فقاعة النسخ

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 4 صور
الموسوعة الحرة

فقاعة النسخ هي بنية جزيئية تتشكل أثناء بدء عملية نسخ الحمض النووي، عندما ينفك جزء محدود من اللولب المزدوج للحمض النووي ، مما يوفر مساحة كافية لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) للارتباط بالسلسلة القالبية وبدء تخليق الحمض النووي الريبي . يتراوح حجم فقاعة النسخ عادةً بين 12 و14 زوجًا من القواعد، مما يسمح للإنزيم بإدخال نيوكليوتيدات الحمض النووي الريبي التكميلية بسهولة. [ 1 ] تتسم ديناميكية فقاعة النسخ وبنيتها بالتغير، وتلعب دورًا في تنظيم التعبير الجيني على مستوى النسخ. [ 2 ] يعتمد تكوين الفقاعات على بنية الكروماتين، وتسلسل الحمض النووي، وعوامل النسخ ، بما في ذلك علامات أستلة الهيستون H3K27ac ، وإعادة تشكيل النيوكليوسوم SWI/SNF ، وعوامل TFIIH وسيجما (σ) . [ 3 ] [ 4 ] على الرغم من عدم إمكانية تأكيد التاريخ التطوري بشكل كامل، فقد قدم العلماء نماذج مختلفة لتفسير التطور الأكثر ترجيحًا لظاهرة فقاعة النسخ، وربطها مباشرةً بانفصال العتائق ، وحقيقيات النوى ، وبدائيات النوى ، والبكتيريا عن السلف المشترك العالمي الأخير (LUCA). [ 5 ] [ 6 ] تستهدف العديد من الأدوية، بما في ذلك المركبات الكيميائية العلاجية والمضادات الحيوية، عناصر فقاعة النسخ لتنظيم نسخ الجينات. [ 7 ]

تشكيل

يسبق تكوين فقاعة النسخ عملية تخليق الحمض النووي الريبوزي (RNA)، ويبدأ بارتباط بوليميراز الحمض النووي الريبوزي (RNAP) بموقع المحفز ، يليه فك اللولب المزدوج للحمض النووي (DNA). يؤدي هذا إلى كشف جزء من الحمض النووي أحادي السلسلة، مما يسمح بتخليق الحمض النووي الريبوزي باستخدامه كقالب. [ 8 ] ولذلك، يعتمد تكوين فقاعة النسخ بشكل كبير على جودة المحفز وآليات بحث بوليميراز الحمض النووي الريبوزي.

بدء عملية التحول في بدائيات النوى

في بدائيات النوى، لوحظت ثلاث آليات للبحث عن المحفز بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) بدرجات متفاوتة: الانزلاق أحادي البعد، والنقل بين القطع (آليات الانتشار أحادي البعد)، والقفز (آلية الانتشار ثلاثي الأبعاد). [ 8 ] في حين أن مدى مساهمة كل آلية غير مؤكد، يبدو أن الآلية التي تعتمد على الانتشار ثلاثي الأبعاد تفوق الانتشار أحادي البعد في المختبر . ومع ذلك، نظرًا لوفرة الجزيئات الكبيرة الموجودة في الخلايا الحية، قد يُعاق الانتشار ثلاثي الأبعاد، مما يؤدي إلى مساهمة أكبر للانتشار أحادي البعد مقارنةً بما لوحظ في الدراسات المختبرية . [ 8 ]

