بيوكلايب

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

مشروع Bioclipse عبارة عن منصة مرئية مفتوحة المصدر تعتمد على لغة جافا ، وتُستخدم في مجال المعلوماتية الكيميائية والبيولوجية ، وهي مبنية على منصة Eclipse Rich Client Platform (RCP). [ 2 ] [ 3 ]

عن

حصل برنامج Bioclipse على وظائف البرمجة النصية في عام 2009، [ 4 ] وإصدار سطر الأوامر في عام 2021. [ 5 ]

مثل أي تطبيق RCP، يستخدم Bioclipse بنية إضافية ترث الوظائف الأساسية والواجهات المرئية من Eclipse، مثل نظام المساعدة وتحديثات البرامج والتفضيلات والنشر عبر الأنظمة الأساسية وما إلى ذلك. من خلال إضافاته، يوفر Bioclipse وظائف للكيمياء والمعلوماتية الحيوية، ونقاط توسيع يمكن توسيعها بسهولة بواسطة إضافات أخرى، وربما تكون مملوكة، لتوفير وظائف إضافية.

منتج

يتضمن الإصدار المستقر الأول من Bioclipse إضافةً لمجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK) لتوفير واجهة خلفية للمعلومات الكيميائية، وإضافةً لبرنامج Jmol لعرض الجزيئات ثلاثي الأبعاد، وإضافةً لبرنامج BioJava لتحليل التسلسل. وقد أُضيفت مؤخرًا منصة R ، باستخدام StatET، [ 6 ] وOpenTox. [ 7 ]

تم تطوير برنامج Bioclipse بالتعاون بين مجموعة علم البروتينات الكيميائية، قسم العلوم الصيدلانية الحيوية، جامعة أوبسالا ، السويد، ومجموعة كريستوف شتاينبك في المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية ، وقسم الكيمياء التحليلية في جامعة ليدن ، ولكنه يشمل أيضًا امتدادات طُوّرت في معاهد أكاديمية أخرى، بما في ذلك معهد كارولينسكا وجامعة ماستريخت . [ 8 ] ويحظى هذا التطوير بدعم الرابطة الدولية لبرنامج Bioclipse. [ 9 ]

لغة برمجة بيوكليبس

لغة برمجة Bioclipse (BSL) هي بيئة برمجة نصية، تعتمد حاليًا على JavaScript و Groovy . وهي تُوسّع لغة البرمجة النصية بإضافة مُديرين يُغلّفون وظائف مكتبات خارجية، كما ذُكر سابقًا. تُتيح هذه البرامج النصية إمكانية مشاركة التحليلات في Bioclipse، على سبيل المثال، على موقع MyExperiment.org . يُعرّف Bioclipse عددًا من أنواع البيانات الأساسية التي يدعمها المُديرون، مما يسمح باستخدام المعلومات فيما بينهم.

مراجع

  1. ↑ "Bioclipse - تصفح /Bioclipse على SourceForge.net" .
  2. ↑ علا سبجوث، توبياس هيلموس، إيغون إل ويليغاجين، ستيفان كون، مارتن إكلوند، يوهانس فاغنر، بي موراي روست ، كريستوف شتاينبك، يارل إس ويكبيرج، Bioclipse: طاولة عمل مفتوحة المصدر للمعلوماتية الكيميائية والحيوية ، BMC Bioinformatics، 2007 ، 8 . دوى : 10.1186 / 1471-2105-8-59
  3. ↑ حسن، مهدي (24 يناير 2023). "أفضل 20 أداة في المعلوماتية الحيوية لأنظمة لينكس" . UbuntuPIT . تاريخ الاسترجاع: 14 سبتمبر 2023 .
  4. ↑ أولا سبجوث، جوناثان ألفارسون، أرفيد بيرج، مارتن إكلوند، ستيفان كون، كارل ماساك، جيلين تورانس، يوهانس فاغنر، إيغون إل ويليغاغن، كريستوف ستاينبيك، ويارل إس ويكبيرغ، Bioclipse 2: منصة تكامل قابلة للبرمجة لعلوم الحياة ، BMC Bioinformatics، 2009 ، 10 ، دوى : 10.1186/1471-2105-10-397
  5. ↑ ويليغهاجن، إيغون (23 يونيو 2021). "باكتينغ: جيل جديد من برنامج بيوكليبس يعمل عبر سطر الأوامر" . مجلة البرمجيات مفتوحة المصدر . 6 (62): 2558. رمز Bibcode : 2021JOSS....6.2558W . doi : 10.21105/joss.02558 .
  6. ↑ سبيوث، أ.؛ جورجيف، ف.؛ كارلسون، ل.؛ ألفارسون، ج.؛ بيرغ، أ.؛ ويليغهاغن، إ.؛ ويكبيرغ، ج. إ. س.؛ إكلوند، م. (2012). "Bioclipse-R: دمج إدارة بيانات علوم الحياة وتصورها مع التحليل الإحصائي" . المعلوماتية الحيوية . 29 (2): 286-289 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts681 . PMC 3546796. PMID 23178637 .  
  7. ↑ ويليغهاجن، إي إل؛ جيليازكوفا، ن.؛ هاردي، ب.؛ غرافستروم، آر سي؛ سبيوث، أو. (2011). " علم السموم الحاسوبي باستخدام واجهة برمجة تطبيقات OpenTox وبرنامج Bioclipse" . BMC Research Notes . 4 : 487. doi : 10.1186/1756-0500-4-487 . PMC 3264531. PMID 22075173 .  
  8. ↑ "مختبرات بيوكليبس" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 20 يوليو 2011. تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 فبراير 2010 .
  9. ^ جامعة أوبسالا Pressmedelanden: Dubbla utmärkelser för IT/bioteknik-system أرشفة 8 أغسطس 2007 في آلة Wayback .