قائمة برامج قياس الطيف الكتلي

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

تُستخدم برامج قياس الطيف الكتلي في جمع البيانات وتحليلها أو عرضها في قياس الطيف الكتلي .

برامج البروتينات

في مجال قياس الطيف الكتلي للبروتينات، تُستخدم تجارب قياس الطيف الكتلي الترادفي (المعروف أيضًا باسم MS/MS أو MS² ) لتحديد البروتينات / الببتيدات . تنقسم خوارزميات تحديد الببتيدات إلى فئتين رئيسيتين: البحث في قواعد البيانات والبحث من الصفر . يعتمد البحث الأول على قاعدة بيانات تحتوي على جميع تسلسلات الأحماض الأمينية المفترض وجودها في العينة المُحللة. في المقابل، يستنتج البحث الثاني تسلسلات الببتيدات دون معرفة البيانات الجينومية .

خوارزميات البحث في قواعد البيانات

اسميكتبوصف
أندروميدابرامج مجانيةأندروميدا هو محرك بحث عن الببتيدات يعتمد على التقييم الاحتمالي، وقد طوّره يورغن كوكس وآخرون في معهد ماكس بلانك للكيمياء الحيوية . يستطيع هذا المحرك التعامل مع البيانات بدقة عالية جدًا في كتلة الشظايا، كما أنه قادر على تحديد وتقييم أنماط معقدة من التعديلات ما بعد الترجمة ، مثل الببتيدات عالية الفسفرة . يمكن تشغيله بشكل مستقل أو دمجه مع برامج أخرى، مما يتيح تحليل مجموعات البيانات الكبيرة على جهاز كمبيوتر مكتبي. [ 1 ]
بايونيكملكية خاصةByonic هي خوارزمية بحث في قواعد البيانات تم إصدارها في عام 2011 بواسطة Protein Metrics Inc. مع تطويرات أصلية في PARC . [ 2 ] تبحث في بيانات MS/MS من جميع أنواع الأجهزة وتستخدم داخليًا برنامج Combyne، [ 3 ] الذي يجمع بين تعريفات الببتيدات لإنتاج درجات البروتين واحتمالات التعريف.
شيميريسملكية خاصةCHIMERYS هي خوارزمية بحث في قواعد البيانات مصممة للعمل على الحوسبة السحابية، وتعتمد بشكل كبير على الذكاء الاصطناعي لتحديد الببتيدات وفك تشفير الأطياف الكيميرية. وقد طورتها شركة MSAID GmbH، التي تأسست في جامعة ميونخ التقنية .
المذنبالمصادر المفتوحةComet هو خوارزمية بحث في قواعد البيانات تعمل عبر سطر الأوامر، وقد طُوّرت في جامعة واشنطن . تستقبل هذه الخوارزمية الأطياف بتنسيقات الإدخال المدعومة، وتكتب ملفات بصيغ .pep.xml و .pin.xml و .sqt و/أو .out. [ 4 ]
غريلاغالمصادر المفتوحةGreylag هي خوارزمية بحث في قواعد البيانات تم تطويرها في معهد ستورز للأبحاث الطبية، وهي مصممة لإجراء عمليات بحث كبيرة على مجموعات الحوسبة التي تحتوي على مئات العقد.
فحصالمصادر المفتوحةInsPecT هي خوارزمية بحث عن محاذاة MS تم تطويرها بواسطة مركز قياس الطيف الكتلي الحسابي في جامعة كاليفورنيا، سان دييغو . [ 5 ]
جالب الحظملكية خاصةيقوم برنامج Mascot بتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي من خلال تقييم إحصائي للمطابقات بين أجزاء الببتيد المرصودة والمتوقعة. [ 6 ]
ماس ماتريكسبرامج مجانيةMassMatrix هي خوارزمية بحث في قواعد البيانات لبيانات مطياف الكتلة الترادفي. وهي تستخدم نموذج تسجيل احتمالي حساس لدقة الكتلة لترتيب تطابقات الببتيدات والبروتينات.
ماسويزالمصادر المفتوحةMassWiz هي خوارزمية بحث تم تطويرها في معهد علم الجينوم وعلم الأحياء التكاملي ويمكن استخدامها كأداة سطر أوامر لنظام التشغيل Windows.
ميتا مورفيوسالمصادر المفتوحةMetaMorpheus هو برنامج بحث بروتيوميات تم تطويره في جامعة ويسكونسن-ماديسون، ويتميز بقدرات متكاملة تشمل المعايرة، واكتشاف التعديلات ما بعد الترجمة، والبحث البروتيوميات من الأسفل إلى الأعلى ومن الأعلى إلى الأسفل، والبحث باستخدام مطياف الكتلة المتشابك (XL-MS)، والبحث البروتيوجينومي، والقياس الكمي بدون علامات (LFQ). [ 7 ]
MSFraggerبرامج مجانيةMSFragger هي أداة بحث في قواعد البيانات تعتمد على فهرسة أيونات التجزئة الفعالة، وقد طُوّرت في جامعة ميشيغان . وهي قادرة على إجراء عمليات بحث مفتوحة (تتحمل الكتلة) لاكتشاف التعديلات ما بعد الترجمة، وعمليات بحث في علم البروتينات السكرية المرتبطة بـ O و N ، وعمليات بحث شبه إنزيمية وغير إنزيمية، وعمليات بحث تقليدية في قواعد البيانات. [ 8 ]
MS-GF+المصادر المفتوحةيقوم برنامج MS-GF+ (المعروف أيضًا باسم MSGF+ أو MSGFPlus) بتحديد الببتيدات من خلال مقارنة أطياف MS/MS بالببتيدات المستمدة من قاعدة بيانات تسلسل البروتينات. وقد طُوّر برنامج MS-GF+ في مركز قياس الطيف الكتلي الحاسوبي بجامعة كاليفورنيا في سان دييغو، مع استكمال العمل عليه لاحقًا في مختبر باسيفيك نورث ويست الوطني (PNNL).
MS-LAMPالمصادر المفتوحةMS-LAMP هو برنامج مستقل قادر على المساعدة في تفسير بيانات مطياف الكتلة للدهون باستخدام التأين بالرذاذ الإلكتروني (ESI) و/أو التأين بالليزر بمساعدة المصفوفة (MALDI). [ 9 ]
ميريماتشالمصادر المفتوحةMyriMatch هو برنامج بحث في قواعد البيانات تم تطويره في المركز الطبي بجامعة فاندربيلت، وهو مصمم للعمل في بيئة حاسوب واحد أو عبر مجموعة كاملة من عقد المعالجة. [ 10 ]
برنامج البحث الطيفي الكتلي التابع للمعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا (NIST) الإصدار 3.0برنامج تجارييحتوي هذا البرنامج على مكتبة أطياف الكتلة NIST/EPA/NIH للتأين الإلكتروني (EI) ومكتبة NIST Tandem لأطياف كتلة أيونات الناتج في قاعدة بيانات قابلة للبحث. تشمل الميزات الإضافية برنامج NIST MS Interpreter وAMDIS. وقد طُوّر هذا البرنامج من قِبل المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا . [ 11 ]
OMSSAبرامج مجانيةخوارزمية البحث المفتوحة في مطياف الكتلة (OMSSA) هي محرك بحث لتحديد أطياف الببتيدات في مطياف الكتلة الترادفي (MS/MS) من خلال البحث في مكتبات تسلسلات البروتينات المعروفة. تحدد OMSSA النتائج المهمة باستخدام درجة احتمالية تم تطويرها باستخدام اختبار الفرضيات الكلاسيكي، وهو نفس الأسلوب الإحصائي المستخدم في BLAST . وقد طُوّرت في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية . [ 12 ] [ 13 ]
قاعدة بيانات القممملكية خاصةPeaks DB هو محرك بحث في قواعد البيانات، يعمل بالتوازي مع التسلسل من الصفر للتحقق تلقائيًا من نتائج البحث، مما يسمح بالعثور على المزيد من التسلسلات بمعدل اكتشاف خاطئ محدد. بالإضافة إلى توفير بحث مستقل في قاعدة البيانات، يمكن دمج النتائج كجزء من أداة إعداد التقارير التوافقية متعددة المحركات (Sequest، Mascot، X!Tandem، OMSSA، PEAKS DB) في inChorus. [ 14 ] كما توفر الأداة قائمة بالتسلسلات التي تم تحديدها حصريًا عن طريق التسلسل من الصفر.
pFindبرامج مجانيةيُعدّ برنامج pFind Studio حلاً حاسوبياً لعلم البروتينات القائم على قياس الطيف الكتلي. وقد طُوّر في عام 2002 في معهد تكنولوجيا الحوسبة التابع للأكاديمية الصينية للعلوم في بكين، الصين.
فينيكسملكية خاصةفينيكس هو محرك بحث لقواعد بيانات التسلسلات، طُوِّر بواسطة جنيف للمعلوماتية الحيوية (GeneBio) بالتعاون مع المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB). يدمج فينيكس برنامج OLAV، وهو مجموعة من نماذج التقييم الإحصائي، لإنشاء وتحسين مخططات التقييم التي يمكن تخصيصها لجميع أنواع الأجهزة، وإعدادات الأجهزة، ومعالجات العينات العامة. [ 15 ]
معرف الاحتمالالمصادر المفتوحةProbID هي أداة برمجية مصممة لتحديد الببتيدات من أطياف الكتلة الترادفية باستخدام قاعدة بيانات لتسلسل البروتين. وقد طُوّرت في مجموعة المعلوماتية الحيوية، معهد تكنولوجيا الحوسبة، الأكاديمية الصينية للعلوم، بكين، الصين. [ 16 ]
برولوسيدبرامج مجانيةProLuCID هي خوارزمية لتحديد الببتيدات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي وقواعد بيانات تسلسل البروتين، وقد طُوّرت مؤخرًا بواسطة تاو شو وآخرين في مختبر ييتس في معهد سكريبس للأبحاث. [ 17 ]
ProSightPC و ProSightPDملكية خاصةProSightPC/PD هي أدوات برمجية للبحث في بيانات قياس الطيف الكتلي الترادفي للببتيدات والبروتينات مقابل قواعد البيانات المشتقة من UniProt لتحديد وتوصيف الأشكال البروتينية .
برنامج ProteinPilotملكية خاصةيستخدم برنامج ProteinPilot خوارزمية بحث قاعدة بيانات Paragon التي تجمع بين توليد علامات تسلسلية قصيرة (taglets) لحساب قيم درجة حرارة التسلسل وتقديرات احتمالات الميزات لتمكين تحديد الببتيدات. ويأخذ البرنامج في الاعتبار مئات التعديلات، والانقسامات غير التربسينية، واستبدالات الأحماض الأمينية. كما يستخدم خوارزمية Pro Group لتحليل استدلال البروتين، ليقدم مجموعة دنيا من البروتينات المُبررة بناءً على أدلة الببتيدات. يدعم ProteinPilot التحديد الكمي لسير العمل القائم على الوسم (كواشف iTRAQ، وكواشف mTRAQ، ووسم SILAC). تقوم طبقة ترجمة بتحويل عناصر التحكم في واجهة المستخدم، بلغة عالم البروتينات، إلى معلمات معلوماتية معقدة. [ 18 ]
مستكشف البروتينالمصادر المفتوحةيُعدّ برنامج Protein Prospector حزمةً تضمّ حوالي عشرين أداةً لتحليل البروتينات، طُوّرت في جامعة كاليفورنيا في سان فرانسيسكو . ويعتمد البرنامج على برنامجي Batch-Tag وBatch-Tag Web للبحث في مطياف الكتلة الترادفي، حيث تُعالَج النتائج وتُعرَض باستخدام برنامج Search Compare.
غارةضائعتم تطوير برنامج RAId في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية، وهو عبارة عن مجموعة من أدوات علم البروتينات لتحليل بيانات مطياف الكتلة الترادفي إحصائياً. [ 20 ]
طلبملكية خاصةبرنامج SEQUEST هو برنامج لتحليل بيانات مطياف الكتلة يُستخدم لتحديد البروتينات. وهو يربط مجموعات من أطياف الكتلة الترادفية بتسلسلات الببتيدات التي تم إنشاؤها من قواعد بيانات تسلسلات البروتينات . [ 21 ]
سيمزالمصادر المفتوحةصُممت تقنية SIMS لإجراء عمليات بحث غير مقيدة عن تعديلات ما بعد الترجمة على أطياف الكتلة الترادفية. [ 22 ]
سيم تانديمبرامج مجانيةSimTandem هو محرك بحث في قواعد البيانات لتحديد تسلسلات الببتيدات من بيانات LC/MS/MS. يمكن استخدام هذا المحرك كأداة خارجية في OpenMS /TOPP. [ 23 ]
SQIDالمصادر المفتوحةSeQuence IDentification (SQID) هي خوارزمية لتحديد البروتينات تتضمن شدة الإشارة في مطياف الكتلة الترادفي.
تايد (إعادة كتابة كروكس)المصادر المفتوحةتايد أداة لتحديد الببتيدات من أطياف الكتلة الترادفية. وهي إعادة تطبيق مستقلة لخوارزمية SEQUEST، التي تحدد الببتيدات بمقارنة الأطياف المرصودة بكتالوج من الأطياف النظرية المستمدة حاسوبيًا من قاعدة بيانات للبروتينات المعروفة. يُعد برنامج Crux السلف المباشر لتايد، ولكن أُعيد تصميم تايد لتحسين السرعة مع الحفاظ على نتائج SEQUEST XCorr. وقد طُوّر في جامعة واشنطن . [ 24 ]
توب إم جيالمصادر المفتوحةTopMG (تحديد البروتينات باستخدام مخططات الكتلة من أعلى إلى أسفل) هو برنامج يُستخدم لتحديد البروتينات فائقة التعديل من خلال البحث في أطياف الكتلة الترادفية من أعلى إلى أسفل مقابل قاعدة بيانات لتسلسل البروتينات. وهو قادر على تحديد البروتينات ذات التعديلات اللاحقة للترجمة المتعددة والمتغيرة، والتغيرات غير المتوقعة، مثل بروتينات الهيستون والبروتينات المفسفرة، باستخدام مخططات الكتلة. تُستخدم طرق الترشيح التقريبية القائمة على الطيف لترشيح تسلسل البروتينات، وتُستخدم طريقة مونت كارلو لسلسلة ماركوف (TopMCMC) لتقدير الدلالة الإحصائية لعمليات التحديد. [ 25 ]
موضوع رئيسيالمصادر المفتوحةيُحدد برنامج TopPIC (تحديد وتوصيف البروتينات باستخدام مطياف الكتلة من الأعلى إلى الأسفل) البروتينات ويُصنفها على مستوى البروتينوم من خلال البحث في أطياف الكتلة الترادفية من الأعلى إلى الأسفل مقابل قاعدة بيانات تسلسل البروتينات. يُعد TopPIC برنامجًا مُطورًا لبرنامج MS-Align+. يُحدد البرنامج البروتينات التي تحمل تغييرات غير متوقعة، مثل الطفرات والتعديلات ما بعد الترجمة، ويُقدر الدلالة الإحصائية لهذه التحديدات، ويُصنف البروتينات المُبلغ عنها ذات التحولات الكتلية غير المعروفة. تهدف التقنيات المُستخدمة، مثل المؤشرات، ومحاذاة الأطياف، وطرق دالة التوليد، ودرجة تحديد التعديل (MIScore)، إلى زيادة السرعة والحساسية والدقة. [ 26 ]
X!Tandemالمصادر المفتوحةبرنامج X!Tandem يطابق أطياف الكتلة الترادفية مع تسلسلات الببتيدات.
WsearchVS2020برامج مجانيةWsearchVS2020 هو برنامج لتحليل البيانات يمكنه عرض الأطياف التي تم الحصول عليها على أجهزة قياس الطيف الكتلي التجارية ويمكنه أيضًا البحث/المطابقة في قاعدة بيانات NIST التجارية.

