نيكست فلو

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

يُعدّ Nextflow نظامًا لإدارة سير العمل العلمي، ويُستخدم بشكل أساسي في تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية . وهو يضع معايير لإنشاء سلسلة من الخطوات الحسابية المترابطة برمجيًا، ويُسهّل تنفيذها على موارد محلية وسحابية متنوعة. [ 2 ] [ 3 ]

غاية

تتطلب العديد من تحليلات البيانات العلمية عددًا كبيرًا من خطوات المعالجة المتسلسلة. قد تكفي البرامج النصية المخصصة عند تطوير أساليب جديدة أو عند إجراء تحليلات معينة على فترات متباعدة، ولكنها لا تتناسب بشكل جيد مع تسلسل المهام المعقدة أو العينات الكثيرة. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

تتيح أنظمة سير العمل العلمي، مثل Nextflow، تنظيم التحليل في شكل مسار لتحليل البيانات. تُعرف هذه المسارات أيضًا باسم مسارات العمل، وهي تُحدد ترتيب وشروط خطوات الحوسبة. ويتم تنفيذها بواسطة برامج مُخصصة، تُسمى مُنفذي مسارات العمل، والتي تضمن سلوكًا متوقعًا وقابلًا للتكرار في بيئات حوسبة مُختلفة. [ 4 ] [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ]

توفر أنظمة سير العمل حلولًا مدمجة للتحديات الشائعة في تطوير سير العمل، مثل تطبيقها على عينات متعددة، والتحقق من صحة المدخلات والنتائج الوسيطة، والتنفيذ المشروط للخطوات، ومعالجة الأخطاء، وإنشاء التقارير. وقد تشمل الميزات المتقدمة لأنظمة سير العمل أيضًا إمكانيات الجدولة، وواجهات المستخدم الرسومية لمراقبة تنفيذ سير العمل، وإدارة التبعيات من خلال تغليف سير العمل بالكامل أو مكوناته في حاويات . [ 10 ] [ 11 ]

عادةً ما تُمثل أنظمة سير العمل العلمية تحديًا كبيرًا في البداية، نظرًا لأن جميع ميزاتها وتعقيداتها مبنية على أساس التحليل الفعلي. ومع ذلك، فإن المعايير والتجريد الذي تفرضه أنظمة سير العمل يُحسّن في نهاية المطاف إمكانية تتبع خطوات التحليل، وهو أمر بالغ الأهمية عند التعاون في تطوير خطوط الإنتاج، كما هو معتاد في الأوساط العلمية. [ 12 ]

صفات

تحديد سير العمل

في Nextflow، تُبنى مسارات المعالجة من عمليات فردية تعمل بالتوازي لأداء مهام حسابية. تُعرَّف كل عملية بمتطلبات إدخال وتصريحات إخراج. وبدلاً من التشغيل بتسلسل ثابت، تبدأ العملية بالتنفيذ عند استيفاء جميع متطلبات إدخالها. ومن خلال تحديد مخرجات عملية ما كمدخلات لعملية أخرى، يتم إنشاء اتصال منطقي ومتسلسل بين العمليات. [ 13 ]

يُعد هذا التنفيذ التفاعلي نمط تصميم رئيسي في Nextflow ويُعرف أيضًا باسم نموذج تدفق البيانات الوظيفي . [ 14 ]

تُبرمج العمليات وسير العمل بالكامل بلغة برمجة خاصة بالمجال (DSL) يوفرها Nextflow، وهي مبنية على Apache Groovy . [ 15 ] بينما تُستخدم لغة البرمجة الخاصة بـ Nextflow لتعريف منطق سير العمل، يمكن للمطورين استخدام لغة البرمجة النصية التي يختارونها داخل العملية، ودمج لغات متعددة في سير العمل. كما يُمكن نقل البرامج النصية وسير العمل الموجودة إلى Nextflow. تشمل لغات البرمجة النصية المدعومة bash وcsh وksh و Python و Ruby و R. أي لغة برمجة نصية تستخدم تعريف shebang القياسي في Unix ( #!/bin/bash) متوافقة مع Nextflow.

فيما يلي مثال على سير عمل يتكون من عملية واحدة فقط:

عملية hello_world { المدخلات: قيمة greetingالناتج: المسار "${greeting}.txt"script: """  echo "${greeting} World!" > ${greeting}.txt  """ }سير العمل { قناة . من ( "مرحباً" ، "تشاو" ، "هولا" ، "بونجور" ) | hello_world }

ولتمكين التعاون السهل في سير العمل، يدعم Nextflow بشكل أصلي أنظمة إدارة التعليمات البرمجية المصدرية ومنصات DevOps بما في ذلك GitHub و GitLab وغيرها. [ 16 ]

تنفيذ سير العمل

تتيح لغة البرمجة الخاصة بـ Nextflow نشر وتشغيل سير العمل عبر بيئات حوسبة مختلفة دون الحاجة إلى تعديل كود خط الأنابيب. يأتي Nextflow مزودًا بمنفذات محددة لمنصات متنوعة، بما في ذلك مزودي الخدمات السحابية الرئيسيين. وهو يدعم البيئات التالية لتنفيذ خطوط الأنابيب: [ 17 ]

  • محلي : هذا هو المنفذ الافتراضي حيث يتم تشغيل مسارات Nextflow على نظامي التشغيل Linux أو Mac OS، ويتم التنفيذ على الكمبيوتر الذي يتم تشغيل المسار عليه.
  • مديرو أحمال العمل في الحوسبة عالية الأداء : يدعم Nextflow مديري أحمال العمل مثل Slurm و SGE و LSF و Moab و PBS Pro و PBS/Torque و HTCondor و NQSII و OAR.
  • Kubernetes : يمكن استخدام Nextflow مع تطبيقات Kubernetes المحلية أو السحابية (GKE أو EKS أو AKS).
  • خدمات المعالجة الدفعية السحابية : وهي متوافقة مع AWS Batch [ 18 ] و Azure Batch [ 19 ]
  • بيئات أخرى : يمكن استخدام Nextflow أيضًا مع Apache Ignite وGoogle Life Sciences وأطر عمل الحاويات المختلفة لتحقيق قابلية النقل. [ 20 ]

حاويات لتسهيل نقل البيانات بين بيئات الحوسبة المختلفة

يتميز Nextflow بتكامله الوثيق مع حاويات البرامج. إذ يمكن لسير العمل والعمليات الفردية استخدام الحاويات لتنفيذها عبر بيئات حوسبة مختلفة، مما يلغي الحاجة إلى إجراءات التثبيت والتكوين المعقدة. [ 4 ] [ 21 ]

يدعم Nextflow أُطر عمل الحاويات مثل Docker وSingularity وCharliecloud وPodman وShifter. ويمكن استرداد هذه الحاويات تلقائيًا من مستودعات خارجية عند تنفيذ خط الأنابيب. بالإضافة إلى ذلك، كُشف في قمة Nextflow 2022 أن الإصدارات المستقبلية من Nextflow ستدعم خدمة مخصصة لتوفير الحاويات، وذلك لتحسين دمج الحاويات المُخصصة في سير العمل. [ 22 ] [ 23 ]

التاريخ التنموي

تم تطوير Nextflow في الأصل في مركز تنظيم الجينوم في إسبانيا وتم إصداره كمشروع مفتوح المصدر على GitHub في يوليو 2013. [ 24 ] في أكتوبر 2018، تم تغيير ترخيص مشروع Nextflow من GPLv3 إلى Apache 2.0 . [ 25 ]

في يوليو 2018، تأسست شركة Seqera Labs كشركة منبثقة عن مركز تنظيم الجينوم. [ 21 ] وتوظف الشركة العديد من المطورين والقائمين على صيانة Nextflow، وتقدم خدمات تجارية واستشارية مع التركيز على Nextflow. [ 26 ]

في يوليو 2020، أُدخل توسيع وتحديث كبيران للغة الخاصة بمجال Nextflow للسماح بإنشاء مسارات عمل فرعية وإجراء تحسينات إضافية. [ 27 ] وفي العام نفسه، بلغ عدد مرات تحميل Nextflow شهريًا حوالي 55000 مرة. [ 21 ]

التبني والاستقبال

مجتمع NF -core

تبنت العديد من مراكز التسلسل الجيني مشروع nf-core ، بما في ذلك مركز تنظيم الجينوم [ 28 ] ، ومركز البيولوجيا الكمية في توبنغن ، ومعهد فرانسيس كريك ، ومعهد A*STAR للجينوم في سنغافورة ، والبنية التحتية الوطنية السويدية لعلم الجينوم، كنظام سير العمل العلمي المفضل لديها . [ 21 ] وقد تعاونت هذه المراكز لتبادل وتنسيق وتطوير مسارات المعلوماتية الحيوية، [ 29 ] [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] مما أدى إلى إنشاء مشروع nf-core. [ 33 ] وبقيادة فيل إيولز، الذي كان يعمل آنذاك في البنية التحتية الوطنية السويدية لعلم الجينوم ، [ 34 ] [ 35 ] يركز مشروع nf-core على ضمان قابلية تكرار مسارات العمل ونقلها عبر مختلف الأجهزة وأنظمة التشغيل وإصدارات البرامج. في يوليو 2020، حصلت Nextflow وnf-core على منحة من مبادرة تشان زوكربيرج تقديرًا لأهميتهما كبرمجيات مفتوحة المصدر . [ 36 ] وبحلول عام 2024، استضافت منظمة nf-core 117 مسارًا من مسارات Nextflow لعلوم الحياة، وأكثر من 1382 وحدة معالجة. وبمشاركة أكثر من 1200 مطور وعالم، تُعدّ هذه المنظمة أكبر جهد تعاوني ومجتمع لتطوير مسارات تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية. [ 37 ]

