التصنيف التطوري لمجالات البروتين

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

التصنيف التطوري لنطاقات البروتين ( ECOD ) هو قاعدة بيانات بيولوجية تصنف نطاقات البروتين المتاحة من بنك بيانات البروتين . ويسعى ECOD إلى تحديد العلاقات التطورية بين البروتينات.

على غرار Pfam و CATH و SCOP ، يجمع ECOD نطاقات البروتينات بدلاً من البروتينات الكاملة. ومع ذلك، يركز ECOD بشكل أكبر على العلاقات التطورية: فبدلاً من تجميع البروتينات حسب طياتها ، والتي قد تمثل ببساطة تطورًا تقاربيًا ، يجمع ECOD البروتينات حسب التشابه القابل للإثبات ، ثم حسب البنية الطوبولوجية التفصيلية وعائلات البروتينات [ 1 ].

تستخدم قاعدة البيانات تسلسلاً هرمياً من خمسة مستويات لتصنيف نطاقات البروتين بدءاً من الأشكال العامة وصولاً إلى العائلات المحددة:

  • (أ) الهندسة المعمارية: أعلى مستوى، حيث يتم تجميع المجالات من خلال تركيبات البنية الثانوية المتشابهة والترتيبات الهندسية (على سبيل المثال، حزم ألفا أو شطائر بيتا).
  • (X) التشابه المحتمل: تجمع المجالات التي تشترك في التشابه الهيكلي حيث يُشتبه في التشابه ولكن لم يتم إثباته بشكل قاطع بعد.
  • (ح) التماثل: المستوى الأساسي لقاعدة البيانات، حيث يتم تجميع المجالات التي تحتوي على أدلة قوية على الأصل المشترك بناءً على درجات التسلسل والبنية والتشابه الوظيفي.
  • (T) الطوبولوجيا: تجمع النطاقات ذات الروابط الطوبولوجية المتشابهة. يقر هذا المستوى بأن البروتينات المتماثلة قد تتطور أحيانًا إلى طيات مختلفة.
  • (F) العائلة: المستوى الأكثر تحديدًا، حيث يتم تجميع المجالات ذات التشابه الكبير في التسلسل، وغالبًا ما تستند إلى تصنيفات Pfam.

تم تطبيق ECOD على مجموعة فرعية من قاعدة بيانات AlphaFold (تسلسلات البروتين في SwissProt) [ 2 ] .

مراجع

  1. ↑ تشنغ، هـ؛ شيفر، ر.د؛ لياو، ي؛ كينش، ل.ن؛ باي، ج؛ شي، س؛ كيم، ب.هـ؛ غريشين، ن.ف (ديسمبر 2014). "ECOD: تصنيف تطوري لمجالات البروتين" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 10 (12) e1003926. Bibcode : 2014PLSCB..10E3926C . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003926 . PMC 4256011. PMID 25474468 .  
  2. ↑ شايفر، آر دي؛ تشانغ، جيه؛ كونغ، كيو؛ غريشين، إن في (مارس 2026). "ECOD: تصنيف النطاقات في تنبؤات بنية AFDB Swiss-Prot" . PLOS Computational Biology . 22 (3) e1013431. Bibcode : 2026PLSCB..2213431S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1013431 . PMC 13048469. PMID 41911251 .