زخرف

EMBOSS هي حزمة برمجية مجانية لتحليل البيانات، مكتوبة بلغة C، طُوّرت لتلبية احتياجات مجتمع مستخدمي البيولوجيا الجزيئية والمعلوماتية الحيوية . [ 1 ] يتعامل البرنامج تلقائيًا مع البيانات بمختلف صيغها، ويتيح استرجاع بيانات التسلسل من الإنترنت بسهولة. كما توفر الحزمة مكتبات شاملة، مما يجعلها منصةً تُمكّن العلماء الآخرين من تطوير ونشر برامجهم بروح المصادر المفتوحة. يُدمج EMBOSS أيضًا مجموعةً من الحزم والأدوات المتاحة حاليًا لتحليل التسلسل في نظام متكامل وسلس.

EMBOSS هو اختصار لـ European Molecular Biology Open Software Suite ( مجموعة برامج مفتوحة المصدر لعلم الأحياء الجزيئي الأوروبي ). يشير الجزء الأوروبي من الاسم إلى نطاقه الأوسع. تتعاون مجموعات EMBOSS الأساسية مع العديد من المجموعات الأخرى لتطوير التطبيقات الجديدة التي يحتاجها المستخدمون. وقد تم ذلك منذ البداية مع EMBnet ، الشبكة الأوروبية لعلم الأحياء الجزيئي. تضم EMBnet العديد من العقد حول العالم، معظمها خدمات معلوماتية حيوية وطنية. تمتلك EMBnet الخبرة البرمجية اللازمة. في سبتمبر 1998، عُقدت ورشة العمل الأولى، حيث سافر 30 شخصًا من EMBnet إلى هينكستون للتعرف على EMBOSS ومناقشة سبل تطويره. [ 2 ]

تحتوي حزمة EMBOSS على مجموعة متنوعة من التطبيقات لمحاذاة التسلسل ، والبحث السريع في قواعد البيانات باستخدام أنماط التسلسل، وتحديد زخارف البروتين (بما في ذلك تحليل المجال)، وغير ذلك الكثير.

تُصدر مكتبات AJAX وNUCLEUS بموجب رخصة جنو العمومية العامة . وتُصدر تطبيقات EMBOSS بموجب رخصة جنو العمومية العامة . [ 3 ]

مجموعات تطبيقات EMBOSS

مجموعةوصف
أكاديميةأدوات ملفات ACD
توافق في الآراءدمج التسلسلات للتوصل إلى توافق في الآراء
اختلافات المحاذاةإيجاد الاختلافات بين التسلسلات
مخططات النقاط للمحاذاةمقارنات تسلسل مخطط النقاط
المحاذاة العالميةمحاذاة التسلسل العالمي
محاذاة محليةمحاذاة التسلسل المحلي
محاذاة متعددةمحاذاة التسلسل المتعدد
عرضشاشة عرض بجودة النشر
يحررتحرير التسلسل
حركية الإنزيمحسابات حركية الإنزيم
جداول الميزاتمعالجة وعرض بيانات تسلسل البيانات
هممتحليل نموذج ماركوف المخفي
معلومةمعلومات ومساعدة عامة للمستخدمين
قوائم الطعامواجهة (واجهات) القائمة
البنية النووية ثنائية الأبعادالبنية الثانوية للأحماض النووية
استخدام الكودونات النوويةتحليل استخدام الكودونات
التركيب النوويتكوين تسلسلات النيوكليوتيدات
جزر CpG النوويةالكشف عن جزر CpG وتحليلها
اكتشاف الجينات النوويةتنبؤات الجينات والخصائص الجينومية الأخرى
الأنماط النوويةعمليات البحث عن أنماط الأحماض النووية
الطفرة النوويةطفرة في تسلسل الحمض النووي
البادئات النوويةالتنبؤ بالبادئات
الملامح النوويةتوليد وبحث ملف تعريف الأحماض النووية
التكرارات النوويةالكشف عن تكرار الأحماض النووية
التقييد النوويمواقع إنزيمات التقييد في تسلسلات النيوكليوتيدات
طي الحمض النووي الريبيطرق طي الحمض النووي الريبي وتحليله
النسخ النوويالتنبؤ بعوامل النسخ والمحفزات والمنهيات
الترجمة النوويةترجمة تسلسل النيوكليوتيدات إلى تسلسل البروتين
إجماع علم الوراثة العرقيأساليب التوافق الوراثي
الصفات المستمرة في علم الوراثةأساليب الصفات المستمرة في علم الوراثة العرقي
علم الوراثة: الصفات المنفصلةأساليب الصفات المنفصلة في علم الوراثة العرقي
مصفوفة المسافة التطوريةطرق مصفوفة المسافة التطورية
ترددات الجينات في علم الوراثة العرقيطرق تردد الجينات في علم الوراثة العرقي
التسلسل الجزيئي للتطور السلاليطرق التسلسل الجزيئي الوراثي
رسم شجرة التطورأساليب رسم شجرة التطور الوراثي
بنية البروتين ثنائية الأبعادالبنية الثانوية للبروتين
البنية ثلاثية الأبعاد للبروتينالبنية الثالثية للبروتين
التركيب البروتينيتكوين تسلسلات البروتين
أنماط البروتينعمليات البحث عن أنماط البروتين
طفرة البروتينطفرة في تسلسل البروتين
ملامح البروتينإنشاء ملفات تعريف البروتين والبحث عنها
امتحانأدوات الاختبار، غير مخصصة للاستخدام العام
إنشاء قاعدة بيانات الأدوات المساعدةتثبيت قاعدة البيانات
فهرسة قاعدة بيانات الأدوات المساعدةفهرسة قواعد البيانات
أدوات متنوعةأدوات مساعدة

انظر أيضاً

مراجع

  1. رايس، ب.، لونغدن، إ.، بليزبي، أ. (2000). "EMBOSS: مجموعة برامج البيولوجيا الجزيئية الأوروبية مفتوحة المصدر". اتجاهات في علم الوراثة . 16 (6): 276-277 . doi : 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 . PMID 10827456 . 
  2. رايس، ب.، وبليزبي، أ. (1999). "EMBOSS: مجموعة برامج البيولوجيا الجزيئية الأوروبية مفتوحة المصدر" . Biochemist E-volution . 16 (6): 276-277 . doi : 10.1016/s0168-9525(00)02024-2 . PMID 10827456 . 
  3. "1.1. معلومات الترخيص" .