الحمض النووي للورم المتداول

📅 آخر تحديث: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة
يوجد الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) في مصل الدم وبلازما الدم . آلية إطلاق ctDNA غير معروفة، على الرغم من افتراضاتٍ منها موت الخلايا المبرمج ، والنخر ، والإفراز النشط من الخلايا الورمية. بمجرد عزل ctDNA، يمكن تسلسله لتحليل الطفرات.

الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) هو حمض نووي مجزأ مشتق من الورم موجود في مجرى الدم وغير مرتبط بالخلايا. يجب عدم الخلط بين ctDNA والحمض النووي الخالي من الخلايا ( cfDNA )، وهو مصطلح أوسع يصف الحمض النووي المتداول بحرية في مجرى الدم، ولكنه ليس بالضرورة من أصل ورمي. ولأن ctDNA قد يعكس جينوم الورم بأكمله ، فقد اكتسب أهمية متزايدة لفائدته السريرية المحتملة؛ إذ يمكن أخذ " خزعات سائلة " على شكل عينات دم في أوقات مختلفة لمراقبة تطور الورم طوال فترة العلاج. [ 1 ] [ 2 ]

أرست الدراسات الحديثة الأساس لاستنتاج التعبير الجيني من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) والحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA)، مع بروز تقنية EPIC-seq كتقدم ملحوظ. [ 3 ] وقد رفعت هذه الطريقة بشكل كبير مستوى الاستنتاج غير الجراحي لمستويات التعبير عن الجينات الفردية، مما عزز من إمكانية تطبيق التحليل في توصيف الأمراض، والتصنيف النسيجي، ومراقبة فعالية العلاج. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]

ينشأ الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) مباشرةً من الورم أو من الخلايا السرطانية المنتشرة (CTCs)، [ 6 ] وهي خلايا ورمية سليمة قابلة للحياة تنفصل عن الأورام الأولية وتدخل مجرى الدم أو الجهاز اللمفاوي . ولا تزال الآلية الدقيقة لإطلاق الحمض النووي الورمي المتداول غير واضحة. وتشمل العمليات البيولوجية المفترضة التي تُسهم في إطلاقه موت الخلايا المبرمج ( الاستماتة) والنخر من الخلايا الميتة، أو الإطلاق النشط من الخلايا الورمية الحية. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] وتُظهر الدراسات التي أُجريت على البشر (أصحاء ومرضى السرطان) [ 12 ] والفئران المزروعة بأورام غريبة [ 13 ] أن حجم الحمض النووي الخالي من الخلايا المجزأ (cfDNA) يبلغ في الغالب 166 زوجًا قاعديًا، وهو ما يُعادل طول الحمض النووي الملتف حول النيوكليوسوم بالإضافة إلى رابط. وقد يُشير هذا التجزؤ إلى تجزؤ الحمض النووي الناتج عن الاستماتة ، مما يُوحي بأن الاستماتة قد تكون الطريقة الأساسية لإطلاق الحمض النووي الورمي المتداول. يتغير تفتت الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) في بلازما مرضى السرطان. [ 14 ] [ 15 ] في الأنسجة السليمة، تتولى الخلايا البلعمية المتسللة مسؤولية إزالة الحطام الخلوي الميت أو النخري، والذي يشمل الحمض النووي الخالي من الخلايا. [ 16 ] يوجد الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) بمستويات منخفضة فقط لدى المرضى الأصحاء، ولكن يمكن الكشف عن مستويات أعلى منه لدى مرضى السرطان مع ازدياد حجم الورم. [ 17 ] يُعزى ذلك على الأرجح إلى ضعف تسلل الخلايا المناعية إلى مواقع الورم، مما يقلل من فعالية إزالة الحمض النووي الورمي المتداول من مجرى الدم. [ 16 ] كشفت مقارنة الطفرات في الحمض النووي الورمي المتداول والحمض النووي المستخلص من الأورام الأولية لنفس المرضى عن وجود تغيرات جينية متطابقة ذات صلة بالسرطان. [ 18 ] [ 19 ] أدى ذلك إلى إمكانية استخدام الحمض النووي الورمي المتداول للكشف المبكر عن السرطان ومتابعة العلاج. [ 20 ]

طُرق

الاعتبارات ما قبل التحليلية

عند جمع الدم في أنابيب EDTA وتخزينه، تبدأ خلايا الدم البيضاء بالتحلل وإطلاق الحمض النووي الجيني الطبيعي في العينة بكميات تفوق عادةً تركيز الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) بأضعاف كثيرة. [ 21 ] وهذا يُصعّب اكتشاف الطفرات أو المؤشرات الحيوية الأخرى للحمض النووي الورمي المتداول. [ 22 ] يمكن استخدام أنابيب تثبيت الخلايا المتوفرة تجاريًا لمنع أو تأخير تحلل خلايا الدم البيضاء، مما يقلل من تأثير التخفيف للحمض النووي الورمي المتداول. [ 23 ] وقد أظهر شيروود وزملاؤه تفوقًا في اكتشاف طفرات KRAS في عينات متطابقة جُمعت في كلٍ من أنابيب EDTA K3 وأنابيب Streck BCT. [ 23 ] وتبرز مزايا أنابيب تثبيت الخلايا في الحالات التي يتعذر فيها معالجة الدم إلى بلازما فورًا.

يمكن أن تقلل الإجراءات الأخرى أيضًا من كمية الحمض النووي البري "الملوث" وتجعل اكتشاف الحمض النووي ctDNA أكثر جدوى: [ 23 ]

  • لا تقم بتجميد عينة الدم قبل استخلاص البلازما لتحليل الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA).
  • قم بمعالجة العينة لتحويلها إلى بلازما خلال 2-4 ساعات (إذا تم جمعها في أنبوب EDTA).
  • لا تستخدم أبدًا أنابيب معالجة بالهيبارين، لأن الهيبارين يثبط تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) عن طريق محاكاة البنية الحلزونية للحمض النووي (DNA).
  • قم بإجراء خطوة طرد مركزي مزدوجة (طرد الدم لاستخراج البلازما، ثم كرر ذلك على البلازما لإزالة الحطام الموجود في قاع الأنبوب) لإزالة المزيد من الحطام الخلوي قبل استخراج الحمض النووي.
  • البلازما أفضل من المصل لاستعادة الحمض النووي الخلوي الحر [ 24 ]

استخلاص الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA)

تكمن الميزة الرئيسية لتحليل الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) في سهولة استخلاصه بأقل قدر من التدخل الجراحي عن طريق جمع الدم. يتطلب الحصول على الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) أو الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) عادةً جمع حوالي 3 مل من الدم في أنابيب مطلية بمادة EDTA . يُعد استخدام EDTA ضروريًا للحد من تخثر الدم. يمكن فصل مكونات البلازما من الدم عن طريق الطرد المركزي، ومن ثم استخلاص الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) أو الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) من هذه المكونات. على الرغم من أن مصل الدم يميل إلى احتواء مستويات أعلى من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، إلا أن ذلك يُعزى في المقام الأول إلى الحمض النووي من الخلايا الليمفاوية. [ 25 ] تُعد المستويات العالية من الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) الملوث غير مثالية لأنها قد تُقلل من حساسية الكشف عن الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA). [ 26 ] لذلك، تستخدم غالبية الدراسات البلازما لعزل الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA). ثم تُعالج البلازما مرة أخرى بالطرد المركزي لإزالة خلايا الدم السليمة المتبقية. يُستخدم الراسب العلوي لاستخلاص الحمض النووي، والذي يمكن إجراؤه باستخدام مجموعات تجارية متوفرة. [ 27 ]

تحليل الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA)

يتطلب تحليل الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) بعد استخلاصه استخدام طرق تضخيم وتسلسل متنوعة. ويمكن تصنيف هذه الطرق إلى مجموعتين رئيسيتين بناءً على ما إذا كان الهدف هو فحص جميع الجينات في نهج غير موجه، أو ما إذا كان الهدف هو رصد جينات وطفرات محددة في نهج موجه. [ 28 ]

الأساليب غير الموجهة

قد يكون من الضروري استخدام تقنيات تسلسل الجينوم الكامل أو الإكسوم الكامل لاكتشاف طفرات جديدة في الحمض النووي للورم، مع مراقبة عبء المرض أو تتبع مقاومة الأدوية. [ 29 ] كما تُعدّ الأساليب غير الموجهة مفيدة في الأبحاث لمراقبة عدم تجانس الورم أو لاكتشاف أهداف دوائية جديدة. مع ذلك، ورغم أن الأساليب غير الموجهة قد تكون ضرورية في بعض التطبيقات، إلا أنها أكثر تكلفة وأقل دقة. وهذا ما يُصعّب اكتشاف الطفرات النادرة، أو في الحالات التي تكون فيها مستويات الحمض النووي الورمي المتداول منخفضة (مثل الحد الأدنى من المرض المتبقي). علاوة على ذلك، قد تنشأ مشاكل في التمييز بين الحمض النووي للخلايا السرطانية والحمض النووي للخلايا الطبيعية باستخدام تقنية تسلسل الجينوم الكامل.

