إطار معلومات علم الأعصاب

إطار معلومات علم الأعصاب هو مستودع لموارد الويب العالمية لعلم الأعصاب ، بما في ذلك قواعد بيانات علم الأعصاب التجريبية والسريرية والترجمية ، وقواعد المعرفة، والأطالس، والموارد الجينية / الجينومية ، ويوفر العديد من الروابط الموثوقة في جميع أنحاء بوابة علم الأعصاب في ويكيبيديا.

إطار معلومات علم الأعصاب (NIF) هو مبادرة من برنامج NIH Blueprint لأبحاث علم الأعصاب ، والذي تم إنشاؤه في عام 2004 من قبل المعاهد الوطنية للصحة . ^{[ 1 ]}

بدأ تطوير مشروع NIF في عام 2008، عندما حصلت كلية الطب بجامعة كاليفورنيا في سان دييغو على عقد من معاهد الصحة الوطنية الأمريكية لإنشاء وصيانة "مخزون ديناميكي من بيانات وموارد وأدوات علم الأعصاب على الإنترنت، يمكن للعلماء والطلاب الوصول إليه عبر أي جهاز كمبيوتر متصل بالإنترنت". ^{[ 2 ] [ 3 ]} وترأس المشروع ماريان مارتون، المديرة المشاركة للمركز الوطني لأبحاث المجهر والتصوير (NCMIR)، التابع لمركز أبحاث الأنظمة البيولوجية متعدد التخصصات (CRBS)، ومقره جامعة كاليفورنيا في سان دييغو . وتقود مارتون، بالتعاون مع الباحثين الرئيسيين المشاركين جيفري إس. غريث وأمارناث غوبتا، فريقًا بحثيًا وطنيًا يضم باحثين من جامعة ييل ، ومعهد كاليفورنيا للتكنولوجيا ، وجامعة جورج ماسون ، وجامعة هارفارد ، وجامعة واشنطن في سانت لويس .

على عكس محركات البحث العامة ، يوفر NIF وصولاً أعمق بكثير إلى مجموعة مركزة من الموارد ذات الصلة بعلم الأعصاب، واستراتيجيات بحث مصممة خصيصًا لهذا المجال، وإمكانية الوصول إلى محتوى يُعتبر تقليديًا "مخفيًا" عن محركات البحث على الإنترنت . يُعد NIF فهرسًا ديناميكيًا لقواعد بيانات علم الأعصاب، مُفهرسًا ومُدمجًا مع نظام موحد للمصطلحات الطبية الحيوية (مثل NeuroLex ). يدعم NIF الاستعلامات القائمة على المفاهيم عبر مقاييس متعددة للبنية البيولوجية ومستويات متعددة للوظائف البيولوجية، مما يُسهّل البحث عن النتائج وفهمها. كما سيوفر NIF سجلًا يُمكن من خلاله لمُزودي الموارد الإفصاح عن توافر الموارد ذات الصلة بأبحاث علم الأعصاب. لا يُقصد بـ NIF أن يكون مستودعًا أو مخزنًا بحد ذاته، بل وسيلةً للكشف عن الموارد المتاحة عبر الإنترنت وتحديد مواقعها .

يحتوي معيار NIFSTD، أو معيار NIF للأنطولوجيا، على العديد من المصطلحات والمترادفات والاختصارات المفيدة في علم الأعصاب، بالإضافة إلى فئات ديناميكية مثل فئات الخلايا المحددة بناءً على خصائص متنوعة، كالعصبون حسب الناقل العصبي أو دوره في الدائرة العصبية ، أو أنواع المخدرات وفقًا للمعاهد الوطنية لتعاطي المخدرات . يمكن استخدام أي مصطلح (مع مرادفاته) أو أي فئة ديناميكية (جميع المصطلحات مع مرادفاتها) للاستعلام في آنٍ واحد عن جميع البيانات التي يفهرسها NIF حاليًا. تجدون أدناه بعض الأمثلة:

• البيانات المتاحة حول الحصين، بما في ذلك المرادفات
• بيانات حول مرض باركنسون بما في ذلك المرادفات القديمة مثل الشلل الرعاش
• الخلايا العصبية القشرية الحديثة هي فئة ديناميكية تشمل جميع الخلايا العصبية التي لها جسم خلوي في أي جزء من القشرة الحديثة

يمكن اعتبار محتوى NIF بمثابة فهرس (سجل NIF) وبحث معمق في قاعدة البيانات (اتحاد بيانات NIF).