خوارزميات التسلسل من الصفر

تعتمد خوارزميات تسلسل الببتيدات من الصفر، بشكل عام، على النهج المقترح في بارتلز وآخرون (1990). [ 27 ]

اسميكتبوصف
كازانوفوالمصادر المفتوحةCasanovo هو نموذج للتعلم الآلي يستخدم بنية شبكة عصبية محولة لترجمة تسلسل القمم في طيف الكتلة الترادفي إلى تسلسل الأحماض الأمينية التي تشكل الببتيد المُولِّد، مما يُمكِّن من تسلسل الببتيد من الصفر دون معلومات مسبقة. [ 28 ]
فرع السيكلوبرانشالمصادر المفتوحةCycloBranch هو محرك مستقل ومتعدد المنصات ومفتوح المصدر لتحديد الببتيدات غير الريبوزومية (الخطية والحلقية والمتفرعة والحلقية المتفرعة) من أطياف أيونات المنتج الدقيقة. [ 29 ]
دينوستعتمد عملية تسلسل الببتيدات على جميع المعلومات المستقاة من أطياف CAD وECD؛ وهي جزء من أداة البرمجيات Proteinmatching Analysis Software (PAS) التي بدورها جزء من حزمة برامج Medicwave Bioinformatics Suite (MBS). [ 30 ]
دينوفوكسملكية خاصةيُنتج التسلسل الجديد على أطياف CID التي تم الحصول عليها باستخدام مطياف الكتلة ذي مصيدة الأيونات تسلسلات ببتيدية كاملة و/أو جزئية (علامات التسلسل). [ 31 ]
إنستا نوفوالمصادر المفتوحةإنستا نوفو عبارة عن شبكة عصبية متحولة قادرة على ترجمة قمم أيونات التجزئة إلى تسلسل الأحماض الأمينية التي تُكوّن الببتيد (أو الببتيدات) المدروسة، مما يُتيح تسلسل الببتيدات من الصفر دون الحاجة إلى معلومات مسبقة. وقد تم تدريبها على 28 مليون طيف مُصنّف، وهي تتفوق على أحدث الطرق المُستخدمة في مجموعات البيانات المعيارية. أما إنستا نوفو+، وهو نموذج انتشار متعدد الحدود مبني على الحدس البشري، فيُحسّن الأداء بشكل أكبر من خلال التحسين التكراري للتسلسلات المُتوقعة. [ 32 ]
لوتيفسكالمصادر المفتوحةهذا برنامج لتفسير أطياف CID للببتيدات من الصفر.
نوفورملكية خاصة، مجانية للأبحاث الأكاديميةيُزعم أن محرك تسلسل الببتيدات الجديد في الوقت الحقيقي هذا سريع ودقيق ويمكن دمجه بسهولة في مسارات البحث.
القممملكية خاصةيوفر برنامج PEAKS تسلسلًا جديدًا لكل ببتيد، ودرجات ثقة في تعيينات الأحماض الأمينية الفردية مع وضع المساعدة اليدوية، وتسلسلًا جديدًا آليًا على تشغيل LC كامل، مع معالجة البيانات بسرعة تزيد عن طيف واحد في الثانية. [ 33 ] [ 34 ]
سوبرنوفوملكية خاصةيقوم هذا البرنامج بأتمتة عملية التسلسل من الصفر للأجسام المضادة وحيدة النسيلة. [ 35 ]

خوارزميات البحث عن التماثل

اسميكتبوصف
التشابه بين MSالمصادر المفتوحةMS-Homology هو برنامج بحث في قاعدة البيانات ضمن حزمة Protein Prospector يسمح بالبحث باستخدام سلاسل تجمع بين الكتل وامتدادات الأحماض الأمينية، حيث يمكن تحديد عدد حالات عدم تطابق الأحماض الأمينية المسموح بها.
العنكبوتملكية خاصةتقوم خوارزمية SPIDER بمطابقة علامات التسلسل التي تحتوي على أخطاء مع تسلسلات قاعدة البيانات لغرض تحديد البروتين والببتيد ويمكن استخدامها بالتزامن مع برنامج تحليل بيانات قياس الطيف الكتلي PEAKS.

تحديد كمية الببتيدات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي (MS/MS)

اسميكتبوصف
BACIQالمصادر المفتوحةBACIQ هو نهج رياضي دقيق يدمج شدة الببتيد واتفاق قياس الببتيد في فترات ثقة لنسب البروتين.
بيوملكية خاصةيُتيح برنامج Byos التجاري تحليل بيانات مطياف الكتلة على مستوى الببتيد باستخدام تقنية XIC، وذلك من أي مُصنِّع لمطياف الكتلة، بالإضافة إلى تحديد الكمية النسبية للتعديلات اللاحقة للترجمة (PTM) مقارنةً بالببتيدات غير المعدلة. وهو مُصمَّم خصيصًا للتطبيقات الصيدلانية الحيوية.
DIA-NNبرامج مجانيةيُطبّق برنامج DIA - NN، وهو برنامج آليّ كمّي لتحليل البروتينات يعتمد على بيانات مستقلة عن البيانات ، طُوّر في مختبري ديميتشيف ورالسر في مستشفى شاريتيه ببرلين ، ألمانيا ، خوارزمية تعلّم آليّ مبنية على مجموعة من الشبكات العصبية العميقة، لتعزيز عمق تحليل البروتينات وموثوقية تحديد الببتيدات والبروتينات. وقد صُمّم DIA-NN خصيصًا لمعالجة التجارب واسعة النطاق، ويدعم تحليل تعديلات ما بعد الترجمة (PTMs) القائمة على DIA ، مثل الفسفرة واليوبيكويتين، بالإضافة إلى تقنيات حديثة مثل Scanning SWATH [ 36 ] وdia-PASEF [ 37 ] ، كما يُمكنه إجراء تحليلات لا تتطلب مكتبة (يعمل كمحرك بحث في قواعد البيانات) [ 38 ] .
FlashLFQالمصادر المفتوحةFlashLFQ هي خوارزمية قياس كمي فائقة السرعة وخالية من العلامات لتحليل البروتينات باستخدام مطياف الكتلة. [ 39 ] كما أن FlashLFQ مدمجة في برنامج البحث MetaMorpheus، الموصوف أعلاه.
برنامج MarkerViewملكية خاصةهذا البرنامج التجاري مخصص للتحليل الإحصائي لمجموعات بيانات قياس الطيف الكتلي الكمي من تطبيقات علم الأيض وعلم البروتينات.
ماسكوت ديستريلملكية خاصةيحتوي هذا البرنامج المخصص لتحديد القمم ومعالجة البيانات الأولية على مجموعة أدوات اختيارية للقياس الكمي بدون استخدام علامات ، بالإضافة إلى الوسم المتساوي الكتلة والوسم النظائري . وهو يدعم تنسيقات الملفات الأولية من جميع موردي الأجهزة الرئيسيين.
خادم التميمةملكية خاصةيدعم محرك البحث التحديد الكمي بناءً على الوسم المتساوي الكتلة طالما أن جميع المعلومات المطلوبة جزء من طيف MS/MS.
ماسكرو كيوالمصادر المفتوحةيعمل تحليل تحديد كمية الببتيد باستخدام طرق الوسم النظائري المختلفة أو الخالية من العلامات ( SILAC ، ICAT، N-15، C-13 ...) مع أنظمة مطياف عالية ومنخفضة الدقة ويدعم معالجات البيانات المعقدة، مثل تجزئة الببتيد أو البروتين، قبل تحليل LC-MS (SCX، SDS-PAGE، إلخ).
ماكس كوانتبرامج مجانيةتم تطوير برنامج التحليل البروتيني الكمي بواسطة يورغن كوكس وآخرين في معهد ماكس بلانك للكيمياء الحيوية في مارتينسريد ، ألمانيا ، باستخدام لغة البرمجة C# ، مما يسمح بتحليل تجارب البروتينات الخالية من العلامات وتلك القائمة على تقنية SILAC . يستخدم برنامج MaxQuant محرك البحث أندروميدا لتفسير أطياف MS/MS . [ 40 ] [ 1 ]
برنامج MultiQuantملكية خاصةيمكن لهذا البرنامج معالجة مجموعات البيانات الكمية من أنظمة TripleTOF أو QTRAP، بما في ذلك MRM و SWATH Acquisition .
OpenMS / TOPPالمصادر المفتوحةتوفر مكتبة برمجيات C++ لإدارة وتحليل بيانات LC-MS/MS بنية تحتية لتطوير برامج متعلقة بقياس الطيف الكتلي. وتتيح هذه المكتبة تحديد كمية الببتيدات والمستقلبات، وتدعم التحديد الكمي بدون استخدام علامات والتحديد الكمي باستخدام علامات نظائرية (مثل iTRAQ و TMT و SILAC )، بالإضافة إلى التحديد الكمي المستهدف بتقنية SWATH-MS . [ 41 ]
OpenPIPموقع إلكتروني، الوصول المفتوحOpenPIP هي أداة طورتها شركة InterVenn Biosciences لدمج القمم التي تم الحصول عليها في تجارب مراقبة التفاعلات المتعددة (MRM). يعتمد البرنامج على الشبكات العصبية المتكررة، ويتم توجيهه بواسطة مجموعة كبيرة من القمم الكروماتوغرافية المصنفة يدويًا.
بروت ماكسبرامج مجانيةProtMAX [ 42 ] هي أداة برمجية لتحليل مجموعات بيانات قياس الطيف الكتلي للبروتينات، تم تطويرها بواسطة فولكر إيجلهوفر في جامعة فيينا.
أفقالمصادر المفتوحةبرنامج Skyline هو برنامج عميل مفتوح المصدر (Apache 2.0) يعمل بنظام ويندوز، وقد طُوّر في مختبر ماك كوس بجامعة واشنطن. [ 43 ] وهو يدعم بناء تقنيات مراقبة التفاعل الانتقائي (SRM) / مراقبة التفاعل المتعدد (MRM)، ومراقبة التفاعل المتوازي (PRM - MS/MS المستهدف)، واكتساب البيانات المستقل (DIA/SWATH)، واكتساب البيانات المستهدف (DDA) باستخدام طرق MS1 الكمية وتحليل بيانات مطياف الكتلة الناتجة.
رائد فضاءملكية خاصةطورت شركة Biognosys AG (شليرين، سويسرا) هذا البرنامج التجاري لعلم البروتينات الكمي استنادًا إلى خوارزمية mProphet [ 44 ] التي تسمح بالتحليل المستهدف لمجموعات بيانات الاستحواذ المستقل عن البيانات (DIA) لتحديد كمية الببتيدات بدون علامات، والتي تسمى أيضًا استحواذ SWATH. [ 45 ]
برنامج SWATH 2.0ملكية خاصةتتيح أداة معالجة البيانات التجارية هذه، المُدمجة في برنامج PeakView، معالجة بيانات SWATH المُكتسبة بدقة . باستخدام مكتبة أيونات البروتين/الببتيد، يتم إنشاء مخططات كروماتوغرافية للأيونات المُستخلصة من أيونات التجزئة (XICs)، وتقييمها، وتحديد كميتها للببتيدات من المكتبة. بعد تحليل معدل الاكتشاف الخاطئ (FDR)، تُصفّى النتائج، ويمكن تصدير بيانات الببتيد/البروتين الكمية لإجراء التحليل الإحصائي.

