تكامل متعدد الأوميات للخلايا المفردة

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة
رسم تخطيطي لاستراتيجيات التكامل المتعددة الأوميات المختلفة للخلايا المفردة. مقتبس من أدوسا وآخرون، 2021 [ 1 ]

يصف التكامل متعدد الأوميات للخلايا المفردة مجموعة من الأساليب الحسابية المستخدمة لتنسيق المعلومات من مصادر متعددة لتحليل الظواهر البيولوجية بشكل مشترك. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] يتيح هذا النهج للباحثين اكتشاف العلاقات المعقدة بين مختلف الأنماط الكيميائية والفيزيائية من خلال ربطها عبر طبقات جزيئية متعددة في آن واحد. يمكن تصنيف أساليب التكامل متعدد الأوميات إلى أربع فئات رئيسية: التكامل المبكر، والتكامل المتوسط، وأساليب التكامل المتأخر. [ 6 ] يمكن للتكامل متعدد الأوميات تعزيز متانة التجارب من خلال توفير مصادر مستقلة للأدلة لمعالجة الفرضيات، والاستفادة من نقاط القوة الخاصة بكل نمط لتعويض نقاط ضعف النمط الآخر من خلال الاستدلال، وتقديم تجميع وتصورات لأنواع الخلايا أكثر توافقًا مع الواقع. [ 2 ] [ 3 ]

خلفية

أحدث ظهور تقنيات تسلسل الخلايا المفردة ثورةً في فهمنا للتغاير الخلوي، كاشفًا عن مشهد دقيق لأنواع الخلايا وارتباطاتها بالعمليات البيولوجية. وقد امتدت تقنيات علم الجينوم أحادي الخلية لتشمل، بالإضافة إلى النسخ الجيني، تحليل خصائص فيزيائية وكيميائية متنوعة بدقة الخلية المفردة، بما في ذلك الجينومات / الإكسومات الكاملة ، ومَثْيَلَة الحمض النووي ، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين ، وتعديلات الهيستون ، والنسخ الجيني فوق الجيني (مثل mRNA، وmicroRNA، وtRNA، وlncRNA)، والبروتيوم ، والفوسفوربروتيوم ، والميتابولوم ، وغيرها. [ 4 ] [ 7 ] [ 8 ] في الواقع، يوجد مستودع متنامٍ لمجموعات بيانات الخلايا المفردة المتاحة للعموم، كما يتضح من قواعد البيانات المتنامية مثل مشروع أطلس الخلية البشرية (HCA) ، وأطلس جينوم السرطان (TCGA) ، ومشروع ENCODE . [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] مع تزايد التنوع في كل من مجموعات البيانات المتاحة وأنواع البيانات، يمثل تكامل بيانات علم الجينوم المتعدد وتحليل البيانات متعددة الوسائط مسارات محورية لمستقبل علم الأحياء النظمي .

يمكن لتكامل البيانات الجينومية المتعددة على مستوى الخلية الواحدة أن يكشف عن علاقات غير مُقدَّرة حق قدرها بين الخصائص الكيميائية والفيزيائية، وأن يوسع تعريفنا لحالات الخلية ليتجاوز مجرد خصائص نمط واحد، وأن يوفر أدلة مستقلة أثناء التحليل لدعم اختبار الفرضيات البيولوجية. مع ذلك، فإن الأبعاد العالية (الخصائص > الملاحظات)، ودرجة التباين التقني والبيولوجي العشوائي العالية ، وندرة بيانات الخلية الواحدة (انخفاض كفاءة استخلاص الجزيئات) تجعل التكامل الحسابي مشكلة معقدة. [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ] علاوة على ذلك، تتوفر حلول مختلفة لتكامل البيانات الجينومية المتعددة اعتمادًا على عوامل مثل ما إذا كانت البيانات متطابقة (قياسات متزامنة مستمدة من نفس الخلية) أو غير متطابقة (قياسات مستمدة من خلايا مختلفة)، وما إذا كانت بيانات تصنيف أنواع الخلايا متوفرة، أو ما إذا كان تحويل خصائص النمط متاحًا، مع وجود تطبيقات مختلفة مصممة خصيصًا لتناسب حالة الاستخدام المحددة . [ 2 ] وبناءً على ذلك، توجد عدة مناهج لدمج بيانات الخلية الواحدة، لكل منها حالة استخدام مميزة، ولكل منها مجموعة من المزايا والعيوب الخاصة بها. [ 2 ] [ 6 ] [ 18 ]

مناهج التكامل متعدد الأوميات

الاندماج المبكر

التكامل المبكر هو أسلوب يجمع (عن طريق ربط الصفوف والأعمدة) مجموعتين أو أكثر من مجموعات بيانات علم الجينوم في مصفوفة بيانات واحدة. [ 19 ] [ 20 ] من مزايا التكامل المبكر بساطته، وسهولة تفسيره، وقدرته على استخلاص العلاقات بين الخصائص من مختلف الوسائط. يُستخدم التكامل المبكر بشكل أساسي لدمج مجموعات البيانات من النوع نفسه (مثل دمج مجموعتي بيانات scRNA-seq مختلفتين). وذلك لأن دمج مجموعات البيانات من وسائط مختلفة قد يؤدي إلى مجموعة خصائص مُدمجة ذات نطاقات قيم متغيرة. على سبيل المثال، غالبًا ما تغطي بيانات التعبير نطاقًا أوسع مقارنةً ببيانات إمكانية الوصول، التي تتراوح قيمها عادةً بين 0 و2.

تُنتج أساليب التكامل المبكر مصفوفات بيانات ذات أبعاد أعلى مقارنةً بالمصفوفة الأصلية. ولذلك، تُعدّ أساليب تقليل الأبعاد ، مثل اختيار الميزات واستخلاصها ، خطوات ضرورية في كثير من الأحيان للتحليل اللاحق. يتضمن اختيار الميزات الاحتفاظ فقط بالمتغيرات المهمة من طبقات البيانات الجينومية الأصلية، بينما يحوّل استخلاص الميزات ميزات الإدخال الأصلية إلى توليفات منها. يُقلّل إسقاط البيانات عالية الأبعاد في فضاء منخفض الأبعاد من التشويش ويُبسّط مجموعة البيانات، مما يُسهّل معالجتها.

