الإكسوم
يتكون الإكسوم من جميع الإكسونات الموجودة في الجينوم ، وهي التسلسلات التي تبقى ضمن الحمض النووي الريبوزي الناضج بعد إزالة الإنترونات بواسطة عملية التضفير . ويشمل ذلك المناطق غير المترجمة من الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) والمناطق المشفرة . وقد أثبت تسلسل الإكسوم فعاليته في تحديد الأساس الجيني لأكثر من عشرين اضطرابًا وراثيًا مندليًا أو أحادي الجين . [ 1 ]
إحصائيات

يتكون الإكسوم البشري من حوالي 233,785 إكسونًا ، حوالي 80% منها يقل طولها عن 200 زوج قاعدي ، وتشكل مجتمعةً حوالي 1.1% من الجينوم الكلي ، أو ما يقارب 30 ميغابايت من الحمض النووي . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] على الرغم من أنها تشكل جزءًا صغيرًا جدًا من الجينوم ، يُعتقد أن الطفرات في الإكسوم تحمل 85% من الطفرات التي لها تأثير كبير على الأمراض. [ 5 ]
تعريف
يختلف الإكسوم عن الترانسكريبتوم ، الذي يُمثل جميع الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُستنسخ داخل نوع الخلية. فبينما يظل الإكسوم ثابتًا بين أنواع الخلايا المختلفة، يتغير الترانسكريبتوم تبعًا لبنية ووظيفة الخلايا. ونتيجةً لذلك، لا يُترجم الإكسوم بأكمله إلى بروتين في كل خلية، إذ تُنسخ أنواع الخلايا المختلفة أجزاءً منه فقط، وتُترجم المناطق المشفرة من الإكسونات فقط إلى بروتينات.
التسلسل الجيني من الجيل التالي
يُتيح تسلسل الجيل التالي (NGS) التسلسل السريع لكميات كبيرة من الحمض النووي، مما يُحدث نقلة نوعية في دراسة علم الوراثة، ويُغني عن الطرق القديمة مثل تسلسل سانجر . وقد بدأت هذه التقنية بالانتشار في مجالي الرعاية الصحية والبحث العلمي، ليس فقط لكونها طريقة موثوقة لتحديد الاختلافات الجينية، بل أيضاً لكونها فعّالة من حيث التكلفة، وتُمكّن الباحثين من تسلسل الجينومات الكاملة في غضون أيام إلى أسابيع، مقارنةً بالطرق السابقة التي كانت تستغرق شهوراً. يشمل تسلسل الجيل التالي كلاً من تسلسل الإكسوم الكامل وتسلسل الجينوم الكامل . [ 6 ]
تسلسل الإكسوم الكامل
يُعدّ تسلسل الإكسوم للفرد، بدلاً من تسلسل جينومه الكامل، طريقةً أكثر فعالية من حيث التكلفة والكفاءة لتشخيص الاضطرابات الوراثية النادرة. [ 7 ] [ 8 ] كما وُجد أنه أكثر فعالية من طرق أخرى مثل النمط النووي والمصفوفات الدقيقة . [ 9 ] ويعود هذا التميّز إلى حد كبير إلى أن الأنماط الظاهرية للاضطرابات الوراثية ناتجة عن طفرات في الإكسونات. إضافةً إلى ذلك، ولأن الإكسوم لا يُمثّل سوى 1.5% من إجمالي الجينوم، فإن هذه العملية أسرع وأكثر فعالية من حيث التكلفة، إذ تتضمن تسلسل حوالي 40 مليون قاعدة بدلاً من 3 مليارات زوج من القواعد التي تُشكّل الجينوم. [ 10 ]
تسلسل الجينوم الكامل
من جهة أخرى، وُجد أن تسلسل الجينوم الكامل يُتيح رؤية أشمل للتغيرات في الحمض النووي مقارنةً بتسلسل الإكسوم الكامل . وبالنسبة لتغيرات النوكليوتيدات المفردة تحديدًا ، يُعد تسلسل الجينوم الكامل أكثر فعالية وحساسية من تسلسل الإكسوم الكامل في الكشف عن الطفرات التي يُحتمل أن تُسبب الأمراض داخل الإكسوم. [ 11 ] ويجب أيضًا مراعاة أن المناطق غير المشفرة قد تُشارك في تنظيم الإكسونات التي تُشكل الإكسوم، ولذلك قد لا يُظهر تسلسل الإكسوم الكامل جميع التسلسلات المُشاركة في تكوين الإكسوم.