تعتمد تقنيات تسلسل الحمض النووي عالية الإنتاجية عادةً على تسلسل الجينوم الكامل أو الإكسوم الكامل . ويمكن أن يؤدي اقتصار التسلسل على الإكسوم الكامل فقط إلى خفض التكلفة وزيادة السرعة، ولكن على حساب فقدان معلومات حول الطفرات في المناطق التنظيمية غير المشفرة للحمض النووي. [ 30 ] وبينما لا يُميّز فحص تعدد أشكال الحمض النووي من خلال التسلسل بين الحمض النووي للخلايا السرطانية والخلايا الطبيعية، يمكن حل هذه المشكلة بمقارنته بعينة تحكم من الحمض النووي الطبيعي (على سبيل المثال، الحمض النووي المستخلص من مسحة من باطن الخد ). ومن المهم الإشارة إلى أن تسلسل الجينوم الكامل والإكسوم الكامل مفيدان في الاكتشاف الأولي للطفرات، مما يوفر معلومات لاستخدام تقنيات أكثر حساسية وموجهة، والتي يمكن استخدامها لاحقًا لأغراض مراقبة الأمراض.

يُمكّن تسلسل الجينوم الكامل من استعادة الخصائص البنيوية للحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، وحجم القطع وأنماط تجزئتها. ويمكن أن تُشكّل هذه الأنماط الفريدة مصدرًا هامًا للمعلومات لتحسين الكشف عن الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) أو تحديد نسيج منشأ هذه القطع. [ 31 ] كما يُمكن أن يُحسّن اختيار القطع القصيرة (<150 زوجًا قاعديًا) باستخدام طرق المختبر أو المحاكاة الحاسوبية من استعادة الطفرات واختلالات عدد النسخ. [ 15 ]

النمط النووي الرقمي

طُوِّرت هذه الطريقة في الأصل من قِبَل مختبر بيرت فوغلشتاين ولويس دياز وفيكتور فيلكوليسكو في جامعة جونز هوبكنز . [ 32 ] على عكس النمط النووي التقليدي الذي يُستخدم فيه صبغ لتلوين الأشرطة الكروموسومية من أجل تصوير الكروموسومات، يستخدم النمط النووي الرقمي تسلسلات الحمض النووي لمواقع جينية في جميع أنحاء الجينوم لحساب تباين عدد النسخ . [ 32 ] يُعدّ تباين عدد النسخ شائعًا في السرطانات، ويصف حالات قد يؤدي فيها فقدان التغاير الزيجوتي لجين ما إلى انخفاض وظيفته نتيجةً لانخفاض التعبير الجيني، أو تكرار الجين، مما يؤدي إلى فرط التعبير الجيني.

تحليل شخصي للأطراف المعاد ترتيبها

بعد تسلسل الجينوم الكامل باستخدام طريقة تسلسل عالية الإنتاجية، مثل Illumina HiSeq، يتم تطبيق تحليل شخصي للأطراف المعاد ترتيبها (PARE) على البيانات لتحليل عمليات إعادة ترتيب الكروموسومات والانتقالات. صُممت هذه التقنية في الأصل لتحليل الحمض النووي للأورام الصلبة، ولكن تم تعديلها لتطبيقات الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA). [ 32 ]

مثيلة الحمض النووي وهيدروكسي ميثيل الحمض النووي

يُعدّ التحديد اللاجيني السليم ضروريًا للتعبير الجيني الطبيعي ووظيفة الخلية، وتُعتبر التغيرات الشاذة في الأنماط اللاجينية سمة مميزة للسرطان. [ 33 ] يُحافظ على الحالة اللاجينية الطبيعية في الخلية، جزئيًا على الأقل، من خلال مثيلة الحمض النووي . [ 34 ] يُمكن قياس أنماط المثيلة الشاذة في الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) نظرًا للمثيلة المستقرة لمناطق الحمض النووي المعروفة باسم " جزر CpG ". يُمكن الكشف عن مثيلة الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) من خلال المعالجة بالبيسلفيت . تُحوّل هذه المعالجة السيتوزينات غير المثيلة كيميائيًا إلى يوراسيل، بينما تُبقي السيتوزينات المثيلة دون تغيير. بعد ذلك، يُجرى تسلسل الحمض النووي، ويُمكن تحديد أي تغييرات في نمط مثيلة الحمض النووي. تُعدّ هيدروكسي مثيلة الحمض النووي علامةً مُرتبطة بشكلٍ مُشابه، وقد ثبت أنها مؤشر تنبؤي للحالات الصحية مقابل الحالات المرضية في الحمض النووي الخلوي الحر (cfDNA)، بما في ذلك السرطان . [ 35 ] [ 36 ]

الأساليب الموجهة

في النهج الموجه، يمكن توجيه تسلسل الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) نحو لوحة جينية مبنية على أساس المواقع الطفرية الشائعة لنوع السرطان محل الاهتمام. يُعد هذا الأمر بالغ الأهمية لتوجيه العلاج في الحالات التي تُحدد فيها طفرات في أهداف دوائية. [ 30 ] كما يُمكن تخصيص التحليل الموجه للحمض النووي الورمي المتداول لكل مريض على حدة من خلال الجمع بين الخزعات السائلة والخزعات النسيجية الأولية القياسية. يسمح تسلسل الجينوم الكامل أو الإكسوم الكامل لخزعة الورم الأولي باكتشاف الطفرات الجينية الخاصة بورم المريض، ويمكن استخدامه للتسلسل الموجه اللاحق للحمض النووي الورمي المتداول الخاص به. تتحقق أعلى حساسية للكشف عن الحمض النووي الورمي المتداول من خلال التسلسل الموجه لتعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs) المحددة. تُعد الجينات التي تُصاب بالطفرات بشكل شائع، مثل الجينات الورمية، والتي عادةً ما تحتوي على طفرات شائعة، مرشحة جيدة لنهج التسلسل الموجه. وعلى العكس من ذلك، فإن معظم جينات كبح الورم لديها مجموعة واسعة من الطفرات المحتملة التي تؤدي إلى فقدان الوظيفة في جميع أنحاء الجين، وعلى هذا النحو فهي غير مناسبة للتسلسل المستهدف.

تتميز الطرق الموجهة بقدرتها على تضخيم الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) أو تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي (digital PCR) . ويكتسب هذا أهمية خاصة عند تحليل الحمض النووي الخلوي الحر، ليس فقط لانخفاض مستوياته في مجرى الدم، بل أيضاً لأنه يشكل نسبة ضئيلة من إجمالي الحمض النووي الخالي من الخلايا المستخلص. [ 30 ] لذا، يُمكن لتضخيم المناطق المستهدفة أن يُحسّن حساسية الكشف عن الحمض النووي الخلوي الحر بشكل كبير. مع ذلك، قد يُؤدي التضخيم باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل إلى حدوث أخطاء نظراً لمعدل الخطأ المتأصل في بوليميرازات الحمض النووي. كما يُمكن للأخطاء التي تحدث أثناء التسلسل أن تُقلل من حساسية الكشف عن طفرات الحمض النووي الخلوي الحر.

تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي بالقطرات

تقنية تفاعل البوليميراز الرقمي بالقطرات (ddPCR) مشتقة من تفاعل البوليميراز الرقمي المتسلسل ، الذي أطلق عليه هذا الاسم فريق بيرت فوغلشتاين في جامعة جونز هوبكنز . تستخدم هذه التقنية مولد قطرات لتقسيم قطع الحمض النووي المفردة إلى قطرات باستخدام مستحلب زيت/ماء. ثم تحدث تفاعلات البوليميراز المتسلسل الفردية في كل قطرة باستخدام بادئات مختارة ضد مناطق محددة من الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA)، وتستمر حتى النهاية. يُقاس وجود التسلسلات المطلوبة بواسطة مجسات فلورية ترتبط بالمنطقة المُضخمة. تتيح تقنية ddPCR تقييمًا كميًا عاليًا لترددات الأليلات والطفرات في الحمض النووي الخلوي الحر، ولكنها محدودة بعدد المجسات الفلورية التي يمكن استخدامها في اختبار واحد (حتى 5 مجسات). [ 37 ] تختلف حساسية الاختبار تبعًا لكمية الحمض النووي المُحلل، وتبلغ حوالي 1 من 10000. [ 37 ] ينبغي تعزيز الخصوصية من خلال استخدام إما مجسات معدلة ترتبط بالأخدود الصغير (MGB) أو بديل مثل الأحماض النووية المقفلة (LNAs).

الخرز، والاستحلاب، والتضخيم، والمغناطيسية

تقنية الخرز والاستحلاب والتضخيم والمغناطيسية (BEAMing) هي تقنية تعتمد على تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي القطري (Droplet Digital PCR) لتحديد الطفرات في الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) باستخدام قياس التدفق الخلوي. [ 38 ] بعد استخلاص الحمض النووي الخلوي الحر من الدم، يُجرى تفاعل البوليميراز المتسلسل باستخدام بادئات مصممة لاستهداف المناطق المستهدفة. تحتوي هذه البادئات أيضًا على تسلسلات حمض نووي محددة، أو علامات. يُخلط الحمض النووي المُضخّم مع خرز مغناطيسي مغلف بالستربتافيدين ويُستحلب على شكل قطرات. تُستخدم بادئات مُبيوتينية مصممة للارتباط بالعلامات لتضخيم الحمض النووي. يسمح البيوتين للحمض النووي المُضخّم بالارتباط بالخرز المغناطيسي المغلف بالستربتافيدين. بعد اكتمال تفاعل البوليميراز المتسلسل، يُفصل الخرز المرتبط بالحمض النووي باستخدام مغناطيس. ثم يُفصل الحمض النووي الموجود على الخرز ويُسمح له بالتهجين مع قليل النوكليوتيدات الفلورية الخاصة بكل قالب حمض نووي. تُحلل معقدات الخرز-الحمض النووي الناتجة باستخدام قياس التدفق الخلوي. تُتيح هذه التقنية رصد ترددات الأليلات والطفرات بفضل اقترانها بتقنية ddPCR. ومع ذلك، وعلى عكس ddPCR، يُمكن فحص عدد أكبر من تسلسلات الحمض النووي نظرًا لمرونة استخدام المجسات المرتبطة بالفلورة. ومن مزايا هذا النظام أيضًا إمكانية استخدام الحمض النووي المعزول في التسلسل اللاحق. [ 39 ] تتراوح الحساسية بين 1.6 من 10⁴ إلى 4.3 من 10⁵ . [ 37 ]

تحديد خصائص مرضى السرطان بشكل شخصي من خلال التسلسل العميق

وُصفت تقنية التنميط الشخصي للسرطان بالتسلسل العميق (CAPP-Seq) لأول مرة من قِبل مجموعتي آش علي زاده وماكسيميليان ديهن في جامعة ستانفورد . تستخدم هذه التقنية مجسات انتقائية من النيوكليوتيدات قليلة العدد المُؤشَّرة بالبيوتين لاستهداف تسلسلات الحمض النووي ذات الصلة بالكشف عن الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA). [ 40 ] استُخدمت قواعد بيانات السرطان المتاحة للعموم لإنشاء مكتبة من المجسات ضد الطفرات المتكررة في السرطان عن طريق حساب مؤشر تكرارها. تم تحسين البروتوكول ليتناسب مع مستويات الحمض النووي المنخفضة الملاحظة في عينات ctDNA. بعد ذلك، يخضع الحمض النووي المعزول لتسلسل عميق لزيادة الحساسية. تتيح هذه التقنية فحص مئات من مناطق الحمض النووي. وقد ذُكر أن حساسية الكشف عن ctDNA باستخدام CAPP-Seq تبلغ 2.5 جزيء لكل مليون عينة. [ 41 ]

التسلسل العميق للأمبليكونات الموسومة

تتيح تقنية التسلسل العميق للأمبليكونات الموسومة (TAM-Seq) التسلسل المستهدف للجينات الكاملة للكشف عن الطفرات في الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA). [ 42 ] في البداية، تُجرى خطوة تضخيم عامة باستخدام بادئات تغطي الجين المستهدف بالكامل في مقاطع يتراوح طولها بين 150 و200 زوج قاعدي. بعد ذلك، يُستخدم نظام الموائع الدقيقة لربط محولات ذات مُعرّف فريد بكل أمبليكون لتضخيم الحمض النووي بشكل أكبر في تفاعلات أحادية متوازية. وقد أثبتت هذه التقنية نجاحها في تحديد الطفرات المنتشرة في جين كابت الورم TP53 لدى مريضات سرطان المبيض المتقدم. تبلغ حساسية هذه التقنية 1 من 50.

التسلسل الآمن

وُصفت تقنية التسلسل الآمن (Safe-Seq) لأول مرة من قِبل بيرت فوغلشتاين وفريقه في جامعة جونز هوبكنز . تُقلل هذه التقنية من معدل الخطأ في التسلسل المتوازي عالي الإنتاجية لزيادة حساسية الكشف عن الطفرات النادرة. [ 43 ] ويتحقق ذلك بإضافة مُعرّف فريد (UID) إلى كل قالب DNA. ثم يُضخّم الحمض النووي باستخدام المُعرّفات الفريدة المُضافة ويُسلسل. من المفترض أن يكون لجميع جزيئات الحمض النووي التي تحمل نفس المُعرّف الفريد (عائلة المُعرّفات الفريدة) نفس تسلسل الحمض النووي المُبلغ عنه، نظرًا لتضخيمها من جزيء واحد. مع ذلك، قد تحدث طفرات أثناء التضخيم، أو قد تُكتشف تعيينات غير صحيحة للقواعد في خطوات التسلسل والتحليل. يسمح وجود المُعرّف الفريد بفصل هذه الأخطاء المنهجية عن الطفرات الحقيقية في الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA). تُعتبر الطفرة "طفرة فائقة" إذا كانت 95% من القراءات المُتسلسلة متطابقة. تبلغ حساسية هذه الطريقة 9 من كل مليون. [ 37 ]

التسلسل المزدوج

يُعدّ التسلسل المزدوج تحسينًا لتقنية Safe-Seq التي تعتمد على مُعرّفات فريدة مُفردة. [ 44 ] في التسلسل المزدوج، تعمل جزيئات الحمض النووي المزدوجة العشوائية كعلامات فريدة، وتُرتبط بفاصل ثابت. تُربط العلامات بنهايتي قطعة الحمض النووي (علامات ألفا وبيتا)، مما ينتج عنه قالبان فريدان لتفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR): أحدهما يحمل علامة ألفا عند الطرف 5' وعلامة بيتا عند الطرف 3'، والآخر يحمل علامة بيتا عند الطرف 5' وعلامة ألفا عند الطرف 3'. تُضخّم قطع الحمض النووي هذه باستخدام بادئات مُوجّهة ضد التسلسلات الثابتة للعلامات. يُسلسل الحمض النووي المُضخّم ويُحلّل. تُقارن جزيئات الحمض النووي المُحمّلة بمُهايئات التسلسل المزدوج، ولا تُقبل الطفرات إلا في حال وجود توافق بين كلا الشريطين. تأخذ هذه الطريقة في الحسبان أخطاء التسلسل وأخطاء المراحل المبكرة من تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل. تبلغ حساسية هذا النهج في اكتشاف الطفرات 1 من 10^7.

