مسبك أو بي أو

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

مؤسسة الأنطولوجيات البيولوجية والطبية الحيوية المفتوحة ( OBO ) هي مجموعة من الأشخاص الذين يعملون على بناء وصيانة الأنطولوجيات المتعلقة بعلوم الحياة . [ 1 ] تضع مؤسسة OBO مجموعة من المبادئ لتطوير الأنطولوجيات بهدف إنشاء مجموعة من الأنطولوجيات المرجعية القابلة للتشغيل البيني في المجال الطبي الحيوي. يوجد حاليًا أكثر من مئة أنطولوجيا تتبع مبادئ مؤسسة OBO .

تُسهّل مبادرة OBO Foundry دمج نتائج البحوث الطبية الحيوية وإجراء التحليلات في المعلوماتية الحيوية . وذلك من خلال توفير مرجع مُهيكل لمصطلحات مجالات البحث المختلفة وروابطها المتبادلة (مثال: النمط الظاهري في نموذج الفأر والنمط الظاهري المرتبط به في سمكة الزيبرا ). [ 2 ]

مقدمة

تهدف مبادرة "ذا فاوندري" إلى تحسين تكامل البيانات في علوم الحياة. يتمثل أحد أساليب التكامل في ترميز البيانات من مصادر مختلفة باستخدام مصطلحات موحدة . ومن الناحية المثالية، تتخذ هذه المصطلحات الموحدة شكل أنطولوجيات ، تدعم الاستدلال المنطقي على البيانات المُرمّزة باستخدام المصطلحات الموجودة في هذه المصطلحات.

يُعرف تدوين المفاهيم في المجال الطبي الحيوي بشكل خاص من خلال عمل اتحاد علم الجينات ، وهو جزء من مؤسسة OBO. وقد أدى ذلك إلى تطوير بعض المبادئ المقترحة لأفضل الممارسات في تطوير علم الوجود، والتي يجري تطبيقها حاليًا ضمن إطار اتحاد علم الوجود الطبي الحيوي المفتوح من خلال مبادرة مؤسسة OBO. تُشكل علم الوجود OBO جزءًا من موارد المركز الوطني لعلم الوجود الطبي الحيوي ، حيث تُعدّ عنصرًا أساسيًا في بوابة BioPortal التابعة للمركز.

علم الوجود البيولوجي والطبي الحيوي المفتوح

تُعدّ الأنطولوجيات البيولوجية والطبية الحيوية المفتوحة (OBO؛ المعروفة سابقًا باسم الأنطولوجيات الطبية الحيوية المفتوحة) جهدًا لإنشاء أنطولوجيات ( مفردات مضبوطة ) لاستخدامها في المجالات البيولوجية والطبية. وقد أسست مجموعة فرعية من أنطولوجيات OBO الأصلية مؤسسة OBO Foundry، التي تقود جهود OBO منذ عام 2007. [ 1 ]

استُلهم إنشاء OBO في عام 2001 بشكل كبير من جهود مشروع علم الجينات . [ 3 ] يُعدّ OBO جزءًا من موارد المركز الوطني الأمريكي لعلم الوجود الحيوي الطبي (NCBIO)، وعنصرًا أساسيًا في بوابة BioPortal التابعة له. وهي مبادرة تقودها مؤسسة OBO.

قواعد المشاركة

تُرحب مؤسسة OBO Foundry بمشاركة جميع الأفراد المهتمين. يجب على الأنطولوجيات التي ترغب في الانضمام رسميًا إلى OBO Foundry الالتزام بمبادئ OBO واجتياز سلسلة من المراجعات التي يُجريها الأعضاء، حيث يعمل منسقو المؤسسة كهيئة تحريرية مماثلة للمجلات العلمية. [ 1 ] توجد أنطولوجيات تتبع مبادئ OBO ولكنها ليست جزءًا رسميًا منها، مثل أنطولوجيا تطبيقات الكواشف في eagle-i . [ 4 ] وأنطولوجيا الحيوانات في سياقها. [ 5 ]

تم اقتراح دمج نظرية الصلابة الخاصة بـ OntoClean في OBO كخطوة نحو توحيد معايير الأنطولوجيات المرشحة. من شأن هذا الدمج أن يُسهّل تطوير برامج للتحقق التلقائي من المرشحين. [ 6 ]