الاعتبارات الأخلاقية
في كلا نوعي التسلسل الجيني ، سواءً تسلسل الإكسوم الكامل أو تسلسل الجينوم الكامل، يرى البعض ضرورة مراعاة الأخلاقيات الطبية عند إجراء هذه الاختبارات. فبينما يسعى الأطباء جاهدين للحفاظ على استقلالية المريض، فإن التسلسل الجيني يتطلب من المختبرات عمدًا فحص متغيرات جينية قد لا تكون مرتبطة إطلاقًا بحالة المريض، وقد تكشف عن نتائج لم تكن مطلوبة. إضافةً إلى ذلك، يُعتقد أن هذه الاختبارات تنطوي على أشكال من التمييز ضد فئات معينة بسبب امتلاكها جينات محددة، مما قد يُؤدي إلى وصم هذه الفئات أو تكوين مواقف سلبية تجاهها. [ 12 ]
الأمراض والتشخيصات
تشكل الطفرات النادرة التي تؤثر على وظيفة البروتينات الأساسية غالبية الأمراض الوراثية . إضافةً إلى ذلك، تقع الغالبية العظمى من الطفرات المسببة للأمراض في المواقع الوراثية ضمن المنطقة المشفرة. [ 5 ] بهدف إيجاد أفضل الطرق للكشف عن الطفرات الضارة وتشخيص المرضى بنجاح، يتطلع الباحثون إلى الإكسوم بحثًا عن أدلة تساعد في هذه العملية.
يُعدّ تسلسل الإكسوم الكامل تقنية حديثة ساهمت في اكتشاف العديد من الاضطرابات الوراثية، ورفعت من معدل تشخيص المرضى الذين يعانون من اضطرابات وراثية نادرة. وبشكل عام، مكّن تسلسل الإكسوم الكامل مقدمي الرعاية الصحية من تشخيص ما بين 30% و50% من المرضى الذين كان يُعتقد سابقًا أنهم مصابون باضطرابات مندلية نادرة. وقد أشارت الدراسات إلى أن لتسلسل الإكسوم الكامل في البيئات السريرية العديد من المزايا غير المستكشفة. فبالإضافة إلى قدرته على تعزيز فهمنا للأنماط الوراثية، فإنه يمتلك القدرة، في البيئات السريرية، على تغيير إدارة المرضى الذين يعانون من اضطرابات نادرة وغير معروفة سابقًا، مما يسمح للأطباء بتطوير تدخلات أكثر دقة وتخصيصًا. [ 13 ]
على سبيل المثال، متلازمة بارتر ، المعروفة أيضًا باسم اعتلال الكلى المُهدر للأملاح، هي مرض وراثي يصيب الكلى، ويتسم بانخفاض ضغط الدم، وانخفاض مستوى البوتاسيوم في الدم، وارتفاع حموضة الدم (القلاء) ، مما يؤدي إلى إرهاق العضلات ومستويات متفاوتة من الوفيات. [ 14 ] وهي مثال على الأمراض النادرة، إذ تصيب أقل من شخص واحد من بين كل مليون شخص، وقد استفاد مرضاها بشكل كبير من تسلسل الإكسوم الكامل. فبفضل هذه الطريقة، تم تشخيص المرضى الذين لم تظهر عليهم سابقًا الطفرات الكلاسيكية المرتبطة بمتلازمة بارتر رسميًا، وذلك بعد اكتشاف وجود طفرات خارج المواقع الجينية المستهدفة. [ 5 ] وبذلك تمكنوا من الحصول على علاج أكثر دقة وفعالية للمرض.
