يونيبروت

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 6 صور
الموسوعة الحرة
يونيبروت
محتوى
وصفUniProt هو مورد البروتين العالمي ، وهو مستودع مركزي لبيانات البروتين التي تم إنشاؤها عن طريق الجمع بين قواعد بيانات Swiss-Prot وTrEMBL وPIR- PSD .
أنواع البيانات
الملتقطة		شرح البروتين
الكائنات الحيةالجميع
اتصال
مركز الأبحاثإمبل-إيبي ، المملكة المتحدة؛ سي آي بي ، سويسرا؛ شرطة التدخل السريع , لنا.
الاستشهاد الأساسياتحاد يونيبروت [1]
وصول
تنسيق البياناتملف مسطح مخصص، FASTA ، GFF ، RDF ، XML .
موقع إلكترونيwww.uniprot.org
www.uniprot.org/news/
رابط التحميلwww.uniprot.org/downloads & لتنزيل مجموعات البيانات الكاملة ftp.uniprot.org
عنوان URL لخدمة الويبنعم - واجهة برمجة تطبيقات JAVA ، راجع المعلومات هنا وواجهة برمجة تطبيقات REST، راجع المعلومات هنا
أدوات
الويبالبحث المتقدم، BLAST ، Clustal O، الاسترجاع/التنزيل بالجملة، تعيين الهوية
متنوع
رخصةترخيص المشاع الإبداعي - عدم الاشتقاق
الإصداراتنعم

تردد إصدار البيانات		8 اسابيع
سياسة التحريرنعم - يدويًا وتلقائيًا. قواعد التعليقات التوضيحية التلقائية التي تم إنشاؤها بواسطة أمناء قواعد البيانات والخوارزميات الحسابية.

الكيانات القابلة للإشارة المرجعية		نعم - كل من إدخالات البروتين الفردية وعمليات البحث

UniProt هي قاعدة بيانات يمكن الوصول إليها بحرية لتسلسل البروتين والمعلومات الوظيفية، حيث يتم استخلاص العديد من الإدخالات من مشاريع تسلسل الجينوم . وهي تحتوي على كمية كبيرة من المعلومات حول الوظيفة البيولوجية للبروتينات المستمدة من الأدبيات البحثية. وتتم صيانتها بواسطة اتحاد UniProt، الذي يتألف من العديد من منظمات المعلوماتية الحيوية الأوروبية ومؤسسة من واشنطن العاصمة، الولايات المتحدة الأمريكية .

اتحاد UniProt

يتألف اتحاد UniProt من المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI)، والمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB)، ومورد معلومات البروتين (PIR). يستضيف EBI، الموجود في Wellcome Trust Genome Campus في Hinxton، المملكة المتحدة، موردًا كبيرًا من قواعد بيانات وخدمات المعلوماتية الحيوية. يحتفظ SIB، الموجود في جنيف، سويسرا، بخوادم ExPASy (نظام تحليل البروتين الخبير) التي تعد موردًا مركزيًا لأدوات وقواعد بيانات التحليل البروتيني. يعد PIR، الذي تستضيفه مؤسسة الأبحاث الطبية الحيوية الوطنية (NBRF) في المركز الطبي لجامعة جورج تاون في واشنطن العاصمة، الولايات المتحدة، وريثًا لأقدم قاعدة بيانات لتسلسل البروتين، أطلس مارغريت دايهوف لتسلسل البروتين وبنيته، والذي نُشر لأول مرة في عام 1965. [2] في عام 2002، انضمت EBI وSIB وPIR إلى اتحاد UniProt. [3]

جذور قواعد بيانات UniProt

يشارك كل عضو في الكونسورتيوم بشكل كبير في صيانة قاعدة بيانات البروتين والتعليق عليها. حتى وقت قريب، أنتجت EBI وSIB معًا قواعد بيانات Swiss-Prot وTrEMBL، بينما أنتجت PIR قاعدة بيانات تسلسل البروتين (PIR-PSD). [4] [5] [6] تعايشت قواعد البيانات هذه مع أولويات تغطية تسلسل البروتين والتعليق عليها المختلفة.

تم إنشاء Swiss-Prot في عام 1986 بواسطة Amos Bairoch أثناء حصوله على الدكتوراه وتم تطويره بواسطة المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية وتم تطويره لاحقًا بواسطة Rolf Apweiler في المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية . [7] [8] [9] كان هدف Swiss-Prot هو توفير تسلسلات بروتينية موثوقة مرتبطة بمستوى عالٍ من التوضيح (مثل وصف وظيفة البروتين وبنية مجاله والتعديلات بعد الترجمة والمتغيرات وما إلى ذلك) ومستوى أدنى من التكرار ومستوى عالٍ من التكامل مع قواعد البيانات الأخرى. وإدراكًا لأن بيانات التسلسل كانت تُولد بوتيرة تتجاوز قدرة Swiss-Prot على مواكبة ذلك، تم إنشاء TrEMBL (مكتبة بيانات تسلسل النوكليوتيدات المترجمة EMBL) لتوفير توضيحات آلية لتلك البروتينات غير الموجودة في Swiss-Prot. وفي الوقت نفسه، حافظت PIR على PIR-PSD وقواعد البيانات ذات الصلة، بما في ذلك iProClass، وهي قاعدة بيانات لتسلسلات البروتين والعائلات المنسقة.

قام أعضاء الكونسورتيوم بتجميع مواردهم وخبراتهم المتداخلة، وأطلقوا UniProt في ديسمبر 2003. [10]

تنظيم قواعد بيانات UniProt

يوفر UniProt أربع قواعد بيانات أساسية: UniProtKB (مع الأجزاء الفرعية Swiss-Prot وTrEMBL)، وUniParc، وUniRef، وProteome.

يوني بروتكب

قاعدة بيانات UniProt Knowledgebase (UniProtKB) هي قاعدة بيانات بروتينية تم تنظيمها جزئيًا بواسطة خبراء، وتتكون من قسمين: UniProtKB/Swiss-Prot (تحتوي على إدخالات تمت مراجعتها وشرحها يدويًا) وUniProtKB/TrEMBL (تحتوي على إدخالات غير مراجعة وشرحها تلقائيًا). [11] اعتبارًا من 22 فبراير 2023 ، يحتوي الإصدار "2023_01" من UniProtKB/Swiss-Prot على 569,213 إدخال تسلسل (تضم 205,728,242 حمضًا أمينيًا مستخلصًا من 291,046 مرجعًا) ويحتوي الإصدار "2023_01" من UniProtKB/TrEMBL على 245,871,724 إدخال تسلسل (تضم 85,739,380,194 حمضًا أمينيًا). [12]

UniProtKB/السويسري-Prot

UniProtKB/Swiss-Prot هي قاعدة بيانات لتسلسلات البروتينات غير المكررة والمُعلَّقة يدويًا. وهي تجمع بين المعلومات المستخرجة من الأدبيات العلمية والتحليل الحسابي الذي يقيمه biocurator . والهدف من UniProtKB/Swiss-Prot هو توفير جميع المعلومات ذات الصلة المعروفة حول بروتين معين. تتم مراجعة التعليقات التوضيحية بانتظام لمواكبة النتائج العلمية الحالية. تتضمن التعليقات التوضيحية اليدوية للمدخل تحليلًا تفصيليًا لتسلسل البروتين والأدبيات العلمية. [13]

