مشكلة الهروب الضيق
مشكلة الهروب الضيق [ 1 ] [ 2 ] هي مشكلة منتشرة في علم الأحياء والفيزياء الحيوية وعلم الأحياء الخلوي .
الصيغة الرياضية هي كالتالي: جسيم براوني ( أيون ، جزيء ، أو بروتين ) محصور في نطاق محدود (حجرة أو خلية) بواسطة حد عاكس، باستثناء نافذة صغيرة يمكنه من خلالها الهروب. تكمن مشكلة الهروب الضيق في حساب متوسط زمن الهروب. يتباعد هذا الزمن مع تقلص النافذة، مما يجعل الحساب مسألة اضطراب منفرد . [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]
عندما يصبح الهروب أكثر صعوبة بسبب القيود الهندسية الشديدة في مكان الهروب، تتحول مشكلة الهروب الضيق إلى مشكلة المضيق الحرج . [ 10 ] [ 11 ]
طُرحت مسألة الهروب الضيق في سياق علم الأحياء والفيزياء الحيوية من قِبل د. هولكمان وز. شوس، [ 12 ] ولاحقًا مع أ. سينغر، وأدت إلى نظرية الهروب الضيق في الرياضيات التطبيقية وعلم الأحياء الحاسوبي . [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]
التركيبة
يتم وصف حركة الجسيم بواسطة حد سمولوشوفسكي لمعادلة لانجفين : [ 16 ] [ 17 ] أينيمثل معامل انتشار الجسيم،هو معامل الاحتكاك لكل وحدة كتلة،القوة لكل وحدة كتلة، وهي حركة براونية .
متوسط زمن المرور الأول ومعادلة فوكر-بلانك
من الأسئلة الشائعة تقدير متوسط زمن بقاء جسيم ينتشر في نطاق محدودقبل أن يتسرب عبر نافذة صغيرة ماصةفي حدودهايتم تقدير الوقت بشكل تقاربي في النهاية
دالة كثافة الاحتمال (pdf)هي احتمالية وجود الجسيم في الموضعفي ذلك الوقت.
دالة الكثافة الاحتمالية تحقق معادلة فوكر-بلانك : مع الشرط الابتدائي وشروط حدودية مختلطة من نوع ديريشليه-نيومان ()
الوظيفة يمثل متوسط زمن بقاء الجسيم، بشرط الموضع الأوليإنه حل لمسألة القيمة الحدية
يعتمد الحل على أبعاد المجال. بالنسبة لجزيء ينتشر على قرص ثنائي الأبعاد أينهي سطح المجال. الدالةلا يعتمد على الوضع الأولي، باستثناء طبقة حدودية صغيرة بالقرب من الحدود الممتصة بسبب الشكل التقاربي.
يُعدّ الحدّ من الدرجة الأولى مهمًا في البُعد الثاني: بالنسبة لقرص دائري نصف قطرهمتوسط زمن هروب الجسيم الذي يبدأ من المركز هو
يُعطى متوسط زمن الهروب بالنسبة لتوزيع أولي منتظم للجسيم بالصيغة التالية:
يمكن أن تؤثر هندسة الفتحة الصغيرة على وقت الهروب: إذا كانت النافذة الماصة موجودة في زاوية زاوية، ثم:
والأكثر إثارة للدهشة، بالقرب من نقطة تحول في مجال ثنائي الأبعاد، هو زمن الهروبينمو جبريًا، وليس لوغاريتميًا: في المجال المحصور بين دائرتين متماستين، يكون وقت الهروب هو: حيث d > 1 هي نسبة نصفي القطر. وأخيرًا، عندما يكون المجال حلقيًا، فإن زمن الهروب إلى فتحة صغيرة تقع على الدائرة الداخلية يتضمن معلمة ثانية وهينسبة نصف القطر الداخلي إلى نصف القطر الخارجي، ووقت الهروب، محسوبًا كمعدل بالنسبة لتوزيع أولي منتظم، هو:
تحتوي هذه المعادلة على حدين من التوسع التقاربي لـوهي زاوية الحد الممتص. الحالةلا تزال مسألة الاقتراب من 1 مفتوحة، وبالنسبة للمجالات العامة، يظل التوسع التقاربي لزمن الهروب مشكلة مفتوحة . وكذلك مسألة حساب زمن الهروب بالقرب من نقطة انعطاف في المجالات ثلاثية الأبعاد. بالنسبة للحركة البراونية في مجال قوةلا تكون الفجوة في الطيف صغيرة بالضرورة بين القيمتين الذاتيتين الأولى والثانية، وذلك تبعاً للحجم النسبي للثقب الصغير وحواجز القوة التي يتعين على الجسيم التغلب عليها للهروب. كما أن تيار الهروب ليس بالضرورة بواسونياً .