التكامل المتوسط

يصف التكامل الوسيط فئة من المناهج التي تهدف إلى تحليل مجموعات بيانات جينومية متعددة في آن واحد دون الحاجة إلى تحويل مسبق للبيانات (كما يحدث أثناء تكامل البيانات). [ 19 ] [ 20 ] تتضمن بعض الأمثلة على التكامل الوسيط التكامل القائم على التشابه، وتقليل الأبعاد المشترك، والنمذجة الإحصائية.

التكامل القائم على التشابه

يهدف التكامل القائم على التشابه إلى تحديد الأنماط عبر مجموعات البيانات متعددة الأوميات باستخدام التجميع الطيفي (مثل Spectrum [ 21 ] وPC-MSC [ 22 ] ). يقوم التجميع الطيفي بتجميع الخلايا بناءً على مصفوفات التشابه المستمدة من مجموعة بيانات متعددة الأوميات أو خوارزميات دمج الرسوم البيانية (مثل Seurat4) التي تُنشئ رسومًا بيانية من طبقات الأوميات الفردية وتدمجها في رسم بياني واحد. [ 23 ]

تقليل أبعاد المفاصل

يهدف تقليل الأبعاد المشترك إلى تبسيط بيانات علم الجينوم المتعدد عن طريق إسقاط الملاحظات على فضاء كامن ذي أبعاد أقل ، ما يسمح بتحليل طبقات علم الجينوم المختلفة معًا. [ 24 ] يُعد تحليل الارتباط الكنسي (CCA) وتحليل المصفوفات غير السالبة (NMF) ومحاذاة المتشعبات من الأساليب الشائعة لتقليل الأبعاد المشترك. وتحدد الأدوات التي تستخدم تحليل الارتباط الكنسي أو مشتقاته، مثل Seurat3 [ 25 ] وbindSC [ 26 ]، العلاقات الخطية بين مجموعات البيانات من خلال تحديد التوليفات الخطية للمتغيرات التي تزيد من ارتباط الميزات. أما الأدوات التي تستخدم تحليل المصفوفات غير السالبة (مثل LIGER [ 27 ] وcupledNMF [ 28 ] ) فتستخرج تمثيلات منخفضة الأبعاد لبيانات عالية الأبعاد، ما يسمح بتحديد العوامل المشتركة والخاصة بكل مجموعة بيانات عبر مجموعات بيانات علم الجينوم المتعددة. يشير محاذاة المانيفولد (على سبيل المثال، MATCHER [ 29 ] و MAGAN [ 30 ] ) إلى نهج يتم فيه حساب تمثيلات منخفضة الأبعاد لمجموعات البيانات متعددة الأوميات المختلفة بشكل فردي ثم تمثيلها كمساحة كامنة مشتركة.

النمذجة الإحصائية

يمكن استخدام مناهج إحصائية متنوعة، بما في ذلك إطار النمذجة البايزية الاحتمالية (الذي يسمح بإدراج المعرفة المسبقة وحالات عدم اليقين في التحليل)، لدمج مجموعات البيانات متعددة الأوميات. على سبيل المثال، يستخدم برنامج BREM-SC [ 31 ] إطار التجميع البايزي لتجميع مجموعات البيانات متعددة الأوميات معًا، بينما تستخدم أدوات أخرى مثل clonealign أساليب بايزية لدمج بيانات التعبير الجيني وملامح عدد النسخ لدراسة الخلايا السرطانية.

التكامل المتأخر

يهدف التكامل المتأخر إلى معالجة نماذج بيانات علم الجينوم والبروتيوميات بشكل منفصل، ثم دمج النموذجين في النهاية. [ 19 ] [ 20 ] وتكمن ميزة التكامل المتأخر في إمكانية تطبيق أدوات مُخصصة لكل نموذج من نماذج علم الجينوم والبروتيوميات. في حين أن أساليب التكامل المتأخر شائعة الاستخدام في سياق دراسات علم الجينوم والبروتيوميات المتعددة واسعة النطاق (مثل تحليل مجموعات المجموعات [ 32 ] والتجميع التكاملي باستخدام التعلم النواة [ 33 ] )، فإن أساليب التكامل المتأخر لتكامل الخلايا المفردة لا تزال مجالًا جديدًا. على سبيل المثال، أظهرت تقنيات التعلم الجماعي ، مثل التجميع الجماعي (مثل تجميع SAME [ 34 ] و Sc-GPE [ 35 ] وEC-PGMGR [ 36 ] )، إمكانات واعدة في تجميع نتائج التجميع من مصادر مختلفة. تجمع هذه الأساليب نتائج التجميع من مجموعات بيانات الأوميكس المختلفة لإنشاء تجميع توافقي ينمذج العلاقات بين نتائج التجميع الفردية لإيجاد حل تجميع عالمي محسّن عبر الوسائط المختلفة.

بما أن التكامل المتأخر يتضمن تحليل كل طبقة من طبقات علم الجينوم على حدة قبل دمج النتائج في نتيجة توافقية، فقد يفشل في رصد التفاعلات والعلاقات بين مختلف أنماط علم الجينوم. ولذلك، يرى بعض الباحثين أن التكامل المتأخر يمثل تحليلات متوازية متعددة لبيانات أحادية الجينوم تُجرى على أنواع بيانات متعددة، بدلاً من تحقيق "الهدف الحقيقي" من التكامل متعدد الجينوم، وهو اكتشاف العلاقات بين الجينومات الموجودة في بيانات متعددة الجينوم. [ 20 ]

أدوات التكامل متعدد الأوميات للخلايا المفردة
أداةالأساليب المعيارية المدعومةاستراتيجية التكامل
BindSC [ 26 ]النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمتوسط
BREM-SC [ 31 ]النسخ والبروتينمبكر أو متوسط
CiteFuse [ 37 ]النسخ والبروتينمتأخر
Clonealign [ 38 ]النسخ الجيني والجينوممتوسط
CoupledNMF [ 28 ]بيانات النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمتوسط
ليجر [ 27 ]النسخ الجيني، والتعبير الجيني المكاني، والميثيلوم، وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمتوسط
ماجان [ 30 ]الكيمياء المناعية المتعددة والنسخ الجينيمتوسط
MMD-MA [ 39 ]النسخ الجيني والميثيلوممتوسط
MOFA+ [ 40 ]النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمبكر أو متوسط
المخطط [ 41 ]النسخ الجيني، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين، والتعبير الجيني المكانيمتوسط
scMVAE [ 42 ]النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمتوسط
Seurat3 [ 25 ]النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتينمتوسط ​​أو متأخر
Seurat4 [ 43 ]النسخ الجيني، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين، والبروتيوممتوسط ​​أو متأخر
Seurat5 [ 44 ]النسخ الجيني، والبروتينات، والميثيلوم، والهاشتاجات قليلة النوكليوتيداتمتوسط ​​أو متأخر
الطيف [ 21 ]النسخ الجيني، والحمض النووي الريبوزي الميكروي، والبروتيناتمتوسط
TotalVI [ 45 ]النسخ والبروتينمتوسط
UniCom [ 46 ]النسخ الجيني والميثيلوممتوسط