CAPP-Seq المحسن بتقنية قمع الأخطاء الرقمية المتكاملة

تعمل تقنية كبح الأخطاء الرقمية المتكاملة (iDES) على تحسين تحليل CAPP-Seq للحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) بهدف تقليل الأخطاء وبالتالي زيادة حساسية الكشف. [ 41 ] وقد نُشرت هذه التقنية عام 2016، وهي تجمع بين CAPP-Seq وتقنية تسلسل الترميز الشريطي المزدوج، بالإضافة إلى خوارزمية حسابية تزيل الأخطاء النمطية المرتبطة بخطوة التهجين في CAPP-Seq. كما تدمج هذه الطريقة التسلسل المزدوج حيثما أمكن، وتتضمن أساليب لاستخلاص الحمض النووي المزدوج بكفاءة أكبر من الحمض النووي الخالي من الخلايا. تبلغ حساسية هذه النسخة المحسّنة من CAPP-Seq أربعة أخطاء لكل 100,000 نسخة.

تسلسل الجينوم الكامل

تم إجراء تحقيقات تسلسل الجينوم الكامل على الحمض النووي ctDNA الموجود في مرضى مختلفين مصابين بسرطان البروستاتا المقاوم للعلاج (الغالبية العظمى، وفي بعض الحالات، النقيلي )، وسرطان المثانة ، ومرضى التحكم الذين لم يظهروا هذا الحمض النووي، بما في ذلك الطفرات الجسدية وإعادة الترتيب الهيكلي في جينوماتهم.

لقد وفرت هذه التقنية الجديدة والواعدة معلوماتٍ حول مقاومة العلاج بمثبطات إشارات مستقبلات الأندروجين ، وعدم تجانس الورم (بفضل التطور الوراثي والتسلسل الزمني الجزيئي)، وعدم استقرار الكروموسومات ، ومساهمة الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) في النقائل من خلال أنماط النسخ الجيني الشاملة (مع الأخذ في الاعتبار النيوكليوسومات الموجودة في مواقع بدء النسخ (TSSs) ومواقع ارتباط مستقبلات الأندروجين (ARBs)). وبهذه الطريقة، يمكن ملاحظة التطور الجينومي والنسخي للحمض النووي الورمي المتداول، والذي يتم إجراؤه على المرضى الأحياء الذين يُظهرون مقاومةً للعلاج. لذلك، يُعد تسلسل الحمض النووي الورمي المتداول أساسيًا لتحديد الاختلافات ذات الصلة سريريًا في النمط الظاهري للسرطان، ولمعرفة كيفية تأثير العلاج على المرضى. علاوة على ذلك، فإن التجانس النسبي في تغيرات الجينات المحركة بين النقائل يُبرر أن التغيرات الجينومية والوظيفية في سرطان البروستاتا مشتركة بين الحمض النووي الورمي المتداول والأنسجة.

يجعل هذا من الحمض النووي المنتشر في الدم (ctDNA) أداةً ناشئةً وفعّالةً للكشف عن الطفرات الجينية على المستوى الجينومي لدى مرضى السرطان النقيلي، وذلك لمراقبة الأهمية السريرية للتركيب النسيلي لهذه الأورام، بهدف فهم أفضل لآليات مكافحة السرطان. ويُشكّل هذا البناء الفرعي النسيلي، المُستند إلى الحمض النووي المنتشر في الدم بفضل تسلسل الجينوم الكامل، مجموعةً فريدةً من التحديات والفرص للبحث العلمي في علم الأورام. علاوةً على ذلك، يكشف التحليل التسلسلي للحمض النووي المنتشر في الدم عن الانتقاء المُوجّه بالعلاج لزيادة مستقبلات الأندروجين، لأنه يُعزّز أبعاد البيانات.

هناك حاجة إلى مزيد من العمل لفهم كيفية تأثير موقع وحجم النقائل، بالنسبة إلى عبء الورم ، على الحمض النووي للورم المنتشر واختيار التقنيات الجديدة لتحديد الآفات الأخرى التي تعكس المرض السائد سريريًا. [ 45 ]

الاعتبارات

الكشف عن الحمض النووي "الطبيعي" مقابل الكشف عن الحمض النووي للورم

يُعدّ التمييز بين الحمض النووي الخلوي الحر (ctDNA) والحمض النووي الخلوي الحر (cfDNA) من الخلايا الطبيعية أحد التحديات التي تواجه استخدام الحمض النووي الخلوي الحر كعلامة حيوية للسرطان. يُفرز الحمض النووي الخلوي الحر من الخلايا غير السرطانية أثناء التجدد الخلوي الطبيعي، وكذلك أثناء إجراءات مثل الجراحة والعلاج الإشعاعي والعلاج الكيميائي . ويُعتقد أن الكريات البيضاء هي المساهم الرئيسي في الحمض النووي الخلوي الحر في مصل الدم. [ 30 ]

بحث

الحمض النووي المنتشر في الدم في فحص السرطان

إن الفائدة السريرية للحمض النووي المنتشر في الدم (ctDNA) للكشف عن المرض الأولي محدودة جزئيًا بسبب حساسية التقنية الحالية في الكشف عن الأورام الصغيرة ذات المستويات المنخفضة من الحمض النووي المنتشر في الدم والطفرات الجسدية غير المعروفة مسبقًا. [ 17 ] [ 37 ]

الحمض النووي المنتشر في الدم في مراقبة السرطان

قد لا تظهر أدلة على وجود المرض باستخدام طرق التصوير التقليدية، مثل التصوير المقطعي المحوسب (CT ) أو التصوير المقطعي بالإصدار البوزيتروني (PET) أو التصوير بالرنين المغناطيسي (MRI)، بعد استئصال الورم. لذلك، يُعد تحليل الحمض النووي المنتشر في الدم (ctDNA) وسيلةً محتملةً للكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي (MRD)، وبالتالي احتمال عودة الورم، في الحالات التي لا تظهر فيها الأورام الكبيرة باستخدام طرق التصوير التقليدية. [ 17 ] وقد أُجريت سابقًا مقارنة بين الكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي باستخدام التصوير المقطعي المحوسب والحمض النووي المنتشر في الدم لدى مرضى سرطان القولون في المرحلة الثانية؛ في هذه الدراسة، تمكن الباحثون من الكشف عن الحمض النووي المنتشر في الدم لدى أفراد لم تظهر عليهم أي علامات سريرية للورم الخبيث عند إجراء التصوير المقطعي المحوسب، مما يشير إلى أن الكشف عن الحمض النووي المنتشر في الدم يتمتع بحساسية أكبر في تقييم الحد الأدنى من المرض المتبقي. [ 30 ] ومع ذلك، يُقرّ الباحثون بأن تحليل الحمض النووي المنتشر في الدم ليس خاليًا من القيود؛ إذ لم تتمكن عينات البلازما التي جُمعت بعد الجراحة من التنبؤ بعودة الورم إلا في 48% من الحالات بعد 36 شهرًا. [ 30 ] وفي وقت لاحق، تم تطوير فحوصات الحمض النووي المنتشر في الدم لسرطان البنكرياس [ 46 ] وسرطان القولون والمستقيم [ 47 ] وسرطان الجلد [ 48 ] .

