تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة

يُعدّ تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) ، وهو نوع من أنواع تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq )، استخدامًا لتقنيات التسلسل من الجيل التالي أو التسلسل عالي الإنتاجية المتوازي على نطاق واسع للحمض النووي الريبوزي الميكروي، المعروف أيضًا باسم miRNAs. ويختلف miRNA-seq عن الأنواع الأخرى من RNA-seq في أن المادة المدخلة غالبًا ما تكون غنية بالحمض النووي الريبوزي الصغير. يسمح miRNA-seq للباحثين بدراسة أنماط التعبير الخاصة بالأنسجة، وارتباطاتها بالأمراض، ونظائرها، واكتشاف أنواع miRNAs غير الموصوفة سابقًا. وقد ساهمت الأدلة التي تشير إلى أن خلل تنظيم miRNAs يلعب دورًا في أمراض مثل السرطان [ 1 ] في جعل miRNA-seq أداةً مهمةً في المستقبل للتشخيص والتنبؤ مع استمرار انخفاض التكاليف. [ 2 ] ومثل تقنيات تحديد خصائص miRNA الأخرى، يتميز miRNA-seq بمزايا (استقلالية التسلسل، والتغطية) وعيوب (التكلفة العالية، ومتطلبات البنية التحتية، وطول مدة التشغيل، واحتمالية ظهور نتائج غير دقيقة ). [ 3 ]

مقدمة

تُعدّ الميكرو الحمض النووي الريبوزي (miRNAs) عائلة من الأحماض النووية الريبوزية الصغيرة، يتراوح طولها بين 21 و25 نيوكليوتيدًا، وتعمل على تنظيم التعبير البروتيني من خلال تحطيم النسخ، أو تثبيط الترجمة ، أو عزل النسخ. [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] وقد تم اكتشاف أول ميكرو الحمض النووي الريبوزي، وهو lin-4 ، من خلال فحص الطفرات الجينية لتحديد العناصر الجزيئية التي تتحكم في التطور ما بعد الجنيني للديدان الأسطوانية Caenorhabditis elegans . [ 7 ] ويُشفّر جين lin -4 حمضًا نوويًا ريبوزيًا (RNA) مكونًا من 22 نيوكليوتيدًا، يحتوي على مواقع ارتباط تكميلية محفوظة في المنطقة غير المترجمة 3' من نسخة mRNA الخاصة بجين lin-14 [ 8 ] ، كما أنه يُثبّط التعبير عن بروتين LIN-14. [ 9 ] يُعتقد الآن أن جزيئات miRNA تُشارك في تنظيم العديد من العمليات التطورية والبيولوجية، بما في ذلك تكوين الدم ( miR-181 في فأر التجارب [ 10 ] )، واستقلاب الدهون ( miR-14 في ذبابة الفاكهة [ 11 ] )، وتطور الخلايا العصبية ( lsy-6 في الدودة الأسطوانية [ 12 ] ). [ 6 ] وقد استلزمت هذه الاكتشافات تطوير تقنيات قادرة على تحديد جزيئات miRNA وتوصيفها، مثل تقنية miRNA-seq.

تاريخ

طُوِّرت تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) للاستفادة من تقنيات التسلسل من الجيل التالي أو تقنيات التسلسل عالي الإنتاجية المتوازية على نطاق واسع ، وذلك لاكتشاف جزيئات الحمض النووي الريبوزي الميكروي الجديدة وأنماط تعبيرها في عينة معينة. لا يُعدّ تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي فكرة جديدة بحد ذاتها، فقد اعتمدت الطرق الأولية للتسلسل على تقنية سانجر . تضمنت عملية تحضير التسلسل إنشاء مكتبات عن طريق استنساخ الحمض النووي المُستنسخ عكسيًا من جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة الداخلية التي يتراوح حجمها بين 21 و25 زوجًا قاعديًا، والتي تم اختيارها باستخدام الفصل الكهربائي العمودي والهلامي . [ 13 ] مع ذلك، تُعدّ هذه الطريقة مُرهِقة من حيث الوقت والموارد، إذ يجب تضخيم كل مستنسخ على حدة وتحضيره للتسلسل. كما تُفضّل هذه الطريقة، دون قصد، جزيئات الحمض النووي الريبوزي الميكروي ذات التعبير العالي. [ 6 ] يُغني التسلسل من الجيل التالي عن الحاجة إلى مجسات التهجين الخاصة بالتسلسل المطلوبة في تحليل مصفوفات الحمض النووي الدقيقة ، بالإضافة إلى طرق الاستنساخ المُرهِقة المطلوبة في تقنية سانجر. بالإضافة إلى ذلك، فإن منصات التسلسل من الجيل التالي في طريقة miRNA-SEQ تسهل تسلسل مجموعات كبيرة من الحمض النووي الريبي الصغير في عملية تسلسل واحدة. [ 14 ]

يمكن إجراء تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) باستخدام مجموعة متنوعة من منصات التسلسل. وقد فحص التحليل الأول للحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام تقنيات miRNA-seq ما يقارب 1.4 مليون جزيء من الحمض النووي الريبوزي الصغير من نبات الأرابيدوبسيس ثاليانا، وهو نبات نموذجي، وذلك باستخدام منصة التسلسل المتوازي الضخم للتوقيعات (MPSS) التابعة لشركة Lynx Therapeutics . أظهرت هذه الدراسة إمكانات تقنيات التسلسل الحديثة عالية الإنتاجية لدراسة الحمض النووي الريبوزي الصغير، وأوضحت أن الجينومات تُنتج أعدادًا كبيرة من الحمض النووي الريبوزي الصغير، مع كون النباتات مصدرًا غنيًا به بشكل خاص. [ 15 ] استخدمت دراسات لاحقة تقنيات تسلسل أخرى، مثل دراسة أجريت على دودة C. elegans ، والتي حددت 18 جينًا جديدًا للحمض النووي الريبوزي الميكروي، بالإضافة إلى فئة جديدة من الحمض النووي الريبوزي الصغير في الديدان الخيطية تُسمى 21U-RNAs . [ 16 ] استخدمت دراسة أخرى، قارنت بين خصائص الحمض النووي الريبوزي الصغير في أورام عنق الرحم البشرية والأنسجة الطبيعية، جهاز تحليل الجينوم من شركة Illumina لتحديد 64 جينًا جديدًا من جينات الحمض النووي الريبوزي الميكروي البشري، بالإضافة إلى 67 نوعًا مختلفًا من الحمض النووي الريبوزي الميكروي. [ 17 ] كما استُخدمت منصة تسلسل SOLiD من شركة Applied Biosystems لدراسة القيمة التنبؤية للحمض النووي الريبوزي الميكروي في الكشف عن سرطان الثدي لدى الإنسان. [ 18 ]

طُرق

تحضير مكتبة miRNA

تحضير الحمض النووي الريبي الصغير

يمكن إنشاء مكتبة التسلسل باستخدام مجموعة متنوعة من الأدوات المختلفة، وذلك تبعًا لمنصة التسلسل عالية الإنتاجية المستخدمة. ومع ذلك، توجد عدة خطوات مشتركة لإعداد تسلسل الحمض النووي الريبوزي الصغير. [ 19 ] [ 20 ]

عزل الحمض النووي الريبي الكلي

في عينة معينة، يُستخلص الحمض النووي الريبوزي (RNA) بالكامل ويُعزل باستخدام طريقة إيزوثيوسيانات/فينول/كلوروفورم (GITC/فينول) أو منتج تجاري مثل كاشف تريزول ( إنفيتوجين ) . عادةً ما تكون الكمية الأولية المطلوبة لتنقية الحمض النووي الريبوزي الكلي (RNA) باستخدام الهلام الكهربائي واختيار الحجم هي 50-100 ميكروغرام، حيث ينتج عن كل غرام من الأنسجة عادةً 1 ملليغرام من الحمض النووي الريبوزي الكلي. [ 20 ] كما تُقاس جودة الحمض النووي الريبوزي (RNA) عن طريق تشغيل شريحة الحمض النووي الريبوزي (RNA) على جهاز Caliper LabChipGX ( كاليبر لايف ساينسز ). 