اعتبارات دمج بيانات علم الجينوم المتعدد

ضوضاء

نظرًا لأن بيانات الخلية الواحدة عرضة للتشويش من مصادر بيولوجية وتقنية، فقد يكون من الضروري تطوير أساليب فعّالة لإزالة التشويش. [ 47 ] في سياق تجارب الخلية الواحدة، يمكن أن يُدخل التباين البيولوجي الناجم عن عوامل مثل طفرات النسخ ، والاختلافات في دورة الخلية، والبيئة الدقيقة للخلية، تشويشًا إلى مجموعة البيانات. بالإضافة إلى ذلك، يجب أيضًا معالجة التباين التقني الناتج عن عوامل مثل رداءة جودة التسلسل، وعدم انتظام تغطية التسلسل ، وتلوث العينة.

توافق مجموعة البيانات

قد يُمثل دمج تقنيات علم الجينوم المختلفة تحديًا نظرًا لاختلاف بنية مجموعات البيانات المختلفة. [ 48 ] على سبيل المثال، تُعبّر خصائص تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-seq) على مقياس متصل، بينما تتراوح بيانات إمكانية الوصول إلى الكروماتين (مثل scATAC-seq) بين 0 و2 (نسختان من كل منطقة لكل خلية). ولذلك، قد يتطلب دمج التقنيات المختلفة خطوات إضافية لتحويل مجموعات البيانات إلى فضاء كامن مشترك. وحتى مع ذلك، قد تظل استراتيجيات الدمج، مثل الدمج المبكر، عرضةً لمشاكل التحيز إذا كانت المصفوفة الناتجة ممثلة بشكل غير متناسب بخصائص من تقنية محددة.

الأبعاد

قد يكون تحليل مجموعات البيانات متعددة الأوميات أحادية الخلية واسعة النطاق عمليةً حسابيةً مكثفةً نظرًا لارتفاع أبعادها. [ 1 ] [ 2 ] لذا، يجب أن تكون الأدوات المستخدمة لدمج مجموعات البيانات فعالةً حسابيًا، أو ينبغي استخدام أساليب حسابية مبدئيًا لتقليل أبعاد مجموعات البيانات (راجع تقليل الأبعاد).

قابلية التفسير والتحقق

تركز العديد من أساليب التكامل على الارتباطات الإحصائية بدلاً من النمذجة السببية التفصيلية. ولذلك، قد يكون تفسير النتائج والتحقق من صحتها أمراً بالغ الصعوبة، لا سيما عند استخدام الشبكات العصبية، لأن هذه الأساليب تُعتبر بمثابة صناديق سوداء . [ 20 ] يجب تقييم جدوى أساليب التكامل والتحقق من صحتها بناءً على تطبيقات عملية، مثل تحديد العلاقات متعددة الأوميات ذات الصلة البيولوجية بدقة.

البيانات المتطابقة وغير المتطابقة

يُمثل دمج بيانات متعددة الأوميات أحادية الخلية تحديات مختلفة تبعًا لتطابق مجموعات البيانات أو عدم تطابقها. [ 48 ] تشير مجموعات البيانات المتطابقة إلى طبقات أومية متعددة مُقاسة من نفس الخلية، بينما تشير البيانات غير المتطابقة إلى مجموعات بيانات مُقاسة من مجموعة خلايا مختلفة. في حين تُتيح مجموعات البيانات المتطابقة إجراء مقارنات مباشرة بين طبقات الأوميات المختلفة داخل الخلية نفسها، إلا أنها قد لا تكون متاحة بسهولة مثل مجموعات البيانات غير المتطابقة. من ناحية أخرى، بينما تسمح مجموعات البيانات غير المتطابقة بدمج مصادر وظروف مختلفة، فإنها تتطلب مراعاة التحيزات المحتملة والعوامل المُربكة (مثل الاختلافات في تجمعات الخلايا، أو الظروف التجريبية، أو طرق تحضير العينات بين مجموعات البيانات المختلفة). تتضمن العديد من مناهج دمج بيانات الأوميات المتعددة للبيانات غير المتطابقة المطابقة حسب مجموعة الخلايا (يتطلب ذلك تحديد نوع الخلية)، أو المطابقة حسب السمات المشتركة، أو الأساليب الإحصائية مثل تحليل المصفوفات غير السالبة (NMF). [ 2 ]

التطبيقات والاستخدامات

في حين أثبتت مجموعات البيانات أحادية النمط أنها عنصر أساسي في علم الأحياء النظمي ، فإن الجمع بين المعلومات البيولوجية عبر أنماط متعددة لديه القدرة على معالجة الأسئلة البيولوجية التي لا يمكن استنتاجها من نوع بيانات واحد فقط.

نمذجة الشبكات البيولوجية

على سبيل المثال، مكّن دمج بيانات النسخ الجيني وإمكانية الوصول إلى الحمض النووي من تطوير أدوات المعلوماتية الحيوية لاستنتاج شبكات تنظيم الجينات الخاصة بنوع الخلية . [ 49 ] [ 50 ] [ 51 ] ويتحقق ذلك من خلال الاستفادة من تعبير عامل النسخ والجين المستهدف إلى جانب معلومات التنظيم الموضعي لاستنتاج عوامل النسخ ذات الصلة وشركائها التنظيميين.

