برنامج عرض سيريوس

سيريوس هو نظام لنمذجة وتحليل الجزيئات، طُوّر في مركز سان دييغو للحوسبة الفائقة . صُمم سيريوس لتلبية متطلبات المستخدمين المتقدمة التي تتجاوز مجرد عرض الجزيئات الصغيرة والبروتينات . يدعم سيريوس رسومات ثلاثية الأبعاد تفاعلية عالية الجودة ، وبناء الهياكل، وعرض التسلسلات الأولية للبروتينات أو الحمض النووي ، والوصول إلى مصادر البيانات البعيدة، وتصوير مسارات ديناميكيات الجزيئات . يمكن استخدامه في التصور والتحليل العلمي ، وفي تدريس الكيمياء والأحياء .

لم يعد هذا البرنامج مدعوماً اعتباراً من عام 2011.

يدعم Sirius مجموعة متنوعة من التطبيقات مع مجموعة من الميزات، بما في ذلك:

• بناء وتعديل الهياكل الكيميائية باستخدام مكتبة من الأجزاء
• محاذاة بنية البروتين وتسلسله
• دعم مترجم سطر الأوامر وكتابة البرامج النصية متوافق تمامًا مع برامج RasMol النصية الحالية
• دعم كامل لتصور مسار الديناميكا الجزيئية
• البحث باستخدام BLAST مباشرة في قواعد بيانات Protein Data Bank و Uniprot
• القدرة على نقل أجزاء من البيانات المحملة مع تجميد الباقي
• حساب تفاعلي للروابط الهيدروجينية ، والتداخلات الفراغية، ومخططات راماشاندران
• دعم جميع تنسيقات البنية والتسلسل الرئيسية
• برنامج POV-Ray المدمج لإنشاء صور واقعية للغاية
• التحديد والتلوين المتكاملان عبر مكونات العرض المرئي الفردية

يعتمد برنامج Sirius على كود الرسومات الجزيئية وهياكل البيانات التي تم تطويرها كجزء من مجموعة أدوات البيولوجيا الجزيئية. ^{[ 1 ]}

يتميز برنامج Sirius بمفسر أوامر سطرية يُمكن استخدامه لمعالجة مظهر واتجاه البنية بسرعة. صُممت مجموعة الأوامر على غرار RasMol ، لذا فهي متوافقة تمامًا مع البرامج النصية الموجودة. توفر الأوامر المُضافة في Sirius دعمًا لمعالجة هياكل متعددة يتم تحميلها في الوقت نفسه، وتتيح اختيارًا أكثر مرونة.

يمكن استيراد نصوص RasMol الموجودة وتشغيلها داخل Sirius لإنتاج تمثيلات عالية الجودة للمشاهد الجزيئية المشفرة. ولأن RasMol يستخدم نظام إحداثيات مختلفًا عن نظام Sirius، يتم إجراء تحويل داخلي عند استيراد نصوص RasMol، بحيث تظهر أي تغييرات في الاتجاه بشكل صحيح. مع ذلك، تُنفذ أي أوامر مُدخلة يدويًا وفقًا لنظام إحداثيات Sirius. ^{[ 2 ]}

يدعم برنامج Sirius العديد من مجموعات بقايا الذرات وأنظمة الألوان المحددة مسبقًا، ويتيح تحرير البرامج النصية باستخدام واجهة لوحة الأوامر، ويمكن استخدام عوامل التشغيل المنطقية والأقواس لإنشاء أوامر تحديد معقدة.

يحتوي برنامج Sirius على مكون متكامل لعرض ديناميكيات الجزيئات. بإمكانه قراءة ملفات الإخراج من محاكاة AMBER و CHARMM ، بما في ذلك الملفات المضغوطة وملفات AMBER الأصلية. يمكن حساب تغيرات RMSD على طول المسار باستخدام مجموعات فرعية من الذرات يحددها المستخدم، وعرضها في رسم بياني يتم تحديثه تفاعليًا. ولتقليل متطلبات الذاكرة، يمكن تحميل عمليات المحاكاة الكبيرة متعددة الملفات في وضع التخزين المؤقت. إذا تضمنت المحاكاة تغييرات في طي البروتين ، يمكن ضبط Sirius لتتبع وإعادة حساب ميزات البنية الثانوية المعروضة في الوقت الفعلي، مما يوفر طريقة ملائمة لمراقبة تحولات البنية. يمكن تصدير المسار الكامل أو إطارات محددة كفيديو QuickTime أو مجموعة من لقطات مشهد POV-Ray التي يمكن تحويلها لاحقًا إلى فيلم عالي الجودة.

يُوزَّع برنامج Sirius مجانًا من موقع المشروع الإلكتروني للأفراد المنتسبين إلى المؤسسات الأكاديمية وغير الربحية. ^{[ 3 ]} تتوفر برامج تثبيت تطبيقات سطح المكتب الأصلية لأنظمة Windows و Linux و macOS .

• مقارنة بين برامج نمذجة الميكانيكا الجزيئية
• قائمة أنظمة الرسومات الجزيئية
• محرر الجزيئات
• النمذجة الجزيئية
• الرسومات الجزيئية
• الديناميكا الجزيئية

• أرشيف الإنترنت للموقع الرسمي
• مجموعة أدوات البيولوجيا الجزيئية
• مركز سان دييغو للحوسبة الفائقة
• جامعة كاليفورنيا سان دييغو