قاعدة بيانات علم السموم المقارن

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

قاعدة بيانات علم السموم المقارن ( CTD ) هي موقع إلكتروني عام وأداة بحثية أُطلقت في نوفمبر 2004، تُعنى بتجميع البيانات العلمية التي تصف العلاقات بين المواد الكيميائية/الأدوية، والجينات/البروتينات، والأمراض، والتصنيفات، والأنماط الظاهرية، وشروح علم الجينات، والمسارات، ووحدات التفاعل. وتتولى إدارة هذه القاعدة قسم العلوم البيولوجية في جامعة ولاية كارولينا الشمالية .

خلفية

قاعدة بيانات علم السموم المقارن (CTD) هي موقع ويب عام وأداة بحثية تقوم بتنظيم البيانات العلمية التي تصف العلاقات بين المواد الكيميائية والجينات/البروتينات والأمراض والتصنيفات والأنماط الظاهرية وشروح GO والمسارات ووحدات التفاعل، وقد تم إطلاقها في 12 نوفمبر 2004. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] يتم صيانة قاعدة البيانات من قبل قسم العلوم البيولوجية في جامعة ولاية كارولينا الشمالية.

الأهداف والغايات

أحد الأهداف الرئيسية لـ CTD هو تعزيز فهم تأثيرات المواد الكيميائية البيئية على صحة الإنسان على المستوى الجيني، وهو مجال يسمى علم السموم الجينية .

تتضمن أسباب العديد من الأمراض المزمنة تفاعلات بين العوامل البيئية والجينات التي تنظم العمليات الفيزيولوجية الهامة. تُعد المواد الكيميائية مكونًا هامًا من مكونات البيئة. ومن المعروف أن حالات مثل الربو والسرطان والسكري وارتفاع ضغط الدم ونقص المناعة ومرض باركنسون تتأثر بالبيئة ؛ ومع ذلك، فإن الآليات الجزيئية الكامنة وراء هذه الارتباطات غير مفهومة جيدًا. قد يساعد تحليل CTD في فهم هذه الآليات. تتوفر أحدث قائمة شاملة للمقالات العلمية المحكمة حول CTD على صفحة منشوراتهم [ 5 ].

البيانات الأساسية

CTD هو مورد فريد من نوعه حيث يقوم أمناء البيانات البيولوجية [ 6 ] [ 7 ] بقراءة الأدبيات العلمية وتنسيق أربعة أنواع من البيانات الأساسية يدويًا:

  • التفاعلات الكيميائية الجينية
  • العلاقة بين المواد الكيميائية والأمراض
  • الارتباطات بين الجينات والأمراض
  • الارتباطات بين النمط الظاهري والنمط الكيميائي

تكامل البيانات

من خلال دمج مجموعات البيانات الأربع المذكورة أعلاه، يقوم برنامج CTD تلقائيًا بإنشاء شبكات افتراضية بين المواد الكيميائية والجينات والأنماط الظاهرية والأمراض لتسليط الضوء على الآليات الجزيئية الكامنة وراء الأمراض المتأثرة بالبيئة.

يتم تسجيل هذه العلاقات المستنتجة وتصنيفها إحصائياً ويمكن استخدامها من قبل العلماء وعلماء الأحياء الحاسوبية لتوليد والتحقق من صحة الفرضيات القابلة للاختبار حول آليات علم السموم الجيني وكيفية ارتباطها بصحة الإنسان.

يمكن للمستخدمين البحث في قاعدة بيانات CTD لاستكشاف البيانات العلمية المتعلقة بالمواد الكيميائية، والجينات، والأمراض، أو التفاعلات بين أي من هذه المفاهيم الثلاثة. وتتضمن قاعدة بيانات CTD حاليًا بيانات علم السموم الجينية للفقاريات واللافقاريات.

