بيوجافا

الموسوعة الحرة

BioJava هو مشروع برمجي مفتوح المصدر مخصص لتوفير أدوات جافا لمعالجة البيانات البيولوجية . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] BioJava عبارة عن مجموعة من وظائف المكتبة المكتوبة بلغة البرمجة جافا لمعالجة التسلسلات، وبنى البروتينات، ومحللات الملفات، والتوافق مع بنية وسيط طلب الكائنات المشتركة (CORBA)، ونظام الشرح الموزع (DAS)، والوصول إلى AceDB ، والبرمجة الديناميكية، وإجراءات إحصائية بسيطة. يدعم BioJava نطاقًا واسعًا من البيانات، بدءًا من تسلسلات الحمض النووي والبروتينات وصولًا إلى بنى البروتينات ثلاثية الأبعاد. تُعد مكتبات BioJava مفيدة لأتمتة العديد من مهام المعلوماتية الحيوية اليومية والروتينية ، مثل تحليل ملفات بنك بيانات البروتين (PDB)، والتفاعل مع Jmol، وغيرها الكثير. [ 4 ] توفر واجهة برمجة التطبيقات (API) هذه محللات ملفات ونماذج بيانات وخوارزميات متنوعة لتسهيل العمل مع تنسيقات البيانات القياسية، مما يُمكّن من تطوير التطبيقات وتحليلها بسرعة.

تشمل المشاريع الإضافية من BioJava كلاً من rcsb-sequenceviewer و biojava-http و biojava-spark و rcsb-viewers.

سمات

توفر لغة BioJava وحدات برمجية للعديد من المهام النموذجية لبرمجة المعلوماتية الحيوية. وتشمل هذه المهام ما يلي:

التاريخ والمنشورات

نشأ مشروع BioJava من عمل توماس داون وماثيو بوكوك لإنشاء واجهة برمجة تطبيقات (API) لتسهيل تطوير أدوات المعلوماتية الحيوية القائمة على لغة جافا. BioJava مشروع مفتوح المصدر نشط، تم تطويره على مدار أكثر من 12 عامًا بمشاركة أكثر من 60 مطورًا. يُعد BioJava واحدًا من مشاريع Bio* العديدة المصممة للحد من تكرار التعليمات البرمجية. [ 5 ] ومن أمثلة هذه المشاريع التي تندرج تحت Bio*، إلى جانب BioJava ، BioPython [ 6 ] و BioPerl [ 7 ] وBioRuby [ 8 ] و EMBOSS [ 9 ] وغيرها.

في أكتوبر 2012، نُشرت أول ورقة بحثية حول BioJava. [ 10 ] وقد شرحت هذه الورقة بالتفصيل وحدات BioJava ووظائفها وغرضها.

اعتبارًا من نوفمبر 2018، أحصى جوجل سكولار أكثر من 130 استشهادًا. [ 11 ]

نُشرت أحدث ورقة بحثية حول BioJava في فبراير 2017. [ 12 ] وقد شرحت هذه الورقة بالتفصيل أداة جديدة تُسمى BioJava-ModFinder. تُستخدم هذه الأداة لتحديد تعديلات البروتينات ورسم خرائطها ثلاثية الأبعاد في بنك بيانات البروتينات ( PDB ). كما تم دمج الحزمة مع تطبيق RCSB PDB الإلكتروني ، مما أضاف تعليقات توضيحية لتعديلات البروتينات إلى مخطط التسلسل وعرض البنية. وقد تم تحديد أكثر من 30,000 بنية تحتوي على تعديلات بروتينية باستخدام BioJava-ModFinder، ويمكن الاطلاع عليها على موقع RCSB PDB الإلكتروني.

في عام ٢٠٠٨، نُشرت أول مذكرة تطبيقية لـ BioJava. [ ٢ ] نُقلت من مستودع CVS الأصلي إلى GitHub في أبريل ٢٠١٣. [ ١٣ ] نُقل المشروع إلى مستودع منفصل، BioJava-legacy، ولا يزال يُجرى عليه تحديثات طفيفة وإصلاحات للأخطاء. [ ١٤ ]

صدرت النسخة الثالثة في ديسمبر 2010، وكانت بمثابة تحديث رئيسي للنسخ السابقة. هدف هذا الإصدار إلى إعادة كتابة BioJava بحيث يمكن تقسيمها إلى وحدات صغيرة قابلة لإعادة الاستخدام، مما سهّل على المطورين المساهمة وقلّل من الاعتماديات. وقد استُلهم النهج الجديد في BioJava 3 من مشروع Apache Commons .

