Rosetta@home

الموسوعة الحرة

Rosetta@home هو مشروع حوسبة تطوعي يُعنى بدراسة التنبؤ ببنية البروتينات على منصة Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC)، التي يديرها مختبر بيكر. يهدف Rosetta@home إلى التنبؤ بتفاعلات البروتينات وتصميم بروتينات جديدة بمساعدة حوالي 55 ألف حاسوب متطوع نشط، بمتوسط ​​قدرة معالجة يتجاوز 487,946 جيجا فلوبس، وذلك اعتبارًا من 19 سبتمبر 2020. [ 4 ] وتسعى لعبة الفيديو Foldit ، وهي جزء من مشروع Rosetta@home، إلى تحقيق هذه الأهداف من خلال نهج التعهيد الجماعي . وعلى الرغم من أن جزءًا كبيرًا من المشروع موجه نحو البحث الأساسي لتحسين دقة وموثوقية أساليب علم البروتينات ، إلا أن Rosetta@home يُجري أيضًا أبحاثًا تطبيقية حول الملاريا ومرض الزهايمر وأمراض أخرى. [ 5 ]

كغيرها من مشاريع BOINC، تستخدم Rosetta@home موارد المعالجة الحاسوبية غير المستخدمة من أجهزة المتطوعين لإجراء العمليات الحسابية على وحدات العمل الفردية . تُرسل النتائج المكتملة إلى خادم مركزي للمشروع حيث يتم التحقق منها ودمجها في قواعد بيانات المشروع . المشروع متعدد المنصات ، ويعمل على مجموعة واسعة من تكوينات الأجهزة. يمكن للمستخدمين متابعة تقدم عملية التنبؤ ببنية البروتين الخاصة بهم على شاشة التوقف الخاصة بـ Rosetta@home.

إلى جانب الأبحاث المتعلقة بالأمراض، تُشكّل شبكة Rosetta@home إطارًا لاختبار الأساليب الجديدة في المعلوماتية الحيوية البنيوية . تُستخدم هذه الأساليب لاحقًا في تطبيقات أخرى تعتمد على Rosetta، مثل RosettaDock ومشروع طي البروتينوم البشري ومشروع مناعة الميكروبيوم ، بعد تطويرها بشكل كافٍ وإثبات استقرارها على مجموعة كبيرة ومتنوعة من أجهزة الكمبيوتر التطوعية في Rosetta@home. يُعدّ اختباران بالغا الأهمية للأساليب الجديدة المطوّرة في Rosetta@home هما التقييم النقدي لتقنيات التنبؤ ببنية البروتين (CASP) والتقييم النقدي للتنبؤ بالتفاعلات (CAPRI)، وهما تجربتان تُجرى كل سنتين لتقييم أحدث التقنيات في التنبؤ ببنية البروتين والتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين، على التوالي. تُصنّف Rosetta باستمرار ضمن أبرز برامج التنبؤ بالتفاعلات، وهي من أفضل برامج التنبؤ بالبنية الثلاثية المتاحة. [ 6 ]

مع تزايد عدد المستخدمين الجدد الراغبين في المشاركة في مكافحة جائحة كوفيد-19 ، الناجمة عن فيروس سارس-كوف-2 ، رفعت منصة Rosetta@home قدرتها الحاسوبية إلى 1.7 بيتافلوب اعتبارًا من 28 مارس 2020. [ 7 ] [ 8 ] وفي 9 سبتمبر 2020، نشر باحثو Rosetta@home ورقة بحثية تصف 10 مرشحين فعّالين مضادين للفيروسات ضد فيروس سارس-كوف-2. وقد ساهمت Rosetta@home في هذا البحث، وتتجه هذه المرشحات المضادة للفيروسات نحو المرحلة الأولى من التجارب السريرية، والتي قد تبدأ في أوائل عام 2022. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] ووفقًا لفريق Rosetta@home، ساهم متطوعو Rosetta في تطوير لقاح نانوي. [ 9 ] تم ترخيص هذا اللقاح ويُعرف باسم IVX-411 من قِبل شركة Icosavax، التي بدأت المرحلة الأولى/الثانية من التجارب السريرية في يونيو 2021، [ 13 ] ولقاح GBP510 الذي تُطوّره شركة SK Bioscience وقد تمت الموافقة عليه بالفعل لإجراء المرحلة الثالثة من التجارب السريرية في كوريا الجنوبية. [ 14 ] [ 15 ]

بدأ عقار NL-201 ، وهو دواء مرشح لعلاج السرطان تم ابتكاره لأول مرة في معهد تصميم البروتين (IPD) ونُشر في ورقة بحثية في يناير 2019، [ 16 ] المرحلة الأولى من التجارب السريرية على البشر في مايو 2021 بدعم من شركة Neoleukin Therapeutics، وهي شركة منبثقة عن معهد تصميم البروتين. [ 17 ] وقد لعبت Rosetta@home دورًا في تطوير NL-201 وساهمت بتجارب "الطي الأمامي" التي ساعدت في التحقق من صحة تصميمات البروتين. [ 18 ]

منصة الحوسبة

يتوفر تطبيق Rosetta@home ومنصة الحوسبة التطوعية BOINC لأنظمة التشغيل Windows و Linux و macOS ؛ كما يعمل BOINC على أنظمة أخرى، مثل FreeBSD. [ 19 ] تتطلب المشاركة في Rosetta@home وحدة معالجة مركزية (CPU) بسرعة ساعة لا تقل عن 500 ميجاهرتز ، و200 ميجابايت من مساحة القرص الحرة ، و512 ميجابايت من الذاكرة الفعلية ، واتصالاً بالإنترنت. [ 20 ] اعتبارًا من 20 يوليو 2016، كان الإصدار الحالي من تطبيق Rosetta Mini هو 3.73. [ 21 ] الإصدار الموصى به حاليًا لبرنامج BOINC هو 7.6.22. [ 19 ] يُستخدم بروتوكول نقل النص التشعبي القياسي (HTTP) ( المنفذ 80) للتواصل بين عميل BOINC الخاص بالمستخدم وخوادم Rosetta@home في جامعة واشنطن؛ بينما يُستخدم بروتوكول HTTPS (المنفذ 443) أثناء تبادل كلمات المرور. يستخدم التحكم عن بُعد والمحلي في عميل BOINC المنفذين 31416 و1043، وقد يلزم إلغاء حظرهما تحديدًا إذا كانا خلف جدار حماية . [ 22 ] تُوزَّع وحدات العمل التي تحتوي على بيانات عن بروتينات فردية من خوادم موجودة في مختبر بيكر بجامعة واشنطن إلى أجهزة كمبيوتر المتطوعين، والتي بدورها تحسب تنبؤًا ببنية البروتين المُخصَّص. ولتجنب تكرار تنبؤات البنية لبروتين معين، تُهيَّأ كل وحدة عمل برقم بذرة عشوائي . وهذا يُعطي كل تنبؤ مسارًا فريدًا للانحدار على طول سطح طاقة البروتين . [ 23 ] تُعد تنبؤات بنية البروتين من Rosetta@home تقريبًا للحد الأدنى العالمي في سطح طاقة بروتين معين. يُمثل هذا الحد الأدنى العالمي التكوين الأكثر استقرارًا من الناحية الطاقية للبروتين، أي حالته الأصلية .   

شاشة توقف Rosetta@home ، تعرض التقدم المحرز في التنبؤ ببنية بروتين اليوبيكويتين الاصطناعي (معرف PDB: 1ogw).

من أبرز ميزات واجهة المستخدم الرسومية لبرنامج Rosetta@home شاشة توقف تعرض تقدم وحدة العمل الحالية أثناء عملية طي البروتين المحاكاة . في أعلى يسار شاشة التوقف، يظهر البروتين المستهدف وهو يتخذ أشكالًا (تكوينات) مختلفة بحثًا عن بنية الطاقة الأدنى. وإلى اليمين مباشرةً، تظهر بنية أحدث بنية مقبولة. في أعلى اليمين، تظهر بنية الطاقة الأدنى للنموذج الوهمي الحالي؛ وأسفلها تظهر البنية الحقيقية، أو الأصلية، للبروتين إن كانت قد حُددت مسبقًا. تتضمن شاشة التوقف ثلاثة رسوم بيانية. في المنتصف تقريبًا، يُعرض رسم بياني للطاقة الحرة الديناميكية الحرارية للنموذج المقبول ، والذي يتغير بتغير النموذج. وفي أقصى اليمين، يُعرض رسم بياني لانحراف الجذر التربيعي المتوسط ​​(RMSD) للنموذج المقبول، والذي يقيس مدى تشابه بنيته مع بنية النموذج الأصلي. على يمين الرسم البياني للطاقة المقبولة وأسفل الرسم البياني لمتوسط ​​الانحراف التربيعي، تُستخدم نتائج هاتين الدالتين لإنتاج رسم بياني للطاقة مقابل متوسط ​​الانحراف التربيعي مع تحسين النموذج تدريجياً. [ 24 ]

كغيرها من مشاريع BOINC، يعمل برنامج Rosetta@home في خلفية جهاز المستخدم، مستفيدًا من طاقة المعالج غير المستخدمة، سواءً عند تسجيل الدخول إلى حساب على نظام التشغيل أو قبله . يُحرر البرنامج موارد وحدة المعالجة المركزية (CPU) عند الحاجة إليها من قِبل تطبيقات أخرى، ما يضمن عدم تأثر استخدام الكمبيوتر العادي. يمكن تحديد العديد من إعدادات البرنامج عبر تفضيلات حساب المستخدم، بما في ذلك: النسبة المئوية القصوى لموارد وحدة المعالجة المركزية التي يمكن للبرنامج استخدامها (للتحكم في استهلاك الطاقة أو الحرارة الناتجة عن تشغيل الكمبيوتر بكامل طاقته)، وأوقات تشغيل البرنامج خلال اليوم، وغيرها الكثير.

أهمية المشروع

مع ازدياد مشاريع تسلسل الجينوم ، بات بإمكان العلماء استنتاج تسلسل الأحماض الأمينية، أو البنية الأولية ، للعديد من البروتينات التي تؤدي وظائف داخل الخلية. ولتحسين فهم وظيفة البروتين والمساعدة في تصميم الأدوية بشكل عقلاني ، يحتاج العلماء إلى معرفة بنيته الثلاثية الأبعاد .

هدف CASP6، T0281، هو أول تنبؤ ببنية بروتينية من الصفر يقترب من دقة المستوى الذري. أنتج برنامج Rosetta نموذجًا لـ T0281 ( مُتراكب باللون الأرجواني) بانحراف معياري جذري متوسط ​​قدره 1.5 أنغستروم (Å) عن البنية البلورية (باللون الأزرق). 

