زخرف
EMBOSS هي حزمة برمجية مجانية لتحليل البيانات، مكتوبة بلغة C، طُوّرت لتلبية احتياجات مجتمع مستخدمي البيولوجيا الجزيئية والمعلوماتية الحيوية . [ 1 ] يتعامل البرنامج تلقائيًا مع البيانات بمختلف صيغها، ويتيح استرجاع بيانات التسلسل من الإنترنت بسهولة. كما توفر الحزمة مكتبات شاملة، مما يجعلها منصةً تُمكّن العلماء الآخرين من تطوير ونشر برامجهم بروح المصادر المفتوحة. يُدمج EMBOSS أيضًا مجموعةً من الحزم والأدوات المتاحة حاليًا لتحليل التسلسل في نظام متكامل وسلس.
EMBOSS هو اختصار لـ European Molecular Biology Open Software Suite ( مجموعة برامج مفتوحة المصدر لعلم الأحياء الجزيئي الأوروبي ). يشير الجزء الأوروبي من الاسم إلى نطاقه الأوسع. تتعاون مجموعات EMBOSS الأساسية مع العديد من المجموعات الأخرى لتطوير التطبيقات الجديدة التي يحتاجها المستخدمون. وقد تم ذلك منذ البداية مع EMBnet ، الشبكة الأوروبية لعلم الأحياء الجزيئي. تضم EMBnet العديد من العقد حول العالم، معظمها خدمات معلوماتية حيوية وطنية. تمتلك EMBnet الخبرة البرمجية اللازمة. في سبتمبر 1998، عُقدت ورشة العمل الأولى، حيث سافر 30 شخصًا من EMBnet إلى هينكستون للتعرف على EMBOSS ومناقشة سبل تطويره. [ 2 ]
تحتوي حزمة EMBOSS على مجموعة متنوعة من التطبيقات لمحاذاة التسلسل ، والبحث السريع في قواعد البيانات باستخدام أنماط التسلسل، وتحديد زخارف البروتين (بما في ذلك تحليل المجال)، وغير ذلك الكثير.
تُصدر مكتبات AJAX وNUCLEUS بموجب رخصة جنو العمومية العامة . وتُصدر تطبيقات EMBOSS بموجب رخصة جنو العمومية العامة . [ 3 ]
مجموعات تطبيقات EMBOSS
| مجموعة | وصف |
|---|---|
| أكاديمية | أدوات ملفات ACD |
| توافق في الآراء | دمج التسلسلات للتوصل إلى توافق في الآراء |
| اختلافات المحاذاة | إيجاد الاختلافات بين التسلسلات |
| مخططات النقاط للمحاذاة | مقارنات تسلسل مخطط النقاط |
| المحاذاة العالمية | محاذاة التسلسل العالمي |
| محاذاة محلية | محاذاة التسلسل المحلي |
| محاذاة متعددة | محاذاة التسلسل المتعدد |
| عرض | شاشة عرض بجودة النشر |
| يحرر | تحرير التسلسل |
| حركية الإنزيم | حسابات حركية الإنزيم |
| جداول الميزات | معالجة وعرض بيانات تسلسل البيانات |
| همم | تحليل نموذج ماركوف المخفي |
| معلومة | معلومات ومساعدة عامة للمستخدمين |
| قوائم الطعام | واجهة (واجهات) القائمة |
| البنية النووية ثنائية الأبعاد | البنية الثانوية للأحماض النووية |
| استخدام الكودونات النووية | تحليل استخدام الكودونات |
| التركيب النووي | تكوين تسلسلات النيوكليوتيدات |
| جزر CpG النووية | الكشف عن جزر CpG وتحليلها |
| اكتشاف الجينات النووية | تنبؤات الجينات والخصائص الجينومية الأخرى |
| الأنماط النووية | عمليات البحث عن أنماط الأحماض النووية |
| الطفرة النووية | طفرة في تسلسل الحمض النووي |
| البادئات النووية | التنبؤ بالبادئات |
| الملامح النووية | توليد وبحث ملف تعريف الأحماض النووية |
| التكرارات النووية | الكشف عن تكرار الأحماض النووية |
| التقييد النووي | مواقع إنزيمات التقييد في تسلسلات النيوكليوتيدات |
| طي الحمض النووي الريبي | طرق طي الحمض النووي الريبي وتحليله |
| النسخ النووي | التنبؤ بعوامل النسخ والمحفزات والمنهيات |
| الترجمة النووية | ترجمة تسلسل النيوكليوتيدات إلى تسلسل البروتين |
| إجماع علم الوراثة العرقي | أساليب التوافق الوراثي |
| الصفات المستمرة في علم الوراثة | أساليب الصفات المستمرة في علم الوراثة العرقي |
| علم الوراثة: الصفات المنفصلة | أساليب الصفات المنفصلة في علم الوراثة العرقي |
| مصفوفة المسافة التطورية | طرق مصفوفة المسافة التطورية |
| ترددات الجينات في علم الوراثة العرقي | طرق تردد الجينات في علم الوراثة العرقي |
| التسلسل الجزيئي للتطور السلالي | طرق التسلسل الجزيئي الوراثي |
| رسم شجرة التطور | أساليب رسم شجرة التطور الوراثي |
| بنية البروتين ثنائية الأبعاد | البنية الثانوية للبروتين |
| البنية ثلاثية الأبعاد للبروتين | البنية الثالثية للبروتين |
| التركيب البروتيني | تكوين تسلسلات البروتين |
| أنماط البروتين | عمليات البحث عن أنماط البروتين |
| طفرة البروتين | طفرة في تسلسل البروتين |
| ملامح البروتين | إنشاء ملفات تعريف البروتين والبحث عنها |
| امتحان | أدوات الاختبار، غير مخصصة للاستخدام العام |
| إنشاء قاعدة بيانات الأدوات المساعدة | تثبيت قاعدة البيانات |
| فهرسة قاعدة بيانات الأدوات المساعدة | فهرسة قواعد البيانات |
| أدوات متنوعة | أدوات مساعدة |
انظر أيضاً
- مؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
- Soaplab - واجهة خدمة ويب SOAP تتضمن EMBOSS
- جينوستار - دمج بعض أدوات إمبوس في تطبيق رسومي
مراجع
- ↑ رايس، ب.، لونغدن، إ.، بليزبي، أ. (2000). "EMBOSS: مجموعة برامج البيولوجيا الجزيئية الأوروبية مفتوحة المصدر". اتجاهات في علم الوراثة . 16 (6): 276-277 . doi : 10.1016/S0168-9525(00)02024-2 . PMID 10827456 .
- ↑ رايس، ب.، وبليزبي، أ. (1999). "EMBOSS: مجموعة برامج البيولوجيا الجزيئية الأوروبية مفتوحة المصدر" . Biochemist E-volution . 16 (6): 276-277 . doi : 10.1016/s0168-9525(00)02024-2 . PMID 10827456 .
- ↑ "1.1. معلومات الترخيص" .
روابط خارجية
- برامج المعلوماتية الحيوية
- برامج علمية مجانية
- العلوم والتكنولوجيا في كامبريدجشير
- مقاطعة جنوب كامبريدجشير
- برامج المعلوماتية الحيوية المجانية