صدرت النسخة الرابعة في يناير 2015. وقد جلبت هذه النسخة العديد من الميزات الجديدة والتحسينات لحزم biojava-core و biojava-structure و biojava-structure-gui و biojava-phylo، بالإضافة إلى حزم أخرى. وكان BioJava 4.2.0 أول إصدار متاح باستخدام Maven من Maven Central.

صدرت النسخة الخامسة في مارس 2018، ما يُمثل إنجازًا هامًا للمشروع. يُعدّ BioJava 5.0.0 أول إصدار مبني على Java 8، والذي يُقدّم استخدام دوال لامدا واستدعاءات واجهة برمجة التطبيقات المتدفقة. كما طرأت تغييرات جوهرية على وحدة biojava-structure. بالإضافة إلى ذلك، جرى تعديل نماذج البيانات السابقة لهياكل الجزيئات الكبيرة لتتوافق بشكل أدق مع نموذج بيانات mmCIF . وكان هذا أول إصدار منذ أكثر من عامين. تشمل بعض التحسينات الأخرى تحسينات في وحدة biojava-structure لتحسين اكتشاف التناظر، ودعمًا إضافيًا لتنسيقات MMTF. كما تشمل التحسينات العامة الأخرى تحديثات Javadoc، وإصدارات التبعيات، واختبار جميع العناصر باستخدام Junit4. يحتوي هذا الإصدار على 1170 تعديلًا من 19 مساهمًا.

الوحدات

خلال الفترة 2014-2015، أُعيدت كتابة أجزاء كبيرة من قاعدة الشفرة الأصلية. يُمثل BioJava 3 نقلة نوعية عن سلسلة الإصدارات الأولى. يتألف الآن من عدة وحدات مستقلة بُنيت باستخدام أداة أتمتة تُسمى Apache Maven . [ 15 ] تُوفر هذه الوحدات أدوات متطورة لمقارنة بنية البروتين، ومحاذاة التسلسلات الثنائية والمتعددة، والتعامل مع تسلسلات الحمض النووي والبروتين، وتحليل خصائص الأحماض الأمينية، والكشف عن تعديلات البروتين، والتنبؤ بالمناطق غير المنتظمة في البروتينات، بالإضافة إلى مُحللات لتنسيقات الملفات الشائعة باستخدام نموذج بيانات ذي دلالة بيولوجية. نُقلت الشفرة الأصلية إلى مشروع BioJava Legacy منفصل، والذي لا يزال متاحًا للتوافق مع الإصدارات السابقة . [ 16 ]

أضافت BioJava 5 ميزات جديدة إلى وحدتين، وهما biojava-alignment و biojava-structure.

ستصف الأقسام التالية العديد من الوحدات الجديدة وتسلط الضوء على بعض الميزات الجديدة المضمنة في أحدث إصدار من BioJava.

الوحدة الأساسية

توفر هذه الوحدة فئات جافا لنمذجة تسلسلات الأحماض الأمينية أو النيوكليوتيدات . صُممت هذه الفئات بحيث تكون أسماؤها مألوفة وواضحة لعلماء الأحياء، كما أنها توفر تمثيلاً ملموساً للخطوات اللازمة لتحويل تسلسل الجين إلى تسلسل البروتين لعلماء الحاسوب والمبرمجين.

يتمثل أحد أبرز التغييرات بين مشروع BioJava القديم وBioJava3 في تصميم إطار العمل للاستفادة من الابتكارات الحديثة آنذاك في لغة Java. يُعرَّف التسلسل كواجهة عامة تُمكّن باقي الوحدات من إنشاء أي أداة تعمل على جميع التسلسلات. وقد تم تحديد فئات خاصة للتسلسلات الشائعة، مثل الحمض النووي DNA والبروتينات، لتحسين سهولة الاستخدام لعلماء الأحياء. يستفيد محرك الترجمة بشكل كبير من هذا العمل، إذ يسمح بالتحويل بين تسلسلات الحمض النووي DNA والحمض النووي RNA والأحماض الأمينية. يستطيع هذا المحرك التعامل مع تفاصيل مثل اختيار جدول الكودونات، وتحويل كودونات البدء إلى ميثيونين، وحذف كودونات التوقف، وتحديد إطار القراءة، ومعالجة التسلسلات الغامضة.