فصل جزيئات الحمض النووي الريبي الصغيرة حسب الحجم بواسطة الرحلان الكهربائي الهلامي

يُفصل الحمض النووي الريبوزي المعزول على هلام بولي أكريلاميد مُشوه. تُستخدم طريقة تصوير، مثل استخدام قليل النوكليوتيدات الموسومة بالفسفور المشع 5'-32P مع سلم الحجم، لتحديد جزء من الهلام يحتوي على الحمض النووي الريبوزي ذي الحجم المناسب، مما يقلل كمية المادة التي ستخضع للتسلسل في النهاية. لا يُشترط تنفيذ هذه الخطوة قبل خطوات الربط والنسخ العكسي الموضحة أدناه. [ 19 ] [ 20 ]

ربط

تُضيف خطوة الربط مُهايئات الحمض النووي إلى طرفي جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة، والتي تعمل كمواقع ارتباط للبادئات أثناء النسخ العكسي وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) . يتم ربط مُهايئ الحمض النووي أحادي السلسلة المُؤدين عند الطرف 3'، متبوعًا بمُهايئ عند الطرف 5'، بجزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة باستخدام إنزيم ربط مثل T4 RNA ligase2. صُممت هذه المُهايئات أيضًا لالتقاط جزيئات الحمض النووي الريبوزي الصغيرة التي تحتوي على مجموعة فوسفات عند الطرف 5'، وهي جزيئات الحمض النووي الريبوزي الميكروي المميزة، بدلاً من نواتج تحلل الحمض النووي الريبوزي التي تحتوي على مجموعة هيدروكسيل عند الطرف 5'. [ 19 ] [ 20 ]

النسخ العكسي وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل

تحوّل هذه الخطوة جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) الصغيرة المرتبطة بالمحولات إلى نسخ cDNA تُستخدم في تفاعل التسلسل. تتوفر العديد من المجموعات التجارية التي تُنفّذ هذه الخطوة باستخدام نوع من أنواع إنزيم النسخ العكسي . بعد ذلك، يُجرى تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لتضخيم مجموعة تسلسلات cDNA. يمكن أيضًا استخدام بادئات مُصممة بعلامات نيوكليوتيدية فريدة في هذه الخطوة لإنشاء علامات تعريف في تسلسل المكتبة المجمعة المتعددة. [ 19 ] [ 20 ]

التسلسل

تختلف عملية تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) اختلافًا كبيرًا باختلاف المنصة المستخدمة. ومن بين منصات التسلسل الشائعة من الجيل التالي [ 21 ] : التسلسل الناري (Pyrosequencing) على منصة 454 Life Sciences ، [ 22 ] والتسلسل القائم على البوليميراز عن طريق التخليق على منصة Illumina (الشركة) ، [ 23 ] أو التسلسل عن طريق الربط على منصة ABI Solid Sequencing . [ 24 ]

تحليل البيانات

إن القدرة على 1) الحصول على مستويات وفرة miRNA من قراءات التسلسل، 2) اكتشاف miRNAs جديدة، ثم القدرة على 3) تحديد miRNA المعبر عنها بشكل مختلف و 4) أهداف جينات mRNA المرتبطة بها، أمر أساسي في تحليل بيانات miRNA-seq.

تحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq)

محاذاة وتحديد كمية وفرة الحمض النووي الريبوزي الميكروي

قد تُعبَّر جزيئات miRNA بشكلٍ تفضيلي في أنواع خلايا أو أنسجة أو مراحل نمو معينة، أو في حالات مرضية محددة كالسرطان. [ 1 ] وبما أن التسلسل العميق (miRNA-seq) يُنتج ملايين القراءات من عينة معينة، فإنه يسمح لنا بتحليل جزيئات miRNA؛ سواءً من خلال تحديد وفرتها المطلقة، أو اكتشاف متغيراتها (المعروفة باسم isomirs [ 25 ] ). تجدر الإشارة إلى أنه نظرًا لأن متوسط ​​طول قراءات التسلسل أطول من متوسط ​​طول جزيء miRNA (17-25 نيوكليوتيد)، فمن المفترض أن توجد نهايتا 3' و5' لجزيء miRNA على نفس القراءة. توجد عدة خوارزميات لتحديد وفرة جزيئات miRNA. [ 21 ] [ 26 ] وتتلخص خطواتها العامة فيما يلي: [ 27 ]

  1. بعد التسلسل، تُصفّى قراءات التسلسل الخام بناءً على الجودة. كما تُزال تسلسلات المحولات من قراءات التسلسل الخام.
  2. ثم يتم تنسيق القراءات الناتجة في ملف فاستا حيث يتم تسجيل رقم النسخة والتسلسل لكل علامة فريدة.
  3. يتم تحديد التسلسلات التي قد تمثل تلوثًا ببكتيريا الإشريكية القولونية عن طريق بحث BLAST مقابل قاعدة بيانات الإشريكية القولونية، ويتم إزالتها من التحليل.
  4. تتم محاذاة كل من التسلسلات المتبقية مع قاعدة بيانات تسلسل miRNA (مثل miRBase [ 28 ] ) من أجل مراعاة معالجة DICER غير الكاملة ، يُسمح بوجود امتداد 6 نيوكليوتيدات على الطرف 3'، و3 نيوكليوتيدات على الطرف 5'.
  5. ثم يتم محاذاة القراءات التي لا تتوافق مع قاعدة بيانات miRNA بشكل فضفاض مع سلائف miRNA للكشف عن miRNAs التي قد تحمل طفرات أو تلك التي خضعت لتحرير RNA .
  6. ثم يتم تطبيع عدد القراءات لكل miRNA إلى العدد الإجمالي لـ miRNAs التي تم تعيينها للإبلاغ عن وفرة كل miRNA.

اكتشاف جديد لـ miRNA

من مزايا تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) أنها تتيح اكتشاف أنواع جديدة من الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA) التي ربما لم تتمكن طرق الفحص والتحليل التقليدية من رصدها. [ 27 ] توجد عدة خوارزميات جديدة لاكتشاف الحمض النووي الريبوزي الميكروي، وتتلخص خطواتها العامة فيما يلي:

  1. احصل على قراءات لم تتطابق مع تسلسلات miRNA المعروفة، وقم برسم خرائط لها على الجينوم.
  2. طريقة طي الحمض النووي الريبي
    1. بالنسبة لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي الميكروي التي تم العثور على تطابق تام لها، يتم الحصول على التسلسل الجينومي بما في ذلك حوالي 100 زوج قاعدي من التسلسل المجاور على كلا الجانبين، ويتم تشغيل الحمض النووي الريبوزي من خلال برنامج طي الحمض النووي الريبوزي مثل حزمة فيينا. [ 29 ]
    2. يتم اختيار التسلسلات المطوية التي تقع على أحد أذرع دبوس الشعر miRNA والتي لها طاقة حرة دنيا أقل من ~25 كيلو كالوري/مول على أنها miRNA افتراضية.
    3. يتم تقليص التسلسلات المختارة لتشمل فقط التسلسل السلف المحتمل، ثم يتم إعادة طيها للتأكد من أن التسلسل السلف لم يتم تثبيته بشكل مصطنع بواسطة التسلسلات المجاورة.
    4. تعتبر التسلسلات المطوية الناتجة عبارة عن جزيئات miRNA جديدة إذا وقع تسلسل miRNA داخل أحد أذرع الدبوس الشعري، وهي محفوظة بشكل كبير بين الأنواع.
  3. طريقة التعبير عن خيوط النجوم (miRdeep [ 30 ] )
    1. يتم تحديد تسلسلات miRNA الجديدة بناءً على نمط التعبير المميز الذي تظهره بسبب معالجة DICER: التعبير الأعلى لـ miRNA الناضج على طول سلسلة النجمة وتسلسلات الحلقة.

