الببتويد

الببتويدات (مشتقة من الكلمة اليونانية πεπτός، peptós، بمعنى "مهضوم"؛ ومشتقة من πέσσειν، péssein ، بمعنى "يهضم" واللاحقة اليونانية المشتقة -oid بمعنى "مثل، شبيه بـ، شيء مثل ______")، أو الجليسينات متعددة الاستبدال بذرة النيتروجين ، هي فئة من المواد الكيميائية الحيوية تُعرف باسم المحاكيات الحيوية، والتي تحاكي سلوك الجزيئات البيولوجية. [ 1 ] يمكن تمييز محاكيات الببتيدات من خلال السلاسل الجانبية الملحقة بذرة النيتروجين في العمود الفقري للببتيد ، بدلاً من ذرات الكربون ألفا (كما هو الحال في الأحماض الأمينية ).

التركيب الكيميائي والتخليق

بنية (أعلى) وتخليق (أسفل) الببتويدات مع تسليط الضوء على نهج المونومر الفرعي.

في الببتويدات، ترتبط السلسلة الجانبية بذرة النيتروجين في العمود الفقري للببتيد، بدلاً من ذرة الكربون ألفا كما في الببتيدات. والجدير بالذكر أن الببتويدات تفتقر إلى هيدروجين الأميد المسؤول عن العديد من عناصر البنية الثانوية في الببتيدات والبروتينات. وقد ابتكر الببتويدات لأول مرة كل من رينا ج. سيمون، ورونالد ن. زوكرمان، وبول بارتليت، ودانيال ف. سانتي لمحاكاة منتجات البروتين/الببتيد بهدف المساعدة في اكتشاف أدوية جزيئية صغيرة مستقرة ضد البروتياز لصالح شركة شيرون في منطقة إيست باي . [ 2 ] [ 3 ]

باتباع بروتوكول المونومر الفرعي الذي ابتكره رون زوكرمان [ 4 ] ، يتم إدخال كل بقايا في خطوتين: الأستلة والإزاحة. في خطوة الأستلة، يتفاعل حمض هالوأسيتيك، عادةً حمض بروموأسيتيك مُنشَّط بواسطة ثنائي إيزوبروبيل كاربودي إيميد ، مع أمين البقايا السابقة. في خطوة الإزاحة ( تفاعل SN2 كلاسيكي )، يحل الأمين محل الهاليد لتكوين بقايا جليسين مُستبدلة على ذرة النيتروجين . يتيح نهج المونومر الفرعي استخدام أي أمين متوفر تجاريًا أو يمكن تصنيعه صناعيًا، مما يمنحه إمكانات كبيرة في الكيمياء التجميعية .

خصائص فريدة

على غرار الببتيدات D والببتيدات β ، تتميز الببتويدات بمقاومتها التامة للتحلل البروتيني [ 5 ] ، مما يجعلها مفيدة في التطبيقات العلاجية التي يمثل فيها التحلل البروتيني مشكلة رئيسية. ولأن البنية الثانوية في الببتويدات لا تتضمن روابط هيدروجينية، فإنها لا تتأثر عادةً بالمذيبات أو الحرارة أو المواد الكيميائية المسببة للتغيرات البنيوية مثل اليوريا (انظر التفاصيل أدناه).

والجدير بالذكر أنه بما أن الجزء الأميني من الحمض الأميني ينتج عن استخدام أي أمين، فإنه يمكن استخدام آلاف الأمينات المتوفرة تجاريًا لتوليد تنوع كيميائي غير مسبوق في كل موقع بتكاليف أقل بكثير مما هو مطلوب للببتيدات أو محاكيات الببتيدات المماثلة. وحتى الآن، تم استخدام ما لا يقل عن 230 أمينًا مختلفًا كسلاسل جانبية في الببتويدات. [ 6 ]