تُستخدم هذه الأساليب الآن في الكشف عن الحد الأدنى من المرض المتبقي باستخدام كل من الأساليب المعتمدة على الورم والأساليب غير المعتمدة على الورم . [ 49 ]

الحمض النووي المنتشر في الدم كعلامة حيوية للتنبؤ بالتشخيص

لطالما كان قياس كمية أو نوعية الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) موضوعًا للدراسة. وحتى عام 2015، كان هذا الأمر غير مؤكد إلى حد كبير. [ 50 ] ورغم أن بعض الدراسات أظهرت اتجاهًا نحو ارتفاع مستويات الحمض النووي الورمي المتداول لدى مرضى السرطان النقيلي في مراحله المتقدمة، إلا أن عبء الحمض النووي الورمي المتداول لا يرتبط دائمًا بمراحل السرطان التقليدية. [ 37 ] وفي عام 2013، بدا من غير المرجح أن يكون للحمض النووي الورمي المتداول فائدة سريرية كمتنبئ وحيد بالتشخيص. [ 51 ] ومع ذلك، أثبتت بعض الدراسات الحديثة في عام 2025 أن مراقبة الحمض النووي الورمي المتداول في سرطان البنكرياس يمكن استخدامها كمتنبئ مستقل بالبقاء الكلي [ 52 ] عند تقييمها مع عوامل الخطر السريرية، مما يُظهر دقة أعلى من التقنيات المستخدمة تقليديًا ( التصوير المقطعي المحوسب أو مراقبة CA19.9 في المصل ).

أبحاث السرطان

يُعدّ ظهور الأورام المقاومة للأدوية نتيجةً لعدم تجانس الخلايا داخل الورم وبين الأورام المختلفة مشكلةً في فعالية العلاج. إذ يمكن لنسخة جينية صغيرة داخل الورم أن تتكاثر بعد العلاج إذا كانت تحمل طفرة مقاومة للأدوية. وقد لا تكشف الخزعات الأولية عن هذه النسخ بسبب انخفاض تواتر الخلايا أو تباعدها المكاني داخل الورم. فعلى سبيل المثال، بما أن الخزعة لا تأخذ سوى عينة صغيرة من الورم، فقد تمر النسخ الموجودة في مواقع أخرى دون أن تُلاحظ. وهذا قد يُضلل الأبحاث التي تُركز على دراسة دور عدم تجانس الورم في تطور السرطان وانتكاسه. ويمكن أن يُخفف استخدام الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) في الأبحاث من هذه المخاوف، لأنه يُمكن أن يُوفر صورةً أكثر تمثيلاً للتنوع الجيني للسرطان في كلٍ من المواقع الأولية والنقيلية. فعلى سبيل المثال، ثبتت فائدة الحمض النووي الورمي المتداول في دراسة التطور النسيلي لسرطان المريض قبل وبعد بروتوكولات العلاج. [ 53 ] لا يزال الكشف المبكر عن السرطان يمثل تحديًا، إلا أن التقدم الأخير في تحليل الخصائص فوق الجينية للحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA)، أو كشف نمط التجزئة، قد حسّن من حساسية الخزعة السائلة. [ 31 ] علاوة على ذلك، يُعد تحليل الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) أداةً واعدةً لفهم التركيب النسيلي للأورام النقيلية، والكشف عن الطفرات المختلفة على نطاق جينومي، ودراسة التنوع النسيلي الفرعي الذي يؤثر على تشخيص المرض، حيث يمكن العثور على أنماط ظاهرية مقاومة مختلفة، وظهور آليات جديدة للمقاومة الجينومية والنسخية للعلاج. [ 45 ]