يتم دمج التسلسلات من نفس الجين ونفس النوع في نفس إدخال قاعدة البيانات. يتم تحديد الاختلافات بين التسلسلات وتوثيق سببها (على سبيل المثال، الوصل البديل ، والتباين الطبيعي ، ومواقع البدء غير الصحيحة ، وحدود الإكسون غير الصحيحة ، والتحولات الإطارية ، والصراعات غير المحددة). يتم استخدام مجموعة من أدوات تحليل التسلسل في شرح إدخالات UniProtKB/Swiss-Prot. يتم تقييم التنبؤات الحاسوبية يدويًا، واختيار النتائج ذات الصلة للتضمين في الإدخال. تتضمن هذه التنبؤات التعديلات بعد الترجمة، والمجالات عبر الغشاء والطوبولوجيا ، وببتيدات الإشارة ، وتحديد المجال، وتصنيف عائلة البروتين . [13] [14]

يتم تحديد المنشورات ذات الصلة من خلال البحث في قواعد البيانات مثل PubMed . تتم قراءة النص الكامل لكل ورقة، ويتم استخراج المعلومات وإضافتها إلى الإدخال. تتضمن التعليقات التوضيحية الناتجة عن الأدبيات العلمية، على سبيل المثال لا الحصر: [10] [13] [14]

تخضع الإدخالات الموضحة لضمان الجودة قبل إدراجها في UniProtKB/Swiss-Prot. وعندما تتوفر بيانات جديدة، يتم تحديث الإدخالات.

يوني بروتكب/تريميبل

يحتوي UniProtKB/TrEMBL على سجلات عالية الجودة تم تحليلها حسابيًا، والتي تم إثرائها بالتعليق التلقائي. تم تقديمه استجابة لزيادة تدفق البيانات الناتج عن مشاريع الجينوم، حيث لا يمكن توسيع عملية التعليق اليدوي التي تستغرق وقتًا وجهدًا في UniProtKB/Swiss-Prot لتشمل جميع تسلسلات البروتين المتاحة. [10] تتم معالجة ترجمات تسلسلات الترميز الموضحة في قاعدة بيانات تسلسل النوكليوتيدات EMBL-Bank/GenBank/DDBJ تلقائيًا وإدخالها في UniProtKB/TrEMBL. يحتوي UniProtKB/TrEMBL أيضًا على تسلسلات من PDB ، ومن التنبؤ بالجين، بما في ذلك Ensembl و RefSeq و CCDS . [15] منذ 22 يوليو 2021، يتضمن أيضًا هياكل تم التنبؤ بها باستخدام AlphaFold2 . [16]

يونيبارك

UniProt Archive (UniParc) هي قاعدة بيانات شاملة وغير مكررة، تحتوي على جميع تسلسلات البروتين من قواعد بيانات تسلسل البروتين الرئيسية المتاحة للجمهور. [17] قد توجد البروتينات في عدة قواعد بيانات مصدرية مختلفة، وفي نسخ متعددة في نفس قاعدة البيانات. لتجنب التكرار، يخزن UniParc كل تسلسل فريد مرة واحدة فقط. يتم دمج التسلسلات المتطابقة، بغض النظر عما إذا كانت من نفس النوع أو أنواع مختلفة. يتم إعطاء كل تسلسل معرفًا ثابتًا وفريدًا (UPI)، مما يجعل من الممكن تحديد نفس البروتين من قواعد بيانات مصدرية مختلفة. يحتوي UniParc على تسلسلات بروتينية فقط، بدون أي تعليق توضيحي. تسمح المراجع المتقاطعة لقاعدة البيانات في إدخالات UniParc باسترجاع مزيد من المعلومات حول البروتين من قواعد بيانات المصدر. عندما تتغير التسلسلات في قواعد بيانات المصدر، يتم تعقب هذه التغييرات بواسطة UniParc ويتم أرشفة تاريخ جميع التغييرات.