بناء

من المعروف أن قليل الوحدات الببتويدية غير مستقرة بنيويًا، نظرًا لمرونة مجموعات الميثيلين في السلسلة الرئيسية وغياب روابط الهيدروجين المثبتة على طول العمود الفقري. ومع ذلك، من خلال اختيار السلاسل الجانبية المناسبة، يُمكن تكوين تفاعلات فراغية أو إلكترونية محددة تُفضل تكوين بنى ثانوية مستقرة مثل الحلزونات، [ 7 ] وخاصةً الببتويدات ذات السلاسل الجانبية المتفرعة عند ذرة الكربون ألفا، والتي من المعروف أنها تتخذ بنية مماثلة لحلزون البوليبرولين الأول. [ 8 ] وقد استُخدمت استراتيجيات مختلفة للتنبؤ بالبنية الثانوية للببتويدات وتوصيفها، بهدف نهائي هو تطوير بنى بروتينية ببتويدية مطوية بالكامل. [ 9 ] ومع ذلك، لا يزال التماثل الهندسي لرابطة الأميد من نوع سيس/ترانس يؤدي إلى عدم تجانس بنيوي لا يسمح بتكوين طيات ببتويدية متجانسة . [ 10 ] مع ذلك، تمكن العلماء من إيجاد سلاسل جانبية من نوع N- أريل محفزة للتحول العابر، تعزز تكوين حلزون البوليبرولين من النوع الثاني، [ 11 ] ومحفزات قوية للتحول المقابل، مثل سلاسل جانبية ضخمة من النفثيل إيثيل [ 12 ] وسلاسل جانبية من ثالثي بوتيل [ 13 ] . كما وُجد أن تفاعلات n→π* قادرة على تعديل نسبة متماثلات رابطة الأميد المقابلة/العابرة، [ 14 ] حتى الوصول إلى تحكم كامل في المتماثل المقابل في العمود الفقري للببتويد باستخدام سلسلة جانبية من التريازوليوم قابلة للوظيفية. [ 15 ]

التطبيقات

كان أول عرض لاستخدام الببتويدات هو فحص مكتبة تركيبية من الببتويدات المتنوعة، مما أسفر عن اكتشاف روابط جديدة عالية الألفة لمستقبلات البروتين G المقترنة ذات 7 نطاقات عبر الغشاء. [ 16 ]

تم تطوير الببتويدات كمرشحات لمجموعة متنوعة من التطبيقات الطبية الحيوية، [ 17 ] [ 18 ] بما في ذلك العوامل المضادة للميكروبات، [ 19 ] والمواد الفعالة السطحية الرئوية الاصطناعية، [ 20 ] [ 21 ] والروابط لبروتينات مختلفة بما في ذلك Src Homology 3 ( مجال SH3[ 22 ] ومستقبل عامل نمو بطانة الأوعية الدموية ( VEGF ) 2، [ 23 ] والأجسام المضادة من نوع الغلوبولين المناعي G كعلامات حيوية لتشخيص مرض الزهايمر . [ 24 ]

نظراً لخصائصها المفيدة المذكورة أعلاه، يجري تطوير الببتويدات بنشاط لاستخدامها في تقنية النانو، [ 25 ] وهو مجال قد تلعب فيه دوراً مهماً. [ 26 ]

العوامل المضادة للميكروبات

اختبر باحثون، بدعم من منحٍ من معاهد الصحة الوطنية الأمريكية (NIH) والمعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية (NIAID)، فعالية الببتويدات المضادة للميكروبات ضد سلالات المتفطرة السلية المقاومة للمضادات الحيوية . [ 27 ] تُظهر الببتويدات المضادة للميكروبات آلية عمل غير نوعية ضد الغشاء البكتيري، وهي آلية تختلف عن المضادات الحيوية ذات الجزيئات الصغيرة التي ترتبط بمستقبلات محددة (وبالتالي فهي عرضة للطفرات أو التغيرات في بنية البكتيريا). أشارت النتائج الأولية إلى "نشاط ملحوظ" ضد السلالات البكتيرية الحساسة للأدوية، مما أدى إلى دعوة لإجراء المزيد من الأبحاث حول جدوى الببتويدات كفئة جديدة من الأدوية المضادة للسل. [ 27 ]

يدرس باحثون في مختبر بارون بجامعة ستانفورد (بدعم من منحة جائزة بايونير من معاهد الصحة الوطنية الأمريكية ) حاليًا ما إذا كان رفع مستوى ببتيد الدفاع المناعي البشري LL-37، أو استخدام علاجات مضادة للميكروبات تعتمد على LL-37، قد يساهم في الوقاية من خرف الزهايمر العرضي أو علاجه. وقد اكتشفت الباحثة الرئيسية، أنيليس بارون، أن ببتيد الدفاع المناعي البشري الفطري LL-37 يرتبط بالببتيد Ab، المرتبط بمرض الزهايمر. وتكمن رؤية بارون في أن اختلال التوازن بين LL-37 وAb قد يكون عاملًا حاسمًا يؤثر على الألياف واللويحات المرتبطة بمرض الزهايمر. ويركز المشروع بشكل أكبر على العلاقة المحتملة بين العدوى المزمنة ببكتيريا P. gingivalis الفموية وفيروس الهربس البسيط من النوع الأول (HSV-1) وتطور خرف الزهايمر.

انظر أيضاً

مراجع

  1. "ماذا لو استطعنا توجيه ضربة مزدوجة للفيروسات؟ من مختبر بيركلي حول التعرض" . التعرض . تم الاطلاع عليه بتاريخ 16 سبتمبر 2021 .
  2. سيمون آر جيه، كانيا آر إس، زوكرمان آر إن، هوبنر في دي، جويل دي إيه، بانفيل إس، وآخرون . (أكتوبر 1992). "الببتويدات: منهج معياري لاكتشاف الأدوية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 89 (20): 9367-9371 . doi : 10.1073 / pnas.89.20.9367 . PMC 50132. PMID 1409642 .   
  3. "ماذا لو استطعنا توجيه ضربة مزدوجة للفيروسات؟ من مختبر بيركلي حول التعرض" . التعرض . تم الاطلاع عليه بتاريخ 17 سبتمبر 2021 .
  4. زوكرمان، آر. إن.، كير، جيه. إم.، كينت، إس. بي.، موس، دبليو. إتش. (1992). "طريقة فعالة لتحضير الببتويدات [أوليجو (جليسينات مستبدلة بـ N)] عن طريق التخليق على الطور الصلب باستخدام وحدات فرعية". مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 114 (26): 10646-10647 . doi : 10.1021/ja00052a076 .
  5. ميلر إس إم، سيمون آر جيه، نغ إس، زوكرمان آر إن، كير جيه إم، موس دبليو إتش (مايو 1995). "مقارنة حساسية الببتيدات والببتويدات قليلة الوحدات المتجانسة من الأحماض الأمينية L، والأحماض الأمينية D، والجليسين المُستبدل بـ N للتحلل البروتيني". مجلة أبحاث تطوير الأدوية . 35 (1): 20-32 . doi : 10.1002/ddr.430350105 . S2CID 84619520 . 
  6. كولف إيه إس، أويليت آر جيه (أغسطس 2010). "تخليق الطور الصلب لبوليمرات الجليسين المستبدلة بالنيتروجين (ألفا-ببتويدات) ومشتقاتها" . مجلة Molecules . 15 (8): 5282-5335 . doi : 10.3390/molecules15085282 . PMC 6257730. PMID 20714299 .  
  7. كيرشنباوم ك، بارون إيه إي، غولدسميث آر إيه، أرماند ب، برادلي إي كيه، ترونغ كيه تي، وآخرون (أبريل 1998). "بوليببتويدات ذات تسلسل محدد: عائلة متنوعة من البوليمرات غير المتجانسة ذات بنية ثانوية مستقرة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 95 (8 ) : 4303-4308 . doi : 10.1073/pnas.95.8.4303 . PMC 22484. PMID 9539732 .   