تحديات التنفيذ

يُعيق تطبيق الحمض النووي الورمي المتداول (ctDNA) في الممارسة السريرية بشكل كبير نقصُ الطرق الموحدة لمعالجة وتحليل هذا الحمض. يجب توحيد طرق جمع العينات (بما في ذلك وقت الجمع)، والمعالجة اللاحقة (استخلاص الحمض النووي وتضخيمه)، والقياس الكمي، والتحقق من صحتها، قبل أن يصبح تحليل الحمض النووي الورمي المتداول فحصًا سريريًا روتينيًا. علاوة على ذلك، قد يكون من الضروري إنشاء مجموعة من المؤشرات الحيوية "القياسية" المرتبطة بالأورام، نظرًا لدقة طرق تسلسل الحمض النووي الورمي المتداول والكشف عنه الحالية. كما قد يساعد تسلسل التشوهات الخاصة بالورم من عينات البلازما في استبعاد الحمض النووي الخالي من الخلايا (cfDNA) الملوث من التحليل؛ إذ قد تُعزى المستويات المرتفعة من الحمض النووي الخالي من الخلايا في الخلايا الطبيعية إلى أسباب غير سرطانية. [ 30 ] ويمكن لتقنيات التسلسل هذه أيضًا تحديد التطور النسيلي للسرطان، وعدم تجانس الورم، وآليات مقاومة الأدوية المتورطة في السرطان. [ 45 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ وان جيه، ماسي سي، غارسيا-كورباتشو جيه، موليير إف، برينتون جيه، كالداس سي، بيسي إس، بيرد آر، روزنفيلد إن (أبريل 2017). "الخزعات السائلة تبلغ مرحلة النضج: نحو تطبيق الحمض النووي للورم المنتشر" (ملف PDF) . مجلة Nature Reviews Cancer . 17 (4): 223-238 . doi : 10.1038/nrc.2017.7 . PMID 28233803. S2CID 4561229 .  
  2. ↑ نوناكا، ت؛ وونغ، د.ت.و. (13 يونيو 2022). "التشخيص عن طريق اللعاب" . المراجعة السنوية للكيمياء التحليلية . 15 (1): 107-121 . Bibcode : 2022ARAC...15..107N . doi : 10.1146/annurev-anchem- 061020-123959 . PMC 9348814. PMID 35696523 .  
  3. ١-٢ أصفهاني ، محمد شاهروخ؛ هاميلتون، إميلي جي؛ مهر محمدي، ماهيا؛ وآخرون . (أبريل ٢٠٢٢). "استنتاج التعبير الجيني من بيانات تجزئة الحمض النووي الخالي من الخلايا" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . ٤٠ (٤): ٥٨٥-٥٩٧ . doi : 10.1038/s41587-022-01222-4 . PMC 9337986. PMID 35361996 .   
  4. ↑ موتر، يوريك أ؛ شاهروخ أصفهاني، محمد؛ شرويرز-مارتن، جوزيف؛ وآخرون . (28 نوفمبر 2023). "استنتاج التعبير الجيني من خلال تحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا يسمح بتصنيف الأورام اللمفاوية بطريقة غير جراحية" . مجلة الدم . 142 (ملحق 1): 245. doi : 10.1182/blood-2023-186853 . 
  5. ↑ أليغ، ستيفان ك.؛ شاهروخ أصفهاني، محمد؛ غاروفالو، أندريا؛ وآخرون . (25 يناير 2024). "أنواع فرعية متميزة من لمفوما هودجكين محددة بواسطة التنميط الجينومي غير الجراحي" . نيتشر . 625 ( 7996): 778-787 . Bibcode : 2024Natur.625..778A . doi : 10.1038/s41586-023-06903-x . PMC 11293530. PMID 38081297 .   
  6. ↑ أكجا هـ، ديميراي أ، يارين أ، بير ف، كوسيلر أ، إيواكاوا ر، باغجي ج، يوكوتا ج (مارس 2013). "جدوى الحمض النووي في المصل والتسلسل الناري للكشف عن طفرات مستقبل عامل نمو البشرة في سرطان الرئة غير صغير الخلايا". علم الوراثة السرطانية . 206 (3): 73-80 . doi : 10.1016/j.cancergen.2013.01.005 . PMID 23491080 . 
  7. ↑ شوارزنباخ هـ، هون د.س، بانتيل ك (يونيو 2011). "الأحماض النووية الخالية من الخلايا كمؤشرات حيوية لدى مرضى السرطان". مجلة نيتشر ريفيوز. السرطان . 11 (6): 426-37 . Bibcode : 2011NatRC..11..426S . doi : 10.1038/nrc3066 . PMID 21562580. S2CID 6061607 .  
  8. ↑ سترون م، أنكر ب (يوليو 1972). "الأحماض النووية التي تُطلق تلقائيًا من أذينات الضفادع الحية" . المجلة البيوكيميائية . 128 (3): 100P– 101P . doi : 10.1042/bj1280100pb . PMC 1173871. PMID 4634816 .  
  9. ↑ سترون م، ليوتي ج، ليديري س، أولسون-ساند أ، أنكر ب (نوفمبر 2001). "حول الأصل المحتمل وآلية موت الخلايا المبرمج للحمض النووي المتداول وإطلاق الحمض النووي النشط". مجلة الكيمياء السريرية الدولية . 313 ( 1-2 ): 139-142 . doi : 10.1016/S0009-8981(01)00665-9 . PMID 11694251 . 
  10. ↑ أنكر ب، سترون م، موريس ب أ (سبتمبر 1975). "الإطلاق التلقائي للحمض النووي بواسطة الخلايا الليمفاوية في الدم البشري كما هو موضح في نظام المختبر" . أبحاث السرطان . 35 (9): 2375-82 . PMID 1149042 . 
  11. ↑ روجرز جيه سي، بولدت دي، كورنفيلد إس، سكينر إيه، فاليري سي آر (يوليو 1972). "إفراز الحمض النووي الريبوزي منقوص الأكسجين بواسطة الخلايا اللمفاوية المحفزة بواسطة الفيتوهيماغلوتينين أو المستضد" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 69 (7): 1685-1689 . Bibcode : 1972PNAS...69.1685R . doi : 10.1073/pnas.69.7.1685 . PMC 426778. PMID 4505646 .  
  12. ↑ هيتزر إي، أوير إم، هوفمان إي إم، بيشلر إم، غاش سي، أولز بي، لاكس إس، والدسبويل-غيغل جيه، ماورمان أو، موهان إس، بريستاوز جي، لاكنر سي، هوفلر جي، إيسنر إف، بيترو إي، سيل إتش، سامونيغ إتش، بانتيل كيه، ريثدورف إس، باورنهوفر تي، غيغل جيه بي، سبايشر إم آر (يوليو 2013). "تحديد التغيرات في عدد النسخ الخاصة بالورم من الحمض النووي البلازمي لمرضى السرطان" . المجلة الدولية للسرطان . 133 (2): 346-356 . doi : 10.1002/ijc.28030 . PMC 3708119. PMID 23319339 .  
  13. ↑ تيري إيه آر، موليير إف، غونغورا سي، أولييه جيه، روبرت بي، ييشو إم، ديل ريو إم، مولينا إف (أكتوبر 2010). "أصل وقياس كمية الحمض النووي المتداول في الفئران المصابة بزرعات سرطان القولون والمستقيم البشري" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (18): 6159-75 . doi : 10.1093/nar/gkq421 . PMC 2952865. PMID 20494973 .  
  14. ↑ موليير إف، روبرت بي، أرناو بيروت إي، ديل ريو إم، ييشو إم، مولينا إف، غونغورا سي، تييري إيه آر (2011). "التجزئة العالية تميز الحمض النووي المتداول المشتق من الورم" . PLOS ONE . 6 (9) e23418. Bibcode : 2011PLoSO...623418M . doi : 10.1371/journal.pone.0023418 . PMC 3167805. PMID 21909401 .  
  15. 1 2 موليير إف، تشاندرا ناندا دي، بيسكورز إيه إم، مور إي كيه، موريس جيه، أهلبورن إل بي، وآخرون . (نوفمبر 2018). "تحسين الكشف عن الحمض النووي للأورام المنتشرة عن طريق تحليل حجم الشظايا" . مجلة العلوم الطبية الانتقالية . 10 (466) eaat4921. doi : 10.1126/scitranslmed.aat4921 . PMC 6483061. PMID 30404863 .   
  16. 1 2 بيسيتسكي دي إس، فيرهيرست إيه إم (يونيو 2007). "أصل الحمض النووي خارج الخلية أثناء إزالة الخلايا الميتة والمحتضرة". المناعة الذاتية . 40 (4): 281-284 . doi : 10.1080/08916930701358826 . PMID 17516210. S2CID 11499768 .  
  17. 1 2 3 Avanzini S, Kurtz DM, Chabon JJ, Moding EJ, Hori SS, Gambhir SS, Alizadeh AA, Diehn M, Reiter JG (ديسمبر 2020). "نموذج رياضي لتساقط ctDNA يتنبأ بحجم اكتشاف الورم" . تقدم العلوم . 6 (50) eabc4308. بيب كود : 2020SciA....6.4308A . دوى : 10.1126/sciadv.abc4308 . بمك 7732186 . بميد 33310847 . S2CID 228096858 .   