• يحتوي كتالوج NIF على أكبر قائمة للموارد ذات الصلة بعلم الأعصاب والممولة من قبل المعاهد الوطنية للصحة، بما في ذلك قواعد البيانات العلمية، وأدوات البرمجيات، والكواشف والأدوات التجريبية، وقواعد المعرفة والبوابات، والكيانات الأخرى التي حددها مجتمع أبحاث علم الأعصاب.

يمكن الاطلاع على قائمة الموارد الحالية على الموقع الإلكتروني www.neuinfo.org/registry

• يبحث اتحاد بيانات NIF في محتوى قواعد بيانات متعمقة لأكثر من 150 قاعدة بيانات، بما في ذلك: قواعد بيانات NCBI المختلفة ( PubMed ، Gensat، Entrez Gene، Homologene، GEO)، بالإضافة إلى العديد من قواعد البيانات الكبيرة والصغيرة ذات الصلة بعلم الأعصاب، مثل Gemma (بيانات المصفوفات الدقيقة للجهاز العصبي)، وCCDB وCIL (صور الخلايا العصبية والخلايا النجمية بشكل رئيسي)، وGeneNetwork، وAgingGenesDB، وXNAT، و1000 Functional Connectomes. يمكن الاطلاع على القائمة الكاملة (حتى أبريل 2013) في الجدول أدناه. كما يمكن الاطلاع على قائمة محدثة على صفحة اتحاد البيانات .
• بالإضافة إلى ذلك، تم دمج العديد من قواعد البيانات التي تحتوي على أنواع بيانات متشابهة جدًا في "قواعد بيانات افتراضية"، تجمع العديد من قواعد البيانات في جدول واحد. على سبيل المثال، يجمع سجل الأجسام المضادة بيانات من أكثر من 200 مورد، ويجمع برنامج NIF Integrated BrainGeneExpression بيانات التعبير الجيني من Gensat وAlan Brain و Mouse Genome Informatics ، ويجمع عرض الاتصال ست قواعد بيانات تحتوي على معلومات حول اتصال الجهاز العصبي، ويجمع عرض الحيوانات المتكامل بيانات حول كتالوجات حيوانات التجارب المتاحة للباحثين من الديدان المعدلة وراثيًا أو المتماثلة وراثيًا، وسمك الزيبرا، والفئران، والجرذان. نضيف المزيد من هذه البيانات كلما تم تسجيلها، لذا يُرجى مراجعة هذه الصفحة للاطلاع على المحتويات الحالية.
• للاطلاع على قائمة شاملة ومحدثة لقواعد البيانات ومجموعات البيانات المسجلة لدى NIF، يرجى زيارة هذه الصفحة www.neurolex.org . تم تحديث الجدول أدناه في 9 أبريل 2013.

تقوم فكرة NIF على أنه بالرغم من تعدد واجهات قواعد البيانات العلمية، وبعضها معقد للغاية، إلا أنه ينبغي وجود طريقة موحدة لعرضها والبحث فيها. وقد تم توسيع نطاق فكرة البحث الموحد هذه لتشمل الخدمات، بحيث يتمكن المطورون من الاستفادة من العمل المنجز في NIF لتحسين تطبيقاتهم الخاصة من خلال الوصول إلى جميع البيانات المتاحة عبر واجهة NIF.