  8. أرماند ب، كيرشنباوم ك، غولدسميث ر.أ، فار-جونز س، بارون أ.إ، ترونغ ك.ت، وآخرون (أبريل 1998). "تحديد التكوين الرئيسي لمحلول خماسي الببتويد ذي السلاسل الجانبية الكيرالية باستخدام الرنين المغناطيسي النووي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 95 (8): 4309-4314 . doi : 10.1073/pnas.95.8.4309 . PMC 22485. PMID 9539733 .   
  9. ويتزلر م، بارون أ.إي (2011). "التقدم في التصميم الجديد لنظائر بروتينات الببتويد المهيكلة". البوليمرات الحيوية . 96 (5): 556-560 . doi : 10.1002/bip.21621 . PMID 22180903 . 
  10. يو ب، كيرشنباوم ك (ديسمبر 2008). "بنى الببتويد: التطوير، والتفعيل، والتطبيق". الرأي الحالي في البيولوجيا الكيميائية . 12 (6): 714-721 . doi : 10.1016/j.cbpa.2008.08.015 . PMID 18786652 . 
  11. شاه، ن. هـ.، باترفوس، ج. ل.، نغوين، ك.، يو، ب.، بونو، ر.، رابنشتاين، د. ل.، كيرشنباوم، ك. (ديسمبر 2008). "أوليغو (N-أريل جليسين): منظور جديد للببتويدات المهيكلة". مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 130 (49): 16622-16632 . doi : 10.1021/ja804580n . PMID 19049458 . 
  12. سترينجر جيه آر، كرابستر جيه إيه، جوزي آي إيه، بلاكويل إتش إي (أكتوبر 2011). "حلزونات ببتويدية من النوع الأول من متعدد البرولين شديدة المتانة، مُولَّدة عبر دمج سلاسل جانبية من N-1-نفثيل إيثيل عطرية ذات كيرالية ألفا" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 133 (39): 15559-15567 . doi : 10.1021/ja204755p . PMC 3186054. PMID 21861531 .  
  13. روي أو، كوم سي، إسفان واي، ديدييرجان سي، فور إس، تايلفومييه سي (مايو 2013). "السلسلة الجانبية ثالثي بوتيل: ​​وسيلة فعالة لتثبيت روابط أميد الببتويد في التكوين سيس". رسائل عضوية . 15 (9): 2246-2249 . doi : 10.1021/ol400820y . PMID 23590358 . 
  14. غورسكي، بي سي، سترينجر، جيه آر، باستيان، بي إل، فاولر، إس إيه، بلاكويل، إتش إي (نوفمبر 2009). " استراتيجيات جديدة لتصميم الببتويدات المطوية كشفت عنها دراسة استقصائية للتفاعلات غير التساهمية في الأنظمة النموذجية" . مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 131 (45): 16555-16567 . doi : 10.1021/ja907184g . PMC 3175426. PMID 19860427 .  
  15. Caumes C, Roy O, Faure S, Taillefumier C (يونيو 2012). "سلسلة الببتويد الجانبية ثلاثية الأزوليوم: محفز قوي لتكوين رابطة سيس-أميد، مما يتيح تنوعًا كيميائيًا". مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 134 (23): 9553-9556 . doi : 10.1021/ja302342h . PMID 22612307 . 
  16. زوكرمان آر إن، مارتن إي جيه، سبيلمير دي سي، ستاوبر جي بي، شوماكر كيه آر، كير جيه إم، وآخرون . (أغسطس 1994). "اكتشاف روابط نانومولية لمستقبلات البروتين جي المقترنة بسبعة نطاقات غشائية من مكتبة ببتويد متنوعة من N-(مستبدل) جليسين". مجلة الكيمياء الطبية . 37 (17): 2678-2685 . doi : 10.1021/jm00043a007 . PMID 8064796 .  
  17. فاولر إس إيه، بلاكويل إتش إي (أبريل 2009). "علاقات البنية والوظيفة في الببتويدات: التطورات الحديثة نحو فك شفرة المتطلبات البنيوية للوظيفة البيولوجية" . الكيمياء العضوية والبيولوجية الجزيئية . 7 (8): 1508-1524 . doi : 10.1039/b817980h . PMC 5962266. PMID 19343235 .  