تحليل التعبير التفاضلي

بعد تحديد كمية جزيئات miRNA في كل عينة، يمكن مقارنة مستويات تعبيرها بين العينات. وبذلك، يُمكن تحديد جزيئات miRNA التي تُعبَّر عنها بشكل تفضيلي في نقاط زمنية محددة، أو في أنسجة أو حالات مرضية معينة. بعد توحيد عدد القراءات المُطابقة بين العينات، يُمكن استخدام مجموعة من الاختبارات الإحصائية (مثل تلك المستخدمة في تحليل التعبير الجيني ) لتحديد التعبير التفاضلي.

التنبؤ بالهدف

يُتيح تحديد أهداف الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) للـ miRNA فهم الجينات أو شبكات الجينات التي تُنظّم تعبيرها. [ 31 ] توفر قواعد البيانات العامة تنبؤات بأهداف الـ miRNA. ولكن لتمييز التنبؤات الإيجابية الصحيحة عن التنبؤات الإيجابية الخاطئة بشكل أفضل، يمكن دمج بيانات تسلسل الـ miRNA (miRNA-seq) مع بيانات تسلسل الـ mRNA (mRNA-seq) لرصد أزواج الـ miRNA:mRNA الوظيفية. تُعدّ برامج RNA22 [ 32 ] و TargetScan [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ] و miRanda [ 39 ] وPicTar [ 40 ] برامج مصممة لهذا الغرض. تجدون هنا قائمة ببرامج التنبؤ . الخطوات العامة هي:

  1. تحديد أزواج ارتباط miRNA:mRNA، وتحديد التكامل بين تسلسلات miRNA في منطقة 3'-UTR لتسلسل mRNA.
  2. حدد درجة حفظ أزواج ارتباط miRNA:mRNA عبر الأنواع. عادةً، تكون الأزواج ذات الارتباط الأقوى أقل عرضةً لأن تكون نتائج تنبؤ خاطئة.
  3. ابحث عن دليل على استهداف miRNA في بيانات mRNA-seq أو بيانات التعبير البروتيني: حيث يكون التعبير عن miRNA مرتفعًا، يجب أن يكون التعبير الجيني والبروتيني للجين المستهدف منخفضًا.

التحقق من صحة الهدف لأهداف mRNA المقطوعة

تؤدي العديد من جزيئات miRNA وظيفة توجيه انقسام جزيئات mRNA المستهدفة؛ وهذا ينطبق بشكل خاص على النباتات، ولذا طُوّرت طرق التسلسل عالية الإنتاجية للاستفادة من هذه الخاصية لجزيئات miRNA عن طريق تسلسل النهايات 3' غير المغطاة لجزيئات mRNA المنقسمة أو المتحللة. تُعرف هذه الطرق باسم تسلسل Degradome أو PARE. [ 41 ] [ 42 ] عادةً ما يتم التحقق من انقسام الهدف في جزيئات mRNA محددة باستخدام نسخة معدلة من تقنية التضخيم السريع لنهايات cDNA من الطرف 5' مع بادئ خاص بالجين.

التطبيقات

تحديد جزيئات miRNA الجديدة

كشفت تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) عن جزيئات miRNA جديدة لم تكن معروفة سابقًا في طرق تحليل miRNA التقليدية. ومن أمثلة هذه النتائج: الخلايا الجذعية الجنينية [ 25 ] ، وأجنة الدجاج [ 43 ] ، وسرطان الدم الليمفاوي الحاد [ 44 ] ، وسرطان الغدد الليمفاوية للخلايا البائية الكبيرة المنتشرة والخلايا البائية [ 45 ] ، وسرطان الدم النخاعي الحاد [ 46 ] ، وسرطان الرئة [ 47 ] .

المؤشرات الحيوية للأمراض

تُعدّ الحموض النووية الريبية الميكروية (miRNAs ) من أهمّ مُنظِّمات العمليات الخلوية، كالبقاء والتكاثر والتمايز . لذا، ليس من المستغرب أن تُشارك هذه الحموض في جوانب مُختلفة من السرطان من خلال تنظيم التعبير الجيني للجينات المُسرطنة والجينات الكابتة للأورام . وبالتزامن مع تطوير أساليب التحليل عالية الإنتاجية، تمّ تحديد الحموض النووية الريبية الميكروية كمؤشرات حيوية لتصنيف السرطان، والاستجابة للعلاج، والتنبؤ بمآل المرض. [ 48 ] إضافةً إلى ذلك، ونظرًا لأنّ الحموض النووية الريبية الميكروية تُنظِّم التعبير الجيني، فإنها قادرة أيضًا على كشف الاضطرابات في الشبكات التنظيمية الهامة التي قد تُسبِّب اضطرابًا مُعينًا. [ 48 ] فيما يلي بعض تطبيقات الحموض النووية الريبية الميكروية كمؤشرات حيوية ومُتنبئات للأمراض.

الجدول 1: أنواع السرطان الفرعية التي تم تمييزها بواسطة الحمض النووي الريبي الميكروي
نوع السرطانmiRNAs αالمرجع.
صدر
حالة الطوارئمير-26أ/ب، عائلة مير-30، مير-29ب، مير-155، مير-342، مير-206، مير-191[ 49 ] [ 50 ] [ 51 ] [ 52 ]
حالة الإقامة الدائمةLet-7c، miR-29b، miR-26a، عائلة miR-30، miR-520g[ 52 ] [ 53 ]
حالة HER2/ neuمير-520د، مير-181c، مير-302c، مير-376b، مير-30e[ 49 ] [ 53 ]
رئة
الخلايا الحرشفية مقابل الخلايا غير الحرشفيةmiR-205[ 54 ]
الخلايا الصغيرة مقابل الخلايا غير الصغيرةمير-17-5 بي، مير-22، مير-24، مير-31[ 48 ]
المعدة
منتشر مقابل معويmiR-29b/c، عائلة miR-30، miR-135a/b[ 55 ]
بطانة الرحم
بطانة الرحم الشبيهة بالبطانة الرحمية مقابل بطانة الرحم الحليميةمير-19a/ب، مير-30e-5p، مير-101، مير-452، مير-382، مير-15أ، مير-29c[ 56 ]
الكلى
الخلايا الصافية مقابل الحليماتمير-424، مير-203، مير-31، مير-126[ 57 ]
الورم الحميد للخلايا مقابل الورم الكاره للصبغةmiR-200c، miR-139-5p[ 57 ]
الورم النخاعي المتعدد
مع t(14;16)miR-1، miR-133a[ 58 ]
مع t(4;14)miR-203، miR-155، miR-375[ 58 ]
مع t(11;14)miR-125a، miR-650، miR-184[ 58 ]
ابيضاض الدم النخاعي الحاد
مع t(15;17)مير-382، مير-134، مير-376أ، مير-127، مير-299-5ب، مير-323[ 59 ]
باستخدام t(8;21) أو inv(16)let-7b/c، miR-127[ 59 ]
مع طفرات NPM1مير-10أ/ب، دع-7، مير-29، مير-204، مير-128أ، مير-196أ/ب[ 59 ] [ 60 ]
مع FLT3 ITDmiR-155[ 59 ] [ 60 ] [ 61 ]
ابيضاض الدم الليمفاوي المزمن
مستويات ZAP-70 وحالة IgVHمير-15أ، مير-195، مير-221، مير-155، مير-23ب[ 62 ]
سرطان الجلد
مع BRAF V600EmiR-193a، miR-338، miR-565[ 63 ]
سرطان الغدد الليمفاوية
سرطان الغدد الليمفاوية المنتشر للخلايا البائية الكبيرةلديها-مير-128، لديها-مير-129-3p، لديها-مير-152، لديها-مير-155، لديها-مير-185، لديها-مير-193a-5p، لديها-مير-196b، لديها-مير-199b-3p، لديها-مير-20ب، لديها-مير-23a، لديها-مير-27a، لديها-مير-28-5p، لديها-مير-301a، لديها-مير-331-3p، لديها-مير-365، لديها-مير-625، لديها-مير-9[ 45 ]

α هذه ليست قائمة شاملة لـ miRNAs المرتبطة بهذه الأورام الخبيثة.