برامج أخرى

اسميكتبوصف
تطوير الكيمياء المتقدمةملكية خاصةتقدم شركة ACD حلولاً تجارية لتفسير بيانات MS و xC/MS مع مطابقة الطيف/البنية، وتحديد المستقلبات المعروفة وغير المعروفة، بالإضافة إلى تحديد المركبات من خلال المقارنة الطيفية.
أمديسبرامج مجانيةقام المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا (NIST) بتطوير هذا البرنامج لتحليل بيانات GC/MS بصيغ مختلفة. يقوم البرنامج بفك تشفير أطياف الكتلة المتداخلة، وعرض مخططات كروماتوغرافيا الكتلة، وحساب مؤشرات الاحتفاظ، ويتيح إنشاء مكتبات للمركبات المستهدفة، كما يقوم بتصدير الأطياف إلى برنامج البحث الطيفي الكتلي NISMS.
المحللملكية خاصةتم إنشاء برنامج Analyst بواسطة AB Sciex، وهو قسم من شركة Danaher Corporation ، للتحكم في أنظمة LC-MS/MS.
AnalyzerProملكية خاصةAnalyzerPro هو تطبيق برمجي مستقل عن الموردين من شركة SpectralWorks لمعالجة بيانات قياس الطيف الكتلي. يمكنه معالجة بيانات GC-MS وLC-MS باستخدام معالجة البيانات النوعية والكمية، ويُستخدم في علم الأيض مع MatrixAnalyzer لمقارنة مجموعات بيانات متعددة. وقد تم توسيعه مؤخرًا ليشمل أدوات التحليل الإحصائي والتصوير البياني (PCA). AnalyzerPro XD هو إصدار 64 بت يدعم معالجة البيانات ثنائية الأبعاد مثل GCxGC-MS.
الفنان من تصميم كلوفر بيوسوفتملكية خاصةيُعدّ برنامج Artificial Intelligence Strain Typing خدمة عبر الإنترنت تقدم أدوات تحليل بيانات MALDI-TOF MS وأدوات اكتشاف المؤشرات الحيوية، استنادًا إلى الذكاء الاصطناعي وخوارزميات التعلم الآلي.
صعودملكية خاصةASCENT هي أداة لأتمتة تحليل بيانات LC و GC-MS، تُقدم كخدمة سحابية عبر منصة سحابية. تستخدم خوارزميات التعلم الآلي لتحليل مخططات MS وتقليل الحاجة إلى المراجعة اليدوية.
معرف CFMالمصادر المفتوحةيُستخدم هذا البرنامج للتنبؤ بأطياف ESI-MS/MS باستخدام المحاكاة الحاسوبية، وشرح أطياف MS/MS، وتحديد المركبات بناءً على طيف MS/MS. وقد طُوّر باستخدام برنامج Wishartlab [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ] [ 49 ].
كروميليونملكية خاصةChromeleon هو برنامج Thermo Fisher Scientific المستخدم مع أجهزة قياس الطيف الكتلي، بالإضافة إلى أجهزة الكروماتوغرافيا.
Clover MSDASملكية خاصةمنصة سحابية لتحليل البيانات باستخدام بيانات مطيافية الأشعة تحت الحمراء بتحويل فورييه (FTIR) ومطيافية الكتلة MALDI TOF. التصنيف الفرعي والكشف عن مقاومة المضادات الحيوية في أطياف FTIR وMALDI. تحليل المؤشرات الحيوية، ومراقبة الجودة، ودراسات قابلية التكرار، وتدريب نماذج التعلم الآلي.
كروسلينكسالمصادر المفتوحةتحديد الببتيدات المتشابكة من ملفات mzML واستخدام سكربت بايثون أو ملفات تنفيذية مستقلة لأنظمة لينكس وويندوز. من الممكن استخدامها مع قواعد بيانات أكبر باتباع نهج من خطوتين. [ 50 ]
تحليل البياناتملكية خاصةبرنامج من شركة Bruker يُستخدم مع أجهزة قياس الطيف الكتلي.
DeNovoGUIالمصادر المفتوحةيحتوي البرنامج على واجهة مستخدم رسومية لتشغيل نسخ متوازية من أدوات برامج التسلسل من الصفر المتاحة مجانًا Novor و PepNovo+. [ 51 ]
النظائرالمصادر المفتوحةيقوم برنامج Easotope بأرشفة بيانات مطياف الكتلة وتنظيمها وتحليلها. وهو موجه حاليًا نحو تحليل ثاني أكسيد الكربون المتكتل، ولكنه مفيد أيضًا لتحليل ثاني أكسيد الكربون الكلي، ويمكن توسيعه ليشمل أنظمة نظائرية أخرى.
المافنمفتوح المصدريقوم برنامج سطح المكتب من شركة Elucidata بمعالجة بيانات LC-MS و GC-MS و LC-MS/MS المصنفة بصيغ مفتوحة (mzXML، mzML، CDF). يحتوي البرنامج على واجهة رسومية وواجهة سطر أوامر، مع إمكانية التكامل مع منصة سحابية للتخزين وإجراء تحليلات إضافية مثل التدفق النسبي والقياس الكمي. [ 52 ]
إي إس بروتيمكن لبرنامج ESIprot تحديد حالة الشحنة وحساب الوزن الجزيئي لبيانات مطياف الكتلة (MS) منخفضة الدقة بتقنية التأين بالرذاذ الإلكتروني (ESI) للبروتينات. [ 53 ]
التعبيريةملكية خاصةبرنامج Expressionist هو برنامج لمعالجة وتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي وإعداد التقارير عنها في مجالات تطبيقية مثل توصيف العلاجات الحيوية، ومراقبة الجودة، وتطبيقات البروتينات والمستقلبات ذات الصلة. وقد طُوّر بواسطة شركة Genedata .
كمية HIالمصادر المفتوحةيقوم هذا النموذج والخوارزمية القائمان على المبادئ الأساسية بتحديد نسب البروتينات من البيانات التصاعدية. [ 54 ]
برنامج KnowItAll لتحليل الطيف ومكتبة الأطياف الكتليةملكية خاصةبرنامج من Wiley مع تطبيقات لقياس الطيف الكتلي بما في ذلك: التحليل الطيفي، والبحث في قواعد البيانات (الطيف، والبنية، والذروة، والخاصية، والبحث التكيفي في قياس الطيف الكتلي، وما إلى ذلك)، والمعالجة، وبناء قواعد البيانات (قياس الطيف الكتلي أو تقنيات متعددة بما في ذلك الأشعة تحت الحمراء، ورامان، والرنين النووي المغناطيسي، والأشعة فوق البنفسجية، والكروماتوجرامات)، والطرح الطيفي، بالإضافة إلى أدوات لإعداد التقارير ورسم بنية ChemWindow ، وبرنامج تحويل ملفات MASSTransit (تم تحديثه بمزيد من التنسيقات).
LabSolutions LCMSملكية خاصةيتم استخدام برنامج من شركة شيمادزو مع أجهزة قياس الطيف الكتلي وأجهزة HPLC.
مستكشف الدهونالمصادر المفتوحةبرنامج عالي الإنتاجية لتحديد الدهون من أطياف الكتلة العشوائية مكتوب بلغة بايثون. [ 55 ]
كتلة++المصادر المفتوحةيمكن لبرامج تحليل قياس الطيف الكتلي استيراد وتصدير الملفات بتنسيقات مفتوحة (mzXML، mzML) وتحميل بعض تنسيقات موردي الأجهزة؛ ويمكن للمستخدمين تطوير وإضافة وظائف أصلية كملحقات Mass++.
بنك الكتلةالمصادر المفتوحةيُقدّم موقع تطوير MassBank وRMassBank من قِبل اتحاد MassBank. وتُشارك بيانات MassBank بموجب ترخيص Creative Commons.
MassBank.euموقع إلكترونيخادم MassBank الأوروبي. يتولى مركز هيلمهولتز للأبحاث البيئية (لايبزيغ، ألمانيا) صيانة واستضافة الموقع الإلكتروني. يُعدّ MassBank.eu جزءًا أساسيًا من اتحاد NFDI4Chem.
MassBank.jpموقع إلكترونيموقع إلكتروني يستضيفه معهد العلوم البيولوجية المتقدمة، في جامعة كيو ، مدينة تسوروكا ، ياماغاتا ، اليابان، ويحتوي على بيانات مطيافية الكتلة للمركبات العضوية.
ماس سنترملكية خاصةبرنامج من شركة JEOL يُستخدم مع أجهزة قياس الطيف الكتلي.
حدود ماساتشوستسملكية خاصةبرنامج من إنتاج شركة HighChem يُستخدم لتفسير وإدارة أطياف الكتلة للجزيئات الصغيرة.
ماس لينكسملكية خاصةبرنامج من شركة ووترز للتحكم في الأجهزة التحليلية.
خريطة جست مابملكية خاصةمجموعة برامج متعددة الأغراض للتقييم الآلي لبيانات مطياف الكتلة من شركة MassMap GmbH & Co. KG . وهي مناسبة لبيانات LC/MS و GC/MS لجميع أنواع الجزيئات، وتحليل أطياف الكتلة الكاملة للبروتينات، وتحليل تجارب HDX العامة وتحليل شظايا HDX للببتيدات، مع طرق خاصة لتحديد المكونات غير المتوقعة/غير المعروفة في الخلائط المعقدة للغاية.
متسلق جبال ماساتشوستسملكية خاصةتتضمن برامج التحليل النوعي وإعداد التقارير وظائف القياس الكيميائي للعمل مع طيف كتلة واحد أو أكثر بتنسيق نصي.
ماس أبمفتوح المصدرأداةٌ لعلم البروتينات مصممة لدعم المعالجة المسبقة وتحليل بيانات مطياف الكتلة MALDI-TOF، حيث تقوم بتحميل البيانات من ملفات mzML وmzXML وCSV. تتيح هذه الأداة للمستخدمين تطبيق تصحيح خط الأساس، والتطبيع، والتنعيم، والكشف عن القمم، ومطابقة القمم. بالإضافة إلى ذلك، تسمح بتطبيق أساليب مختلفة للتعلم الآلي والإحصائي على البيانات المعالجة مسبقًا لاكتشاف المؤشرات الحيوية، والتجميع غير الخاضع للإشراف، وتصنيف العينات الخاضع للإشراف. [ 56 ]
ماس إكسبرتمفتوح المصدر بموجب رخصة جنو العمومية (GPL)برنامج يعتمد على واجهة المستخدم الرسومية (GUI) لمحاكاة وتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي التي تم الحصول عليها من تسلسلات البوليمرات الحيوية المعروفة. [ 57 ] وهو برنامج خلف لبرنامج polyxmass وبرنامج من مجموعة برامج msXpertSuite.
ميسترينوفاملكية خاصةبرنامج مستقل عن البائع لمعالجة بيانات الكروماتوغرافيا (LC، GC، SFC) باستخدام أي مجموعة من الكواشف، مثل LC-MS-UV-VIS، وGC-MS، وSFC-MS-UV، في بيئة واحدة. تم تطوير هذا البرنامج متعدد المنصات والقائم على الويب بواسطة شركة Mestrelab Research, SL.
ماتشمزالمصادر المفتوحةمكتبة بايثون تستورد وتنظف وتعالج وتقارن كمياً أطياف MS/MS وقد تم تطويرها في مركز العلوم الإلكترونية الهولندي . [ 58 ]