يقوم برنامج CTD بدمج البيانات من قواعد البيانات هذه أو ربطها بمواقعها الإلكترونية:

مراجع

  1. ↑ ماتينجلي سي جيه، روزنشتاين إم سي، كولبي جي تي، فورست جيه إن، بوير جيه إل (سبتمبر 2006). "قاعدة بيانات علم السموم المقارن (CTD): مورد لدراسات علم السموم المقارن" . مجلة علم الحيوان التجريبي، الجزء أ: علم الأحياء التجريبي المقارن . 305 (9): 689-92 . Bibcode : 2006JEZA..305..689M . doi : 10.1002/jez.a.307 . PMC 1586110. PMID 16902965 .  
  2. ↑ ماتينجلي سي جيه، روزنشتاين إم سي، ديفيس إيه بي، كولبي جي تي، فورست جيه إن، بوير جيه إل (أغسطس 2006). " قاعدة بيانات علم السموم المقارن (CTD): مورد متعدد الأنواع لبناء شبكات التفاعل بين المواد الكيميائية والجينات" . مجلة علم السموم . 92 (2): 587-95 . doi : 10.1093/toxsci/kfl008 . PMC 1586111. PMID 16675512 .  
  3. ↑ ماتينجلي سي جيه، كولبي جي تي، روزنشتاين إم سي، فورست جيه إن، بوير جيه إل (2004). "تعزيز الدراسات الجزيئية المقارنة في أبحاث الصحة البيئية: نظرة عامة على قاعدة بيانات علم السموم الجينومية المقارنة (CTD)" . مجلة علم الصيدلة الجينومية . 4 (1): 5-8 . doi : 10.1038/sj.tpj.6500225 . PMID 14735110 . 
  4. ↑ ماتينجلي سي جيه، كولبي جي تي، فورست جيه إن، بوير جيه إل (مايو 2003). "قاعدة بيانات علم السموم المقارن (CTD)" . مجلة منظورات الصحة البيئية . 111 (6): 793-795 . Bibcode : 2003EnvHP.111..793M . doi : 10.1289/ehp.6028 . PMC 1241500. PMID 12760826. مؤرشف من الأصل في 2010-06-06.  
  5. ↑ صفحة منشورات CTD ctdbase.org
  6. ↑ بورن، بي. إي.، وماكنتاير، ج. (أكتوبر 2006). "منسقو البيانات الحيوية: مساهمون في عالم العلوم" . مجلة PLOS للحوسبة البيولوجية . 2 (10): e142. رمز Bibcode : 2006PLSCB...2..142B . doi : 10.1371/journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157. PMID 17411327 .  
  7. ↑ ساليمي ن، فيتا ر (أكتوبر 2006). "المنسق الحيوي: ربط البيانات العلمية وتعزيزها" . مجلة PLOS للحوسبة البيولوجية . 2 (10): e125. رمز Bibcode : 2006PLSCB...2..125S . doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147. PMID 17069454 .  
  8. ↑ ChemIDplus، المكتبة الوطنية الأمريكية للطب، بدون تاريخ، تم الاطلاع عليه في 7 نوفمبر 2015
  9. ↑ مستودع بيانات diXa، بدون تاريخ، تم استرجاعه في 7 نوفمبر 2015
  10. ^ هندريكس، مارك ألماني؛ آيرتس، HJWL؛ كايمنت، ف. كلارك، د.؛ إبلز ، TMD . إيفيلو، ط م. جمندر، H .؛ هيبلز، دجاج؛ هيرويج، ر. هيشلر، J.؛ جنين، DGJ. جيتن، MJA؛ كانتيراكيس، س. كيون، HC. ماتسر، V.؛ أوفيرنجتون، جي بي؛ بيليتشيفا، إي. ساركانز، يو. سيجورا ليبي، عضو البرلمان؛ سوتيريادو، أنا؛ فيتنبرجر، T.؛ ويتوير، C .؛ زانزي، أ؛ كلينجانس، JCS (12 ديسمبر 2014). "diXa: بنية تحتية للبيانات لتقييم السلامة الكيميائية" . المعلوماتية الحيوية . 31 (9): 1505– 1507. doi : 10.1093/bioinformatics/btu827 . PMC 4410652 . PMID 25505093 .  
  11. ↑ التدريب عبر الإنترنت، بيانات الأمراض، المختبر الأوروبي للبيولوجيا الجزيئية، بدون تاريخ، تم الاطلاع عليه في 7 نوفمبر 2015
  12. ↑ تصنيف المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية