مسارات ويكي

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

ويكي باثويز [ 1 ] [ 2 ] هو مورد مجتمعي للمساهمة في المحتوى المخصص للمسارات البيولوجية وصيانته . يمكن لأي مستخدم مسجل في ويكي باثويز المساهمة، ويمكن لأي شخص التسجيل كمستخدم. [ 3 ] تتم مراقبة المساهمات من قبل مجموعة من المشرفين، ولكن الجزء الأكبر من مراجعة الأقران والتحرير والصيانة يقع على عاتق مجتمع المستخدمين. تم بناء ويكي باثويز في الأصل باستخدام برنامج ميدياويكي ، [ 4 ] وأداة تحرير مسارات رسومية مخصصة ( باث فيزيو [ 5 ] ) وقواعد بيانات بريدج دي بي [ 6 ] المتكاملة التي تغطي أنظمة الجينات والبروتينات والمستقلبات الرئيسية . تأسس ويكي باثويز في عام 2008 على يد توماس كيلدر، وأليكس بيكو، ومارتين فان إيرسيل، وكريستينا هانسبرز ، وبروس كونكلين، وكريس إيفيلو. المهندسان المعماريان الحاليان هما مارتينا سمر-كوتمون وإيغون ويليغهاجن. [ 7 ]

محتوى المسار

تُخصَّص كل مقالة في ويكي باثويز لمسار جزيئي مُحدَّد. وتُغطِّي ويكي باثويز أنواعًا عديدة من المسارات الجزيئية، بما في ذلك المسارات الأيضية [ 8 ] ، ومسارات الإشارات ، والمسارات التنظيمية ، وغيرها. وتشمل الأنواع المدعومة [ 9 ] الإنسان ، والفأر ، وسمك الزيبرا ، وذبابة الفاكهة ، والديدان الأسطوانية ، والخميرة ، والأرز ، ونبات الرشاد [ 10 ] ، بالإضافة إلى البكتيريا والنباتات . وباستخدام خاصية البحث، يُمكن تحديد موقع مسار مُعيَّن بالاسم، أو بالجينات والبروتينات التي يحتويها، أو بالنص المعروض في وصفه. كما يُمكن استعراض مجموعة المسارات باستخدام تركيبات من أسماء الأنواع والفئات القائمة على علم الوجود.

بالإضافة إلى مخطط المسار، تتضمن كل صفحة مسار وصفًا، وقائمة مراجع، وسجلًا لإصدارات المسار، وقائمة بالجينات والبروتينات المكونة له مع روابط لموارد عامة. بالنسبة لعقد المسار الفردية، يمكن للمستخدمين الوصول إلى قائمة بالمسارات الأخرى المرتبطة بتلك العقدة. يمكن مراقبة تغييرات المسار من خلال عرض المراجعات السابقة أو من خلال استعراض الاختلافات بين مراجعات محددة. باستخدام سجل المسار، يمكن أيضًا الرجوع إلى مراجعة سابقة للمسار. كما يمكن وسم المسارات بمصطلحات أنطولوجية من ثلاثة أنطولوجيات رئيسية لـ BioPortal (المسار، والمرض، ونوع الخلية).

محتوى المسارات في ويكي باثويز متاح للتنزيل مجانًا بصيغ بيانات وصور متعددة. ويكي باثويز مفتوح المصدر ومتاح للجميع . جميع المحتويات متاحة بموجب رخصة المشاع الإبداعي 0. جميع شفرة المصدر لويكي باثويز ومحرر باث فيزيو متاحة بموجب رخصة أباتشي، الإصدار 2.0 .

