مجموعة أدوات تطوير الكيمياء

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

مجموعة أدوات تطوير الكيمياء ( CDK ) هي برنامج حاسوبي ، ومكتبة مكتوبة بلغة البرمجة جافا ، تُستخدم في المعلوماتية الكيميائية والمعلوماتية الحيوية . [ 4 ] [ 5 ] وهي متوفرة لأنظمة ويندوز ، ولينكس ، ويونكس ، وماك أو إس . وهي برنامج مجاني ومفتوح المصدر ، يُوزع بموجب رخصة جنو العمومية الصغرى (LGPL) 2.0.

تاريخ

تم إنشاء CDK بواسطة كريستوف شتاينبك ، وإيغون ويليغهاغن، ودان جيزيلتر، مطوري Jmol و JChemPaint آنذاك ، لتوفير قاعدة بيانات مشتركة، وذلك في الفترة من 27 إلى 29 سبتمبر 2000 في جامعة نوتردام . صدرت النسخة الأولى من شفرة المصدر في 11 مايو 2011. [ 6 ] ومنذ ذلك الحين، ساهم أكثر من 100 شخص في المشروع، [ 7 ] مما أدى إلى مجموعة غنية من الوظائف، كما هو موضح أدناه. بين عامي 2004 و2007، كانت CDK News هي النشرة الإخبارية للمشروع، وجميع مقالاتها متاحة في أرشيف عام. [ 8 ] ونظرًا لعدم استقرار معدل المساهمات، تم تعليق النشرة.

لاحقًا، أُدخلت اختبارات الوحدات، وفحص جودة الكود، والتحقق من صحة Javadoc . طوّر راجارشي غوها نظام بناء ليليًا، يُسمى Nightly، ولا يزال يعمل في جامعة أوبسالا . [ 9 ] في عام 2012، أصبح المشروع مدعومًا من قِبل InChI Trust ، لتشجيع استمرار تطويره. تستخدم المكتبة JNI-InChI [ 10 ] لإنشاء مُعرّفات كيميائية دولية (InChIs). [ 11 ] في أبريل 2013، انضم جون مايفيلد (اسمه قبل الزواج ماي) إلى فريق مديري إصدارات CDK، لإدارة فرع التطوير. [ 12 ]

مكتبة

تُعدّ CDK مكتبةً وليست برنامجًا للمستخدم. ومع ذلك، فقد تم دمجها في بيئات متنوعة لإتاحة وظائفها. تُستخدم CDK حاليًا في العديد من التطبيقات، بما في ذلك لغة البرمجة R ، [ 13 ] وCDK-Taverna ( إضافة لبيئة عمل Taverna )، [ 14 ] وBioclipse وPaDEL، [ 15 ] وCinfony. [ 16 ] كما توجد امتدادات CDK لبرنامج Konstanz Information Miner ( KNIME ) [ 17 ] ولبرنامج Excel ، تُسمى LICSS (). [ 18 ]

في عام 2008، أُزيلت أجزاء من الكود المرخص بموجب رخصة جنو العمومية (GPL) من المكتبة. ورغم أن هذه الأجزاء كانت مستقلة عن مكتبة CDK الرئيسية، ولم يكن هناك أي انتهاك لحقوق النسخ، فقد تم إنشاء مشروع ChemoJava لتجنب أي لبس لدى المستخدمين. [ 19 ]

الميزات الرئيسية

المعلوماتية الكيميائية

المعلوماتية الحيوية

  • الكشف عن الموقع النشط للبروتين
  • الكشف عن الربيطة المتوافقة [ 25 ]
  • تحديد المستقلبات [ 26 ]
  • قواعد بيانات المسارات
  • واصفات البروتين ثنائية وثلاثية الأبعاد [ 27 ]

