فيجي (برمجيات)

Fiji ^{[ 4 ] [ 5 ]} هي حزمة معالجة صور مفتوحة المصدر تعتمد على ImageJ2 .

يتمثل الهدف الرئيسي لبرنامج فيجي في توفير توزيعة لبرنامج ImageJ2 مع العديد من الإضافات المدمجة . يتميز فيجي بنظام تحديث متكامل، ويهدف إلى تزويد المستخدمين ببنية قوائم متناسقة، ووثائق شاملة على شكل أوصاف تفصيلية للخوارزميات ودروس تعليمية، بالإضافة إلى إمكانية تجنب الحاجة إلى تثبيت مكونات متعددة من مصادر مختلفة.

يستهدف برنامج Fiji أيضًا المطورين، من خلال استخدام نظام التحكم في الإصدارات ، ومتتبع المشكلات، وقنوات التطوير المخصصة، وبنية تحتية للنماذج الأولية السريعة في شكل محرر نصوص يدعم BeanShell و Jython و JRuby و Clojure و Groovy و JavaScript ولغات البرمجة النصية الأخرى، بالإضافة إلى تطوير Java في الوقت المناسب .

توجد العديد من الإضافات لبرنامج ImageJ، والتي تتمتع بمجموعة واسعة من التطبيقات، ولكن أيضاً بمستويات جودة متفاوتة. ^{[ 6 ]}

علاوة على ذلك، تتطلب بعض المكونات الإضافية إصدارات محددة من ImageJ، أو إصدارات محددة من مكتبات الطرف الثالث، أو مكونات Java إضافية مثل مترجم Java أو Java 3D .

يتمثل أحد الأهداف الرئيسية لبرنامج فيجي في تسهيل تثبيت برامج ImageJ وJava وJava 3D والإضافات والمكونات الأخرى ذات الصلة قدر الإمكان. ونتيجة لذلك، يحظى برنامج فيجي بقاعدة مستخدمين نشطة ومتزايدة. ^{[ 7 ]}

رغم أن برنامج فيجي كان مُصمماً في الأصل لعلماء الأعصاب (ولا يزال كذلك ^{[ 8 ]} )، إلا أنه اكتسب وظائف كافية لجذب علماء من مجالات متنوعة، مثل بيولوجيا الخلية ^{[ 9 ]} ، وعلم الطفيليات ^{[ 10 ]} ، وعلم الوراثة، وعلوم الحياة بشكل عام، وعلوم المواد، وغيرها. وكما هو مذكور على الموقع الرسمي، فإن التركيز الأساسي ينصب على "علوم الحياة"، على الرغم من أن فيجي يوفر العديد من الأدوات التي تساعد في تحليل الصور العلمية بشكل عام. ^{[ 11 ]}

^{يحظى برنامج} Fiji بشعبية كبيرة في مجتمع علوم الحياة ، حيث يساعد عارض ثلاثي الأبعاد ^{[ 12 ]} في تصور البيانات التي تم الحصول عليها من خلال المجهر الضوئي ، والذي يوفر له برنامج Fiji التسجيل [ ^{13 ]} والتجزئة وخوارزميات معالجة الصور المتقدمة الأخرى.

تم استخدام مكون TrakEM2 الخاص ببرنامج Fiji بنجاح وتحسينه لتحليل السلالات العصبية في أدمغة يرقات ذبابة الفاكهة . ^{[ 14 ]}

وقد تم تسليط الضوء بشكل بارز على فيجي في ملحق مراجعة Nature Methods حول التصوير المرئي. ^{[ 15 ]}

تم تحليل تباعد حواف الشبكة لنقاط الكم CdSe باستخدام برنامج Fiji. ^{[ 16 ]}

فيجي مفتوحة المصدر بالكامل . توجد مصادرها في مستودع Git عام .

تم قبول فيجي كمنظمة في برنامج جوجل الصيفي للبرمجة لعام 2009، وأكملت مشروعين.

يُعد إطار البرمجة النصية، الذي يدعم لغات JavaScript و Jython و JRuby و Clojure و BeanShell وغيرها، جزءًا لا يتجزأ من تطوير Fiji؛ حيث يقوم العديد من المطورين بإنشاء نماذج أولية لإضافاتهم باستخدام إحدى لغات البرمجة النصية المذكورة، ثم يحولونها تدريجيًا إلى أكواد Java متكاملة . ولتحقيق هذه الغاية، وكأحد مشاريع برنامج Google Summer of Code المذكورة سابقًا، تمت إضافة محرر نصوص برمجية مزود بخاصية تمييز بناء الجملة وتنفيذ الأكواد مباشرةً.

تم تضمين إطار عمل البرمجة النصية في إصدارات فيجي، بحيث يمكن للمستخدمين المتقدمين استخدام هذه البرامج النصية في سير عملهم المعتاد.

يستفيد التطوير من فعاليات الهاكاثون التي تُعقد بين الحين والآخر ، حيث يجتمع علماء الأحياء ذوو الخلفية الحاسوبية ويعملون على تحسين المكونات الإضافية الخاصة بهم التي تهمهم.

يدعم محرر النصوص البرمجية في فيجي النماذج الأولية السريعة للنصوص البرمجية ومكونات ImageJ الإضافية، مما يجعل فيجي أداة قوية لتطوير خوارزميات جديدة لمعالجة الصور واستكشاف تقنيات جديدة لمعالجة الصور باستخدام ImageJ. ^{[ 17 ] [ 18 ]}

يعمل برنامج Fiji على أنظمة التشغيل Windows و Linux و Mac OS X، Intel 32 بت أو 64 بت، مع دعم محدود لنظام التشغيل MacOSX/PPC.

• الموقع الرسمي
• فيجي على جيت هاب
• ImageJ2 ، وهو إصدار ImageJ الذي بُني عليه برنامج Fiji
• برنامج تعليمي عن برنامج Fiji للعلماء، Easy Fiji ( https://www.youtube.com/@easyfiji4858/featured ) - دروس فيديو للعلماء حول استخدام برنامج Fiji macro.