تحديد النمط التسلسلي متعدد المواقع

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يُعدّ التنميط التسلسلي متعدد المواقع ( MLST ) تقنيةً في البيولوجيا الجزيئية لتحديد أنماط مواقع جينية متعددة ، وذلك باستخدام تسلسلات الحمض النووي لأجزاء داخلية من جينات أساسية متعددة لتوصيف عزلات من أنواع مختلفة. ويُطبّق هذا الأسلوب بشكل شائع على الميكروبات ، وخاصةً بدائيات النوى والخمائر، نظرًا لصعوبة التمييز بينها باستخدام وسائل أخرى.

كان أول نظام تسلسل متعدد المواقع (MLST) يُطوَّر لبكتيريا النيسرية السحائية ، [ 1 ] وهي العامل المسبب لالتهاب السحايا وتسمم الدم بالمكورات السحائية . ومنذ إدخاله في أبحاث التاريخ التطوري، استُخدم نظام MLST ليس فقط لمسببات الأمراض البشرية، بل أيضًا لمسببات الأمراض النباتية. [ 2 ]

مبدأ

يقيس تحليل التسلسل متعدد المواقع (MLST) مباشرةً اختلافات تسلسل الحمض النووي في مجموعة من الجينات الأساسية، ويُصنّف السلالات بناءً على خصائصها الأليلية الفريدة. مبدأ MLST بسيط: تتضمن هذه التقنية تضخيم الحمض النووي باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) متبوعًا بتسلسل الحمض النووي . ويمكن فحص اختلافات النيوكليوتيدات بين السلالات في عدد متغير من الجينات، وذلك حسب درجة التمييز المطلوبة.

تتضمن آلية عمل تقنية تسلسل المواقع المتعددة (MLST) الخطوات التالية: 1) جمع البيانات، 2) تحليل البيانات، 3) تحليل تسلسل المواقع المتعددة . في خطوة جمع البيانات، يتم تحديد التباين بشكل قاطع من خلال تحديد تسلسل النيوكليوتيدات لأجزاء الجينات. في خطوة تحليل البيانات، تُخصص أرقام أليلات لجميع التسلسلات الفريدة ، وتُجمع في ملف تعريف أليلي، ويُخصص لكل تسلسل نوع تسلسل (ST). في حال اكتشاف أليلات وأنواع تسلسل جديدة، تُخزن في قاعدة البيانات بعد التحقق منها. في خطوة التحليل النهائية لتقنية MLST، تُحدد صلة القرابة بين العزلات من خلال مقارنة ملفات التعريف الأليلية. يُجري الباحثون دراسات وبائية وتطورية من خلال مقارنة أنواع التسلسل لمختلف المجموعات الاستنساخية. ينتج عن عملية التسلسل والتحديد كمية هائلة من البيانات، لذا تُستخدم تقنيات المعلوماتية الحيوية لترتيب جميع البيانات البيولوجية وإدارتها وتحليلها ودمجها.

لتحقيق التوازن بين دقة تحديد السلالات والوقت والتكلفة، تُستخدم عادةً في المختبرات ما بين سبعة إلى ثمانية جينات أساسية. فعلى سبيل المثال، في بكتيريا المكورات العنقودية الذهبية ، تُستخدم سبعة جينات أساسية في تحديد النمط الجيني متعدد المواقع (MLST). تشمل هذه الجينات: كيناز الكربامات ( arcC )، وديهايدروجينيز الشيكيمات ( aroE )، وكيناز الجلسرول ( glpF )، وكيناز الغوانيلات ( gmk )، وأسيتيل ترانسفيراز الفوسفات ( pta )، وإيزوميراز ثلاثي فوسفات ( tpi ) ، وأسيتيل مرافق الإنزيم أ أسيتيل ترانسفيراز ( yqiL )، كما هو موضح على موقع MLST الإلكتروني. مع ذلك، ليس من النادر استخدام ما يصل إلى عشرة جينات أساسية. بالنسبة لبكتيريا Vibrio vulnificus ، تشمل الجينات الأساسية المستخدمة: إيزوميراز جلوكوز-6-فوسفات ( glp )، وجيراز الحمض النووي، الوحدة الفرعية B ( gyrB )، ونازعة هيدروجين مالات-لاكتات ( mdh )، وسينثيتاز ميثيونيل-tRNA ( metG )، وسينثيتاز فوسفوريبوزيل أمينو إيميدازول ( purM )، ونازعة هيدروجين ثريونين ( dtdS )، ونازعة كربوكسيل ديامينوبيميلات ( lysA )، والوحدة الفرعية ألفا من ترانس هيدروجيناز ( pntA )، وديهايدروأوروتيز ( pyrC )، وتربتوفاناز ( tnaA ). وبالتالي، قد يختلف كل من عدد ونوع الجينات الأساسية التي يتم فحصها بواسطة تقنية MLST من نوع لآخر.