الوصول والتكامل

بالإضافة إلى تنسيقات البيانات الأولية المتنوعة (مثل GPML و BioPAX و Reactome [ 11 ] و KEGG وRDF [ 12 ] )، يدعم WikiPathways طرقًا متعددة لدمج محتوى المسارات والتفاعل معه. تشمل هذه الطرق روابط خارجية مباشرة، وخرائط صور ، وخلاصات RSS ، وخدمات الويب العميق . [ 13 ] وهذا يُمكّن من إعادة استخدام المحتوى في مشاريع مثل خريطة مرض كوفيد-19. [ 14 ]

يُستخدم محتوى WikiPathways لشرح وربط مقالات ويكيبيديا التي تغطي مختلف الجينات والبروتينات والمستقلبات والمسارات الأيضية. إليك بعض الأمثلة:

انظر أيضاً

مراجع

اعتبارًا من تاريخ هذا التعديل ، تستخدم هذه المقالة محتوى من "WikiPathWays:About" ، المرخص بموجب رخصة المشاع الإبداعي نَسب المُصنَّف - الترخيص بالمثل 3.0 غير المُعدَّلة ، ولكن ليس بموجب رخصة GFDL . يجب الالتزام بجميع الشروط ذات الصلة.

  1. ^ الكسندر آر بيكو. توماس كيلدر؛ مارتين بي فان إرسيل؛ كريستينا هانسبيرز؛ بروس آر كونكلين؛ كريس إيفيلو (22 يوليو 2008). "WikiPathways: تحرير المسار للأشخاص" . بلوس علم الأحياء . 6 (7): هـ184. دوى : 10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184 . ردمك 1544-9173 . بمك 2475545 . بميد 18651794 . ويكي بيانات Q21092742 .    
  2. ^ مارتينا سمر-قطمون؛ أندرس ريوتا؛ نونو نونيس؛ وآخرون . (4 يناير 2016). "WikiPathways: التقاط التنوع الكامل للمعرفة المسارية" . أبحاث الأحماض النووية . 44 (د1): د488-94. دوى : 10.1093/نار/GKV1024 . ISSN 0305-1048 . بمك 4702772 . بميد 26481357 . ويكي بيانات Q24082733 .     
  3. ^ مارفن مارتنز. عمار عمار؛ أندرس ريوتا؛ وآخرون . (8 يناير 2021). "WikiPathways: ربط المجتمعات" . أبحاث الأحماض النووية . 49 (د1): د613 – د621. دوى : 10.1093/نار/GKAA1024 . ISSN 0305-1048 . بمك 7779061 . بميد 33211851 . ويكي بيانات Q102205677 .     
  4. ^ أغراوال، أيوشي. بالجي، حسن؛ هانسبيرز، كريستينا؛ كورت ، سوزان إل. مارتنز، مارفن؛ سلينتر ، دينيس ن ؛ إيرهارت، فريدريك؛ ديجلز، دانييلا. واجميستر، أندرا؛ واسينك، إيزابيل؛ عباسي دالوي، طوبة؛ لوبيز ، إليسون ن. آير، ايشواريا. أكوستا، خافيير ميلان؛ ويليهاجين ، لارس جي ؛ نيشيدا، كوزو؛ ريوتا، أندرس. باساريك، هيلينا؛ إيفيلو ، كريس تي. ويليهاجين ، إيغون إل . كوتمون، مارتينا؛ بيكو ، ألكسندر ر (6 نوفمبر 2023). "WikiPathways 2024: قاعدة بيانات مسار الجيل القادم" . أبحاث الأحماض النووية . 52 (د1): د679 – د689. doi : 10.1093/nar/ gkad960 . PMC 10767877. PMID 37941138 .  
  5. ↑ مارتين ب. فان إيرسيل؛ توماس كيلدر؛ ألكسندر ر. بيكو؛ كريستينا هانسبرز؛ سوزان كورت؛ بروس ر. كونكلين؛ كريس إيفيلو (2008). " عرض واستكشاف المسارات البيولوجية باستخدام PathVisio" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. doi : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944. PMID 18817533. Wikidata Q21284199 .    