تركز معظم دراسات تسلسل الإكسوم في سياق تشخيص الأمراض على الأليلات المُشفِّرة للبروتينات التي تُسبب فقدان وظيفتها. ومع ذلك، أظهرت الأبحاث أن التطورات المستقبلية التي تسمح بدراسة المناطق غير المُشفِّرة، داخل الإكسوم وخارجه، قد تُسهم في تعزيز قدرات تشخيص الاضطرابات الوراثية النادرة. [ 15 ] الإكسوم هو جزء من الجينوم يتكون من الإكسونات ، وهي التسلسلات التي تبقى ضمن الحمض النووي الريبوزي الناضج بعد إزالة الإنترونات بواسطة عملية التضفير ، وتُساهم في تكوين البروتين النهائي الذي يُشفِّره ذلك الجين. يتكون الإكسوم من جميع الحمض النووي الذي يُنسخ إلى حمض نووي ريبوزي ناضج في خلايا أي نوع، وهو يختلف عن النسخ الجيني ، الذي يُمثل الحمض النووي الريبوزي الذي يُنسخ فقط في مجموعة خلايا مُحددة. يتكون الإكسوم في الجينوم البشري من حوالي 180,000 إكسون، أي ما يُعادل 1% من إجمالي الجينوم ، أو حوالي 30 ميغابايت من الحمض النووي . [ 16 ] على الرغم من أن الإكسوم يشكل جزءًا صغيرًا جدًا من الجينوم ، يُعتقد أن الطفرات فيه تحتوي على 85% من الطفرات التي لها تأثير كبير على الأمراض. [ 17 ] [ 18 ] وقد أثبت تسلسل الإكسوم أنه استراتيجية فعالة لتحديد الأساس الجيني لأكثر من عشرين اضطرابًا وراثيًا مندليًا أو أحادي الجين . [ 19 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ بامشاد إم جيه، نغ إس بي، بيغام إيه دبليو، تابور إتش كيه، إيموند إم جيه، نيكرسون دي إيه، شندور جيه (سبتمبر 2011). "تسلسل الإكسوم كأداة لاكتشاف جينات الأمراض المندلية". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 12 (11): 745-755 . doi : 10.1038/nrg3031 . PMID 21946919. S2CID 15615317 .
- ↑ ساخاركار إم كيه، تشاو في تي، كانغوين بي (2004). "توزيع الإكسونات والإنترونات في الجينوم البشري". في علم الأحياء الحاسوبي . 4 (4): 387-393 . doi : 10.3233/ISB-00142 . PMID 15217358 .
- ↑ فينتر جيه سي، آدامز إم دي، مايرز إي دبليو، لي بي دبليو، مورال آر جيه، ساتون جي جي، وآخرون . (فبراير 2001). "تسلسل الجينوم البشري". مجلة ساينس . 291 (5507): 1304-1351 . رمز Bibcode : 2001Sci...291.1304V . doi : 10.1126/science.1058040 . PMID 11181995 .
- ↑ نغ إس بي، تيرنر إي إتش، روبرتسون بي دي، فلايغار إس دي، بيغام إيه دبليو، لي سي، وآخرون . (سبتمبر 2009). "التقاط مُستهدف وتسلسل متوازٍ واسع النطاق لـ 12 إكسومًا بشريًا" . نيتشر . 461 ( 7261): 272-276 . Bibcode : 2009Natur.461..272N . doi : 10.1038/nature08250 . PMC 2844771. PMID 19684571 .
- 1 2 3 تشوي م، شول يو آي، جي دبليو، ليو تي، تيخونوفا آي آر، زومبو ب، وآخرون . (نوفمبر 2009). "التشخيص الجيني عن طريق التقاط الإكسوم الكامل وتسلسل الحمض النووي المتوازي على نطاق واسع" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 106 (45): 19096-1910 . Bibcode : 2009PNAS..10619096C . doi : 10.1073/pnas.0910672106 . PMC 2768590. PMID 19861545 .
- ↑ "ما هو تسلسل الإكسوم الكامل وتسلسل الجينوم الكامل؟" . مرجع علم الوراثة المنزلي . المكتبة الوطنية للطب، المعاهد الوطنية للصحة، وزارة الصحة والخدمات الإنسانية الأمريكية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 7 نوفمبر 2019 .
- ^ Erjavec SO، Gelfman S، عبد العزيز AR، Lee EY، Monga I، Alkelai A، Ionita-Laza I، Petukhova L، Christiano AM (فبراير 2022). "تسلسل الإكسوم الكامل في داء الثعلبة يحدد المتغيرات النادرة في KRT82" . نات كومون . 13 (1) 800. بيب كود : 2022NatCo..13..800E . دوى : 10.1038/s41467-022-28343-3 . بمك 8831607 . بميد 35145093 .
- ↑ يانغ واي، موزني دي إم، ريد جي جي، بينبريدج إم إن، ويليس إيه، وارد بي إيه، وآخرون . (أكتوبر 2013). "التسلسل الكامل للإكسوم السريري لتشخيص الاضطرابات المندلية" . مجلة نيو إنجلاند الطبية . 369 (16): 1502-1511 . doi : 10.1056 / NEJMoa1306555 . PMC 4211433. PMID 24088041 .
- ↑ إديلسون، ب.ك.، دوجوف، ل.، بروملي، ب. (2019-01-01). "الفصل 11 - التقييم الجيني لتشوهات التصوير بالموجات فوق الصوتية للجنين". في: نورتون، م.إ.، كولر، ج.أ.، دوجوف، ل. (محررون). علم الوراثة المحيطة بالولادة . مستودع المحتوى فقط! الصفحات 105-124 . ISBN 978-0-323-53094-1.