النتائج التحليلية
النظرية التي تربط مشكلة الهروب من الحركة البراونية بمشكلة معادلة تفاضلية جزئية (حتمية) هي التالية.
نظرية — ليكنليكن مجالًا محدودًا بحدود ملساءولتكن مجموعة فرعية مغلقة منلكل، يتركتكون هذه هي المرة الأولى التي يصطدم فيها جسيم، بافتراض أن الجسيم يبدأ منيخضع لحركة براون فيويعكس ذلكثم، متوسط زمن المرور الأول،وتباينها،، هي حلول لمسائل القيم الحدية التالية:
هناالمشتقة في الاتجاه، العمودي الخارجي علىعلاوة على ذلك، يمكن حساب متوسط التباين من الصيغة
يُعد الجزء الأول من النظرية نتيجة كلاسيكية، بينما تم إثبات متوسط التباين في عام 2011 بواسطة كاري كاجينالب وشينفو تشين. [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ]
لقد كان زمن الهروب موضوعًا للعديد من الدراسات التي استخدمت البوابة الصغيرة كمعامل صغير تقاربيًا. تقدم النتيجة المغلقة التالية [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] حلاً دقيقًا يؤكد هذه الصيغ التقاربية ويوسعها لتشمل البوابات التي ليست بالضرورة صغيرة.
نظرية (صيغة كاري كاجينالب وشينفو تشين المغلقة) - في بُعدين، مع تحديد النقاط بالأعداد المركبة، ليكن :=\left\{re^{i\theta }\vert 0\leq r<1,{\text{ }}-\varepsilon \leq \theta \leq 2\pi -\varepsilon \right\},~\Gamma :=\left\{e^{i\theta }\vert \vert \theta \vert \leq \varepsilon \right\}}
ثم متوسط زمن المرور الأول، ل، يتم تحديده بواسطة
وتتعلق مجموعة أخرى من النتائج بكثافة الاحتمال لموقع المخرج. [ 19 ]
نظرية (كاري كاجينالب وشينفو تشين لكثافة الاحتمال) - تُعطى كثافة الاحتمال لموقع جسيم عند لحظة خروجه بالصيغة التالية:
أي، لأي ( مجموعة بوريل )، احتمال أن يبدأ جسيم ما إما من نقطة الأصل أو موزع بشكل منتظم في، مما يدل على الحركة البراونية في، مما يعكس لحظة حدوثهاوالهروب بمجرد أن يصيبها، وينتهي به الأمر بالهروب منيكون أينهو العنصر السطحي لـفي.
محاكاة هروب الحركة البراونية
في المحاكاة، يوجد خطأ عشوائي ناتج عن عملية أخذ العينات الإحصائية. يمكن الحد من هذا الخطأ باللجوء إلى نظرية النهاية المركزية واستخدام عدد كبير من العينات. كما يوجد خطأ في التقطيع ناتج عن تقريب حجم الخطوة المحدود عند تقريب الحركة البراونية. يمكن بعد ذلك الحصول على نتائج تجريبية مع تغير حجم الخطوة وحجم البوابة. باستخدام النتيجة الدقيقة المذكورة أعلاه لحالة الدائرة، يمكن إجراء مقارنة دقيقة بين الحل الدقيق والحل العددي. [ 21 ] [ 22 ] يوضح هذا الفرق بين الخطوات المحدودة والانتشار المستمر. كما تم الحصول على توزيع لمواقع الخروج من خلال عمليات المحاكاة لهذه المسألة.
التطبيقات البيولوجية
التفاعلات الكيميائية العشوائية في المجالات الميكروية
معدل التفاعلات الكيميائية الأمامية هو مقلوب زمن الهروب الضيق، وهو ما يُعمم صيغة سمولوشوفسكي الكلاسيكية للجسيمات البراونية الموجودة في وسط لانهائي. ويمكن استخدام وصف ماركوف لتقدير الارتباط والانفصال في عدد قليل من المواقع. [ 23 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ شوس، ز.؛ سينغر، أ.؛ هولكمان، د. (27-09-2007). "مشكلة الهروب الضيق للانتشار في النطاقات الميكروية الخلوية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 104 (41). وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية: 16098-16103 . Bibcode : 2007PNAS..10416098S . doi : 10.1073/pnas.0706599104 . ISSN 0027-8424 . PMC 1994903. PMID 17901203 .