مقارنة مع طرق أخرى لتحليل بيانات الحمض النووي الريبوزي الميكروي

من عيوب استخدام تقنية تسلسل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA-seq) مقارنةً بأساليب تحليل الحمض النووي الريبوزي الميكروي الأخرى، ارتفاع تكلفتها، واحتياجها عمومًا إلى كمية أكبر من الحمض النووي الريبوزي الكلي، وتضمنها تضخيمًا مكثفًا، واستهلاكها وقتًا أطول من أساليب المصفوفات الدقيقة وتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR). [ 3 ] كما يبدو أن طرق تحضير مكتبات miRNA-seq تُظهر تمثيلًا تفضيليًا منهجيًا لمجموعة الحمض النووي الريبوزي الميكروي، مما يحول دون تحديد وفرة الحمض النووي الريبوزي الميكروي بدقة. [ 64 ] في الوقت نفسه، لا تعتمد هذه الطريقة على التهجين، وبالتالي لا تتطلب معلومات تسلسلية مسبقة . وبفضل ذلك، يمكن الحصول على تسلسلات الحمض النووي الريبوزي الميكروي الجديد ونظائره (isoMirs)، وتمييز الحمض النووي الريبوزي الميكروي المتشابه تسلسليًا، وتحديد الطفرات النقطية . [ 65 ]

مقارنة منصات تحليل بيانات الحمض النووي الريبوزي الميكروي

[ 3 ]

الجدول 2: مقارنة منصات تحليل بيانات الحمض النووي الريبوزي الميكروي
تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي (qPCR)المصفوفة الدقيقةالتسلسل
زمن الإنتاجيةحوالي 6 ساعاتحوالي يومينمن أسبوع إلى أسبوعين
الحمض النووي الريبي الكلي مطلوب500  نانوغرام100-1000  نانوغرام500-5000  نانوغرام
تم الكشف عن نطاق ديناميكيستة مراتب من حيث الحجمأربعة مراتب من حيث الحجمخمسة مراتب أو أكثر من حيث الحجم
متطلبات البنية التحتية والتقنيةعدد قليلمعتدلجوهري
تكلفة العينة الواحدة (بالدولار الأمريكي)400 دولار250-350 دولارًا500-700 دولار

