هابلوفيو

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يُعدّ برنامج Haploview [ 1 ] برنامجًا شائع الاستخدام في مجال المعلوماتية الحيوية، وهو مصمم لتحليل وتصوير أنماط عدم التوازن الارتباطي (LD) في البيانات الجينية . كما يُمكن لبرنامج Haploview إجراء دراسات الارتباط، واختيار علامات SNPs [ 2 ] ، وتقدير ترددات الأنماط الفردية . يتم تطوير برنامج Haploview وصيانته من قِبل مختبر الدكتور مارك دالي في معهد برود التابع لمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيا / جامعة هارفارد .

يدعم برنامج Haploview حاليًا الوظائف التالية:

  • تحليل عدم التوازن الارتباطي وتحليل كتلة النمط الفرداني
  • تقدير تردد النمط الفرداني في التجمعات السكانية
  • اختبارات الارتباط بين النمط الفردي للنيوكليوتيدات المفردة والنمط الفرداني
  • اختبار التبديل لأهمية الارتباط
  • تنفيذ خوارزمية اختيار Tagger tag SNP لبول دي باكر
  • تنزيل تلقائي لبيانات النمط الجيني المرحلي من هاب ماب
  • عرض ورسم نتائج ارتباط الجينوم الكامل لبرنامج PLINK، بما في ذلك خيارات التصفية المتقدمة.

يمكن استخدام ملحق Snagger لبرنامج Haploview لتحديد علامات SNPs باستخدام عدم التوازن الارتباطي r 2 الزوجي .

طرق حجب النمط الفرداني

يُطبّق برنامج Haploview ثلاث طرق لتقسيم الكتل بناءً على عدم التوازن الارتباطي: طريقة غابرييل وآخرون لفترة الثقة، واختبار الأمشاج الأربعة، وطريقة العمود الفقري الصلب لعدم التوازن الارتباطي. [ 3 ] وقد حدد وصف لاحق للبرنامج بروتوكول غابرييل باعتباره الطريقة الافتراضية لبرنامج Haploview، مع عتبات فترة ثقة D' بحد أعلى >0.98 وحد أدنى >0.70. [ 4 ]

مراجع

  1. ↑ باريت جيه سي؛ فراي بي؛ مالر جيه؛ دالي إم جيه (2005). "هابلوفيو: تحليل وتصوير خرائط الارتباط الجيني والنمط الفرداني" . المعلوماتية الحيوية . 21 (2): 263-265 . doi : 10.1093/bioinformatics/bth457 . PMID 15297300 . 
  2. ↑ دي باكر، بي. آي.؛ يلينسكي، ر.؛ بير، آي.؛ غابرييل، إس. بي.؛ دالي، إم. جيه.؛ ألتشولر، د. (2005). "الكفاءة والقوة في دراسات الارتباط الجيني". علم الوراثة الطبيعية . 37 (11): 1217-23 . doi : 10.1038/ng1669 . PMID 16244653 . 
  3. ↑ كيم، كيونغ يول؛ يو، يون جو (2016). "تأثير كثافة علامات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة على تقسيم كتلة النمط الفرداني" . علم الجينوم والمعلوماتية . 14 (1): 23-29 .
  4. ↑ "مراعاة المقارنات المتعددة في دراسة الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS)" . BMC Genomics . 11 : 724. 2010.