توسيع تعريفات حالة الخلية

من التطبيقات الأخرى لتكامل البيانات الجينومية المتعددة توسيع تعريفات حالات الخلايا لتشمل السمات المرصودة عبر طرائق متعددة. على سبيل المثال، يمكن لدمج الكشف عن المؤشرات البروتينية مع تحليل التعبير الجيني باستخدام تقنية تسلسل متعددة البيانات الجينومية مثل CITE-seq أن يحدد بصمات حالة الخلية بناءً على التعبير المشترك للعلامات التنظيمية الجينية والسطحية. [ 52 ] وهذا يُمكّن من استخلاص استنتاجات أكثر دقة بشأن الأنماط الظاهرية الخلوية، والتي تُشابه نتائج قياس التدفق الخلوي التقليدي وتُقارن بها مباشرةً . علاوة على ذلك، قد يُوفر تعريف حالات الخلايا بناءً على تحليل التجميع ضمن فضاء كامن متكامل تقديرات أكثر استقرارًا للأنماط الظاهرية الخلوية مقارنةً بالتحليل ضمن فضاء كامن أحادي الطريقة. [ 2 ]

الإسناد

علاوة على ذلك، يمكن لتكامل البيانات الجينومية المتعددة التغلب على القيود الخاصة بكل تقنية من خلال الاستدلال . فعلى سبيل المثال، تعاني معظم تقنيات تسلسل النسخ المكاني من دقة مكانية محدودة (حيث تتكون وحدات البكسل من مزيج من الخلايا المحلية) وانخفاض تعقيد الميزات. [ 53 ] ويمكن لتكامل النسخ المكاني مع تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNAseq) أن يساعد في التغلب على هذه القيود من خلال دعم فك التشفير المكاني للقراءات منخفضة الدقة وتقدير ترددات كل نوع من أنواع الخلايا. [ 54 ] [ 55 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 أدوسا، نيغاتو؛ خان، صوفيا؛ ريتكونن، كالي ت.؛ إيلو، لورا ل. (2021). "استراتيجيات حسابية لتكامل البيانات الجينومية المتعددة للخلايا المفردة" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 19 : 2588-2596 . doi : 10.1016/j.csbj.2021.04.060 . ISSN 2001-0370 . PMC 8114078. PMID 34025945 .   
  2. 1 2 3 4 5 6 7 مياو، تشن؛ همفريز، بنجامين د؛ ماكماهون، أندرو ب؛ كيم، جون هيونغ (2021). "تكامل البيانات متعددة الأوميات في عصر بيانات الخلايا المفردة المليونية" . مجلة نات ريف نيفرول . 17 (11): 710-724 . doi : 10.1038/s41581-021-00463-x . PMC 9191639. PMID 34417589 .  
  3. 1 2 سوبرامانيان، إندهوبريا (2020). " تكامل بيانات علم الجينوم المتعدد، وتفسيرها، وتطبيقاتها" . Bioinform Biol Insights . 14. doi : 10.1177/1177932219899051 . PMC 7003173. PMID 32076369 .  
  4. 1 2 ستيوارت، تيم؛ ساجيتا، راهول (2019). " تحليل الخلية المفردة التكاملي". نات ريف جينيت . 20 (5): 257-272 . doi : 10.1038/s41576-019-0093-7 . PMID 30696980. S2CID 59409752 .  
  5. ↑ لي، يونجين؛ ما، لو؛ وو، دوجياو؛ تشين، جينغ (2021). "تطورات في مناهج التحليل متعدد الأوميات للخلايا المفردة والخلايا المجمعة في بيولوجيا الأنظمة والطب الدقيق". معلوماتية حيوية موجزة . 22 (5). doi : 10.1093/bib/bbab024 . ​​PMID 33778867 . 
  6. 1 2 أدوسا، نيجاتو؛ خان، صوفيا؛ ريتكونن، كالي تي؛ إيلو ، لورا إل (2021). "الاستراتيجيات الحسابية للتكامل متعدد الخلايا أحادية الخلية" . حساب الهيكل Biotechnol J . 19 : 2588–2596 . دوى : 10.1016/j.csbj.2021.04.060 . بمك 8114078 . بميد 34025945 .  
  7. ↑ بايسوي، أليف؛ باي، تشيليانغ؛ ساتيجا، راهول؛ فان، رونغ (2024). "المشهد التكنولوجي وتطبيقات علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة" . مجلة نات ريف مول سيل بيول . 24 (10): 695-713 . doi : 10.1038/s41580-023-00615-w . PMC 10242609. PMID 37280296 .  
  8. ↑ ماكولي، إيان سي؛ بونتينغ، كريس بي؛ فويت، تييري (2017). "علم الجينوم المتعدد للخلايا المفردة: قياسات متعددة من خلايا مفردة" . تريندز جينيت . 33 (2): 155-168 . doi : 10.1016/j.tig.2016.12.003 . PMC 5303816. PMID 28089370 .  
  9. ^ ريجيف، أبيب؛ تيشمان، سارة أ؛ لاندر ، اريك س. أميت، إيدو؛ بينويست، كريستوف؛ بيرني، إيوان؛ بودينميلر، بيرند؛ كامبل، بيتر؛ كارنينسي، بييرو؛ كلاتوورثي، منة؛ أذكياء، هانز؛ ديبلانكي، بارت؛ دنهام، إيان. إبروين، جيمس؛ ايلز، رولاند. إنارد، وولفغانغ. المزارع أندرو. فوجر، لارس. جوتجنز، برتولد. هكوهين، نير؛ حنيفة، مزليفة؛ همبرج، مارتن. كيم، سيونغ؛ كلينرمان، بول؛ كريجستين، أرنولد؛ لين ، إد. لينارسون، ستين؛ لوندبيرج، إيما؛ لونديبيرج، يواكيم؛ ماجومدر، بارثا؛ ماريوني ، جون سي. مراد، مريم؛ مهلانجا، موسى؛ ناوين، مارتين؛ نيتيا، ميهاي؛ نولان، غاري؛ بير، دانا؛ فيليباكيس، أنتوني؛ بونتينغ، كريس ب؛ كويك، ستيفن؛ ريك، وولف؛ روزنبلات-روزن، أوريت؛ سانز، جوشوا؛ ساتجيا، راهول؛ شوماخر، تون ن؛ شاليك، أليكس؛ شابيرو، إيهود؛ شارما، بادماني؛ شين، جاي دبليو؛ ستيجل، أوليفر؛ ستراتون، مايكل؛ ستابينغتون، مايكل جيه تي؛ ثيس، فابيان جيه؛ أولين، ماتياس؛ فان أوديناردن، ألكسندر؛ فاغنر، ألون؛ وات، فيونا؛ وايزمان، جوناثان؛ وولد، باربرا؛ خافيير، رامنيك؛ يوسف، نير (2017). " أطلس الخلية البشرية" . eLife . 6. doi : 10.7554/eLife.27041 . PMC 5762154. PMID 29206104 .​  
