ATAC-seq

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة
آلية تحديد إمكانية الوصول إلى الكروماتين باستخدام ناقل Tn5. أ- حالة الكروماتين: مفتوح ومغلق. ب- عند زيادة إمكانية الوصول إلى الكروماتين، ينتقل ناقل Tn5 في الكروماتين المفتوح أكثر من انتقاله في الكروماتين غير المتاح. تمثل الرموز الخضراء/الحمراء المحولات.

تقنية ATAC-seq ( تحليل الكروماتين القابل للوصول بواسطة الترانسبيوزاز باستخدام التسلسل ) هي تقنية مخبرية تُستخدم في البيولوجيا الجزيئية لتقييم إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم . [ 1 ] طُوّرت هذه التقنية في عام 2013 من قِبل مختبرات ويل غرينليف وهوارد تشانغ في جامعة ستانفورد كبديل لتقنيات MNase-seq و FAIRE-Seq و DNase-Seq [ 1 ] ، حيث تتميز بسرعة إنجاز النتائج، وبساطة البروتوكول، وانخفاض متطلبات إدخال الحمض النووي. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]

إجراء

تُحدد تقنية ATAC-seq مناطق الحمض النووي المتاحة من خلال فحص الكروماتين المفتوح باستخدام إنزيم Tn5 Transposase الطافر فائق النشاط ، الذي يُدخل محولات التسلسل في المناطق المفتوحة من الجينوم. [ 2 ] [ 5 ] في حين أن إنزيمات النقل الطبيعية تتميز بمستوى منخفض من النشاط، تستخدم تقنية ATAC-seq إنزيم النقل الطافر فائق النشاط. [ 6 ] في عملية تُسمى "التجزئة"، يقوم إنزيم Tn5 Transposase بقطع الحمض النووي المزدوج ووسمه بمحولات التسلسل في خطوة إنزيمية واحدة. [ 7 ] [ 8 ] بعد ذلك، تُنقى شظايا الحمض النووي الموسومة، وتُضخّم بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ، وتُسلسل باستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي . [ 8 ] يمكن بعد ذلك استخدام قراءات التسلسل لاستنتاج مناطق ذات إمكانية وصول متزايدة، بالإضافة إلى تحديد مواقع ارتباط عوامل النسخ ومواقع النيوكليوسومات. [ 2 ] يرتبط عدد القراءات لمنطقة ما بمدى انفتاح الكروماتين فيها، بدقة النوكليوتيد الواحد. [ 2 ]

لا تتطلب تقنية ATAC-seq المعالجة بالموجات فوق الصوتية أو استخلاص الفينول-الكلوروفورم كما في تقنية FAIRE-seq؛ [ 9 ] ولا تتطلب أجسامًا مضادة كما في تقنية ChIP-seq ؛ [ 10 ] ولا تتطلب هضمًا إنزيميًا حساسًا كما في تقنيتي MNase-seq أو DNase-seq. [ 11 ] ويمكن إتمام تحضير عينات ATAC-seq في أقل من ثلاث ساعات. [ 12 ]

التطبيقات

تطبيقات علم الجينوم المقارن لتقنية ATAC-seq مثل تحديد خصائص السرطان، وتحديد الأنواع الفرعية الخلوية، وتحليل تمايز الخلايا.

يُستخدم تحليل ATAC-Seq لدراسة عدد من مؤشرات إمكانية الوصول إلى الكروماتين. ويُعدّ استخدامه الأكثر شيوعًا تجارب رسم خرائط النيوكليوسومات ، [ 3 ] ولكن يمكن تطبيقه أيضًا لرسم خرائط مواقع ارتباط عوامل النسخ ، [ 13 ] أو تكييفه لرسم خرائط مواقع مثيلة الحمض النووي ، [ 14 ] أو دمجه مع تقنيات التسلسل. [ 15 ]

تتراوح فائدة رسم خرائط المعززات عالية الدقة من دراسة التباين التطوري لاستخدام المعززات (على سبيل المثال بين الشمبانزي والبشر) أثناء النمو [ 16 ] والكشف عن خريطة معززات خاصة بالسلالة تُستخدم أثناء تمايز خلايا الدم . [ 17 ]

استُخدمت تقنية ATAC-Seq أيضًا لتحديد نطاق إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم في أنواع السرطان البشري، [ 18 ] وكشفت عن انخفاض عام في إمكانية الوصول إلى الكروماتين في التنكس البقعي . [ 19 ] ويمكن تطبيق أساليب البصمة الحاسوبية على بيانات ATAC-Seq للعثور على مواقع ارتباط خاصة بالخلايا وعوامل النسخ ذات النشاط الخاص بالخلايا. [ 13 ]