أدوات

يُكرّس مجتمع OBO Foundry جهوده لتطوير أدوات تُسهّل إنشاء وصيانة الأنطولوجيات. يستخدم معظم مطوري الأنطولوجيات في OBO محرر الأنطولوجيا Protégé ولغة الأنطولوجيا على الويب (OWL) لبناء الأنطولوجيات. ولتسهيل إدارة الأنطولوجيات عبر سطر الأوامر بتنسيق متوافق مع Protégé وOWL، طوّر OBO Foundry أداة ROBOT (أداة OBO). تجمع ROBOT وظائف للمهام الروتينية في تطوير الأنطولوجيات، وهي مفتوحة المصدر ، ويمكن استخدامها إما عبر سطر الأوامر أو كمكتبة لأي لغة على آلة جافا الافتراضية . [ 7 ]

من الأدوات الأخرى المرتبطة بمشروع OBO برنامج OBO-Edit ، [ 8 ] وهو محرر ومُحلل أنطولوجي ممول من قبل اتحاد جين أنطولوجي . كما توجد إضافات لبرنامج OBO-Edit تُسهّل تطوير الأنطولوجيات، مثل مُولّد الأنطولوجيا شبه الآلي DOG4DAG. [ 9 ]

تنسيق ملف OBO

يُعد تنسيق ملف OBO لغةً موجهة نحو علم الأحياء لبناء الأنطولوجيات. وهو يستند إلى مبادئ لغة الأنطولوجيا على الويب (OWL) .

كجهد مجتمعي، تم إنشاء خرائط مشتركة قياسية لتحويلات ذهاب وإياب غير ضائعة بين تنسيق Open Biomedical Ontologies (OBO) ولغة OWL. [ 10 ] [ 11 ] يتضمن البحث دراسة منهجية لكل بنية من بنى OBO وهيكلًا متعدد الطبقات لـ OBO، على غرار حزمة الويب الدلالي. [ 12 ]

أنطولوجيات مؤسسة OBO

تألفت المجموعة الأولية من أنطولوجيات مؤسسة OBO من أنطولوجيات ناضجة (مثل أنطولوجيا الجينات ، GO، والنموذج التأسيسي للتشريح ، FMAO)، ومن دمج أنطولوجيات موجودة مسبقًا (مثل: أنطولوجيا الخلايا، [ 13 ] CL، المُشكّلة من أنطولوجيات متخصصة مختلفة، [ 14 ] [ 15 ] والأجزاء ذات الصلة في GO وFMAO)، ومن تطوير أنطولوجيات جديدة بناءً على مبادئها. [ 16 ]

تضمنت المجموعة الأصلية من الأنطولوجيات أيضًا أنطولوجيا تشريح سمكة الزيبرا [ 17 ] (جزء من شبكة معلومات سمكة الزيبرا )، وأنطولوجيا CheBI ، وأنطولوجيا الأمراض ، وأنطولوجيا النبات ، وأنطولوجيا التسلسل ، وأنطولوجيا التحقيقات الطبية الحيوية ، وأنطولوجيا البروتين . [ 16 ]

لقد ازداد عدد الأنطولوجيات في OBO إلى مئات، وهي مجمعة في قائمة أنطولوجيات OBO Foundry .

OBO Foundry و Wikidata

تم دمج عدد من أنطولوجيات OBO Foundry المختلفة في مخطط المعرفة الخاص بـ Wikidata . [ 18 ] [ 19 ] وقد أدى ذلك إلى دمج أنطولوجيات OBO المهيكلة مع بيانات من قواعد بيانات أخرى غير تابعة لـ OBO. على سبيل المثال، مكّن دمج أنطولوجيا الأمراض البشرية [ 20 ] في Wikidata من ربطها بوصف سلالات الخلايا من مورد Cellosaurus . [ 21 ] كان أحد أهداف دمج OBO Foundry في Wikidata هو تذليل العقبات أمام غير المتخصصين في الأنطولوجيا للمساهمة في الأنطولوجيات واستخدامها. من الممكن القول إن Wikidata أسهل فهمًا واستخدامًا من نماذج الأنطولوجيا التقليدية (التي تتطلب مستوى عالٍ من الخبرة المتخصصة). [ 22 ]