  10. ↑ لينديبوم، ريك جي إتش؛ ريجيف، أفيف؛ تايخمان، سارة أ (2021). "نحو أطلس للخلايا البشرية: الاستفادة من الماضي" . تريندز جينيت . 37 (7): 625-630 . doi : 10.1016/j.tig.2021.03.007 . hdl : 1721.1/134116 . PMID 33879355 . 
  11. ↑ وينشتاين، جون ن؛ كوليسون، إريك أ؛ ميلز، جوردون ب؛ شو، كينا ر ميلز؛ أوزنبرجر، براد أ؛ إلروت، كايل؛ شموليفيتش، إيليا؛ ساندر، كريس؛ ستيوارت، جوشوا م (2013). " مشروع تحليل أطلس جينوم السرطان الشامل" . نات جينيت . 45 (10): 1113-1120 . doi : 10.1038/ng.2764 . PMC 3919969. PMID 24071849 .  
  12. ↑ اتحاد مشروع ENCODE (2012). "موسوعة متكاملة لعناصر الحمض النووي في الجينوم البشري" . مجلة Nature . 489 (7414): 57-74 . Bibcode : 2012Natur.489...57T . doi : 10.1038/nature11247 . PMC 3439153. PMID 22955616 .  
  13. ↑ اتحاد مشروع ENCODE (2020). " موسوعات موسعة لعناصر الحمض النووي في جينومات الإنسان والفأر" . مجلة Nature . 583 (7818): 699-710 . Bibcode : 2020Natur.583..699E . doi : 10.1038/s41586-020-2493-4 . PMC 7410828. PMID 32728249 .  
  14. ^ لينمان ، ديفيد. كوستر، يوهانس؛ شتشوريك، إيوا؛ مكارثي ، ديفيس ج. هيكس, ستيفاني سي ; روبنسون ، مارك د. فاليجوس، كاتالينا أ؛ كامبل ، كيران ر . بيرينوينكل، نيكو؛ محفوظ، أحمد؛ بينيلو، لوكا؛ سكومز، بافيل؛ ستاماتاكيس، ألكسندروس؛ أتوليني، كميل ستيفان أوتو؛ أباريسيو، صموئيل؛ بايجينس، جاسمين؛ بالفيرت، مارلين. باربانسون، يشتري دي؛ كابتشيو، أنطونيو؛ كورليوني، جياكومو؛ دوتيله، باس إي؛ فلوريسكو، ماريا؛ جورييف، فيكتور؛ هولمر، رينس؛ جان، كاتارينا؛ لوبو، ثمار جيسورون؛ كيزر ، إيما م ؛ خاتري، إندو؛ كيلباسا ، سيمون م . كوربل ، جان أو. كوزلوف ، أليكسي م . كو، تزو هاو؛ ليليفيلدت، بودوين PF؛ ماندويو، أيون الأول؛ ماريوني ، جون سي. مارشال، توبياس. مولدر، فيليكس. نيكنيجاد، أمير؛ راكزكوفسكا، أليجا؛ ريندرز، مارسيل؛ ريدر، جيروين دي؛ صليبا، أنطوان إيمانويل؛ سوماراكيس، أنطونيوس؛ ستيجل، أوليفر. ثيس ، فابيان ج. يانغ، هوان؛ زيليكوفسكي، أليكس؛ ماكهاردي ، أليس سي ؛ رافائيل ، بنيامين ج. شاه ، سهراب ف ؛ شونهيوث ، ألكسندر (2020). "أحد عشر تحديًا كبيرًا في علم بيانات الخلية الواحدة" . الجينوم بيول . 21 (1): 31. دوى : 10.1186/s13059-020-1926-6 . PMC 7007675. PMID 32033589 .​  
  15. ↑ سانتياغو-رودريغيز، تاشا م؛ هوليستر، إميلي ب (2021). "تكامل بيانات علم الجينوم المتعدد: مراجعة للمفاهيم والاعتبارات والأساليب". ندوة طب الفترة المحيطة بالولادة . 45 (6). doi : 10.1016/j.semperi.2021.151456 . PMID 34256961. S2CID 235822759 .  
  16. ↑ يوان، غو-تشنغ؛ كاي، لونغ؛ إيلويتز، مايكل؛ أنور، طارق؛ فان، غوبينغ؛ غو، غوجي؛ إيريزاري، رافائيل؛ خارشنكو، بيتر؛ كيم، جون هيونغ؛ أوركين، ستيوارت؛ كواكنبوش، جون؛ سعداتبور، آسيه؛ شرودر، تيم؛ شيفداساني، راميش؛ تيروش، إيتاي (2017). "التحديات والاتجاهات الناشئة في تحليل الخلية المفردة" . علم الأحياء الجينومي . 18 (1): 84. doi : 10.1186/s13059-017-1218-y . PMC 5421338. PMID 28482897 .  
  17. ↑ أرجيلاغيت، ريكارد؛ كومو، آنا س. إي؛ ستيجل، أوليفر؛ ماريوني، جون سي (2021). " المبادئ والتحديات الحسابية في تكامل بيانات الخلية الواحدة". نات بيوتكنولوجي . 39 (10): 1202-1215 . doi : 10.1038/s41587-021-00895-7 . PMID 33941931. S2CID 233722751 .  
  18. ↑ وو، يان؛ تشانغ، كون (2020). "أدوات لتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية عالية الأبعاد". نات ريف نيفرول . 16 (7): 408-421 . doi : 10.1038/s41581-020-0262-0 . PMID 32221477. S2CID 214672522 .  
  19. 1 2 3 أدوسا، نيغاتو؛ خان، صوفيا؛ ريتكونن، كالي ت.؛ إيلو، لورا ل. (2021). " استراتيجيات حسابية لتكامل البيانات الجينومية المتعددة للخلايا المفردة" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 19 : 2588-2596 . doi : 10.1016/j.csbj.2021.04.060 . PMC 8114078. PMID 34025945 .  
  20. 1 2 3 4 5 بيكارد، ميلان؛ سكوت-بوييه، ماري-بيير؛ بودين، أنطوان؛ بيرين، أوليفييه؛ دروا، أرنو (2021). " استراتيجيات دمج بيانات علم الجينوم المتعدد لتحليل التعلم الآلي" . مجلة التكنولوجيا الحيوية الحاسوبية والبنيوية . 19 : 3735-3746 . doi : 10.1016/j.csbj.2021.06.030 . ISSN 2001-0370 . PMC 8258788. PMID 34285775 .   