تتوسط عوامل سيجما (σ) المختلفة ارتباط واستقرار بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) بموقع المحفز. يؤدي ارتباط RNAP بعامل سيجما إلى تكوين إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي الكامل، وهو الشكل "النشط" لـ RNAP البكتيري. [ 9 ] يؤدي ارتباط RNAP إلى تكوين معقد المحفز المغلق (RPc) الذي يجب أن يتحول لاحقًا إلى معقد المحفز المفتوح (RPo)، مما يحفز تكوين فقاعة النسخ. [ 9 ] يوجد نوعان رئيسيان من عوامل سيجما: σ54 و σ70 . [ 10 ] يرتبط σ54 بتسلسلات توافقية عند -12 و-24 من موقع بدء النسخ (TSS؛ +1)، ويستقطب RNAP لتكوين RPc مستقر نادرًا ما يتحول إلى RPo. في الوقت نفسه، تستقطب عوامل فئة σ70 إنزيم RNAP عند -10 و-35، مكونةً RPo تلقائيًا. يتم تجنيد عامل سيجما 70 بواسطة مُنشِّطات متنوعة تُعزز تكوين مُركَّب بوليميراز الحمض النووي الريبي (RPc). [ 10 ] بعد تكوُّن فقاعة النسخ، تنفصل عوامل سيجما عن مُركَّب الإنزيم الكامل، مما يسمح لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) بالتحرك على طول سلسلة قالب الحمض النووي لإكمال تخليق الحمض النووي الريبي بمفرده. [ 11 ] يحدث تقدم إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي بالتزامن مع إعادة لف الحمض النووي أحادي السلسلة في اتجاه 5' من الإنزيم وفك لف الحمض النووي ثنائي السلسلة في اتجاه 3' من الإنزيم، مما يؤدي إلى "حركة" فقاعة النسخ مع إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي. [ 12 ]

بنية ثلاثية الأبعاد دوارة لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي II في حقيقيات النوى، وهو ضروري لنسخ الحمض النووي الريبي الرسول (mRNA).

بدء عملية التحول في حقيقيات النوى

في حقيقيات النوى، يتم البحث عن مواقع لفتح فقاعات النسخ من خلال استقطاب عوامل النسخ العامة إلى منطقة المحفز وتكوين معقد ما قبل البدء (PIC). [ 13 ] بمجرد تكوّن معقد ما قبل البدء، ينفصل جزيء الحمض النووي المزدوج، مُشكِّلاً فقاعة النسخ. من بين الإنزيمات المشاركة، يرتبط بروتين ربط TATA (TBP) بصندوق TATA ويُسبب انحناء الحمض النووي مما يؤدي إلى انفصال منطقة المحفز. [ 14 ] يُعد نشاط الهيليكاز المعتمد على ATP لـ XPB، وهو وحدة فرعية من TFIIH، ضروريًا لفك جزيء الحمض النووي المزدوج وتكوين فقاعة النسخ بعد تكوّن معقد ما قبل البدء . [ 15 ] [ 16 ]

بعد فكّ حوالي 25 زوجًا قاعديًا من شريط الحمض النووي المزدوج، تبدأ عملية تخليق الحمض النووي الريبوزي (RNA) داخل منطقة فقاعة النسخ. [ 17 ] تنفكّ مناطق الحمض النووي أمام بوليميراز الحمض النووي الريبوزي II لتسهيل حركة الإنزيم، بينما تعود مناطق الحمض النووي خلفه إلى الالتفاف في الوقت نفسه لإعادة تشكيل الحلزون المزدوج بطريقة مشابهة لتلك الموجودة في بدائيات النوى. [ 11 ]

يُنفّذ إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) معظم خطوات دورة النسخ، وخاصةً في الحفاظ على فقاعة النسخ مفتوحةً لتكوين أزواج القواعد المُكمّلة . [ 18 ] تتطلب بعض خطوات دورة النسخ بروتينات إضافية، مثل مُركّب Rpb4/7 وعامل الاستطالة عامل النسخ IIS (TFIIS). [ 17 ]

بعد بدء التفاعل، يتحرك إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) باتجاه مجرى الحمض النووي الريبي القالب. وتتمثل النتيجة النهائية لكل خطوة من خطوات استطالة الحمض النووي الريبي في أن إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي يأخذ نيوكليوتيدًا ثلاثي الفوسفات ، ويطيل الحمض النووي الريبي الوليد بمقدار نيوكليوتيد واحد، وينتج أيون بيروفوسفات واحد (PPi). يُعد هذا التفاعل مُفضلاً من الناحية الطاقية ، حيث يبلغ تغير الطاقة الحرة فيه حوالي -5.6 كيلو كالوري/مول، مما يسمح لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي بالتحرك للأمام على طول قالبه المستهدف، والذي بدوره يُحرك الفقاعة للأمام أيضًا. [ 12 ]

إنهاء الخدمة

إنهاء بدائيات النوى

بنية حلقة الحمض النووي الريبي التي تحفز الإنهاء الداخلي المستقل عن عامل رو للنسخ في بكتيريا الإشريكية القولونية وغيرها من البكتيريا.