أُولي اهتمام خاص لتصميم تخزين التسلسلات لتقليل المساحة المطلوبة. وقد مكّنت أنماط تصميم خاصة، مثل نمط الوكيل (Proxy)، المطورين من إنشاء إطار عمل يسمح بتخزين التسلسلات في الذاكرة، واسترجاعها عند الطلب من خدمة ويب مثل UniProt، أو قراءتها من ملف FASTA حسب الحاجة. يوفر الأسلوبان الأخيران مساحة الذاكرة من خلال عدم تحميل بيانات التسلسل إلا عند الإشارة إليها في التطبيق. ويمكن توسيع هذا المفهوم ليشمل التعامل مع مجموعات بيانات جينومية ضخمة جدًا، مثل NCBI GenBank أو قاعدة بيانات خاصة.

وحدات بنية البروتين

تعرض هذه النافذة بروتينين بمعرفي "4hhb.A" و"4hhb.B" متطابقين. يظهر الكود على الجانب الأيسر. تم إنتاج هذا باستخدام مكتبات BioJava التي تستخدم بدورها برنامج Jmol viewer. [ 4 ] استُخدمت خوارزمية FATCAT [ 17 ] الصلبة لإجراء المحاذاة.

توفر وحدات بنية البروتين أدوات لتمثيل ومعالجة البنى الجزيئية الحيوية ثلاثية الأبعاد. وهي تركز على مقارنة بنية البروتين.

تم تطبيق الخوارزميات التالية وإدراجها في BioJava.

  • خوارزمية FATCAT لمحاذاة الأجسام المرنة والصلبة. [ 17 ]
  • خوارزمية التمديد التوافقي القياسية (CE). [ 18 ]
  • نسخة جديدة من تقنية الفصل الكهربائي الشعيري (CE) قادرة على اكتشاف التبديلات الدائرية في البروتينات. [ 19 ]

تُستخدم هذه الخوارزميات لتوفير أداة مقارنة البروتينات لبنك بيانات البروتين RCSB (PDB) [ 20 ] بالإضافة إلى إجراء مقارنات منهجية لجميع البروتينات في بنك بيانات البروتين أسبوعيًا. [ 21 ]

تتيح برامج تحليل ملفات PDB [ 22 ] وmmCIF [ 23 ] تحميل بيانات البنية في نموذج بيانات قابل لإعادة الاستخدام. يستخدم مشروع SIFTS هذه الميزة لربط تسلسلات UniProt ببنى PDB. [ 24 ] يمكن جلب المعلومات من RCSB PDB ديناميكيًا دون الحاجة إلى تنزيل البيانات يدويًا. ولأغراض العرض، تُوفر واجهة لبرنامج العرض ثلاثي الأبعاد Jmol. [ 4 ]

وحدات الجينوم والتسلسل

تركز هذه الوحدة على إنشاء كائنات تسلسل الجينات من الوحدة الأساسية. ويتحقق ذلك من خلال دعم تحليل تنسيقات الملفات القياسية الشائعة التالية التي تولدها تطبيقات التنبؤ الجيني مفتوحة المصدر:

  • ملفات GTF التي تم إنشاؤها بواسطة GeneMark [ 25 ]
  • تم إنشاء ملفات GFF2 بواسطة GeneID [ 26 ]
  • ملفات GFF3 التي تم إنشاؤها بواسطة Glimmer [ 27 ]

ثم تُكتب كائنات تسلسل الجينات بصيغة GFF3 ويتم استيرادها إلى GMOD. [ 28 ] هذه الصيغ محددة جيدًا، لكن ما يُكتب في الملف مرن للغاية.

لتوفير دعم الإدخال والإخراج للعديد من المتغيرات الشائعة لصيغة ملف FASTQ من أجهزة التسلسل من الجيل التالي، [ 29 ] تم توفير وحدة تسلسل منفصلة. للاطلاع على أمثلة حول كيفية استخدام هذه الوحدة، يرجى زيارة هذا الرابط .