لكل جين من هذه الجينات الأساسية، تُخصص التسلسلات المختلفة كأليلات، وتُشكل الأليلات الموجودة في المواقع الجينية نمطًا أليليًا. ويمكن أن تُشكل سلسلة من هذه الأنماط علامة تعريفية لتصنيف السلالات. تُخصص التسلسلات التي تختلف حتى في نيوكليوتيد واحد كأليلات مختلفة، دون أي ترجيح لمراعاة عدد الاختلافات النيوكليوتيدية بين الأليلات، إذ لا يمكننا التمييز بين ما إذا كانت الاختلافات في مواقع نيوكليوتيدية متعددة ناتجة عن طفرات نقطية متعددة أو عن تبادل إعادة تركيب واحد. يوفر العدد الكبير من الأليلات المحتملة في كل موقع جيني القدرة على تمييز مليارات الأنماط الأليلية المختلفة، ومن المتوقع أن تظهر سلالة تحمل الأليل الأكثر شيوعًا في كل موقع جيني بالصدفة مرة واحدة تقريبًا من بين كل 10000 عزلة. على الرغم من أن تقنية MLST توفر قدرة تمييزية عالية، إلا أن تراكم التغيرات النيوكليوتيدية في جينات الصيانة الخلوية هو عملية بطيئة نسبيًا، ويكون النمط الأليلي للعزلة البكتيرية مستقرًا بما يكفي بمرور الوقت لتكون هذه الطريقة مثالية لعلم الأوبئة العالمي.

تُعرض صلة القرابة بين العزلات على شكل مخطط شجري مُنشأ باستخدام مصفوفة الاختلافات الزوجية بين أنماطها الأليلية، أو برنامج eBURST، أو شجرة الامتداد الأدنى (MST). يُعد المخطط الشجري وسيلةً ملائمةً لعرض العزلات التي تمتلك أنماطًا أليلية متطابقة أو شديدة التشابه، والتي يُفترض أنها مُشتقة من سلف مشترك. أما العلاقات بين العزلات التي تختلف في أكثر من ثلاثة مواقع من أصل سبعة، فمن المرجح أن تكون غير موثوقة، ولا ينبغي الاستدلال منها على تطورها السلالي. [ 3 ] [ 4 ] تربط شجرة الامتداد الأدنى (MST) جميع العينات بطريقة تجعل المسافة الإجمالية بين جميع فروع الشجرة في حدها الأدنى. [ 5 ]

بدلاً من ذلك، يمكن أيضاً تحليل مدى قرابة العزلات باستخدامتحليل تسلسل المواقع المتعددة ( MLSA ). لا يعتمد هذا التحليل على الأليلات المُحددة، بل يجمع تسلسلات أجزاء الجينات الأساسية ويستخدم هذا التسلسل المُجمع لتحديد العلاقات التطورية. على عكس تحليل تسلسل المواقع المتعددة (MLST)، يُعطي هذا التحليل تشابهًا أكبر بين التسلسلات التي تختلف في نيوكليوتيد واحد فقط، وتشابهًا أقل بين التسلسلات التي تختلف في عدة نيوكليوتيدات. ونتيجةً لذلك، يُعد هذا التحليل أكثر ملاءمةً للكائنات الحية ذات التطور الاستنساخي، وأقل ملاءمةً للكائنات الحية التي تكثر فيها أحداث إعادة التركيب الجيني. كما يُمكن استخدامه لتحديد العلاقات التطورية بين الأنواع وثيقة الصلة. [ 6 ] غالبًا ما يُستخدم مصطلحا MLST وMLSA بشكلٍ مُتبادل، إلا أن هذا غير صحيح، فلكل طريقة تحليل خصائصها واستخداماتها المُميزة. لذا، يجب الحرص على استخدام المصطلح الصحيح.