- ↑ ناجيل، ب. (نوفمبر 2013). "تسلسل الإكسوم: خطوة صغيرة في علاج فرط الحرارة الخبيث، وخطوة عملاقة في تخصصنا - لماذا يُعد تسلسل الإكسوم مهمًا لنا جميعًا، وليس فقط للخبراء" . التخدير . 119 ( 5): 1006-1008 . doi : 10.1097/ALN.0b013e3182a8a90c . PMC 3980570. PMID 24195944 .
- ↑ بلكادي أ، بولز أ، إيتان ي، كوبات أ، فنسنت كيو بي، أنتيبينكو أ، وآخرون . (أبريل 2015). "تسلسل الجينوم الكامل أكثر فعالية من تسلسل الإكسوم الكامل في الكشف عن متغيرات الإكسوم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 112 (17): 5473-5478 . Bibcode : 2015PNAS..112.5473B . doi : 10.1073 / pnas.1418631112 . PMC 4418901. PMID 25827230 .
- ↑ جاف سي إل، ماتشيوكا آي (2016-01-01). "الفصل 15 - المنظور الجينومي للاستشارة الوراثية". في كومار دي، أنتوناراكيس إس (محرران). علم الجينوم الطبي والصحي . دار النشر الأكاديمية. الصفحات 201-212 . doi : 10.1016/b978-0-12-420196-5.00015-0 . ISBN 978-0-12-420196-5.
- ↑ Zhu X, Petrovski S, Xie P, Ruzzo EK, Lu YF, McSweeney KM, et al. (أكتوبر 2015). " تسلسل الإكسوم الكامل في الأمراض الوراثية غير المشخصة: تفسير 119 ثلاثيًا" . علم الوراثة في الطب . 17 (10): 774-81 . doi : 10.1038/gim.2014.191 . PMC 4791490. PMID 25590979 .
- ↑ "متلازمة بارتر" . مرجع علم الوراثة المنزلي . المكتبة الوطنية للطب، المعاهد الوطنية للصحة، وزارة الصحة والخدمات الإنسانية الأمريكية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19 نوفمبر 2019 .
- ↑ فريزار إل، مونتغمري إس بي (ديسمبر 2018). "تشخيص الأمراض النادرة بعد تحليل الإكسوم" . دراسات الحالة الجزيئية في كولد سبرينغ هاربور . 4 (6) a003392. doi : 10.1101/mcs.a003392 . PMC 6318767. PMID 30559314 .
- ↑ نغ إس بي، تيرنر إي إتش، روبرتسون بي دي، فلايغار إس دي، بيغام إيه دبليو، لي سي، وآخرون . (سبتمبر 2009). "التقاط مُستهدف وتسلسل متوازٍ واسع النطاق لـ 12 إكسومًا بشريًا" . نيتشر . 461 ( 7261): 272-276 . Bibcode : 2009Natur.461..272N . doi : 10.1038/nature08250 . PMC 2844771. PMID 19684571 .
- ↑ سليمان ش.ح، كوكو م.إ، ناصر و.ح، الفاتح أ، الجيزولي أ.ك، عبد الله م.أ، وآخرون (2015). "تسلسل الإكسوم لعائلة مصابة بسرطان القولون والمستقيم يكشف عن نمط طفرات مشترك ودائرة استعداد على طول مسارات الورم" . فرونتيرز إن جينيتكس . 6 : 288. doi : 10.3389/fgene.2015.00288 . PMC 4584935. PMID 26442106 .
- ↑ تشوي م، شول يو آي، جي دبليو، ليو تي، تيخونوفا آي آر، زومبو ب، وآخرون . (نوفمبر 2009). "التشخيص الجيني عن طريق التقاط الإكسوم الكامل وتسلسل الحمض النووي المتوازي على نطاق واسع" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 106 (45): 19096-1910 . Bibcode : 2009PNAS..10619096C . doi : 10.1073 / pnas.0910672106 . PMC 2768590. PMID 19861545 .
- ↑ بامشاد إم جيه، نغ إس بي، بيغام إيه دبليو، تابور إتش كيه، إيموند إم جيه، نيكرسون دي إيه، شندور جيه (سبتمبر 2011). "تسلسل الإكسوم كأداة لاكتشاف جينات الأمراض المندلية". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 12 (11): 745-755 . doi : 10.1038/nrg3031 . PMID 21946919. S2CID 15615317 .
- علم الوراثة البشرية
- علم الوراثة