وحدة المحاذاة

تحتوي هذه الوحدة على عدة فئات وأساليب تُمكّن المستخدمين من إجراء محاذاة تسلسلية ثنائية ومتعددة. يمكن محاذاة التسلسلات باستخدام خيط معالجة واحد أو عدة خيوط. تُطبّق BioJava خوارزمية Needleman-Wunsch [ 30 ] للمحاذاة الشاملة المثلى، وخوارزمية Smith and Waterman [ 31 ] للمحاذاة المحلية. تتوفر مخرجات كلتا المحاذاة، المحلية والشاملة، بتنسيقات قياسية. إضافةً إلى هاتين الخوارزميتين، يوجد تطبيق لخوارزمية Guan–Uberbacher [ 32 ] التي تُجري محاذاة التسلسل الشاملة بكفاءة عالية نظرًا لاستخدامها ذاكرة خطية فقط.

بالنسبة لمحاذاة التسلسل المتعدد ، يمكن استخدام أي من الطرق المذكورة أعلاه لإجراء محاذاة تسلسل متعددة بشكل تدريجي.

وحدة ModFinder

تطبيق نموذجي يستخدم وحدة ModFinder ووحدة بنية البروتين. تُسقط تعديلات البروتين على تسلسل وبنية الفيريدوكسين I (معرف PDB: 1GAO). [ 33 ] يظهر على تسلسل البروتين مجموعتان محتملتان من الحديد والكبريت (3Fe–4S (F3S): مثلثات/خطوط برتقالية؛ 4Fe–4S (SF4): معينات/خطوط بنفسجية). تُعرض مجموعة 4Fe–4S في نافذة بنية Jmol أعلى عرض التسلسل.

توفر وحدة ModFinder أساليب جديدة لتحديد وتصنيف تعديلات البروتينات في هياكلها ثلاثية الأبعاد. وقد جُمعت وصُقلت أكثر من 400 نوع مختلف من تعديلات البروتينات، مثل الفسفرة ، والغليكوزيل ، وروابط ثنائي الكبريتيد، وتكوين معقدات المعادن، وغيرها، استنادًا إلى الشروح في قواعد بيانات PSI-MOD [ 34 ] و RESID [ 35 ] وRCSB PDB [ 36 ] . كما توفر الوحدة واجهة برمجة تطبيقات (API) للكشف عن تعديلات البروتينات قبل الترجمة، وأثناءها، وبعدها ضمن هياكل البروتينات. ويمكن لهذه الوحدة أيضًا تحديد الفسفرة وعرض جميع التعديلات المُحمّلة مسبقًا من الهيكل.

وحدة خصائص الأحماض الأمينية

تهدف هذه الوحدة إلى توفير خصائص فيزيائية وكيميائية دقيقة للبروتينات. وفيما يلي الخصائص التي يمكن حسابها باستخدام هذه الوحدة:

تتضمن هذه الوحدة الأوزان الجزيئية الدقيقة للأحماض الأمينية الشائعة الموسومة بالنظائر. كما تتيح إمكانية تعريف جزيئات أحماض أمينية جديدة بأوزانها الجزيئية باستخدام ملفات تكوين XML بسيطة . وهذا مفيد في الحالات التي تتطلب دقة عالية في الكتلة، كما هو الحال في تجارب قياس الطيف الكتلي .

وحدة اضطراب البروتين

يهدف هذا البرنامج إلى تزويد المستخدمين بطرقٍ لاكتشاف الاضطرابات في جزيئات البروتين. يتضمن BioJava تطبيقًا بلغة Java لمتنبئ RONN . يستفيد BioJava 3.0.5 من دعم Java للمعالجة المتعددة لتحسين الأداء بما يصل إلى 3.2 ضعف [ 37 ] على جهاز حديث رباعي النواة، مقارنةً بتطبيق C القديم.