شهدت تقنية ATAC-seq تطبيقات متزايدة في البحوث السريرية ودراسات الأمراض. وقد طُوِّر برنامج EPIC-ATAC كإطار عمل لفك التشفير بهدف تحديد كمية عدم تجانس أنواع الخلايا في بيانات ATAC-seq للأورام، مما يُتيح تحليل العمليات التنظيمية الكامنة وراء تطور الورم وربطها بالمتغيرات السريرية في أبحاث السرطان. [ 20 ] [ 21 ] في علم المناعة ، استُخدمت تقنية ATAC-seq لتوصيف التغيرات اللاجينية الديناميكية في استنفاد الخلايا التائية ، وكشفت أن الخلايا التائية المستنفدة تمتلك أنماطًا فريدة من إمكانية الوصول إلى الكروماتين مقارنةً بالخلايا التائية الساذجة والمؤثرة والذاكرة، مما له آثار على العلاج المناعي للسرطان . [ 22 ] وقد أنتج مشروع أطلس جينوم السرطان ملفات تعريف لإمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم لـ 410 عينة ورمية تغطي 23 نوعًا من السرطان، وحدد 562,709 عنصرًا من الحمض النووي يمكن الوصول إليها بواسطة الترانسبيوزاز، وكشف عن مواقع الخطر الجيني للاستعداد للإصابة بالسرطان كعناصر تنظيمية نشطة للحمض النووي. [ 23 ] تم استخدام التحليل التكاملي الذي يجمع بين ATAC-seq و RNA-seq لتحديد الجينات الورمية الجديدة وتوضيح الآليات التنظيمية في سرطان الخلايا الكبدية . [ 24 ]

تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية ATAC

أُدخلت تعديلات على بروتوكول ATAC-seq لاستيعاب تحليل الخلايا المفردة . يمكن استخدام تقنية الموائع الدقيقة لفصل النوى المفردة وإجراء تفاعلات ATAC-seq بشكل فردي. [ 12 ] في هذا النهج، تُلتقط الخلايا المفردة إما بواسطة جهاز موائع دقيقة أو نظام ترسيب سائل قبل عملية التجزئة. [ 12 ] [ 25 ] هناك تقنية بديلة لا تتطلب عزل الخلايا المفردة، وهي الفهرسة الخلوية التجميعية. [ 26 ] تستخدم هذه التقنية الترميز الشريطي لقياس إمكانية الوصول إلى الكروماتين في آلاف الخلايا المفردة؛ ويمكنها توليد ملفات تعريف جينومية من 10000 إلى 100000 خلية لكل تجربة. [ 27 ] لكن الفهرسة الخلوية التجميعية تتطلب معدات إضافية مصممة خصيصًا أو كمية كبيرة من Tn5 المعدل خصيصًا. [ 28 ] مؤخرًا، طُوّرت طريقة ترميز شريطي مجمعة تُسمى sci-CAR، تسمح بالتوصيف المشترك لإمكانية الوصول إلى الكروماتين والتعبير الجيني للخلايا المفردة. [ 29 ]

يعتمد التحليل الحسابي لبيانات تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية (scATAC-seq) على إنشاء مصفوفة عدّ تحتوي على عدد القراءات لكل منطقة كروماتين مفتوحة. يمكن تحديد مناطق الكروماتين المفتوحة، على سبيل المثال، من خلال تحديد القمم القياسية لبيانات تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية (شبه المجمعة). تشمل الخطوات اللاحقة تقليل البيانات باستخدام تحليل المكونات الرئيسية (PCA) وتجميع الخلايا. [ 25 ] قد تكون مصفوفات تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية (scATAC-seq) ضخمة للغاية (مئات الآلاف من المناطق) ومتفرقة للغاية، أي أن أقل من 3% من المدخلات غير صفرية. [ 30 ] لذلك، يُعدّ استكمال مصفوفة العدّ خطوة حاسمة أخرى تُنفّذ باستخدام طرق مختلفة مثل تحليل المصفوفات غير السالبة . كما هو الحال مع تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية (bulk ATAC-seq)، يسمح تسلسل الحمض النووي أحادي الخلية (scATAC-seq) باكتشاف منظمات مثل عوامل النسخ التي تتحكم في التعبير الجيني للخلايا. يمكن تحقيق ذلك من خلال النظر إلى عدد القراءات حول أنماط عوامل النسخ [ 31 ] أو تحليل البصمة الجينية . [ 30 ]

تسلسل ATAC المكاني

تجمع تقنية ATAC-seq المكانية بين تحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين والمعلومات المكانية، مما يُمكّن الباحثين من رسم خرائط للمناطق فوق الجينية مع الحفاظ على بنية الأنسجة. تجمع هذه الطريقة بين كيمياء نقل Tn5 في الموقع والترميز الشريطي المحدد بتقنية الموائع الدقيقة لإجراء تحليل مكاني لإمكانية الوصول إلى الكروماتين على مقاطع الأنسجة على المستوى الخلوي وعلى مستوى الجينوم. [ 32 ] [ 33 ] وقد طُبقت هذه التقنية على التحليل المشترك للجينوم فوق الجيني والترانسكريبتوم، مما سهّل دراسة العلاقة بين القمم المتاحة والجينات المُعبر عنها بكسلًا بكسلًا في سياق النسيج. [ 32 ]

تشمل التطورات الحديثة تقنية SPACE-seq (التحليل المكاني للكروماتين المتاح، وسلالات الخلايا، والتعبير الجيني باستخدام التسلسل)، والتي تُمكّن من التحليل المتزامن للتعبير الجيني، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين، وطفرات الحمض النووي للميتوكوندريا باستخدام منصات النسخ المكاني المتوفرة تجاريًا. [ 34 ] كما طُوّرت تقنية التشريح المجهري بالليزر المقترنة بتقنية ATAC-seq (LCM-ATAC-seq) لتحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين في مجموعات الخلايا المتجاورة أو المتناثرة في الأنسجة، مما يُمكّن من التحليل بدقة عالية مع إمكانية دمج التلوينات الخلوية أو المورفولوجية. [ 35 ]

تُقدّم شركة AtlasXomics شكلاً تجارياً مُطبّقاً من الترميز الشريطي الحتمي لتسلسل ATAC المكاني، حيث تُسوّق تقنية الترميز الشريطي الميكروفلويدي DBiT-seq التي طُوّرت أصلاً في مختبر فان. [ 36 ] تُنتج هذه المنصة  وحدات بكسل مكانية بحجم 10 ميكرومتر تقريباً من خلال تدفقات الترميز الشريطي الميكروفلويدي المتعامدة، وهي متوافقة مع كلٍ من مقاطع الأنسجة الطازجة المُجمدة ومقاطع الأنسجة المُثبّتة بالفورمالين والمُضمّنة في البارافين. تشمل التطبيقات التي خضعت لمراجعة الأقران لتسلسل ATAC المكاني القائم على AtlasXomics رسم خريطة إمكانية الوصول إلى الكروماتين في العقدة الجذرية الظهرية البشرية باستخدام تسلسل ATAC المكاني المُدمج مع تقنية CUT&Tag. [ 37 ] نُشرت دراسات إضافية تستخدم هذه المنصة في شكل أوراق بحثية أولية، تُوسّع نطاق تحليل علم التخلق المكاني ليشمل نماذج السرطان، والأنسجة النامية، والبيئات المناعية الدقيقة. [ 38 ] [ 39 ]

تسلسل ATAC متعدد الأنماط

أتاحت التطورات الحديثة إمكانية تحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين بالتزامن مع تقنيات جزيئية أخرى في الخلايا أو مقاطع الأنسجة نفسها. يسمح كل من تسلسل الحمض النووي الريبوزي المكاني بتقنية ATAC-RNA-seq وتسلسل الحمض النووي الريبوزي المكاني بتقنية CUT&Tag-RNA-seq بتحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم أو تعديلات الهيستون بالتزامن مع تحليل كامل النسخ الجيني على مقطع النسيج نفسه بدقة تقارب دقة الخلية الواحدة. [ 32 ] يُمثل ISSAAC-seq (التسلسل الموضعي لإمكانية الوصول إلى الكروماتين والنسخ الجينية الخلوية) تحديثًا متعدد الوسائط لتقنية ATAC-seq، مما يوفر طريقة فعالة لدراسة التعبير الجيني وإمكانية الوصول إلى الكروماتين داخل الخلية نفسها بحساسية عالية وتكلفة أقل من المجموعات التجارية المتوفرة. [ 40 ] أدت هذه المناهج متعددة الوسائط إلى تطوير أدوات حسابية مثل SCRIPro، التي تجمع بين أهمية عامل النسخ والهدف من بيانات علم التخلق مع تعبير عامل النسخ والهدف من بيانات علم النسخ لبناء شبكات تنظيم الجينات من بيانات الخلية الواحدة وبيانات علم الجينوم المكاني المتعدد. [ 41 ]

الأدوات الحسابية والتحليل

يُمثل تحليل بيانات ATAC-seq تحديات منهجية فريدة نظرًا لندرة البيانات والحاجة إلى أدوات معلوماتية حيوية متخصصة . تشمل الخطوات الرئيسية التحليل الأولي (التحقق من الجودة والمحاذاة)، والتحليل الأساسي (تحديد القمم)، والتحليل المتقدم (تحليل وتوصيف القمم التفاضلية، وإثراء الزخارف، وتحديد البصمة الجينية ، وتحليل مواقع النيوكليوسومات). [ 42 ] [ 43 ] لا يزال برنامج MACS2 (التحليل القائم على النموذج لبيانات ChIP-seq 2) البرنامج الأكثر استخدامًا لتحديد القمم في تحليل بيانات ATAC-seq، حيث يعمل كبرنامج افتراضي في مسار ENCODE ATAC-seq. طُوّر MACS2 في الأصل لتحليل ChIP-seq، ثم جرى تكييفه لتحليل ATAC-seq، ويُظهر أداءً جيدًا في تحديد مناطق سهولة الوصول إلى الترانسبيوزاز، على الرغم من أنه يتطلب تحسين المعلمات لمراعاة خصائص ATAC-seq. [ 44 ] [ 45 ] تم تطوير مسارات عمل تحليلية موحدة، بما في ذلك مسار nf-core/atacseq، الذي يوفر إطار عمل شامل وقابل للتكرار لمعالجة بيانات ATAC-seq بدءًا من القراءات الأولية وصولًا إلى تحديد القمم النهائية ومقاييس مراقبة الجودة. يتضمن هذا المسار، القائم على Nextflow، أفضل الممارسات لتقليم المحولات، والمحاذاة، وإزالة التكرارات، وتحديد القمم، والتحليل اللاحق، مما يسهل المعالجة الموحدة عبر مختلف المجموعات البحثية والبيئات الحاسوبية. [ 46 ] [ 47 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 بوينروسترو، جيه دي، جيريسي، بي جي، زابا، إل سي، تشانغ، إتش واي، غرينليف، دبليو جيه (ديسمبر 2013). " نقل الكروماتين الأصلي من أجل توصيف جيني سريع وحساس للكروماتين المفتوح، والبروتينات الرابطة للحمض النووي، وموقع النيوكليوسوم" . نيتشر ميثودز . 10 (12): 1213-1218 . Bibcode : 2013NatCB..10.1213B . doi : 10.1038/nmeth.2688 . PMC 3959825. PMID 24097267 .  
  2. 1 2 3 4 بوينروسترو، جيه دي، وو، بي، تشانغ، إتش واي، غرينليف، دبليو جيه (يناير 2015). " ATAC-seq: طريقة لتحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين على مستوى الجينوم" . البروتوكولات الحالية في البيولوجيا الجزيئية . 109 : 21.29.1–21.29.9. doi : 10.1002/0471142727.mb2129s109 . PMC 4374986. PMID 25559105 .  
  3. 1 2 شيب إيه إن، بوينروسترو جيه دي، ديني إس كيه، شوارتز كيه، شيرلوك جي، غرينليف دبليو جيه (نوفمبر 2015). " بصمات النيوكليوسومات المهيكلة تُمكّن من رسم خرائط عالية الدقة لبنية الكروماتين داخل المناطق التنظيمية" . أبحاث الجينوم . 25 (11): 1757-1770 . Bibcode : 2015GenRe..25.1757S . doi : 10.1101/gr.192294.115 . PMC 4617971. PMID 26314830 .  
  4. ↑ سونغ إل، كروفورد جي إي (فبراير 2010). "تقنية تسلسل الحمض النووي باستخدام إنزيم ديوكسي ريبونوكلياز: تقنية عالية الدقة لرسم خرائط العناصر التنظيمية الجينية النشطة عبر الجينوم من الخلايا الثديية" . بروتوكولات كولد سبرينغ هاربور . 2010 (2) pdb.prot5384. doi : 10.1101/pdb.prot5384 . PMC 3627383. PMID 20150147 .  
  5. ↑ باجيك م، ماهر ك.أ، ديل ر.ب (2018). "تحديد مناطق الكروماتين المفتوحة في جينومات النباتات باستخدام تقنية ATAC-Seq". ديناميكيات كروماتين النبات . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1675. الصفحات 183-201 . doi : 10.1007/978-1-4939-7318-7_12 . ISBN   978-1-4939-7317-0ISSN 1064-3745 . PMC 5693289. PMID 29052193 .​​   
  6. ↑ ريزنيكوف، دبليو إس (2008). "الترانسبوزون Tn5". المراجعة السنوية لعلم الوراثة . 42 (1): 269-286 . doi : 10.1146/annurev.genet.42.110807.091656 . PMID 18680433 . 
  7. ↑ أدي، أندرو (ديسمبر 2010). "بناء سريع ومنخفض المدخلات والتحيز لمكتبات شظايا التسلسل العشوائي عن طريق النقل عالي الكثافة في المختبر" . علم الأحياء الجينومي . 11 (12) R119. Bibcode : 2010GenBi..11.R119A . doi : 10.1186/gb-2010-11-12-r119 . PMC 3046479. PMID 21143862 .  
  8. 1 2 بيشيلي إس، بيوركلوند إيه كيه، رينيوس بي، ساغاسر إس، وينبرغ جي، ساندبرغ آر (ديسمبر 2014). " إجراءات نقل Tn5 والتجزئة لمشاريع التسلسل واسعة النطاق" . أبحاث الجينوم . 24 (12): 2033-40 . doi : 10.1101/gr.177881.114 . PMC 4248319. PMID 25079858 .  
  9. ↑ سيمون جيه إم، جيريسي بي جي، ديفيس آي جيه، ليب جيه دي (يناير 2012). "استخدام عزل العناصر التنظيمية بمساعدة الفورمالديهايد (FAIRE) لعزل الحمض النووي التنظيمي النشط" . بروتوكولات الطبيعة . 7 (2): 256-267 . doi : 10.1038/nprot.2011.444 . PMC 3784247. PMID 22262007 .  
  10. ↑ سافيتش د، بارتريدج إي سي، نيوبيري كيه إم، سميث إس بي، ميدوز إس كيه، روبرتس بي إس، وآخرون . (أكتوبر 2015). "CETCh-seq: تقنية CRISPR لتحديد مواقع الارتباط بالبروتينات المرتبطة بالحمض النووي باستخدام تقنية ChIP-seq" . أبحاث الجينوم . 25 (10): 1581-1589 . doi : 10.1101/gr.193540.115 . PMC 4579343. PMID 26355004 .   
  11. ↑ هويجماكرز، دبليو إيه، وبارتفاي، آر (2018). "توصيف بنية النيوكليوسومات باستخدام تسلسل النيوكلياز الميكروكوكي (MNase-seq)". الترسيب المناعي للكروماتين . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1689. الصفحات 83-101 . doi : 10.1007/978-1-4939-7380-4_8 . ISBN   978-1-4939-7379-8ISSN 1064-3745 . PMID 29027167 .​  
  12. 1 2 3 بوينروسترو جيه دي، وو بي، ليتزنبرغر يو إم، راف دي، غونزاليس إم إل، سنايدر إم بي، وآخرون . (يوليو 2015). "إمكانية الوصول إلى الكروماتين في الخلية الواحدة تكشف مبادئ التباين التنظيمي" . نيتشر . 523 (7561): 486-90 . Bibcode : 2015Natur.523..486B . doi : 10.1038/nature14590 . PMC 4685948. PMID 26083756 .   
  13. 1 2 لي، تشيجيان؛ شولز، مارسيل هـ.؛ لوك، توماس؛ بيغيمان، ماتياس؛ زينكه، مارتن؛ كوستا، إيفان ج. (26 فبراير 2019). " تحديد مواقع ارتباط عوامل النسخ باستخدام تقنية ATAC-seq" . علم الأحياء الجينومي . 20 (1): 45. doi : 10.1186/s13059-019-1642-2 . PMC 6391789. PMID 30808370 .  
  14. ↑ سبيكتور ر، تيبنز ن د، ميموسو س أ، سولواي ب د (يونيو 2019). "يقيس تسلسل ميثيل-ATAC مثيلة الحمض النووي في الكروماتين المتاح" . أبحاث الجينوم . 29 (6): 969-977 . doi : 10.1101/gr.245399.118 . PMC 6581052. PMID 31160376 .  
  15. ↑ هندريكسون دي جي، سويفر آي، ورانيك بي جيه، بوتستين دي، سكوت ماكإسحاق آر (2018)، "التحليل المتزامن لإمكانية الوصول إلى الحمض النووي وديناميكيات التعبير الجيني باستخدام تقنيتي ATAC-Seq وRNA-Seq"، علم الأحياء الخلوي الحاسوبي ، مناهج في البيولوجيا الجزيئية، المجلد 1819، سبرينغر نيويورك، الصفحات 317-333 ، doi : 10.1007/978-1-4939-8618-7_15 ، ISBN   978-1-4939-8617-0PMID 30421411​ 
  16. ↑ بريسكوت إس إل، سرينيفاسان آر، مارشيتو إم سي، غريشينا آي، نارفايزا آي، سيليري إل، وآخرون . (سبتمبر 2015). " تباين المُحسِّنات والتطور التنظيمي في العرف العصبي البشري والشمبانزي" . مجلة Cell . 163 (1): 68-83 . doi : 10.1016/j.cell.2015.08.036 . PMC 4848043. PMID 26365491 .   
  17. ^ لارا أستياسو د، وينر أ، لورنزو فيفاس إي، زاريتسكي الأول، جايتين دا، ديفيد إي، وآخرون . (أغسطس 2014). "علم الوراثة المناعية. ديناميات حالة الكروماتين أثناء تكوين الدم " . علوم . 345 (6199): 943–9 . دوى : 10.1126/science.1256271 . بمك 4412442 . بميد 25103404 .   
  18. ↑ كورسيس إم آر، غرانجا جيه إم، شمس إس، لوي بي إتش، سيوان جيه إيه، تشو دبليو، وآخرون . (أكتوبر 2018). "مشهد إمكانية الوصول إلى الكروماتين في سرطانات الإنسان الأولية" . مجلة ساينس . 362 (6413) eaav1898. Bibcode : 2018Sci...362.1898C . doi : 10.1126/science.aav1898 . PMC 6408149. PMID 30361341 .   
  19. ↑ وانغ جيه، زيبتي سي، شانغ بي، سريباثي إس آر، تشانغ بي، كانو إم، وآخرون (أبريل 2018). "تحليل ATAC-Seq يكشف عن انخفاض واسع النطاق في إمكانية الوصول إلى الكروماتين في التنكس البقعي المرتبط بالعمر" . Nature Communications . 9 (1) 1364. Bibcode : 2018NatCo...9.1364W . doi : 10.1038/s41467-018-03856- y . PMC 5893535. PMID 29636475 .   
  20. ^ غابرييل ، أوريلي إيه جي. راكيل، جوليان. فالكيت، مارلين؛ جاندوس، كاميلا؛ غفيلر، ديفيد (2024). "تقدير قوي لنسب السرطان ونوع الخلايا المناعية من بيانات ATAC-Seq للورم السائب" . الحياة الإلكترونية . 13 رب94833. BioRxiv 10.1101/2023.10.11.561826 . دوى : 10.7554/eLife.94833.4 . 
  21. ↑ كورسيس، إم. رايان؛ غرانجا، جيفري إم.؛ شمس، شادي؛ لوي، برايان إتش.؛ سيوان، خوسيه إيه.؛ تشو، واندينغ؛ سيلفا، تياغو سي.؛ غرونيفيلد، كلاريس؛ وونغ، كريستوفر كيه.؛ تشو، سيونغ وو؛ ساتباثي، أنسومان تي.؛ مومباخ، ماكسويل آر.؛ هودلي، كاثرين إيه.؛ روبرتسون، إيه. غوردون؛ شيفيلد، ناثان سي. (2018-10-26). "مشهد إمكانية الوصول إلى الكروماتين في سرطانات الإنسان الأولية" . مجلة ساينس . 362 (6413) eaav1898. Bibcode : 2018Sci...362.1898C . doi : 10.1126/science.aav1898 . PMC 6408149 . PMID 30361341 .  
  22. ^ تشين، تشوفنغ؛ ليو، جياينغ؛ تشن، ييدونغ؛ لين، أنكي؛ مو، وايمينغ. تشو، لينجكسوان؛ يانغ، تاو؛ تشنغ، تشيوان. تشانغ، جيان. لوه بنغ (يناير 2023). "تطبيق ATAC-seq في استنفاد الخلايا التائية الخاصة بالورم" . العلاج الجيني للسرطان . 30 (1): 1– 10. دوى : 10.1038/s41417-022-00495-ث . ISSN 1476-5500 . بمك 9842510 . بميد 35794339 .   
  23. ^ تافيتساينين، إس. إنجيدال، ن.؛ تساو، S.؛ مقبض، F.؛ إريكسون، أ. بريكوفيتش، S .؛ ويتيرسكوج، D.؛ تولونين، ت.؛ فورينن، إم . كيفياهو، أ.؛ ناتكين، ر. هاكينن، T.؛ ديفليز، دبليو؛ هينتينن، S .؛ كاريجارفي ، ر. (2021-09-06). "يكشف تسلسل ATAC و RNA للخلية الواحدة عن الخلايا الموجودة مسبقًا والمستمرة المرتبطة بانتكاس سرطان البروستاتا" . اتصالات الطبيعة . 12 (1): 5307. بيب كود : 2021NatCo..12.5307T . دوى : 10.1038/s41467-021-25624-1 . ISSN 2041-1723 . PMC 8421417. PMID 34489465 .​   
  24. ↑ "مراقبة جودة المكتبة لـ ATAC-Seq و CUT&Tag" .
  25. ميزجر أ ، كليم س، مان إ، براور ك، مير أ، بوستيك م، وآخرون . (سبتمبر 2018). "تحليل إمكانية الوصول إلى الكروماتين عالي الإنتاجية بدقة الخلية الواحدة" . نيتشر كوميونيكيشنز . 9 (1) 3647. Bibcode : 2018NatCo...9.3647M . doi : 10.1038/s41467-018-05887-x . PMC 6128862. PMID 30194434 .   
  26. ↑ كوسانوفيتش، دارين (مايو 2015). "تحليل متعدد الخلايا المفردة لإمكانية الوصول إلى الكروماتين عن طريق الفهرسة الخلوية التوافقية" . مجلة ساينس . 348 (6237): 910-914 . Bibcode : 2015Sci...348..910C . doi : 10.1126/science.aab1601 . PMC 4836442. PMID 25953818 .  
  27. ↑ لارو سي إيه، دوارتي إف إم، تشيو جي جي، كارثا في كي، بوركيت زد دي، كولواي إيه إس، بوخولوك دي، أري إم جي، وآخرون . (2019). "الفهرسة التوافقية القائمة على القطرات لعلم التخلق أحادي الخلية على نطاق واسع". bioRxiv 10.1101/612713 .  