  21. ١ ٢ جون، كريستوفر ر؛ واتسون، ديفيد؛ بارنز، مايكل ر؛ بيتزاليس، كونستانتينو؛ لويس، مايلز ج (١٠ سبتمبر ٢٠١٩). " سبكتروم: تجميع طيفي سريع مراعٍ للكثافة لبيانات أحادية ومتعددة الأوميات" . المعلوماتية الحيوية . ٣٦ (٤): ١١٥٩-١١٦٦ . doi : 10.1093/bioinformatics/btz704 . ISSN 1367-4803 . PMC 7703791. PMID 31501851 .   
  22. ↑ كومار، أبيشيك؛ راي، بيوش؛ داوم، هال (2011). "التجميع الطيفي متعدد الرؤى المُنتظم بشكل مشترك" . التطورات في أنظمة معالجة المعلومات العصبية . 24. كوران أسوشيتس، إنك.
  23. ↑ وانغ، بو؛ مزليني، عزيز م؛ ديمير، فياض؛ فيومي، مارك؛ تو، تشووين؛ برودنو، مايكل؛ هايب-كينز، بنجامين؛ غولدينبيرغ، آنا (مارس 2014). "دمج شبكات التشابه لتجميع أنواع البيانات على نطاق جينومي" . Nature Methods . 11 (3): 333–337 . doi : 10.1038/nmeth.2810 . ISSN 1548-7091 . PMID 24464287. S2CID 9033318 .   
  24. ^ كانتيني ، لورا. زاكري، بويا؛ هيرنانديز، سيلين؛ نالدي، أوريليان. تيفري، دينيس؛ ريمي، إليزابيث؛ بودو ، أناييس (2021-01-05). "مقارنة طرق تقليل الأبعاد المشتركة متعددة الأبعاد لدراسة السرطان" . اتصالات الطبيعة . 12 (1): 124. بيب كود : 2021NatCo..12..124C . دوى : 10.1038/s41467-020-20430-7 . ISSN 2041-1723 . بمك 7785750 . بميد 33402734 .   
  25. 1 2 ستيوارت، تيم؛ بتلر، أندرو؛ هوفمان، بول؛ هافيميستر، كريستوف؛ باباليكسي، إفثيميا؛ ماوك، ويليام م.؛ هاو، يوهان؛ ستوكيوس، مارلون؛ سميبرت، بيتر؛ ساتيجا، راهول (يونيو 2019). "التكامل الشامل لبيانات الخلية المفردة" . مجلة Cell . 177 (7): 1888–1902.e21. doi : 10.1016/j.cell.2019.05.031 . ISSN 0092-8674 . PMC 6687398. PMID 31178118 .   
  26. 1 2 دو، جينتشوانغ؛ ليانغ، شاوهنغ؛ موهانتي، فاكول. مياو، تشي؛ هوانغ، يوفان؛ ليانغ، تشينغنان؛ تشنغ، شيويسين. كيم، سانجباي؛ تشوي، جونغسو؛ لي، يومي؛ لي، لي؛ ضاهر، مي؛ بصر، رافت؛ رضواني، قطيون؛ تشين ، روي (2022/05/09). "التكامل المتعدد الوسائط ثنائي الطلب لبيانات الخلية المفردة" . بيولوجيا الجينوم . 23 (1): 112. دوى : 10.1186/s13059-022-02679-x . ISSN 1474-760X . بمك 9082907 . بميد 35534898 .   
  27. ويلش ، جوشوا د.؛ كوزاريفا، فيلينا؛ فيريرا، آشلي؛ فاندربورغ، تشارلز؛ مارتن، كارلي؛ ماكوسكو، إيفان ز. (يونيو 2019). " التكامل متعدد الأوميات للخلايا المفردة يقارن ويتباين سمات هوية خلايا الدماغ" . مجلة Cell . 177 (7): 1873–1887.e17. doi : 10.1016/j.cell.2019.05.006 . ISSN 0092-8674 . PMC 6716797. PMID 31178122 .   
  28. 1 2 دورين، جانا؛ تشين، شي؛ زمانيغومي، مهدي؛ زينغ، وانوين؛ ساتباثي، أنسومان ت.؛ تشانغ، هوارد ي.؛ وانغ، يونغ؛ وونغ، وينغ هونغ (24 يوليو 2018). "التحليل التكاملي لبيانات الجينوم أحادي الخلية باستخدام تحليل المصفوفات غير السالبة المقترنة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 115 (30): 7723-7728 . Bibcode : 2018PNAS..115.7723D . doi : 10.1073/pnas.1805681115 . ISSN 0027-8424 . PMC 6065048. PMID 29987051 .   
  29. ↑ ويلش، جوشوا د.؛ هارتمينك، ألكسندر ج.؛ برينس، جان ف. (24 يوليو 2017). "MATCHER: محاذاة متعددة الأبعاد تكشف عن تطابق بين ديناميكيات النسخ الجيني للخلايا المفردة وديناميكيات الإبيجينوم" . علم الأحياء الجينومي . 18 (1): 138. doi : 10.1186/s13059-017-1269-0 . ISSN 1474-760X . PMC 5525279. PMID 28738873 .   
  30. 1 2 أموديو، ماثيو؛ كريشناسوامي، سميتا (2018-02-09)، ماجان: محاذاة المتشعبات البيولوجية ، arXiv : 1803.00385
  31. وانغ ، شينجون؛ صن، تشي؛ تشانغ، يانفو؛ شو، تشونغلي؛ شين، هونغي؛ هوانغ، هنغ؛ دوير، ريتشارد هـ؛ تشين، كونغ؛ دينغ، يينغ ؛ تشين، وي (2020-05-07). " BREM-SC: نموذج خليط التأثيرات العشوائية البايزية للتجميع المشترك لبيانات الخلايا المفردة متعددة الأوميات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 48 (11): 5814-5824 . doi : 10.1093/nar/ gkaa314 . ISSN 0305-1048 . PMC 7293045. PMID 32379315 .   
  32. ↑ أوسبريك؛ أور، ميريام راجل؛ فيتيلي، فاليريا؛ جيرنستروم، ساندرا؛ كومار، سوريندرا؛ كرون، ماريت؛ بسبب إلدري يو. هوكاس، تونجي هوسبي؛ ليفونين، سوفي كاتري؛ فولان، هانز كريستيان موين؛ لودرز، توربين؛ رودلاند، اينار؛ فاسكي، تشارلز ج.؛ تشاو وي. مولر، إلين ك. (ديسمبر 2017). "يكشف التجميع التكاملي عن انقسام جديد في النوع الفرعي اللمعي من سرطان الثدي مع التأثير على النتيجة" . أبحاث سرطان الثدي . 19 (1): 44. دوى : 10.1186/s13058-017-0812-y . ISSN 1465-542X . بمك 5372339 . PMID 28356166 .   