مراجع

  1. 1 2 فارازي، ثاليا أ؛ سبيتزر، جيسيكا إ؛ موروزوف، بافيل؛ توشل، توماس (2011). "الحمض النووي الريبوزي الميكروي في سرطان الإنسان" . مجلة علم الأمراض . 223 (2): 102-115 . doi : 10.1002/path.2806 . ISSN 0022-3417 . PMC 3069496. PMID 21125669 .   
  2. ↑ ساندو، س.؛ غارزون، ر. (2011). "التطبيقات المحتملة للحمض النووي الريبوزي الميكروي في تشخيص السرطان، والتنبؤ بمآله، وعلاجه". سيمين أونكول . 38 (6): 781-787 . doi : 10.1053/j.seminoncol.2011.08.007 . PMID 22082764 . 
  3. 1 2 3 بيكر، مونيا (2010). "تحليل التعبير الجيني للـ microRNA: فصل الإشارة عن الضوضاء" . مجلة Nature Methods . 7 (9): 687-692 . doi : 10.1038/nmeth0910-687 . ISSN 1548-7091 . PMID 20805796. S2CID 6853222 .   
  4. ↑ كيم، في. ناري ؛ هان، جينجو؛ سيومي، ميكيكو سي. (2009). "التكوين الحيوي للحمض النووي الريبوزي الصغير في الحيوانات". مجلة نيتشر ريفيوز لعلم الأحياء الخلوي الجزيئي . 10 (2): 126-139 . doi : 10.1038/nrm2632 . ISSN 1471-0072 . PMID 19165215. S2CID 8360619 .   
  5. ↑ بارتل، د. (2004). "الميكرو آر إن إيه: علم الجينوم، والتكوين الحيوي، والآلية، والوظيفة" . الخلية . 116 (2): 281-297 . doi : 10.1016/S0092-8674(04)00045-5 . ISSN 0092-8674 . PMID 14744438. S2CID 2669459 .   
  6. هي ، لين؛ هانون، غريغوري ج. (2004). "الميكرو آر إن إيه : جزيئات آر إن إيه صغيرة ذات دور كبير في تنظيم الجينات". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 5 (7): 522-531 . doi : 10.1038/nrg1379 . ISSN 1471-0056 . PMID 15211354. S2CID 86602746 .   
  7. ↑ أمبروز، فيكتور (1989). "تسلسل هرمي من الجينات التنظيمية يتحكم في التحول النمائي من اليرقة إلى البلوغ في دودة C. elegans". الخلية . 57 ( 1): 49-57 . doi : 10.1016/0092-8674(89)90171-2 . ISSN 0092-8674 . PMID 2702689. S2CID 13103224 .   
  8. ↑ لي، روزاليند سي؛ فينباوم، روندا إل؛ أمبروز، فيكتور (1993). "جين lin-4 غير المتزامن في الدودة الأسطوانية C. elegans يُشفّر جزيئات RNA صغيرة ذات تكامل مضاد لجين lin-14" . مجلة Cell . 75 (5): 843-854 . doi : 10.1016/0092-8674(93)90529-Y . ISSN 0092-8674 . PMID 8252621 .  
  9. ↑ وايتمان، بروس؛ ها، إيلهو؛ روفكون، غاري (1993). "التنظيم ما بعد النسخي لجين lin-14 غير المتزامن بواسطة lin-4 يُساهم في تكوين النمط الزمني في C. elegans" . مجلة Cell . 75 (5): 855–862 . doi : 10.1016/0092-8674(93)90530-4 . ISSN 0092-8674 . PMID 8252622 .  
  10. ↑ تشين، سي.-زد. (2004). "الميكرو آر إن إيه يُعدِّل تمايز السلالة المكونة للدم" (ملف PDF) . مجلة ساينس . 303 (5654): 83-86 . رمز Bibcode : 2004Sci...303...83C . doi : 10.1126/science.1091903 . hdl : 1721.1 /7483 . ISSN 0036-8075 . PMID 14657504. S2CID 7044929 .   
  11. ↑ شو، بيتشانغ؛ فيرنوي، ستيفاني واي؛ غو، مينغ؛ هاي، بروس أ. (2003). "يُثبّط الميكرو آر إن إيه Mir-14 في ذبابة الفاكهة موت الخلايا وهو ضروري لعملية التمثيل الغذائي الطبيعي للدهون" ( ملف PDF) . علم الأحياء الحالي . 13 (9): 790-795 . doi : 10.1016/S0960-9822(03)00250-1 . ISSN 0960-9822 . PMID 12725740. S2CID 6391484 .   
  12. ↑ جونستون، روبرت ج.؛ هوبرت، أوليفر (2003). "ميكرو آر إن إيه يتحكم في عدم تناظر الخلايا العصبية اليمنى/اليسرى في دودة Caenorhabditis elegans". مجلة Nature . 426 ( 6968 ): 845-849 . Bibcode : 2003Natur.426..845J . doi : 10.1038/nature02255 . ISSN 0028-0836 . PMID 14685240. S2CID 4410288 .   
  13. ↑ لي، آر سي (2001). "فئة واسعة من الحمض النووي الريبوزي الصغير في دودة Caenorhabditis elegans". مجلة ساينس . 294 (5543): 862-864 . Bibcode : 2001Sci...294..862L . doi : 10.1126/science.1065329 . ISSN 0036-8075 . PMID 11679672. S2CID 33480585 .   
  14. ↑ ألدريدج، سارة؛ هادفيلد، جيمس (2012). "مقدمة في تقنيات تحليل التعبير الجيني للـ miRNA والمقارنة بين المنصات". تقنية تحليل التعبير الجيني للـ miRNA من الجيل التالي . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 822. تقنية تحليل التعبير الجيني للـ miRNA من الجيل التالي. الصفحات 19-31 . doi : 10.1007/978-1-61779-427-8_2 . ISBN   978-1-61779-426-1ISSN 1064-3745 . PMID 22144189 .​  
  15. ↑ لو، سي؛ تيج، إس إس؛ لو، إس؛ هاودنشيلد، سي دي؛ مايرز، بي سي؛ غرين، بي جيه (2 سبتمبر 2005). "توضيح مكون الحمض النووي الريبوزي الصغير في النسخ الجيني". مجلة ساينس . 309 (5740): 1567-1569 . رمز Bibcode : 2005Sci...309.1567L . doi : 10.1126/science.1114112 . PMID 16141074. S2CID 1651848 .  
  16. ↑ روبي، ج. غراهام؛ جان، كالفن؛ بلاير، كريستوفر؛ أكسل، مايكل ج.؛ لي، ويليام؛ نوسباوم، تشاد؛ جي، هوي؛ بارتل، ديفيد ب. (2006). "التسلسل واسع النطاق يكشف عن 21U-RNAs وmicroRNAs إضافية وsiRNAs داخلية المنشأ في C. elegans" . الخلية . 127 ( 6): 1193-1207 . doi : 10.1016/j.cell.2006.10.040 . ISSN 0092-8674 . PMID 17174894. S2CID 16838469 .   
  17. ↑ ويتن، دانييلا؛ تيبشيراني، روبرت؛ غو، سام؛ فاير، أندرو؛ لوي، وينغ-أون (2010). "اكتشاف الحمض النووي الريبوزي الصغير باستخدام التسلسل عالي الإنتاجية للغاية وتحليل المؤشرات الحيوية الإحصائية المنفصلة في مجموعة من أورام عنق الرحم ومجموعات الضبط المطابقة" . مجلة BMC Biology . 8 (1): 58. doi : 10.1186/1741-7007-8-58 . ISSN 1741-7007 . PMC 2880020. PMID 20459774 .   
  18. ↑ وو، تشيان؛ لو، زوهونغ؛ لي، هايلينغ؛ لو، جيافنغ؛ غو، لي؛ غي، تشينيو (2011). "التسلسل الجيني من الجيل التالي للحمض النووي الريبوزي الميكروي للكشف عن سرطان الثدي" . مجلة الطب الحيوي والتكنولوجيا الحيوية . 2011 : 1-7 . doi : 10.1155/2011/597145 . ISSN 1110-7243 . PMC 3118289. PMID 21716661 .   
  19. 1 2 3 4 لو، سي؛ مايرز، بي سي؛ غرين، بي جيه (أكتوبر 2007). "بناء مكتبات الحمض النووي التكميلي (cDNA) للحمض النووي الريبوزي الصغير للتسلسل العميق". طرق . 43 (2): 110-117 . doi : 10.1016/j.ymeth.2007.05.002 . PMID 17889797 . 