حسب المجال وموضوع البحث

يُعدّ برنامج Nextflow الأداة المُفضّلة لمعالجة بيانات التسلسل وإجراء تحليل البيانات الجينومية حسب المجال وموضوع البحث. على مدار السنوات الخمس الماضية، نُشرت العديد من مسارات العمل لتطبيقات وتحليلات متنوعة في مجال علم الجينوم.

من أبرز استخداماته دوره في مراقبة مسببات الأمراض خلال جائحة كوفيد-19 . [ 38 ] كان المعالجة السريعة والآلية للغاية للبيانات الأولية، وتحليل المتغيرات، وتحديد السلالات، أمورًا أساسية لرصد ظهور متغيرات فيروسية جديدة وتتبع انتشارها العالمي. وقد لعبت خطوط المعالجة المدعومة بتقنية Nextflow دورًا حاسمًا في هذا الجهد. [ 39 ] [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ]

يلعب برنامج Nextflow أيضًا دورًا مهمًا في مستودع البلازميدات غير الربحي Addgene ، حيث يستخدمه لتأكيد سلامة جميع البلازميدات المودعة. [ 46 ]

إلى جانب علم الجينوم، يكتسب برنامج Nextflow شعبية متزايدة في مجالات أخرى لمعالجة البيانات الطبية الحيوية، حيث تتطلب هذه المجالات سير عمل معقدًا على كميات كبيرة من البيانات الأولية. تشمل هذه المجالات فحص الأدوية [ 47 ] ، والتصوير بالرنين المغناطيسي الانتشار (dMRI) في علم الأشعة [ 48 ] ، ومعالجة بيانات قياس الطيف الكتلي [ 49 ] [ 50 ] [ 51 ] ، مع التركيز بشكل خاص على علم البروتينات [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] [ 55 ] [ 56 ] [ 57 ] [ 58 ] [ 59 ].

