قواعد بيانات المصفوفات الدقيقة
قاعدة بيانات المصفوفات الدقيقة هي مستودع يحتوي على بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة . وتتمثل الاستخدامات الرئيسية لقاعدة بيانات المصفوفات الدقيقة في تخزين بيانات القياس، وإدارة فهرس قابل للبحث، وإتاحة البيانات لتطبيقات أخرى لتحليلها وتفسيرها (إما مباشرة، أو عبر تنزيلات المستخدم).
يمكن تصنيف قواعد بيانات المصفوفات الدقيقة إلى فئتين متميزتين:
- مستودع عام يخضع لمراجعة الأقران، ويلتزم بالمعايير الأكاديمية أو الصناعية، ومصمم للاستخدام من قبل العديد من تطبيقات التحليل والمجموعات البحثية. ومن الأمثلة الجيدة على ذلك قاعدة بيانات التعبير الجيني (GEO) التابعة للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، أو قاعدة بيانات ArrayExpress التابعة للمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI ).
- مستودع متخصص يرتبط أساسًا بعلامة تجارية لكيان معين (مختبر، شركة، جامعة، اتحاد، مجموعة)، أو مجموعة تطبيقات، أو موضوع، أو أسلوب تحليل، سواء كان تجاريًا أو غير ربحي أو أكاديميًا. قد تتسم قواعد البيانات هذه بواحدة أو أكثر من الخصائص التالية:
- قد يلزم الاشتراك أو الحصول على ترخيص للوصول الكامل.
- قد يأتي المحتوى في المقام الأول من مجموعة محددة (مثل SMD أو UPSC-BASE)، مشروع الجينوم المناعي
- قد تكون هناك قيود على من يمكنه استخدام البيانات أو على أي غرض يمكن استخدام البيانات من أجله.
- قد يتطلب تقديم بيانات جديدة الحصول على إذن خاص، أو قد لا تكون هناك عملية واضحة على الإطلاق.
- قد تكون تطبيقات معينة فقط مجهزة لاستخدام البيانات، وغالبًا ما تكون مرتبطة بنفس الكيان (على سبيل المثال، تطبيق caArray في المعهد الوطني للسرطان متخصص في caBIG ).
- قد تتطلب التطبيقات أو التحليلات القياسية معالجة أو إعادة تنسيق البيانات بشكل إضافي.
- ويزعمون أنهم يلبيون "الحاجة المُلحة" إلى وجود مستودع مركزي موحد لبيانات المصفوفات الدقيقة. (انظر YMD، الذي تم تحديثه آخر مرة في عام 2003، على سبيل المثال).
- هناك ادعاء بتحقيق تحسن تدريجي مقارنة بأحد المستودعات العامة،
- تطبيق التحليل التلوي ، الذي يدمج الدراسات من قاعدة بيانات عامة واحدة أو أكثر (على سبيل المثال، تستخدم Gemma بشكل أساسي دراسات GEO ؛ وتستخدم NextBio مصادر متنوعة).
بعض أشهر قواعد بيانات المصفوفات الدقيقة العامة والمنسقة هي:
| قاعدة البيانات | نِطَاق | مجموعات تجارب المصفوفات الدقيقة | نماذج الملفات الشخصية | حتى تاريخه |
|---|---|---|---|---|
| مصفوفة التتبع | يستضيف ArrayTrack بيانات عامة وخاصة، بما في ذلك بيانات MAQC المعيارية، مع أدوات تحليل متكاملة. | 1622 | 50,093 | فبراير 2012 |
| قاعدة بيانات المعهد الوطني للسرطان | يستضيف بيانات المعهد الوطني للسرطان مع أدوات تحليل وإحصاء متكاملة | ؟ | 105,000 | مارس 2012 |
| قاعدة بيانات ImMGen | الوصول المفتوح إلى جميع خلايا الجهاز المناعي؛ بيانات التعبير الجيني، والتعبير التفاضلي، والمجموعات المتشاركة في التنظيم، والتنظيم. | 267 | 1059 | يناير 2012 |
| باحث جيني | محرك بحث عن التعبير الجيني يعتمد على مجموعات بيانات عامة وخاصة منسقة يدويًا ومُعَلَّمة جيدًا من المصفوفات الدقيقة وتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq). | 3228 | 232,855 | أكتوبر 2016 |
| جامع التعبير الجيني - NCBI | أي دراسة موفرة جزيئية منسقة ومتوافقة مع معايير MIAME | 25859 | 641770 | 28 أكتوبر 2011 |
| ArrayExpress في EBI | أي بيانات نسخ جينومية منسقة ومتوافقة مع معايير MIAME أو MINSEQE | 24838 | 708914 | 28 أكتوبر 2011 |
| قاعدة بيانات ستانفورد للمصفوفات الدقيقة | قاعدة بيانات خاصة ومنشورة لتحليل المصفوفات الدقيقة ووفرة الجزيئات (متوقفة الآن) | 82542 | ؟ | 23 أكتوبر 2011 |
| أطلس جينوم السرطان (TCGA) | جمع بيانات التعبير الجيني لأنواع مختلفة من السرطان | 21229 | ؟ | 30 أغسطس 2013 |
| نظام GeneNetwork | مصفوفات قياسية مفتوحة الوصول، ومصفوفات الإكسونات، وبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) للتحليل الجيني (دراسات eQTL) مع مجموعة أدوات التحليل | حوالي 100 | حوالي 10000 | يوليو 2010 |
| قاعدة بيانات UNC modENCODE للمصفوفات الدقيقة | مصفوفة عملاء Nimblegen 2.1 مليون | حوالي 6 | 180 | 17 يوليو 2009 |
| قاعدة بيانات UPSC | البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة تحليل المصفوفات الدقيقة داخل مركز أوميو لعلوم النبات (UPSC). | حوالي 100 | ؟ | 15 نوفمبر 2007 |
| قاعدة بيانات UPenn RAD | دراسات عامة وخاصة متوافقة مع معايير MIAME ، مرتبطة بـ ArrayExpress | حوالي 100 | حوالي 2500 | 1 سبتمبر 2007 |
| قاعدة بيانات UNC Microarray | توفر هذه الخدمة تخزين بيانات المصفوفات الدقيقة واسترجاعها وتحليلها وعرضها. | حوالي 31 | 2093 | 1 أبريل 2007 |
| قاعدة بيانات جامعة كارولينا الطبية | تُعد قاعدة البيانات مستودعًا لبيانات المصفوفات الدقيقة للحمض النووي التي أنشأها باحثو جامعة كارولاينا الطبية بالإضافة إلى الباحثين في مجتمع البحث العالمي. | حوالي 45 | 555 | 1 أبريل 2007 |
| caArray في المعهد الوطني للسرطان | بيانات السرطان، مُعدة للتحليل على موقع caBIG | 41 | 1741 | 15 نوفمبر 2006 |
انظر أيضاً
روابط خارجية
- ArrayExpress: جولة سريعة على قطار EBI عبر الإنترنت
- استكشاف بيانات علم الجينوم الوظيفي باستخدام أرشيف ArrayExpress على منصة EBI Train OnLine
- دراسة أنماط التعبير الجيني باستخدام أطلس التعبير الجيني على منصة EBI Train OnLine
- ArrayExpress: إرسال البيانات باستخدام MAGE-TAB على EBI Train OnLine
- ArrayExplorer - أداة مجانية لمقارنة المصفوفات الدقيقة جنبًا إلى جنب.
فئات :
- المصفوفات الدقيقة
- قواعد بيانات علم الوراثة