مقارنة برامج محاكاة الأحماض النووية

هذه قائمة ببرامج الكمبيوتر البارزة المستخدمة في محاكاة الأحماض النووية .

الحد الأدنى - التحسين
MD – الديناميكا الجزيئية
إم سي – مونت كارلو
طريقة تبادل النسخ المتماثلة (REM)
Crt – الإحداثيات الديكارتية
الإحداثيات الداخلية
Exp – ماء صريح
الماء الضمني
تفاعلات الليجاند مع الليجاند
وحدة معالجة الرسومات - تسريع الأجهزة

اسم	عرض ثلاثي الأبعاد	بناء النموذج	مين	طبيب	مقدم الحفل	ريم	المحكمة	عدد صحيح	خبرة	عفريت	ليغ	وحدة معالجة الرسومات	تعليقات	رخصة	موقع إلكتروني
أذن البحر	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	الحمض النووي ، البروتينات ، الروابط	حر	جزيء رشيق
العنبر ^{[ 1 ]}	لا	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم ^{[ 2 ]}	مجال قوة العنبر	ملكية خاصة	ambermd.org
مصمم أسكالاف	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	لا	كهرماني	مجاني، رخصة جنو العمومية	biomolecular-modeling.com
سحر	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	لا	مجال قوة CHARMM	ملكية خاصة	charmm.org
CP2K	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نعم		مجاني، رخصة جنو العمومية	cp2k.org
جهاز التنبؤ (مثبت) ^{[ 3 ]}	نعم	لا	نعم	لا	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا	ارتباط الجزيئات الصغيرة بالأحماض النووية مع وضع الماء	مجاني للأوساط الأكاديمية، حقوق الملكية محفوظة	تمت أرشفة برنامج التنبؤ الجزيئي في 9 يوليو 2019 على موقع Wayback Machine.
ICM ^{[ 4 ]}	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	لا	التحسين العالمي	ملكية خاصة	مولسوفت
يونان ^{[ 5 ]}	لا	نعم	نعم	لا	لا	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	لا		ملكية خاصة
MDynaMix ^{[ 6 ]}	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا	طبيب شائع	مجاني، رخصة جنو العمومية	جامعة ستوكهولم
بيئة التشغيل الجزيئية (MOE)	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا		ملكية خاصة	مجموعة الحوسبة الكيميائية
مُنشئ الأحماض النووية (NAB) ^{[ 7 ]}	لا	نعم	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	يُنشئ نماذج للحمض النووي DNA والحمض النووي الريبي RNA غير العاديين	مجاني، رخصة جنو العمومية	جامعة نيو جيرسي
الديناميكا الجزيئية على المستوى النانوي ( NAMD )	نعم	لا	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	نعم	محاكاة ديناميكية جزيئية سريعة ومتوازية، CUDA	حر	جامعة إلينوي
oxDNA ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	نماذج تقريبية للحمض النووي DNA والحمض النووي الريبي RNA	مجاني، رخصة جنو العمومية	dna.physics.ox.ac.uk لامبس سي جي-دي إن إيه
QRNAS ^{[ 10 ]}	لا	لا	نعم	لا	لا	لا	نعم	لا	لا	نعم	لا	لا	تحسين عالي الدقة لنماذج الحمض النووي الريبي (RNA ) والحمض النووي (DNA) والهجائن باستخدام مجال قوة AMBER .	مجاني، رخصة جنو العمومية	جينسيليكو جيت هاب
SimRNA ^{[ 11 ]}	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نمذجة RNA ذات الحبيبات الخشنة	مجاني للأكاديميين، حقوق الملكية	جينيسيليكو
SimRNAweb ^{[ 12 ]}	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نمذجة RNA ذات الحبيبات الخشنة	حر	جينيسيليكو
ياسارا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا	محاكاة تفاعلية	ملكية خاصة	www.YASARA.org