ميتاسبيسمجاني ومفتوح المصدرمنصة سحابية لتحديد المستقلبات والدهون، وقاعدة معرفية غنية بالمعلومات حول الميتابولومات المكانية، تضم آلاف مجموعات البيانات العامة التي يشاركها المستخدمون: metaspace2020.eu . كما توفر المنصة إمكانيات لعرض البيانات ومشاركتها ونشرها عبر الإنترنت.
ميتيسملكية خاصة، برمجيات كخدمةبرنامج قائم على الذكاء الاصطناعي لمعالجة بيانات كروماتوغرافيا الغاز-مطياف الكتلة (GC-MS) آليًا. يستخدم البرنامج مكتبات GC-MS متعددة خاصة تحتوي على 10 ملايين طيف، ونموذج ذكاء اصطناعي متطور لتحديد جميع القمم في الكروماتوغرام. يحلل نموذج الذكاء الاصطناعي الأطياف بشكل مستقل عن قواعد البيانات الموجودة، ويمكنه توليد تراكيب جزيئية لمركبات غير معروفة بدقة تصل إلى 37%. [ 59 ] [ 60 ] طُوّر البرنامج في جامعة مونستر، وتوزعه شركة ChemInnovation . الموقع الإلكتروني
قاعدة بيانات ومنصة تكنولوجيا ميتلينملكية خاصةقاعدة بيانات مطياف الكتلة الترادفي (MS/MS) تضم أكثر من 930,000 (حتى ديسمبر 2023) [ 61 ] من المستقلبات والكيانات الجزيئية الأخرى، تم توليدها باستخدام مطياف الكتلة الترادفي عالي الدقة رباعي الأقطاب ذي زمن الطيران. [ 62 ] كما تشمل بيانات حركة الأيونات، [ 63 ] وفقدان الجزيئات المتعادلة، [ 64 ] وبيانات LC/MS. [ 65 ] [ 66 ]
خبير التعدينمفتوح المصدر بموجب رخصة جنو العمومية (GPL)يدعم هذا البرنامج القائم على واجهة المستخدم الرسومية (GUI) لتصور/استخراج بيانات الطيف الكتلي قياس الطيف الكتلي لحركة الأيونات [ 67 ] [ 68 ] وهو برنامج من مجموعة برامج msXpertSuite.
الكتلةالمصادر المفتوحةحزمة أدوات متعددة المنصات لتحليل وتفسير بيانات قياس الطيف الكتلي مكتوبة بلغة بايثون (لم تعد قيد التطوير).
مولاناتم تطوير MolAna بواسطة Phenomenome Discoveries Inc, (PDI) لاستخدامه في جهاز التحليل الجزيئي 3Q التابع لمجموعة IONICS Mass Spectrometry Group، وهو مطياف كتلة رباعي الأقطاب ثلاثي .
msAxelملكية خاصةالبرنامج المستخدم في مطياف الكتلة ذي زمن الطيران من شركة JEOL
msFineAnalysisملكية خاصةبرنامج تحليل نوعي لأنظمة JEOL GC-MS. يحتوي إصدار msFineAnalysis AI لأجهزة قياس الطيف الكتلي بتقنية GC-time-of-flight من JEOL على قاعدة بيانات قابلة للبحث داخل الحاسوب لأطياف الكتلة المحسوبة لـ 100 مليون بنية في قاعدة بيانات PubChem .
MSGraphالمصادر المفتوحةتقوم هذه الأداة بتحليل نوعي لبيانات قياس الطيف الكتلي (MS) وهي مستضافة بواسطة SourceForge.
إم سايتبرامج مجانيةبرنامج تصوير مطياف الكتلة الذي طوره المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية . [ 69 ]
قارئ MSiبرامج مجانيةواجهة محايدة للبائعين مبنية على منصة Matlab مصممة لعرض وتحليل بيانات التصوير الطيفي الكتلي (MSI). [ 70 ] لا يتطلب استخدام MSiReader استخدام Matlab.
مترجم مايكروسوفتبرامج مجانيةبرنامج من المعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا (NIST) لضغط البنية مع أطياف الكتلة. يسعى البرنامج إلى تحديد آليات ومعدلات جميع أنواع التفتت (التأين الإلكتروني، والنمط الموجب والسالب المتسلسل)، ويربط قمم طيف الكتلة بالبنية الأصلية المحتملة. يحتوي البرنامج على حاسبة للنظائر وميزات أخرى، بالإضافة إلى مساعدة عبر الإنترنت. يُعد هذا البرنامج مكملاً لبرنامج البحث عن الأطياف التابع للمعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا، الإصدار 3.0. ويمكن استخدامه بشكل مستقل باستيراد البنية والطيف.
mspireمفتوح المصدرMspire عبارة عن مجموعة أدوات لمطوري المعلوماتية في مايكروسوفت، مكتوبة بلغة روبي، تتضمن قارئ/كاتب mzML، وهضمًا حاسوبيًا، وحسابًا للأنماط النظائرية، وما إلى ذلك. وتعمل وحدات فرعية مثل mspire-lipidomics وmspire-sequest وmspire-simulator على توسيع الوظائف. [ 71 ]
MSqRobمفتوح المصدرهذه حزمة برمجية مكتوبة بلغة "R" مزودة بواجهة مستخدم رسومية لتحليل الوفرة التفاضلية لبيانات البروتينات الكمية غير الموسومة. [ 72 ] [ 73 ] [ 74 ]
ms2mzبرامج مجانيةتقوم الأداة بتحويل تنسيقات ملفات مطياف الكتلة، على سبيل المثال لتحويل الملفات الثنائية الخاصة إلى ملفات قائمة قمم MGF، وذلك للتحضير للتحميل إلى مجموعة البروتينات.
التصوير المتعددملكية خاصةبرنامج لتصوير مطياف الكتلة مصمم لتطبيع صور مطياف الكتلة والتحقق من صحتها وتفسيرها.
مجموعة أدوات multiMSالمصادر المفتوحةMS-alone و multiMS-toolbox عبارة عن سلسلة أدوات لاستخراج قمم بيانات قياس الطيف الكتلي والتحليل الإحصائي.
إم زد كلاودموقع إلكترونيقاعدة بيانات طيفية للكتلة على الإنترنت تتضمن مجموعة من بيانات قياس الطيف الكتلي الترادفي عالية ومنخفضة الدقة التي تم الحصول عليها في ظل عدد من الظروف التجريبية.
إم زد ماينالمصادر المفتوحةبرنامج مفتوح المصدر لمعالجة بيانات قياس الطيف الكتلي، مع التركيز الرئيسي على بيانات LC-MS.
أوميكس هاب بروتيوميكسبرنامج إدارة معلومات المختبر لإدارة معلومات مطياف الكتلة وتحليل البيانات.
أوبن كرومالمصادر المفتوحةبرنامج كروماتوغرافيا وقياس الطيف الكتلي قابل للتوسيع باستخدام الإضافات، ويعمل على أنظمة تشغيل متعددة (مايكروسوفت ويندوز، لينكس، يونكس، ماك أو إس إكس) ومعالجات معمارية مختلفة (x86، x86_64، ppc). يحتوي على محولات للوصول الأصلي إلى ملفات بيانات متنوعة، مثل محولات لملفات mzXML وnetCDF وAgilent وFinnigan وVarian.
فن طي الورق (الأوريغامي)المصادر المفتوحةتُستخدم حزمة برامج ORIGAMI لتحليل بيانات مطياف الكتلة ومطياف الكتلة لحركة الأيونات. طُوّرت في الأصل لتحسين سير عمل تحليل بيانات مطياف الكتلة لحركة الأيونات المُنشّطة/التفكك الناتج عن التصادم (CIU)، ولإتاحة عرض النتائج بسلاسة. وقد عُدّلت ORIGAMI مؤخرًا لتكون أكثر تقبلاً للبيانات غير المُركّزة على مطياف الكتلة، وتُمكّن من عرض النتائج من مصادر أخرى، بالإضافة إلى تصدير النتائج بتنسيق تفاعلي، حيث يُمكن للمستخدم مشاركة أي مجموعة بيانات وعرض النتائج في متصفح الويب. [ 75 ]
باترن لاببرامج مجانيةبرنامج لتحليل نتائج البحث في قواعد بيانات SEQUEST أو ProLuCID أو Comet بعد تصفيتها بواسطة DTASelect أو Census. [ 76 ]
pyOpenMSالمصادر المفتوحةpyOpenMS هي مكتبة بايثون مفتوحة المصدر لقياس الطيف الكتلي، وتحديداً لتحليل بيانات البروتينات والميتابولوميات في بايثون.
بيكسلملكية خاصةيدعم هذا البرنامج، المتاح عبر الإنترنت (كخدمة سحابية SaaS وكبرنامج للتثبيت المحلي)، معالجة بيانات LC/MS، ويدعم المعالجة الدفعية والتجارب عالية الإنتاجية. وهو برنامج مستقل عن أي مورد.
PeakStrainerالمصادر المفتوحةترشيح الضوضاء المستقل عن الشدة في أطياف FT MS و FT MS/MS لـ Shotgun Lipidomics (Python) [ 77 ]
الطاووسالمصادر المفتوحةتطبيق Mac OS X الذي طوره يوهان كول والذي يمكن استخدامه لتفسير ملفات بيانات كروماتوغرافيا الغاز / مطياف الكتلة (GC/MS).
محقق القمةملكية خاصةبرنامج مصمم للكشف عن بيانات MS المتداخلة وفك تشابكها، مما يمكن أن يزيد من الدقة الفعالة للأطياف بمقدار 3-4 مرات.
منظمة البترولملكية خاصةتم تطوير البرمجيات خصيصًا لتحليل البترول، ولكنها تستخدم أيضًا لتحليل "الخلائط المعقدة الأخرى، بما في ذلك الملوثات البيئية البشرية المنشأ والمواد العضوية الطبيعية". [ 78 ]
قمةملكية خاصةبرنامج لتحليل البروتينات يتضمن وحداتٍ لتحليل البروتينات الانتقالية، والبروتينات السكرية، والتحليل الصيدلاني الحيوي. يشمل البرنامج قياسًا كميًا شاملًا لآلاف البروتينات عبر مئات العينات باستخدام تقنيات DDA وDIA وPRM وSRM، مع إحصاءات متكاملة وتفسير بيولوجي. كما يتضمن روتينًا كاملًا لتحديد البروتينات السكرية المرتبطة بالنيتروجين ، وتحليلًا معمقًا لتوصيف البروتينات، بما في ذلك رسم خرائط الببتيدات، والبحث المتسامح مع الأخطاء، وتحليل روابط ثنائي الكبريتيد.
PIQMIeالويبخدمة إدارة وتكامل بيانات تحديد/قياس البروتينات هي أداة قائمة على الويب تساعد في إدارة البيانات وتحليلها وتصورها بشكل قابل للتوسع لتجارب البروتينات شبه الكمية ( SILAC ). [ 79 ]
بوتاموسالمصادر المفتوحةيحسب هذا التطبيق الإلكتروني بيانات قياس الطيف الكتلي بشكل مستقل عن الأجهزة المستخدمة، ويركز على عائلة بروتينية معروفة من الهستونات التي يُعتقد أن تعديلاتها اللاحقة للترجمة تلعب دورًا حاسمًا في تنظيم الجينات. ويحسب التطبيق نوع وعدد وتراكيب التعديلات اللاحقة للترجمة الممكنة التي تتوافق مع تسلسل ببتيد وكتلة معينة.
