بنك المخدرات
 | |
| محتوى | |
|---|---|
| وصف | قاعدة بيانات الأدوية |
| أنواع البيانات الملتقطة | التركيبات الكيميائية، الأدوية الجزيئية الصغيرة، الأدوية الحيوية، أهداف الأدوية، ناقلات الأدوية، تسلسلات أهداف الأدوية، SNPs أهداف الأدوية، مستقلبات الأدوية، أوصاف الأدوية، ارتباطات الأمراض، بيانات الجرعات، تفاعلات الأغذية والأدوية، التفاعلات الدوائية الضارة، علم الأدوية، آليات العمل، استقلاب الأدوية، التخليق الكيميائي، بيانات براءات الاختراع والتسعير، الخصائص الكيميائية، التسمية، المرادفات، التصنيف الكيميائي، أطياف الرنين المغناطيسي النووي للأدوية، أطياف GC-MS للأدوية، أطياف LC-MS للأدوية |
| اتصال | |
| مركز الأبحاث | جامعة ألبرتا ومركز ابتكار الميتابولوميكس، ألبرتا، كندا |
| معمل | ديفيد س. ويشارت |
| الاستشهاد الأساسي | DrugBank: مورد شامل لاكتشاف واستكشاف الأدوية عبر الكمبيوتر. [1] |
| وصول | |
| موقع إلكتروني | www.drugbank.com |
| رابط التحميل | www.drugbank.ca/downloads |
| متنوع | |
تردد إصدار البيانات | كل سنتين مع التصحيحات والتحديثات الشهرية |
| سياسة التحرير | تم تنظيمها يدويًا |
قاعدة بيانات DrugBank هي قاعدة بيانات شاملة يمكن الوصول إليها مجانًا عبر الإنترنت تحتوي على معلومات عن الأدوية وأهداف الأدوية التي أنشأتها وصيانتها جامعة ألبرتا ومركز ابتكار الميتابولوميكس الواقع في ألبرتا ، كندا. [1] بصفته موردًا للمعلومات الحيوية والمعلومات الكيميائية ، يجمع DrugBank بين بيانات الأدوية التفصيلية (أي الكيميائية والدوائية والصيدلانية) مع معلومات شاملة عن أهداف الأدوية (أي التسلسل والبنية والمسار). [1] [2] استخدم DrugBank محتوى من ويكيبيديا ؛ [3] غالبًا ما ترتبط ويكيبيديا أيضًا بـ DrugBank، مما يثير مشكلات محتملة في الإبلاغ الدائري . [3]
يتوفر موقع DrugBank Online للجمهور كمورد مجاني. ومع ذلك، فإن استخدام وإعادة توزيع المحتوى من DrugBank Online أو بيانات DrugBank الأساسية، كليًا أو جزئيًا، ولأي غرض، يتطلب ترخيصًا. يمكن للمستخدمين الأكاديميين التقدم بطلب للحصول على ترخيص مجاني لحالات استخدام معينة بينما يحتاج جميع المستخدمين الآخرين إلى ترخيص مدفوع.
يحتوي أحدث إصدار من قاعدة البيانات (الإصدار 5.0) على 9591 إدخالاً للأدوية بما في ذلك 2037 دواءً جزيئيًا صغيرًا معتمدًا من إدارة الغذاء والدواء ، و241 دواءً حيويًا ( بروتين / ببتيد ) معتمدًا من إدارة الغذاء والدواء، و96 مستحضرًا غذائيًا وأكثر من 6000 دواء تجريبي . [4] بالإضافة إلى ذلك، تم ربط 4270 تسلسلًا غير زائد عن الحاجة من البروتين (أي هدف الدواء / الإنزيم / الناقل / الحامل) بهذه الإدخالات الدوائية. يحتوي كل إدخال في بطاقة الدواء (الشكل 1) على أكثر من 200 حقل بيانات حيث يتم تخصيص نصف المعلومات لبيانات الدواء / المواد الكيميائية والنصف الآخر مخصص لبيانات هدف الدواء أو البروتين. [4]
أربع قواعد بيانات إضافية، HMDB، [5] T3DB، [6] SMPDB [7] و FooDB هي أيضًا جزء من مجموعة عامة من قواعد البيانات الأيضية / الكيميائية . تحتوي HMDB على معلومات مكافئة لأكثر من 40000 من المستقلبات البشرية، وتحتوي T3DB على معلومات عن 3100 من السموم الشائعة والملوثات البيئية ، وتحتوي SMPDB على مخططات مسارات لما يقرب من 700 مسار أيضي بشري ومسارات مرضية، بينما تحتوي FooDB على معلومات مكافئة عن ~28000 مكون غذائي ومضافات غذائية .