قواعد البيانات المصدرية

يحتوي UniParc حاليًا على تسلسلات بروتينية من قواعد البيانات المتاحة للجمهور التالية:

يونيريف

تتكون مجموعات UniProt المرجعية (UniRef) من ثلاث قواعد بيانات لمجموعات مجمعة من تسلسلات البروتين من UniProtKB وسجلات UniParc المحددة. [20] تجمع قاعدة بيانات UniRef100 بين التسلسلات المتطابقة وشظايا التسلسل (من أي كائن حي ) في إدخال UniRef واحد. يتم عرض تسلسل البروتين التمثيلي وأرقام الوصول لجميع الإدخالات المدمجة والروابط إلى سجلات UniProtKB وUniParc المقابلة. يتم تجميع تسلسلات UniRef100 باستخدام خوارزمية CD-HIT لبناء UniRef90 وUniRef50. [20] [21] تتكون كل مجموعة من تسلسلات تحتوي على 90٪ أو 50٪ على الأقل من هوية التسلسل، على التوالي، لأطول تسلسل. يقلل تجميع التسلسلات بشكل كبير من حجم قاعدة البيانات، مما يتيح عمليات بحث أسرع عن التسلسل.

UniRef متاح من موقع UniProt FTP.

التمويل

يتم تمويل UniProt من خلال المنح المقدمة من المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري ، والمعاهد الوطنية للصحة (NIH)، والمفوضية الأوروبية ، والحكومة الفيدرالية السويسرية من خلال المكتب الفيدرالي للتعليم والعلوم، و NCI-caBIG ، ووزارة الدفاع الأمريكية. [11]