بروماسملكية خاصةProMass هو برنامج آلي لتحليل بيانات الجزيئات الحيوية وإعداد التقارير، يُستخدم لمعالجة بيانات ESI/LC/MS أو أطياف الكتلة ESI المفردة. يستخدم البرنامج خوارزمية ZNova لتحليل البيانات، مما ينتج عنه أطياف كتلة خالية من التشوهات. كما يتوفر إصدار "مبسط" يعمل عبر المتصفح يُسمى ProMass for the Web، ولا يتطلب أي تثبيت أو تنزيل برامج.
بروتيو آي كيوملكية خاصةبرنامج لتحليل نتائج البحث في قواعد بيانات Mascot أو SEQUEST أو X!Tandem بعد انتهاء العملية. [ 80 ] [ 81 ] [ 82 ]
بروتراولرتطبيق لتقليل بيانات LC/MS يقرأ بيانات بائع مطياف الكتلة الخام (من العديد من شركات الأجهزة المعروفة) وينشئ قوائم ثلاثية {الكتلة، وقت الاحتفاظ، شدة الإشارة المتكاملة} التي تلخص مخطط كروماتوغرافيا LC/MS.
البروتيناتبرامج مجانيةتم إنشاء مسار معالجة البيانات لغرض تقييم تجارب البروتينات باستخدام مطياف الكتلة. [ 83 ]
أدوات علم البروتيناتالمصادر المفتوحةبرنامج لتحليل نتائج البحث في قواعد بيانات MASCOT وSEQUEST وComet وXTandem وPFind وPeptidePhophet وMyriMatch وMSGF وOMSSA وMSAmanda أو Percolator. [ 84 ]
بروتيوويزاردالمصادر المفتوحةمكتبة الربط والأدوات التي هي عبارة عن مجموعة من الأدوات والمكتبات البرمجية المعيارية والقابلة للتوسيع مفتوحة المصدر ومتعددة المنصات والتي تسهل تحليل بيانات البروتينات.
بروتيووركرملكية خاصةبرامج قائمة على السحابة لتحليل بيانات البروتينات بما في ذلك COMET و Peptide Prophet و ProteinProphet وأدوات فرز البيانات وتصفيتها وشرحها بشكل شامل.
رزقالمصادر المفتوحةبرنامج سحابي مكتوب بلغة R لتحليل بيانات البروتينات الناتجة عن برنامج MaxQuant. يحلل هذا البرنامج بيانات التحديد الكمي التفاضلي، ويدعمه أدوات وخيارات عرض مرئي. كما يتيح معالجة البيانات غير الموسومة والبيانات الموسومة بالكتلة الترادفية. [ 85 ]
بيمز إم إلالمصادر المفتوحةوحدة بايثون للتفاعل مع بيانات mzML في بايثون، تعتمد على cElementTree مع أدوات إضافية لمعلوماتية MS. [ 86 ]
علم البروتيناتالمصادر المفتوحةإطار عمل بايثون لتحليل بيانات البروتينات. [ 87 ]
الكمبرنامج للتحليل الكمي باستخدام مطياف الكتلة بالترذيذ الأيوني الكهربائي (ESI-MS) بدون معايير تحليلية. تم تطويره في مختبر كروفيلاب، وتوزعه شركة كوانتيم أناليتكس.
كوانتينتكسملكية خاصةبرنامج تصوير مطياف الكتلة مصمم لتحليل وتطبيع صور مطياف الكتلة في أنواع مختلفة من الدراسات. وهو متوافق مع مجموعة متنوعة من أجهزة التصوير الطيفي الكتلي، بما في ذلك Bruker وSciex وThermo، ومع تنسيق بيانات iMZML.
إضافة الأرقام النسبية لبرنامج إكسلملكية خاصةأداة تعريف جديدة للجزيئات الصغيرة تعمل مع برنامج مايكروسوفت إكسل (إصدارات 2010، 2013، 2016، و2019). يتعامل هذا البرنامج مع الجزيئات الصغيرة كتقسيمات رياضية للكتلة الجزيئية، ويُنشئ صيغًا فرعية تتكون من ذرات تمثل مجموعات من التقسيمات التي تشكل الصيغة الجزيئية.
الأعداد النسبية SPSملكية خاصةيهدف هذا إلى تحديد الجزيئات الصغيرة من خلال مقارنة بيانات التجزئة ذات الكتلة الدقيقة بقاعدة بيانات تضم 250,000 جزيء ممثلة بتقسيمات رياضية للكتل الجزيئية الدقيقة. صُممت تقنية SPS (البحث عن التقسيمات المتشابهة) لتحليل وتلخيص مجموعات بيانات MS/MS الكروماتوغرافية المتعددة التي تم الحصول عليها بواسطة DDA (الاستحواذ المعتمد على البيانات) بسرعة.
سباق القواربتطبيق مقارنة قوائم LC/MS يعمل مع ProTrawler (ولكن يقبل المدخلات بصيغة Excel/CSV) لتوفير بيئة لتصفية وتطبيع قوائم نتائج LC/MS {الكتلة، وقت الاحتفاظ، الكثافة المتكاملة}.
محلل عن بعدملكية خاصةبرنامج من شركة SpectralWorks لحلول "الوصول المفتوح" المستقلة عن الموردين، والتي تعتمد على نظام العميل/الخادم، لتوفير نظام بيانات LC-MS و GC-MS سهل الاستخدام. يدعم البرنامج التحكم في الأجهزة ومعالجة البيانات لأجهزة من موردين متعددين، بالإضافة إلى دعم أجهزة NMR ومعالجة بياناتها.
سقالةملكية خاصةمجموعة من أدوات علم البروتينات لتحليل الأطياف والببتيدات والبروتينات عبر عينات متعددة.
SCIEX OSملكية خاصةبرنامج الجيل التالي من شركة SCIEX للتحكم في أجهزة قياس الطيف الكتلي من سلسلة X، مع دعم لتحليل البيانات التي تم الحصول عليها باستخدام مجموعة برامج Analyst.
مختبر SCiLSملكية خاصةبرنامج متعدد البائعين للتحليل الإحصائي لبيانات التصوير الطيفي الكتلي.
SFINXالمصادر المفتوحة والويبيُتيح مؤشر الترشيح المباشر (SFINX) فصل تفاعلات البروتين الإيجابية الحقيقية عن التفاعلات الإيجابية الكاذبة في تنقية الألفة - قياس الطيف الكتلي ومجموعات البيانات ذات الصلة. [ 88 ] [ 89 ] وهو متاح عبر واجهة الويب الخاصة به [ 88 ] وكحزمة R. [ 90 ]
SIM-XLبرامج مجانيةجهاز تحديد الطيف للببتيدات المتشابكة (SIM-XL) هو محرك بحث XL وهو جزء من بيئة PatternLab لعلم البروتينات، لتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي الترادفي المستمدة من الببتيدات المتشابكة. [ 91 ]
سيمغليكانملكية خاصةيتنبأ ببنية السكريات والبروتينات السكرية باستخدام بيانات مطياف الكتلة MS/MS.
سيميونملكية خاصةSIMION هو برنامج محاكاة بصريات الأيونات.
سيريوسالمصادر المفتوحة وخدمات الويبتطبيق شامل لشرح الجزيئات الصغيرة من بيانات LC-MS/MS.
جهاز التحليل الطيفيملكية خاصةSpectrolyzer هو برنامج يعمل على نظام التشغيل مايكروسوفت ويندوز، طورته شركة Binary Detect (التي كانت تُعرف سابقًا باسم Medicwave)، ويوفر أدوات تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية لمختلف أجهزة قياس الطيف الكتلي. ويركز البرنامج على إيجاد المؤشرات الحيوية البروتينية والكشف عن الانحرافات البروتينية.
سبكترومانياملكية خاصةبرنامج لتحليل وتصوير بيانات قياس الطيف الكتلي. [ 92 ]
ستافروكسبرامج مجانيةبرنامج مكتوب بلغة جافا لتحديد الببتيدات المتشابكة من بيانات قياس الطيف الكتلي، ويمكن استخدامه مع مجموعة واسعة من عوامل الربط المتشابك والبروتيازات المستخدمة في تجربة قياس الطيف الكتلي للربط المتشابك؛ حيث يقارن البرنامج تركيبات الربط المتشابك النظرية للببتيدات للبروتينات التي تم تحليلها ببيانات قياس الطيف الكتلي المتسلسل (MS/MS). [ 93 ]
عداد سويسري للقداسالمصادر المفتوحةبرنامج Swiss Mass Abacus هو آلة حاسبة لكتل ​​الببتيدات والجليكوبروتينات. وقد صُمم ليكون بسيطًا قدر الإمكان، مثل آلة حاسبة أساسية تُجري العمليات الحسابية.
TOF-DSملكية خاصةبرنامج من إنتاج شركة ماركيز إنترناشونال يُستخدم مع مطياف الكتلة BenchTOF ذي زمن الطيران.
توب إف ديالمصادر المفتوحةTopFD (الكشف عن خصائص الطيف الكتلي من الأعلى إلى الأسفل) هو برنامج لفك تشفير الطيف من الأعلى إلى الأسفل، وهو برنامج مطوّر لبرنامج MS-Deconv. يقوم البرنامج بتجميع قمم الطيف من الأعلى إلى الأسفل في نطاقات نظائرية، ثم يحوّلها إلى كتل أحادية النظائر متعادلة. بالإضافة إلى ذلك، يستخرج البرنامج خصائص البروتينات من بيانات LC-MS أو CE-MS.
خط أنابيب البروتينات العابرة (TPP)المصادر المفتوحةتُعدّ منصة Trans-Proteomic Pipeline (TPP) مجموعةً من الأدوات المتكاملة لتحليل البروتينات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي (MS/MS). وتشمل: PeptideProphet للتحقق الإحصائي من مطابقة تسلسلات الببتيدات (PSMs) باستخدام نتائج محركات البحث؛ وiProphet للتحقق من صحة تسلسلات الببتيدات المتميزة، باستخدام نتائج PeptideProphet (مع إمكانية دمج نتائج محركات بحث متعددة)؛ وProteinProphet لتحديد البروتينات والتحقق من صحتها، باستخدام نتائج PeptideProphet أو iProphet. كما تُتيح TPP أيضًا: قياس كمية البروتين باستخدام XPRESS (لحساب وفرة الببتيدات/البروتينات النسبية من عينات MS/MS الموسومة بالنظائر)؛ وASAPRatio (التحليل الإحصائي الآلي لنسبة البروتين، وهو بديل لـ XPRESS)؛ وLibra (قياس كمية العينات الموسومة بنظائر متساوية (مثل iTraq وTMT وغيرها) لأي عدد من القنوات). يدعم برنامج TPP حاليًا برامج Sequest وMascot وProbID وX!Tandem وComet وSpectraST وMSGF+ وInspect وMyriMatch وPhenyx. وقد طُوّر في مركز سياتل للبروتيوميات (SPC). [ 94 ] [ 95 ]
توربوماسملكية خاصةTurboMass هو برنامج GC/MS تم إنشاؤه بواسطة شركة PerkinElmer .
حاسبة الكتلة العالميةبرامج مجانيةتمت برمجة UMC كأداة قياس الطيف الكتلي للمساعدة في تفسير نتائج القياس، المستمدة أساسًا من الأيونات الجزيئية أو شبه الجزيئية.