في بكتيريا الإشريكية القولونية ، وُجد أن عملية إنهاء النسخ عبر تفكك بوليميراز الحمض النووي الريبي تعتمد على 3 آليات محتملة: التفاعل بين البوليميراز وتسلسل الإنهاء الداخلي الموجود على حلقات الدبوس الشعري للحمض النووي الريبي المكتمل، ووجود عامل الإنهاء المعتمد على الحمض النووي الريبي Rho ، وناقل الحمض النووي المعتمد على ATP Mfd. [ 19 ]

أظهرت الدراسات أن تعطيل معقد النسخ RNAP-DNA بواسطة عامل الإنهاء Rho يُثبَّط طالما بقي الحمض النووي DNA الموجود في المنطقة المجاورة للحمض النووي DNA غير مزدوج. وبالتالي، فإن انفصال RNAP البكتيري عن DNA في عملية تعتمد على Rho يسبقه إعادة ارتباط DNA داخل المنطقة المجاورة للحمض النووي DNA ويعتمد عليها. [ 20 ]

أثناء عملية الإنهاء غير المعتمدة على عامل رو، يُسهم نسخ حلقة دبوس الشعر على الحمض النووي الريبوزي المكتمل، والتي تعمل كتسلسل إنهاء داخلي، في انهيار فقاعة النسخ. يتبع ذلك انفصال بوليميراز الحمض النووي الريبوزي عن قالب الحمض النووي وإعادة ارتباط خيوط الحمض النووي. [ 21 ] لا تتطلب هذه الطريقة من الإنهاء وجود فقاعة النسخ، حيث لوحظ في المختبر أن بوليميراز الحمض النووي الريبوزي في بكتيريا الإشريكية القولونية يُحرر نسخة الحمض النووي الريبوزي المكتملة عند استخدام قوالب الحمض النووي أحادية السلسلة. [ 22 ]

تؤثر عملية الإنهاء الثالثة، التي تشمل ناقل الحمض النووي Mfd، بشكل أساسي على فقاعات النسخ المتوقفة نتيجة لتلف الحمض النووي. يؤدي وجود Mfd في فقاعة النسخ إلى إجبار بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) على التحرك باتجاه المصب دون إضافة نيوكليوسيد ثلاثي الفوسفات، مما يحفز إعادة ارتباط الحمض النووي في فقاعة النسخ وانفصال كل من بوليميراز الحمض النووي الريبي والحمض النووي الريبي المتكون حديثًا. [ 23 ]

تُنظَّم عملية إنهاء النسخ في بكتيريا الإشريكية القولونية بواسطة مجموعة متنوعة من عوامل النسخ. أحد هذه العوامل هو NusG، وهو بروتين ريبوسومي يُحسِّن كفاءة الإنهاء المعتمد على Rho من خلال مساعدة Rho في التعرّف على تسلسلات الإنهاء. يُعدّ عمل NusG ضروريًا في الحالات التي يجب فيها إطلاق الحمض النووي الريبوزي (RNA) خلال فترة زمنية قصيرة. [ 24 ]

إنهاء حقيقيات النوى

يتطلب إنهاء النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي الأول (Pol I) في حقيقيات النوى عوامل إنهاء نسخ مشابهة لإنهاء النسخ المعتمد على عامل رو في بدائيات النوى. [ 25 ] في الفئران، تُكشف مُنهيات النسخ المتكررة المشفرة على الحمض النووي كمواقع ارتباط أحادية السلسلة لبروتين TTF-I بمجرد وصول فقاعة النسخ إليها. ثم يحفز المركب الناتج عن ارتباط مُنهي النسخ وTTF-I إطلاق النسخة. [ 26 ] يتم إنهاء بوليميراز الحمض النووي الريبي الثاني من خلال الارتباط المباشر لمركب قطع الطرف 3′ وإضافة ذيل عديد الأدينين (CPA) بالإنزيم، الذي يُطلق بدوره الحمض النووي الريبي المنسوخ. ويتم تحفيز استقطاب مركب CPA إلى فقاعة النسخ عن طريق نسخ إشارة عديد الأدينين على الحمض النووي الريبي الوليد. [ 27 ] [ 28 ]