  18. زوكرمان آر إن، كوداديك تي (يونيو 2009). "الببتويدات كعلاجات محتملة". الرأي الحالي في العلاجات الجزيئية . 11 (3): 299-307 . PMID 19479663 . 
  19. دايموند جي، مولتشانوفا إن، هيرلان سي، فورتكورت جيه إيه، لين جيه إس، فيغينز إي، وآخرون . (مارس 2021). "فعالية مضادة للفيروسات قوية ضد فيروس الهربس البسيط من النوع الأول وفيروس سارس-كوف-2 بواسطة الببتويدات المضادة للميكروبات" . المستحضرات الصيدلانية . 14 (4): 304. doi : 10.3390/ph14040304 . PMC 8066833. PMID 33807248 .   
  20. براون ، ن. ج.، جوهانسون، ج.، بارون، أ. إ. (أكتوبر 2008). "المحاكاة الحيوية لبروتين السطح C" . مجلة أبحاث الكيمياء . 41 (10): 1409-1417 . doi : 10.1021/ar800058t . PMC 3270935. PMID 18834153 .  
  21. تشيزوسكي إيه إم، مكايغ إل إم، دوم إم تي، برويرينغ إل إيه، ياو إل جيه، براون إن جيه، وآخرون . (مايو 2018). "علاج فعال في الجسم الحي لإصابة الرئة الحادة باستخدام ببتيدات حلزونية أمفيباثية تحاكي بروتينات الفاعل السطحي الرئوي" . التقارير العلمية . 8 (1): 6795. doi : 10.1038/s41598-018-25009-3 . PMC 5931611. PMID 29717157 .   
  22. نغوين جيه تي، تورك سي دبليو، كوهين إف إي، زوكرمان آر إن، ليم دبليو إيه (ديسمبر 1998). "استغلال أساس التعرف على البرولين بواسطة نطاقات SH3 وWW: تصميم مثبطات N-مستبدلة". مجلة ساينس . 282 (5396): 2088-2092 . doi : 10.1126/science.282.5396.2088 . PMID 9851931 . 
  23. ^ Udugamasooriya DG، Dineen SP، Brekken RA، Kodadek T (أبريل 2008). “بديل الجسم المضاد الببتويدي الذي يعادي نشاط مستقبل VEGF 2”. مجلة الجمعية الكيميائية الأمريكية . 130 (17): 5744-5752 . دوى : 10.1021 / ja711193x . بميد 18386897 . 
  24. ريدي إم إم، ويلسون آر، ويلسون جيه، كونيل إس، جوكي إيه، هاينان إل، وآخرون . (يناير 2011). "تحديد المؤشرات الحيوية المرشحة من نوع IgG لمرض الزهايمر عبر فحص المكتبة التجميعية" . مجلة Cell . 144 (1): 132-142 . doi : 10.1016/j.cell.2010.11.054 . PMC 3066439. PMID 21215375 .   
  25. نام كيه تي، شيلبي إس إيه، تشوي بي إتش، مارسييل إيه بي، تشين آر، تان إل، وآخرون (مايو 2010). "بلورات ثنائية الأبعاد فائقة الرقة طافية بحرية من بوليمرات ببتويدية ذات تسلسل محدد". مجلة نيتشر ماتيريالز . 9 (5): 454-460 . doi : 10.1038/nmat2742 . PMID 20383129 .  
  26. دريكسلر، ك. إي. (2011). " الببتويدات في القمة السابعة: نحو هندسة الأنظمة الجزيئية الكبيرة". البوليمرات الحيوية . 96 (5): 537-544 . doi : 10.1002/bip.21623 . PMID 22180902. S2CID 36456597 .  
  27. 1 2 كابور ر، إيمرمان ب ر، هاردي ج و، سيريلو ج د، كونتاج س هـ، بارون أ إ (يونيو 2011). "فعالية الببتويدات المضادة للميكروبات ضد المتفطرة السلية" . العوامل المضادة للميكروبات والعلاج الكيميائي . 55 (6): 3058-3062 . doi : 10.1128/AAC.01667-10 . PMC 3101442. PMID 21464254 .