مبادئ

ملخص مبادئ مؤسسة OBO [ 23 ] لتطوير أنطولوجيا علوم الحياة المتوافقة مع OBO :

الانفتاح

تُتاح الأنطولوجيات بشكل مفتوح، ويجب نشرها إما بموجب ترخيص CC BY 3.0 أو بموجب الملكية العامة ( CC0 ). [ 24 ] وقد مكّنت انفتاحية الأنطولوجيات، على سبيل المثال، من استيراد المصطلحات من أنطولوجيا الجينات (إحدى الأنطولوجيات التي تتبع مبادئ OBO) إلى مشروع ويكي بيانات . [ 25 ]

التنسيق الشائع

يجب أن تكون الأنطولوجيات متاحة بلغة رسمية مشتركة . عمليًا، يعني هذا أن الأنطولوجيات التي تُعد جزءًا من منصة OBO تحتاج إلى وصف العناصر باستخدام تنسيقات OWL/ OWL2 أو OBO باستخدام صيغة RDF/XML لتحقيق أقصى قدر من التوافق. [ 26 ]

التعامد

ربط معرفات OBO بمعرفات الموارد الموحدة (URIs) الخاصة بـ OBO، وهي فريدة لكل عنصر. [ 10 ]

ينبغي أن تكون المصطلحات فريدة في فضاء OBO، بمعنى أن لكل عنصر بادئة أنطولوجية فريدة (مثل CHEBI و GO و PRO ) ومعرّف رقمي محلي ضمن الأنطولوجيا. [ 27 ] وقد تم اختيار المعرّف الرقمي لتحسين صيانة الموارد وتطويرها. [ 28 ] للمشاركة في OBO Foundry، يجب أن تكون الأنطولوجيات متعامدة، وأن تكون المفاهيم التي تُمثلها فريدة ضمن OBO، بحيث يكون لكل مفهوم معرّف موارد موحد (URI) واحد. وبالتالي، يتعين على الأنطولوجيات الجديدة إعادة استخدام العمل المنجز في جهود أخرى. [ 28 ]

على الرغم من مثالية تفرد المصطلحات وقابلية التشغيل البيني، إلا أن تطبيق ذلك عمليًا صعب، مما يؤدي إلى تكرار المصطلحات. علاوة على ذلك، لا تعيد بعض الأنطولوجيات استخدام المصطلحات، أو حتى تعيد استخدامها بشكل غير مناسب. [ 29 ]

التحكم في الإصدارات

تتطور الأنطولوجيات بمرور الوقت، حيث تُحسّن المفاهيم والأوصاف وفقًا للتطورات في المعرفة المتعلقة بمجالاتها المحددة. [ 30 ] ولضمان تحديث الإصدارات الجديدة، مع استمرار عمل الأدوات التي تستخدم الإصدارات القديمة من الأنطولوجيات، يفرض مشروع الأنطولوجيات القائم على البيانات (OBO) نظامًا لترقيم الإصدارات ، حيث يحصل كل إصدار من الأنطولوجيا على مُعرّف فريد، إما بصيغة تاريخ أو نظام ترقيم، بالإضافة إلى مخططات البيانات الوصفية (DAGs). [ 31 ]

نِطَاق

ينبغي أن يكون للأنطولوجيات نطاق محدد بوضوح (المجال الذي تنوي تغطيته). [ 32 ]

تتضمن تعريفات نصية

ينبغي أن تتضمن الأنطولوجيات تعريفات نصية لكل عنصر، بطريقة يسهل على الإنسان قراءتها . وهذا يعني أنه إلى جانب التعريف الأبجدي الرقمي لكل عنصر، ينبغي وصفه بلغة طبيعية من خلال تأكيدات منطقية تتبع المنطق الأرسطي بطريقة فريدة ضمن الأنطولوجيا. [ 33 ]

العلاقات المعيارية وعلم الوجود العلائقي (RO)

ينبغي أن تستخدم الأنطولوجيات العلاقات بين العناصر من أنطولوجيا العلاقات (RO) . وهذا يضمن إمكانية دمج الأنطولوجيات المختلفة بسلاسة، وهو أمر بالغ الأهمية للاستدلال المنطقي . [ 34 ]

يُعدّ علم العلاقات الأنطولوجي (RO) أنطولوجيا مصممة لتمثيل العلاقات بين مختلف المفاهيم الطبية الحيوية. [ 35 ] وهو يصف بدقة علاقات مثل "جزء من" و"موجود في" و"مسبوق بـ" التي يُعاد استخدامها في العديد من أنطولوجيات OBO Foundry.