انظر أيضاً

References

↑Cornell W.D.; Cieplak P.; Bayly C.I.; Gould I.R.; Merz K.M., Jr.; Ferguson D.M.; Spellmeyer D.C.; Fox T.; Caldwell J.W.; Kollman P.A. (1995). "A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules". J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. Bibcode:1995JAChS.117.5179C. CiteSeerX 10.1.1.323.4450. doi:10.1021/ja00124a002.
↑"The pmemd.cuda GPU Implementation".
↑Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24 June 2019). "Predicting Positions of Bridging Water Molecules in Nucleic Acid-Ligand Complexes". Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (6): 2941–2951. doi:10.1021/acs.jcim.9b00163. ISSN 1549-960X. PMID 30998377. S2CID 121630416.
↑Abagyan R.A., Totrov M.M. & Kuznetsov D.A. (1994). "Icm: A New Method For Protein Modeling and Design: Applications To Docking and Structure Prediction From The Distorted Native Conformation". J. Comput. Chem. 15 (5): 488–506. Bibcode:1994JCoCh..15..488A. doi:10.1002/jcc.540150503. S2CID 206038130.
↑Lavery, R., Zakrzewska, K. and Sklenar, H. (1995). "JUMNA: junction minimisation of nucleic acids". Comput. Phys. Commun. 91 (1–3): 135–158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. doi:10.1016/0010-4655(95)00046-I.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
↑A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix – A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures". Computer Physics Communications. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
↑ ماكي تي وكيس دي إيه (1998). "نمذجة هياكل الأحماض النووية غير العادية". النمذجة الجزيئية للأحماض النووية : 379-393 .
↑ بيتر شولتش؛ فلافيو رومانو؛ توماس إي. أولدريدج؛ لورينزو روفيجاتي؛ جوناثان بي كيه دوي؛ آرد إيه. لويس (2012). "الديناميكا الحرارية المعتمدة على التسلسل لنموذج الحمض النووي ذي الحبيبات الخشنة". مجلة الفيزياء الكيميائية . 137 (13): 135101. arXiv : 1207.3391 . Bibcode : 2012JChPh.137m5101S . doi : 10.1063/1.4754132 . PMID 23039613. S2CID 15555697 .
↑ أوليفر هنريش؛ يائير أوغوستو غوتيريز فوسادو؛ تين كورك؛ توماس إي أولدريدج (2018). "محاكاة تقريبية للحمض النووي باستخدام LAMMPS : تطبيق نموذج oxDNA وتطبيقاته". المجلة الأوروبية للفيزياء الكهربائية 41 ( 5): 57. arXiv : 1802.07145 . doi : 10.1140 / epje/i2018-11669-8 . PMID 29748779. S2CID 3431325 .
↑ ستاسيفيتش، يوليوس؛ موخيرجي، سوناندان؛ نيثين، تشاندرا؛ بوجنيكي، يانوش م. (21-03-2019). "QRNAS: أداة برمجية لتحسين هياكل الأحماض النووية" . BMC Structural Biology . 19 (1): 5. doi : 10.1186/s12900-019-0103-1 . ISSN 1472-6807 . PMC 6429776. PMID 30898165 .
^ بونيكي، ميشال ج. لاش، جرزيجورز؛ داوسون، واين ك. تومالا، كونراد. لوكاش، باول. سولتيسينسكي، توماسز؛ روثر، كريستيان م. بوجنيكي، يانوش م. (2015/12/19). "SimRNA: طريقة خشنة الحبيبات لمحاكاة طي الحمض النووي الريبي (RNA) والتنبؤ بالبنية ثلاثية الأبعاد" . أبحاث الأحماض النووية . 44 (7): هـ63. دوى : 10.1093/نار/gkv1479 . ISSN 0305-1048 . بمك 4838351 . بميد 26687716 .
↑ ماغنوس، مارسين؛ بونيكي، ميخال ج.؛ داوسون، واين؛ بوجنيكي، يانوش م. (19 أبريل 2016). "SimRNAweb: خادم ويب لنمذجة بنية الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد مع قيود اختيارية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 44 (W1): W315– W319. doi : 10.1093/nar/gkw279 . ISSN 0305-1048 . PMC 4987879. PMID 27095203 .

[1] Cornell W.D.; Cieplak P.; Bayly C.I.; Gould I.R.; Merz K.M., Jr.; Ferguson D.M.; Spellmeyer D.C.; Fox T.; Caldwell J.W.; Kollman P.A. (1995). "A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules". J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. Bibcode:1995JAChS.117.5179C. CiteSeerX 10.1.1.323.4450. doi:10.1021/ja00124a002.