تاريخ الإصدار
تم إصدار الإصدار الأول من DrugBank في عام 2006. [1] احتوى هذا الإصدار المبكر على معلومات متواضعة نسبيًا حول 841 دواء جزيئي صغير معتمد من إدارة الغذاء والدواء و113 دواءً حيويًا. كما تضمن معلومات حول 2133 هدفًا دوائيًا. تم إصدار الإصدار الثاني من DrugBank في عام 2009. [2] تضمنت هذه النسخة الموسعة والمحسّنة بشكل كبير من قاعدة البيانات 1344 دواء جزيئي صغير معتمد و123 دواءً حيويًا بالإضافة إلى 3037 هدفًا دوائيًا فريدًا. كما تضمن الإصدار 2.0، لأول مرة، الأدوية المسحوبة والأدوية غير المشروعة ، والتفاعلات الغذائية الدوائية المكثفة والأدوية الدوائية بالإضافة إلى معلمات ADMET (الامتصاص والتوزيع والاستقلاب والإخراج والسمية). تم إصدار الإصدار 3.0 في عام 2011. [8] احتوى هذا الإصدار على 1424 دواء جزيئي صغير معتمد و132 دواءً حيويًا بالإضافة إلى أكثر من 4000 هدف دوائي فريد. كما تضمن الإصدار 3.0 أيضًا بيانات ناقل الدواء وبيانات مسار الدواء وأسعار الأدوية وبراءات الاختراع وبيانات التصنيع بالإضافة إلى بيانات عن أكثر من 5000 دواء تجريبي. تم إصدار الإصدار 4.0 في عام 2014. [4] تضمن هذا الإصدار 1558 دواء جزيئي صغير معتمد من إدارة الغذاء والدواء و155 دواءً حيويًا و4200 هدف دوائي فريد. كما تضمن الإصدار 4.0 معلومات موسعة عن مستقلبات الأدوية (الهياكل والتفاعلات) وتصنيف الأدوية وأطياف الأدوية وثوابت ربط الأدوية ومعلومات تخليق الأدوية. يوفر الجدول 1 ملخصًا إحصائيًا أكثر اكتمالاً لتاريخ تطوير DrugBank.
| فئة | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| عدد حقول البيانات لكل بطاقة دواء | 88 | 108 | 148 | 208 |
| عدد أنواع البحث | 8 | 12 | 16 | 18 |
| عدد مسارات عمل الأدوية الموضحة | 0 | 0 | 168 | 232 |
| عدد الأدوية التي تحتوي على بيانات عن الإنزيمات الأيضية | 0 | 0 | 762 | 1,037 |
| عدد نواتج أيض الدواء مع التركيب | 0 | 0 | 0 | 1,239 |
| عدد تفاعلات استقلاب الدواء | 0 | 0 | 0 | 1,308 |
| عدد مسارات استقلاب الأدوية الموضحة | 0 | 0 | 0 | 53 |
| عدد الأدوية التي تحتوي على بيانات ناقل الدواء | 0 | 0 | 516 | 623 |
| عدد الأدوية التي تحتوي على معلومات التصنيف التصنيفي | 0 | 0 | 0 | 6,713 |
| عدد التأثيرات الدوائية المرتبطة بـ SNP | 0 | 0 | 113 | 201 |
| عدد الأدوية التي تحتوي على بيانات براءة الاختراع/التسعير/الشركة المصنعة | 0 | 0 | 1,208 | 1,450 |
| عدد التفاعلات بين الغذاء والدواء | 0 | 714 | 1,039 | 1,180 |
| عدد التفاعلات الدوائية | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| عدد معلمات ADMET (Caco-2، LogS) | 0 | 276 | 890 | 6,667 |
| عدد معايير QSAR لكل دواء | 5 | 6 | 14 | 23 |
| عدد الأدوية التي لها بيانات ثابتة تتعلق بربط الدواء بالهدف | 0 | 0 | 0 | 791 |
| عدد الأدوية ذات أطياف الرنين المغناطيسي النووي | 0 | 0 | 0 | 306 |
| عدد الأدوية ذات أطياف التصلب المتعدد | 0 | 0 | 0 | 384 |
| عدد الأدوية التي تحتوي على معلومات التركيب الكيميائي | 0 | 38 | 38 | 1,285 |
| عدد الأدوية الجزيئية الصغيرة المعتمدة من إدارة الغذاء والدواء | 841 | 1,344 | 1,424 | 1,558 |
| عدد الأدوية التكنولوجية الحيوية | 113 | 123 | 132 | 155 |
| عدد الأدوية المغذية | 61 | 69 | 82 | 87 |
| عدد الأدوية المسحوبة | 0 | 57 | 68 | 78 |
| عدد المخدرات غير المشروعة | 0 | 188 | 189 | 190 |
| عدد الأدوية التجريبية | 2,894 | 3,116 | 5,210 | 6,009 |
| العدد الإجمالي للأدوية الجزيئية الصغيرة التجريبية والمعتمدة من قبل إدارة الغذاء والدواء | 3,796 | 4,774 | 6,684 | 7,561 |
| العدد الإجمالي للأدوية التجريبية وأدوية إدارة الغذاء والدواء (جميع الأنواع) | 3,909 | 4,897 | 6,816 | 7,713 |
| عدد جميع أهداف الدواء (فريدة) | 2,133 | 3,037 | 4,326 | 4,115 |