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "الإصدار 26.04.6" . 9 يوليو 2026. تم الاطلاع عليه في 10 يوليو 2026 .
  2. ^ ستروزي، فرانشيسكو؛ يانسن، رويل. ورموس، ريكاردو؛ كروزو، مايكل ر. جيثينجي، جورج؛ دي توماسو، باولو؛ بلهاشمي، دومينيك؛ مولر، ستيفن. سمانت، جيرت. دي ليخت، جويب؛ برينس ، بيوتر (2019). “سير العمل القابل للتطوير وتحليل البيانات القابلة للتكرار لعلم الجينوم”. علم الجينوم التطوري . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد. 1910. الصفحات من 723 إلى 745. دوى : 10.1007/978-1-4939-9074-0_24 . رقم ISBN   978-1-4939-9073-3. PMC 7613310 . PMID 31278683 .  
  3. ^ جاو، مينغشوان؛ لينغ، مينجي. تانغ، شينوي. وانغ، شون؛ شياو، شو؛ تشياو، ينغ؛ يانغ، ونكسيان؛ يو ، رونغشان (2021). “مقارنة بين خطوط أنابيب معالجة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادية الخلية ذات الإنتاجية العالية”. إحاطات في المعلوماتية الحيوية . 22 (3). دوى : 10.1093/بيب/bbaa116 . بميد 34020539 . 
  4. 1 2 3 وراتن، لورا؛ ويلم، أندرياس؛ جوكي، جوناثان (أكتوبر 2021). "مسارات تحليل قابلة للتكرار والتوسع والمشاركة مع مديري سير عمل المعلوماتية الحيوية". Nature Methods . 18 (10): 1161–1168 . doi : 10.1038/s41592-021-01254-9 . PMID 34556866. S2CID 237616424 .  
  5. ^ تيرون-كاميرو، لورا سي. غورديلو غونزاليس، فرناندو؛ سالاس إسبيجو، إدواردو؛ أندريس ليون، إدواردو (2022). "مقارنة بين أدوات Metagenomics و Metatranscriptomics: دليل لاتخاذ الاختيار الصحيح" . الجينات . 13 (12): 2280. دوى : 10.3390 / الجينات 13122280 . بمك 9777648 . بميد 36553546 .  
  6. ↑ فيديريكو، أنتوني؛ كاراغيانيس، تانيا؛ كاري، كريتيكا؛ كيشور، ديليب؛ كوجا، يوسوكي؛ كامبل، جوشوا د.؛ مونتي، ستيفانو (2019). " Pipeliner: إطار عمل قائم على Nextflow لتحديد مسارات معالجة بيانات التسلسل" . Frontiers in Genetics . 10 : 614. doi : 10.3389/fgene.2019.00614 . PMC 6609566. PMID 31316552 .  
  7. ^ كولباكوف، فيدور؛ أكبردين، إيليا؛ كيسيليف، إيليا؛ كولميكوف، سيميون؛ كوندراخين، يوري؛ كولياشوف، ميخائيل؛ كوتوموفا، إيلينا؛ بينتوس، سيرجي. ريابوفا، آنا؛ شاريبوف، رسلان؛ يفشين، إيفان؛ زاتشينكو، سيرجي؛ كيل ، ألكسندر (2022). "BioUML - نحو منصة بحث عالمية" . أبحاث الأحماض النووية . 50 (W1): W124- W131. دوى : 10.1093/نار/gkac286 . بمك 9252820 . بميد 35536253 .  
  8. ↑ يوكسيلين، أونور؛ توركييلماز، عثمان؛ أوزتورك، أحمد رشيد؛ غاربر، مانويل؛ كوتشوكورال، ألبر (2020). "دولفين نكست : منصة معالجة بيانات موزعة لعلم الجينوم عالي الإنتاجية" . بي إم سي جينوميكس . 21 (1): 310. doi : 10.1186/s12864-020-6714-x . PMC 7168977. PMID 32306927 .  
  9. ↑ يوين، دينيس؛ كابانساي، لويز؛ دنكان، أندرو؛ لو، غاري؛ هوغ، غريغوري؛ أوفربيك، تشارلز؛ بيريز، ناتالي؛ شاندز، والت؛ شتاينبرغ، ديفيد؛ ريد، تشاز؛ أولونوا، نيكا؛ هانسن، ريتشارد؛ شيتس، إليزابيث؛ أوفاريل، آش؛ كوليون، كيم؛ أوكونور، برايان د؛ باتن، بنديكت؛ شتاين، لينكولن (2021). "متجر Dockstore: تعزيز منصة مجتمعية لمشاركة بروتوكولات حسابية قابلة للتكرار ويمكن الوصول إليها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 49 (W1): W624– W632 . doi : 10.1093/nar/gkab346 . PMC 8218198. PMID 33978761 .  
