الارتباط الجزيئي
الترابط الجزيئي هو تفاعل تجاذبي بين جزيئين ينتج عنه ارتباط مستقر حيث يكون الجزيئان متقاربين للغاية. ويتشكل هذا الترابط عندما ترتبط الذرات أو الجزيئات معًا من خلال مشاركة الإلكترونات. وغالبًا ما يتضمن، ولكن ليس دائمًا، بعض الروابط الكيميائية .
في بعض الحالات، قد تكون الروابط قوية للغاية؛ فعلى سبيل المثال، يمتلك بروتين الستربتافيدين وفيتامين البيوتين ثابت تفكك (يعكس نسبة البيوتين المرتبط إلى البيوتين الحر) في حدود 10⁻¹⁴ ، ولذا فإن التفاعلات غير قابلة للانعكاس عمليًا. ينتج عن الارتباط الجزيئي أحيانًا تكوين مركب جزيئي تكون فيه قوى التجاذب التي تربط المكونات معًا غير تساهمية في الغالب ، وبالتالي تكون أضعف طاقيًا من الروابط التساهمية .
يحدث الارتباط الجزيئي في المركبات البيولوجية (على سبيل المثال، بين أزواج أو مجموعات من البروتينات، أو بين بروتين وجزيء صغير يرتبط به) وكذلك في الأنظمة الكيميائية غير البيولوجية، على سبيل المثال كما هو الحال في بوليمرات التنسيق وشبكات التنسيق مثل الأطر المعدنية العضوية .
الأنواع
يمكن تصنيف الارتباط الجزيئي إلى الأنواع التالية: [ 1 ]
- غير تساهمي – لا تتشكل روابط كيميائية بين الجزيئين المتفاعلين، وبالتالي فإن الارتباط قابل للانعكاس تمامًا
- الرابطة التساهمية العكسية - تتشكل رابطة كيميائية، إلا أن فرق الطاقة الحرة الذي يفصل المتفاعلات غير المرتبطة تساهميًا عن الناتج المرتبط يكون قريبًا من حالة التوازن ، وحاجز التنشيط منخفض نسبيًا بحيث يحدث التفاعل العكسي الذي يكسر الرابطة الكيميائية بسهولة.
- الرابطة التساهمية غير القابلة للانعكاس - تتكون رابطة كيميائية يكون فيها الناتج أكثر استقرارًا من الناحية الديناميكية الحرارية من المواد المتفاعلة بحيث لا يحدث التفاعل العكسي.
تُسمى الجزيئات المرتبطة أحيانًا "مركبًا جزيئيًا"، ويشير هذا المصطلح عمومًا إلى الروابط غير التساهمية . [ 2 ] يمكن أن تصبح التفاعلات غير التساهمية غير قابلة للانعكاس؛ فعلى سبيل المثال، قد تمتلك مثبطات الإنزيمات ذات الارتباط القوي حركيةً تُشابه إلى حد كبير حركية المثبطات التساهمية غير القابلة للانعكاس. ومن بين أقوى مركبات البروتين-بروتين المعروفة ، تلك الموجودة بين إنزيم أنجيوجينين ومثبط الريبونيوكلياز ؛ حيث يبلغ ثابت التفكك للبروتينات البشرية 5 × 10⁻¹⁶ مول/لتر. [ 3 ] [ 4 ] ومن الأمثلة البيولوجية الأخرى بروتين الربط ستربتأفيدين ، الذي يتمتع بألفة عالية للغاية للبيوتين (فيتامين B7/H، ثابت التفكك ، Kd ≈ 10⁻¹⁴ مول /لتر). [ 5 ] في مثل هذه الحالات، إذا تغيرت ظروف التفاعل (مثل انتقال البروتين إلى بيئة ذات تركيزات منخفضة جدًا من البيوتين، أو تغير الرقم الهيدروجيني أو الظروف الأيونية)، فقد يحدث التفاعل العكسي. على سبيل المثال، يمكن كسر تفاعل البيوتين-ستربتافيدين عن طريق حضانة المركب في الماء عند 70 درجة مئوية، دون إتلاف أي من الجزيئين. [ 6 ] ومن الأمثلة على تغير التركيز الموضعي الذي يُسبب التفكك تأثير بور ، الذي يصف تفكك الروابط من الهيموجلوبين في الرئة مقارنةً بالأنسجة الطرفية. [ 5 ]