تُحدد البنى ثلاثية الأبعاد للبروتينات حاليًا تجريبيًا باستخدام علم البلورات بالأشعة السينية أو مطيافية الرنين المغناطيسي النووي (NMR). هذه العملية بطيئة (قد تستغرق أسابيع أو حتى شهورًا لمعرفة كيفية بلورة بروتين لأول مرة) ومكلفة (حوالي 100,000 دولار أمريكي لكل بروتين). [ 25 ] لسوء الحظ، يتجاوز معدل اكتشاف التسلسلات الجديدة بكثير معدل تحديد البنية - فمن بين أكثر من 7,400,000 تسلسل بروتيني متوفر في قاعدة بيانات البروتينات غير المتكررة (nr) التابعة للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، تم حل البنية ثلاثية الأبعاد لأقل من 52,000 بروتين وإيداعها في بنك بيانات البروتين ، وهو المستودع الرئيسي للمعلومات الهيكلية للبروتينات. [ 26 ] أحد الأهداف الرئيسية لمشروع Rosetta@home هو التنبؤ ببنى البروتينات بنفس دقة الطرق الحالية، ولكن بطريقة تتطلب وقتًا ومالًا أقل بكثير. تُطوّر Rosetta@home أيضًا طرقًا لتحديد بنية وارتباط البروتينات الغشائية (مثل مستقبلات البروتين المقترن بـ G (GPCRs))، [ 27 ] والتي يصعب تحليلها للغاية باستخدام التقنيات التقليدية مثل علم البلورات بالأشعة السينية وطيف الرنين النووي المغناطيسي، ومع ذلك فهي تمثل غالبية أهداف الأدوية الحديثة. [ 28 ]

يُقيّم التقدم في مجال التنبؤ ببنية البروتين من خلال تجربة التقييم النقدي لتقنيات التنبؤ ببنية البروتين (CASP) التي تُجرى كل سنتين، حيث يسعى باحثون من مختلف أنحاء العالم إلى استخلاص بنية البروتين من تسلسل الأحماض الأمينية فيه. وتُعتبر المجموعات الحاصلة على أعلى الدرجات في هذه التجربة، التي تتسم أحيانًا بالتنافسية، بمثابة المعيار الفعلي لأحدث ما توصل إليه العلم في مجال التنبؤ ببنية البروتين. وقد استُخدم برنامج Rosetta، الذي يستند إليه برنامج Rosetta@home، منذ CASP5 في عام 2002. وفي تجربة CASP6 لعام 2004، حقق Rosetta إنجازًا تاريخيًا بكونه أول برنامج يُنتج تنبؤًا دقيقًا لبنية البروتين ، باستخدام نمذجة ab initio ، بدقة تقارب المستوى الذري، وذلك في النموذج المُقدم لهدف CASP T0281. [ 29 ] وتُعتبر نمذجة ab initio فئةً بالغة الصعوبة في التنبؤ ببنية البروتين، إذ لا تستخدم معلومات من التماثل البنيوي ، بل تعتمد على معلومات من تماثل التسلسل ونمذجة التفاعلات الفيزيائية داخل البروتين. استُخدم برنامج Rosetta@home في مسابقة CASP منذ عام 2006، حيث كان من بين أفضل برامج التنبؤ في جميع فئات التنبؤ بالبنية في CASP7. [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] وقد أُتيحت هذه التنبؤات عالية الجودة بفضل القدرة الحاسوبية التي وفرها متطوعو Rosetta@home. [ 33 ] وتتيح زيادة القدرة الحاسوبية لبرنامج Rosetta@home استكشاف المزيد من مناطق فضاء التشكيل (الأشكال الممكنة التي يمكن أن يتخذها البروتين)، والتي يُتوقع ، وفقًا لمفارقة ليفينثال ، أن تزداد بشكل أُسّي مع طول البروتين.

يُستخدم برنامج Rosetta أيضًا في التنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين ، والذي يُحدد بنية البروتينات المعقدة المتعددة ، أو البنية الرباعية . يؤثر هذا النوع من تفاعلات البروتين على العديد من الوظائف الخلوية، بما في ذلك ارتباط المستضدات بالأجسام المضادة، وارتباط الإنزيمات بالمثبطات، وعمليات الاستيراد والتصدير الخلوية. يُعد تحديد هذه التفاعلات أمرًا بالغ الأهمية لتصميم الأدوية . يُستخدم برنامج Rosetta في تجربة التقييم النقدي للتنبؤ بالتفاعلات (CAPRI)، والتي تُقيّم حالة مجال تفاعلات البروتين، على غرار كيفية قياس CASP للتقدم في التنبؤ ببنية البروتين. وقد ذُكرت القدرة الحاسوبية التي وفرها متطوعو مشروع Rosetta@home كعامل رئيسي في أداء Rosetta في CAPRI 2007، حيث كانت تنبؤاته بالتفاعلات من بين الأكثر دقة وشمولية. [ 34 ]

في أوائل عام 2008، استُخدم برنامج Rosetta لتصميم بروتين حاسوبيًا بوظيفة لم تُلاحظ من قبل في الطبيعة. [ 35 ] وقد استُلهم هذا جزئيًا من سحب ورقة بحثية بارزة نُشرت عام 2004، والتي وصفت في الأصل التصميم الحاسوبي لبروتين ذي نشاط إنزيمي مُحسَّن مقارنةً بشكله الطبيعي. [ 36 ] مثّلت ورقة البحث التي نشرها فريق ديفيد بيكر عام 2008، والتي وصفت كيفية تصنيع البروتين، والتي أشارت إلى برنامج Rosetta@home كموارد حاسوبية مُتاحة، دليلًا هامًا على صحة مفهوم طريقة تصميم البروتين هذه. [ 35 ] قد يكون لهذا النوع من تصميم البروتينات تطبيقات مستقبلية في اكتشاف الأدوية، والكيمياء الخضراء ، والمعالجة الحيوية . [ 35 ]

تم الاستشهاد ببرنامج الكمبيوتر Rosetta في الخلفية العلمية لجائزة نوبل في الكيمياء لعام 2024. [ 37 ]

إلى جانب الأبحاث الأساسية في التنبؤ ببنية البروتين، والالتحام، والتصميم، يُستخدم برنامج Rosetta@home أيضًا في الأبحاث المتعلقة بالأمراض بشكل مباشر. [ 38 ] تُوصَف العديد من المشاريع البحثية الصغيرة في مجلة Rosetta@home التي يديرها ديفيد بيكر. [ 39 ] اعتبارًا من فبراير 2014، يتم تحديث المعلومات المتعلقة بالمنشورات الحديثة ووصف موجز للعمل على المنتدى. [ 40 ] لم يعد يُستخدم موضوع المنتدى منذ عام 2016، ويمكن الاطلاع على أخبار البحث في قسم الأخبار العامة للمشروع. [ 41 ]

مرض الزهايمر

استُخدم برنامج RosettaDesign، وهو أحد مكونات حزمة برامج Rosetta، للتنبؤ بدقة بمناطق البروتينات المولدة للأميلويد الأكثر احتمالاً لتكوين ألياف شبيهة بالأميلويد . [ 42 ] من خلال أخذ سداسي الببتيدات (أجزاء مكونة من ستة أحماض أمينية) من بروتين معين واختيار أقل تطابق طاقة مع بنية مشابهة لبنية سداسي ببتيد معروف بتكوينه للألياف، تمكن RosettaDesign من تحديد ببتيدات تزيد احتمالية تكوينها للألياف بمقدار الضعف مقارنةً بالبروتينات العشوائية. [ 43 ] استُخدم برنامج Rosetta@home في الدراسة نفسها للتنبؤ ببنية بروتين بيتا أميلويد ، وهو بروتين مُكوِّن للألياف يُعتقد أنه يُسبب مرض الزهايمر . [ 44 ] وقد تم التوصل إلى نتائج أولية، لم تُنشر بعد، حول بروتينات مصممة بواسطة Rosetta قد تمنع تكوين الألياف، على الرغم من أنه من غير المعروف ما إذا كان بإمكانها منع المرض. [ 45 ]

الجمرة الخبيثة

استُخدم مُكوّن آخر من برنامج Rosetta، وهو RosettaDock، [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] بالتزامن مع الأساليب التجريبية لنمذجة التفاعلات بين ثلاثة بروتينات تُشكّل سمّ الجمرة الخبيثة ، وهي: العامل المميت (LF)، وعامل الوذمة (EF)، والمستضد الواقي (PA) . وقد تنبأ النموذج الحاسوبي بدقةٍ بالالتحام بين LF وPA، مما ساعد في تحديد نطاقات البروتينات المعنية المُشاركة في مُركّب LF-PA. وقد استُخدمت هذه المعلومات لاحقًا في أبحاثٍ أسفرت عن تطوير لقاحاتٍ مُحسّنة للجمرة الخبيثة. [ 49 ] [ 50 ]

فيروس الهربس البسيط 1

استُخدم برنامج RosettaDock لمحاكاة عملية الالتحام بين جسم مضاد ( الغلوبولين المناعي G ) وبروتين سطحي يُفرزه فيروس الهربس البسيط من النوع الأول (HSV-1)، وهو الفيروس المسبب لقروح البرد، والذي يعمل على تحطيم الجسم المضاد المضاد للفيروسات. وقد توافقت تركيبة البروتين التي تنبأ بها برنامج RosettaDock بشكل كبير مع النماذج التجريبية التي يصعب الحصول عليها، مما دفع الباحثين إلى استنتاج أن طريقة الالتحام هذه لديها القدرة على معالجة بعض المشكلات التي تواجهها تقنية علم البلورات بالأشعة السينية في نمذجة التفاعلات بين البروتينات. [ 51 ]

فيروس العوز المناعي البشري

كجزء من بحث ممول بمنحة قدرها 19.4  مليون دولار من مؤسسة بيل وميليندا غيتس ، [ 52 ] تم استخدام برنامج Rosetta@home في تصميم العديد من اللقاحات المحتملة لفيروس نقص المناعة البشرية ( HIV ). [ 53 ] [ 54 ]

ملاريا

في إطار الأبحاث المتعلقة بمبادرة التحديات الكبرى في الصحة العالمية ، [ 55 ] استُخدم برنامج روزيتا لتصميم بروتينات نووية داخلية موجهة جديدة باستخدام الحاسوب، والتي قد تقضي على بعوضة الأنوفيلة الغامبية أو تجعلها غير قادرة على نقل الملاريا . [ 56 ] إن القدرة على نمذجة وتعديل تفاعلات البروتين مع الحمض النووي بشكل دقيق، كما هو الحال في النواويات الداخلية الموجهة، تمنح أساليب تصميم البروتينات الحاسوبية مثل روزيتا دورًا هامًا في العلاج الجيني (والذي يشمل علاجات محتملة للسرطان). [ 38 ] [ 57 ]

كوفيد-19

في عام 2020، استُخدمت مجموعة برامج النمذجة الجزيئية "روزيتا" للتنبؤ بدقة بالبنية الذرية لبروتين السنبلة لفيروس سارس-كوف-2 قبل أسابيع من إمكانية قياسها في المختبر. [ 58 ] وفي 26 يونيو/حزيران 2020، أعلن المشروع نجاحه في ابتكار بروتينات مضادة للفيروسات تُعادل فيروسات سارس-كوف-2 في المختبر، وأن هذه الأدوية التجريبية المضادة للفيروسات تخضع حاليًا للتحسين تمهيدًا لتجاربها على الحيوانات. [ 59 ]

في دراسة لاحقة، نُشرت ورقة بحثية في مجلة ساينس بتاريخ 9 سبتمبر/أيلول، تصف عشرة مثبطات للبروتينات المصغرة لفيروس سارس-كوف-2. اثنان من هذه المثبطات، LCB1 وLCB3، أكثر فعالية بعدة مرات من أفضل الأجسام المضادة وحيدة النسيلة التي يجري تطويرها ضد فيروس سارس-كوف-2، سواءً من حيث الوزن الجزيئي أو الكتلة. إضافةً إلى ذلك، تشير الأبحاث إلى أن هذه المثبطات تحافظ على فعاليتها في درجات الحرارة المرتفعة، وهي أصغر حجمًا بعشرين ضعفًا من الجسم المضاد، وبالتالي، لديها مواقع تحييد محتملة أكثر بعشرين ضعفًا، مما يزيد من فعالية الدواء المُعطى موضعيًا. من المتوقع أن يجعل صغر حجم هذه المثبطات وثباتها العالي منها مناسبةً لتركيبة هلامية يمكن استخدامها عن طريق الأنف، أو كمسحوق يُعطى مباشرةً على الجهاز التنفسي. سيعمل الباحثون على تطوير هذه المثبطات لتصبح علاجات ووسائل وقائية خلال الأشهر القادمة. [ 10 ] اعتبارًا من يوليو 2021، كان من المتوقع أن تبدأ هذه الأدوية المضادة للفيروسات التجارب السريرية في أوائل عام 2022، وقد تلقت تمويلًا من مؤسسة بيل وميليندا غيتس لإجراء التجارب ما قبل السريرية والسريرية المبكرة. [ 12 ] في التجارب على الحيوانات، أثبتت هذه الأدوية المضادة للفيروسات فعاليتها ضد السلالات المثيرة للقلق، بما في ذلك ألفا وبيتا وجاما. [ 12 ] [ 60 ] [ 61 ]

استُخدم برنامج Rosetta@home للمساعدة في فحص أكثر من مليوني بروتين مرتبط ببروتين سبايك لفيروس SARS-CoV-2، والتي صُممت حاسوبياً، وبالتالي ساهمت في هذا البحث. [ 62 ] [ 63 ]

بحسب فريق Rosetta@home في معهد تصميم البروتين، ساهم متطوعو Rosetta@home في تطوير مرشحين لأدوية مضادة للفيروسات [ 10 ] ولقاح نانوي بروتيني. [ 64 ] يخضع لقاح IVX-411 حاليًا للمرحلة الأولى من التجارب السريرية التي تُجريها شركة Icosavax [ 13 ]، بينما تمت الموافقة على اللقاح نفسه، المرخص لشركة مصنعة أخرى تحت اسم GBP510، في كوريا الجنوبية لإجراء المرحلة الثالثة من التجارب السريرية التي تُجريها شركة SK Bioscience . [ 15 ] [ 14 ] وتتجه مضادات الفيروسات المرشحة أيضًا نحو المرحلة الأولى من التجارب السريرية. [ 9 ]

سرطان

صمّم باحثو Rosetta@home مُنشّطًا لمستقبل IL-2 يُسمى Neoleukin-2/15، لا يتفاعل مع الوحدة الفرعية ألفا للمستقبل. تُعدّ جزيئات الإشارة المناعية هذه مفيدة في علاج السرطان. فبينما يُعاني IL-2 الطبيعي من سمية نتيجة تفاعله مع الوحدة الفرعية ألفا، يُعدّ البروتين المُصمّم أكثر أمانًا، على الأقل في النماذج الحيوانية. [ 16 ] وقد ساهمت Rosetta@home في "تجارب الطي الأمامي" التي ساعدت في التحقق من صحة التصاميم. [ 18 ]

في مقال نُشر في مجلة نيويوركر في سبتمبر 2020 ، صرّح ديفيد بيكر بأنّ التجارب السريرية على البشر لعقار نيولوكين-2/15 ستبدأ "في وقت لاحق من هذا العام". ويجري تطوير نيولوكين-2/15 من قِبل شركة نيولوكين ، وهي شركة منبثقة عن مختبر بيكر. [ 65 ] وفي ديسمبر 2020، أعلنت نيولوكين أنها ستتقدم بطلب للحصول على ترخيص دواء تجريبي جديد لدى إدارة الغذاء والدواء الأمريكية لبدء المرحلة الأولى من التجارب السريرية لعقار NL-201، وهو تطوير إضافي لعقار نيولوكين-2/15. وقُدّم طلب مماثل في أستراليا، وتأمل نيولوكين في تسجيل ما يصل إلى 120 مشاركًا في المرحلة الأولى من التجارب السريرية. [ 66 ] وبدأت المرحلة الأولى من التجارب السريرية على البشر في 5 مايو 2021. [ 17 ]

برنامج روزيتا

برنامج Rosetta هو المسؤول عن إجراء التنبؤ بالبنية في Rosetta@home. إلى جانب مجموعة BOINC الحاسوبية، يمكن تشغيل Rosetta على جهاز كمبيوتر محلي واحد، أو على حاسوب فائق محلي. وكما هو الحال مع برامج المعلوماتية الحيوية الأخرى، توجد خوادم عامة على الإنترنت تتيح تشغيل Rosetta من خلال واجهة ويب. [ 71 ] يُمنح ترخيص البرنامج مجانًا للمجتمع الأكاديمي، وهو متاح لشركات الأدوية مقابل رسوم. [ 72 ]

طُوِّر برنامج روزيتا في الأصل من قِبَل مختبر بيكر في جامعة واشنطن عام 1998 كنهجٍ أوليٍّ للتنبؤ بالبنية، ومنذ ذلك الحين تفرع إلى عدة مسارات تطويرية وخدمات متميزة، موفراً ميزات مثل إرساء الجزيئات الكبيرة وتصميم البروتينات . [ 67 ] انتقل العديد من طلاب الدراسات العليا والباحثين الآخرين الذين شاركوا في التطوير الأولي لبرنامج روزيتا إلى جامعات ومؤسسات بحثية أخرى، وقاموا لاحقاً بتحسين أجزاء مختلفة من مشروع روزيتا.

تستمد منصة روزيتا اسمها من حجر رشيد ، إذ تسعى إلى فك شفرة "معنى" تسلسل الأحماض الأمينية في البروتينات. [ 73 ] ويتولى مشروع روزيتا كومنز تطوير شفرة روزيتا. [ 72 ] وتشارك روزيتا في كل من CASP و CAPRI .

أُعيدت كتابة برنامج Rosetta بلغة C++ لتسهيل عملية التطوير مقارنةً بالإصدار الأصلي المكتوب بلغة Fortran . هذا الإصدار الجديد كائني التوجه ، وقد أُصدر لبرنامج Rosetta@Home في 8 فبراير 2008. [ 21 ] [ 74 ]

تصميم روزيتا

تراكب النموذج المصمم بواسطة Rosetta (باللون الأحمر) لـ Top7 على هيكل البلورة بالأشعة السينية (باللون الأزرق، PDB ID: 1QYS)

بدأ مشروع RosettaDesign، وهو منهج حاسوبي لتصميم البروتينات يعتمد على برنامج Rosetta، في عام 2000 بدراسة لإعادة تصميم مسار طي البروتين G. [ 75 ] في عام 2002 ، استُخدم RosettaDesign لتصميم بروتين Top7 ، وهو بروتين ألفا/بيتا يتكون من 93 حمضًا أمينيًا، ويتميز ببنية طي لم تُسجل من قبل في الطبيعة. وقد تنبأ برنامج Rosetta بهذه البنية الجديدة بدقة تصل إلى 1.2 أنغستروم (RMSD) مقارنةً بالبنية التي تم تحديدها بواسطة علم البلورات بالأشعة السينية ، مما يمثل تنبؤًا دقيقًا للغاية بالبنية. [ 76 ] حظي برنامج Rosetta وRosettaDesign باعتراف واسع النطاق لكونهما أول من صمم وتنبأ بدقة ببنية بروتين جديد بهذا الطول، كما يتضح من ورقة بحثية نُشرت عام 2002 تصف المنهج المزدوج، والتي حظيت برسالتين إيجابيتين في مجلة Science ، [ 77 ] [ 78 ] واستُشهد بها في أكثر من 240 مقالة علمية أخرى. [ 79 ] تم اختيار المنتج المرئي لهذا البحث، Top7 ، كـ"جزيء الشهر" في قاعدة بيانات البروتينات RCSB PDB في أكتوبر 2006؛ [ 80 ] يظهر تراكب النوى (بقايا 60-79) لكل من بنيته المتوقعة وبنيته البلورية المحددة بالأشعة السينية في شعار Rosetta@home. [ 29 ] 

يقدم برايان كولمان، وهو زميل سابق لما بعد الدكتوراه في مختبر ديفيد بيكر وأستاذ مشارك حاليًا في جامعة نورث كارولينا في تشابل هيل ، [ 81 ] برنامج RosettaDesign كخدمة عبر الإنترنت. [ 82 ]

روزيتا دوك

أُضيف برنامج RosettaDock إلى مجموعة برامج Rosetta خلال أول تجربة CAPRI عام 2002 كخوارزمية مختبر بيكر للتنبؤ بتفاعلات البروتين-بروتين . [ 83 ] في تلك التجربة، حقق RosettaDock دقة عالية في التنبؤ بتفاعل ذيفان المكورات العقدية المقيحة الخارجي A مع سلسلة بيتا لمستقبلات الخلايا التائية ، ودقة متوسطة في التنبؤ بتفاعل معقد بين إنزيم ألفا-أميليز الخنزيري وجسم مضاد من الإبل . ورغم أن طريقة RosettaDock لم تُحقق سوى تنبؤين دقيقين مقبولين من أصل سبعة تنبؤات ممكنة، إلا أن هذا كان كافيًا لتصنيفها في المرتبة السابعة من بين تسعة عشر طريقة تنبؤ في أول تقييم لـ CAPRI. [ 83 ]