  28. ↑ تشين إكس، ميراغايا آر جيه، ناتاراجان كيه إن، تيشمان إس إيه (ديسمبر 2018). "طريقة سريعة وفعّالة لتحديد خصائص إمكانية الوصول إلى الكروماتين في الخلايا المفردة" . نيتشر كوميونيكيشنز . 9 (1) 5345. Bibcode : 2018NatCo...9.5345C . doi : 10.1038/ s41467-018-07771-0 . PMC 6297232. PMID 30559361 .  
  29. ↑ كاو، جونيو؛ كوسانوفيتش، دارين أ.؛ راماني، فيجاي؛ أغاميرزاي، ديلاسا؛ بلينر، هانا أ.؛ هيل، أندرو ج.؛ دازا، رضا م.؛ مكفالين-فيغيروا، خوسيه ل.؛ باكر، جوناثان س.؛ كريستيانسن، لينا؛ ستيمرز، فرانك ج. (28-09-2018). "التحليل المشترك لإمكانية الوصول إلى الكروماتين والتعبير الجيني في آلاف الخلايا المفردة" . مجلة ساينس . 361 (6409): 1380-1385 . Bibcode : 2018Sci...361.1380C . doi : 10.1126/science.aau0730 . ISSN 0036-8075 . PMC 6571013. PMID 30166440 .   
  30. 1 2 لي ز، كوب سي، تشينغ إم، مينزل إس، زينك إم، كرامان آر، وآخرون (2021). "تقدير إمكانية الوصول إلى الكروماتين من بيانات ATAC-seq للخلايا المفردة باستخدام scOpen" . Nature Communications . 12 (1): 865931. Bibcode : 2021NatCo..12.6386L . doi : 10.1038/ s41467-021-26530-2 . PMC 8568974. PMID 34737275 .   
  31. ↑ شيب إيه إن، وو بي، بوينروسترو جيه دي، غرينليف دبليو جيه (أكتوبر 2017). "chromVAR: استنتاج إمكانية الوصول المرتبطة بعوامل النسخ من بيانات الجينوم فوق الخلوي المفرد" . Nature Methods . 14 (10): 975–978 . doi : 10.1038/nmeth.4401 . PMC 5623146. PMID 28825706 .  
  32. 1 2 3 تشانغ، دي؛ دينغ، يانشيانغ؛ كوكانيا، بيترا؛ أغيري، إنيريتز؛ بارتوسوفيتش، ماريك؛ دونغ، مينغزي؛ ما، كونغ؛ ما، ساي؛ سو، غراهام؛ باو، شوتشن؛ ليو، يانغ؛ شياو، يانغ؛ روسوكليا، غورازيد ب.؛ دورك، أندرو ج.؛ مان، ج. جون (أبريل 2023). "التحليل المكاني المشترك للجينوم فوق الجيني والنسخ الجيني في أنسجة الثدييات" . مجلة نيتشر . 616 (7955): 113-122 . Bibcode : 2023Natur.616..113Z . doi : 10.1038/s41586-023-05795-1 . ISSN 1476-4687 . PMC 10076218 . PMID 36922587 .   
  33. ↑ "Spatial ATAC-Seq - CD Genomics" . www.spatial-omicslab.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19 أغسطس 2025 .
  34. ↑ هوانغ، يونغ-هسين؛ بيلك، جوليا أ.؛ تشانغ، روتشي؛ وايزر، ناتاشا إي.؛ تشيانغ، زاكاري؛ جونز، ماثيو ج.؛ ميشيل، بول س.؛ بوينروسترو، جيسون د.؛ تشانغ، هوارد ي. (22-04-2025). " نهج جزيئي موحد للجينوم فوق الجيني المكاني، والترانسكريبتوم، وسلالات الخلايا" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 122 (16) e2424070122. Bibcode : 2025PNAS..12224070H . doi : 10.1073/pnas.2424070122 . PMC 12037033. PMID 40249782 .  
  35. ^ كارارو، كاترينا. بوناجورو، لورينزو؛ سرينيفاسا، راشانا؛ أولفت، مارتينا فان؛ إيساكزاي، فيكتوريا؛ شولت-شريبينج، جوناس؛ جامبير، بريرنا؛ المزاهي، طارق؛ مونتغمري، جيسيكا V.؛ هاير، هانا؛ لي، يوانفانغ؛ ثيس، هايدي؛ كراوت، مايكل. محبوباني، كريشنا تي؛ أشنبرينر ، آنا سي. (23/10/2023). "تحديد إمكانية الوصول إلى الكروماتين لمجموعات الخلايا المستهدفة من خلال التشريح الدقيق لالتقاط الليزر إلى جانب ATAC-seq" . طرق تقارير الخلية . 3 (10) 100598. دوى : 10.1016/j.crmeth.2023.100598 . ردمك 2667-2375 . PMC 10626193 . PMID 37776856 .   
  36. ↑ يوان، يينغ؛ ما، كونغ؛ يانغ، مينغنان (2020). "التحليل متعدد الأوميات المكاني عبر الترميز الحتمي في الأنسجة" . مجلة Cell . 183 (6): 1665–1681.e18. doi : 10.1016/j.cell.2020.10.026 . PMC 7736559. PMID 33188776 .  