الوثائق

يجب توثيق أنطولوجيات OBO بشكل شامل. ويتم ذلك عادةً عبر مستودعات GitHub لكل أنطولوجيا محددة (انظر قائمة أنطولوجيات OBO Foundry ). [ 36 ]

تعدد المستخدمين

ينبغي أن تكون الأنطولوجيات مفيدة لفئات متعددة من المستخدمين، وعلى مطوريها توثيق أدلة استخدامها. يُعد هذا المعيار مهمًا لعملية المراجعة. تشمل أمثلة الاستخدام الربط بالمصطلحات من خلال أنطولوجيات أخرى، والاستخدام في مشاريع الويب الدلالي ، والاستخدام في الشروح أو تطبيقات البحث الأخرى. [ 37 ]

الانفتاح على التعاون

ينبغي تطوير الأنطولوجيات بطريقة تسمح بالتعاون مع أعضاء آخرين في مؤسسة OBO Foundry. [ 38 ]

مركز السلطة

ينبغي أن يكون لكل أنطولوجيا شخص واحد مسؤول عنها، يتولى مهمة التوسط في التفاعل مع المجتمع. [ 39 ]

اصطلاحات التسمية

تهدف اصطلاحات التسمية في أنطولوجيات OBO إلى جعل المسميات الأساسية واضحة وفريدة داخل الأنطولوجيا (ويُفضّل أن تكون كذلك داخل OBO). يجب كتابة المسميات والمترادفات باللغة الإنجليزية، مع تجنب استخدام الشرطات السفلية ونمط كتابة الأحرف الكبيرة والصغيرة (Camel Case ). [ 40 ] تفتقر OBO إلى آلية لدعم اللغات المتعددة، على عكس ويكي بيانات ، التي تسمح باستخدام المسميات في أنظمة مختلفة. يعتمد نظام التسمية في OBO على سلسلة من الدراسات الاستقصائية لفهرسة اصطلاحات التسمية في الأنطولوجيات الحالية، بالإضافة إلى اكتشاف المشكلات المتعلقة بهذه الاصطلاحات. [ 41 ]