مقارنة بالتقنيات الأخرى

كانت هناك طرق تصنيف مصلية سابقة مُعتمدة لتمييز العزلات البكتيرية، إلا أن التصنيف المناعي يعاني من عيوب، منها الاعتماد على عدد قليل من المواقع المستضدية، وتفاعلات الأجسام المضادة غير المتوقعة مع مختلف المتغيرات المستضدية. وقد طُرحت عدة مخططات للتصنيف الجزيئي لتحديد قرابة مسببات الأمراض، مثل الرحلان الكهربائي الهلامي النبضي ( PFGE )، والتصنيف الريبوزي، والبصمة الوراثية القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR ). إلا أن هذه الطرق الفرعية للتصنيف، القائمة على نطاقات الحمض النووي، لا تُقدم تحليلات تطورية ذات دلالة. فعلى الرغم من أن العديد من الباحثين يعتبرون الرحلان الكهربائي الهلامي النبضي (PFGE) المعيار الذهبي، إلا أن العديد من السلالات لا يُمكن تصنيفها بهذه التقنية بسبب تحلل الحمض النووي أثناء العملية (لطخات الهلام).

يختلف منهج تسلسل النمط متعدد المواقع (MLST) عن هجرة الإنزيمات متعددة المواقع (MLEE)، التي تعتمد على اختلاف سرعة الهجرة الكهربائية (EM) للعديد من الإنزيمات الأيضية الأساسية. تحدد الأليلات في كل موقع سرعة الهجرة الكهربائية لمنتجاتها، حيث تؤدي تسلسلات الأحماض الأمينية المختلفة بين الإنزيمات إلى سرعات هجرة مختلفة وظهور حزم مميزة عند تشغيلها على الهلام. ويمكن بعد ذلك تصوير صلة القرابة بين العزلات باستخدام مخطط شجري مُنشأ من مصفوفة الاختلافات الزوجية بين الأنماط الكهربية. يتميز هذا الأسلوب بدقة أقل من MLST لعدة أسباب، جميعها ناتجة عن كون تنوع النمط الظاهري الإنزيمي مجرد مؤشر لتنوع تسلسل الحمض النووي. أولًا، قد تمتلك الإنزيمات تسلسلات أحماض أمينية مختلفة دون أن يكون لها سرعات هجرة كهربائية مختلفة بما يكفي لتكوين حزم مميزة. ثانيًا، قد تُغير "الطفرات الصامتة" تسلسل الحمض النووي لجين ما دون تغيير الأحماض الأمينية المشفرة. ثالثًا، يمكن أن يتغير النمط الظاهري للإنزيم بسهولة استجابةً للظروف البيئية، مما يؤثر سلبًا على قابلية تكرار نتائج تحليل تسلسل الحمض النووي متعدد المواقع (MLEE). تشمل التعديلات الشائعة للإنزيمات الفسفرة، وربط العوامل المساعدة، وفصل تسلسلات النقل. هذا يحد أيضًا من إمكانية مقارنة بيانات MLEE التي يتم الحصول عليها من مختبرات مختلفة، في حين أن تحليل تسلسل الحمض النووي متعدد المواقع (MLST) يوفر بيانات تسلسل الحمض النووي قابلة للنقل والمقارنة، ويتمتع بإمكانات كبيرة للأتمتة والتوحيد القياسي.

