مخطط الشجرة

مخرجات مخطط التفرع للتجميع الهرمي للمناطق البحرية باستخدام وجود/غياب أنواع الإسفنج. ^{[ 2 ]}

مخطط التفرع هو رسم بياني يمثل مخططًا شجريًا . ويُستخدم هذا التمثيل التخطيطي بشكل متكرر في سياقات مختلفة:

في التجميع الهرمي ، يوضح ترتيب المجموعات الناتجة عن التحليلات المقابلة. ^{[ 4 ]}
في علم الأحياء الحاسوبي ، يُظهر تجميع الجينات أو العينات، أحيانًا في هوامش الخرائط الحرارية . ^{[ 5 ]}
في علم الوراثة العرقي ، يُظهر مخطط التفرع العلاقات التطورية بين مختلف التصنيفات البيولوجية . في هذه الحالة، يُطلق على مخطط التفرع أيضًا اسم الشجرة التطورية . ^{[ 6 ]}

يُشتق اسم مخطط الشجرة من الكلمتين اليونانيتين القديمتين δένδρον ( déndron )، وتعني "شجرة"، و γράμμα ( grámma )، وتعني "رسم، شكل رياضي". ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}

مثال على التجميع

كمثال على التجميع، لنفترض أن خمسة أنواع ( $a$ ل $e$ تم تجميع البيانات باستخدام خوارزمية UPGMA بناءً على مصفوفة المسافات الجينية . يُظهر مخطط التجميع الهرمي عمودًا من خمس عقد تمثل البيانات الأولية (هنا، التصنيفات الفردية)، وتمثل العقد المتبقية المجموعات التي تنتمي إليها البيانات، مع تمثيل الأسهم للمسافة (الاختلاف). المسافة بين المجموعات المدمجة متزايدة بشكل رتيب، وتزداد مع مستوى الدمج: يتناسب ارتفاع كل عقدة في الرسم البياني مع قيمة الاختلاف بين المجموعتين الناتجتين عنها (العقد على اليمين التي تمثل الملاحظات الفردية مرسومة جميعها بارتفاع صفر).

انظر أيضاً

مخطط التفرع
مصفوفات المسافة في علم الوراثة العرقي
التجميع الهرمي
ميجا ، برنامج مجاني لرسم مخططات التفرع الشجري
yEd ، برنامج مجاني لرسم وترتيب مخططات التفرع تلقائيًا
التصنيف

مراجع

الاقتباسات

↑ سووفورد دي إل، أولسن جي جي، واديل بي جي، هيليس دي إم (1996). "الاستدلال التطوري". في هيليس دي إم، موريتز سي، مابل بي كي (محررون). علم التصنيف الجزيئي، الطبعة الثانية . سندرلاند، ماساتشوستس: سيناور. ص 407-514 . ISBN 978-0-87893-282-5.
^ فان سوست آر، بوري إسناولت إن، فاسيليت جي، دورمان إم، إربينبيك دي، دي فوجد إن، سانتودومينغو إن، فانهورن بي، كيلي إم، هوبر جي (2012). "التنوع العالمي للإسفنج (بوريفيرا)" . بلوس واحد . 7 (4) هـ35105. بيب كود : 2012PLoSO...735105V . دوى : 10.1371/journal.pone.0035105 . بمك 3338747 . بميد 22558119 .
↑ ووز، كارل ر .؛ كاندلر، أ .؛ ويليس، م. (1990). "نحو نظام طبيعي للكائنات الحية: اقتراح لمجالات العتائق والبكتيريا وحقيقيات النوى" (ملف PDF) . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 87 ( 12): 4576-4579 . Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744 .
↑ إيفريت ، برايان (1998). قاموس الإحصاء . كامبريدج، المملكة المتحدة: مطبعة جامعة كامبريدج. ص 96. ISBN 0-521-59346-8.
↑ ويلكنسون، ليلاند؛ فريندلي، مايكل (مايو 2009). "تاريخ خريطة الحرارة العنقودية". الإحصائي الأمريكي . 63 (2): 179-184 . CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi : 10.1198/tas.2009.0033 . S2CID 122792460 .
↑ "شجرة التطور (علم الأحياء)" . موسوعة بريتانيكا . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22-10-2018 .
^ بيلي ، أناتول (1981/01/01). ملخص القاموس اليوناني الفرنسي . باريس: هاشيت. رقم ISBN 2-01-003528-3. OCLC 461974285 .
↑ بيلي، أناتول. "قاموس يوناني-فرنسي على الإنترنت" . www.tabularium.be . مؤرشف من الأصل في 18 مارس 2022. تم الاطلاع عليه في 20 أكتوبر 2018 .

مصادر

جاليلي، ت. (2015). " dendextend: حزمة برمجية بلغة R لعرض وتعديل ومقارنة أشجار التجميع الهرمي" . المعلوماتية الحيوية . 31 (22): 3718-3720 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv428 . PMC 4817050. PMID 26209431 .

روابط خارجية

مخطط شجرة السوسن - مثال على استخدام مخطط الشجرة لتصور المجموعات الثلاث من التجميع الهرمي باستخدام طريقة "الكامل" مقابل فئة الأنواع الحقيقية (باستخدام R ).

[Swofford1996-1] سووفورد دي إل، أولسن جي جي، واديل بي جي، هيليس دي إم (1996). "الاستدلال التطوري". في هيليس دي إم، موريتز سي، مابل بي كي (محررون). علم التصنيف الجزيئي، الطبعة الثانية . سندرلاند، ماساتشوستس: سيناور. ص 407-514 . ISBN 978-0-87893-282-5.

[VanSoest2012-2] فان سوست آر، بوري إسناولت إن، فاسيليت جي، دورمان إم، إربينبيك دي، دي فوجد إن، سانتودومينغو إن، فانهورن بي، كيلي إم، هوبر جي (2012). "التنوع العالمي للإسفنج (بوريفيرا)" . بلوس واحد . 7 (4) هـ35105. بيب كود : 2012PLoSO...735105V . دوى : 10.1371/journal.pone.0035105 . بمك 3338747 . بميد 22558119 .

[Woese_1990-3] ووز، كارل ر .؛ كاندلر، أ .؛ ويليس، م. (1990). "نحو نظام طبيعي للكائنات الحية: اقتراح لمجالات العتائق والبكتيريا وحقيقيات النوى" (ملف PDF) . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 87 ( 12): 4576-4579 . Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744 .

[4] إيفريت ، برايان (1998). قاموس الإحصاء . كامبريدج، المملكة المتحدة: مطبعة جامعة كامبريدج. ص 96. ISBN 0-521-59346-8.

[Wilkinson2009-5] ويلكنسون، ليلاند؛ فريندلي، مايكل (مايو 2009). "تاريخ خريطة الحرارة العنقودية". الإحصائي الأمريكي . 63 (2): 179-184 . CiteSeerX 10.1.1.165.7924 . doi : 10.1198/tas.2009.0033 . S2CID 122792460 .

[6] "شجرة التطور (علم الأحياء)" . موسوعة بريتانيكا . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22-10-2018 .

[7] بيلي ، أناتول (1981/01/01). ملخص القاموس اليوناني الفرنسي . باريس: هاشيت. رقم ISBN 2-01-003528-3. OCLC 461974285 .

[8] بيلي، أناتول. "قاموس يوناني-فرنسي على الإنترنت" . www.tabularium.be . مؤرشف من الأصل في 18 مارس 2022. تم الاطلاع عليه في 20 أكتوبر 2018 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]