صيانة

ينبغي تحديث الأنطولوجيات بما يتناسب مع التغيرات في الإجماع العلمي . ويُعرّف معهد OBO الإجماع العلمي بأنه "توصل منشورات متعددة صادرة عن مختبرات مستقلة على مدار عام إلى نفس النتيجة، مع عدم وجود آراء مخالفة أو وجود آراء مخالفة محدودة (أقل من 10%) منشورة خلال نفس الفترة الزمنية". [ 42 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 سميث ب، آشبرنر م، روس س، بارد ج، باج و، سيسترز و، وآخرون  . (نوفمبر 2007). "مؤسسة OBO: التطور المنسق للأنطولوجيات لدعم تكامل البيانات الطبية الحيوية" . مجلة Nature Biotechnology . 25 (11): 1251-1255 . doi : 10.1038/nbt1346 . PMC 2814061. PMID 17989687 .  
  2. ↑ مونغال، كريستوفر جيه؛ غكوتوس، جورجيوس في؛ سميث، سينثيا إل؛ هاندل، ميليسا إيه ؛ لويس، سوزانا إي؛ أشبورنر، مايكل (2010). "دمج تصنيفات الأنماط الظاهرية عبر أنواع متعددة" . علم الأحياء الجينومي . 11 (1): R2. doi : 10.1186 / gb-2010-11-1-r2 . ISSN 1465-6906 . PMC 2847714. PMID 20064205 .   
  3. ↑ شيموياما، ماري؛ دوينيل، ميليندا؛ جاكوب، هوارد (5 أغسطس/آب 2009). "أنطولوجيات متعددة لدمج مجموعات بيانات الأنماط الظاهرية المعقدة". Nature Precedings . doi : 10.1038/npre.2009.3554 (غير نشط في 1 يوليو/تموز 2025). ISSN 1756-0357 . {{cite journal}}: صيانة CS1: تم تعطيل DOI اعتبارًا من يوليو 2025 ( رابط )
  4. ↑ براش إم إتش، فاسيلفسكي إن، تورنياي سي، جونسون تي، شافير سي، هاندل إم (2011). "تطوير أنطولوجيا لتطبيقات الكواشف ضمن إطار عمل OBO Foundry" . وقائع ورشة عمل CEUR . 833 : 234-236 .
  5. ↑ سانتاماريا إس إل (2012). تطوير علم الوجود الخاص بالحيوانات في السياق (ملف PDF) . وقائع المؤتمر الدولي لعلم الوجود الطبي الحيوي. غراتس.
  6. ↑ سيد، باتريس، وستيوارت سي. شابيرو. (2011). تطبيق الصرامة على توحيد أنطولوجيات المرشحين لمؤسسة OBO (ملف PDF) . وقائع المؤتمر الدولي حول الأنطولوجيا الطبية الحيوية (CEUR 993).{{cite conference}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  7. ↑ جاكسون آر سي، بالهوف جيه بي، دوغلاس إي، هاريس إن إل، مونغال سي جيه، أوفرتون جيه إيه (يوليو 2019). " روبوت: أداة لأتمتة سير عمل الأنطولوجيا" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 20 (1) 407. doi : 10.1186/s12859-019-3002-3 . PMC 6664714. PMID 31357927 .  
  8. ↑ داي-ريشتر ج، هاريس إم إيه، هاندل إم، لويس إس (أغسطس 2007). "OBO-Edit - محرر أنطولوجي لعلماء الأحياء" . المعلوماتية الحيوية . 23 (16): 2198-2200 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm112 . PMID 17545183 . 
  9. ↑ واختر تي، شرودر إم (يونيو 2010). " توليد الأنطولوجيا شبه الآلي ضمن OBO-Edit" . المعلوماتية الحيوية . 26 (12): i88-96. doi : 10.1093/bioinformatics/btq188 . PMC 2881373. PMID 20529942 .  
  10. 1 2 تيرميزي، سيد؛ أيتكن، ستيوارت؛ موريرا، ديلفان أ؛ مونغال، كريس؛ سيكيدا، خوان؛ شاه، نيغام هـ؛ ميرانكر، دانيال ب (2011). "الربط بين لغتي الأنطولوجيا OBO وOWL" . مجلة علم الدلالة الطبية الحيوية . 2 (ملحق 1): S3. doi : 10.1186/2041-1480-2-s1- s3 . ISSN 2041-1480 . PMC 3105495. PMID 21388572 .   
  11. ↑ غولبريتش، كريستين؛ هوريدج، ماثيو؛ هوروكس، إيان؛ موتيك، بوريس؛ شيرر، روب (2007)، "OBO وOWL: الاستفادة من تقنيات الويب الدلالي لعلوم الحياة"، الويب الدلالي ، سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب، المجلد 4825، سبرينغر برلين هايدلبرغ، الصفحات 169-182 ، Bibcode : 2007LNCS.4825..169G ، doi : 10.1007/978-3-540-76298-0_13 ، ISBN   978-3-540-76297-3