  33. ↑ كاباسي، أليساندرا؛ كيرك، بول د. (27 يونيو 2020). "التعلم متعدد النوى للتجميع التوافقي التكاملي لمجموعات بيانات الأوميكس" . المعلوماتية الحيوية . 36 (18): 4789-4796 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa593 . PMC 7750932. PMID 32592464. تاريخ الاسترجاع : 22 فبراير 2024 .  
  34. ↑ هوه، روث؛ يانغ، يوتشن؛ جيانغ، يوتشاو؛ شين، يين؛ لي، يون (2020). "التجميع الذاتي: تجميع الخلايا المفردة باستخدام نموذج الخليط" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 48 (1): 86-95 . doi : 10.1093/nar/gkz959 . PMC 6943136. PMID 31777938. تاريخ الاسترجاع: 22 فبراير 2024 .  
  35. ↑ تشو، شياوشو؛ لي، جيان؛ لي، هونغ دونغ؛ شي، مياو؛ وانغ، جيانشين (15 ديسمبر 2020). " Sc-GPE: طريقة تجميعية قائمة على تقسيم الرسم البياني للخلايا المفردة" . مجلة Frontiers in Genetics . 11 604790. doi : 10.3389/fgene.2020.604790 . ISSN 1664-8021 . PMC 7770236. PMID 33384718 .   
  36. ↑ تشو، يوان؛ تشانغ، دي-شين؛ تشانغ، شياو-فاي؛ يي، مينغ؛ أو-يانغ، لي؛ وو، مينغيون (2020). "EC-PGMGR: التجميع العنقودي القائم على نموذج الرسم البياني الاحتمالي مع تنظيم الرسم البياني لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية" . مجلة Frontiers in Genetics . 11 572242. doi : 10.3389/fgene.2020.572242 . ISSN 1664-8021 . PMC 7673820. PMID 33329710 .   
  37. ^ كيم هاني جيون. لين، ينجكسين؛ جيديس، توماس أ. يانغ، جان يي هوا؛ يانغ ، بينجي (2020). "يتيح CiteFuse التحليل متعدد الوسائط لبيانات CITE-seq" . المعلوماتية الحيوية . 36 (14): 4137-4143 . دوى : 10.1093/المعلوماتية الحيوية/btaa282 . بميد 32353146 . تم الاسترجاع 2024-02-22 . 
  38. ↑ كامبل، كيران ر.؛ ستيف، آدي؛ لاكس، إيما؛ زان، هانز؛ لاي، دانيال؛ ماكفرسون، أندرو؛ فرحاني، حسين؛ كبير، فرحية؛ أوفلانغان، سيارا؛ بيلي، جوستينا؛ بريمهال، جازمين؛ وانغ، بيكسي؛ والترز، باسكال؛ كونسورتيوم، IMAXT؛ بوشارد-كوتيه، ألكسندر (12 مارس 2019). "clonealign: التكامل الإحصائي لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي والحمض النووي من الخلايا المفردة المستقلة من سرطانات الإنسان" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1): 54. doi : 10.1186/s13059-019-1645-z . ISSN 1474-760X . PMC 6417140. PMID 30866997 .   
  39. ↑ ليو، جي؛ هوانغ، يوانهاو؛ سينغ، ريتامبهارا؛ فيرت، جان فيليب؛ نوبل، ويليام ستافورد (2019). دمج قياسات متعددة لعلم الجينوم أحادي الخلية . وقائع لايبنيز الدولية في المعلوماتية (LIPIcs). المجلد 143. قصر داغشتول - مركز لايبنيز للمعلوماتية. 13 صفحة، 3000894 بايت. doi : 10.4230/LIPICS.WABI.2019.10 . ISBN   978-3-95977-123-8ISSN 1868-8969 . PMC 8496402. PMID 34632462 .​​   
  40. ↑ أرجيلاغيت، ريكارد؛ أرنول، داميان؛ بريديكين، دانيلا؛ ديلورو، يوناتان؛ فيلتن، بريتا؛ ماريوني، جون سي؛ ستيجل، أوليفر (11 مايو 2020). "MOFA+: إطار إحصائي للتكامل الشامل لبيانات الخلية المفردة متعددة الأنماط" . علم الأحياء الجينومي . 21 (1): 111. doi : 10.1186/s13059-020-02015-1 . ISSN 1474-760X . PMC 7212577. PMID 32393329 .   
  41. ↑ سينغ، روهيت؛ هي، برايان ل.؛ نارايان، أشوين؛ بيرغر، بوني (2021-05-03). "مخطط: يُمكّن التعلّم المتري من توليف قابل للتفسير لطرائق الخلية المفردة غير المتجانسة" . علم الأحياء الجينومي . 22 (1): 131. doi : 10.1186/s13059-021-02313-2 . ISSN 1474-760X . PMC 8091541. PMID 33941239 .   
  42. ↑ زو، تشونمان؛ تشين، لوانان (17 نوفمبر 2020). "نموذج تحليل التعلم المشترك العميق لبيانات النسخ الجيني للخلايا المفردة وبيانات إمكانية الوصول إلى الكروماتين المفتوح" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 22 (4) bbaa287. doi : 10.1093/bib/bbaa287 . ISSN 1467-5463 . PMC 8293818. PMID 33200787 .   
  43. ↑ هاو، يوهان؛ هاو، ستيفاني؛ أندرسن-نيسن، إريكا؛ ماوك، ويليام م.؛ تشنغ، شيوي؛ بتلر، أندرو؛ لي، مادي ج.؛ ويلك، آرون ج.؛ داربي، شارلوت؛ زاغر، مايكل؛ هوفمان، بول؛ ستوكيوس، مارلون؛ باباليكسي، إفثيميا؛ ميميتو، إيليني ب.؛ جاين، جايسون (يونيو 2021). "تحليل متكامل لبيانات الخلايا المفردة متعددة الوسائط" . مجلة Cell . 184 (13): 3573–3587.e29. doi : 10.1016/j.cell.2021.04.048 . ISSN 0092-8674 . PMC 8238499. PMID 34062119 .   
