PDBsum

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

PDBsum هي قاعدة بيانات توفر نظرة عامة على محتويات كل بنية جزيئية ثلاثية الأبعاد مُودعة في بنك بيانات البروتين (PDB). [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]

قاعدة البيانات

تم تطوير النسخة الأصلية من قاعدة البيانات حوالي عام 1995 بواسطة رومان لاسكوفسكي وزملائه في جامعة كوليدج لندن . [ 5 ] اعتبارًا من عام 2014، يتم صيانة PDBsum بواسطة لاسكوفسكي وزملائه في مختبر جانيت ثورنتون في المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI).

تتضمن كل بنية في قاعدة بيانات PDBsum صورةً للبنية (المنظر الرئيسي، والمنظر السفلي، والمنظر الأيمن)، والمكونات الجزيئية الموجودة في المركب (البنية)، ومخطط تفاعل الإنزيم إن وُجد، وتعيينات وظيفية من علم الجينات ، وتسلسل أحادي البعد مُعَلَّم بتصنيفات نطاقات Pfam و InterPro ، ووصفًا للجزيئات المرتبطة، ورسمًا بيانيًا يوضح التفاعلات بين البروتين والبنية الثانوية، ومخططات توضيحية لتفاعلات البروتين-بروتين ، وتحليلًا للشقوق الموجودة داخل البنية، وروابط لقواعد بيانات خارجية. [ 6 ] يُستخدم برنامجا RasMol و Jmol لعرض الرسومات الجزيئية ثلاثي الأبعاد للجزيئات وتفاعلاتها داخل PDBsum. [ 5 ]

منذ إطلاق مشروع الألف جينوم في أكتوبر 2012، تم ربط جميع متغيرات الأحماض الأمينية المفردة التي حددها المشروع بتسلسلات البروتينات المقابلة لها في بنك بيانات البروتينات (PDB). تُعرض هذه المتغيرات أيضًا ضمن PDBsum، مع الإشارة المرجعية إلى مُعرّف UniProt ذي الصلة . [ 6 ] يحتوي PDBsum على عدد من تراكيب البروتينات التي قد تكون ذات أهمية في تصميم الأدوية القائم على التركيب . يركز فرع من PDBsum، يُعرف باسم DrugPort، على هذه النماذج ويرتبط بقاعدة بيانات أهداف الأدوية DrugBank . [ 6 ] [ 7 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ لاسكوفسكي، ر. أ.، هاتشينسون، إ. ج.، ميتشي، أ. د.، والاس، أ. س.، جونز، م. ل.، ثورنتون، ج. م. (ديسمبر 1997). "PDBsum: قاعدة بيانات على الإنترنت لملخصات وتحليلات جميع هياكل PDB". اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 22 (12): 488-90 . doi : 10.1016/S0968-0004(97)01140-7 . PMID 9433130 . 
  2. ↑ لاسكوفسكي ، ر. أ. (يناير 2001). "PDBsum: ملخصات وتحليلات لهياكل PDB" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 29 (1): 221-222 . doi : 10.1093/nar/29.1.221 . PMC 29784. PMID 11125097 .  
  3. ↑ لاسكوفسكي، ر. أ.، تشيستياكوف، ف. ف.، ثورنتون، ج. م. (يناير 2005). " ملخصات وتحليلات جديدة لبنية البروتينات والأحماض النووية ثلاثية الأبعاد المعروفة: PDBsum more" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد قواعد البيانات): D266-8. doi : 10.1093/nar/gki001 . PMC 539955. PMID 15608193 .  
  4. ↑ لاسكوفسكي ، ر. أ. (يناير 2009). "مواضيع جديدة في PDBsum" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد قواعد البيانات): D355-9. doi : 10.1093/nar/gkn860 . PMC 2686501. PMID 18996896 .  
  5. 1 2 "وثائق PDBsum: حول PDBsum" . مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي - المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 سبتمبر 2014 .
  6. 1 2 3 دي بير، تي. أ.، بيركا، ك.، ثورنتون، ج. م.، لاسكوفسكي، ر. أ. (يناير 2014). " إضافات PDBsum" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد قواعد البيانات): D292-6. doi : 10.1093/nar/gkt940 . PMC 3965036. PMID 24153109 .  
  7. ↑ نوكس سي، لو في، جويسون تي، ليو بي، لي إس، فرولكيس إيه، بون إيه، بانكو كيه، ماك سي، نيفو في، دجومبو واي، إيسنر آر، غو إيه سي، ويشارت دي إس (يناير 2011). "DrugBank 3.0: مورد شامل لأبحاث علم الجينوم والبروتيوميات المتعلقة بالأدوية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D1035-41. doi : 10.1093/nar/gkq1126 . PMC 3013709. PMID 21059682 .