هناك طريقتان لاستخدام هذه الوحدة:

  • استخدام استدعاءات وظائف المكتبة
  • استخدام سطر الأوامر

تتضمن بعض ميزات هذه الوحدة ما يلي:

  • حساب احتمالية حدوث اضطراب لكل بقايا في التسلسل
  • حساب احتمالية حدوث اضطراب لكل حمض أميني في تسلسل جميع البروتينات من ملف إدخال FASTA
  • احصل على المناطق غير المنتظمة من البروتين لتسلسل بروتيني واحد أو لجميع البروتينات من ملف إدخال FASTA

وحدة الوصول إلى خدمة الويب

تماشياً مع التوجهات الحالية في المعلوماتية الحيوية، تكتسب الأدوات المستندة إلى الويب شعبية متزايدة. تتيح وحدة خدمة الويب الوصول إلى خدمات المعلوماتية الحيوية باستخدام بروتوكولات REST . حالياً، يتم تطبيق خدمتين: NCBI Blast عبر واجهة برمجة تطبيقات Blast URLAPI (المعروفة سابقاً باسم QBlast) وخدمة الويب HMMER. [ 38 ]

مقارنات مع البدائل الأخرى

لقد استجابت العديد من المجموعات والأفراد لحاجة مجال المعلوماتية الحيوية إلى برمجيات مُخصصة . وتُعرف هذه البرمجيات مجتمعةً باسم مجموعات أدوات Bio*، إلى جانب BioJava، حيث توفر مشاريع البرمجيات مفتوحة المصدر مثل BioPerl و BioPython و BioRuby مجموعات أدوات متعددة الوظائف تُسهّل إنشاء مسارات أو تحليلات مُخصصة. [ 5 ]

مشاريع باستخدام BioJava

تستخدم المشاريع التالية لغة BioJava.