| عدد الإنزيمات/الناقلات الدوائية المعتمدة (فريدة) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| عدد جميع إنزيمات/حاملات الأدوية (فريدة) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| عدد الروابط الخارجية لقواعد البيانات | 12 | 18 | 31 | 33 |
النطاق والوصول
يتم الحصول على كافة البيانات الموجودة في DrugBank من مصادر عامة غير مملوكة. ويمكن تتبع كل عنصر بيانات تقريبًا بالكامل والإشارة إليه صراحةً بالمصدر الأصلي. تتوفر بيانات DrugBank من خلال واجهة ويب عامة. [9]
انظر أيضا
معرف DrugBank (P715) (انظر الاستخدامات )
- المختبر الكيميائي الأوروبي
- استقلاب الدواء
- قاعدة بيانات إتش إم دي بي
- كيج
- قائمة قواعد البيانات البيولوجية
- علم الأدوية
- قاعدة بيانات SMPDB
- قاعدة بيانات T3DB
- قاعدة بيانات الأهداف العلاجية
مراجع
- ^ abcd Wishart, DS ; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2006). "DrugBank: a overall resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research . 34 (Database issue): D668-72. doi :10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430 . PMID 16381955.
- ^ ab Wishart, DS; Knox C; Guo AC; et al. (Jan 2008). "DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug goals". Nucleic Acids Research . 36 (Database issue): D901-6. doi :10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412 .
- ^ ab Harrison, Stephen (7 March 2019). "المشكلة المذهلة المتمثلة في "حقائق" ويكيبيديا التي لا تحتوي على اقتباسات والتي تأخذ حياة خاصة بها". مجلة Slate . تم الاسترجاع في 9 نوفمبر 2019 .
- ^ abc Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M; Neveu, V; Tang, A; Gabriel, G; Ly, C; Adamjee, S; Dame, ZT; Han, B; Zhou, Y; Wishart, DS (يناير 2014). "DrugBank 5.0: تسليط الضوء على عملية التمثيل الغذائي للأدوية". Nucleic Acids Research . 42 (إصدار قاعدة البيانات): D1091-7. doi :10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711 .
- ^ ويشارت، دي إس؛ قوه، AC. ايسنر، ر. يونغ، ن؛ غوتام، ب؛ هاو، د. سيكولوجيوس، ن؛ دونغ، إي. بواترة، س؛ ماندال، ر؛ سينيلنيكوف، أنا؛ شيا، J. جيا ، إل. كروز، JA؛ ليم، إي؛ سوبسي، كاليفورنيا؛ شريفاستافا ، إس . هوانغ، ف؛ ليو، ف. فانغ ، إل. بنغ ، ج. فراديت، ر؛ تشنغ، د؛ تسور، د؛ كليمنتس، م؛ لويس، أ؛ دي سوزا، أ؛ زونيجا، أ؛ داو، م؛ شيونغ، واي؛ كلايف، د؛ غرينر، آر؛ نازيروفا، أ؛ شيخوتدينوف، ر. لي ، إل. فوجل، هج؛ فورسايث ، أنا (يناير 2009). “HMDB: قاعدة معرفية للأيض البشري”. أبحاث الأحماض النووية . 37 (مشكلة قاعدة البيانات): D603-10. doi :10.1093/nar/gkn810. PMC 2686599. PMID 18953024 .
- ^ Lim, E; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (يناير 2010). "T3DB: قاعدة بيانات مفهرسة بشكل شامل للسموم الشائعة وأهدافها". Nucleic Acids Research . 38 (إصدار قاعدة البيانات): D781-6. doi :10.1093/nar/gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546 .
- ^ Jewison, T; Su Y; Disfany FM; et al. (يناير 2014). "قاعدة بيانات مسارات الجزيئات الصغيرة". Nucleic Acids Research . 42 (إصدار قاعدة البيانات): D478-84. doi :10.1093/nar/gkt1067. PMC 3965088. PMID 24203708 .
- ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (يناير 2011). "DrugBank 3.0: مورد شامل لأبحاث "الأوميكس" حول الأدوية". أبحاث الأحماض النووية . 39 (إصدار قاعدة البيانات): D1035-41. doi :10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682 .
- ^ Wishart, David S. (2006). "DrugBank: a overall resource for in silico drug discovery and exploration". Nucleic Acids Research . 34 (suppl_1): 668–672. doi :10.1093/nar/gkj067. PMC 1347430. PMID 16381955 .
