قائمة برامج تصوير علم الأحياء النظمي

📅 آخر تحديث: ٣٠ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣٠ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

برامج عبر الإنترنت

اسموصفموقع
منضدة عمل جشتالتبيئة عمل رسومية لتحليل بيانات التسلسل الجينومي واسعة النطاق
متصفح Nمتصفح رسومي تفاعلي للشبكات البيولوجية
نت باثمورد منسق لمسارات نقل الإشارات البشرية
ميجامجاني، عبر الإنترنت، مفتوح المصدر، تحليل تطوري، رسم مخططات التفرع وما إلى ذلك.
رياكتومقاعدة بيانات مسارات مجانية، متاحة عبر الإنترنت، مفتوحة المصدر، ومنسقة، تشمل العديد من مجالات علم الأحياء البشري
مسارات ويكيتنظيم المسارات البيولوجية
MetaboMAPSتصور بيانات علم الجينوم على المسارات الأيضية المشتركة [ 1 ]

التطبيقات

اسموصفنظام التشغيلرخصةموقع
النسيج الحيويأداة تفاعلية لبناء وتصور ومحاكاة الشبكات التنظيمية الجينيةمتعدد المنصات (يعتمد على جافا)إل جي بي إل
برنامج Cytoscapeتكامل البيانات، وتصور الشبكة، والتحليلمتعدد المنصات (يعتمد على جافا)إل جي بي إل
GenMAPPتصور وتحليل البيانات الجينومية في سياق المساراتويندوزرخصة أباتشي
MATLABأداة لنمذجة ومحاكاة وتحليل الأنظمة البيولوجية الديناميكيةويندوز، لينكس، ماك أو إسملكية خاصة
ميجامجاني، عبر الإنترنت، مفتوح المصدر، تحليل تطوري، رسم مخططات التفرع وما إلى ذلك.ويندوز/دوس-وين/ماك/لينكسبرامج تجريبية
باث فيزيوأداة لعرض وتحرير المسارات البيولوجيةمتعدد المنصات (يعتمد على جافا)رخصة أباتشي
إنكرومابأداة لدمج بيانات علم الجينوم والتصوير المشترك للبيانات التجريبية في المساراتمتعدد المنصات (يعتمد على جافا)إل جي بي إل
باثفيوتكامل البيانات وعرضها بصريًا بناءً على المسارات، سهل الاستخدام والدمج في تحليل المساراتمتعدد المنصات (R/Bioconductor)رخصة جنو العمومية
مخططات SBMLDiagrams [ 2 ]واجهة برمجة تطبيقات بايثون لعرض وتعديل امتداد تخطيط/عرض SBMLمنصات متعددةمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيا
سيستربتحليل بيانات السلاسل الزمنية في سياق الشبكات البيولوجيةويندوز ، لينكسرخصة LGPL ، رخصة GPL

مراجع

  1. ↑ كوبليتز، جوليا؛ شومبورغ، ديتمار؛ نيومان-شال، مينا (2020). "MetaboMAPS: مشاركة المسارات وتصور بيانات علم الجينوم المتعدد في سياق التمثيل الغذائي" . F1000Research . 9 : 288. doi : 10.12688/f1000research.23427.2 . PMC 7383707. PMID 32765840 .  
  2. ↑ شو، جين؛ جيانغ، جيسي؛ ساورو، هربرت م (1 يناير 2023). "SBMLDiagrams: حزمة بايثون لمعالجة وتصور تخطيط SBML وعرضه" . المعلوماتية الحيوية . 39 (1) btac730. doi : 10.1093/bioinformatics/btac730 . PMC 9805581. PMID 36370074 .