطولوجيات وشروح نطاقات البروتين.

خادم الويب

يتمثل الاستخدام الحديث لـ dcGO في بناء شبكة نطاقات من منظور وظيفي لإجراء مقارنات بين الأنطولوجيات المختلفة، [ 5 ] ودمجها مع شجرة حياة الأنواع (sTOL) لتوفير سياق تطوري للوظيفة والنمط الظاهري. [ 6 ]

برمجة

تم تطوير برنامج dcGOR مفتوح المصدر باستخدام لغة البرمجة R لتحليل الأنطولوجيات والتعليقات التوضيحية الخاصة بالمجال. [ 7 ] تشمل التحليلات المدعومة ما يلي:

  • سهولة الوصول إلى مجموعة واسعة من الأنطولوجيات وشروحها التي تركز على المجال؛
  • القدرة على بناء أنطولوجيات وشروح مخصصة؛
  • تحليل الإثراء القائم على المجال والتصور؛
  • بناء شبكة مجال (تشابه دلالي) وفقًا لتعليقات علم الوجود؛
  • تحليل الأهمية لتقدير شبكة الاتصال (الأهمية الإحصائية) باستخدام خوارزمية المشي العشوائي ؛
  • الحوسبة المتوازية عالية الأداء.

الوظائف قيد التطوير النشط هي:

  • خوارزمية وتطبيقات لإنشاء تعليقات توضيحية أنطولوجية تركز على المجال؛
  • التنبؤ بمصطلحات علم الوجود لهياكل نطاقات البروتين المدخلة؛
  • إعادة بناء الصفات المنفصلة للأجداد باستخدام أقصى احتمال/الاقتصاد.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ فانغ، هـ.؛ غوف، ج. (2012). "DcGO: قاعدة بيانات للأنطولوجيات المرتكزة على المجال حول الوظائف، والأنماط الظاهرية، والأمراض، والمزيد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D536– D544. doi : 10.1093/nar/gks1080 . PMC 3531119. PMID 23161684 .  
  2. ↑ دي ليما مورايس، د.أ.؛ فانغ، هـ.؛ راكهام، أ.ج.ل.؛ ويلسون، د.؛ بيثيكا، ر.؛ تشوثيا، س .؛ غوف، ج. (2010). "SUPERFAMILY 1.75 بما في ذلك طريقة علم الوجود الجيني المرتكزة على النطاق" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D427– D434 . doi : 10.1093/nar/gkq1130 . PMC 3013712. PMID 21062816 .  
  3. ↑ فانغ، هـ.؛ غوف، ج. (2013). "حلٌّ مُركَّز على النطاق لعلم الجينوم الوظيفي عبر مُتنبئ dcGO" . مجلة BMC للمعلوماتية الحيوية . 14 (ملحق 3): S9. doi : 10.1186/1471-2105-14-S3-S9 . PMC 3584936. PMID 23514627 .  
  4. ^ راديفوجاك، ص. كلارك، وت. أورون، TR؛ شنوس، صباحا؛ ويتكوب، T.؛ سوكولوف، أ. غرايم، ك.؛ فونك، سي. فيرسبور، ك. بن هور، أ. باندي، G.؛ يونس، JM. تالوالكار، AS؛ الريبو، S.؛ سوزا، ML؛ بيوفيسان، د.؛ كاساديو، ر. وانغ، Z .؛ تشنغ، J.؛ فانغ، ه.؛ غوف، J.؛ كوسكينين، P.؛ تورونن، ص. نوكسو-كويفيستو، ج.؛ هولم، L.؛ كوزيتو، د.؛ بوشان، DWA؛ برايسون، ك. جونز، دي تي؛ وآخرون . (2013). "تقييم واسع النطاق للتنبؤ بوظيفة البروتين الحسابية" . طرق الطبيعة . 10 (3): 221– 227. doi : 10.1038/nmeth.2340 . PMC 3584181 . PMID 23353650 .   
  5. ↑ فانغ، هـ؛ غوف، ج (2013). "مصفوفة المرض-الدواء-النمط الظاهري المستنتجة من خلال تتبع شبكة نطاق وظيفي". الأنظمة الحيوية الجزيئية . 9 (7): 1686-96 . doi : 10.1039/c3mb25495j . PMID 23462907 . 
  6. ↑ فانغ، هـ.؛ أوتس، م.إ.؛ بيثيكا، ر.ب.؛ غرينوود، ج.م.؛ سردار، أ.ج.؛ راكهام، أ.ج.ل.؛ دونوهيو، ب.س.ج.؛ ستاماتاكيس، أ.؛ دي ليما مورايس، د.أ.؛ غوف، ج. (2013). " شجرة حياة (متسلسلة) محدثة يوميًا كمرجع لأبحاث الجينوم" . التقارير العلمية . 3 : 2015. Bibcode : 2013NatSR...3E2015F . doi : 10.1038/srep02015 . PMC 6504836. PMID 23778980 .  
  7. ↑ فانغ، هـ (2014). "DcGOR: حزمة برمجية R لتحليل الأنطولوجيات وشروح نطاقات البروتين" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 10 (10) e1003929. Bibcode : 2014PLSCB..10E3929F . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003929 . PMC 4214615. PMID 25356683 .