[2] "The pmemd.cuda GPU Implementation".

[3] Wei, Wanlei; Luo, Jiaying; Waldispühl, Jérôme; Moitessier, Nicolas (24 June 2019). "Predicting Positions of Bridging Water Molecules in Nucleic Acid-Ligand Complexes". Journal of Chemical Information and Modeling. 59 (6): 2941–2951. doi:10.1021/acs.jcim.9b00163. ISSN 1549-960X. PMID 30998377. S2CID 121630416.

[4] Abagyan R.A., Totrov M.M. & Kuznetsov D.A. (1994). "Icm: A New Method For Protein Modeling and Design: Applications To Docking and Structure Prediction From The Distorted Native Conformation". J. Comput. Chem. 15 (5): 488–506. Bibcode:1994JCoCh..15..488A. doi:10.1002/jcc.540150503. S2CID 206038130.

[5] Lavery, R., Zakrzewska, K. and Sklenar, H. (1995). "JUMNA: junction minimisation of nucleic acids". Comput. Phys. Commun. 91 (1–3): 135–158. Bibcode:1995CoPhC..91..135L. doi:10.1016/0010-4655(95)00046-I.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)

[6] A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix – A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures". Computer Physics Communications. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. doi:10.1016/S0010-4655(99)00529-9.

[7] ماكي تي وكيس دي إيه (1998). "نمذجة هياكل الأحماض النووية غير العادية". النمذجة الجزيئية للأحماض النووية : 379-393 .

[8] بيتر شولتش؛ فلافيو رومانو؛ توماس إي. أولدريدج؛ لورينزو روفيجاتي؛ جوناثان بي كيه دوي؛ آرد إيه. لويس (2012). "الديناميكا الحرارية المعتمدة على التسلسل لنموذج الحمض النووي ذي الحبيبات الخشنة". مجلة الفيزياء الكيميائية . 137 (13): 135101. arXiv : 1207.3391 . Bibcode : 2012JChPh.137m5101S . doi : 10.1063/1.4754132 . PMID 23039613. S2CID 15555697 .

[9] أوليفر هنريش؛ يائير أوغوستو غوتيريز فوسادو؛ تين كورك؛ توماس إي أولدريدج (2018). "محاكاة تقريبية للحمض النووي باستخدام LAMMPS : تطبيق نموذج oxDNA وتطبيقاته". المجلة الأوروبية للفيزياء الكهربائية 41 ( 5): 57. arXiv : 1802.07145 . doi : 10.1140 / epje/i2018-11669-8 . PMID 29748779. S2CID 3431325 .

[10] ستاسيفيتش، يوليوس؛ موخيرجي، سوناندان؛ نيثين، تشاندرا؛ بوجنيكي، يانوش م. (21-03-2019). "QRNAS: أداة برمجية لتحسين هياكل الأحماض النووية" . BMC Structural Biology . 19 (1): 5. doi : 10.1186/s12900-019-0103-1 . ISSN 1472-6807 . PMC 6429776. PMID 30898165 .

[11] بونيكي، ميشال ج. لاش، جرزيجورز؛ داوسون، واين ك. تومالا، كونراد. لوكاش، باول. سولتيسينسكي، توماسز؛ روثر، كريستيان م. بوجنيكي، يانوش م. (2015/12/19). "SimRNA: طريقة خشنة الحبيبات لمحاكاة طي الحمض النووي الريبي (RNA) والتنبؤ بالبنية ثلاثية الأبعاد" . أبحاث الأحماض النووية . 44 (7): هـ63. دوى : 10.1093/نار/gkv1479 . ISSN 0305-1048 . بمك 4838351 . بميد 26687716 .

[12] ماغنوس، مارسين؛ بونيكي، ميخال ج.؛ داوسون، واين؛ بوجنيكي، يانوش م. (19 أبريل 2016). "SimRNAweb: خادم ويب لنمذجة بنية الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد مع قيود اختيارية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 44 (W1): W315– W319. doi : 10.1093/nar/gkw279 . ISSN 0305-1048 . PMC 4987879. PMID 27095203 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

اللغة	العربية (RTL)
روابط موسوعية	30 رابطاً
المصدر الأصلي	ويكيبيديا ↗