  12. ^ أنتيزانا، إي. إيجانا، م.؛ دي بيتس، ب. كويبر، م.؛ ميرونوف، ف. (2008). "ONTO-PERL: واجهة برمجة التطبيقات لدعم تطوير وتحليل الأنطولوجيات الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 24 (6): 885-887 . دوى : 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / btn042 . بميد 18245124 . 
  13. ↑ ديل، ألكسندر د.؛ ميهان، تيرينس ف.؛ برادفورد، إيفون م.؛ براش، ماثيو هـ.؛ داهدول، واسيلة م.؛ دوغال، ديفيد س.؛ هي، يونغكون؛ أوسومي-ساذرلاند، ديفيد؛ روتنبرغ، آلان؛ سارنتيفيجاي، سيرارات؛ فان سلايك، سيري إي. (2016-07-04). "علم وجود الخلية 2016: محتوى مُحسَّن، ونمطية، وقابلية التشغيل البيني لعلم الوجود" . مجلة الدلالات الطبية الحيوية . 7 (1): 44. doi : 10.1186/s13326-016-0088-7 . ISSN 2041-1480 . PMC 4932724. PMID 27377652 .   
  14. ↑ بارد، جوناثان؛ ري، سيونغ واي؛ آشبرنر، مايكل (14 يناير 2005). "أنطولوجيا لأنواع الخلايا" . علم الأحياء الجينومي . 6 (2): R21. doi : 10.1186 / gb-2005-6-2-r21 . ISSN 1474-760X . PMC 551541. PMID 15693950 .   
  15. ↑ كيلسو، ج. (12 مايو 2003). " eVOC: مفردات موحدة لتوحيد بيانات التعبير الجيني" . أبحاث الجينوم . 13 (6): 1222-1230 . doi : 10.1101/gr.985203 . ISSN 1088-9051 . PMC 403650. PMID 12799354 .   
  16. 1 2 سميث، باري؛ آشبرنر، مايكل؛ روس، كورنيليوس؛ بارد، جوناثان؛ باج، ويليام؛ سيوسترز، فيرنر؛ غولدبيرغ، لويس جيه؛ إيلبيك، كارين؛ أيرلندا، أميليا؛ مونغال، كريستوفر جيه؛ ليونتيس، نيوكليس (نوفمبر 2007). "مؤسسة OBO: التطور المنسق للأنطولوجيات لدعم تكامل البيانات الطبية الحيوية" . مجلة Nature Biotechnology . 25 (11): 1251-1255 . doi : 10.1038/nbt1346 . ISSN 1087-0156 . PMC 2814061. PMID 17989687 .   
  17. ↑ فان سلايك، سيري إي.؛ برادفورد، إيفون إم.؛ ويسترفيلد، مونتي؛ هاندل، ميليسا أ. (25 فبراير 2014). "تشريح سمكة الزيبرا وتصنيف مراحل نموها: تمثيل تشريح وتطور سمكة الزيبرا (Danio rerio)" . مجلة علم الدلالة الطبية الحيوية . 5 (1): 12. doi : 10.1186/2041-1480-5-12 . ISSN 2041-1480 . PMC 3944782. PMID 24568621 .   
  18. ↑ واغميستر، أندرا؛ ستوب، غريغوري؛ بورغستالر-مولباخر، سيباستيان؛ غود، بنجامين م؛ غريفيث، مالاشي؛ غريفيث، أوبي ل؛ هانسبرز، كريستينا؛ هيرمياكوب، هينينغ؛ هدسون، توبي س؛ هايبسك، كيفن؛ كيتينغ، سارة م (2020-03-17). رودجرز، بيتر؛ مونغال، كريس (محرران). "ويكي بيانات كخط بياني معرفي لعلوم الحياة" . إي لايف . 9 e52614 . doi : 10.7554/eLife.52614 . ISSN 2050-084X . PMC 7077981. PMID 32180547 .   
  19. ↑ تركي، حسام الدين؛ شافي، توماس. الحاج الطيب، محمد علي؛ بن عويشة، محمد؛ فرانديتشيتش، ديني؛ داس، ديبتانشو؛ حمدي، حلمي (2019-11-01). "ويكي بيانات: قاعدة بيانات طبية وجودية تعاونية واسعة النطاق" . مجلة المعلوماتية الطبية الحيوية . 99 103292. دوى : 10.1016/j.jbi.2019.103292 . ردمك 1532-0464 . بميد 31557529 .  
  20. ↑ شريمل، لين م.؛ ميتراكا، إلفيرا؛ مونرو، جيمس؛ تاوبر، بيكي؛ شور، مايك؛ نيكل، لانس؛ فيليكس، فيكتور؛ جينغ، ليندا؛ بيرر، سينثيا؛ ليختنشتاين، ريتشارد؛ بيسوردي، كاثرين (2019-01-08). "تحديث علم أمراض الإنسان 2018: التصنيف، والمحتوى، وتوسيع سير العمل" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 47 (D1): D955– D962 . doi : 10.1093/nar/gky1032 . ISSN 0305-1048 . PMC 6323977. PMID 30407550 .   
  21. ↑ "HeLa" . www.wikidata.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 4 مايو 2020 .
