قائمة برامج التنبؤ ببنية البروتين
تلخص هذه القائمة لبرامج التنبؤ ببنية البروتين أدوات البرمجيات البارزة المستخدمة في التنبؤ ببنية البروتين ، بما في ذلك نمذجة التماثل ، وربط البروتين ، وطرق ab initio ، والتنبؤ بالبنية الثانوية ، والتنبؤ بالحلزون عبر الغشاء وببتيد الإشارة.
قائمة البرامج
فيما يلي قائمة تفصل البرامج وفقًا للطريقة المستخدمة للتنبؤ بالبنية.
نمذجة التماثل
| اسم | طريقة | وصف | تاريخ الافراج عنه |
|---|---|---|---|
| IntFOLD | واجهة موحدة لـ: التنبؤ بالبنية الثلاثية/النمذجة ثلاثية الأبعاد، تقييم جودة النموذج ثلاثي الأبعاد، التنبؤ بالاضطراب الجوهري، التنبؤ بالنطاقات، التنبؤ ببقايا ارتباط البروتين بالرابط | خادم ويب آلي وبعض البرامج القابلة للتنزيل | |
| رابتور إكس | الكشف عن التشابه عن بعد، والنمذجة ثلاثية الأبعاد للبروتين، والتنبؤ بموقع الارتباط | خادم ويب آلي وبرنامج قابل للتنزيل | |
| بسكيت | يدمج البرامج الخارجية في سير عمل آلي | بحث BLAST ، ومحاذاة T-Coffee ، وبناء MODELLER | |
| ESyPred3D | الكشف عن القوالب، والمحاذاة، والنمذجة ثلاثية الأبعاد | خادم ويب آلي | |
| فولد إكس | حسابات الطاقة وتصميم البروتين | برنامج قابل للتنزيل | |
| فاير ، فاير2 | الكشف عن القوالب عن بُعد، والمحاذاة، والنمذجة ثلاثية الأبعاد، والقوالب المتعددة، والنمذجة من الصفر | خادم ويب مزود بمدير مهام، ومكتبة طيات يتم تحديثها تلقائيًا، وبحث في الجينوم، وغيرها من الميزات. | |
| HHpred | الكشف عن القوالب، والمحاذاة، والنمذجة ثلاثية الأبعاد | خادم ويب تفاعلي مزود بخاصية المساعدة | |
| مصمم نماذج | الالتزام بالقيود المكانية | برنامج مستقل مكتوب بشكل أساسي بلغة فورتران وبايثون | |
| كونفولد | الالتزام بقيود الاتصال والمسافة | برنامج مستقل مكتوب بشكل أساسي بلغة فورتران وبيرل | |
| بيئة التشغيل الجزيئية (MOE) | تحديد القوالب، واستخدام قوالب متعددة، ومراعاة البيئات الأخرى (مثل أحجام الربيطة المستبعدة)، ونمذجة الحلقات، ومكتبات الروتامر لتكوينات السلسلة الجانبية، والاسترخاء باستخدام مجالات القوة MM. | منصة خاصة، مدعومة على أنظمة التشغيل ويندوز ولينكس وماك | |
| روبيتا | نمذجة التماثل في برنامج Rosetta وتجميع الأجزاء من الصفر باستخدام التنبؤ بمجال Ginzu | خادم الويب | |
| بهاجيرات-هـ | مزيج من طرق الطي من البداية وطرق التماثل | تنبؤات البنية الثلاثية للبروتين | |
| النموذج السويسري | التشابه المحلي / تجميع الأجزاء | خادم ويب آلي (مبني على ProModII) | |
| ياسارا | الكشف عن القوالب، والمحاذاة، والنمذجة بما في ذلك الروابط والبوليمرات، وتهجين أجزاء النموذج. | واجهة رسومية أو وضع نصي (مجموعات) | |
| مجموعة برامج AWSEM | محاكاة الديناميكا الجزيئية القائمة على مناظر طي محسّنة موجهة بالقالب ومعززة بالتطور المشترك | خادم ويب آلي |