في كلتا الحالتين، يحدث انقسام الحمض النووي الريبوزي (RNA) وإطلاقه قبل انفصال البوليميراز عن فقاعة النسخ. وبالتالي، تُحفظ سلامة فقاعة النسخ مؤقتًا بعد بدء عملية الإنهاء. [ 29 ] [ 27 ] وقد طُرح نموذجان لتفسير عملية انفصال البوليميراز بعد إطلاق الحمض النووي الريبوزي لكلا البوليميرازين. الأول هو نموذج الطوربيد ، حيث يستمر البوليميراز في تخليق الحمض النووي الريبوزي بعد إطلاق الحمض النووي الريبوزي الوليد. ثم يقوم نشاط الإكسونوكلياز بتحليل سلسلة الحمض النووي الريبوزي الجديدة، مما يُزعزع استقرار بوليميراز الحمض النووي الريبوزي ويؤدي إلى انفصاله عن فقاعة النسخ. [ 30 ] أما الآلية الثانية، وهي النموذج التغايري ، فتقترح أن نسخ تسلسل عديد الأدينين بالقرب من نهاية الحمض النووي الريبوزي الوليد يُسبب انفصالًا تدريجيًا لعوامل النسخ الأخرى عن فقاعة النسخ، مما يُسبب تأثيرًا متسلسلًا يؤدي في النهاية إلى انهيار فقاعة النسخ من خلال زعزعة استقرارها. [ 27 ]

أنظمة

تأثيرات تسلسل الحمض النووي والالتفاف الفائق

أظهرت محاكاة الديناميكا الجزيئية أن عمر فقاعة النسخ يعتمد على تسلسل الحمض النووي، وأن أعمار الفقاعات الأطول ترتبط بتسلسلات المحفز الأساسية الغنية بقواعد AT. [ 31 ] تسمح تفاعلات قواعد AT الأضعف بتكوين فقاعات النسخ نظرًا لانخفاض الطاقة اللازمة لفصل أزواج AT. [ 32 ] تؤثر حالة الالتفاف الفائق للحمض النووي بشكل كبير على كيفية تنظيم عمليات النسخ. يؤدي الالتفاف الفائق السلبي الذي يحدث قبل موقع بدء النسخ إلى فصل خيوط الحمض النووي، مما يؤدي إلى بدء عملية النسخ. [ 33 ] يُشكل الالتفاف الفائق الإيجابي أمام بوليميراز الحمض النووي الريبي حاجزًا يؤدي إلى توقف النسخ أثناء الاستطالة. [ 33 ] تعتمد إدارة إجهاد الالتفاف الفائق على إنزيمات، بما في ذلك إنزيم DNA gyrase وإنزيم topoisomerase. يُنشئ إنزيم DNA  gyrase التفافات فائقة سلبية بينما يُرخي الالتفافات الفائقة الإيجابية لإنشاء التوتر الحلزوني الفائق المطلوب لعملية نسخ فعالة. [ 34 ] يُرخي إنزيم topoisomerase I الالتفافات الفائقة السلبية، مما يحافظ على بنية الحمض النووي مناسبة لأنشطة النسخ. [ 34 ]

دور عوامل النسخ

تُعدّ عوامل النسخ العامة (GTFs) من نوع TFIIH عناصر أساسية لبدء عملية النسخ في الخلايا حقيقية النواة. وتُمكّن الوحدات الفرعية XPB وXPD من إنزيمات فك اللولب في TFIIH من فك لولب الحمض النووي DNA عبر عملية نقل الحمض النووي المزدوج، مما يُنتج مناطق أحادية السلسلة ضرورية لبدء عملية النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي II. أما عوامل سيجما في البكتيريا، فتُعدّ مكونات أساسية لتوجيه بوليميراز الحمض النووي الريبي نحو تسلسلات مُحفّزة مُحدّدة، مما يؤدي إلى تكوين فقاعة النسخ وبدء عملية النسخ . ويرتبط البروتين p53 بمناطق قريبة من المُحفّزات، مما يؤثر على استقرار فقاعة النسخ، ويُظهر تأثيرات مُختلفة على بدء عملية النسخ في مُحفّزات مُستهدفة مُختلفة . [ 35 ]

