بيوروبي

📅 آخر تحديث: ٢٠ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٠ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

BioRuby عبارة عن مجموعة من أكواد Ruby مفتوحة المصدر ، تضم فئاتٍ لعلم الأحياء الجزيئي الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية . تحتوي على فئاتٍ لتحليل تسلسل الحمض النووي والبروتين ، ومحاذاة التسلسلات ، وتحليل قواعد البيانات البيولوجية، وعلم الأحياء البنيوي ، ومهام أخرى في المعلوماتية الحيوية. [ 1 ] يُصدر BioRuby بموجب ترخيص BSD ثنائي البنود أو ترخيص Ruby [ 2 ] ، وهو أحد مشاريع Bio* العديدة، المصممة للحد من تكرار الأكواد. [ 3 ]

في عام 2011، قدم مشروع BioRuby نظام المكونات الإضافية لبرنامج Biogem، [ 4 ] مع إضافة مكونين إضافيين أو ثلاثة مكونات إضافية جديدة كل شهر.

تتم إدارة BioRuby عبر موقع BioRuby الإلكتروني ومستودع GitHub . [ 5 ] [ 6 ]

تاريخ

بيوروبي

بدأ مشروع BioRuby لأول مرة عام 2000 على يد توشياكي كاتاياما، كتطبيق بلغة روبي لحزم برمجية مشابهة في مجال المعلوماتية الحيوية، مثل BioPerl و BioPython . وقد تم تحديث الإصدار الأولي، الإصدار 0.1، بشكل متكرر من قبل المساهمين، سواء بشكل غير رسمي أو في فعاليات "هاكاثون" منظمة. في يونيو 2005، مولت IPA مشروع BioRuby كمشروع برمجيات استكشافي، [ 7 ] وتُوِّج هذا المشروع بإصدار النسخة 1.0.0 في فبراير 2006. [ 8 ] بين عامي 2009 و2012، كان BioRuby محور عدد من مشاريع برنامج Google Summer of Code لتحسين قاعدة بياناته البرمجية. [ 9 ] أُصدرت النسخة 2.0.0 من BioRuby عام 2019. [ 6 ]

بيوجيم

يوفر Biogem مجموعة من الأدوات لعلماء المعلوماتية الحيوية الراغبين في برمجة تطبيق أو مكتبة تستخدم أو توسع مكتبة BioRuby الأساسية، بالإضافة إلى مشاركة الكود كـ gem على rubygems.org. [ 10 ] كما تُدرج أي gem منشورة عبر إطار عمل Biogem على biogems.info. [ 11 ]

يهدف مشروع Biogem إلى تعزيز النهج المعياري لحزمة BioRuby وتبسيط إنشاء الوحدات النمطية من خلال أتمتة عملية إعداد بنية الدليل/الملف، ومستودع git، ونشر قواعد بيانات الحزم عبر الإنترنت. [ 12 ]

8بيوجيموصفإصدار
1بيولوجيامكتبة المعلوماتية الحيوية1.4.3.0001
2التنوع البيولوجيمحلل الأسماء العلمية3.1.5
3مستخرج جداول البيانات البسيطاستخراج محتوى جداول البيانات الأساسية باستخدام Apache poi0.13.3
4جوهرة حيويةمولد برامج للغة روبي1.36
5أدوات بيو ساممجلد أدوات samtools للغة روبي2.1.0
6خادم t2دعم التفاعل مع خادم تافيرنا 21.1.0
7واجهة برمجة تطبيقات UCSC الحيويةواجهة برمجة تطبيقات Ruby ucsc0.6.2
8إنتريزطلب HTTP إلى خدمات Entrez الإلكترونية0.5.8.1
9أداة بيولوجيةأداة لعلم المعلوماتية الحيوية0.4.8
10خادم التسلسلالبحث السريع أصبح سهلاً!0.8.7

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ غوتو ن، برينس ب، ناكاو م، بونال ر، إيرتس ج، كاتاياما ت (أكتوبر 2010). "BioRuby: برنامج معلوماتية حيوية للغة برمجة روبي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (20): 2617-2619 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq475 . PMC 2951089. PMID 20739307 .  
  2. ↑ "bioruby/README.rdoc at master · bioruby/bioruby" . 2014-05-08 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2014-11-09 .
  3. ↑ مانجالام هـ (2002). "مجموعات أدوات Bio* - نظرة عامة موجزة" . معلومات حيوية موجزة . 3 (3): 296-302 . doi : 10.1093/bib/3.3.296 . PMID 12230038 . 
  4. ↑ بونال ر، إيرتس ج، جيثينجي ج، غوتو ن، ماكلين د، ميلر س، ميشيما ه، باجاني م، راميريز-غونزاليس ر، سمانت ج، ستروزي ف، سايم ر، فوس ر، وينبلوم ت، وودكروفت ب، كاتاياما ت، برينس ب (أبريل 2012). "بيوجيم: منهج فعال قائم على الأدوات لتوسيع نطاق تطوير البرمجيات مفتوحة المصدر في المعلوماتية الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 28 (7): 1035-1037 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts080 . PMC 3315718. PMID 22332238 .  
  5. ↑ "bioruby/bioruby" . مشروع BioRuby. 15 مايو 2021. تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 مايو 2021 .
  6. 1 2 "BioRuby" . bioruby.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 مايو 2021 .
  7. ↑ "وكالة منصة الابتكار IPA، اليابان : مشروع IPA: استكشاف الموارد البشرية لتكنولوجيا المعلومات (برنامج MITOH)" . 
  8. ↑ " [ BioRuby ] تم إصدار BioRuby 1.0.0" . 27-02-2006 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10-09-2014 .
  9. ↑ "bioruby/documents" . GitHub . تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 مايو 2021 .
  10. ↑ "RubyGems.org | مضيف جواهر مجتمعك" . rubygems.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 مايو 2021 .
  11. ↑ "biogems.info - gems for bioinformatics" . biogems.info . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 25 مايو 2021 .
  12. ↑ "الإضافات - بيوروبي" .