  • برنامج بناء المسارات الأيضية: مجموعة برامج مخصصة لاستكشاف الروابط بين الجينات والبروتينات والتفاعلات والمسارات الأيضية
  • DengueInfo مؤرشف في 2006-12-08 على Wayback Machine : بوابة معلومات جينوم حمى الضنك التي تستخدم BioJava في البرمجيات الوسيطة وتتصل بقاعدة بيانات biosql.
  • دازل : خادم DAS قائم على لغة BioJava.
  • BioSense : إضافة لبرنامج InforSense Suite، وهو منصة برمجية تحليلية من IDBS تقوم بتوحيد BioJava.
  • Bioclipse : بيئة عمل مجانية ومفتوحة المصدر للمعلوماتية الكيميائية والبيولوجية مع قدرات تحرير وتصور قوية للجزيئات والتسلسلات والبروتينات والأطياف وما إلى ذلك.
  • برومبت : إطار عمل وتطبيق مجاني ومفتوح المصدر لمقارنة مجموعات البروتينات ورسم خرائطها. يستخدم لغة بيوجافا للتعامل مع معظم تنسيقات بيانات الإدخال.
  • Cytoscape : منصة برمجية مفتوحة المصدر للمعلوماتية الحيوية لتصور شبكات التفاعل الجزيئي.
  • BioWeka : تطبيق مفتوح المصدر لاستخراج البيانات البيولوجية.
  • جينيوس : مجموعة أدوات البيولوجيا الجزيئية.
  • MassSieve : تطبيق مفتوح المصدر لتحليل بيانات البروتينات باستخدام مطياف الكتلة.
  • STRAP : أداة لمحاذاة التسلسلات المتعددة ومحاذاة البنية القائمة على التسلسل.
  • Jstacs : إطار عمل جافا للتحليل الإحصائي وتصنيف التسلسلات البيولوجية
  • jLSTM : "الذاكرة طويلة المدى قصيرة المدى" لتصنيف البروتينات
  • LaJolla : أداة محاذاة هيكلية مفتوحة المصدر للحمض النووي الريبي والبروتينات باستخدام بنية فهرسة للمحاذاة السريعة لآلاف الهياكل؛ تتضمن واجهة سطر أوامر سهلة الاستخدام.
  • GenBeans : منصة عملاء غنية للمعلوماتية الحيوية تركز بشكل أساسي على البيولوجيا الجزيئية وتحليل التسلسل.
  • JEnsembl : واجهة برمجة تطبيقات جافا مدركة للإصدار لأنظمة بيانات Ensembl. [ 39 ]
  • MUSI : نظام متكامل لتحديد الخصوصية المتعددة من مجموعات بيانات الببتيدات أو الأحماض النووية الكبيرة جدًا. [ 40 ]
  • Bioshell : مكتبة أدوات مساعدة لعلم المعلوماتية الحيوية الهيكلية [ 41 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ برليتش أ، ييتس أ، بليفن إس إي، وآخرون  (أكتوبر 2012). "BioJava: إطار عمل مفتوح المصدر للمعلوماتية الحيوية في عام 2012" . المعلوماتية الحيوية . 28 (20): 2693-2695 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts494 . PMC 3467744. PMID 22877863 .  
  2. 1 2 هولاند آر سي، داون تي إيه، بوكوك إم، برليتش إيه، هوين دي، جيمس كيه، وآخرون (2008). " BioJava: إطار عمل مفتوح المصدر للمعلوماتية الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 24 (18): 2096-2097 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn397 . PMC 2530884. PMID 18689808 .   
  3. ↑ في إس ماثا وبي كانغوين، 2009، المعلوماتية الحيوية: مقدمة قائمة على المفاهيم ، 2009، ص 26
  4. 1 2 3 هانسون، آر إم (2010) Jmol نقلة نوعية في التصوير البلوري.
  5. 1 2 مانجالام هـ (2002). "مجموعات أدوات Bio* - نظرة عامة موجزة" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 3 (3): 296-302 . doi : 10.1093/bib/3.3.296 . PMID 12230038 . 
  6. ↑ كوك، بي جيه، وأنتاو، تي، وتشانغ، جيه تي، وآخرون (يونيو 2009). "Biopython: أدوات بايثون متاحة مجانًا لعلم الأحياء الجزيئي الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 25 (11): 1422-1423 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp163 . PMC 2682512. PMID 19304878 .   
  7. ↑ ستاييتش جيه إي، بلوك دي، بوليز كيه، وآخرون (أكتوبر 2002). "مجموعة أدوات Bioperl: وحدات Perl لعلوم الحياة" . أبحاث الجينوم . 12 (10): 1611-1618 . doi : 10.1101/gr.361602 . PMC 187536. PMID 12368254 .   
  8. ↑ غوتو ن، برينس ب، ناكاو م، بونال ر، إيرتس ج، كاتاياما ت (أكتوبر 2010). "BioRuby: برنامج معلوماتية حيوية للغة برمجة روبي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (20): 2617-2619 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq475 . PMC 2951089. PMID 20739307 .  