- ^ د هولكمان، زي شوس، مشكلة الهروب الضيق، مراجعة SIAM 56 (2)، 213-257 (2014)
- ↑ سينغر، أ.؛ شوس، ز.؛ هولكمان، د. (14 نوفمبر 2008). "الهروب الضيق وتسرب جسيمات براون". مجلة Physical Review E. 78 ( 5) 051111. الجمعية الفيزيائية الأمريكية (APS). arXiv : 0808.2288 . Bibcode : 2008PhRvE..78e1111S . doi : 10.1103/physreve.78.051111 . ISSN 1539-3755 . PMID 19113099. S2CID 8739640 .
- ↑ إم جيه وارد، إس بيلاي، إيه بيرس، وتي كولوكولنيكوف: تحليل تقاربي لمتوسط زمن المرور الأول لمسائل الهروب الضيق: الجزء الأول: المجالات ثنائية الأبعاد
- ↑ هولكمان، د؛ شوس، ز (2008-04-02). "هروب الانتشار عبر مجموعة من النوافذ الصغيرة الماصة". مجلة الفيزياء أ: الرياضية والنظرية . 41 (15) 155001. دار نشر IOP. رمز Bibcode : 2008JPhA...41o5001H . doi : 10.1088/1751-8113/41/15/155001 . ISSN 1751-8113 . S2CID 4179599 .
- ↑ هولكمان، د.، وشوس، ز. (2015). الهروب الضيق العشوائي في البيولوجيا الجزيئية والخلوية: التحليل والتطبيقات. سبرينغر.
- ↑ تشيفياكوف، أليكسي ف.؛ وارد، مايكل ج.؛ شتراوب، روني (2010). "تحليل تقاربي لمتوسط زمن المرور الأول لمسائل الهروب الضيق: الجزء الثاني: الكرة". النمذجة والمحاكاة متعددة المقاييس . 8 (3). جمعية الرياضيات الصناعية والتطبيقية (SIAM): 836-870 . doi : 10.1137/100782620 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-908F-6 . ISSN 1540-3459 .
- ↑ تشيفياكوف، أليكسي ف.؛ زاوادا، دانيال (22 أبريل 2013). "مشكلة الهروب الضيق للكرة الوحدة: حد التجانس، والترتيبات المثلى لأعداد كبيرة من المصائد، وفرضية N2 " . مجلة Physical Review E. 87 ( 4) 042118. الجمعية الفيزيائية الأمريكية (APS). Bibcode : 2013PhRvE..87d2118C . doi : 10.1103/physreve.87.042118 . ISSN 1539-3755 . PMID 23679384 .
- ↑ كومبس، دانيال؛ ستراوب، روني؛ وارد، مايكل (2009). "الانتشار على سطح كروي مع مصائد موضعية: متوسط زمن المرور الأول، والتقارب التقاربي للقيم الذاتية، ونقاط فيكيت". مجلة SIAM للرياضيات التطبيقية . 70 (1). جمعية الرياضيات الصناعية والتطبيقية (SIAM): 302-332 . doi : 10.1137/080733280 . hdl : 11858/00-001M-0000-0013-9335-3 . ISSN 0036-1399 .
- ↑ D. Holcman Z. Schuss, The dire strit time, SIAM Multiscale Modeling and simulations, 10(4), 1204–1231.
- ↑ هولكمان، د؛ شوس، ز (2013-06-20). "التحكم في التدفق عبر الممرات الضيقة والأهداف الخفية في البيولوجيا الخلوية". تقارير عن التقدم في الفيزياء . 76 ( 7) 074601. دار نشر IOP. رمز Bibcode : 2013RPPh...76g4601H . doi : 10.1088/0034-4885/76/7/074601 . ISSN 0034-4885 . PMID 23787818. S2CID 2102724 .
- ↑ هولكمان، د.؛ شوس، ز. (2004). "الهروب عبر فتحة صغيرة: نقل المستقبلات في غشاء مشبكي". مجلة الفيزياء الإحصائية . 117 ( 5-6 ). سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا ذ.م.م.: 975-1014 . رمز Bibcode : 2004JSP...117..975H . doi : 10.1007/s10955-004-5712-8 . ISSN 0022-4715 . S2CID 6324415 .