  18. ↑ فاسيوكين ف، أنكر ب، موريس ب، ليوتي ج، ليديري س، سترون م (أبريل 1994). "طفرات نقطية في جين N-ras في الحمض النووي لبلازما الدم لدى مرضى متلازمة خلل التنسج النخاعي أو ابيضاض الدم النخاعي الحاد". المجلة البريطانية لأمراض الدم . 86 (4): 774-779 . doi : 10.1111/j.1365-2141.1994.tb04828.x . PMID 7918071. S2CID 26365875 .  
  19. ↑ فاسيوكين ف، سترون م، موريس ب، ليوتي ج، ليديري س، أنكر ب (مايو 1994). طفرات نقطية في جين K-ras في الحمض النووي لبلازما الدم لدى مرضى أورام القولون والمستقيم، في مجلة "تحديات الطب الحديث "، المجلد 5، الصفحات 141-150 .  
  20. ↑ يونغ إي (يوليو 2014). "المؤشرات الحيوية للسرطان: مكتوبة في الدم" . مجلة نيتشر . 511 (7511): 524-526 . Bibcode : 2014Natur.511..524Y . doi : 10.1038/511524a . PMID: 25079538. S2CID : 4445938 .  
  21. ↑ Xue X, Teare MD, Holen I, Zhu YM, Woll PJ (يونيو 2009). "تحسين إنتاجية وفائدة الحمض النووي الخالي من الخلايا المتداول من البلازما والمصل" (ملف PDF) . مجلة Clinica Chimica Acta؛ المجلة الدولية للكيمياء السريرية . 404 (2): 100-104 . doi : 10.1016/j.cca.2009.02.018 . PMID 19281804 . 
  22. ↑ نورتون إس إي، ليشنر جيه إم، ويليامز تي، فرناندو إم آر (أكتوبر 2013). "عامل مُثبِّت يمنع تلوث الحمض النووي الخالي من الخلايا بالحمض النووي الخلوي في البلازما أثناء تخزين عينات الدم وشحنها، كما تم تحديده بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل الرقمي" . الكيمياء الحيوية السريرية . 46 (15): 1561-1565 . doi : 10.1016/j.clinbiochem.2013.06.002 . PMID 23769817 . 
  23. شيروود ، جيه إل، وكوركوران، سي، وبراون، إتش، وشارب، إيه دي، وموسيلوفا، إم، وكولمان، إيه (2016). "تحسين طرق ما قبل التحليل للكشف عن طفرة KRAS في الحمض النووي للأورام المنتشرة (ctDNA) لدى مرضى سرطان الرئة ذي الخلايا غير الصغيرة (NSCLC) من خلال طرق مُحسَّنة للتحليل المسبق" . PLOS ONE . 11 (2) e0150197. Bibcode : 2016PLoSO..1150197S . doi : 10.1371/journal.pone.0150197 . PMC 4769175. PMID 26918901 .  
  24. ↑ فالي أ، مارك م، بيزيو أ، كوري س.إ، لاكروا هـ، بنونة ج، دويارد ج.ي، دينيس م.ج (نوفمبر 2013). "يُعدّ البلازما مصدرًا أفضل للحمض النووي الخالي من الخلايا المنتشر في الدم والمشتق من الورم مقارنةً بالمصل للكشف عن تغيرات مستقبل عامل نمو البشرة (EGFR) لدى مرضى سرطان الرئة". سرطان الرئة . 82 (2): 373-374 . doi : 10.1016/j.lungcan.2013.08.014 . PMID 24007628 . 
  25. ↑ لي تي إتش، مونتالفو إل، كريبتو في، بوش إم بي (فبراير 2001). "القياس الكمي للحمض النووي الجينومي في عينات البلازما والمصل: تركيزات أعلى من الحمض النووي الجينومي في المصل مقارنةً بالبلازما". نقل الدم . 41 (2): 276-282 . doi : 10.1046/j.1537-2995.2001.41020276.x . PMID 11239235. S2CID 45714834 .  
  26. ↑ يوهانسون، غوستاف؛ أندرسون، دانيال؛ فيلجيس، ستيفان؛ لي، جونروي؛ موث، أندرياس؛ غودفري، توني إي؛ ستالبرغ، أندرس (مارس 2019). "اعتبارات وضوابط الجودة عند تحليل الحمض النووي الخالي من الخلايا للأورام" . الكشف الكمي والجزيئي الحيوي . 17 : 100078. doi : 10.1016/j.bdq.2018.12.003 . ISSN 2214-7535 . PMC 6416156. PMID 30906693 .   
  27. ↑ كيم، هيونجي؛ بارك، كيونغ أون (أبريل 2023). "اختبار الحمض النووي للأورام المنتشرة سريريًا من أجل علم الأورام الدقيق" . أبحاث وعلاج السرطان . 55 (2): 351-366 . doi : 10.4143/crt.2022.1026 . ISSN 2005-9256 . PMC 10101787. PMID 36915242 .   
  28. ^ سيلفا، تاميريس فيريرا دا؛ أزيفيدو، جوسيلينو كارفالو دي؛ تيكسيرا، إلييل باربوسا؛ كاسب، سمير منصور موريس؛ موريرا، فابيانو كورديرو؛ افتراض, باولو بيمنتل دي; سانتوس، سيدني إيمانويل باتيستا دوس؛ كالكانيو ، دانييل كيروش (2024/08/06). "من كومة قش إلى الدقة العالية: طرق التسلسل المتقدمة لكشف طفرات الحمض النووي للورم المنتشرة" . الحدود في العلوم البيولوجية الجزيئية . 11 1423470. دوى : 10.3389/fmolb.2024.1423470 . ISSN 2296-889X . بمك 11333322 . بميد 39165643 .   
  29. ↑ تشين ز، ليوبيموف ف.أ، تشو س، تونغ ي، ليانغ ج (أبريل 2016). "الحمض النووي الورمي المتداول الخالي من الخلايا في السرطان" . المجلة الصينية للسرطان . 35-36 . doi : 10.1186/s40880-016-0092-4 . PMC 4823888. PMID 27056366 .  
  30. 1 2 3 4 5 6 7 هيتزر إي، أولز ب، جيجل جيه بي (يناير 2015). "الحمض النووي الورمي المتداول كخزعة سائلة للسرطان" . الكيمياء السريرية . 61 (1): 112-123 . doi : 10.1373/clinchem.2014.222679 . PMID 25388429 . 
  31. 1 2 فان دير بول واي، موليير إف (أكتوبر 2019). "نحو الكشف المبكر عن السرطان من خلال فك شفرة البصمات الجينية والبيئية للحمض النووي الخالي من الخلايا" . خلية السرطان . 36 (4): 350-368 . doi : 10.1016/j.ccell.2019.09.003 . PMID 31614115 . 
  32. ١ ٢ ٣ ليري آر جيه، ساوسن إم، كيندي آي، بابادوبولوس إن، كاربتن جيه دي، كريج دي، أوشوغنيسي جيه، كينزلر كيه دبليو، بارميجياني جي، فوغلشتاين بي، دياز إل إيه، فيلكوليسكو في إي (نوفمبر ٢٠١٢). "الكشف عن التغيرات الكروموسومية في دم مرضى السرطان باستخدام تسلسل الجينوم الكامل" . مجلة ساينس ترانسليشنال ميديسين . ٤ (١٦٢): ١٦٢ra١٥٤. doi : ١٠.١١٢٦/scitranslmed.٣٠٠٤٧٤٢ . PMC ٣٦٤١٧٥٩. PMID ٢٣١٩٧٥٧١ .  
  33. ↑ بريوبراجينسكي، ب. س. (1966). "[الآفاق الحالية ومنهجية العلاج المنهجي لالتهاب العصب القوقعي واعتلال التيه المزمن]". مجلة طب الأذن والأنف والحنجرة (باللغة الروسية). 28 (1): 3-11 . PMID 5988180 . 
  34. ↑ بومونت جي، دوبينز إس، لاتا دي، ماكميلين دبليو بي (مايو 1990). "الميكويتازين في علاج حمى القش". المجلة البريطانية للممارسة السريرية . 44 (5): 183-188 . PMID 1975200 . 
  35. ↑ لي و، تشانغ إكس، لو إكس، يو إل، سونغ واي، لوه زد، وآخرون . (أكتوبر 2017). " بصمات 5-هيدروكسي ميثيل سيتوزين في الحمض النووي الخالي من الخلايا المتداول كعلامات حيوية تشخيصية لسرطانات الإنسان" . أبحاث الخلية . 27 (10): 1243-1257 . Bibcode : 2017CelRe..27.1243L . doi : 10.1038/cr.2017.121 . PMC 5630683. PMID 28925386 .   
  36. ↑ سونغ سي إكس، ين إس، ما إل، ويلر إيه، تشين واي، تشانغ واي، ليو بي، شيونغ جيه، تشانغ دبليو، هو جيه، تشو زد، دونغ بي، تيان زد، جيفري إس إس، تشوا إم إس، سو إس، لي دبليو، وي واي، دياو جيه، شي دي، كويك إس آر (أكتوبر 2017). "بصمات 5-هيدروكسي ميثيل سيتوزين في الحمض النووي الخالي من الخلايا توفر معلومات حول أنواع الأورام ومراحلها" . أبحاث الخلية . 27 (10): 1231-1242 . doi : 10.1038/cr.2017.106 . PMC 5630676. PMID 28820176 .  
  37. ١ ٢ ٣ ٤ ٥ ٦ بتلر تي إم، سبلمان بي تي، غراي جيه (فبراير ٢٠١٧). "الحمض النووي الورمي المتداول كأداة للكشف المبكر والتشخيص". الرأي الحالي في علم الوراثة والتطور . ٤٢ : ١٤-٢١ . doi : 10.1016/j.gde.2016.12.003 . PMID ٢٨١٢٦٦٤٩ . 
  38. ↑ دريسمان د، يان هـ، ترافيرسو ج، كينزلر ك.و، فوغلشتاين ب (يوليو 2003). "تحويل جزيئات الحمض النووي المفردة إلى جسيمات مغناطيسية فلورية للكشف عن الاختلافات الجينية وحصرها" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 100 (15): 8817-22 . Bibcode : 2003PNAS..100.8817D . doi : 10.1073/pnas.1133470100 . PMC 166396. PMID 12857956 .  