يمكن استخدامه لحساب ما يلي:

  • الانحراف الكتلي (مللي مول أو جزء في المليون) للكتلة المقاسة عن الصيغة التجريبية المعطاة
  • الفروق الكتلية بين صيغتين تجريبيتين
  • التركيبات العنصرية (مع الأخذ في الاعتبار أيضًا نمط الشدة المقاس، بما في ذلك خوارزمية "الأكثر وفرة" [ 96 ] )
  • محاكاة نمط النظائر من الصيغ التجريبية
  • تحليل درجة وضع العلامات النظيرية باستخدام D أو 13 C أو 15 N أو 18 O.
فايبريقوم برنامج VIPER بتحليل الكتلة الدقيقة وأوقات الاحتفاظ الكروماتوغرافية لخصائص LC-MS (نهج الكتلة الدقيقة والوسم الزمني). [ 97 ]
إكسكاليبورملكية خاصةبرنامج من شركة Thermo Fisher Scientific يُستخدم مع أجهزة قياس الطيف الكتلي.
نظام إدارة المحتوى عبر الإنترنت (السحابي)ملكية خاصةمنصة مجانية متاحة على نطاق واسع لمعالجة بيانات الأيضيات والدهونيات.

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 كوكس، يورغن؛ نويهاوزر، نادين؛ ميشالسكي، أنيت؛ شيلتيما، ريتشارد أ.؛ أولسن، يسبر ف.؛ مان، ماتياس (2011). "أندروميدا: محرك بحث عن الببتيدات مُدمج في بيئة ماكس كوانت" . مجلة أبحاث البروتينات . 10 (4): 1794-1805 . doi : 10.1021/pr101065j . ISSN 1535-3893 . PMID 21254760 .  
  2. ↑ بيرن، مارشال؛ كاي، يوهان؛ غولدبيرغ، ديفيد (2007). "قمم البحث: مزيج من التسلسل من الصفر والبحث في قواعد البيانات لتحديد البروتينات بواسطة مطياف الكتلة الترادفي". الكيمياء التحليلية . 79 (4): 1393-1400 . Bibcode : 2007AnaCh..79.1393B . doi : 10.1021/ac0617013 . PMID 17243770. S2CID 27769662 .  
  3. ↑ بيرن، مارشال؛ غولدبيرغ، ديفيد (2008). "وظائف تصنيف محسّنة لتحديد مواقع البروتينات ومواقع التعديل". مجلة علم الأحياء الحاسوبي . 15 (7): 705-719 . doi : 10.1089/cmb.2007.0119 . PMID 18651800 . 
  4. ↑ إنج، جيمي ك.؛ جهان، تهمينة أ.؛ هوبمان، مايكل ر. (2013). "كوميت: أداة بحث مفتوحة المصدر لقواعد بيانات تسلسل MS/MS". علم البروتينات . 13 (1): 22-24 . doi : 10.1002/pmic.201200439 . ISSN 1615-9853 . PMID 23148064. S2CID 13533125 .   
  5. ↑ "الفحص والمحاذاة باستخدام MS".
  6. ↑ بيركنز، ديفيد ن.؛ بابين، داريل جيه سي؛ كريسي، ديفيد م.؛ كوتريل، جون س. (1999). "تحديد البروتينات بناءً على الاحتمالية من خلال البحث في قواعد بيانات التسلسل باستخدام بيانات قياس الطيف الكتلي". Electrophoresis . 20 (18): 3551–67 . doi : 10.1002/(SICI)1522-2683(19991201)20:18 < 3551::AID - ELPS3551 > 3.0.CO ; 2-2 . PMID 10612281. S2CID 42423655 .  
  7. ↑ سولنتسيف، ستيفان ك.؛ شورتريد، مايكل ر.؛ فراي، برايان ل.؛ سميث، لويد م. (2018). "تحسين اكتشاف التعديلات اللاحقة للترجمة العالمية باستخدام ميتا مورفيوس". مجلة أبحاث البروتينات . 17 (5): 1844-1851 . doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00873 . PMID 29578715 . 
  8. ↑ كونغ، آندي تي؛ ليبريفوست، فيليبي في؛ أفتونوموف، ديمتري إم؛ ميلاتشيروفو، داتاتريا؛ نيسفيزسكي، أليكسي آي. (2017). "MSFragger: تحديد الببتيدات فائق السرعة والشامل في علم البروتينات القائم على قياس الطيف الكتلي" . Nature Methods . 14 (5): 513–520 . Bibcode : 2017NatCB..14..513K . doi : 10.1038/nmeth.4256 . PMC 5409104. PMID 28394336 .  
  9. ↑ ساباريش، فاراثراجان؛ سينغ، جوربريت (2013). "محلل الليبيدات (أو الليبيدات) القائم على قياس الطيف الكتلي ومنصة جزيئية: برنامج جديد لتفسير وتحليل بيانات قياس الطيف الكتلي لليبيدات باستخدام تقنية التأين/الامتزاز بالليزر بمساعدة المصفوفة و/أو التأين بالليزر بمساعدة المصفوفة: دراسة حالة من المتفطرة السلية". مجلة قياس الطيف الكتلي . 48 (4): 465-477 . Bibcode : 2013JMSp...48..465S . doi : 10.1002/jms.3163 . ISSN 1096-9888 . PMID 23584940 .  
  10. ↑ تاب، ديفيد ل.؛ فرناندو، كريستوفر ج.؛ تشامبرز، ماثيو س. (2007). "MyriMatch: تحديد دقيق للغاية للببتيدات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي من خلال تحليل فرط هندسي متعدد المتغيرات" . مجلة أبحاث البروتينات . 6 (2): 654-661 . doi : 10.1021/pr0604054 . PMC 2525619. PMID 17269722 .   
  11. ↑ ميزات NIST23. تم الاطلاع عليها في 6 فبراير 2024.
  12. ↑ "محرك بحث OMSSA ms/ms" . Pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. مؤرشف من الأصل بتاريخ 14 فبراير 2005. تم الاطلاع عليه بتاريخ 27 سبتمبر 2011 .
  13. ↑ جير، لويس واي؛ ماركي، سانفورد بي؛ كوالاك، جيفري إيه؛ فاغنر، لوكاس؛ شو، مينغ؛ ماينارد، دون إم؛ يانغ، شياويو؛ شي، وينياو؛ براينت، ستيفن إتش. (2004). "خوارزمية بحث مطياف الكتلة المفتوحة". مجلة أبحاث البروتينات . 3 (5): 958-964 . arXiv : q-bio/0406002 . Bibcode : 2004q.bio.....6002G . doi : 10.1021/pr0499491 . PMID: 15473683. S2CID : 12218715 .  
  14. ↑ ليانغ، سي؛ سميث، جي سي؛ هندري، كريستوفر (2003). دراسة مقارنة لأدوات برامج تسلسل الببتيدات لتقنية MS/MS . الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي.
  15. ↑ كولينج، جاك؛ ماسيلو، ألكسندر؛ جيرون، مارك؛ ديسينج، تييري؛ ماجنين، جيروم (2003). "OLAV: نحو تحديد بيانات مطياف الكتلة الترادفي عالي الإنتاجية". علم البروتينات . 3 (8): 1454-1463 . doi : 10.1002/pmic.200300485 . PMID 12923771. S2CID 36666495 .  
  16. ^ تشانغ، تشو؛ صن، شيوي؛ تشو، شياو بنغ؛ تشانغ، سوهوا؛ ليو، شياوفى؛ يو، تشونغونغ؛ بو، دونغبو؛ تشن، رونشنغ (2006). "مخطط تسجيل جديد لتحديد الببتيد من خلال البحث في قواعد بيانات تسلسل البروتين باستخدام بيانات قياس الطيف الكتلي الترادفي" . بي إم سي للمعلوماتية الحيوية . 7 (1): 222. دوى : 10.1186/1471-2105-7-222 . ردمك 1471-2105 . بمك 1463009 . بميد 16638152 .   
  17. ↑ Xu, T.; Park, SK; Venable, JD; Wohlschlegel, JA; Diedrich, JK; Cociorva, D.; Lu, B.; Liao, L.; Hewel, J.; Han, X.; Wong, CCL; Fonslow, B.; Delahunty, C.; Gao, Y.; Shah, H.; Yates, JR (2015). "ProLuCID: خوارزمية محسّنة شبيهة بـ SEQUEST مع حساسية ونوعية معززتين" . مجلة البروتينات . 129 : 16-24 . doi : 10.1016/j.jprot.2015.07.001 . ISSN 1874-3919 . PMC 4630125. PMID 26171723 .   
  18. ↑ شيلوف، إغنات ف.؛ سيمور، شون ل.؛ باتيل، ألبش أ.؛ لوبودا، أليكس؛ تانغ، ويلفريد هـ.؛ كيتينغ، شون ب.؛ هنتر، كريستي ل.؛ نويسير، ليديا م.؛ شيفر، دانيال أ. (2007). "خوارزمية باراغون، محرك بحث من الجيل التالي يستخدم قيم درجة حرارة التسلسل واحتمالات الميزات لتحديد الببتيدات من أطياف الكتلة الترادفية" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 6 (9 ) : 1638-1655 . doi : 10.1074/mcp.T600050-MCP200 . ISSN 1535-9476 . PMID 17533153. S2CID 7097773 .   
  19. ↑ "محرك بحث RAId MS/MS" . QMBP NCBI NLM NIH . تم الاسترجاع في 1 يناير 2008 .
  20. ↑ ألفيس، جيليو؛ أوغورتسوف ، أليكسي ي.؛ يو، يي-كو (2007). "RAId_DbS: تحديد الببتيدات باستخدام عمليات البحث في قواعد البيانات مع إحصائيات واقعية" . Biol Direct . 2 25. doi : 10.1186/1745-6150-2-25 . PMC 2211744. PMID 17961253 .  
  21. ↑ جيمي ك. إنج؛ آشلي ل. ماكورماك؛ جون ر. ييتس الثالث (1994). "نهج لربط بيانات الطيف الكتلي الترادفي للببتيدات بتسلسلات الأحماض الأمينية في قاعدة بيانات البروتينات". مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 5 (11): 976-989 . Bibcode : 1994JASMS...5..976E . doi : 10.1016 / 1044-0305(94)80016-2 . PMID 24226387. S2CID 18413192 .  
  22. ^ هريكوفيني، ميلوش؛ تفاروشكا، إيغور؛ هيرش، جان؛ دوبن، أنتوني ج. (1991). "تأثيرات الإرهاق النووي ومرونة السكريات: ميثيل β-كسيلوبيوسيد". أبحاث الكربوهيدرات . 210 : 13 – 20. دوى : 10.1016/0008-6215(91)80109-Z . ISSN 0008-6215 . بميد 1878875 .  
  23. ↑ نوفاك، جيري؛ ساكسنبرغ، تيمو؛ هوكسا، ديفيد؛ سكوبال، توماس؛ كولباخر، أوليفر (2013). "مقارنة برنامج SimTandem بأحدث أدوات تحديد الببتيدات، وكفاءة مرشح كتلة السلائف، والتعامل مع التعديلات المتغيرة" . مجلة المعلوماتية الحيوية التكاملية . 10 (3): 1-15 . doi : 10.1515 / jib-2013-228 . PMID 24231142. S2CID 22469656 .  
  24. ↑ ديامنت، بنجامين جيه؛ نوبل، ويليام ستافورد (2011). "بحث أسرع باستخدام SEQUEST لتحديد هوية الببتيدات من أطياف الكتلة الترادفية" . مجلة أبحاث البروتينات . 10 (9): 3871-3879 . doi : 10.1021/pr101196n . ISSN 1535-3893 . PMC 3166376. PMID 21761931 .   
  25. ↑ كو، تشيانغ؛ وو، سي؛ توليتش، نيكولا؛ باشا-توليتش، ليليانا؛ ليو، يونلونغ؛ ليو، شياو وين (2017). "نهج قائم على مخطط الكتلة لتحديد أشكال البروتينات المعدلة باستخدام أطياف الكتلة الترادفية من أعلى إلى أسفل" . المعلوماتية الحيوية . 33 (9): 1309-1316 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw806 . ISSN 1460-2059 . PMC 5860502. PMID 28453668 .   
  26. ↑ كو، تشيانغ؛ شون، ليكن؛ ليو، شياو وين (2016). "TopPIC: أداة برمجية لتحديد وتوصيف البروتينات باستخدام مطياف الكتلة من أعلى إلى أسفل" . المعلوماتية الحيوية . 32 (22): 3495-3497 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw398 . ISSN 1460-2059 . PMC 5181555. PMID 27423895 .   
  27. ↑ بارتلز، كريستيان (31 مايو 1990). "خوارزمية سريعة لتسلسل الببتيدات باستخدام مطياف الكتلة". مطياف الكتلة البيولوجي . 19 (6): 363-368 . doi : 10.1002/bms.1200190607 . PMID 24730078 . 
  28. ↑ يلماز، مليح؛ فوندري، ويليام (30 يوليو 2024). "ترجمة تسلسلية من أطياف الكتلة إلى الببتيدات باستخدام نموذج المحول" . نيتشر كوميونيكيشنز . 15 (1) 6427. Bibcode : 2024NatCo..15.6427Y . doi : 10.1038/s41467-024-49731- x . hdl : 10067/2075800151162165141 . PMC 11289372. PMID 39080256 .  
  29. ↑ نوفاك، جيري؛ ليمر، كاريل؛ شوغ، كيفن أ.؛ هافليسيك، فلاديمير (2015). "سايكلوبرانش: التسلسل من الصفر للببتيدات غير الريبوزومية من أطياف كتلة أيونات المنتج الدقيقة". مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 26 (10): 1780-1786 . Bibcode : 2015JASMS..26.1780N . doi : 10.1007/ s13361-015-1211-1 . PMID 26195308. S2CID 207470364 .  
  30. ↑ سافيتسكي، ميخائيل م.؛ نيلسن، مايكل ل.؛ كيلدسن، فرانك؛ زوباريف، رومان أ. (2005). "نهج التسلسل الجديد عالي الدقة في علم البروتينات". مجلة أبحاث البروتينات . 4 (6): 2348-2354 . doi : 10.1021/pr050288x . PMID 16335984 . 
  31. ↑ شركة Thermo Finnigan تُقدّم Denovox – نتائج البحث
  32. ↑ إيلوف، كيفن؛ كالوجيروبولوس، كونستانتينوس (4 مارس 2024). "تقنية إنستا نوفو تُمكّن من تسلسل الببتيدات من الصفر باستخدام الانتشار في تجارب البروتينات واسعة النطاق" . مجلة نيتشر للذكاء الآلي . 7 (4): 565-579 . doi : 10.1038/s42256-025-01019-5 .
  33. ↑ ما، بين؛ تشانغ، كايزونغ؛ هندري، كريستوفر؛ ليانغ، تشنغتشي؛ لي، مينغ؛ دوهرتي-كيربي، أماندا؛ لاجوي، جيل (2003). "PEAKS: برنامج قوي لتسلسل الببتيدات من الصفر باستخدام مطياف الكتلة الترادفي". الاتصالات السريعة في مطياف الكتلة . 17 (20): 2337-42 . Bibcode : 2003RCMS...17.2337M . doi : 10.1002/rcm.1196 . PMID 14558135 . 
  34. ↑ تانو، نيليش س؛ هيمبي، سكوت إي (2007). "تحليل تسلسل البروتين من الصفر لقرد المكاك الريسوسي" . بي إم سي جينوميكس . 8 : 270. doi : 10.1186/1471-2164-8-270 . PMC 1965481. PMID 17686166 .  
  35. ↑ سين، ك. إيلكر؛ تانغ، ويلفريد هـ؛ ناياك، شروتي؛ كيل، يونغ ج؛ بيرن، مارشال؛ أوزوغلو، بيرك؛ أوبيرهايد، بياتريكس؛ ديفيس، داريل؛ بيكر، كريستوفر (2017-05-01). "التسلسل الآلي للأجسام المضادة من الصفر وفائدته في اكتشاف المستحضرات الصيدلانية الحيوية" . مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 28 (5): 803-810 . Bibcode : 2017JASMS..28..803S . doi : 10.1007/s13361-016-1580-0 . ISSN 1044-0305 . PMC 5392168. PMID 28105549 .   
  36. ↑ ميسنر، كريستوف ب.؛ ديميتشيف، فاديم؛ بلومفيلد، نيك؛ يو، جيسون إس إل؛ وايت، ماثيو؛ كريدل، ماركو؛ إيغر، آنا صوفيا؛ فرايوالد، أنيا؛ إيفوسيف، غوردانا؛ وسيم، فراس؛ زيليزنياك، أليكسي (يوليو 2021). "علم البروتينات فائق السرعة باستخدام تقنية المسح الضوئي SWATH" . مجلة Nature Biotechnology . 39 (7): 846-854 . doi : 10.1038/s41587-021-00860-4 . ISSN 1546-1696 . PMC 7611254. PMID 33767396 .   
  37. ↑ ديميتشيف، فاديم؛ يو، فينغتشاو؛ تيو، غو سي؛ شيرويل، لوكاس؛ روزنبرغر، جورج أ.؛ ديكر، ينس؛ كاسبار-شونفيلد، ستيفاني؛ ليلي، كاثرين س.؛ موليدر، مايكل؛ نيسفيزسكي، أليكسي إ.؛ رالسر، ماركوس (2022). "تحليل بيانات Dia-PASEF باستخدام FragPipe وDIA-NN لتحليل البروتينات العميق لكميات عينات صغيرة" . Nature Communications . 13 (1) 3944. Bibcode : 2022NatCo..13.3944D . bioRxiv 10.1101/2021.03.08.434385 . doi : 10.1038/s41467-022-31492-0 . PMC 9270362. PMID 35803928 .​   
  38. ↑ ديميتشيف، فاديم؛ ميسنر، كريستوف ب.؛ فيرنارديس، سبيروس إ.؛ ليلي، كاثرين س.؛ رالسر، ماركوس (يناير 2020). "DIA-NN: الشبكات العصبية وتصحيح التداخل يُمكّنان من تغطية البروتينات بعمق وبإنتاجية عالية" . Nature Methods . 17 (1): 41–44 . Bibcode : 2020NatCB..17...41D . doi : 10.1038/s41592-019-0638- x . ISSN 1548-7105 . PMC 6949130. PMID 31768060 .   
  39. ↑ ميليكين، روبرت جيه؛ سولنتسيف، ستيفان كيه؛ شورتريد، مايكل آر؛ سميث، لويد إم. (2018). "القياس الكمي فائق السرعة للببتيدات بدون استخدام علامات باستخدام FlashLFQ" . مجلة أبحاث البروتينات . 17 (1): 386-391 . doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00608 . PMC 5814109. PMID 29083185 .  
  40. ↑Cox, Jürgen; Mann, Matthias (December 2008). "MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification". Nature Biotechnology. 26 (12): 1367–1372. doi:10.1038/nbt.1511. ISSN 1546-1696. PMID 19029910.
  41. ↑Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, Andreotti S, Ehrlich HC, Gutenbrunner P, Kenar E, Liang X, Nahnsen S, Nilse L, Pfeuffer J, Rosenberger G, Rurik M, Schmitt U, Veit J, Walzer M, Wojnar D, Wolski WE, Schilling O, Choudhary JS, Malmström L, Aebersold R, Reinert K, Kohlbacher O (2016). "OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis"(PDF). Nat. Methods. 13 (9): 741–8. Bibcode:2016NatCB..13..741R. doi:10.1038/nmeth.3959. PMID 27575624. S2CID 873670.
  42. ↑Egelhofer V, Hoehenwarter W, Lyon D, Weckwerth W, Wienkoop S (2013). "Using ProtMAX to create high-mass-accuracy precursor alignments from label-free quantitative mass spectrometry data generated in shotgun proteomics experiments". Nat Protoc. 8 (3): 595–601. doi:10.1038/nprot.2013.013. PMID 23449253. S2CID 29653992.
  43. ↑Maclean, B (2010). "Skyline: An Open Source Document Editor for Creating and Analyzing Targeted Proteomics Experiments". Bioinformatics. 26 (7): 966–968. doi:10.1093/bioinformatics/btq054. PMC 2844992. PMID 20147306.
  44. ↑Reiter, L; et al. (2011). "mProphet: automated data processing and statistical validation for large-scale SRM experiments". Nat Methods. 8 (5): 430–435. doi:10.1038/nmeth.1584. PMID 21423193. S2CID 205419625.
  45. ↑ لو، ك.ب.؛ ليم، ي.ب. (2013). "التطورات الحديثة في قياس الطيف الكتلي: التحليل المستقل عن البيانات ومراقبة التفاعل الفائق" . مجلة Expert Review of Proteomics . 10 (6): 551-566 . doi : 10.1586/14789450.2013.858022 . PMID 24206228. S2CID 29969570 .  
  46. ↑ ألين، فيليسيتي؛ بون، أليسون؛ ويلسون، مايكل؛ غرينر، روس؛ ويشارت، ديفيد (2014). " CFM-ID: خادم ويب للتعليق والتنبؤ بالطيف وتحديد المستقلبات من أطياف الكتلة الترادفية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد خادم الويب): W94– W99. doi : 10.1093/nar/gku436 . PMC 4086103. PMID 24895432 .  
  47. ↑ ألين، فيليسيتي؛ غرينر، روس؛ ويشارت، ديفيد (2015). "نمذجة التجزئة التنافسية لأطياف ESI-MS/MS لتحديد المستقلبات المحتملة". علم الأيض . 11 : 98-110 . arXiv : 1312.0264 . doi : 10.1007/s11306-014-0676-4 . S2CID 256589 . 
  48. ↑ ألين، فيليسيتي؛ بون، أليسون؛ غرينر، روس؛ ويشارت، ديفيد (2016). "التنبؤ الحاسوبي بأطياف الكتلة للتأين الإلكتروني للمساعدة في تحديد المركبات باستخدام تقنية GC/MS". الكيمياء التحليلية . 88 (15): 7689-7697 . Bibcode : 2016AnaCh..88.7689A . doi : 10.1021/acs.analchem.6b01622 . PMID 27381172 . 
  49. ↑ دجومبو-فيونانغ، يانيك؛ بون، أليسون؛ كارو، نعمة؛ تشنغ، جيامين؛ لي، كارين؛ أرندت، ديفيد؛ غوتام، ماهيسور؛ ألين، فيليسيتي؛ ويشارت، ديفيد س. (2019). "CFM-ID 3.0: تحسين ملحوظ في التنبؤ وتحديد المركبات باستخدام مطياف الكتلة ESI-MS/MS" . المستقلبات . 9 ( 4 ): 72. doi : 10.3390/metabo9040072 . PMC 6523630. PMID 31013937. S2CID 129941603 .   
  50. ↑ أوزاوا، إس آي؛ بالد، تي؛ أونيشي، تي؛ شو، إتش؛ ماتسومورا، تي؛ كوبو، آر؛ تاكاهاشي، إتش؛ هيبلر، إم؛ تاكاهاشي، واي (أكتوبر 2018). "تكوين عشر وحدات فرعية من معقد الكلوروفيل أ / ب الأول لحصاد الضوء في النظام الضوئي الأول من الكلاميدوموناس رينهاردتي. " علم وظائف النبات . 178 (2): 583-595 . doi : 10.1104/pp.18.00749 . PMC 6181050. PMID 30126869 .  
  51. ↑ موث، ثيلو؛ ويلنبوك، ليزا؛ راب، إردمان؛ هوبر، كريستيان ج.؛ مارتنز، لينارت؛ فوديل، مارك؛ بارسنيس، هارالد (2014). "DeNovoGUI: واجهة مستخدم رسومية مفتوحة المصدر لتسلسل طيف الكتلة الترادفي من الصفر" . مجلة أبحاث البروتينات . 13 (2): 1143-1146 . doi : 10.1021/pr4008078 . ISSN 1535-3893 . PMC 3923451. PMID 24295440 .   
  52. ↑ ساحل. شبرا أغراوال؛ جورج سابو؛ ريشاب جوبتا؛ بانكاج كومار؛ سيف الله خان؛ كايلاش ياداف. نامان جوبتا؛ راغاف سيغال (11/01/2019)، ElucidataInc/ElMaven: v0.6.1 ، دوى : 10.5281/zenodo.2537593
  53. ↑ وينكلر، روبرت (2010). "ESIprot: أداة شاملة لتحديد حالة الشحنة وحساب الوزن الجزيئي للبروتينات من بيانات مطيافية الكتلة باستخدام التأين بالرذاذ الإلكتروني" . الاتصالات السريعة في مطيافية الكتلة . 24 (3): 285-294 . Bibcode : 2010RCMS...24..285W . doi : 10.1002/rcm.4384 . PMID 20049890 . 
  54. ↑ ماليوتوف، ديمتري؛ تشين، تيانتشي؛ أيرولدي، إدواردو؛ جافي، جاكوب؛ بودنيك، بوغدان؛ سلافوف، نيكولاي (2019-01-01). "قياس البروتينات المتماثلة وأشكالها البروتينية" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 18 (1): 162-168 . doi : 10.1074/mcp.TIR118.000947 . ISSN 1535-9476 . PMC 6317479. PMID 30282776 .   
  55. ↑ "LIFS LipidXplorer Wiki" .
  56. ↑ لوبيز-فرنانديز، هـ؛ سانتوس، هـ م؛ كابيلو، ج ل؛ فيدز-ريفرولا، ف؛ غليز-بينيا، د؛ ريبويرو-جاتو، م (2015). "ماس-أب: تطبيق برمجي مفتوح المصدر شامل لاكتشاف المعرفة في مطياف الكتلة MALDI-TOF" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 16 318. doi : 10.1186/s12859-015-0752-4 . PMC 4595311. PMID 26437641 .  
  57. ↑ روسكوني، ف. (2009). "massXpert 2: بيئة برمجية متعددة المنصات لنمذجة كيمياء البوليمرات ومحاكاة/تحليل بيانات قياس الطيف الكتلي" . المعلوماتية الحيوية . 25 (20): 2741-2 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp504 . PMID 19740912 . 
  58. ^ هوبر ، فلوريان. فيرهوفن، ستيفان؛ ماير، كريستيان. سبريو، هانو؛ فيلانويفا، إفرين؛ قنغ، كونليانغ؛ فان دير هوفت، جاستن جيه جيه؛ روجرز، سيمون. بيلوم، آدم. دبلن، فاروق؛ سباكس، جوريان هـ. (2020). "Matchms - معالجة وتقييم تشابه بيانات قياس الطيف الكتلي" . مجلة البرمجيات مفتوحة المصدر . 5 (52): 2411. بيب كود : 2020JOSS....5.2411H . دوى : 10.21105/joss.02411 . S2CID 225186415 . 
  59. ^ "القيود المفروضة على Datanbanken und Möglichkeiten für künstliche Intelligenz" . GIT Labor-Fachzeitschrift (باللغة الألمانية) . تم الاسترجاع 2025-08-11 .
  60. ^ "المتأهلون للتصفيات النهائية لـACHEMA Gründerpreis" . أتشيما . تم الاسترجاع 2025-08-11 .
  61. ↑ «جوائز الابتكار لعام 2023 من مجلة العالم التحليلي» . مجلة العالم التحليلي . 12 ديسمبر 2023. تاريخ الاطلاع: 16 ديسمبر 2023 .
  62. ↑ شو، جينغتشوان؛ غويخاس، كارلوس؛ بنتون، هـ. بول؛ وارث، بينيديكت؛ سيوزداك، غاري (أكتوبر 2020). "قاعدة بيانات معايير METLIN MS2 الجزيئية: مورد كيميائي وبيولوجي واسع النطاق" . Nature Methods . 17 (10): 953–954 . Bibcode : 2020NatCB..17..953X . doi : 10.1038/s41592-020-0942-5 . ISSN 1548-7105 . PMC 8802982. PMID 32839599 .   
  63. ↑ بيكر، إيرين س.؛ هوانغ، كوري؛ أوريتبونتاي، ويني؛ هيمان، هينو م.؛ برات، برايان؛ ماككوس، مايكل؛ ماكلين، بريندان؛ بلامب، روبرت؛ أيسبورنا، آريس؛ سيوزداك، غاري (ديسمبر 2023). "METLIN-CCS: قاعدة بيانات لمقاطع التصادم الطيفية لحركة الأيونات" . Nature Methods . 20 (12): 1836–1837 . doi : 10.1038/ s41592-023-02078-5 . ISSN 1548-7105 . PMC 10843661. PMID 37932399 .   
  64. ↑ أيسبورنا، آريس؛ بنتون، هـ. بول؛ تشين، آندي؛ ديركس، ريكو جيه إي؛ غالانو، جان ماري؛ غيرا، مارتن؛ سيوزداك، غاري (2022-03-02). "بيانات طيف الكتلة لفقدان الجزيئات المحايدة تُحسّن تحليل التشابه الجزيئي في برنامج METLIN" . مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 33 (3): 530-534 . Bibcode : 2022JASMS..33..530A . doi : 10.1021/jasms.1c00343 . ISSN 1044-0305 . PMC 10131246. PMID 35174708 .   
  65. ↑ "METLIN - Database Commons" . ngdc.cncb.ac.cn. تم الاطلاع عليه بتاريخ 28-11-2023 .
  66. ↑ دومينغو-ألمينارا، خافيير؛ غويخاس، كارلوس؛ بيلينغز، إليزابيث؛ مونتينيغرو-بيرك، ج. رافائيل؛ أوريتبونتاي، ويني؛ أيسبورنا، أريس إي.؛ تشين، إميلي؛ بنتون، هـ. بول؛ سيوزداك، غاري (2019-12-20). " مجموعة بيانات METLIN للجزيئات الصغيرة للتنبؤ بوقت الاحتفاظ باستخدام التعلم الآلي" . Nature Communications . 10 (1): 5811. Bibcode : 2019NatCo..10.5811D . doi : 10.1038/s41467-019-13680-7 . ISSN 2041-1723 . PMC 6925099. PMID 31862874 .   