تؤدي بعض التفاعلات بين البروتينات إلى روابط تساهمية ، [ 7 ] وبعض الأدوية عبارة عن مضادات غير قابلة للانعكاس ، وقد ترتبط أو لا ترتبط بروابط تساهمية. [ 8 ] وقد مرّ اكتشاف الأدوية بفتراتٍ كانت فيها الأدوية المرشحة التي ترتبط تساهميًا بأهدافها جذابة، ثم يتم تجنبها؛ وقد جعل نجاح بورتيزوميب الأدوية المرشحة القائمة على البورون والتي ترتبط تساهميًا أكثر جاذبية في أواخر العقد الأول من القرن الحادي والعشرين. [ 9 ] [ 10 ]
القوة الدافعة
لكي يكون المركب مستقرًا، يجب أن تكون طاقته الحرة، بحكم التعريف، أقل من طاقة جزيئات المذيب المنفصلة. قد يكون الارتباط مدفوعًا بشكل أساسي بالإنتروبيا (تحرر جزيئات المذيب المنظمة حول الجزيء المعزول، مما يؤدي إلى زيادة صافية في إنتروبيا النظام). عندما يكون المذيب هو الماء، يُعرف هذا بالتأثير الكاره للماء . بدلاً من ذلك، قد يكون الارتباط مدفوعًا بالإنثالبي، حيث تكون قوى التجاذب غير التساهمية، مثل التجاذب الكهروستاتيكي والروابط الهيدروجينية وقوى فان دير فالس / لندن ، هي المسؤولة بشكل أساسي عن تكوين مركب مستقر. [ 11 ] تميل المركبات التي يكون فيها مساهمة إنتروبيا قوية في التكوين إلى أن يكون لها مساهمات إنثالبي ضعيفة. على العكس من ذلك، تميل المركبات التي يكون فيها مكون إنثالبي قوي إلى أن يكون لها مكون إنتروبي ضعيف. تُعرف هذه الظاهرة بتعويض الإنثالبي-الإنتروبيا . [ 12 ]
قياس
يتم قياس قوة الارتباط بين مكونات المركب الجزيئي كمياً بواسطة ثابت الارتباط (K A )، والذي يُعرف بأنه نسبة تركيز المركب مقسوماً على حاصل ضرب تركيزات المكونات المعزولة عند التوازن بوحدات مولية:
عندما يمنع المركب الجزيئي الأداء الطبيعي للإنزيم ، يُشار إلى ثابت الارتباط أيضًا باسم ثابت التثبيط (KI ) .
أمثلة
تشمل الجزيئات التي يمكنها المشاركة في الارتباط الجزيئي البروتينات ، والأحماض النووية ، والكربوهيدرات ، والدهون ، والجزيئات العضوية الصغيرة مثل الأدوية . ومن ثم، تشمل أنواع المركبات التي تتشكل نتيجة الارتباط الجزيئي ما يلي:
- بروتين-بروتين [ 13 ]
- البروتين - الحمض النووي [ 14 ]
- البروتين – الهرمون
- البروتين-الدواء [ 15 ]
غالباً ما يُشار إلى البروتينات التي تشكل مركبات مستقرة مع جزيئات أخرى باسم المستقبلات ، بينما يُطلق على شركاء الارتباط بها اسم الروابط . [ 16 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ سميث إيه جيه، تشانغ إكس، ليتش إيه جي، هوك كيه إن (يناير 2009). "ما وراء الألفة البيكومولية: الجوانب الكمية للارتباط غير التساهمي والتساهمي للأدوية بالبروتينات" . مجلة الكيمياء الطبية . 52 (2): 225-233 . doi : 10.1021/jm800498e . PMC 2646787. PMID 19053779 .
- ↑ "تعريف المركب الجزيئي" . موسوعة المصطلحات الكيميائية: الكتاب الذهبي . الاتحاد الدولي للكيمياء البحتة والتطبيقية. 19-08-2012. doi : 10.1351/goldbook.C01203 .
هو كيان جزيئي يتكون من ارتباط ضعيف يشمل كيانين جزيئيين أو أكثر (أيونية أو غير مشحونة)، أو الأنواع الكيميائية المقابلة. عادةً ما تكون الرابطة بين المكونات أضعف من الرابطة التساهمية. وقد استُخدم المصطلح بمعانٍ مختلفة في سياقات متنوعة؛ لذا يُفضّل تجنبه عند وجود بديل أكثر وضوحًا. في الكيمياء غير العضوية، يُنصح باستخدام مصطلح "كيان التنسيق" بدلًا من "المركب".