  6. ^ مارتين بي فان إرسيل. ألكسندر ر. بيكو؛ توماس كيلدر؛ جيانجيونج جاو؛ إسحاق هو؛ كريستينا هانسبيرز؛ بروس آر كونكلين؛ كريس تي إيفيلو (4 يناير 2010). "إطار عمل BridgeDb: الوصول الموحد إلى خدمات رسم خرائط معرفات الجينات والبروتينات والأيضات" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 11 (1): 5. دوى : 10.1186/1471-2105-11-5 . ردمك 1471-2105 . بمك 2824678 . بميد 20047655 . ويكي بيانات Q28842753 .    
  7. ↑ "نبذة عن | ويكي باثويز" . www.wikipathways.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22 فبراير 2026 .
  8. ^ سلينتر ، دينيس ن. كوتمون، مارتينا؛ هانسبيرز، كريستينا؛ ريوتا، أندرس. وندسور، جاكوب؛ نونيس، نونو؛ ميليوس، جوناثان. سيريلو، إليسا؛ كورت، سوزان L.؛ ديجلز، دانييلا. إيرهارت، فريدريك؛ جيسبيرتز، بيتر. كالافاتي، ماريانثي؛ مارتنز، مارفن؛ ميلر، ريان. نيشيدا، كوزو؛ ريسفيك، ليندا؛ واجميستر، أندرا؛ إيسن، لارس إم تي؛ إيفيلو، كريس T.؛ بيكو، الكسندر ر.؛ ويليهاجين، إيغون إل. (10 نوفمبر 2017). "WikiPathways: قاعدة بيانات مسارات متعددة الأوجه تربط عمليات التمثيل الغذائي بأبحاث omics الأخرى" . أبحاث الأحماض النووية . 46 (د1): د661 – د667. doi : 10.1093/NAR/ GKX1064 . PMC 5753270. PMID 29136241 .  
  9. ↑ "تصفح المسارات - ويكي باثويز" .
  10. ↑ هانومابا، ماماتا؛ بريس، جاستن؛ إلسر، جاستن؛ نيميث، دينيس؛ بونو، جينا؛ وو، كيني؛ جايسوال، بانكاج (2013). "مسارات ويكي للنباتات: بوابة مجتمعية لتنظيم المسارات ودراسة حالة في شبكات تطوير بذور الأرز والأرابيدوبسيس" . الأرز . 6 ( 1): 14. Bibcode : 2013Rice....6...14H . doi : 10.1186/1939-8433-6-14 . PMC 4883732. PMID 24280312 .  
  11. ↑ بولر، أنويشا؛ وو، غوانمينغ؛ كوتمون، مارتينا؛ برادانا، ليونتيوس أدهيكا؛ كورت، سوزان ل.؛ هانسبرز، كريستينا؛ هاو، روبن؛ بيكو، ألكسندر ر.؛ إيفيلو، كريس ت. (20 مايو 2016). "Reactome من منظور WikiPathways" . PLOS Computational Biology . 12 (5) e1004941. Bibcode : 2016PLSCB..12E4941B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004941 . PMC 4874630. PMID 27203685 .  
  12. ↑ واغميستر، أندرا؛ كوتمون، مارتينا؛ ريوتا، أندرس؛ ميلر، رايان؛ ويليغهاجن، إيغون ل.؛ إيفيلو، كريس ت.؛ بيكو، ألكسندر ر. (23 يونيو 2016). "استخدام الويب الدلالي للتكامل السريع لـ WikiPathways مع موارد البيانات البيولوجية الأخرى المتاحة عبر الإنترنت" . PLOS Computational Biology . 12 (6) e1004989. Bibcode : 2016PLSCB..12E4989W . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004989 . PMC 4918977. PMID 27336457 .  
  13. ↑ كيلدر، ت.؛ بيكو، أ.ر.؛ هانزبرز، ك.؛ فان إيرسيل، م.ب.؛ إيفيلو، س.؛ كونكلين، ب.ر.؛ هايد، و. (2009). هايد، وينستون (محرر). "استخراج المسارات البيولوجية باستخدام خدمات ويب WikiPathways" . PLOS ONE . 4 (7) e6447. Bibcode : 2009PLoSO...4.6447K . doi : 10.1371/journal.pone.0006447 . PMC 2714472. PMID 19649250 .  
  14. ↑ أوستازيفسكي، م.؛ وآخرون . (1 أكتوبر 2021). "خريطة مرض كوفيد-19، مستودع معرفي حاسوبي لآليات تفاعل الفيروس مع العائل" . بيولوجيا الأنظمة الجزيئية . 17 (10) e10387. doi : 10.15252/msb.202110387 . PMC 8524328. PMID 34664389 .