التعرف على عملية الربط والطي
| اسم | طريقة | وصف | تاريخ الافراج عنه |
|---|---|---|---|
| IntFOLD | واجهة موحدة لـ: التنبؤ بالبنية الثلاثية/النمذجة ثلاثية الأبعاد، تقييم جودة النموذج ثلاثي الأبعاد، التنبؤ بالاضطراب الجوهري، التنبؤ بالنطاقات، التنبؤ ببقايا ارتباط البروتين بالرابط | خادم ويب آلي وبعض البرامج القابلة للتنزيل | |
| رابتور إكس | الكشف عن القوالب عن بُعد، ومعالجة القوالب المفردة والمتعددة، يختلف تمامًا عن برنامج RAPTOR القديم الذي صممته نفس المجموعة، وهو أفضل منه بكثير. | خادم ويب مزود بمدير مهام، ومكتبة طي يتم تحديثها تلقائيًا | |
| HHpred | الكشف عن القوالب، والمحاذاة، والنمذجة ثلاثية الأبعاد | خادم ويب تفاعلي مزود بخاصية المساعدة | |
| فاير ، فاير2 | الكشف عن القوالب عن بُعد، والمحاذاة، والنمذجة ثلاثية الأبعاد، والقوالب المتعددة، والنمذجة من الصفر | خادم ويب مزود بمدير مهام، ومكتبة طيات يتم تحديثها تلقائيًا، وبحث في الجينوم، وغيرها من الميزات. | |
| آي-تاسر | إعادة تجميع بنية أجزاء الخيوط | خادم إلكتروني لنمذجة البروتينات https://zhanggroup.org/I-TASSER/ |
التنبؤ بالبنية من الصفر
| اسم | طريقة | وصف | تاريخ الافراج عنه |
|---|---|---|---|
| trRosetta | trRosetta هي خوارزمية للتنبؤ السريع والدقيق ببنية البروتين. وهي تدعم التنبؤ ببنية التسلسل الفردي باستخدام trRosettaX-Single. | يتوفر خادم الويب وشفرات المصدر على الرابط التالي: https://yanglab.qd.sdu.edu.cn/trRosetta/ | |
| روبيتا | نمذجة التماثل في برنامج Rosetta وتجميع الأجزاء من الصفر باستخدام التنبؤ بمجال Ginzu | خادم الويب | |
| Rosetta@home | تطبيق الحوسبة الموزعة لخوارزمية روزيتا | برنامج قابل للتنزيل | |
| أذن البحر | طي الجزيئات باستخدام الديناميكا الجزيئية | برنامج | |
| سي-كوارك | C-QUARK هي طريقة للتنبؤ ببنية البروتين من الصفر . تعتمد على تنبؤات خريطة التلامس القائمة على التعلم العميق في محاكاة تجميع الأجزاء. | خادم الويب https://zhanggroup.org/C-QUARK/ | |
| ألفا فولد 2 | إطار عمل متكامل للتعلم العميق للتنبؤ ببنية البروتين | خادم ويب وبرنامج قابل للتنزيل | |
| دي-تاسر | وبحسب ما ورد، يتفوق برنامج I-TASSER القائم على التعلم العميق على كل من AlphaFold2 و AlphaFold3 | خادم الويب https://zhanggroup.org/DI-TASSER/ |
التنبؤ بالبنية الثانوية
يمكن الاطلاع على قائمة مفصلة بالبرامج في قائمة برامج التنبؤ بالبنية الثانوية للبروتين.
انظر أيضاً
روابط خارجية
- bio.tools ، العثور على المزيد من الأدوات
مراجع
فئات :
- قوائم البرامج
- طرق البروتين
- بنية البروتين
- برامج المعلوماتية الحيوية الهيكلية
- علم البروتينات