  67. ↑ روسكوني، ف. (2019). "mineXpert: تصور بيانات قياس الطيف الكتلي البيولوجي واستخراجها باستخدام إمكانيات جافا سكريبت الكاملة" (ملف PDF) . مجلة أبحاث البروتينات . 18 (5): 2254-2259 . doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00099 . PMID 30950277. S2CID 96435891 .  
  68. ↑ روسكوني، ف. (2021). "mineXpert2: تصور واستكشاف شامل لبيانات مطياف الكتلة MSn". مجلة الجمعية الأمريكية لمطياف الكتلة . 32 (4): 1138-1141 . Bibcode : 2021JASMS..32.1138L . doi : 10.1021/jasms.0c00402 . PMID 33683899 . 
  69. ^ بالاجي، باتريشيا م. فالتر، دانيال. كوادروني، مانفريدو؛ كاترينت، سيباستيان؛ بيرجس، جنيفر. زيمرمان-إيفول، كاثرين ج.؛ سانشيز، جان تشارلز؛ بينز، بيير آلان؛ هوتشستراسر، دينيس F.؛ أبيل، رون د. (2005). "MSight: برنامج تحليل الصور للتحليل اللوني السائل ومطياف الكتلة" . البروتينات . 5 (9): 2381– 4. دوى : 10.1002/pmic.200401244 . بميد 15880814 . S2CID 33296427 .  
  70. ↑ روبيشو، غيوم؛ غارارد، كينيث ب.؛ باري، جيريمي أ.؛ موديمان، ديفيد س. (مارس 2013). "MSiReader: واجهة مفتوحة المصدر لعرض وتحليل ملفات صور مطياف الكتلة عالية الدقة على منصة ماتلاب" . مجلة الجمعية الأمريكية لمطياف الكتلة . 24 (5): 718-721 . Bibcode : 2013JASMS..24..718R . doi : 10.1007/s13361-013-0607- z . PMC 3693088. PMID 23536269 .  
  71. ↑ برينس، جيه تي؛ ماركوت، إي إم (2008). "Mspire: علم البروتينات باستخدام مطياف الكتلة في روبي" . المعلوماتية الحيوية . 24 (23): 2796-2797 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn513 . PMC 2639276. PMID 18930952 .  
  72. ↑ غومين، إل جيه إي؛ جيفيرت، ك؛ كليمنت، إل. (2016). "تحسين التقدير والحساسية والنوعية في علم البروتينات الكمي المعتمد على البيانات والخالي من العلامات باستخدام انحدار ريدج القوي على مستوى الببتيد" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 15 (2): 657-668 . doi : 10.1074/mcp.M115.055897 . PMC 4739679. PMID 26566788 .  
  73. ↑ غومين، إل جيه إي؛ جيفيرت، ك؛ كليمنت، إل. (2018). "التصميم التجريبي وتحليل البيانات في علم البروتينات الكمي بتقنية LC/MS بدون استخدام علامات: دليل تعليمي باستخدام MSqRob" . مجلة علم البروتينات . 171 : 23-26 . doi : 10.1016/j.jprot.2017.04.004 . PMID 28391044 . 
  74. ↑ غومين، إل جيه إي؛ ستيكر، أ.؛ مارتنز، م.؛ جيفيرت، ك.؛ كليمنت، ل. (2020). "MSqRob يتجاوز العقبة المفقودة: توحيد البروتينات القائمة على الكثافة والعدد" . الكيمياء التحليلية . XXXX (XX): 6278-6287 . Bibcode : 2020AnaCh..92.6278G . doi : 10.1021/acs.analchem.9b04375 . hdl : 1854/LU-8671265 . PMID: 32227882. S2CID : 214751205 .  
  75. ↑ ميغاس، لوكاس جي؛ فرانس، أيدان بي؛ بيلينيا، برونو؛ باران، بيرديتا إي. (أبريل 2018). "أوريغامي: مجموعة برامج لتحليل الطيف الكتلي باستخدام تقنية التنقل الأيوني المنشط (aIM-MS) وتطبيقها على تجمعات البروتينات متعددة الوحدات" . المجلة الدولية لعلم قياس الطيف الكتلي . 427 : 20-28 . Bibcode : 2018IJMSp.427...20M . doi : 10.1016/j.ijms.2017.08.014 . ISSN 1387-3806 . 
  76. ↑ كارفاليو، باولو سي؛ فيشر، جوليانا إس جي؛ تشين، إميلي آي؛ ييتس، جون آر؛ باربوسا، فالمير سي (2008). " PatternLab للبروتيوميات: أداة للبروتيوميات التفاضلية الشاملة" . BMC Bioinformatics . 9 (1) 316. Bibcode : 2008BMCBi...9..316C . doi : 10.1186/1471-2105-9-316 . PMC 2488363. PMID 18644148 .  
  77. ^ اكرمان، ميراندا. جاكوبو، إدواردو (2017). "مصفاة الذروة". دوى : 10.17617/1.47 .{{cite journal}}يتطلب الاستشهاد بالمجلة ( مساعدة )|journal=
  78. ↑ مختبر المجال المغناطيسي العالي الوطني. "برنامج ICR - MagLab" . nationalmaglab.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 يناير 2024 .
  79. ↑ كوزنيار، أ.؛ كانار، ر. (2014). "PIQMIe: خادم ويب لإدارة وتحليل بيانات البروتينات شبه الكمية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (W1): W100– W106. doi : 10.1093/nar/gku478 . PMC 4086067. PMID 24861615 .  
  80. ↑ ويذرلي، د.ب.؛ أتوود، ج.أ. الثالث؛ مينينغ، ت.أ.؛ كافولا، س.؛ تارلتون، ر.ل.؛ أورلاندو، ر. (2005). "طريقة استدلالية لتحديد معدل الاكتشاف الخاطئ لتحديد البروتينات من نتائج البحث في قاعدة بيانات ماسكوت" . علم البروتينات الجزيئي والخلوي . 4 (6): 762-772 . doi : 10.1074 / mcp.M400215-MCP200 . PMID 15703444. S2CID 18408543 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: الأسماء الرقمية: قائمة المؤلفين ( رابط )
  81. ↑ كيلر، أندرو؛ نيسفيزسكي، أليكسي آي؛ كولكر، يوجين؛ إيبرسولد، رودي (2002). "نموذج إحصائي تجريبي لتقدير دقة تحديد الببتيدات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي (MS/MS) والبحث في قواعد البيانات". الكيمياء التحليلية . 74 (20): 5383-92 . Bibcode : 2002AnaCh..74.5383K . doi : 10.1021/ac025747h . PMID 12403597 . 
  82. ↑ نيسفيزسكي، أ. إي.؛ كيلر، أ.؛ كولكر، إ.؛ إيبرسولد، ر. (2003). "نموذج إحصائي لتحديد البروتينات باستخدام مطياف الكتلة الترادفي". الكيمياء التحليلية . 75 (17): 4646-58 . Bibcode : 2003AnaCh..75.4646N . doi : 10.1021/ac0341261 . PMID 14632076 . 
  83. ↑ سبيشت، مايكل؛ كولجيرت، سيباستيان؛ فوفيزان، كريستيان؛ هيبلر، مايكل (2011). "علم البروتينات المتنقل: يُمكّن برنامج بروتيوماتيك من إنشاء مسارات عمل متعددة الاستخدامات لتقييم بيانات MS/MS بسهولة" . المعلوماتية الحيوية . 27 (8): 1183-1184 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr081 . PMID 21325302 . 
  84. ↑ شينغ، كوان هو؛ داي، جي؛ وو، ييبو؛ تانغ، هاي شو؛ زينغ، رونغ (2012). "BuildSummary: استخدام منهجية قائمة على المجموعات لتحسين حساسية تحديد الببتيدات/البروتينات في علم البروتينات الشامل". مجلة أبحاث البروتينات . 11 (3): 1494-1502 . doi : 10.1021/pr200194p . PMID 22217156 . 
  85. ↑ غالانت، جيمس؛ هيونيس، تيان؛ سامبسون، سامانثا؛ بيتر، ويلبرت (2020). "بروفيجن: منصة إلكترونية لتحليل سريع لبيانات البروتينات المعالجة بواسطة ماكس كوانت" . المعلوماتية الحيوية . 36 (19): 4965-4967 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa620 . PMC 7723325. PMID 32638008 .  
  86. ↑ بالد، تيل؛ بارث، يوهانس؛ نيهويس، آنا؛ سبيشت، مايكل؛ هيبلر، مايكل؛ فوفيزان، كريستيان (2012). "pymzML - وحدة بايثون لتحليل البيانات الحيوية عالية الإنتاجية لبيانات قياس الطيف الكتلي". المعلوماتية الحيوية . 28 (7): 1052-1053 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts066 . PMID 22302572 . 
  87. ↑ غولوبورودكو، أنطون؛ ليفيتسكي، ليف؛ إيفانوف، مارك؛ غورشكوف، ميخائيل (2013). "Pyteomics - إطار عمل بايثون لتحليل البيانات الاستكشافي والنمذجة السريعة للبرمجيات في علم البروتينات". مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 24 (2): 301-304 . Bibcode : 2013JASMS..24..301G . doi : 10.1007/s13361-012-0516-6 . PMID: 23292976. S2CID : 22009929 .  
  88. 1 2 تيتيكا، كيفن؛ ميسمان، بيتر؛ جيفيرت، كريس؛ تافيرنييه، يان؛ لوكينز، كريس؛ مارتنز، لينارت؛ إيكرمان، سفين (2016-01-04). "SFINX: مؤشر ترشيح مباشر لتحليل بيانات تنقية التقارب - قياس الطيف الكتلي". مجلة أبحاث البروتينات . 15 (1): 332-338 . doi : 10.1021/acs.jproteome.5b00666 . ISSN 1535-3907 . PMID 26616242 .  
  89. ^ تيتيكا ، كيفن. فان كويكلبيرغ، إيمي؛ سامين، نورتجي؛ دي سوتر، دلفين. فيرهي، أنيك؛ جيفيرت، كريس. تافيرنييه، جان؛ إيكرمان ، سفين (مايو 2017). “تحليل مجمعات البروتين المحاصرة بواسطة Virotrap و SFINX”. بروتوكولات الطبيعة . 12 (5): 881-898 . دوى : 10.1038/nprot.2017.014 . ISSN 1750-2799 . بميد 28358392 . S2CID 4391127 .   
  90. ↑ تيتيكا، كيفن؛ ميسمان، بيتر؛ لاوكينز، كريس؛ مارتنز، لينارت؛ تافيرنييه، يان؛ إيكرمان، سفين (15 يونيو 2017). "sfinx: حزمة برمجية بلغة R لإزالة النتائج الإيجابية الخاطئة من مجموعات بيانات تنقية التقارب - قياس الطيف الكتلي" . المعلوماتية الحيوية . 33 (12): 1902-1904 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx076 . ISSN 1367-4811 . PMID 28186257 .  
  91. ↑ ليما، د.ب.؛ دي ليما، ت.ب.؛ بالبوينا، ت.س.؛ نيفيس-فيريرا، أ.ج.؛ باربوسا، ف.س.؛ غوزو، ف.س.؛ كارفاليو، ب.س. (2015). "SIM-XL: أداة قوية وسهلة الاستخدام لتحليل الترابط المتقاطع للببتيدات". مجلة البروتينات . 129 : 51-55 . doi : 10.1016/j.jprot.2015.01.013 . hdl : 11449/158584 . PMID 25638023 . 
  92. ↑ زوخت، هانز-ديتر؛ لاميرز، ينس؛ خامينيا، فاليري؛ شيلر، كارستن؛ أبيل، أنيت؛ تامين، هارالد؛ كراميري، ريتو؛ سيل، هارتموت (2005). "منهجية استخراج البيانات لتحليل الببتيدات باستخدام تقنية LC-MALDI-MS". الكيمياء التوافقية والفحص عالي الإنتاجية . 8 (8): 717-23 . doi : 10.2174/138620705774962481 . PMID 16464158 . 
  93. ↑ غوتزه، مايكل؛ بيتلكاو، ج؛ شاكس، س؛ بوس، ك؛ إيلينغ، س.هـ؛ كراوث، ف؛ فريتشه، ر؛ كوهن، أ؛ سينز، أ. (يناير 2012). "StavroX - برنامج لتحليل المنتجات المتشابكة في دراسات تفاعل البروتين" . مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 23 (1): 76-87 . Bibcode : 2012JASMS..23...76G . doi : 10.1007/s13361-011-0261-2 . PMID: 22038510. S2CID : 38037472 .  
  94. ↑ بيدريولي، باتريك جي إيه (2010). "خط أنابيب البروتينات العابرة: خط أنابيب لتحليل البروتينات". معلوماتية البروتينات الحيوية . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 604. الصفحات 213-238 . doi : 10.1007/978-1-60761-444-9_15 . ISBN   978-1-60761-443-2PMID 20013374​​ 
  95. ↑ دويتش، إريك دبليو؛ ميندوزا، لويس؛ شتاينبرغ، ديفيد؛ فرح، تيري؛ لام، هنري؛ تاسمان، ناتالي؛ صن، تشي؛ نيلسون، إريك؛ برات، برايان؛ برازن، برايان؛ إنج، جيمي ك؛ مارتن، دانيال ب؛ نيسفيزسكي، أليكسي آي؛ إيبرسولد، رودي (2010). "جولة إرشادية في مسار البروتينات العابرة" . علم البروتينات . 10 (6): 1150-1159 . doi : 10.1002/pmic.200900375 . ISSN 1615-9853 . PMC 3017125. PMID 20101611 .   
  96. ↑ كودي، روبرت ب.؛ فوكيه، تييري (2019-07-01). "تحديد التركيب العنصري باستخدام النظير الوفير" . مجلة الجمعية الأمريكية لعلم قياس الطيف الكتلي . 30 (7): 1321-1324 . Bibcode : 2019JASMS..30.1321C . doi : 10.1007/s13361-019-02203-9 . ISSN 1044-0305 . PMID 31062289 .  
  97. ↑ مونرو، م. إي.؛ توليتش، ن.؛ جايتلي، ن.؛ شو، ج. ل.؛ أدكينز، ج. ن.؛ سميث، ر. د. (2007). "فايبر: حزمة برمجية متقدمة لدعم تحديد الببتيدات عالي الإنتاجية باستخدام تقنية LC-MS" . المعلوماتية الحيوية . 23 (15): 2021-2023 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm281 . PMID 17545182 .