  10. ↑ أحمد، عزة إي.؛ ألين، جوشوا إم.؛ بهات، تاجيسفي؛ بورا، براكروثي؛ فليج، كريستينا إي.؛ هارت، ستيفن إن.؛ هيلدنبراند، جاكوب آر.؛ هدسون، ماثيو إي.؛ إيستانتو، ديف دياندري؛ كالمباخ، مايكل تي.؛ كابراون، غريغوري دي.؛ كينديغ، كاثرين آي.؛ كيندزيور، ماثيو تشارلز.؛ كلي، إريك دبليو.؛ ماتسون، نيت.؛ روس، كريستيان إيه.؛ شريف، سامي إم.؛ فينكاتاكريشنان، رامشانكار؛ فاضل مولا، فيصل إم.؛ ماينزر، ليودميلا إس. (2021). "اعتبارات تصميم أنظمة إدارة سير العمل المستخدمة في أبحاث علم الجينوم الإنتاجي والعيادة" . التقارير العلمية . 11 (1): 21680. Bibcode : 2021NatSR..1121680A . doi : 10.1038/ s41598-021-99288-8 . PMC 8569008. PMID 34737383 .  
  11. ^ بايشو، شاكونتالا؛ السويلمي، ياسين؛ بانجي، سومير؛ بوتا، جيريت. مينتجيس، آيتون؛ هازلهيرست، سكوت؛ بيندو، حسين؛ أفضل، يوجين دي. مبانجاس، فيليلاني تي؛ سوياي، أسامة؛ الغالي، مصطفى؛ يي، طويل؛ أوكونور، بريان د. كروزو، مايكل. ارمسترونج ، دون. آرون، شون. جوبيرت، فوري؛ أحمد، عزة إ.؛ مبيافانجا، مامانا؛ هيوسدن، بيتر فان. ماجوسي، ليراتو E.؛ زيرمينو، جيني؛ ماينزر، ليودميلا سيرجيفنا؛ فضل المولى، فيصل م.؛ جونجينيل، سي. فيكتور؛ مولدر، نيكولا (2018). "تطوير سير عمل تحليل المعلوماتية الحيوية القابلة للتكرار لبيئات الحوسبة غير المتجانسة لدعم علم الجينوم الأفريقي" . مجلة BMC Bioinformatics ، المجلد 19 ، العدد 1، الصفحة 457. doi : 10.1186 /s12859-018-2446-1 . PMC 6264621. PMID 30486782 .  
  12. ↑ جاكسون، مايكل؛ كافوساناكيس، كوستاس؛ والاس، إدوارد دبليو جيه (2021). "استخدام النماذج الأولية لاختيار نظام إدارة سير العمل في المعلوماتية الحيوية" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 17 (2) e1008622. Bibcode : 2021PLSCB..17E8622J . doi : 10.1371/journal.pcbi.1008622 . PMC 7906312. PMID 33630841 .  
  13. ^ توماسو، باولو دي. فلودين، إيفان دبليو؛ ماجيس، سيدريك؛ بالومبو، إميليو؛ نوتردام ، سيدريك (2017). “Nextflow: أداة فعالة لتحسين الاستقرار الرقمي للحسابات في التحليل الجينومي”. علم الأحياء أوجوردوي . 211 (3): 233-237 . دوى : 10.1051/jbio/2017029 . بميد 29412134 . 
  14. ↑ "وثائق Nextflow - القنوات" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  15. ↑ "وثائق Nextflow - لغة المجال الخاصة (DSL) 2" . docs.nextflow.io . مارس 2020. تم الاطلاع عليه في 6 يونيو 2022 .
  16. ↑ "وثائق Nextflow - مشاركة خطوط الأنابيب" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  17. ↑ "وثائق Nextflow - المنفذون" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  18. ↑ "وثائق Nextflow - Amazon Cloud" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  19. ↑ "وثائق Nextflow - سحابة Azure" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  20. ↑ "وثائق Nextflow - Google Cloud" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه بتاريخ 6 يونيو 2022 .
  21. 1 2 3 4 دي توماسو، باولو (14 أكتوبر 2021). "قصة نيكست فلو: بناء نظام حديث لتنسيق خطوط البيانات" . eLifeSciences.org . تم الاطلاع عليه في 6 يونيو 2022 .
  22. ↑ "وثائق Nextflow - الحاويات" . docs.nextflow.io . تم ​​الاطلاع عليه في 7 يونيو 2022 .
  23. ↑ دي توماسو، باولو (13 أكتوبر 2022). "Nextflow ومستقبل الحاويات" . يوتيوب . تم الاطلاع عليه في 17 نوفمبر 2022 .
  24. ↑ "إصدار 0.3.0 · nextflow-io/nextflow" . GitHub . تم الاطلاع عليه بتاريخ 31 مايو 2022 .
  25. ^ دي توماسو ، باولو (24 أكتوبر 2018). "وداعا صفر، مرحبا أباتشي!" . Nextflow.io/blog . تم الاسترجاع في 7 يونيو 2022 .
  26. ↑ دي توماسو، باولو (8 أكتوبر 2019). "تقديم Nextflow Tower - مراقبة سلسة لسير عمل تحليل البيانات من أي مكان" . Seqera.IO . تم الاطلاع عليه في 7 يونيو 2022 .
  27. ↑ دي توماسو، باولو (24 يوليو 2020). "Nextflow DSL 2 متوفر الآن!" . Nextflow.IO/blog . تم الاطلاع عليه في 7 يونيو 2022 .