تؤثر مجموعة متنوعة من عوامل النسخ أيضًا على استقرار بدء عملية النسخ. يُعدّ DksA ضروريًا لتنظيم نسخ الحمض النووي الريبوزي (rRNA) . وقد وُجد أنه يُقلل من عمر النصف لمركب بوليميراز الحمض النووي الريبوزي (RNAP )، مما يُثبّط النسخ من مُحفّزات الحمض النووي الريبوزي ويُسبب عدم استقرار عملية النسخ. وبالمثل، فإن GreA وGreB عاملان متماثلان لهما تأثيرات مشابهة لـ DksA، وكلاهما معروف أيضًا بتقليل عمر النصف لمركب بوليميراز الحمض النووي الريبوزي. ومع ذلك، فقد تبيّن أن حذف GreA وGreB له تأثيرات طفيفة جدًا على نشاط مُحفّز الحمض النووي الريبوزي واستقرار عملية النسخ. [ 36 ]

النيوكليوسوم عند مُحسِّن مع أستلة H3K122، مما يعزز استرخاء الكروماتين لبدء النسخ

التعديلات اللاجينية وبنية الكروماتين

تؤثر التعديلات فوق الجينية بشكل كبير على بنية الكروماتين والنشاط النسخي. يؤدي أستلة الليسين 27 على الهيستون 3 (H3K27ac) إلى تكوين بنية نيوكليوسومية أقل استقرارًا، مما يُسهم في تكوين فقاعات النسخ الأساسية التي تبدأ عملية النسخ. [ 37 ] توجد علامة الأستلة بشكل رئيسي في المحفزات النشطة، بالإضافة إلى مناطق المُعززات، حيث تؤدي إلى زيادة النشاط النسخي. [ 38 ] يختلف التأثير النسخي لمثيلة منطقة المحفز باختلاف السياق المحدد والبروتينات المرتبطة به. يعمل مُركب SWI/SNF كمُعدِّل للكروماتين لتعديل مواقع النيوكليوسومات من خلال آليات تعتمد على ATP، والتي تعمل على إزالة النيوكليوسومات أو إعادة تموضعها للتحكم في وصول بوليميراز الحمض النووي الريبي وتنظيم معدلات النسخ. [ 39 ]

الاعتماد على درجة الحرارة

من المرجح أن يكون تكوين فقاعة النسخ واستمرارها مرتبطًا بدرجة الحرارة أيضًا: تشير تحليلات درجة الحرارة على الحمض النووي لبكتيريا الإشريكية القولونية إلى أن المركب يتشكل عند 37  درجة مئوية وينهار عند درجات حرارة أقل. قد تختلف هذه الدرجات باختلاف الأنواع. [ 40 ] بالإضافة إلى درجة الحرارة، يؤدي وجود أيونات المغنيسيوم (Mg2 + ) مع ارتفاع درجة الحرارة إلى فك التفاف فقاعات النسخ في اتجاه المصب حتى موضع القاعدة +2، وهو ما يرتبط ببدء تخليق الحمض النووي الريبوزي (RNA). [ 41 ] كما أن الذوبان المطول عند درجات حرارة أعلى يعزز استقرار الفقاعة خلال المراحل المبكرة من النسخ. [ 10 ]

دور في التعبير الجيني

في كل من حقيقيات النوى وبدائيات النوى، لوحظ وجود مواقع بدء نسخ متعددة ضمن نفس المحفز، وقد تبين أن ديناميكيات فقاعة النسخ - مثل التمدد ("الانكماش") ​​والتقلص ("التمدد") - تلعب دورًا في تحديد مواقع بدء النسخ المتغيرة هذه بالنسبة للموقع النشط لإنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي . [ 2 ] [ 42 ] وعلى هذا النحو، يلعب تركيب فقاعة النسخ دورًا في تنظيم التعبير الجيني من خلال التوسط في إنشاء نسخ مختلفة.