تُشبه تقنية تسلسل المواقع المتعددة (MLST) تقنية الترميز الجيني (DNA barcoding) في سعيهما لاستخدام معلومات جينية جزئية للتمييز بين مجموعات الكائنات الحية. مع ذلك، تهدف تقنية الترميز الجيني إلى التمييز بين الأنواع، وتُفضل استخدام قطعة أو قطعتين قصيرتين ذات معدلات طفرات سريعة نسبيًا (مثل قطع الحمض النووي للميتوكوندريا أو الحمض النووي الريبوزي)، والتي تُنتج عادةً تباينًا كبيرًا في التسلسلات بين الأنواع. في حال عدم توفر هذه الميزة، يُمكن استخدام مواقع جينية متعددة، [ 7 ] ولكن على عكس تقنية تسلسل المواقع المتعددة، يظل التركيز فيها على مستوى النوع. [ 8 ]

المزايا والتطبيقات

يتميز نظام تحديد النمط التسلسلي متعدد المواقع (MLST) بدقة عالية وسهولة في الاستخدام. يمكن تبادل المواد اللازمة لتحديد النمط التسلسلي بين المختبرات. كما يمكن الوصول إلى تسلسلات البادئات والبروتوكولات إلكترونيًا. يتميز هذا النظام بقابلية التكرار والتوسع. وهو نظام آلي، يجمع بين أحدث التقنيات في التسلسل عالي الإنتاجية والمعلوماتية الحيوية مع تقنيات علم الوراثة السكانية الراسخة. يمكن استخدام بيانات MLST لدراسة العلاقات التطورية بين البكتيريا. يوفر MLST قدرة تمييزية جيدة للفصل بين العزلات.

يُعدّ تطبيق تقنية تسلسل المواقع المتعددة (MLST) واسع النطاق، ويُمثّل مورداً قيماً للمجتمعات العلمية والصحية والبيطرية، فضلاً عن قطاع الصناعات الغذائية. وفيما يلي أمثلة على تطبيقات هذه التقنية.

كامبيلوباكتر

تُعدّ بكتيريا كامبيلوباكتر العامل المسبب الشائع لأمراض الأمعاء المعدية البكتيرية، والتي تنشأ عادةً من الدواجن غير المطهوة جيدًا أو الحليب غير المبستر. ومع ذلك، فإنّ وبائيتها غير مفهومة بشكل كافٍ نظرًا لندرة اكتشاف حالات التفشي، مما يجعل من الصعب تتبع مصادرها وطرق انتقالها. إضافةً إلى ذلك، تتميز جينومات كامبيلوباكتر بتنوعها الجيني وعدم استقرارها، مع حدوث إعادة تركيب متكررة بين الجينات وداخلها، فضلًا عن التباين الطوري، مما يُعقّد تفسير البيانات المستقاة من العديد من طرق التصنيف. وحتى وقت قريب، مع تطبيق تقنية تسلسل النمط متعدد المواقع (MLST)، حقق تصنيف كامبيلوباكتر نجاحًا كبيرًا، وأُضيفت بيانات جديدة إلى قاعدة بيانات MLST. اعتبارًا من 1 مايو 2008، احتوت قاعدة بيانات كامبيلوباكتر MLST على 3516 عزلة، ونحو 30 منشورًا استخدمت أو أشارت إلى تقنية MLST في أبحاثها حول كامبيلوباكتر ( http://pubmlst.org/campylobacter/ ).

النيسرية السحائية

قدّمت تقنية تسلسل المواقع المتعددة (MLST) صورةً أكثر شموليةً للبكتيريا داخل التجمعات البشرية، وللسلالات المتغيرة التي قد تكون ممرضةً للإنسان والنباتات والحيوانات. استُخدمت هذه التقنية لأول مرة من قِبل مايدن وآخرون (1) لتوصيف بكتيريا النيسرية السحائية باستخدام ستة مواقع جينية. وقد ساهم تطبيق MLST في تحديد السلالات الرئيسية للمكورات السحائية المسؤولة عن الأمراض الغازية حول العالم. ولتحسين القدرة على التمييز بين السلالات الغازية الرئيسية، تُستخدم الآن سبعة مواقع جينية، وقد اعتمدتها العديد من المختبرات كطريقة مُفضّلة لتوصيف عزلات المكورات السحائية. ومن المعروف [ 9 ] أن عمليات التبادل الجيني تحدث بشكل شائع في النيسرية السحائية ، مما يؤدي إلى تنوّع سريع في مستنسخات المكورات السحائية. وقد نجحت تقنية MLST في توفير طريقة موثوقة لتوصيف المستنسخات ضمن أنواع بكتيرية أخرى، حيث تكون معدلات تنوّع المستنسخات فيها أقل عمومًا.