  20. هافنر ، ماركوس؛ لاندغراف، بابلو؛ لودفيغ، يانوس؛ رايس، أماندا؛ أوجو، تولولوب؛ لين، كارولينا؛ هولوش، دانيال؛ ليم، سيندي؛ توشل، توماس (2008). " تحديد الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNAs ) وأنواع أخرى من الحمض النووي الريبوزي التنظيمي الصغير باستخدام تسلسل مكتبة الحمض النووي المكمل (cDNA)" . طرق . 44 ( 1): 3-12 . doi : 10.1016/j.ymeth.2007.09.009 . ISSN 1046-2023 . PMC 2847350. PMID 18158127 .   
  21. شيندور ، جاي؛ جي، هانلي (2008). "تسلسل الحمض النووي من الجيل التالي". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 26 ( 10): 1135-1145 . doi : 10.1038/nbt1486 . ​​ISSN 1087-0156 . PMID 18846087. S2CID 6384349 .   
  22. ↑ "التطبيقات - تسلسل النسخ الجيني: 454 Life Sciences، إحدى شركات روش" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 26-05-2011 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 01-03-2012 .
  23. ↑ "Illumina DesignStudio" .
  24. ↑ "نسخة مؤرشفة" . مؤرشفة من الأصل بتاريخ 16-05-2008 . تم الاطلاع عليها بتاريخ 16-05-2008 .{{cite web}}: CS1 maint: archived copy as title ( link )
  25. مورين ، آر دي ؛ أوكونور، إم دي؛ غريفيث، إم؛ كوتشنباور، إف؛ ديلاني، إيه؛ برابهو، إيه-إل؛ تشاو، واي؛ ماكدونالد، إتش؛ زينغ، تي؛ هيرست، إم؛ إيفز، سي جيه؛ مارا، إم إيه (2008). "تطبيق التسلسل المتوازي عالي الإنتاجية على تحديد خصائص الحمض النووي الريبوزي الميكروي واكتشافه في الخلايا الجذعية الجنينية البشرية" . أبحاث الجينوم . 18 (4): 610-621 . doi : 10.1101/gr.7179508 . ISSN 1088-9051 . PMC 2279248. PMID 18285502 .   
  26. ↑ بيرنينجر، فيليب؛ جايداتزيس، ديموس؛ فان نيمويجن، إريك؛ زافولان، ميهايلا (2008). "التحليل الحاسوبي لبيانات استنساخ الحمض النووي الريبوزي الصغير". طرق . 44 (1): 13-21 . doi : 10.1016/j.ymeth.2007.10.002 . ISSN 1046-2023 . PMID 18158128 .  
  27. 1 2 كريتون، سي جيه؛ ريد، جي جي؛ جوناراتني، بي إتش (2009). "تحليل التعبير الجيني للـ microRNAs باستخدام التسلسل العميق" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 10 (5): 490-497 . doi : 10.1093/bib/bbp019 . ISSN 1467-5463 . PMC 2733187. PMID 19332473 .   
  28. ↑ كوزومارا، أ.؛ غريفيثس-جونز، س. (2010). "miRBase: دمج بيانات توصيف microRNA وبيانات التسلسل العميق" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (قاعدة البيانات): D152– D157. doi : 10.1093/nar/gkq1027 . ISSN 0305-1048 . PMC 3013655. PMID 21037258 .   
  29. ^ هوفاكر، إلينوي؛ فونتانا، دبليو؛ ستادلر، PF. بونهوفر، LS؛ تاكر، م. شوستر، ب. (1994). “الطي السريع والمقارنة بين الهياكل الثانوية للحمض النووي الريبي”. Monatshefte für Chemie . 125 (2): 167– 188. دوى : 10.1007 / BF00818163 . ISSN 0026-9247 . S2CID 19344304 .  
  30. ↑ يانغ، إكس.؛ لي، إل. (2011). "miRDeep-P: أداة حاسوبية لتحليل النسخ الجيني للـ microRNA في النباتات" . المعلوماتية الحيوية . 27 (18): 2614-2615 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr430 . ISSN 1367-4803 . PMID 21775303 .  
  31. ^ كلونان، نيكول. واني، شيفانجي؛ شو، تشينينج؛ قو، جيان؛ ليا كريستي. سخان، شيلا؛ بارباسيور، كاتالين؛ ستيبتو ، أنيتا إل ؛ مارتن، هيلاري سي؛ نوربخش، إحسان؛ كريشنان، كيرثانا؛ جاردينر، بروك. وانغ، شياو هوي. لا شيء، كاتيا. ستين ، جايسون أ. ماتيجان، نيك؛ وود ، ديفيد ل. كاسان ، كارين س. واديل، نيك؛ الراعي، جيل؛ لي كلارنس. إيشيكاوا، جيف؛ ماكيرنان، كيفن؛ برامليت، كيلي. كويرستين، سكوت؛ جريموند ، شون م (2011). "تعمل MicroRNAs و isomiRs الخاصة بها بشكل تعاوني لاستهداف المسارات البيولوجية المشتركة" . بيولوجيا الجينوم . 12 (12): ر126. doi : 10.1186 / gb-2011-12-12-r126 . ISSN 1465-6906 . PMC 3334621. PMID 22208850 .   
  32. ↑ ميراندا كيه سي، هوينه تي، تاي واي، أنج واي إس، تام دبليو إل، تومسون إيه إم، ليم بي، ريغوتسوس آي (2006). "طريقة قائمة على الأنماط لتحديد مواقع ارتباط الحمض النووي الريبوزي الميكروي (microRNA) وجزيئاته الهجينة المقابلة" . مجلة Cell . 126 (6): 1203-1217 . doi : 10.1016/j.cell.2006.07.031 . PMID 16990141. S2CID 12749133 .  
  33. ↑ لويس، بي بي؛ بيرج، سي بي؛ بارتل، دي بي (14 يناير 2005). "يشير اقتران البذور المحفوظ، والذي غالبًا ما يكون محاطًا بالأدينوزينات، إلى أن آلاف الجينات البشرية هي أهداف للـ microRNA" . مجلة Cell . 120 (1): 15-20 . doi : 10.1016/j.cell.2004.12.035 . PMID 15652477. S2CID 17316349 .  
  34. ↑ غريمسون، أ؛ فرح، ك.ك؛ جونستون، و.ك؛ غاريت-إنجيل، ب؛ ليم، ل.ب؛ بارتل، د.ب (6 يوليو 2007). " تحديد خصوصية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في الثدييات: محددات تتجاوز اقتران البذور" . الخلية الجزيئية . 27 (1): 91-105 . doi : 10.1016/j.molcel.2007.06.017 . PMC 3800283. PMID 17612493 .  
  35. ↑ فريدمان، آر سي؛ فاره، كيه كيه؛ بيرج، سي بي؛ بارتل، دي بي (يناير 2009). " معظم الرنا المرسال في الثدييات أهداف محفوظة للرنا الميكروي" . أبحاث الجينوم . 19 (1): 92-105 . doi : 10.1101/gr.082701.108 . PMC 2612969. PMID 18955434 .  
  36. ↑ غارسيا، د.م.؛ بايك، د.؛ شين، س.؛ بيل، ج.و.؛ غريمسون، أ.؛ بارتل، د.ب. (11 سبتمبر 2011). "ضعف استقرار اقتران البذور ووفرة مواقع الاستهداف العالية يقللان من كفاءة lsy-6 وغيرها من microRNAs" . مجلة Nature Structural & Molecular Biology . 18 (10): 1139-1146 . doi : 10.1038/nsmb.2115 . PMC 3190056. PMID 21909094 .  
  37. ↑ أغاروال، فيكرام؛ بيل، جورج و.؛ نام، جين-وو؛ بارتل، ديفيد ب. (12 أغسطس/آب 2015). "التنبؤ بمواقع استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي الفعالة في الحمض النووي الريبوزي الرسول لدى الثدييات" . eLife . 4 e05005 . doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895. PMID 26267216 .   
  38. ↑ أغاروال، ف؛ سابتلني، أ.و؛ ثيرو، ب؛ أوليتسكي، إ؛ بارتل، د.ب (4 أكتوبر 2018). "التنبؤ بفعالية استهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي في ذبابة الفاكهة" . علم الأحياء الجينومي . 19 (1): 152. doi : 10.1186/s13059-018-1504-3 . PMC 6172730. PMID 30286781 .  
  39. ↑ مازيير، ب؛ إنرايت، أ (2007). "التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي". اكتشاف الأدوية اليوم . 12 ( 11-12 ): 452-458 . doi : 10.1016/j.drudis.2007.04.002 . ISSN 1359-6446 . PMID 17532529 .  