  22. ^ جاكوبسن ، أنيكا. واجميستر، أندرا؛ كاليابيرومال، راجارام؛ ستوب، غريغوري S.؛ م. شريمل، لين؛ طومسون، مارك. أنا سو، أندرو؛ روس ، ماركو (2018/12/04). "ويكي بيانات كمورد بديهي نحو نمذجة البيانات الدلالية في FAIRification البيانات" . فيجشير . دوى : 10.6084/m9.figshare.7415282.v2 .
  23. ↑ "نظرة عامة" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  24. ↑ "مفتوح (المبدأ 1)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  25. ^ بورغستالر-موهلباكر إس، واجميستر أ، ميتراكا إي، تيرنر جيه، بوتمان تي، ليونج جيه، وآخرون . (2016/01/01). "ويكي بيانات كإطار دلالي لمبادرة جين ويكي" . قاعدة البيانات . 2016 باو015. دوى : 10.1093/قاعدة البيانات/baw015 . بمك 4795929 . بميد 26989148 .   
  26. ↑ "التنسيق الشائع (المبدأ 2)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  27. ↑ "مساحة المعرف/URI (المبدأ 3)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  28. 1 2 كورتو م، مونغال س، برينكمان ر ر، روتنبرغ أ (2010). بناء مصنع OBO - سياسة واحدة في كل مرة . وقائع CEURS: المؤتمر الدولي حول الأنطولوجيا الطبية الحيوية.
  29. ↑ غزفينيان أ، نوي ن ف، موسين م أ (مايو 2011). "ما مدى تعامد أنطولوجيات مؤسسة OBO؟" . مجلة علم الدلالة الطبية الحيوية . 2 (ملحق 2) S2. doi : 10.1186 / 2041-1480-2-s2-s2 . PMC 3102891. PMID 21624157 .  
  30. ↑ غروس، أنيكا؛ بروسكي، سيدريك؛ رام، إرهارد (2016). "تطور الأنطولوجيات والخرائط الطبية الحيوية: نظرة عامة على المناهج الحديثة" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 14 : 333-340 . doi : 10.1016/j.csbj.2016.08.002 . ISSN 2001-0370 . PMC 5018063. PMID 27642503 .   
  31. ↑ "الترقيم (المبدأ 4)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  32. ↑ "النطاق (المبدأ 5)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  33. ↑ "التعريفات النصية (المبدأ 6)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  34. ↑ "العلاقات (المبدأ 7)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  35. ↑ سميث، باري؛ سيوسترز، فيرنر؛ كلاغز، بيرت؛ كولر، جاكوب؛ كومار، أناند؛ لوماكس، جين؛ مونغال، كريس؛ نويهاوس، فابيان؛ ريكتور، آلان ل؛ روس، كورنيليوس (2005). "العلاقات في الأنطولوجيات الطبية الحيوية" . علم الأحياء الجينومي . 6 (5): R46. doi : 10.1186 / gb-2005-6-5-r46 . PMC 1175958. PMID 15892874 .  
  36. ↑ "التوثيق (المبدأ 8)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  37. ↑ "التعددية الموثقة للمستخدمين (المبدأ 9)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  38. ↑ "الالتزام بالتعاون (المبدأ 10)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  39. ↑ "موقع السلطة (المبدأ 11)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  40. ↑ "اتفاقيات التسمية (المبدأ 12)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .
  41. ↑ شوبر، دانيال؛ سميث، باري؛ لويس، سوزانا إي؛ كوسنيرتشيك، واكلاف؛ لوماكس، جين؛ مونغال، كريس؛ تايلور، كريس إف؛ روكا-سيرا، فيليب؛ سانسون، سوزانا-أسونتا (2009). "اتفاقيات التسمية القائمة على الاستبيان لاستخدامها في تطوير أنطولوجيا OBO Foundry" . BMC Bioinformatics . 10 (1): 125. doi : 10.1186/1471-2105-10-125 . ISSN 1471-2105 . PMC 2684543. PMID 19397794 .   
  42. ↑ "الصيانة (المبدأ 16)" . obofoundry.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-02-06 .