مراجع

  1. ^ UniProt, Consortium. (يناير 2015). "UniProt: مركز لمعلومات البروتين". Nucleic Acids Research . 43 (إصدار قاعدة البيانات): D204–12. doi : 10.1093/nar/gku989. PMC  4384041. PMID  25348405.
  2. ^ داي هوف، مارجريت أو. (1965). أطلس تسلسل البروتين وبنيته . سيلفر سبرينج، ماريلاند: مؤسسة البحوث الطبية الحيوية الوطنية.
  3. ^ "إصدار 2002: المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشري يمول قاعدة بيانات البروتين العالمية". المعهد الوطني لبحوث الجينوم البشري (NHGRI) . مؤرشف من الأصل في 24 سبتمبر 2015. تم الاسترجاع في 14 أبريل 2018 .
  4. ^ O'Donovan, C.; Martin, MJ; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. (2002). "High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL". Briefings in Bioinformatics . 3 (3): 275–284. doi : 10.1093/bib/3.3.275 . PMID  12230036. مؤرشف من الأصل في 2024-01-24 . تم الاسترجاع في 2024-01-24 .
  5. ^ وو، CH؛ نعم، ل.س. هوانغ، ه.؛ أرمينسكي، L.؛ كاسترو ألفير، J .؛ تشن، Y.؛ هو جين تاو، Z .؛ كورتيسيس، ص. ليدلي، RS؛ سوزيك، BE؛ فيناياكا، سي آر؛ تشانغ، J.؛ باركر، دبليو سي (2003). “مصدر معلومات البروتين”. أبحاث الأحماض النووية . 31 (1): 345-347. دوى :10.1093/nar/gkg040. بمك 165487 . بميد  12520019. 
  6. ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, MC; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, MJ; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. (2003). "قاعدة بيانات معرفة بروتين SWISS-PROT ومكملها TrEMBL في عام 2003". أبحاث الأحماض النووية . 31 (1): 365-370. doi :10.1093/nar/gkg095. PMC 165542. PMID  12520024 . 
  7. ^ Bairoch, A.; Apweiler, R. (1996). "The SWISS-PROT protein sequence data bank and its new supplement TREMBL". Nucleic Acids Research . 24 (1): 21–25. doi :10.1093/nar/24.1.21. PMC 145613. PMID 8594581  . 
  8. ^ Bairoch, A. (2000). "Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through interesting times!". Bioinformatics . 16 (1): 48–64. doi : 10.1093/bioinformatics/16.1.48 . PMID  10812477. مؤرشف من الأصل في 2024-02-05 . تم الاسترجاع في 2024-02-05 .
  9. ^ سيفرين ألتايراك، “Naissance d’unebanque de données: Interview du prof. Amos Bairoch أرشفة 2010-07-12 في آلة Wayback .”. بروتينات à la Une أرشفة 2011-06-21 في آلة Wayback .، أغسطس 2006. ISSN  1660-9824.
  10. ^ abc Apweiler, R.; Bairoch, A.; Wu, CH (2004). "Protein sequence databases". Current Opinion in Chemical Biology . 8 (1): 76–80. doi :10.1016/j.cbpa.2003.12.004. PMID  15036160.
  11. ^ ab Uniprot, C. (2009). "The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010". Nucleic Acids Research . 38 (Database issue): D142–D148. doi :10.1093/nar/gkp846. PMC 2808944. PMID 19843607  . 
  12. ^ "إحصائيات إصدار UniProtKB/Swiss-Prot 2023_01". web.expasy.org . مؤرشف من الأصل في 4 أبريل 2023 . تم الاسترجاع في 31 مارس 2023 .
  13. ^ abc "كيف نقوم يدويًا بإضافة تعليقات توضيحية إلى مدخل UniProtKB؟". UniProt . 21 سبتمبر 2011. مؤرشف من الأصل في 13 ديسمبر 2013. تم الاسترجاع في 14 أبريل 2018 .
  14. ^ أب أبويلر ، ر. بيروش، أ.؛ وو، CH؛ باركر، مرحاض؛ بوكمان، ب. فيرو، س.؛ جاستايجر، إي. هوانغ، ه.؛ لوبيز، ر. ماغران، م. مارتن، إم جي؛ ناتالي، دا؛ أودونوفان، C .؛ ريداشي، ن.؛ نعم، ل.س (2004). “UniProt: قاعدة المعرفة العالمية للبروتين”. أبحاث الأحماض النووية . 32 (90001): 115د-1119. دوى : 10.1093/نار/gkh131 . بمك 308865 . بميد  14681372. 
  15. ^ "من أين تأتي تسلسلات بروتين UniProtKB؟". UniProt . 21 سبتمبر 2011. مؤرشف من الأصل في 15 ديسمبر 2013. تم الاسترجاع 14 أبريل 2018 .
  16. ^ Hassabis, Demis (22 يوليو 2022). "وضع قوة AlphaFold في أيدي العالم". Deepmind . مؤرشف من الأصل في 24 يوليو 2021 . تم الاسترجاع 24 يوليو 2021 .
  17. ^ Leinonen, R.; Diez, FG; Binns, D.; Fleischmann, W.; Lopez, R.; Apweiler, R. (2004). "UniProt archive". Bioinformatics . 20 (17): 3236–3237. doi : 10.1093/bioinformatics/bth191 . PMID  15044231. مؤرشف من الأصل (PDF) في 30 مارس 2024.
  18. ^ "Protein Research Foundation". مؤرشف من الأصل في 2010-08-30 . تم الاسترجاع في 2010-08-25 .
  19. ^ ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/trome [ رابط معطل دائم ‍ ]
  20. ^ ab Suzek, BE; Huang, H.; McGarvey, P.; Mazumder, R.; Wu, CH (2007). "UniRef: مجموعات مرجعية شاملة وغير زائدة عن الحاجة من UniProt". Bioinformatics . 23 (10): 1282–1288. doi :10.1093/bioinformatics/btm098. PMID  17379688.
  21. ^ Li, W.; Jaroszewski, L.; Godzik, A. (2001). "تجميع التسلسلات المتجانسة للغاية لتقليل حجم قواعد بيانات البروتين الكبيرة". Bioinformatics . 17 (3): 282–283. doi :10.1093/bioinformatics/17.3.282. PMID  11294794.
تتمتع ويكي بيانات بالخاصية التالية:
  • معرف بروتين UniProt (P352) (انظر الاستخدامات )
  • يونيبروت
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=UniProt&oldid=1258970372#UniProtKB.2FSwiss-Prot"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate