خوارزمية STRIDE

في مجال بنية البروتين ، تُعدّ خوارزمية STRIDE ( تحديد البنية ) أداةً لتحديد عناصر البنية الثانوية للبروتين ، وذلك بمعرفة الإحداثيات الذرية للبروتين، كما هو مُحدد بواسطة علم البلورات بالأشعة السينية ، أو الرنين المغناطيسي النووي للبروتين ، أو أي طريقة أخرى لتحديد بنية البروتين. بالإضافة إلى معايير الرابطة الهيدروجينية المستخدمة في خوارزمية DSSP الأكثر شيوعًا ، تتضمن معايير STRIDE أيضًا كمونات الزاوية ثنائية السطوح . ولذلك، فإن معاييرها لتحديد البنى الثانوية الفردية أكثر تعقيدًا من معايير DSSP. تحتوي دالة طاقة STRIDE على حدٍّ للرابطة الهيدروجينية يتضمن كمونًا يعتمد على المسافة من نوع 8-6، شبيهًا بكون لينارد-جونز، وعاملين يعتمدان على الزاوية، مما يعكس استواء هندسة الرابطة الهيدروجينية المُحسَّنة. كما تتضمن معايير عناصر البنية الثانوية الفردية، المُقسَّمة إلى نفس المجموعات التي تُبلغ عنها DSSP، عوامل احتمالية إحصائية مُستمدة من دراسات تجريبية لبنى محلولة ذات عناصر بنية ثانوية مُحددة بصريًا، مُستخرجة من بنك بيانات البروتين .

على الرغم من أن طريقة DSSP هي الأقدم ولا تزال الأكثر استخدامًا، فقد أشار تعريف STRIDE الأصلي إلى أنها تُعطي تحديدًا هيكليًا أكثر دقة في 70% على الأقل من الحالات. وقد لوحظ على وجه الخصوص أن STRIDE تُصحح ميل DSSP إلى تحديد هياكل ثانوية أقصر مما قد يُحدده خبير في علم البلورات، ويعود ذلك عادةً إلى الاختلافات الموضعية الطفيفة في البنية، والتي تكون أكثر شيوعًا بالقرب من نهايات عناصر البنية الثانوية. ^{[ 1 ]} وباستخدام طريقة النافذة المنزلقة لتنعيم الاختلافات في تحديد بقايا الأحماض الأمينية الطرفية المفردة، تشير التقارير إلى أن التطبيقات الحالية لـ STRIDE وDSSP تتفق في ما يصل إلى 95.4% من الحالات. ^{[ 2 ]} ويُعتقد أن كلاً من STRIDE وDSSP، من بين طرق أخرى شائعة لتحديد البنية الثانوية، تُقلل من تقدير حلزونات باي . ^{[ 3 ]}

• DSSP

• STRIDE - يتضمن واجهة ويب، ونسخة مطبوعة من ورقة STRIDE الأصلية، ووثائق البرنامج
• ورقة بحثية حول التنفيذ الأصلي لخادم الويب