  39. ↑ ديهل إف، لي إم، هي واي، كينزلر كيه دبليو، فوغلشتاين بي، دريسمان دي (يوليو 2006). "BEAMing: تفاعل البوليميراز المتسلسل لجزيء واحد على الجسيمات الدقيقة في مستحلبات الماء في الزيت". Nature Methods . 3 (7): 551-559 . doi : 10.1038/nmeth898 . PMID 16791214. S2CID 7059151 .  
  40. ↑ نيومان إيه إم، براتمان إس في، تو جيه، وين جيه إف، إكلوف إن سي، مودلين إل إيه، ليو سي إل، نيل جيه دبليو، ويكلي إتش إيه، ميريت آر إي، شراغر جيه بي، لو بي دبليو، علي زاده إيه إيه، ديهن إم (مايو 2014). "طريقة فائقة الحساسية لتحديد كمية الحمض النووي للأورام المنتشرة مع تغطية واسعة للمرضى" . مجلة نيتشر ميديسين . 20 (5): 548-554 . doi : 10.1038/nm.3519 . PMC 4016134. PMID 24705333 .  
  41. 1 2 نيومان إيه إم، لوفجوي إيه إف، كلاس دي إم، كورتز دي إم، شابون جيه جيه، شيرر إف، وآخرون . (مايو 2016). "كبح الأخطاء الرقمية المتكاملة لتحسين الكشف عن الحمض النووي للأورام المنتشرة" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 34 (5): 547-555 . doi : 10.1038/nbt.3520 . PMC 4907374. PMID 27018799 .   
  42. ↑ فورشو تي، مرتضى إم، باركنسون سي، غيل دي، تسوي دي دبليو، كابر إف، داوسون إس جيه، بيسكورز إيه إم، خيمينيز-لينان إم، بنتلي دي، هادفيلد جيه، ماي إيه بي، كالداس سي، برينتون جيه دي، روزنفيلد إن (مايو 2012). "الكشف غير الجراحي عن طفرات السرطان ومراقبتها من خلال التسلسل العميق المستهدف للحمض النووي في البلازما". مجلة ساينس ترانسليشنال ميديسين . 4 (136): 136ra68. doi : 10.1126/scitranslmed.3003726 . PMID 22649089. S2CID 34723244 .  
  43. ↑ كيندي آي، وو جيه، بابادوبولوس إن، كينزلر كيه دبليو، فوغلشتاين بي (يونيو 2011). "الكشف عن الطفرات النادرة وتحديد كميتها باستخدام التسلسل المتوازي الضخم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 108 (23): 9530-5 . Bibcode : 2011PNAS..108.9530K . doi : 10.1073/pnas.1105422108 . PMC 3111315. PMID 21586637 .  
  44. ↑ كينيدي إس آر، شميت إم دبليو، فوكس إي جيه، كورن بي إف، سالك جيه جيه، آهن إي إتش، بريندل إم جيه، كوونغ كيه جيه، شين جيه سي، ريسكس آر إيه، لوب إل إيه (نوفمبر 2014). "الكشف عن الطفرات منخفضة التردد للغاية بواسطة التسلسل المزدوج" . بروتوكولات الطبيعة . 9 (11): 2586-2606 . doi : 10.1038/nprot.2014.170 . PMC 4271547. PMID 25299156 .  
  45. هيربرتس ، كاميرون؛ أنالا، ماتي؛ سيبولا، جوناتان؛ نغ، سارة دبليو إس؛ تشين، شين يي إي؛ نورمينين، أنسي؛ كورهونين، أولغا في؛ مونزور، أصلي دي؛ بيجا، كيفن؛ شونلاو، إيلينا؛ بيرناليس، سيسيلي كيو؛ ريتش، إيلي؛ بيكون، جاك في دبليو؛ لاك، ناثان إيه؛ نيكتر، ماتي (أغسطس 2022). " التسلسل الزمني العميق للجينوم الكامل لـ ctDNA لسرطان البروستاتا المقاوم للعلاج" . نيتشر . 608 (7921): 199-208 . Bibcode : 2022Natur.608..199H . doi : 10.1038/s41586-022-04975-9 . ISSN 1476-4687 . PMID 35859180. S2CID 250730778 .​   
  46. ↑ هروبان، كارولين؛ بروم، دانيال سي؛ تشين، إينا إم؛ كول، شاشيكانت؛ أنابراجادا، أكشايا في؛ فولبيسكو، نيكولاس إيه؛ شورت، سارة؛ ثيل، سوزان؛ بوياباتي، كافيا؛ أليباناهي، بهار؛ سكيدمور، زاكاري إل؛ ليال، أليساندرو؛ كريستيانو، ستيفن؛ أدليف، فيلموس؛ يوهانسن، جوليا إس. (23-05-2025). "تحليلات على مستوى الجينوم للحمض النووي الخالي من الخلايا للمراقبة العلاجية لمرضى سرطان البنكرياس" . مجلة ساينس أدفانسز . 11 (21) eads5002. Bibcode : 2025SciA...11S5002H . doi : 10.1126/sciadv.ads5002 . ISSN 2375-2548 . PMC 12094228 . PMID 40397745 .   
  47. ↑ زو، دونغهوي؛ داي، روبرت؛ كوكاديز، جودي أ؛ باراكال، سارة؛ ميتشل، ويلسون؛ بلاك، مايكل أ؛ لورانس، بن؛ فيتزجيرالد، ساندرا؛ برينت، كريستين؛ جاكسون، كريستوفر؛ غيلفورد، باري (13 نوفمبر 2020). "الحمض النووي الورمي المتداول مؤشر حساس للمراقبة الروتينية لاستجابة العلاج في سرطان القولون والمستقيم المتقدم" . التسرطن . 41 (11): 1507-1517 . doi : 10.1093/carcin/bgaa102 . ISSN 0143-3334 . PMID 32955091 .  
  48. ↑ فيتزجيرالد، ساندرا؛ بلينكيرون، شيري؛ ستيفنز، روزالي؛ ماثي، جون أ.؛ سومرز-إدغار، تيفاني؛ رولف، جيل؛ مارتن، ريتشارد؛ جاكسون، كريستوفر؛ إيكلز، مايكل؛ روب، تامسين؛ رودجر، إيوان؛ لورانس، بن؛ جيلفورد، باري؛ لاشام، أنيت؛ برينت، كريستين ج. (2023). "التعقيد الطفري الديناميكي للحمض النووي الخلوي الحر لدى مرضى سرطان الجلد الذين يتلقون العلاج المناعي" . التشخيص والعلاج الجزيئي . 27 (4): 537-550 . doi : 10.1007/s40291-023-00651-4 . ISSN 1177-1062 . PMC 10131510. PMID 37099071 .   
  49. ↑ تشان، هيو تينغ؛ ناغاياما، ساتوشي؛ أوتاكي، ماسومي؛ تشين، يون مينغ؛ فوكوناغا، يوسوكي؛ أوينو، ماساشي؛ ناكامورا، يوسوكي؛ لو، سيو كي (26 يناير 2023). "الحمض النووي الورمي المتداول، سواءً كان مرتبطًا بنوع الورم أو غير مرتبط به، كعلامة حيوية لخطر عودة سرطان القولون والمستقيم بعد استئصاله" . مجلة فرونتيرز إن أونكولوجي . 12 1055968. doi : 10.3389/fonc.2022.1055968 . PMC 9909342. PMID 36776372 .  
  50. ↑ رابيسوون إس، فيتش إي إي، ويلستين إيه (2016). "المؤشرات الحيوية الدورية لمراقبة تطور السرطان وعلاجه" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 14 : 211-222 . doi : 10.1016/j.csbj.2016.05.004 . PMC 4913179. PMID 27358717 .  
  51. ↑ كراولي إي، دي نيكولانتونيو إف، لوباكيس إف، بارديلي إيه (أغسطس 2013). "الخزعة السائلة: رصد علم الوراثة السرطانية في الدم" . مجلة نيتشر ريفيوز. علم الأورام السريري . 10 (8): 472-484 . doi : 10.1038/nrclinonc.2013.110 . PMID 23836314. S2CID 25537784 .  
  52. ↑ هروبان، كارولين؛ بروم، دانيال سي؛ تشين، إينا إم؛ كول، شاشيكانت؛ أنابراجادا، أكشايا في؛ فولبيسكو، نيكولاس إيه؛ شورت، سارة؛ ثيل، سوزان؛ بوياباتي، كافيا؛ أليباناهي، بهار؛ سكيدمور، زاكاري إل؛ ليال، أليساندرو؛ كريستيانو، ستيفن؛ أدليف، فيلموس؛ يوهانسن، جوليا إس. (23-05-2025). "تحليلات على مستوى الجينوم للحمض النووي الخالي من الخلايا للمراقبة العلاجية لمرضى سرطان البنكرياس" . مجلة ساينس أدفانسز . 11 (21) eads5002. Bibcode : 2025SciA...11S5002H . doi : 10.1126/sciadv.ads5002 . ISSN 2375-2548 . PMC 12094228 . PMID 40397745 .   
  53. ↑ مرتضى م، داوسون س ج، بوغريبنياك ك، رويدا أ م، بروفنزانو إ، غرانت ج، تشين س ف، تسوي د و، ماراس ف، غيل د، علي ه ر، شاه ب، كونتنتي-كومو ت، فرحاني ه، شومانسكي ك، كينغسبري ز، همفري س، بنتلي د، شاه س ب، واليس م، روزنفيلد ن، كالداس س (نوفمبر 2015). "التطور النسيلي متعدد البؤر الذي تم توصيفه باستخدام الحمض النووي للورم المنتشر في حالة سرطان الثدي النقيلي" . نيتشر كوميونيكيشنز . 6 (1) 8760. Bibcode : 2015NatCo...6.8760M . doi : 10.1038/ncomms9760 . PMC 4659935. PMID 26530965 .  

للمزيد من القراءة