- ↑ باباجورجيو، أ. س.، شابيرو، ر.، أشاريا، ك. ر. (سبتمبر 1997). "التعرف الجزيئي على أنجيوجينين البشري بواسطة مثبط الريبونيوكلياز المشيمي - دراسة بلورية بالأشعة السينية بدقة 2.0 أنجستروم" . مجلة EMBO . 16 (17): 5162-5177 . doi : 10.1093/emboj/16.17.5162 . PMC 1170149. PMID 9311977 .
- ↑ ديكسون، ك. أ.، هايجيس، م. س.، راينز، ر. ت. (2005). "مثبط الريبونيوكلياز: التركيب والوظيفة" . التقدم في أبحاث الأحماض النووية والبيولوجيا الجزيئية . 80 : 349-374 . doi : 10.1016/S0079-6603(05)80009-1 . ISBN 9780125400800. PMC 2811166 . PMID 16164979 .
- 1 2 غرين، ن.م. (1975). "أفيدين". التقدم في كيمياء البروتين . 29 : 85-133 . doi : 10.1016/s0065-3233(08)60411-8 . ISBN 9780120342297PMID 237414
- ↑ هولمبرغ أ، بلومسترغرين أ، نورد أ، لوكاس م، لونديبرغ ج، أولين م (فبراير 2005). "يمكن كسر تفاعل البيوتين-ستربتافيدين بشكل عكسي باستخدام الماء عند درجات حرارة مرتفعة". الرحلان الكهربائي . 26 (3): 501-510 . doi : 10.1002/elps.200410070 . PMID 15690449. S2CID 16058388 .
- ↑ ويسترمارك ج، إيفاسكا ج، كورثالز جي إل (يوليو 2013). " تحديد التفاعلات البروتينية المشاركة في الإشارات الخلوية" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 12 (7): 1752-1763 . doi : 10.1074/mcp.R113.027771 . PMC 3708163. PMID 23481661 .
- ↑ رانج إتش بي، ريتر جيه إم (2007). علم الأدوية لرانج وديل ( الطبعة السادسة). فيلادلفيا، بنسلفانيا: تشرشل ليفينغستون/إلسيفير. ص 19. ISBN 978-0-443-06911-6.
- ↑ هانتر ، ب. (فبراير 2009). "ليس مملاً على الإطلاق. البورون هو الكربون الجديد في البحث عن مرشحين جدد للأدوية" . تقارير EMBO . 10 (2): 125-128 . doi : 10.1038/embor.2009.2 . PMC 2637326. PMID 19182828 .
- ↑ لندن ن، ميلر ر.م، كريشنان س، أوشيدا ك، إيروين ج.ج، عيدام أ، جيبولد ل، سيمرمانشيتش ب، بونيه ر، شويشيت ب.ك، تونتون ج (ديسمبر 2014). " الالتحام التساهمي لمكتبات كبيرة لاكتشاف المجسات الكيميائية" . مجلة نيتشر للكيمياء الحيوية . 10 (12): 1066-1072 . doi : 10.1038/nchembio.1666 . PMC 4232467. PMID 25344815 .
- ↑ مياموتو إس، كولمان بي إيه (سبتمبر 1993). "ما الذي يحدد قوة الارتباط غير التساهمي للروابط بالبروتينات في المحلول المائي؟" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 90 (18): 8402-8406 . Bibcode : 1993PNAS...90.8402M . doi : 10.1073/pnas.90.18.8402 . PMC 47364. PMID 8378312 .
- ↑ كوبر أ (أكتوبر 1999). "التحليل الديناميكي الحراري للتفاعلات الجزيئية الحيوية". الرأي الحالي في البيولوجيا الكيميائية . 3 (5): 557-63 . doi : 10.1016/S1367-5931(99)00008-3 . PMID 10508661 .
- ↑ فو هـ (2004). تفاعلات البروتين-البروتين: الأساليب والتطبيقات . توتوا، نيوجيرسي: دار هومانا للنشر. ISBN 1-58829-120-0.
- ↑ سيتز، هـ. (2007). تحليل تفاعلات البروتين مع الحمض النووي (سلسلة التقدم في الهندسة الكيميائية الحيوية / التكنولوجيا الحيوية) . برلين: سبرينغر. ISBN 978-3-540-48147-8.
- ^ Folkers G، Böhm HJ، Schneider G، Mannhold R، Kubinyi H (2003). تفاعلات البروتين والليكاند من التعرف الجزيئي إلى تصميم الدواء . فاينهايم: وايلي-VCH. رقم ISBN 3-527-30521-1.
- ↑ كلوتز، آي إم (1997). طاقة الربيطة والمستقبل: دليل للمتحيرين . تشيتشستر: جون وايلي وأولاده. ISBN 0-471-17626-5.
- الكيمياء الطبية
- الفيزياء الجزيئية