  44. ↑ هاو، يوهان؛ ستيوارت، تيم؛ كوالسكي، مادلين هـ.؛ تشودري، ساكيت؛ هوفمان، بول؛ هارتمان، أوستن؛ سريفاستافا، آفي؛ مولا، جيسميرا؛ مداد، شايستا؛ فرنانديز-جراندا، كارلوس؛ ساتيجا، راهول (فبراير 2024). "تعلم القاموس لتحليل الخلية المفردة المتكامل والمتعدد الوسائط والقابل للتطوير" . مجلة Nature Biotechnology . 42 (2): 293-304 . doi : 10.1038/s41587-023-01767-y . ISSN 1546-1696 . PMC 10928517. PMID 37231261 .   
  45. ↑ غايوسو، آدم؛ شتاير، زوي؛ لوبيز، رومان؛ ريغير، جيفري؛ نازور، كريستوفر ل.؛ ستريتس، ​​آرون؛ يوسف، نير (مارس 2021). "النمذجة الاحتمالية المشتركة لبيانات متعددة الأوميات أحادية الخلية باستخدام totalVI" . Nature Methods . 18 (3): 272–282 . doi : 10.1038/s41592-020-01050- x . ISSN 1548-7105 . PMC 7954949. PMID 33589839 .   
  46. ↑ كاو، كاي؛ باي، شيانغتشي؛ هونغ، ييغوانغ؛ وان، لين (2020-07-01). "محاذاة طوبولوجية غير خاضعة للإشراف لتكامل البيانات الجينومية المتعددة للخلايا المفردة" . المعلوماتية الحيوية . 36 (ملحق 1): i48– i56. doi : 10.1093/bioinformatics/btaa443 . ISSN 1367-4803 . PMC 7355262. PMID 32657382 .   
  47. ↑ جانسن، فيليب؛ كليسميت، زين؛ فيث، بيات؛ أديكونيس، شيان؛ سيمونز، شون؛ مارشال، جيمي؛ مكابي، كريستين؛ هاين، هولجر؛ ليفين، جوشوا ز.؛ إينارد، وولفغانغ؛ هيلمان، إينيس (19 يونيو 2023). "تأثير الضوضاء الخلفية وإزالتها على تحليل بيانات التعبير الجيني للخلايا المفردة" . علم الأحياء الجينومي . 24 (1): 140. doi : 10.1186/s13059-023-02978-x . ISSN 1474-760X . PMC 10278251. PMID 37337297 .   
  48. 1 2 أرجيلاغيت، ريكارد؛ كومو، آنا إس إي؛ ستيجل، أوليفر؛ ماريوني، جون سي. (أكتوبر 2021). "المبادئ والتحديات الحسابية في تكامل بيانات الخلية الواحدة" . مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 39 (10): 1202-1215 . doi : 10.1038/s41587-021-00895-7 . ISSN 1546-1696 . PMID 33941931. S2CID 233722751 .   
  49. ↑ كيم، دانيال؛ تران، آندي؛ كيم، هاني جيون؛ لين، يينغشين؛ يانغ، جين يي هوا؛ يانغ، بينغي (2023). "إعادة بناء شبكة تنظيم الجينات: تسخير قوة بيانات الخلايا المفردة متعددة الأوميات" . npj Syst Biol Appl . 9 (1): 51. doi : 10.1038/ s41540-023-00312-6 . PMC 10587078. PMID 37857632 .  
  50. ^ برافو غونزاليس بلاس، كارمن؛ دي وينتر، سيبي؛ هوسلمانس، جيرت. هيكر، نيكولاي. ماتوفيتشي، إيرينا؛ كريستيانز، فاليري. بوفاثينجال، سوريش؛ ووترز، جاسبر؛ عيبار، سارة؛ آيرتس شتاين (2023). "SCENIC +: الاستدلال متعدد الخلايا أحادي الخلية للمعززات وشبكات تنظيم الجينات" . طرق نات . 20 (9): 1355–1367 . دوى : 10.1038 / s41592-023-01938-4 . بمك 10482700 . بميد 37443338 .  
  51. ↑ فليك، جوناس سيمون؛ جانسن، صوفي مارتينا جوهانا؛ وولني، داميان؛ زينك، فيدس؛ سيميا، ماكيكو؛ جاين، أكانكشا؛ أوكاموتو، ريوكو؛ سانتيل، مالغورزاتا؛ هي، زيسونغ؛ كامب، ج. غراي؛ تروتلين، باربرا (2023). "استنتاج وتعديل منظمات مصير الخلايا في عضيات الدماغ البشري" . نيتشر . 621 (7978): 365-372 . Bibcode : 2023Natur.621..365F . doi : 10.1038/ s41586-022-05279-8 . PMC 10499607. PMID 36198796 .  
  52. ↑ ستوكيوس، مارلون؛ هافيميستر، كريستوف؛ ستيفنسون، ويليام؛ هوك-لوميس، برايان؛ تشاتوبادياي، براتيب ك؛ سويردلو، هارولد؛ ساجيتا، راهول؛ سميبرت، بيتر (2017). "القياس المتزامن للمستضدات والنسخ الجيني في الخلايا المفردة" . نات ميثودز . 14 (9 ) : 865-868 . doi : 10.1038/nmeth.4380 . PMC 5669064. PMID 28759029 .  
  53. ↑ عطا، ليلى؛ فان، جان (2021). "التحديات والفرص الحاسوبية في تحليل بيانات النسخ الجيني المكانية" . نات كوميون . 12 (1): 5283. Bibcode : 2021NatCo..12.5283A . doi : 10.1038/ s41467-021-25557-9 . PMC 8421472. PMID 34489425 .  
  54. ↑ أندرسون، ألما؛ بيرجنستراهل، جوزيف؛ أسب، ميكايلا؛ جوريك، ألكسندرا؛ فرنانديز نافارو، خوسيه؛ لونديبيرج، يواكيم (2020). "علم النسخ أحادي الخلية والمكاني يُمكّن من الاستدلال الاحتمالي على تضاريس نوع الخلية" . مجلة الاتصالات البيولوجية . 3 (1): 565. doi : 10.1038/s42003-020-01247-y . PMC 7547664. PMID 33037292 .  
  55. ↑ ما، يينغ؛ تشو، شيانغ (2022). " فك تشفير أنواع الخلايا المُستند إلى المعلومات المكانية لعلم النسخ المكاني" . نات بيوتكنولوجي . 40 (9): 1349-1359 . doi : 10.1038/s41587-022-01273-7 . PMC 9464662. PMID 35501392 .