عام

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء - تصفح /OldFiles على موقع SourceForge.net" .
  2. ^ “سي دي كيه/سي دي كيه: سي دي كيه 2.11”. زينودو . 2025-03-29. دوى : 10.5281/زينودو.15105090 .
  3. ^ مايفيلد ، جون. ويليهاجين، إيغون؛ أوجيهارا، كازويا؛ الرحمن، سيد أسد؛ الفارسون، جوناثان؛ جرازوليس، سوليوس؛ سزيسز، دانيال. ويليامسون، مارك ج. كوتشيف، نيكولاي؛ جيليازكوفا، نينا؛ باخ، اريك. بيرج، أرفيد. كلارك، اليكس. ستيفان، رالف. وينك، مايكل. ستيكر، أوليفر. جونسون، كلاس. بورجون، لايل. كاتسوبو، ديمتري؛ كولر، أولي؛ هارمون ، سايروس (2018-10-30). "سي دي كيه/سي دي كيه: سي دي كيه 2.2". زينودو . دوى : 10.5281/زينودو.1474247 .
  4. ↑ شتاينبك، سي.؛ هان، واي كيو؛ كون، إس.؛ هورلاخر، أو.؛ ​​لوتيمان، إي.؛ ويليغهاجن، إي إل (2003). "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK): مكتبة جافا مفتوحة المصدر للمعلوماتية الكيميائية والبيولوجية" . مجلة المعلومات الكيميائية وعلوم الحاسوب . 43 (2): 493-500 . doi : 10.1021/ci025584y . PMC 4901983. PMID 12653513 .  
  5. ↑ ويليغهاجن، إيغون ل.؛ مايفيلد، جون و.؛ ألفارسون، جوناثان؛ بيرغ، أرفيد؛ كارلسون، لارس؛ جيلياكوفا، نينا؛ كون، ستيفان؛ بلسكال، توماش؛ روخاس-شيرتو، ميكيل (2017-06-06). "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK) الإصدار 2.0: تصنيف الذرات، والتصوير، والصيغ الجزيئية، والبحث عن البنية الفرعية" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 9 (1): 33. doi : 10.1186/s13321-017-0220-4 . ISSN 1758-2946 . PMC 5461230. PMID 29086040 .   
  6. ↑ "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء - تصفح /OldFiles على موقع SourceForge.net" .
  7. ↑ "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK)" . جيت هاب . 12 أكتوبر 2021.
  8. ↑ "مجموعة أدوات تطوير الكيمياء - تصفح أخبار /CDK على موقع SourceForge.net" .
  9. ↑ "CDK 1.5.x Nightly Build - 2013-05-10 (21:21) [ Commit 2abcb5d61304e58d55ea26a23ebd0d375deea36d ] " . مؤرشف من الأصل بتاريخ 2013-05-24 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2013-08-05 .
  10. ↑ "الصفحة الرئيسية" . jni-inchi.sourceforge.net .
  11. ↑ سبيوث، أ.؛ بيرغ، أ.؛ آدامز، س.؛ ويليغهاغن، إي. إل. (2013). "تطبيقات InChI في المعلوماتية الكيميائية باستخدام CDK وBioclipse" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 5 (1): 14. doi : 10.1186/1758-2946-5-14 . PMC 3674901. PMID 23497723 .  
  12. ↑ "جون ماي هو الآن مدير إصدار CDK 1.5.x" .
  13. ↑ غوها، ر. (2007). "وظائف المعلوماتية الكيميائية في لغة البرمجة R" . مجلة البرمجيات الإحصائية . 18 (5): 1-16 . doi : 10.18637/jss.v018.i05 .
  14. ↑ كون، ت.؛ ويليغهاجن، إي. إل.؛ زيلسني، أ.؛ شتاينبك، س. (2010). "CDK-Taverna: بيئة عمل مفتوحة لعلم المعلوماتية الكيميائية" . BMC Bioinformatics . 11 : 159. doi : 10.1186/1471-2105-11-159 . PMC 2862046. PMID 20346188 .  
  15. ↑ ياب، سي دبليو (2011). " PaDEL-descriptor: برنامج مفتوح المصدر لحساب الواصفات والبصمات الجزيئية" . مجلة الكيمياء الحاسوبية . 32 (7): 1466-1474 . doi : 10.1002/jcc.21707 . PMID 21425294. S2CID 206032727 .  
  16. ↑ أوبويل، نويل م (2008). "سينفوني - دمج مجموعات أدوات المعلوماتية الكيميائية مفتوحة المصدر خلف واجهة مشتركة" . مجلة الكيمياء المركزية . 2 (1): 24. doi : 10.1186/1752-153X-2-24 . PMC 2646723. PMID 19055766 .  
  17. ↑ بيسكين، س.؛ مينل، ت.؛ ويسويدل، ب.؛ دي فيغيريدو، ل. ف.؛ بيرتهولد، م.؛ شتاينبك، س. (2013). "KNIME-CDK: معلوماتية كيميائية مدفوعة بسير العمل" . BMC Bioinformatics . 14 : 257. doi : 10.1186 / 1471-2105-14-257 . PMC 3765822. PMID 24103053 .  
  18. ↑ لوسون، ك. ر.؛ لوسون، ج . (2012). "LICSS - جدول بيانات كيميائي في مايكروسوفت إكسل" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 4 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-4-3 . PMC 3310842. PMID 22301088 .  
  19. ↑ كيمو جافا
  20. ↑ بيرغر، فرانزيسكا؛ فلام، كريستوف؛ غليس، بيترا م.؛ ليدولد، جوزيف؛ ستادلر، بيتر ف. (مارس 2004). "أمثلة مضادة في إدراك الحلقة الكيميائية" . مجلة المعلومات الكيميائية وعلوم الحاسوب . 44 (2): 323-331 . doi : 10.1021/ci030405d . PMID 15032507 . 
  21. ↑ ماي، جون دبليو؛ شتاينبك، كريستوف (2014). " إدراك فعال للحلقات في مجموعة أدوات تطوير الكيمياء" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 6 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-6-3 . PMC 3922685. PMID 24479757 .  
  22. ↑ شتاينبك، سي.؛ هوب، سي.؛ كون، إس.؛ فلوريس، إم.؛ غوها، آر.؛ ويليغهاغن، إي إل (2006). "التطورات الحديثة لمجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK) - مكتبة جافا مفتوحة المصدر للمعلوماتية الكيميائية والحيوية" . مجلة التصميم الصيدلاني الحالي . 12 (17): 2111-2120 . doi : 10.2174/138161206777585274 . hdl : 2066/35445 . PMID 16796559. مؤرشف من الأصل في 25 يوليو 2011. غوانغلي، م.؛ ييو، ج. (2006). "التنبؤ بنفاذية خلايا Caco-2 باستخدام آلة المتجهات الداعمة ومجموعة تطوير الكيمياء" . مجلة العلوم الصيدلانية . 9 (2): 210-221 . PMID 16959190 . 
  23. ↑ كلارك، أليكس م؛ ساركير، مالابيكا ؛ إيكينز، شون (2014). "أدوات جديدة للتنبؤ بالأهداف وتصويرها باستخدام بصمات جزيئية مفتوحة المصدر لبرنامج TB Mobile 2.0" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 6 : 38. doi : 10.1186/s13321-014-0038-2 . PMC 4190048. PMID 25302078 .  
  24. ^ بيرونسيلي، جي. روخاس تشيرتو، م.؛ فيشيرا، د.؛ رايمرز، T .؛ كولير، ل.؛ فاولون، JL. هانكمير، ت. (2012). "يا إلهي: مولد الجزيئات المفتوحة" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 4 (1): 21. دوى : 10.1186/1758-2946-4-21 . بمك 3558358 . بميد 22985496 .  
  25. ↑ باشتون، م.؛ نوبيلي، إ.؛ ثورنتون، ج.م. (2006). "تحديد نطاقات الربيطة المتوافقة للإنزيمات" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 364 (4): 836-852 . doi : 10.1016/j.jmb.2006.09.041 . PMID 17034815 . 
  26. ↑ روخاس-شيرتو، م.؛ كاسبر، ب.ت.؛ ويليغهاجن، إ.ل.؛ فريكن، ر.ج.؛ هانكيمير، ت.؛ ريمرز، ت.هـ. (2011). "تحديد التركيب العنصري بناءً على MSn" . المعلوماتية الحيوية . 27 (17): 2376-2383 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr409 . PMID 21757467 . 
  27. ↑ رويز-بلانكو، ياسر ب؛ باز، والدو؛ غرين، جيمس؛ ماريرو-بونس، يوفاني (2015). " ProtDCal: برنامج لحساب الواصفات العددية العامة لتسلسلات وبنى البروتينات ثلاثية الأبعاد" . BMC Bioinformatics . 16 : 162. doi : 10.1186/s12859-015-0586-0 . PMC 4432771. PMID 25982853 .