  40. ↑ كريك، أ. تحديد أهداف microRNA. DAI-B 70/07، (2010).
  41. ^ German MA، Pillay M، Jeong DH، Hetawal A، Luo S، Janardhanan P، Kannan V، Rymarquis LA، Nobuta K، German R، De Paoli E، Lu C، Schroth G، Meyers BC، Green PJ (2008). “التحديد العالمي لأزواج الحمض النووي الريبي (RNA) المستهدفة لـ microRNA عن طريق التحليل الموازي لنهايات الحمض النووي الريبي”. نات. التكنولوجيا الحيوية . 26 (8): 941-946 . دوى : 10.1038 / nbt1417 . بميد 18542052 . S2CID 13187064 .  
  42. ↑ أدو-كواي سي، إيشو تي دبليو، بارتل دي بي، أكسيل إم جيه (2008). "تحديد أهداف siRNA وmiRNA الداخلية من خلال تسلسل ديغرادوم نبات الرشاد" . بيولوجيا حالية . 18 (10): 758-762 . doi : 10.1016/j.cub.2008.04.042 . PMC 2583427. PMID 18472421 .  
  43. ^ بورمانز، هينك بيجاي؛ أريوريك، يافوز؛ فان أومين، جيرتجان؛ دن دونين ، يوهان تي ؛ هوين، بيتر إيه سي (2010). "أساليب جديدة لتحديد ملامح تعبير microRNA القائم على تسلسل الجيل التالي" . بي إم سي الجينوم . 11 (1): 716. دوى : 10.1186/1471-2164-11-716 . ردمك 1471-2164 . بمك 3022920 . بميد 21171994 .   
  44. ^ تشانغ ، باوهونغ. تشانغ، هوا؛ يانغ، جيان هوا؛ تشنغ، يو شنغ؛ تشانغ، بنغ. تشن، شياو. وو، يونيو؛ شو، لينغ؛ لو، شيويه تشون؛ كه، تشي يونغ؛ تشو، هوي؛ تشو، ليانغ هو؛ تشين يو تشين (2009). "تحليل الجينوم على نطاق واسع للحمض النووي الريبي (RNA) الصغير واكتشاف MicroRNA الجديد في سرطان الدم الليمفاوي الحاد لدى الإنسان بناءً على نهج التسلسل الشامل" . بلوس واحد . 4 (9) هـ6849. بيب كود : 2009PLoSO...4.6849Z . دوى : 10.1371/journal.pone.0006849 . ردمك 1932-6203 . بمك 2731166 . بميد 19724645 .   
  45. 1 2 جيما، د.د. تشانغ، J.؛ جاكوبس، C.؛ ريتشاردز، كوالالمبور. دنفي، CH؛ تشوي، WWL. يان أو، دبليو؛ سريفاستافا، ج.؛ زادير، ميغابايت؛ ريزييري، دا؛ لاجو، AS؛ لوغار، بل. مان، KP. الزهور، سي آر؛ برنال مزراحي، ل.؛ ناريش، كن. يسوي، صباحا؛ جوردون، LI؛ لوفتيج، م. فريدمان، د. واينبرغ، جي بي؛ طومسون، MA؛ جيل، جي؛ ليو، س. كيف، ت؛ جروبور، V.؛ جاو، Y.؛ باتيل، أ.؛ وو، ه.؛ تشو، J.؛ بلوبي، جي سي؛ ليبسكي، بي. تشادبورن، أ.؛ ديف، سس (2010). "التسلسل العميق للنسخ الجيني للحمض النووي الريبوزي الصغير في الخلايا البائية البشرية الطبيعية والخبيثة يكشف عن مئات من جزيئات الحمض النووي الريبوزي الميكروي الجديدة" . مجلة الدم . 116 (23): e118– e127. doi : 10.1182/blood-2010-05-285403 . ISSN 0006-4971 . PMC 3012600. PMID 20733160 .   
  46. ↑ ستارتشينوفسكي، د.ت.؛ مورين، ر.؛ ماكفرسون، أ.؛ لام، ج.؛ تشاري، ر.؛ ويغرزين، ج.؛ كوشنباور، ف.؛ هيرست، م.؛ توهاما، ك.؛ همفريز، ر.ك.؛ لام، و.ل.؛ مارا، م.؛ كارسون، أ. (2010). "تحديد الميكرو آر إن إيه البشري على مستوى الجينوم الموجود في التغيرات الجينومية المرتبطة بسرطان الدم" . مجلة الدم . 117 (2): 595-607 . doi : 10.1182/blood-2010-03-277012 . ISSN 0006-4971 . PMID 20962326 .  
  47. ^ كيلر ، أندرياس. باكس، كريستينا؛ ليدنجر، البتراء؛ كفر، ناتالي؛ بواسيرين، فاليسكا؛ بارباسيور، كاتالين؛ فوجل، بريتا؛ ماتزاس، مارك؛ هوير، هانو. كاتوس، هوغو أ. ستهلر، كورد؛ ميدير، بنيامين. ميس، إيكارت (2011). “تسلسل الجيل التالي يحدد الرنا الميكروي الجديد في الدم المحيطي لمرضى سرطان الرئة”. النظم الحيوية الجزيئية . 7 (12): 3187-99 . دوى : 10.1039 / c1mb05353a . ISSN 1742-206X . بميد 22027949 .  
  48. 1 2 3 تشان، إلسي؛ برادو، دانيال إستيفيز؛ ويدهاس، جوان بارنز (2011). "الميكرو آر إن إيه السرطاني: من تحديد النمط الفرعي إلى مؤشرات الاستجابة للعلاج" . اتجاهات في الطب الجزيئي . 17 (5): 235-243 . doi : 10.1016/j.molmed.2011.01.008 . ISSN 1471-4914 . PMC 3092835. PMID 21354374 .   
  49. 1 2 بلينكيرون، شيري؛ غولدشتاين، ليونارد د؛ ثورن، ناتالي ب؛ سبيتيري، إنماكولادا؛ تشين، سويت-فيونغ؛ دانينغ، مارك ج؛ باربوسا-مورايس، نونو ل؛ تيشندورف، أندرو إي؛ غرين، أندرو ر؛ إليس، إيان أو؛ تافاري، سيمون ؛ كالداس، كارلوس؛ ميسكا، إريك أ (2007). "تحديد التعبير الجيني للـ microRNA في سرطان الثدي البشري يكشف عن مؤشرات جديدة لأنواع الأورام الفرعية" . علم الأحياء الجينومي . 8 (10): R214. doi : 10.1186/gb-2007-8-10-r214 . ISSN 1465-6906 . PMC 2246288. PMID 17922911 .   
  50. ↑ سيمبيري، إل إف؛ كريستنسن، إم؛ سيلاهتاروغلو، إيه؛ باك، إم؛ هيث، سي في؛ شوارتز، جي؛ ويلز، دبليو؛ كوبينن، إس؛ كول، سي إن (2007). "تغير تعبير الحمض النووي الريبوزي الميكروي يقتصر على مجموعات فرعية محددة من الخلايا الظهارية في سرطان الثدي" . أبحاث السرطان . 67 (24): 11612-11620 . doi : 10.1158/0008-5472.CAN-07-5019 . ISSN 0008-5472 . PMID 18089790 .  
  51. ↑ ماتي، مايكل د؛ بنز، كريستوفر س؛ باورز، جيسيكا؛ سينسينجر، كيلي؛ وونغ، ليندا؛ سكوت، غاري ك؛ فيديل، فيتا؛ جينزينجر، ديفيد؛ جيتس، روبرت؛ حق، كريس (2006). "تحليل التعبير الجيني عالي الإنتاجية لـ microRNA يوفر تقييمًا جديدًا للعلامات الحيوية في خزعات سرطان البروستاتا والثدي السريرية" . السرطان الجزيئي . 5 (1): 24. doi : 10.1186/1476-4598-5-24 . ISSN 1476-4598 . PMC 1563474. PMID 16784538 .   
  52. 1 2 إيوريو، إم في؛ فيراسين، م. ليو، C.-G؛ فيرونيز، أ.؛ سبيزو، ر. سابيوني، س. ماجري، إي. بيدريالي، م.؛ فابري، م.؛ كامبيليو، م.؛ مينارد، س. بالازو، جي بي؛ روزنبرغ، أ.؛ موسياني، P.؛ فولينيا، س.؛ ننسي، أنا. كالين، جورجيا؛ كيرزولي، ب. نيجريني، م. كروس، سم (2005). "تحرير التعبير الجيني لـ MicroRNA في سرطان الثدي البشري" . أبحاث السرطان . 65 (16): 7065–7070 . دوى : 10.1158/0008-5472.CAN-05-1783 . ISSN 0008-5472 . PMID 16103053 .  
  53. لوري ، أويفي جيه؛ ميلر، نيكولا؛ ديفاني، أماندا؛ ماكنيل، روزين إي؛ دافورين، باميلا إيه؛ ليمتر، كريستوف؛ بينيس، فلاديمير؛ شميدت، سابين؛ بليك، جوناثون؛ بول، غراهام؛ كيرين، مايكل جيه (2009). " بصمات الحمض النووي الريبوزي الميكروي تتنبأ بحالة مستقبلات الإستروجين والبروجسترون ومستقبلات HER2/neu في سرطان الثدي" . أبحاث سرطان الثدي . 11 (3): R27. doi : 10.1186/bcr2257 . ISSN 1465-5411 . PMC 2716495. PMID 19432961 .   