  9. ↑ رايس، ب.، لونغدن، إ.، بليزبي، أ. (يونيو 2000). "EMBOSS: مجموعة برامج البيولوجيا الجزيئية الأوروبية مفتوحة المصدر". تريندز جينيت . 16 (6): 276-277 . doi : 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 . PMID 10827456 . 
  10. ↑ برليتش أ، ييتس أ، بليفن إس إي، وآخرون (أكتوبر 2012). "BioJava: إطار عمل مفتوح المصدر للمعلوماتية الحيوية في عام 2012" . المعلوماتية الحيوية . 28 (20): 2693-2695 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts494 . PMC 3467744. PMID 22877863 .   
  11. ↑ "جوجل سكولار" . scholar.google.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22-11-2018 .
  12. ↑ غاو، جيانجيونغ؛ برليتش، أندرياس؛ بي، تشونشياو؛ بلوهم، وولفغانغ ف.؛ ديميتروبولوس، ديميتريس؛ شو، دونغ؛ بورن، فيليب إي.؛ روز، بيتر دبليو. (17 فبراير 2017). "BioJava-ModFinder: تحديد تعديلات البروتين في البنى ثلاثية الأبعاد من بنك بيانات البروتين" . المعلوماتية الحيوية . 33 (13): 2047-2049 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx101 . ISSN 1367-4803 . PMC 5870676. PMID 28334105 .   
  13. ↑ "التاريخ" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 30 يناير 2015 .
  14. ↑ أرشيف BioJava-legacy بتاريخ 9 يناير 2013 على موقع Wayback Machine
  15. ↑ مافن، أباتشي. "مافن" . أباتشي.
  16. ↑ مشروع BioJava القديم ، مؤرشف بتاريخ 9 يناير 2013 في Wayback Machine
  17. 1 2 Ye Y, Godzik A (أكتوبر 2003). "محاذاة بنية مرنة عن طريق ربط أزواج الأجزاء المتراصفة مما يسمح بالالتواءات" . المعلوماتية الحيوية . 19 (ملحق 2): ii246–55. doi : 10.1093/bioinformatics/btg1086 . PMID 14534198 . 
  18. ↑ شينديالوف، آي. إن.، وبورن، بي. إي. (سبتمبر 1998). "محاذاة بنية البروتين عن طريق التمديد التوافقي التدريجي للمسار الأمثل" . هندسة البروتين . 11 (9): 739-47 . doi : 10.1093/protein/11.9.739 . PMID 9796821 . 
  19. ↑ بليفن إس، برليتش أ (2012). " التبديل الدائري في البروتينات" . مجلة PLOS للحوسبة البيولوجية . 8 (3) e1002445. رمز Bibcode : 2012PLSCB...8E2445B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1002445 . PMC 3320104. PMID 22496628 .  
  20. ↑ روز، ب. و.، بيران، ب.، بي، س.، وآخرون . (يناير 2011). "بنك بيانات البروتين RCSB: موقع ويب وخدمات ويب مُعاد تصميمها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D392–401. doi : 10.1093/nar/gkq1021 . PMC 3013649. PMID 21036868 .   
  21. ↑ برليتش أ، بليفن س، روز ب.و، وآخرون (ديسمبر 2010). "محاذاة بنية البروتين المحسوبة مسبقًا على موقع RCSB PDB الإلكتروني" . المعلوماتية الحيوية . 26 (23): 2983-2985 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq572 . PMC 3003546. PMID 20937596 .   
  22. ↑ بيرنشتاين إف سي، كوتزل تي إف، ويليامز جي جي، وآخرون (مايو 1977). "بنك بيانات البروتين: ملف أرشيفي حاسوبي لهياكل الجزيئات الكبيرة". مجلة البيولوجيا الجزيئية 112 (3): 535-542 . doi : 10.1016/s0022-2836(77)80200-3 . PMID 875032 .  
  23. ↑ فيتزجيرالد، بي إم دي وآخرون (2006) قاموس الجزيئات الكبيرة (mmCIF). في هول، إس آر
  24. ↑ فيلانكار إس، ماكنيل بي، ميتارد-رونتي في، وآخرون (يناير 2005). "E-MSD: مورد بيانات متكامل للمعلوماتية الحيوية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد قواعد البيانات): D262–5. doi : 10.1093/nar/gki058 . PMC 540012. PMID 15608192 .   
  25. ↑ بيسيمر ج، بورودوفسكي م (يوليو 2005). "جين مارك: برنامج ويب لاكتشاف الجينات في بدائيات النوى وحقيقيات النوى والفيروسات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خادم الويب): W451–4. doi : 10.1093/nar/gki487 . PMC 1160247. PMID 15980510 .  
  26. ↑ بلانكو إي، أبريل جيه إف (2009). "التعليق الجيني الحاسوبي في تجميعات الجينوم الجديدة باستخدام GeneID". المعلوماتية الحيوية لتحليل تسلسل الحمض النووي . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 537. الصفحات 243-261 . doi : 10.1007/978-1-59745-251-9_12 . ISBN   978-1-58829-910-9PMID 19378148​​ 