المكورات العنقودية الذهبية

تُسبب بكتيريا المكورات العنقودية الذهبية (S. aureus) العديد من الأمراض. وقد أثارت سلالات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين ( MRSA ) مخاوف متزايدة بسبب مقاومتها لجميع المضادات الحيوية تقريبًا باستثناء الفانكومايسين. مع ذلك، فإن معظم حالات العدوى الخطيرة بالمكورات العنقودية الذهبية في المجتمع، والعديد منها في المستشفيات، ناجمة عن سلالات حساسة للميثيسيلين (MSSA)، ولم تُبذل سوى محاولات قليلة لتحديد سلالات MSSA شديدة الضراوة المرتبطة بالأمراض الخطيرة. لذلك، طُوِّرَت تقنية تسلسل النمط متعدد المواقع (MLST) لتوفير طريقة واضحة لتوصيف سلالات MRSA وتحديد سلالات MSSA المرتبطة بالأمراض الخطيرة.

المكورات العقدية المقيحة

تُسبب بكتيريا المكورات العقدية المقيحة أمراضًا تتراوح بين التهاب البلعوم والقوباء المُهددة للحياة، بما في ذلك التهاب اللفافة الناخر.وقد طُوّر نظام تسلسل متعدد المواقع (MLST) لهذه البكتيريا . حاليًا، تحتوي قاعدة البيانات ( mlst.net ) [ 10 ] على الأنماط الأليلية للعزلات التي تُمثل التنوع العالمي لهذه البكتيريا، بالإضافة إلى عزلات من أمراض غازية خطيرة. [ 11 ]

المبيضات البيضاء

المبيضات البيضاء (C. albicans) هي فطر ممرض يصيب الإنسان، وهي مسؤولة عن عدوى مجرى الدم المكتسبة في المستشفيات. وقد استُخدمت تقنية التسلسل متعدد المواقع (MLST) لتوصيف عزلات المبيضات البيضاء . ينتج عن تضافر الأليلات في المواقع الجينية المختلفة أنماط تسلسل ثنائية الصيغة فريدة، يمكن استخدامها للتمييز بين السلالات. وقد أثبتت تقنية التسلسل متعدد المواقع نجاحها في دراسة وبائيات المبيضات البيضاء في المستشفيات، بالإضافة إلى دراسة تنوع عزلات المبيضات البيضاء المأخوذة من بيئات إيكولوجية متنوعة، بما في ذلك المضيفين من البشر والحيوانات.

كرونوباكتر

يتألف جنس كرونوباكتر من 7 أنواع. قبل عام 2007، كان يُطلق على هذه الكائنات اسم نوع واحد هو Enterobacter sakazakii . استُخدم نظام تسلسل المواقع المتعددة (MLST) الخاص بكرونوباكتر في البداية للتمييز بين C. sakazakii و C. malonaticus لأن تسلسل الحمض النووي الريبوزي 16S ليس دقيقًا دائمًا، ولأن التصنيف الحيوي يعتمد على التقدير الشخصي. [ 12 ] يستخدم نظام MLST الخاص بكرونوباكتر 7 أليلات؛ atpD و fusA و glnS و gltB و gyrB و infB و ppsA، مما يُعطي تسلسلًا مُدمجًا بطول 3036 زوجًا قاعديًا للتحليل الوراثي (MLSA) وعلم الجينوم المقارن . [ 13 ] كما استُخدم نظام MLST في التعرّف الرسمي على أنواع جديدة من كرونوباكتر . [ 14 ] كشفت الطريقة عن وجود ارتباط قوي بين سلالة جينية واحدة، وهي النمط التسلسلي 4 (ST4)، وحالات التهاب السحايا عند حديثي الولادة. [15] موقع Cronobacter MLST موجود على الرابط التالي : http://www.pubMLST.org/cronobacter .

القيود

يُعدّ تحليل التسلسل متعدد المواقع (MLST) الأنسب لدراسات علم الوراثة السكانية، ولكنه مكلف. ونظرًا لحفظ التسلسل في جينات الصيانة الخلوية، يفتقر تحليل التسلسل متعدد المواقع أحيانًا إلى القدرة على التمييز بين السلالات البكتيرية، مما يحدّ من استخدامه في التحقيقات الوبائية. ولتحسين قدرة تحليل التسلسل متعدد المواقع على التمييز، طُوّر نهج تحليل التسلسل متعدد المواقع للضراوة (MVLST) باستخدام بكتيريا الليستيريا المستوحدة . [ 16 ] يُوسّع تحليل التسلسل متعدد المواقع للضراوة نطاق فوائد تحليل التسلسل متعدد المواقع، ولكنه يستهدف جينات الضراوة، التي قد تكون أكثر تعددًا شكليًا من جينات الصيانة الخلوية. لا يُعدّ علم الوراثة السكانية العامل الوحيد المهم في الأوبئة، فعوامل الضراوة مهمة أيضًا في التسبب بالمرض، وتواجه دراسات علم الوراثة السكانية صعوبة في رصدها. ويعود ذلك إلى أن الجينات المعنية غالبًا ما تكون قابلة لإعادة التركيب بدرجة عالية وقابلة للتنقل بين السلالات، مقارنةً بإطار علم الوراثة السكانية. لذا، على سبيل المثال في بكتيريا الإشريكية القولونية ، يُعدّ تحديد السلالات الحاملة لجينات السموم أكثر أهمية من إجراء تقييم قائم على علم الوراثة السكانية للسلالات السائدة.

أتاح ظهور تقنيات التسلسل من الجيل الثاني إمكانية الحصول على معلومات التسلسل عبر الجينوم البكتيري بأكمله بتكلفة وجهد معقولين نسبيًا، وأصبح بالإمكان الآن تحديد النمط متعدد المواقع (MLST) من معلومات تسلسل الجينوم الكامل، بدلًا من تسلسل كل موقع على حدة كما كان مُتبعًا عند تطوير MLST لأول مرة. [ 17 ] يوفر تسلسل الجينوم الكامل معلومات أغنى لتمييز السلالات البكتيرية (يستخدم MLST حوالي 0.1% من التسلسل الجينومي لتحديد النمط مع تجاهل باقي الجينوم البكتيري). على سبيل المثال، كشف تسلسل الجينوم الكامل للعديد من العزلات أن سلالة MLST الوحيدة ST258 من بكتيريا Klebsiella pneumoniae تتألف من مجموعتين جينيتين متميزتين، [ 18 ] مما يوفر معلومات إضافية حول تطور وانتشار هذه الكائنات المقاومة للأدوية المتعددة، ويدحض الفرضية السابقة القائلة بأصل استنساخي واحد لـ ST258. [ 19 ]

قواعد البيانات

تحتوي قواعد بيانات تسلسل النمط متعدد المواقع (MLST) على تسلسلات الأليلات المرجعية وأنواع التسلسل لكل كائن حي، بالإضافة إلى بيانات وبائية معزولة. وتحتوي المواقع الإلكترونية على برامج استعلام وتحليل تُمكّن المستخدمين من الاستعلام عن تسلسلات الأليلات وأنواع التسلسل الخاصة بهم. ويُستخدم تسلسل النمط متعدد المواقع (MLST) على نطاق واسع كأداة للباحثين والعاملين في مجال الرعاية الصحية العامة.

يتم استضافة غالبية قواعد بيانات MLST على خادم ويب موجود حاليًا في جامعة أكسفورد ( pubmlst.org ).

تحتوي قاعدة البيانات الموجودة على الموقع على تسلسلات الأليلات المرجعية الخاصة بالكائنات الحية وقوائم أنماط التسلسل (STs) للكائنات الحية الفردية.

للمساعدة في جمع وتنسيق التسلسلات المستخدمة، تم تطوير إضافة بسيطة ومجانية لمتصفح فايرفوكس ( الرابط مؤرشف بتاريخ 22-02-2014 في Wayback Machine ).

مراجع

  1. ↑ مايدن، إم سي؛ بايغريفز، جيه إيه؛ فيل، إي؛ موريللي، جي؛ راسل، جيه إي؛ أوروين، آر؛ تشانغ، كيو؛ تشو، جيه؛ وآخرون  (مارس 1998). "التنميط التسلسلي متعدد المواقع: منهج عملي لتحديد السلالات ضمن مجموعات الكائنات الدقيقة الممرضة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 95 (6): 3140-3145 . Bibcode : 1998PNAS...95.3140M . doi : 10.1073/pnas.95.6.3140 . PMC 19708. PMID 9501229 .  
  2. ↑ ساريس، ب. ف.؛ ترانتاس، إ. أ.؛ مبالانتيناكي، إ.؛ فيرفيريديس، ف.؛ غوماس، د. إ. (2012). " Pseudomonas viridiflava ، ممرض نباتي متعدد العوائل ذو تنوع جيني كبير على المستوى الجزيئي" . PLOS ONE . 7 (4) e36090. Bibcode : 2012PLoSO...736090S . doi : 10.1371/journal.pone.0036090 . PMC 3338640. PMID 22558343 .  
  3. ↑ سبرات، برايان ج. (1999). "التنميط التسلسلي متعدد المواقع: التنميط الجزيئي لمسببات الأمراض البكتيرية في عصر التسلسل السريع للحمض النووي والإنترنت". الرأي الحالي في علم الأحياء الدقيقة . 2 (3): 312-316 . Bibcode : 1999COMb....2..312S . doi : 10.1016/S1369-5274(99)80054-X . PMID 10383857 . 
  4. ↑ سبرات، بي جي؛ ميدن، إم سي (1999). "علم الوراثة السكانية البكتيرية، والتطور، وعلم الأوبئة" . معاملات الجمعية الملكية بلندن، العلوم البيولوجية . 354 (1384): 701-710 . doi : 10.1098/rstb.1999.0423 . PMC 1692550. PMID 10365396 .  
  5. ↑ جولي، كيث. "الشجرة الممتدة الدنيا" . pubMLST. مؤرشف من الأصل في 15 سبتمبر 2007. تم الاسترجاع في 10 أكتوبر 2013 .
  6. ^ جيفرز د، كوهان إف إم، لورانس جي جي، سبرات بي جي، كويني تي، فيل إي جيه، ستاكيبرانت إي، فان دي بير واي، فاندام بي، طومسون إف إل، سوينجز جي (2005). “الرأي: إعادة تقييم الأنواع بدائية النواة”. نات ريف ميكروبيول . 3 (9): 733-739 . دوى : 10.1038 / nrmicro1236 . بميد 16138101 . S2CID 41706247 .  
  7. ↑ بورتر، تيريزيتا م.؛ حاجي بابائي، مهرداد (2018). "التوسع: دليل للأساليب الجينومية عالية الإنتاجية لتحليل التنوع البيولوجي" . علم البيئة الجزيئية . 27 (2): 313-338 . Bibcode : 2018MolEc..27..313P . doi : 10.1111/mec.14478 . ISSN 1365-294X . PMID 29292539 .  
  8. ↑ هو، واي إف؛ ليو، جيه دبليو؛ لو، إكس إكس؛ شو، زد إتش؛ شيا، جيه دبليو؛ تشانغ، إكس جي؛ كاستانيدا-رويز، آر إف؛ ما، جيه (12 ديسمبر 2023). "تحليلات التطور الجيني متعددة المواقع تكشف عن ثمانية أنواع جديدة من ديستوسيبتيسبورا من جنوب الصين" . ميكروبيولوجي سبيكتروم . 11 (6): e0246823. doi : 10.1128/spectrum.02468-23 . PMID 37905843 . 
  9. ↑ إي جيه فيل؛ إم سي ميدن؛ إم أختمان؛ بي جي سبرات (1999). "المساهمات النسبية لإعادة التركيب والطفرة في تباين سلالات النيسرية السحائية" . التطور البيولوجي الجزيئي . 16 (11): 1496-1502 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026061 . PMID 10555280 . 
  10. ↑ إنرايت إم سي، سبرات بي جي، كاليا إيه، كروس جيه إتش، بيسن دي إي (2001). "التصنيف التسلسلي متعدد المواقع لبكتيريا المكورات العقدية المقيحة والعلاقات بين نمط emm والسلالة" . العدوى والمناعة . 69 (4): 2416-2427 . doi : 10.1128/iai.69.4.2416-2427.2001 . PMC 98174. PMID 11254602 .  
  11. ↑ ماكجريجور ك.ف.، سبرات ب.ج.، كاليا أ.، بينيت أ.، بيليك ن.، بيال ب.، بيسن د.إ. (2004). "التصنيف التسلسلي متعدد المواقع لبكتيريا المكورات العقدية المقيحة التي تمثل معظم أنواع emm المعروفة والاختلافات بين التراكيب الجينية للمجموعات الفرعية" . مجلة علم البكتيريا . 186 (13): 4285-4294 . doi : 10.1128/jb.186.13.4285-4294.2004 . PMC 421626. PMID 15205431 .  
  12. ↑ بالدوين وآخرون (2009). "يكشف التنميط التسلسلي متعدد المواقع لبكتيريا كرونوباكتر ساكازاكي وكرونوباكتر مالوناتيكوس عن بنى استنساخية مستقرة ذات أهمية سريرية لا ترتبط بالأنماط الحيوية" . مجلة بي إم سي لعلم الأحياء الدقيقة . 9 (1) 223. رمز Bibcode : 2009BMCMb...9..223B . doi : 10.1186/1471-2180-9-223 . PMC 2770063. PMID 19852808 .   
  13. ↑ كوسيروفا وآخرون (2011). " كرونوباكتر : التنوع والانتشار" . ضمان الجودة وسلامة الأغذية والمحاصيل . 3 (3): 104-122 . doi : 10.1111/j.1757-837X.2011.00104.x . 
  14. ↑ جوزيف وآخرون (2011). " كرونوباكتر كونديمينتي نوع جديد، معزول من لحم متبل، وكرونوباكتر يونيفرساليس نوع جديد، وهو تصنيف جديد لنوع كرونوباكتر جينومو سبيشيز 1، تم استخلاصه من عدوى في الساق، والماء، ومكونات الطعام" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 62 (الجزء 6): 1277-1283 . doi : 10.1099/ijs.0.032292-0 . PMID 22661070 .  
  15. ↑ جوزيف وفورسايث (2011). " ارتباط بكتيريا كرونوباكتر ساكازاكي ST4 بعدوى حديثي الولادة" . الأمراض المعدية الناشئة . 17 (9): 1713-1715 . doi : 10.3201/eid1709.110260 . PMC 3322087. PMID 21888801 .  
  16. ↑ تشانغ، و.؛ جاياراو، ب.م.؛ كنابل، س.ج. (2004). "التصنيف التسلسلي لمواقع الضراوة المتعددة لبكتيريا الليستيريا المستوحدة" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 70 (2): 913-920 . Bibcode : 2004ApEnM..70..913Z . doi : 10.1128/AEM.70.2.913-920.2004 . ISSN 0099-2240 . PMC 348834. PMID 14766571 .   
  17. ↑ "مركز علم الأوبئة الجينومي" .
  18. ↑ دي ليو، ف.؛ وآخرون (2014). "التحليل الجزيئي لتطور النمط التسلسلي متعدد المواقع 258 من كليبسيلا الرئوية المقاومة للكاربابينيم " . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 111 (13 ) : 4988-93 . Bibcode : 2014PNAS..111.4988D . doi : 10.1073/pnas.1321364111 . PMC 3977278. PMID 24639510 .   
  19. ↑ وودفورد ن، تورتون جيه إف، ليفرمور دي إم؛ تورتون؛ ليفرمور (2011). "البكتيريا سالبة الغرام المقاومة للأدوية المتعددة: دور السلالات عالية الخطورة في انتشار مقاومة المضادات الحيوية". مجلة FEMS لاستعراضات علم الأحياء الدقيقة . 35 (5): 736-55 . Bibcode : 2011FEMMR..35..736W . doi : 10.1111/j.1574-6976.2011.00268.x . PMID 21303394 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )

للمزيد من القراءة