  54. ↑ لبناني، د.؛ بنيامين، هـ.؛ جلعاد، س.؛ عزاقوري، م.؛ دوف، أ.؛ أشكنازي، ك.؛ جيفين، ن.؛ إزرائيلي، س.؛ ريشافي، ج.؛ باس، هـ.؛ نوناكا، د.؛ لي، ج.؛ سبيكتور، ي.؛ روزنفيلد، ن.؛ شاجوت، أ.؛ كوهين، د.؛ أهارونوف، ر.؛ مانسوخاني، م. (2009). "فحص تشخيصي قائم على تعبير hsa-miR-205 يميز سرطان الرئة ذي الخلايا غير الصغيرة الحرشفية عن غير الحرشفية" . مجلة علم الأورام السريري . 27 (12): 2030-2037 . doi : 10.1200/JCO.2008.19.4134 . ISSN 0732-183X . PMID 19273703 .  
  55. ^ أويدا، تيتسويا؛ فولينيا، ستيفانو؛ أوكومورا، هيروشي؛ شيميزو، ماسايوشي؛ تاشيولي، كريستيان؛ روسي، سيمونا؛ ألدر، هانسيورج. ليو، تشانغ قونغ؛ أوي، ناوهايد؛ ياسوي، واتارو؛ يوشيدا، كازوهيرو؛ ساساكي، هيروكي؛ نومورا، ساتشيو؛ سيتو، ياسويوكي؛ كامينشي، ميتشيو؛ كالين ، جورج أ. كروس، كارلو م (2010). "العلاقة بين تعبير microRNA والتقدم والتشخيص لسرطان المعدة: تحليل تعبير microRNA" . لانسيت للأورام . 11 (2): 136-146 . دوى : 10.1016 / S1470-2045 (09)70343-2 . ISSN 1470-2045 . PMC 4299826. PMID 20022810 .​   
  56. ↑ راتنر، إيلينا س.؛ تاك، ديفيد؛ ريختر، كريستين؛ نالور، سونيتا؛ باتيل، راجيشفاري م.؛ شولتز، فينس؛ هوي، بي؛ شوارتز، بيتر إي.؛ رذرفورد، توماس ج.؛ ويدهاس، جوان ب. (2010). "بصمات الحمض النووي الريبوزي الميكروي تميز الأنواع الفرعية لأورام سرطان الرحم" . علم الأورام النسائية . 118 (3): 251-257 . doi : 10.1016/j.ygyno.2010.05.010 . ISSN 0090-8258 . PMC 2918705. PMID 20542546 .   
  57. فريدمان ، إيدي؛ دوتان، زوهار؛ بارشاك، إيريس؛ ديفيد، ميريام بن ؛ دوف، أفيتال؛ تاباك، ساريت؛ زيون، أوريت؛ بنيامين، سيما؛ بنيامين، هيلا؛ كوكر، هاجيت؛ أفيفي، كاميلا؛ روزنبلات، كينيريت؛ بولاك-شاركون، سيلفي؛ رامون، يعقوب؛ روزنفيلد، نيتزان؛ سبيكتور، يائيل (2010). "التصنيف الجزيئي الدقيق لأورام الكلى باستخدام التعبير عن الحمض النووي الريبوزي الميكروي" . مجلة التشخيص الجزيئي . 12 (5): 687-696 . doi : 10.2353/jmoldx.2010.090187 . ISSN 1525-1578 . PMC 2928434. PMID 20595629 .   
  58. 1 2 3 جوتيريز، كارولاينا الشمالية؛ ساراسكيتي، أنا؛ ميسيويتش-كرزيمينسكا، أنا؛ ديلجادو، م؛ دي لاس ريفاس، J؛ تيكونا، ف. فيرمينان ، إي ؛ مارتن خيمينيز، ف. شيلون، سي؛ ريسوينو، أ؛ هيرنانديز، JM. غارسيا سانز، ر. غونزاليس، م؛ سان ميغيل، JF (2010). "تحرير تعبير microRNA في الأنواع الفرعية الجينية المختلفة للورم النقوي المتعدد وارتباطه بتنميط التعبير الجيني" . سرطان الدم . 24 (3): 629-637 . دوى : 10.1038 / leu.2009.274 . ردمك 0887-6924 . بميد 20054351 .  
  59. 1 2 3 4 جونغين-لافرينسيك، م.؛ صن، س.م.؛ ديجكسترا، م.ك.؛ فالك، ب.ج.م.؛ لوفنبرغ، ب. (2008). "تحليل التعبير الجيني للـ microRNA وعلاقته بالتغاير الجيني لسرطان الدم النخاعي الحاد" . مجلة الدم . 111 (10): 5078-5085 . doi : 10.1182/blood-2008-01-133355 . hdl : 1765/29105 . ISSN 0006-4971 . PMID 18337557 .  
  60. 1 2 غارزون، ر.؛ غاروفالو، م.؛ مارتيلي، م.ب.؛ بريزويتز، ر.؛ وانغ، ل.؛ فرنانديز-سيميرينغ، س.؛ فولينيا، س.؛ ليو، س.-غ.؛ شنيتغر، س.؛ هافيرلاخ، ت.؛ ليسو، أ.؛ ديفيريو، د.؛ مانشيني، م.؛ ميلوني، غ.؛ فوا، ر.؛ مارتيلي، م.ف.؛ ميكوتشي، س.؛ كروتشي، س.م.؛ فاليني، ب. (2008). "بصمة مميزة للحمض النووي الريبوزي الميكروي في سرطان الدم النخاعي الحاد الحامل للنوكليوفوسمين المتحور في السيتوبلازم" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 105 (10): 3945-3950 . Bibcode : 2008PNAS..105.3945G . doi : 10.1073/ pnas.0800135105 . ISSN 0027-8424 . PMC 2268779. PMID 18308931 .   
  61. ^ ماركوتشي، جويدو. رادماخر، مايكل د.؛ مهاري، كاتي؛ مروزك، كرزيستوف؛ روبرت، ايمي S.؛ باشكا، بيتر؛ فوكوسافليفيتش، تمارا؛ ويتمان، سوزان ب. بالدوس، كلوديا د.؛ لانجر، كريستيان؛ ليو، تشانغ قونغ؛ كارول، أندرو J.؛ باول، بايارد L.؛ جارزون، راميرو؛ كروس، كارلو م. كوليتز، جوناثان E.؛ كاليجيوري، مايكل أ. لارسون، ريتشارد أ. بلومفيلد، كلارا د. (2008). "تعبير MicroRNA في سرطان الدم النخاعي الحاد الطبيعي وراثيًا" . نيو انغلاند جورنال اوف ميديسين . 358 (18): 1919-1928 . دوى : 10.1056 / NEJMoa074256 . ISSN 0028-4793 . PMID 18450603 .  
  62. ^ كالين، جورج أدريان. فيراسين، مانويلا؛ شيمينو، أميليا؛ دي ليفا، جيانبيرو؛ شيميزو، ماسايوشي؛ وجسيك، سيلويا إي؛ يوريو، ماريلينا V؛ فيزون، روزا؛ سيفير، نور الدين إيلفر؛ فابري، مولر. يوليانو، رودولفو؛ بالومبو، تيزيانا؛ بيتشيوري، فلافيا؛ رولدو، كلوديا؛ جارزون، راميرو؛ سيفينياني، سينزيا؛ راسنتي، لورا؛ ألدر، هانسيورج. فولينيا، ستيفانو؛ ليو، تشانغ قونغ؛ كيبس، توماس J.؛ نيغريني، ماسيمو؛ كروس، كارلو م. (2005). "توقيع MicroRNA المرتبط بالتشخيص والتقدم في سرطان الدم الليمفاوي المزمن" . نيو انغلاند جورنال اوف ميديسين . 353 (17): 1793– 1801. doi : 10.1056/NEJMoa050995 . ISSN 0028-4793 . PMID 16251535 .  
  63. ↑ كاراموتا، ستيفانو؛ إيغيهازي، سوزان؛ رودولفو، مونيكا؛ ويتن، دانييلا؛ هانسون، يوهان؛ لارسون، كاثارينا؛ لوي، وينغ-أون (2010). "ملامح التعبير عن الحمض النووي الريبوزي الميكروي المرتبطة بالحالة الطفرية والبقاء على قيد الحياة في الورم الميلانيني الخبيث" . مجلة الأمراض الجلدية الاستقصائية . 130 (8): 2062-2070 . doi : 10.1038/jid.2010.63 . ISSN 0022-202X . PMID 20357817 .  
  64. ↑ لينسن، سام إي في؛ دي ويت، إلزو؛ جانسينز، جورج؛ هيتر، شيلا؛ تشابمان، لورا؛ باركين، راشيل ك؛ فريتز، برايان؛ وايمان، ستاسيا ك؛ دي بروين، إيوارت؛ فوست، إميل إي؛ كويرستن، سكوت؛ تيواري، مونيش؛ كوبن، إدوين (2009). "قيود وإمكانيات تحليل التعبير الجيني الرقمي باستخدام الحمض النووي الريبوزي الصغير". Nature Methods . 6 (7): 474–476 . doi : 10.1038/nmeth0709-474 . ISSN 1548-7091 . PMID 19564845. S2CID 7953265 .   
  65. ↑ جيت، أ.؛ دفينج، هـ.؛ سالمون-ديفون، م.؛ أوزبورن، م.؛ كوتر، س.؛ هادفيلد، ج.؛ بيرتون، ب.؛ كالداس، س. (2010). "مقارنة منهجية بين تقنيات تحليل المصفوفات الدقيقة، وتفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي، وتقنيات التسلسل من الجيل التالي لقياس التعبير التفاضلي للحمض النووي الريبوزي الميكروي" . مجلة الحمض النووي الريبوزي . 16 (5): 991-1006 . doi : 10.1261/rna.1947110 . ISSN 1355-8382 . PMC 2856892. PMID 20360395 .