- ↑ سينغر، أ.؛ شوس، ز.؛ هولكمان، د.؛ آيزنبرغ، ر.س. (2006-01-20). "الهروب الضيق، الجزء الأول". مجلة الفيزياء الإحصائية . 122 (3). سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا ذ.م.م.: 437-463 . arXiv : math-ph/0412048 . Bibcode : 2006JSP...122..437S . doi : 10.1007/s10955-005-8026-6 . ISSN 0022-4715 . S2CID 14014727 .
- ↑ سينغر، أ.؛ شوس، ز.؛ هولكمان، د. (2006-01-20). "الهروب الضيق، الجزء الثاني: القرص الدائري". مجلة الفيزياء الإحصائية . 122 (3). سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا ذ.م.م.: 465-489 . arXiv : math-ph/0412050 . Bibcode : 2006JSP...122..465S . doi : 10.1007/s10955-005-8027-5 . ISSN 0022-4715 . S2CID 15765954 .
- ↑ سينغر، أ.؛ شوس، ز.؛ هولكمان، د. (2006-01-20). "الهروب الضيق، الجزء الثالث: المجالات غير الملساء وأسطح ريمان". مجلة الفيزياء الإحصائية . 122 (3). سبرينغر ساينس آند بيزنس ميديا ذ.م.م.: 491-509 . رمز Bibcode : 2006JSP...122..491S . doi : 10.1007/s10955-005-8028-4 . ISSN 0022-4715 . S2CID 12317568 .
- ↑ Z. Schuss, نظرية وتطبيقات المعادلات التفاضلية العشوائية (سلسلة وايلي في الاحتمالات والإحصاء - (1980)
- ↑ Z. Schuss، نظرية وتطبيقات العمليات العشوائية. منهج تحليلي. سلسلة: العلوم الرياضية التطبيقية، المجلد 170.
- 1 2 كاجينالب، كاري؛ تشين، شينفو (2011-02-01). "نتائج تحليلية ورقمية لزمن الهروب الأول في بعدين" . Comptes Rendus Mathématique . 349 ( 3-4 ): 191-194 . doi : 10.1016/j.crma.2010.11.024 . ISSN 1631-073X .
- 1 2 3 تشين، شينفو؛ كاجينالب، كاري (2012-01-01). "نتائج تحليلية ورقمية لمسألة الهروب". أرشيف الميكانيكا والتحليل العقلاني . 203 (1): 329-342 . Bibcode : 2012ArRMA.203..329C . doi : 10.1007/s00205-011-0455-6 . ISSN 1432-0673 . S2CID 32394342 .
- 1 2 كاجينالب، كاري (2011). نتائج تحليلية ورقمية حول الهروب (رسالة بكالوريوس في الفلسفة). جامعة بيتسبرغ.
- ↑ هيوز، أويفي؛ موريس، ريتشارد؛ تومكينز، ميليسا (31 مارس 2020). "PyEscape: حزمة محاكاة لمشكلة الهروب الضيق في بايثون" . مجلة البرمجيات مفتوحة المصدر . 5 (47): 2072. Bibcode : 2020JOSS....5.2072H . doi : 10.21105/joss.02072 . ISSN 2475-9066 .
- ↑ هيوز، أويفي؛ فولكنر، كريستين؛ موريس، ريتشارد جيه؛ تومكينز، ميليسا (2021). "التواصل بين الخلايا كسلسلة من مشاكل الهروب الضيق" . معاملات IEEE في الاتصالات الجزيئية والبيولوجية ومتعددة المقاييس . 7 (2): 89-93 . doi : 10.1109/TMBMC.2021.3083719 . ISSN 2332-7804 .
- ↑ هولكمان، د.؛ شوس، ز. (15 مارس 2005). "التفاعلات الكيميائية العشوائية في المجالات الميكروية". مجلة الفيزياء الكيميائية . 122 (11). دار نشر AIP: 114710. arXiv : math- ph /0412089 . Bibcode : 2005JChPh.122k4710H . doi : 10.1063/1.1849155 . ISSN 0021-9606 . PMID 15836246. S2CID 845444 .
- انتشار
- البيولوجيا الرياضية والنظرية
- العمليات العشوائية