  28. ^ دي توماسو، باولو. شاتسو، ماريا؛ فلودين، إيفان؛ بريتو بارجا، بابلو؛ بالومبو، إميليو؛ نوتردام ، سيدريك (11 أبريل 2017). "يتيح Nextflow سير العمل الحسابي القابل للتكرار" . التكنولوجيا الحيوية الطبيعية . 35 (4): 316-319 . دوى : 10.1038/nbt.3820 . بميد 28398311 . S2CID 9690740 . تم الاسترجاع في 7 يونيو 2022 .  
  29. ^ زملاء ييتس، جيمس أ. لامنيديس، ثيسيس سي؛ بوري، ماكسيم. أندراديس فالتوينيا، عايدة؛ فاجيرناس، زاندرا؛ كلايتون، ستيفن. جارسيا، ماكسيم يو؛ نيوكام، جوديث؛ بلتزر، ألكسندر (2021). "إعادة بناء الجينوم القديم القابل للتكرار والمحمول والفعال باستخدام nf-core/Eager" . بيرج . 9 e10947. دوى : 10.7717/peerj.10947 . بمك 7977378 . بميد 33777521 .  
  30. ↑ كراكاو، سابرينا؛ شتراوب، دانيال؛ غورليه، هادريان؛ غابرنيه، جيزيلا؛ ناهنسن، سفين (2022). " Nf-core/Mag: مسار عمل مثالي لتجميع وتصنيف الميتاجينوم الهجين" . علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية . 4 lqac007. doi : 10.1093/nargab/lqac007 . PMC 8808542. PMID 35118380 .  
  31. ^ غارسيا، ماكسيم. يوهوس، زيلفيسزتر؛ لارسون، مالين؛ أولاسون، بال الأول؛ مارتن، مارسيل؛ ايسفيلدت، يسبر. ديلورينزو، سيباستيان. ساندغرين، جوانا؛ دياز دي ستال، تيريسيتا؛ ايويلز، فيليب؛ ويرتا، فالتري؛ نيستير، مونيكا؛ كالر، ماكس. نيستيدت، بيورن (2020). "سارك: سير عمل محمول لتحليل تسلسل الجينوم الكامل للسلالة الجرثومية والمتغيرات الجسدية" . F1000 للأبحاث . 9 : 63. دوى : 10.12688/f1000research.16665.2 . بمك 7111497 . بميد 32269765 .  
  32. ↑ ديجبي، باري؛ فين، ستيفن ب.؛ أو بروين، بيليب (2023). "Nf-core/Circrna: سير عمل محمول لتحديد كمية الحمض النووي الريبوزي الدائري، والتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي، وتحليل التعبير التفاضلي له" . BMC Bioinformatics . 24 (1): 27. doi : 10.1186/s12859-022-05125-8 . PMC 9875403. PMID 36694127 .  
  33. ↑ إيولز، فيليب؛ بيلتزر، ألكسندر؛ فيلينجر، سفين؛ ألنيبيرج، يوهانس؛ باتيل، هارشيل؛ ويلم، أندرياس؛ غارسيا، ماكسيم أوليس؛ دي توماسو، باولو؛ ناهنسن، سفين (1 أبريل 2019). "Nf-core: خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية المُنسقة من قِبل المجتمع" . ريسيرش جيت . تم الاسترجاع في 30 يونيو 2022 .
  34. ↑ زاباتا غارين، كلير-أليكس. "nf-core: مبادرة مجتمعية لتوحيد معايير خطوط أنابيب Nextflow" . Lifebit.ai . تم الاطلاع عليه في 30 يونيو 2022 .
  35. ↑ "يوفر مجتمع nf-core مسارات حسابية" . SciLifeLab . 14 فبراير 2020. تم الاطلاع عليه في 30 يونيو 2022 .
  36. ↑ "Nextflow و nf-core: سير عمل قابل للتكرار للمجتمع العلمي" . مبادرة تشان زوكربيرج . 27 يوليو 2020. تم الاطلاع عليه في 15 يونيو 2022 .
  37. ↑ "مؤسسة nf-core على GitHub" . GitHub . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 نوفمبر 2024 .
  38. ↑ فلودين، إيفان (5 نوفمبر 2021). "التسلسل الجيني سيمكننا من كسب المعركة العالمية ضد كوفيد-19" .
  39. ↑ أفولايان، أيوريندي أو.؛ ​​وآخرون (2021). "التغلب على معوقات البيانات في المراقبة الجينومية لمسببات الأمراض" . الأمراض المعدية السريرية . 73 (ملحق 4): S267– S274 . doi : 10.1093/cid/ciab785 . PMC 8634317. PMID 34850839 .   
  40. ↑ تيلوي، فالنتين؛ كوزين، بيير؛ ليروا، لورا؛ غيران، إميلي؛ دوراند، باتريك؛ آلان، صوفي (2022). "ASPICov: مسار آلي لتحديد المتغيرات النيوكليوتيدية لفيروس SARS-CoV-2" . PLOS ONE . 17 (1) e0262953. Bibcode : 2022PLoSO..1762953T . doi : 10.1371/ journal.pone.0262953 . PMC 8791494. PMID 35081137 .  
  41. ↑ بيتيت، روبرت أ.؛ ريد، تيموثي د . (2020). "باكتوبيا: منصة مرنة لتحليل كامل للجينومات البكتيرية" . mSystems . 5 (4). doi : 10.1128/mSystems.00190-20 . PMC 7406220. PMID 32753501 .  
  42. ↑ باندولفو، ماتيا؛ تيلاتين، أندريا؛ لازاري، جيولي؛ أدريانسينز، إيفلين م.؛ فيتولو، نيكولا (2022). " ميتا فاج : مسار آلي لتحليل وتصنيف وشرح العاثيات في بيانات تسلسل الميتاجينوميات" . mSystems . 7 (5): e0074122. doi : 10.1128/msystems.00741-22 . PMC 9599279. PMID 36069454 .  
  43. ↑ غوتييه، ماري-إميلي أ.؛ ليلوالا، روفيني ف.؛ إليوت، كانداس إي.؛ ويندل، كريغ؛ فيوريتو، سونيا؛ دينسديل، أدريان؛ واتام، مارك؛ باتيمور، جولي؛ باريرو، روبرتو أ. (2022). "مقارنة جنبًا إلى جنب بين الحجر الصحي بعد الدخول وطرق التسلسل عالي الإنتاجية لتشخيص الفيروسات والفيروسات الشبيهة بالفيروسات" . علم الأحياء . 11 (2): 263. doi : 10.3390/biology11020263 . PMC 8868628. PMID 35205129 .  
  44. ↑ براندت، كريستيان؛ كراوتورست، سيباستيان؛ سبوت، ريكاردو؛ لوده، مارا؛ جوندزيل، ماتيوس؛ ماركيه، مايك؛ هولزر، مارتن (2021). "Pore Cov - سير عمل سهل الاستخدام وسريع وقوي لإعادة بناء جينوم SARS-CoV-2 عبر تسلسل النانوبور" . مجلة Frontiers in Genetics . 12 711437. doi : 10.3389/fgene.2021.711437 . PMC 8355734. PMID 34394197 .  
  45. ↑ أفيهاياتي؛ برنارد، ستيفانوس. جونادي. ويباوا، هندرا؛ الحكيم، محمد سيف الدين؛ مارسيلوس. باريكسيت، أرلي أديتيا؛ ديوا، شاندرا كوسوما؛ ساكاكيبارا، ياسوبومي (2022). "مقارنة بين خطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية لأنظمة تسلسل الجيل القادم من Illumina في الكشف عن سلالات فيروس SARS-CoV-2" . الجينات . 13 (8): 1330. دوى : 10.3390 / الجينات 13081330 . بمك 9394340 . بميد 35893066 .  
  46. ↑ نيهوس، جيسون (14 يوليو 2022). "المعلوماتية الحيوية في شركة Addgene" . مدونة شركة Addgene . تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 فبراير 2023 .
  47. ^ سيكاجيري، ألفريد. ججينغو، داودي؛ لوجومبا, إبراء; بوبسا، نيكولاس؛ بوجيمبي، دانيال L.؛ كاتيتي، ديفيد ب. الأردن أنا الملك. كاليبو، بونتيانو؛ سموانجا، ديوجراتيوس (2022). "شبه التدفق : خط أنابيب Nextflow لتحليل بيانات مقاومة أدوية فيروس نقص المناعة البشرية-1 المستندة إلى NGS" . التقدم في المعلوماتية الحيوية . 2 فباك089. دوى : 10.1093/bioadv/vbac089 . بمك 9722223 . بميد 36699347 .  
  48. ^ ثيود، غيوم. هودي، جان كريستوف؛ بوريه، أرنو؛ رولت، فرانسوا؛ مورنسي، فيليكس. ديسكوتو، ماكسيم (2020). "Tracto Flow : خط أنابيب للتصوير بالرنين المغناطيسي قوي وفعال وقابل للتكرار يستفيد من Nextflow & Singularity" . صورة عصبية . 218 116889. دوى : 10.1016/j.neuroimage.2020.116889 . بميد 32447016 . S2CID 164318811 .  
  49. ↑ فان مالديجيم، فيبي؛ فالاند، كاريشما؛ كول، ميغان؛ باتيل، هارشيل؛ أنجيلوفا، ميهايلا؛ رانا، سارينا؛ كوليفير، إيما؛ إنفيلد، كاتي؛ باه، نوردين؛ كيلي، غافين؛ تسانغ، فيكتوريا سيو كوان؛ موغارزا، إيدورن؛ مور، كريستوفر؛ هوبسون، فيليب؛ ليفي، دينا؛ مولينا-أركاس، ميريام؛ سوانتون، تشارلز؛ داونورد، جوليان (2021). "توصيف إعادة تشكيل البيئة الدقيقة للورم بعد تثبيط الجينات الورمية في الدراسات قبل السريرية باستخدام قياس التدفق الخلوي الكتلي التصويري" . نيتشر كوميونيكيشنز . 12 (1): 5906. Bibcode : 2021NatCo..12.5906V . doi : 10.1038/s41467-021-26214-x . PMC 8501076 . PMID 34625563 .  
  50. ^ لي، تشينكسين؛ جاو، مينغشوان؛ يانغ، ونكسيان؛ تشونغ، تشوانكي؛ يو ، رونغشان (2021). “الماس: خط أنابيب معالجة بيانات قياس الطيف الكتلي متعدد الوسائط DIA”. المعلوماتية الحيوية . 37 (2): 265-267 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btaa1093 . بميد 33416868 . 
  51. ↑ لو، جوردون ت.؛ فريتاس، مايكل أ.؛ ليزاما-تشامو، إيتزل؛ مكوجي، كاثرين س.؛ سانشيز، لورا م.؛ وانغ، مينغكسون (2022). " TIMSCONVERT: سير عمل لتحويل بيانات حركة الأيونات المحصورة إلى تنسيقات بيانات مفتوحة" . المعلوماتية الحيوية . 38 (16): 4046-4047 . doi : 10.1093/bioinformatics/btac419 . PMC 9991885. PMID 35758608 .  
  52. ↑ بيريز-ريفيرول، ياسيت؛ مورينو، بابلو (2020). " تحليل البيانات القابل للتوسع في علم البروتينات وعلم الأيض باستخدام حاويات بيولوجية ومحركات سير العمل" . علم البروتينات . 20 (9) e1900147. doi : 10.1002/pmic.201900147 . PMC 7613303. PMID 31657527 .  
  53. ^ فلاسوفا، آنا؛ هيرموسو بوليدو، توني؛ كامارا، فرانسيسكو؛ بونومارينكو، جوليا؛ جويجو ، رودريك (2021). "FA-nf: خط أنابيب توضيحي وظيفي للبروتينات من الكائنات غير النموذجية التي تم تنفيذها في Nextflow" . الجينات . 12 (10): 1645. دوى : 10.3390 / الجينات 12101645 . بمك 8535801 . بميد 34681040 .  
  54. ↑ ميلر، راشيل م.؛ جوردان، بن ت.؛ ميلفربر، ماديسون م.؛ جيفري، إيرين د.؛ تشاتزيبانتسيو، كريستينا؛ كور، سيمي؛ ميليكين، روبرت ج.؛ داي، يونشيانغ؛ تيبيري، سيمون؛ كاستالدي، بيتر ج.؛ شورتريد، مايكل ر.؛ لوكي، تشانس جون؛ كونيسا، آنا؛ سميث، لويد م.؛ ديسلاتس مايز، آن؛ شينكمان، غلوريا م. (2022). "تحسين توصيف أشكال البروتين المتغايرة من خلال علم البروتينات الجينومي طويل القراءة" . علم الأحياء الجينومي . 23 (1): 69. doi : 10.1186/s13059-022-02624-y . PMC 8892804. PMID 35241129 .  
  55. ↑ عثمان، حسام الدين؛ جميمة، شيرلين؛ دا روشا، خورخي إيمانويل باتيستا (2022). "سير عمل SWAAT للمعلوماتية الحيوية للتعليقات التوضيحية المستندة إلى بنية البروتين لمتغيرات الجينات ADME" . مجلة الطب الشخصي . 12 (2): 263. دوى : 10.3390/jpm12020263 . بمك 8875676 . بميد 35207751 .  
  56. ↑ بيشمان، ليون؛ غوبتا، شوبهام؛ روزنبرغر، جورج؛ كوشنبيكر، ليون؛ ساكسنبرغ، تيمو؛ إيولز، فيل؛ ألكا، أوليفر؛ بفويفر، جوليانوس؛ كولباخر، أوليفر؛ روست، هانز (2021). "DIAproteomics: مسار تحليل بيانات متعدد الوظائف لعلم البروتينات والببتيدات المُكتسبة بشكل مستقل عن البيانات" . مجلة أبحاث البروتينات . 20 (7): 3758-3766 . doi : 10.1021/acs.jproteome.1c00123 . PMID 34153189. S2CID 235597603 .  
  57. ↑ والزر، ماتياس؛ غارسيا-سيسيدوس، ديفيد؛ براكاش، أنانث؛ براك، بول؛ كروثر، بيتر؛ غراهام، روبرت ل.؛ جورج، نانسي؛ محمد، صهيب؛ مورينو، بابلو؛ باباثيودورو، إيرين؛ هوبارد، سيمون ج.؛ فيزكاينو، خوان أنطونيو (2022). "تطبيق إعادة استخدام مجموعات بيانات البروتينات العامة من مشروع DIA: من قاعدة بيانات PRIDE إلى أطلس التعبير الجيني" . البيانات العلمية . 9 (1): 335. Bibcode : 2022NatSD...9..335W . doi : 10.1038/ s41597-022-01380-9 . PMC 9197839. PMID 35701420 .  
  58. ↑ هولستيرت، نيلز؛ شوفستال، جيم؛ ساكسنبرغ، تيمو؛ والزر، ماتياس؛ بارسنيس، هارالد؛ مارتنز، لينارت؛ بيريز-ريفيرول، ياسيت (2020). " محلل ملفات ThermoRaw : تحويل ملفات RAW معياري، قابل للتوسع، ومتعدد المنصات" . مجلة أبحاث البروتينات . 19 (1): 537-542 . doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00328 . PMC 7116465. PMID 31755270 .  
  59. ↑ لي، كاي؛ جاين، أنتريكس؛ مالوفانيا، آنا؛ وين، بو؛ تشانغ، بينغ (2020). " إعادة التقييم العميق : الاستفادة من التعلم العميق لتحسين تحديد الببتيدات في علم المناعة الببتيدية" . علم البروتينات . 20 ( 21-22 ) e1900334. doi : 10.1002/pmic.201900334 . PMC 7718998. PMID 32864883 .