انقسم تطوير برنامج RosettaDock إلى فرعين في جولات CAPRI اللاحقة، حيث واصل جيفري غراي، الذي وضع أسس البرنامج أثناء عمله في جامعة واشنطن ، العمل على المنهجية في منصبه الجديد بجامعة جونز هوبكنز . وواصل أعضاء مختبر بيكر تطوير RosettaDock في غياب غراي. واختلف الإصداران اختلافًا طفيفًا في نمذجة السلاسل الجانبية، واختيار الجزيئات الوهمية، ومجالات أخرى. [ 48 ] [ 84 ] وعلى الرغم من هذه الاختلافات، فقد حققت كلتا طريقتي بيكر وغراي أداءً جيدًا في التقييم الثاني لـ CAPRI، حيث احتلتا المركزين الخامس والسابع على التوالي من بين 30 مجموعة تنبؤية. [ 85 ] يتوفر خادم RosettaDock الخاص بجيفري غراي كخدمة مجانية للتنبؤ بالالتحام للاستخدام غير التجاري. [ 86 ]

في أكتوبر 2006، تم دمج RosettaDock في Rosetta@home. اعتمدت هذه الطريقة على مرحلة نموذجية سريعة وبسيطة للالتحام، باستخدام الهيكل الأساسي للبروتين فقط . تلت ذلك مرحلة تحسين ذرية كاملة بطيئة، حيث تم تحسين اتجاه البروتينين المتفاعلين بالنسبة لبعضهما البعض، وتفاعلات السلاسل الجانبية عند سطح التفاعل بين البروتينين، في آنٍ واحد، وذلك لإيجاد التكوين ذي الطاقة الأدنى. [ 87 ] بفضل القدرة الحاسوبية الهائلة التي وفرتها شبكة Rosetta@home، بالإضافة إلى تمثيلات شجرة الطي المُعدّلة لمرونة الهيكل الأساسي ونمذجة الحلقات ، احتلت RosettaDock المرتبة السادسة من بين 63 مجموعة تنبؤ في التقييم الثالث لـ CAPRI. [ 6 ] [ 34 ]

روبيتا

يُعدّ خادم روبيتا (Rosetta Beta) خدمةً آليةً للتنبؤ ببنية البروتين، يُقدّمها مختبر بيكر لأغراض النمذجة الأولية والمقارنة غير التجارية. [ 88 ] وقد شارك كخادم تنبؤ آلي في تجارب CASP نصف السنوية منذ CASP5 في عام 2002، محققًا أداءً متميزًا ضمن فئة خوادم التنبؤ الآلية. [ 89 ] ومنذ ذلك الحين، شارك روبيتا في CASP6 وCASP7، حيث تفوّق على المتوسط ​​بين مجموعتي الخوادم الآلية والمتنبئين البشريين. [ 32 ] [ 90 ] [ 91 ] كما يشارك في التقييم المستمر لبرنامج CAMEO3D . تُشغّل مهام روبيتا على خوادم مختبر بيكر، وأجهزة حرم جانيليا للأبحاث، وأجهزة حاسوب المشاركين في Rosetta@home. [ 88 ]

في نمذجة بنية البروتين وفقًا لمعيار CASP6، يبحث برنامج Robetta أولًا عن المتماثلات البنيوية باستخدام BLAST و PSI-BLAST و 3D-Jury ، ثم يحلل التسلسل المستهدف إلى نطاقاته الفردية ، أو وحدات طي البروتينات المستقلة، عن طريق مطابقة التسلسل مع العائلات البنيوية في قاعدة بيانات Pfam . بعد ذلك، تتبع النطاقات التي تحتوي على متماثلات بنيوية بروتوكول "النمذجة القائمة على القالب" (أي نمذجة التماثل ). هنا، يُنتج برنامج المحاذاة الداخلي لمختبر بيكر، K*sync، مجموعة من متماثلات التسلسل، ويتم نمذجة كل منها باستخدام طريقة Rosetta de novo لإنتاج نموذج وهمي (بنية محتملة). يتم اختيار التنبؤ النهائي للبنية عن طريق اختيار نموذج الطاقة الأدنى كما هو محدد بواسطة دالة طاقة Rosetta منخفضة الدقة. بالنسبة للنطاقات التي لا تحتوي على متماثلات بنيوية مكتشفة، يتم اتباع بروتوكول de novo حيث يتم اختيار نموذج الطاقة الأدنى من مجموعة النماذج الوهمية المُولدة كالتنبؤ النهائي. ثم يتم ربط هذه التنبؤات الخاصة بالمجالات معًا لدراسة التفاعلات بين المجالات على المستوى الثالث داخل البروتين. وأخيرًا، يتم نمذجة مساهمات السلاسل الجانبية باستخدام بروتوكول للبحث التوافقي مونت كارلو . [ 92 ]

في CASP8، تم تطوير برنامج Robetta لاستخدام طريقة Rosetta عالية الدقة لتحسين جميع الذرات، [ 93 ] وقد ذُكر غياب هذه الطريقة كسبب رئيسي لانخفاض دقة Robetta مقارنةً بشبكة Rosetta@home في CASP7. [ 33 ] وفي CASP11، أُضيفت طريقة GREMLIN للتنبؤ بخريطة تلامس البروتين من خلال التطور المشترك لبقايا الأحماض الأمينية في البروتينات ذات الصلة، مما أتاح تحقيق نجاحات أكبر في طي البروتينات من الصفر . [ 94 ]

خوادم روزيتا الأخرى

تتوفر خدمة Rosetta عبر الإنترنت من عدد من الخوادم العامة الأخرى. تقدم ROSIE مجموعة متنوعة من الوظائف بدءًا من التنبؤ ببنية الحمض النووي الريبي وتصميمه وصولًا إلى إرساء الليجاند ونمذجة الأجسام المضادة. [ 95 ]

فولد إت

في 9 مايو 2008، وبعد أن اقترح مستخدمو برنامج Rosetta@home نسخة تفاعلية من برنامج الحوسبة التطوعي ، أطلق مختبر بيكر رسميًا لعبة Foldit ، وهي لعبة إلكترونية للتنبؤ ببنية البروتين تعتمد على منصة Rosetta. [ 96 ] اعتبارًا من 25 سبتمبر 2008 كان لدى Foldit أكثر من 59,000 مستخدم مسجل. [ 97 ] تمنح اللعبة المستخدمين مجموعة من أدوات التحكم (مثل: الهز، والتحريك، وإعادة البناء) للتلاعب بالهيكل الأساسي وسلاسل الأحماض الأمينية الجانبية للبروتين المستهدف، وتحويلها إلى هيئات أكثر استقرارًا من الناحية الطاقية. يمكن للمستخدمين العمل على الحلول بشكل فردي أو جماعي ، ويحصلون على نقاط في كلتا الفئتين كلما حسّنوا توقعاتهم للبنية. [ 98 ]

يمكن لبرنامج Foldit أن يعمل كواجهة رسومية أمامية لبرنامج Rosetta في "وضع احترافي" مُخصص. [ 71 ]

روز تي تي إيه فولد

يستخدم برنامج RoseTTAFold، المستوحى من AlphaFold ، شبكة عصبية للتنبؤ بالمسافة والاتجاه بين الأحماض الأمينية. وتُستخدم هذه التنبؤات لتوجيه برنامج Rosetta في إنتاج بنية البروتين. برنامج RoseTTAFold مفتوح المصدر بموجب ترخيص MIT . [ 99 ]

فروع مختبرات غير تابعة لشركة بيكر

يقدم مختبر جياني يانغ في الصين نسخة معدلة من برنامج روزيتا تُسمى tr-RosettaX2 (روزيتا المقيدة بالتحويل). [ 100 ] تستخدم هذه النسخة طريقة تنبؤ بالتلامس تعتمد على التعلم العميق، وهي تختلف عن طريقة RoseTTAFold، لتوجيه خوارزمية الطي المعتادة في روزيتا. وقد طُورت trRosetta قبل RoseTTAFold. [ 101 ]

مقارنة بمشاريع الحوسبة التطوعية المماثلة

هناك العديد من المشاريع الحاسوبية التطوعية التي لها مجالات دراسة مشابهة لتلك الخاصة بمشروع Rosetta@home، ولكنها تختلف في نهجها البحثي:

الطي في المنزل

من بين جميع مشاريع الحوسبة التطوعية الرئيسية في أبحاث البروتينات، يُعدّ مشروع Folding@home الوحيد الذي لا يستخدم منصة BOINC . [ 102 ] [ 103 ] [ 104 ] يدرس كلٌّ من Rosetta@home وFolding@home أمراض طي البروتينات الخاطئ، مثل مرض الزهايمر ، لكنّ Folding@home يتميّز بتخصصه في مجالاتٍ أوسع. [ 105 ] [ 106 ] يستخدم Folding@home بشكلٍ شبه حصري نماذج ديناميكيات الجزيئات الذرية لفهم كيفية طي البروتينات (أو احتمالية طيها بشكلٍ خاطئ، وبالتالي تجمّعها مُسبّبةً الأمراض) وأسباب ذلك. [ 107 ] [ 108 ] بعبارةٍ أخرى، تكمن قوة Folding@home في نمذجة عملية طي البروتينات، بينما تكمن قوة Rosetta@home في تصميم البروتينات حاسوبيًا والتنبؤ ببنيتها وارتباطها.

تُستخدم بعض نتائج برنامج Rosetta@home كأساس لبعض مشاريع Folding@home. يوفر Rosetta البنية الأكثر ترجيحًا، لكن ليس من المؤكد ما إذا كان هذا هو الشكل الذي يتخذه الجزيء أو ما إذا كان قابلاً للتطبيق أم لا. يمكن استخدام Folding@home للتحقق من نتائج Rosetta@home، ويمكنه توفير معلومات إضافية على المستوى الذري، وتفاصيل حول كيفية تغير شكل الجزيء. [ 108 ] [ 109 ]

يختلف المشروعان اختلافًا كبيرًا أيضًا في قدرتهما الحاسوبية وتنوع الأجهزة المضيفة. فمع متوسط ​​قدرة يبلغ حوالي 6650 تيرا فلوبس من قاعدة مضيفة تتكون من وحدات المعالجة المركزية (CPUs) ووحدات معالجة الرسومات (GPUs) وأجهزة بلاي ستيشن 3 (PS3s ) سابقًا ، [ 110 ] يمتلك مشروع Folding@home قدرة حاسوبية تفوق قدرة مشروع Rosetta@home بحوالي 108 أضعاف. [ 111 ]

شبكة المجتمع العالمي

استخدمت كل من المرحلتين الأولى والثانية من مشروع طي البروتينوم البشري (HPF)، وهو مشروع فرعي من شبكة مجتمع العالم (World Community Grid )، برنامج Rosetta لإجراء تحليلات هيكلية ووظيفية لمختلف الجينومات . [ 112 ] [ 113 ] على الرغم من أنه يستخدمه الآن لإنشاء قواعد بيانات لعلماء الأحياء، إلا أن ريتشارد بونو ، كبير علماء مشروع طي البروتينوم البشري، كان نشطًا في التطوير الأصلي لبرنامج Rosetta في مختبر ديفيد بيكر أثناء حصوله على درجة الدكتوراه. [ 114 ] يمكن الاطلاع على مزيد من المعلومات حول العلاقة بين HPF1 وHPF2 وRosetta@home على موقع ريتشارد بونو الإلكتروني. [ 115 ]

Predictor@home

على غرار برنامج Rosetta@home، تخصص برنامج Predictor@home في التنبؤ ببنية البروتينات. [ 116 ] بينما يستخدم برنامج Rosetta@home برنامج Rosetta للتنبؤ بالبنية، استخدم برنامج Predictor@home منهجية dTASSER. [ 117 ] في عام 2009، توقف برنامج Predictor@home عن العمل.

تشمل مشاريع الحوسبة التطوعية الأخرى المتعلقة بالبروتين على منصة BOINC كلاً من QMC@home و Docking@home و POEM@home و SIMAP و TANPAKU . كما يعمل مشروع RALPH@home، وهو مشروع تجريبي أولي لمنصة Rosetta@home ، والذي يختبر إصدارات التطبيقات الجديدة ووحدات العمل والتحديثات قبل نقلها إلى Rosetta@home، على منصة BOINC أيضًا. [ 118 ]

مساهمات المتطوعين

يعتمد مشروع Rosetta@home على قوة الحوسبة التي يتبرع بها أعضاء المشروع الأفراد لأغراض البحث. اعتبارًا من 28 مارس 2020 كان حوالي 53000 مستخدم من 150 دولة أعضاء نشطين في Rosetta@home، حيث ساهموا مجتمعين بوقت معالجة غير مستخدم من حوالي 54800 جهاز كمبيوتر لتحقيق أداء متوسط ​​مشترك يزيد عن 1.7 بيتا فلوبس . [ 111 ] [ 119 ]

رسم بياني شريطي يوضح الرصيد التراكمي اليومي لبرنامج Rosetta@home على مدار 60 يومًا، مما يشير إلى قدرته الحاسوبية خلال تجربة CASP 8

يُمنح المستخدمون نقاط BOINC كمقياس لمساهمتهم. تُحسب النقاط الممنوحة لكل وحدة عمل بضرب عدد الشراك الخداعية المُنتجة لتلك الوحدة في متوسط ​​النقاط المُطالب بها للشراك الخداعية المُقدمة من جميع أجهزة الكمبيوتر المُضيفة لتلك الوحدة. صُمم هذا النظام المُخصص لمعالجة الفروقات الكبيرة بين النقاط الممنوحة للمستخدمين الذين يستخدمون عميل BOINC القياسي وعميل BOINC المُحسّن، وفروق النقاط بين المستخدمين الذين يُشغلون Rosetta@home على أنظمة تشغيل Windows و Linux . [ 120 ] يُعد مقدار النقاط الممنوحة لكل ثانية من عمل وحدة المعالجة المركزية أقل في Rosetta@home مقارنةً بمعظم مشاريع BOINC الأخرى. [ 121 ] يحتل Rosetta@home المرتبة الثالثة عشرة من بين أكثر من 40 مشروعًا من مشاريع BOINC من حيث إجمالي النقاط. [ 122 ]

يُشار إلى مستخدمي Rosetta@home الذين يتنبأون ببنية البروتينات المُقدمة لتجربة CASP في المنشورات العلمية المتعلقة بنتائجهم. [ 33 ] ويُعرض المستخدمون الذين يتنبأون بأقل بنية طاقة لوحدة عمل معينة على الصفحة الرئيسية لـ Rosetta@home كمتنبئ اليوم ، إلى جانب أي فريق ينتمون إليه. [ 123 ] ويتم اختيار مستخدم اليوم عشوائيًا كل يوم ليظهر على الصفحة الرئيسية أيضًا، من بين المستخدمين الذين أنشأوا ملفًا شخصيًا على Rosetta@home. [ 124 ]

مراجع

  1. ↑ "اتفاقية ترخيص Rosetta@home" . Boinc.bakerlab.org. مؤرشفة من الأصل بتاريخ 12 يونيو 2020. تم الاطلاع عليها بتاريخ 27 أكتوبر 2024 .
  2. ↑ "Rosetta@home" . مؤرشف من الأصل في 7 أغسطس 2024. تم الاطلاع عليه في 23 سبتمبر 2024 .
  3. ↑ "Rosetta@Home – إحصائيات مفصلة | BOINCstats/BAM!" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 11 فبراير 2019. تم الاطلاع عليه بتاريخ 20 أكتوبر 2018 .
  4. ↑ "Rosetta@home" . مؤرشف من الأصل في 14 مارس 2016. تم الاطلاع عليه في 24 مارس 2020 .
  5. ↑ "ما هو برنامج Rosetta@home؟" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  6. 1 2 لينسينك إم إف، مينديز آر، ووداك إس جيه (ديسمبر 2007). " الالتحام وتقييم معقدات البروتين: CAPRI الإصدار الثالث". البروتينات . 69 (4): 704-18 . doi : 10.1002/prot.21804 . PMID 17918726. S2CID 25383642 .  
  7. ↑ "Rosetta@home - حالة الخادم "تقدير تيرافلوبس"" . Rosetta@home . 28 مارس 2020. مؤرشف من الأصل في 3 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 28 مارس 2020. "
  8. ↑ "Rosetta@home تحشد جيشًا من الحواسيب لمواجهة فيروس كورونا" . HPCWire . 24 مارس 2020. مؤرشف من الأصل في 9 أبريل 2020. تم الاطلاع عليه في 25 مارس 2020 .
  9. ١ ٢ ٣ "مشاريع كوفيد-١٩ على منصتنا تتجه نحو التجارب السريرية على البشر! لقد لعب متطوعونا الرائعون عبر الإنترنت دورًا في تطوير لقاح جديد واعد، بالإضافة إلى علاجات مضادة للفيروسات مرشحة" . تويتر . ٢٥ يونيو ٢٠٢١. مؤرشف من الأصل في ٢٦ يونيو ٢٠٢١. تم الاسترجاع في ٢٦ يونيو ٢٠٢١ .
  10. ١ ٢ ٣ كاو إل، غورشنيك آي، كوفنتري بي، كيس جيه بي، ميلر إل، كوزودوي إل، وآخرون . (أكتوبر ٢٠٢٠). "تصميم جديد لمثبطات البروتين المصغر لفيروس سارس-كوف-٢ بتركيزات بيكومولية" . مجلة ساينس . ٣٧٠ (٦٥١٥): ٤٢٦-٤٣١ . Bibcode : 2020Sci...370..426C . doi : 10.1126/science.abd9909 . PMC 7857403. PMID 32907861 .   
  11. ↑ "آخر مستجدات فيروس كورونا من ديفيد بيكر. شكرًا لكم جميعًا على مساهماتكم!" . روزيتا@هوم . ٢١ سبتمبر ٢٠٢٠. مؤرشف من الأصل في ٣٠ أكتوبر ٢٠٢٠. تم الاطلاع عليه في ٢٣ سبتمبر ٢٠٢٠ .
  12. ١ ٢ ٣ "التقرير السنوي لمعهد تصميم البروتين لعام ٢٠٢١" (ملف PDF) . معهد تصميم البروتين . ١٤ يوليو ٢٠٢١. مؤرشف (ملف PDF) من النسخة الأصلية في ١٨ أغسطس ٢٠٢١. تم الاطلاع عليه في ١٨ أغسطس ٢٠٢١ .
  13. 1 2 "ANZCTR - التسجيل" . anzctr.org.au . مؤرشف من الأصل في 30 أكتوبر 2021. تم الاطلاع عليه في 9 يوليو 2021 .
  14. ١ ٢ «كوريا الجنوبية توافق على المرحلة الثالثة من التجارب السريرية للقاح كوفيد-19 من إنتاج شركة إس كيه بيوساينس» . رويترز . ١٠ أغسطس ٢٠٢١. مؤرشف من الأصل في ١٨ أغسطس ٢٠٢١. تم الاطلاع عليه في ١٨ أغسطس ٢٠٢١ .
  15. معهد تصميم البروتين (10 أغسطس 2021). " نسخة مؤرشفة" . تويتر . مؤرشف من الأصل في 18 أغسطس 2021. تم الاطلاع عليه في 18 أغسطس 2021 .{{cite web}}: CS1 maint: archived copy as title ( link )
  16. 1 2 Silva DA، Yu S، Ulge UY، Spangler JB، Jude KM، Labão-Almeida C، Ali LR، Quijano-Rubio A، Ruterbusch M، Leung I، Biary T، Crowley SJ، Marcos E، Walkey CD، Weitzner BD، Pardo-Avila F، Castellanos J، Carter L، Stewart L، Riddell SR، Pepper M، بيرنارديس جي جي، دوغان إم، جارسيا كيه سي، بيكر دي (يناير 2019). "تصميم جديد لتقليدات قوية وانتقائية لـ IL-2 و IL-15" . طبيعة . 565 (7738): 186– 191. بيب كود : 2019Natur.565..186S . doi : 10.1038/ s41586-018-0830-7 . PMC 6521699. PMID 30626941 .  
  17. ١ ٢ "شركة نيولوكين ثيرابيوتكس تعلن بدء المرحلة الأولى من التجارب السريرية لعقار NL-201 | نيولوكين ثيرابيوتكس، إنك" . investor.neoleukin.com . مؤرشف من الأصل بتاريخ ٢٤ يونيو ٢٠٢١. تم الاطلاع عليه بتاريخ ٢٢ يونيو ٢٠٢١ .
  18. ١ ٢ "منشور آخر في مجلة Nature يصف أول بروتينات مصممة حديثًا ذات نشاط مضاد للسرطان" . Rosetta@home . ١٤ يناير ٢٠٢٠. مؤرشف من الأصل في ١٩ أكتوبر ٢٠٢٠. تم الاطلاع عليه في ١٩ سبتمبر ٢٠٢٠ .
  19. 1 2 "تنزيل برنامج عميل BOINC" . BOINC . جامعة كاليفورنيا. 2008. مؤرشف من الأصل في 7 ديسمبر 2008. تم الاسترجاع في 1 ديسمبر 2008 .
  20. ↑ "Rosetta@home: متطلبات النظام الموصى بها" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2008. مؤرشف من الأصل في 25 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  21. 1 2 "Rosetta@home: أرشيف الأخبار" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2016. مؤرشف من الأصل في 16 يونيو 2016. تم الاطلاع عليه في 20 يوليو 2016 .
  22. ↑ "Rosetta@home: الأسئلة الشائعة (قيد التطوير) (الرسالة 10910)" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2006. مؤرشف من الأصل في 26 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  23. ↑ كيم دي إي (2005). "روزيتا@هوم: البذرة العشوائية (الرسالة 3155)" . منتديات روزيتا@هوم . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 26 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  24. ↑ "Rosetta@home: دليل سريع لبرنامج Rosetta ورسوماته" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2007. مؤرشف من الأصل في 24 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  25. ↑ بورن، بي. إي.، وهيلي، دبليو.، محرران. (2003). المعلوماتية الحيوية الهيكلية . هوبوكين، نيوجيرسي: وايلي-ليس. ISBN 978-0-471-20199-1. OCLC 50199108 . 
  26. ↑ "النمو السنوي لهياكل البروتينات" . بنك بيانات البروتينات RCSB. 2021. مؤرشف من الأصل في 1 مايو 2021. تم الاسترجاع في 1 مايو 2021 .
  27. ↑ بيكر د (2008). "Rosetta@home: مدونة ديفيد بيكر Rosetta@home (الرسالة 55893)" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 23 يونيو 2008. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  28. ^ سانتوس، ريتا. أورسو، أوليغ؛ غولتون، آنا؛ بينتو، أ. باتريشيا؛ دونادي، راميش س.؛ بولونيا، كريستيان ج. كارلسون، أنيلي؛ اللازيكاني، بيسان؛ هيرسي، آن؛ أوبريا، تيودور الأول؛ أوفرينغتون، جون ب. (2 ديسمبر 2016). "خريطة شاملة لأهداف الأدوية الجزيئية" . مراجعات الطبيعة لاكتشاف المخدرات . 16 (1): 19-34 . دوى : 10.1038/nrd.2016.230 . بمك 6314433 . بميد 27910877 .  
  29. 1 2 "Rosetta@home: نظرة عامة على البحث" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2007. مؤرشف من الأصل في 25 سبتمبر 2008. تم الاسترجاع في 7 أكتوبر 2008 .
  30. ↑ كوب جيه، بوردولي إل، باتي جيه إن، كيفر إف، شويدي تي (2007). "تقييم تنبؤات CASP7 لأهداف النمذجة القائمة على القوالب". البروتينات . 69 ( ملحق 8): 38-56 . doi : 10.1002/prot.21753 . PMID 17894352. S2CID 31575350 .  
  31. ↑ اقرأ RJ، تشافالي G (2007). " تقييم تنبؤات CASP7 في فئة النمذجة القائمة على القوالب عالية الدقة" . البروتينات . 69 (ملحق 8): 27-37 . doi : 10.1002/prot.21662 . PMID 17894351. S2CID 33172629 .  
  32. 1 2 Jauch R, Yeo HC, Kolatkar PR, Clarke ND (2007). "تقييم تنبؤات بنية CASP7 للأهداف الخالية من القوالب" . البروتينات . 69 ( ملحق 8): 57-67 . doi : 10.1002/prot.21771 . PMID 17894330. S2CID 38430899 .  
  33. 1 2 3 داس ر، تشيان ب، رامان س، وآخرون (2007). "التنبؤ ببنية أهداف CASP7 باستخدام تحسين شامل لجميع الذرات مع Rosetta@home". البروتينات . 69 ( ملحق 8): 118-28 . doi : 10.1002/prot.21636 . PMID 17894356. S2CID 17470364 .   
  34. 1 2 وانغ سي، شويلر-فورمان أو، أندريه آي، وآخرون (ديسمبر 2007). "RosettaDock في جولات CAPRI من 6 إلى 12". البروتينات . 69 (4): 758-63 . doi : 10.1002/prot.21684 . PMID 17671979. S2CID 9028237. أُجري قدر كبير من حسابات الالتحام لتوقعات الهدفين 27 و28 على Rosetta@Home ( www.boinc.bakerlab.org)، وهو مشروع حوسبة موزعة يُشغّل برنامج Rosetta على أجهزة الكمبيوتر الشخصية لمتطوعين من جميع أنحاء العالم باستخدام تقنية Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) (www.boinc.berkeley.edu).   
  35. جيانغ إل ، ألتوف إي إيه، كليمنتي إف آر، وآخرون (مارس 2008). "التصميم الحاسوبي الجديد لإنزيمات ريترو-ألدول" . مجلة ساينس . 319 (5868): 1387-1391 . Bibcode : 2008Sci...319.1387J . doi : 10.1126/science.1152692 . PMC 3431203. PMID 18323453 .   
  36. ↑ هايدن إي سي (13 فبراير 2008). "جائزة البروتين متاحة بعد التراجع". مجلة نيتشر . doi : 10.1038/news.2008.569 .
  37. ↑ "نسخة مؤرشفة" (PDF) . مؤرشفة من النسخة الأصلية (PDF) بتاريخ 9 أكتوبر 2024.{{cite web}}: CS1 maint: archived copy as title ( link )
  38. 1 2 "البحوث المتعلقة بالأمراض" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2008. مؤرشف من الأصل في 23 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .
  39. ↑ بيكر د (2008). "Rosetta@home: مدونة ديفيد بيكر Rosetta@home" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 25 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  40. ↑ "تحديثات بحثية حول Rosetta@home" . Boinc.bakerlab.org. مؤرشف من الأصل بتاريخ 19 أبريل 2014. تم الاطلاع عليه بتاريخ 18 أبريل 2014 .
  41. ↑ "أرشيف الأخبار" . Rosetta@home . مؤرشف من الأصل في 10 مايو 2019. تم الاطلاع عليه في 10 مايو 2019 .
  42. ↑ كولمان ب، بيكر د (سبتمبر 2000). "تسلسلات البروتين الأصلية قريبة من المثالية لبنيتها" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 97 (19): 10383-88 . Bibcode : 2000PNAS...9710383K . doi : 10.1073 / pnas.97.19.10383 . PMC 27033. PMID 10984534 .  
  43. ↑ تومسون إم جيه، سيفرز إس إيه، كارانيكولاس جيه، إيفانوفا إم آي، بيكر دي، أيزنبرغ دي (مارس 2006). " طريقة الملف ثلاثي الأبعاد لتحديد أجزاء البروتينات المُكوِّنة للألياف" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 103 (11): 4074-78 . Bibcode : 2006PNAS..103.4074T . doi : 10.1073/pnas.0511295103 . PMC 1449648. PMID 16537487 .  
  44. ↑ برادلي ب. "منتدى Rosetta@home: التنبؤ ببنية ألياف الأميلويد" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 26 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  45. ↑ بيكر د. "منتدى Rosetta@home: منشورات حول عمل R@H في مجال مرض الزهايمر؟ (الرسالة 54681)" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 26 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .
  46. ↑ وانغ سي، شويلر-فورمان أو، بيكر دي (مايو 2005). "تحسين نمذجة السلاسل الجانبية لالتحام البروتين-البروتين" . علم البروتين . 14 (5): 1328-39 . doi : 10.1110/ps.041222905 . PMC 2253276. PMID 15802647 .  
  47. ↑ غراي جيه جيه، موغون إس، وانغ سي، وآخرون (أغسطس 2003). "التحام البروتين-البروتين مع التحسين المتزامن لإزاحة الجسم الصلب وتكوينات السلسلة الجانبية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 331 (1): 281-299 . doi : 10.1016/S0022-2836(03)00670-3 . PMID 12875852 .  
  48. 1 2 شويلر-فورمان، أو.، وانغ، سي.، بيكر، دي. (أغسطس 2005). "التقدم في إرساء البروتين-بروتين: تنبؤات بدقة ذرية في تجربة CAPRI باستخدام RosettaDock مع معالجة محسّنة لمرونة السلسلة الجانبية". البروتينات . 60 ( 2): 187-194 . doi : 10.1002/prot.20556 . PMID 15981249. S2CID 17672050 .  
  49. ↑ لاسي دي بي، لين إتش سي، ميلنيك آر إيه، وآخرون (نوفمبر 2005). "نموذج لعامل السم القاتل للجمرة الخبيثة المرتبط بمستضد وقائي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 102 (45): 16409-16414 . Bibcode : 2005PNAS..10216409L . doi : 10.1073/pnas.0508259102 . PMC 1283467. PMID 16251269 .   
  50. ↑ ألبريشت إم تي، لي إتش، ويليامسون إي دي، وآخرون (نوفمبر 2007). "الأجسام المضادة وحيدة النسيلة البشرية ضد العامل المميت للجمرة الخبيثة والمستضد الواقي تعمل بشكل مستقل للحماية من عدوى عصية الجمرة الخبيثة وتعزيز المناعة الذاتية ضدها" . العدوى والمناعة . 75 (11): 5425-33 . doi : 10.1128/IAI.00261-07 . PMC 2168292. PMID 17646360 .   
  51. ↑ سبراغ إي آر، وانغ سي، بيكر دي، بيوركمان بي جيه (يونيو 2006). "البنية البلورية لمستقبل Fc لفيروس الهربس البسيط من النوع الأول المرتبط بـ Fc تكشف آلية للربط ثنائي القطب للأجسام المضادة" . مجلة PLOS Biology . 4 (6) e148. doi : 10.1371/journal.pbio.0040148 . PMC 1450327. PMID 16646632 .  
  52. ↑ بولسون، توم (19 يوليو/تموز 2006). "مؤسسة غيتس تمنح 287 مليون دولار لأبحاث لقاح فيروس نقص المناعة البشرية" . صحيفة سياتل بوست إنتليجنسر . مؤرشف من الأصل في 5 سبتمبر/أيلول 2022. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر/أيلول 2008 . 
  53. ↑ ليو واي وآخرون (2007). "تطوير هياكل IgG1 b12 ومولدات مناعية من النطاق الخارجي لفيروس نقص المناعة البشرية من النوع الأول قادرة على استحثاث وكشف الأجسام المضادة الشبيهة بـ IgG1 b12" (ملف PDF) . المؤسسة العالمية للقاحات فيروس نقص المناعة البشرية. مؤرشف من الأصل (ملف PDF) في 25 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 28 سبتمبر 2008 . 
  54. ↑Baker D. "David Baker's Rosetta@home journal archives (message 40756)". Rosetta@home forums. University of Washington. Archived from the original on February 26, 2009. Retrieved September 7, 2008.
  55. ↑"Homing Endonuclease Genes: New Tools for Mosquito Population Engineering and Control". Grand Challenges in Global Health. Archived from the original on July 6, 2008. Retrieved September 7, 2008.
  56. ↑Windbichler N, Papathanos PA, Catteruccia F, Ranson H, Burt A, Crisanti A (2007). "Homing endonuclease mediated gene targeting in Anopheles gambiae cells and embryos". Nucleic Acids Research. 35 (17): 5922–33. doi:10.1093/nar/gkm632. PMC 2034484. PMID 17726053.
  57. ↑Ashworth J, Havranek JJ, Duarte CM, et al. (June 2006). "Computational redesign of endonuclease DNA binding and cleavage specificity". Nature. 441 (7093): 656–59. Bibcode:2006Natur.441..656A. doi:10.1038/nature04818. PMC 2999987. PMID 16738662.
  58. ↑"Rosetta's role in fighting coronavirus – Institute for Protein Design". February 21, 2020. Archived from the original on December 24, 2021. Retrieved March 6, 2020.
  59. ↑"Coronavirus Research Update". Rosetta@home Official Twitter. June 26, 2020. Archived from the original on June 26, 2020. Retrieved June 27, 2020.
  60. ↑Case JB, Chen RE, Cao L, Ying B, Winkler ES, Johnson M, et al. (July 2021). "Ultrapotent miniproteins targeting the SARS-CoV-2 receptor-binding domain protect against infection and disease". Cell Host & Microbe. 29 (7): 1151–1161.e5. doi:10.1016/j.chom.2021.06.008. PMC 8221914. PMID 34192518.
  61. ↑ هانت إيه سي، كيس جيه بي، بارك واي جيه، كاو إل، وو كيه، وولز إيه سي، وآخرون (2022). "بروتينات مصممة متعددة التكافؤ تُعادل متحورات فيروس سارس-كوف-2 المثيرة للقلق وتوفر الحماية ضد العدوى في الفئران" . مجلة ساينس ترانسليشنال ميديسين . 14 (646) eabn1252. bioRxiv 10.1101/2021.07.07.451375 . doi : 10.1126/scitranslmed.abn1252 . PMC 9258422. PMID 35412328 .    
  62. ↑ «خبرٌ هام من @UWproteindesign: علاجٌ جديدٌ مُرشّحٌ لـ #COVID19! ما زلنا بحاجةٍ إلى المزيد من الاختبارات المعملية. شكرًا لجميع المتطوعين الذين ساهموا في تحليل البيانات لهذا المشروع!» . حساب Rosetta@home على تويتر . 9 سبتمبر 2020. مؤرشف من الأصل في 9 سبتمبر 2020. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2020 .
  63. ↑ "جزيئات صغيرة مُصممة حديثًا تستهدف بروتين سبايك لفيروس سارس-كوف-2" . مختبر بيكر . 9 سبتمبر 2020. مؤرشف من الأصل في 30 سبتمبر 2020. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2020 .
  64. ↑ Walls AC, Fiala B, Schäfer A, Wrenn S, Pham MN, Murphy M, et al. (نوفمبر 2020). "تحفيز استجابات الأجسام المضادة المُعادلة القوية بواسطة لقاحات جسيمات البروتين النانوية المصممة لفيروس SARS-CoV-2" . Cell . 183 (5): 1367–1382.e17. doi : 10.1016/ j.cell.2020.10.043 . PMC 7604136. PMID 33160446 .   
  65. ↑ هاتسون م (18 سبتمبر 2020). "العلماء يحرزون تقدماً في أحد أهم أهداف التكنولوجيا" . مجلة نيويوركر . مؤرشف من الأصل في 18 سبتمبر 2020. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2020 .
  66. ↑ أعلنت شركة نيولوكين ثيرابيوتكس عن تقديم طلب ترخيص دواء تجريبي جديد لمرشح العلاج المناعي البروتيني NL-201 لعلاج السرطان . نيولوكين ثيرابيوتكس . 10 ديسمبر 2020. مؤرشف من الأصل في 10 ديسمبر 2020. تم الاطلاع عليه في 10 ديسمبر 2020 .
  67. 1 2 سيمونز كيه تي، بونو آر، روتشنسكي آي، بيكر دي (1999). "التنبؤ ببنية البروتين من الصفر لأهداف CASP III باستخدام Rosetta". البروتينات . ملحق 3 (S3): 171-176 . doi : 10.1002/(SICI)1097-0134(1999)37:3+ < 171::AID-PROT21 > 3.0.CO ; 2-Z . PMID 10526365. S2CID 5774447 .  
  68. ↑ "ملاحظات الإصدار" . روزيتا كومنز . مؤرشف من الأصل في 21 أغسطس 2023. تم الاطلاع عليه في 21 أغسطس 2023 .
  69. ↑ "البدء" . www.rosettacommons.org . مؤرشف من الأصل في 21 أغسطس 2023. تم الاطلاع عليه في 21 أغسطس 2023. لا نوزع الملفات التنفيذية/الثنائية لمعظم الأغراض، بل نوزع شفرة المصدر .
  70. ↑ "روزيتا: حزمة برامج لنمذجة الجزيئات" . مركز الابتكار التعاوني UW CoMotion. مؤرشف من الأصل في 12 يونيو 2020. تم الاطلاع عليه في 12 يونيو 2020 .
  71. 1 2 "طرق الاستخدام" . روزيتا كومنز . 14 يوليو 2023. مؤرشف من الأصل في 18 أغسطس 2023. تم الاسترجاع في 18 أغسطس 2023 .
  72. 1 2 "Rosetta Commons" . RosettaCommons.org. 2008. مؤرشف من الأصل في 15 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 أكتوبر 2008 .
  73. ↑ "مقابلة مع ديفيد بيكر" . فريق بيكارد للحوسبة الموزعة. 2006. مؤرشف من الأصل في 18 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 23 ديسمبر 2008 .
  74. ↑ كيم دي إي (2008). "روزيتا@هوم: مشاكل مع مينيروزيتا الإصدار 1.+ (الرسالة 51199)" . منتديات روزيتا@هوم . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 26 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  75. ↑ ناولي إس، كولمان بي، بيكر دي (يوليو 2001). "إعادة تصميم مسار طي البروتين باستخدام الحاسوب". مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية . 8 (7): 602-605 . doi : 10.1038/89638 . PMID 11427890. S2CID 18542707 .  
  76. ↑ كولمان ب، دانتاس ج، إيريتون ج.س، فاراني ج، ستودارد ب.ل، بيكر د (نوفمبر 2003). "تصميم طية بروتينية كروية جديدة بدقة على المستوى الذري". مجلة ساينس . 302 (5649): 1364-1368 . رمز Bibcode : 2003Sci...302.1364K . doi : 10.1126/science.1089427 . PMID 14631033. S2CID 1939390 .  
  77. ↑ جونز ، د. ت. (نوفمبر 2003). "علم الأحياء البنيوي: تعلم لغة البروتينات". مجلة ساينس . 302 (5649): 1347-1348 . doi : 10.1126/science.1092492 . PMID 14631028. S2CID 83109899 .  
  78. ↑ فون غروثوس م، ويرويتش ل س، باس ج، ريتشليفسكي ل (يونيو 2004). "التنبؤ بدقة ببنية البروتينات". مجلة ساينس . 304 (5677): 1597-1599 ، رد المؤلف 1597-1599. doi : 10.1126/science.304.5677.1597b . PMID 15192202. S2CID 29787060 .  
  79. ↑ "مقالات تستشهد بـ: كولمان وآخرون (2003) 'تصميم طية بروتين كروية جديدة بدقة على المستوى الذري'"" . ISI Web of Science . تم الاسترجاع في 10 يوليو 2008 .
  80. ↑ "جزيء شهر أكتوبر 2005: البروتينات المصممة" . بنك بيانات البروتين RCSB. مؤرشف من الأصل في 28 سبتمبر 2008. تم الاسترجاع في 7 سبتمبر 2008 .