  37. ↑ هاميلتون، إميلي س. (2025). "الخريطة الجينية فوق الجينية للعقدة الجذرية الظهرية البشرية كما كشفت عنها تقنية ATAC-seq المكانية وتقنية CUT&Tag". مجلة PAIN . 166 (3): 345-358 . doi : 10.1097/j.pain.0000000000003048 . PMID 37831939 . 
  38. ↑ "رسم خرائط إمكانية الوصول إلى الكروماتين المكاني باستخدام الترميز الشريطي الحتمي". 2025. bioRxiv 10.1101/2025.02.25.638325 . 
  39. ↑ "التحليل الجيني المكاني المتكامل باستخدام تقنية ATAC-seq القائمة على DBiT". 2025. bioRxiv 10.1101/2025.05.01.651759 . 
  40. ↑ أتكينسون، ستيوارت ب. (10 أكتوبر 2022). "تحديثات مكانية ومتعددة الوسائط لتقنية ATAC-seq أحادية الخلية" . EpiGenie | أخبار علم التخلق، والخلايا الجذعية، والبيولوجيا التركيبية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19 أغسطس 2025 .
  41. ↑ تشانغ، زانهي؛ شو، يونفان؛ دونغ، شين؛ غاو، ياوي؛ وانغ، تشينفي (2024-07-01). نيكولسكي، ماتشا (محرر). " استدلال متعدد الأوميات أحادي الخلية والمكاني لشبكات تنظيم الجينات باستخدام SCRIPro" . المعلوماتية الحيوية . 40 (7) btae466. doi : 10.1093/bioinformatics/btae466 . ISSN 1367-4811 . PMC 11288411. PMID 39024032 .   
  42. ↑ يان، فينغ؛ باول، ديفيد ر.؛ كورتيس، ديفيد ج.؛ وونغ، نيكولاس س. (2020-02-03). "من القراءات إلى الفهم: دليل مبسط لتحليل بيانات ATAC-seq" . علم الأحياء الجينومي . 21 (1): 22. doi : 10.1186/s13059-020-1929-3 . ISSN 1474-760X . PMC 6996192. PMID 32014034 .   
  43. ↑ لونغ، ياهوي؛ أنغ، كوك سيونغ؛ سيثي، رامان؛ لياو، شا؛ هينغ، يانغ؛ فان أولست، لين؛ يي، شوتشن؛ تشونغ، تشنغوي؛ شو، هانغ؛ تشانغ، دي؛ كوك، إيمانويل؛ حسنى، نزيهة؛ جيان، مين؛ نغ، لاي غوان؛ تشين، آو (سبتمبر 2024). "فك شفرة المجالات المكانية من البيانات المكانية متعددة الأوميات باستخدام SpatialGlue" . Nature Methods . 21 (9): 1658–1667 . doi : 10.1038/s41592-024-02316-4 . ISSN 1548-7105 . PMC 11399094. PMID 38907114 .   
  44. ↑ تشانغ، يونغ؛ ليو، تاو؛ ماير، كليفورد أ.؛ إيكهوت، جيروم؛ جونسون، ديفيد س.؛ بيرنشتاين، برادلي إي.؛ نوسباوم، تشاد؛ مايرز، ريتشارد م.؛ براون، مايلز؛ لي، وي؛ ليو، إكس. شيرلي (17-09-2008). "التحليل القائم على النموذج لتسلسل ChIP (MACS)" . علم الأحياء الجينومي . 9 (9): R137. doi : 10.1186 / gb-2008-9-9-r137 . ISSN 1474-760X . PMC 2592715. PMID 18798982 .   
  45. ↑ فيرابّا، أفيناش م.؛ رولي، م. جوردان؛ ماجيو، أنجيلا؛ بودري، لورا؛ هوكينز، ديل؛ كيم، ألين؛ سيثي، ساهيل؛ سورجن، بول ل.؛ جودا، تشيتيبابو (23-07-2024). "CloudATAC: إطار عمل قائم على الحوسبة السحابية لتحليل بيانات ATAC-Seq" . Briefings in Bioinformatics . 25 (ملحق 1 ) bbae090. doi : 10.1093/bib/bbae090 . ISSN 1477-4054 . PMC 11264300. PMID 39041910 .   
  46. ↑ إيولز، فيليب أ.؛ بيلتزر، ألكسندر؛ فيلينجر، سفين؛ باتيل، هارشيل؛ ألينبيرج، يوهانس؛ ويلم، أندرياس؛ غارسيا، ماكسيم أوليس؛ دي توماسو، باولو؛ ناهنسن، سفين (مارس 2020). "إطار عمل nf-core لخطوط أنابيب المعلوماتية الحيوية المُدارة من قِبل المجتمع" . مجلة Nature Biotechnology . 38 (3): 276-278 . doi : 10.1038/s41587-020-0439-x . ISSN 1546-1696 . 
  47. ^ تشن ، هويدونغ. لارو، كالب. أندرياني، توماسو؛ فينيارد، مايكل إي؛ جارسيا، سارة ب. كليمنت، كيندل. أندرادي نافارو، ميغيل أ. بوينروسترو، جايسون د. بينيلو ، لوكا (2019/11/18). "تقييم الأساليب الحسابية لتحليل بيانات ATAC-seq أحادية الخلية" . بيولوجيا الجينوم . 20 (1): 241. دوى : 10.1186/s13059-019-1854-5 . ISSN 1474-760X . بمك 6859644 . بميد 31739806 .