  27. ↑ كيلي دي آر، ليو بي، ديلشر إيه إل، بوب إم، سالزبيرغ إس إل (يناير 2012). "التنبؤ بالجينات باستخدام برنامج غليمر لتسلسلات الميتاجينوم المعززة بالتصنيف والتجميع" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (1): e9. doi : 10.1093 / nar/gkr1067 . PMC 3245904. PMID 22102569 .  
  28. ↑ شتاين إل دي، مونغال سي، شو إس، وآخرون (أكتوبر 2002). "متصفح الجينوم العام: لبنة أساسية لقاعدة بيانات نظام الكائن النموذجي" . أبحاث الجينوم . 12 (10): 1599-1610 . doi : 10.1101/gr.403602 . PMC 187535. PMID 12368253 .   
  29. ↑ كوك، بي. جيه.، فيلدز، سي. جيه.، غوتو، إن.، هوير، إم. إل.، رايس، بي. إم. (أبريل 2010). "صيغة ملف سانجر FASTQ للتسلسلات ذات درجات الجودة، ومتغيرات Solexa/Illumina FASTQ" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (6): 1767-1771 . doi : 10.1093 / nar/gkp1137 . PMC 2847217. PMID 20015970 .  
  30. ↑ نيدلمان إس بي، وونش سي دي (مارس 1970). "طريقة عامة قابلة للتطبيق على البحث عن أوجه التشابه في تسلسل الأحماض الأمينية لبروتينين". مجلة البيولوجيا الجزيئية 48 (3): 443-453 . doi : 10.1016/0022-2836(70)90057-4 . PMID 5420325 . 
  31. ↑ سميث، تي إف، ووترمان، إم إس (مارس 1981). "تحديد التسلسلات الجزيئية الفرعية الشائعة". مجلة البيولوجيا الجزيئية 147 (1): 195-197 . CiteSeerX 10.1.1.63.2897 . doi : 10.1016/0022-2836(81)90087-5 . PMID 7265238 .  
  32. ↑ غوان إكس، أوبيرباخر إي سي (فبراير 1996). "محاذاة تسلسلات الحمض النووي والبروتين التي تحتوي على أخطاء إزاحة الإطار" . تطبيقات الحاسوب في العلوم البيولوجية . 12 (1): 31-40 . doi : 10.1093/bioinformatics/12.1.31 . PMID 8670617 . 
  33. ↑ تشين ك، جونغ واي إس، بوناغورا سي إيه، وآخرون (فبراير 2002). "فيريدوكسين I من أزوتوباكتر فيني لاندي: نهج مقارنة التسلسل والبنية لتغيير جهد اختزال [ 4Fe-4S ] 2+/+" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 277 (7): 5603-10 . doi : 10.1074/jbc.M108916200 . PMID 11704670 .  
  34. ↑ مونتيكي-بالاتزي إل، بيفيس آر، بينز بي إيه، وآخرون (أغسطس 2008). "معيار مجتمع PSI-MOD لتمثيل بيانات تعديل البروتين". نات . بيوتكنولوجي . 26 (8): 864-866 . doi : 10.1038/nbt0808-864 . PMID 18688235. S2CID 205270043 .   
  35. ↑ غارافيلي جيه إس (يونيو 2004). " قاعدة بيانات RESID لتعديلات البروتين كمورد وأداة للتعليق" . علم البروتينات . 4 (6): 1527-1533 . doi : 10.1002/pmic.200300777 . PMID 15174122. S2CID 25712150 .  
  36. ↑ بيرمان إتش إم، ويستبروك جيه، فينغ زد، وآخرون . (يناير 2000). "بنك بيانات البروتين" . أبحاث الأحماض النووية . 28 (1): 235-242 . doi : 10.1093 / nar/28.1.235 . PMC 102472. PMID 10592235 .   
  37. ↑ يانغ، زد آر، طومسون، آر، ماكنيل، بي، إسنوف، آر إم (أغسطس 2005). "RONN: تقنية الشبكة العصبية القائمة على وظائف الأساس الحيوي والمطبقة على الكشف عن المناطق غير المنتظمة طبيعيًا في البروتينات" . المعلوماتية الحيوية . 21 (16): 3369-3376 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti534 . PMID 15947016 . 
  38. ↑ فين آر دي، كليمنتس جيه، إيدي إس آر (يوليو 2011). "خادم ويب HMMER: بحث تفاعلي عن تشابه التسلسل" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W29–37. doi : 10.1093/nar/gkr367 . PMC 3125773. PMID 21593126 .  
  39. ↑ باترسون تي، لو إيه (نوفمبر 2012). " JEnsembl: واجهة برمجة تطبيقات جافا مُدركة للإصدار لأنظمة بيانات Ensembl" . المعلوماتية الحيوية . 28 (21): 2724-31 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts525 . PMC 3476335. PMID 22945789 .  
  40. ↑ كيم تي، تيندل إم إس، هوانغ إتش، وآخرون (مارس 2012). "MUSI: نظام متكامل لتحديد الخصوصية المتعددة من مجموعات بيانات ضخمة جدًا من الببتيدات أو الأحماض النووية" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (6): e47. doi : 10.1093/nar/gkr1294 . PMC 3315295. PMID 22210894 .   
  41. ↑ غرونت د، كولينسكي أ (فبراير 2008). "مكتبة أدوات لعلم المعلوماتية الحيوية الهيكلية" . المعلوماتية الحيوية . 24 (4): 584-585 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm627 . PMID 18227118 .