  81. ↑ "الصفحة الرئيسية لمختبر كولمان" . مختبر كولمان . جامعة نورث كارولينا. مؤرشف من الأصل في 10 أكتوبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  82. ↑ "خادم ويب RosettaDesign" . مختبر كولمان . جامعة نورث كارولينا. مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  83. 1 2 غراي جيه جيه، موغون إس إي، كورتيمي تي، وآخرون (يوليو 2003). "توقعات الالتحام بين البروتينات لتجربة CAPRI". البروتينات . 52 ( 1): 118-22 . CiteSeerX 10.1.1.80.9354 . doi : 10.1002/prot.10384 . PMID 12784377. S2CID 1186127 .    
  84. ↑ ديلي إم دي، ماسيكا دي، سيفاسوبرامانيان إيه، سوماروثو إس، غراي جيه جيه (2005). "جولات CAPRI من 3 إلى 5 تكشف عن نجاحات واعدة وتحديات مستقبلية لـ RosettaDock" . بروتينات . 60 ( 2): 181-186 . CiteSeerX 10.1.1.521.9981 . doi : 10.1002/prot.20555 . PMID 15981262. S2CID 21137936 .   {{cite journal}}: CS1 maint: deprecated archiveal service ( link )
  85. ↑ مينديز ر، ليبلاي ر، لينسينك إم إف، ووداك إس جيه (2005). "تقييم تنبؤات CAPRI في الجولات 3-5 يُظهر تقدمًا في إجراءات الالتحام" . البروتينات . 60 ( 2): 150-169 . doi : 10.1002/prot.20551 . PMID 15981261. S2CID 24626361 .  {{cite journal}}: CS1 maint: deprecated archiveal service ( link )
  86. ↑ "خادم RosettaDock" . Rosetta Commons . مؤرشف من الأصل في 27 مارس 2020. تم الاطلاع عليه في 28 مارس 2020 .
  87. ↑ "التحام البروتين-البروتين في Rosetta@home" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 23 يونيو 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  88. ١ ٢ "روبيتا" . robitta.bakerlab.org . تُوفّر موارد الحوسبة من قِبل مختبر بيكر، وحرم جانيليا للأبحاث التابع لمعهد هوارد هيوز الطبي، ومن قِبل متطوعين من مشروع الحوسبة الموزعة Rosetta@home. يمكنك دعم هذه الخدمة بالانضمام إلى Rosetta@home.
  89. ↑ ألوي ب، ستارك أ، هادلي س، راسل ر.ب (2003). "تنبؤات بدون قوالب: طيات جديدة، وبنية ثانوية، وروابط في CASP5". البروتينات . 53 ( ملحق 6): 436-456 . doi : 10.1002/prot.10546 . PMID 14579333. S2CID 22274928 .  
  90. ↑ تريس م، إزكورديا إ، غرانيا أ، لوبيز ج، فالنسيا أ (2005). "تقييم التنبؤات المقدمة لفئة النمذجة المقارنة في CASP6". البروتينات . 61 ( ملحق 7): 27-45 . doi : 10.1002/prot.20720 . PMID 16187345. S2CID 24617067 .  
  91. ↑ باتي جيه إن، كوب جيه، بوردولي إل، ريد آر جيه، كلارك إن دي، شويدي تي (2007). "التنبؤات الآلية للخادم في CASP7" . البروتينات . 69 ( ملحق 8): 68-82 . doi : 10.1002/prot.21761 . PMID 17894354. S2CID 29879391 .  
  92. ↑ تشيفيان د، كيم دي إي، مالمستروم إل، شونبرون جيه، روهل سي إيه، بيكر دي (2005). "التنبؤ ببنية CASP6 باستخدام بروتوكولات روبيتا الآلية". البروتينات . 61 ( ملحق 7): 157-166 . doi : 10.1002/prot.20733 . PMID 16187358. S2CID 8122486 .  
  93. ↑ بيكر د. "مذكرات ديفيد بيكر على منصة Rosetta@home، الرسالة رقم 52902" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشفة من الأصل في 23 يونيو 2008. تم الاطلاع عليها في 7 سبتمبر 2008 .
  94. ↑ أوفشينيكوف إس، كيم دي إي، وانغ آر واي، ليو واي، ديمايو إف، بيكر دي (سبتمبر 2016). "تحسين التنبؤ بالبنية الجديدة في CASP11 من خلال دمج معلومات التطور المشترك في Rosetta" . البروتينات . 84 ( ملحق 1): 67-75 . doi : 10.1002/prot.24974 . PMC 5490371. PMID 26677056 .  
  95. ↑ "الخوادم" . روزيتا كومنز . ١٤ يوليو ٢٠٢٣. مؤرشف من الأصل في ٦ مايو ٢٠١٩. تم الاسترجاع في ٦ مايو ٢٠١٩ .
  96. ↑ بيكر د. "مذكرات ديفيد بيكر على منصة Rosetta@home (الرسالة رقم 52963)" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 23 يونيو 2008. تم الاطلاع عليه في 16 سبتمبر 2008 .
  97. ↑ "منتديات Foldit: كم عدد مستخدمي Foldit؟ إلخ. (الرسالة 2)" . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 22 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 27 سبتمبر 2008 .
  98. ↑ "Foldit: الأسئلة الشائعة" . fold.it. جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 14 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2008 .
  99. ^ بايك، مينكيونغ؛ ديمايو، فرانك؛ أنيششينكو، إيفان؛ دوباراس، جوستاس؛ أوفتشينيكوف، سيرجي؛ لي، جيو ري؛ وانغ جوي. كونغ، تشيان. كينش ، ليزا ن. شيفر، ر. داستن؛ ميلان، كلوديا؛ بارك، هانبيوم؛ آدامز، كارسون. جلاسمان، كاليب ر. ديجيوفاني، آندي؛ بيريرا، خوسيه ه. رودريغز، أندريا V؛ فان ديك، ألبردينا أ؛ إبريشت، آنا سي؛ أوبرمان، ديدريك ج.؛ ساجميستر، ثيو؛ بوهللر، كريستوف. بافكوف كيلر، الشاي؛ راثيناسوامي، مانوج ك.؛ دلوادي، أوديت؛ ييب، كالفن ك. بيرك، جون E.؛ جارسيا، ك. كريستوفر؛ جريشين، نيك V؛ آدامز، بول د.؛ ريد، راندي ج.؛ بيكر، ديفيد (20 أغسطس 2021). "التنبؤ الدقيق ببنية البروتينات وتفاعلاتها باستخدام شبكة عصبية ثلاثية المسارات" . مجلة ساينس . 373 (6557): 871-876 . Bibcode : 2021Sci...373..871B . doi : 10.1126/science.abj8754 . PMC 7612213. PMID 34282049 .  
  100. ↑ بنغ، ز؛ وانغ، و؛ هان، ر؛ تشانغ، ف؛ يانغ، ج (ديسمبر 2022). "التنبؤ ببنية البروتين في عصر التعلم العميق". الرأي الحالي في علم الأحياء الهيكلي . 77 102495. doi : 10.1016/j.sbi.2022.102495 . PMID 36371845. S2CID 253470306 .  
  101. ^ دو، زونغيانغ؛ سو، هونغ؛ وانغ، وينكاي؛ نعم ليشا. وي، هونغ؛ بنغ، تشنلينغ. أنيششينكو، إيفان؛ بيكر، ديفيد؛ يانغ ، جياني (ديسمبر 2021). "خادم trRosetta للتنبؤ السريع والدقيق ببنية البروتين" . بروتوكولات الطبيعة . 16 (12): 5634-5651 . دوى : 10.1038 / s41596-021-00628-9 . بميد 34759384 . S2CID 243987300 .  
  102. ↑ "قائمة المشاريع – BOINC" . جامعة كاليفورنيا. مؤرشف من الأصل في 8 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 8 سبتمبر 2008 .
  103. ↑ مجموعة باندي (2010). "أسئلة وأجوبة حول الأداء العالي" . جامعة ستانفورد . مؤرشف من الأصل (أسئلة وأجوبة) في 19 أغسطس 2012. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2011 .
  104. ↑ 7im (2 أبريل 2010). "ردًا على: إجابات على: أسباب عدم استخدام F@H" . مؤرشف من الأصل في 24 أغسطس 2021. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2011 .{{cite web}}: صيانة CS1: الأسماء الرقمية: قائمة المؤلفين ( رابط )
  105. ↑ فيجاي باندي (5 أغسطس 2011). "تحديث صفحة النتائج - نشر نتيجة رئيسية جديدة في بحثنا حول مرض الزهايمر" . مؤرشف من الأصل في 15 سبتمبر 2011. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2011 .
  106. ↑ مجموعة باندي. "أسئلة وأجوبة حول الأمراض التي دُرست في برنامج Folding@home" . جامعة ستانفورد . مؤرشف من الأصل (الأسئلة والأجوبة) في 11 أكتوبر 2007. تم الاطلاع عليه في 12 سبتمبر 2011 .
  107. ↑ فيجاي باندي (26 سبتمبر 2007). "كيف يعمل FAH: الديناميكا الجزيئية" . مؤرشف من الأصل في 26 سبتمبر 2011. تم الاطلاع عليه في 10 سبتمبر 2011 .
  108. 1 2 tjlane (9 يونيو 2011). "ردًا على: طي البروتين الخشن في أقل من 10 دقائق" . مؤرشف من الأصل في 11 نوفمبر 2012. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2011 .
  109. ↑ jmn (29 يوليو 2011). "Rosetta@home وFolding@home: مشاريع إضافية" . مؤرشف من الأصل في 23 سبتمبر 2011. تم الاطلاع عليه في 19 سبتمبر 2011 .
  110. ↑ مجموعة باندي. "إحصائيات العملاء حسب نظام التشغيل" . جامعة ستانفورد. مؤرشف من الأصل في 13 مايو 2013. تم الاطلاع عليه في 18 أكتوبر 2011 .
  111. 1 2 "Rosetta@home: نظرة عامة على الائتمان" . boincstats.com. مؤرشف من الأصل في 21 أبريل 2020. تم الاطلاع عليه في 28 مارس 2020 .
  112. ↑ مالمستروم إل، ريفل إم، شتراوس سي إي، وآخرون (أبريل 2007). "تحديد العائلات الفائقة لبروتينات الخميرة من خلال دمج التنبؤ بالبنية مع علم وظائف الجينات" . مجلة PLOS Biology . 5 (4) e76. doi : 10.1371/journal.pbio.0050076 . PMC 1828141. PMID 17373854 .   
  113. ↑ بونو ر (2006). "منشورات لوحة رسائل شبكة المجتمع العالمي: الانتقال من HPF إلى HPF2" . مختبر بونو، جامعة نيويورك. مؤرشف من الأصل في 29 أغسطس 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  114. ↑ "قائمة منشورات ريتشارد بونو" . مختبر بونو، جامعة نيويورك. مؤرشف من الأصل في 7 يوليو 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  115. ↑ بونو ر. "منشورات لوحة رسائل شبكة المجتمع العالمي" . مختبر بونو، جامعة نيويورك. مؤرشف من الأصل في 4 يوليو 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  116. ↑ "Predictor@home: تطوير مجالات تطبيق جديدة لـ P@H" . مجموعة بروكس للأبحاث. مؤرشف من الأصل في 28 نوفمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  117. ↑ كاريلو-تريب م (2007). "dTASSER" . معهد سكريبس للأبحاث. مؤرشف من الأصل في 6 يوليو 2007. تم الاسترجاع في 7 سبتمبر 2008 .
  118. ↑ موقع "رالف@هوم" . منتديات رالف@هوم . جامعة واشنطن. مؤرشف من الأصل في 13 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 7 سبتمبر 2008 .
  119. ↑ "Rosetta@home" . مؤرشف من الأصل في 3 يناير 2016. تم الاطلاع عليه في 19 مارس 2020 .
  120. ↑ "Rosetta@home: شرح نظام الائتمان الجديد" . منتديات Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2006. مؤرشف من الأصل في 2 فبراير 2009. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .
  121. ↑ "BOINCstats: مقارنة رصيد المشروع" . boincstats.com. 2008. مؤرشف من الأصل في 13 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .
  122. ↑ "توزيع الائتمان على المشاريع" . boincstats.com. مؤرشف من الأصل في 20 فبراير 2015. تم الاطلاع عليه في 19 فبراير 2015 .
  123. ↑ "Rosetta@home: أرشيف متنبئ اليوم" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2008. مؤرشف من الأصل في 24 سبتمبر 2008. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .
  124. ↑ "Rosetta@home: طي البروتين، تصميمه، وربطه" . Rosetta@home . جامعة واشنطن. 2008. مؤرشف من الأصل في 28 فبراير 2011. تم الاطلاع عليه في 8 أكتوبر 2008 .

خدمات روزيتا عبر الإنترنت