عندما تُنشر البيانات عبر NIF، تصبح متاحةً فورًا عبر خدمات الويب. يمكن اعتبار خدمات الويب RESTful هذه بمثابة وظائف برمجية قابلة للدمج في تطبيقات أخرى. حاليًا، يمكن الاستعلام عن البيانات وسحبها كملف XML، وتقوم العديد من المواقع الأخرى بسحب بيانات NIF عبر خدماتها، بما في ذلك DOMEO وEagle i. يمكن للمطورين معرفة كيفية الوصول إلى البيانات من خلال الاطلاع على ملف WADL المتاح على الرابط http://neuinfo.org/developers

فيما يلي بعض خدمات RESTful العامة التي يمكن للطلاب الوصول إليها أو استخدامها في بناء التطبيقات:

• يمكنك إضافة تعليقات توضيحية إلى أي نص باستخدام هذا الرابط:

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/annotate?content=The%20cerebellum%20is%20a%20wonderful%20thing&longestOnly=true

يحتوي عنوان URL على النص الذي ترغب في إضافة تعليقات توضيحية إليه، وهو المدخل، ونصه " المخيخ شيء رائع". لتغيير هذا النص، يمكنك تجربة أي نص آخر. ستُعيد الخدمة الجملة مع وسم SPAN للدلالة على أنها تعرفت على مصطلح "المخيخ" وأنه نوع من أنواع البنية التشريحية. أما المصطلحات التي لم يتم التعرف عليها، فستُعاد بدون وسوم SPAN. لاحظ أن المعامل longestOnly=true اختياري، ويعني أنه سيتم التعرف على أطول مجموعة من المصطلحات فقط. في هذا المثال، لا يُحدث فرقًا، ولكن في مصطلحات مثل "عصبون الحصين"، ستُعيد الخدمة استجابة واحدة فقط.

يمكن للمطورين استخدام علامات span لاسترجاع معلومات حول المصطلح المُتعرف عليه، لأن المعرّف فريد ومرتبط بالتعريفات والمرادفات ومناطق الدماغ الأخرى، وفي بعض الحالات بالصور. للاطلاع على نسخة قابلة للقراءة البشرية، انظر

 * http://neurolex.org/wiki/Birnlex_1489

للاطلاع على نسخة قابلة للقراءة آلياً، انظر

 * http://nif-services.neuinfo.org/ontoquest/concepts/Birnlex_1489?get_super=true

• استرجاع اقتراحات الإكمال التلقائي في علم الأعصاب، على سبيل المثال،

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/vocabulary?prefix=hippocampu

يُظهر المثال أعلاه خاصية إكمال الكلمات لكلمة "hippocampu"، ولكن يمكنك تجربة كتابة أي مجموعة أخرى من الأحرف في عنوان URL. ستُعيد الخدمة مجموعة من الكلمات التي تُطابق هذه السلسلة، بما في ذلك: Hippocampus و many hippocampal cells.

• استرجاع عناصر السجل التي تطابق مصطلح البحث:

 * http://nif-services.neuinfo.org/servicesv1/v1/federation/data/nlx_144509-1?q=miame

سجل NIF هو مصدر بيانات، وستُعيد هذه الخدمة جميع العناصر الموجودة في السجل والتي تُطابق مصطلح البحث المُحدد. في هذه الحالة، المصطلح هو miame، كما هو مُستخدم في معيار miame. لاستخدام وظيفة استرجاع البيانات هذه، يُمكنك كتابة مصطلحات البحث في نهاية هذا الرابط بالإضافة إلى مصطلح miame أو بدلاً منه. سيعمل هذا بنفس طريقة كتابة مصطلحاتك في مربع البحث هنا:

 * https://neuinfo.org/mynif/search.php?q=hippocampus&t=registry

ملاحظة: تأكد من مراجعة الشروط والأحكام الخاصة بأي مصدر من مصادر البيانات، حيث تتوفر الشروط والأحكام كخدمة في NIF، ولكن يمكنك أيضًا مراجعة المصادر الفردية التي ترغب في دمجها في تطبيقاتك، وجميع البيانات المذكورة أعلاه مملوكة لـ NIF وتخضع لرخصة Creative Commons Attribution، لذا يمكن توزيعها ومشاركتها بحرية.

• نيوروليكس
• أسماء عصبية

• موقع إطار معلومات علم الأعصاب (NIF)
• NIF NeuroLex - معجم علم الأعصاب
• أخبار وإعلانات إطار معلومات علم الأعصاب
• إطار معلومات علم الأعصاب - صفحة فيسبوك
• إطار معلومات علم الأعصاب - مجموعة مينديلي