بنية الحمض النووي فائق الالتفاف. يُلاحظ الالتفاف الفائق نتيجة لفك الحمض النووي وإعادة التفافه في مقدمة ومؤخرة فقاعة النسخ.

يُعدّ انضغاط فقاعة النسخ ضروريًا لتحرر بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) من المحفز، وهي خطوة إلزامية لتحرير البوليميراز من المحفز لبدء استطالة النسخة. [ 2 ] قبل التحرر، يُجري البوليميراز عملية بدء غير مكتملة ، حيث يُصنّع شظايا قصيرة من الحمض النووي الريبي (RNA) يتراوح طولها بين 2 و9 نيوكليوتيدات تقريبًا دون أن يتحرك من موقع ارتباطه بالمحفز. يُعدّ انضغاط فقاعة النسخ ضروريًا لهذه العملية، للحفاظ على قواعد الحمض النووي (DNA) القالب في الموقع النشط للبوليميراز دون انتقاله. يزداد مدى انضغاط الفقاعة مع ازدياد حجم الحمض النووي الريبي. وبالتالي، لا يمكن أن تحدث استطالة النسخ إلا بعد أن يسمح انضغاط الفقاعة الكافي بتكوين منتج كبير بما يكفي من الحمض النووي الريبي (حوالي 10 نيوكليوتيدات) لتحفيز التحرر من المحفز. [ 43 ] تظهر انتفاخات الحمض النووي التي تُشكّل فقاعة النسخ في مواقع مختلفة على كل خيط. [ 44 ]

تُنتج فقاعة النسخ أيضًا التفافًا فائقًا للحمض النووي عند تكوين بوليميراز الحمض النووي الريبي (RPo)، وهي عملية معروفة بأهميتها في تنظيم الجينات. [ 45 ] يُولّد النسخ وحركة الفقاعة التفافًا فائقًا موجبًا (حلزون ملتف بشدة) أمام بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP) والتواءً فائقًا سالبًا (حلزون ملتف بشكل أقل) خلفه. وقد ثبت أن بنية الحمض النووي الملتفة بشدة حول فقاعة النسخ تُثبّط الاستطالة عندما يكون الإجهاد مرتفعًا للغاية. [ 46 ] وبالتالي، يجب أن تُدار عملية الالتفاف الفائق الناتجة عن عمليات الفقاعة بواسطة إنزيمات التوبويزوميراز . [ 45 ]

الأصول التطورية

افترض الباحثون أن أولى مواقع بدء تضاعف الحمض النووي (DNA) كانت محفزات لنطاقات 2-double-Ψ-β-barrel (2-DPBB) في بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNAP). بدأ التضاعف باستخدام بوليميرازات الحمض النووي الريبي من نوع 2-DPBB، متبوعًا بتخليق الحمض النووي بواسطة إنزيم النسخ العكسي ، مما يوفر أقدم الأمثلة المعروفة لفقاعات النسخ. [ 5 ] يمكن أن تعتمد بوليميرازات الحمض النووي الريبي من نوع 2-DPBB على قالب الحمض النووي الريبي أو الحمض النووي، مما يشير إلى أن هذه الإنزيمات، وبالتالي فقاعات النسخ، تطورت في عالم الحمض النووي الريبي حيث برزت جينومات الحمض النووي تدريجيًا. بالإضافة إلى ذلك، تمتلك كل من بوليميرازات الحمض النووي الريبي المعتمدة على الحمض النووي والحمض النووي الريبي حلقة تحفيزية وحلزون جسري، مما يعني أن آليات فقاعات النسخ هذه ذات أصول قديمة. [ 6 ]

من المرجح أن تكون بوليميرازات الحمض النووي الريبي من نوع 2-DPBB هي الآلية الأساسية لنسخ وتضاعف جينوم السلف المشترك الأخير (LUCA)، مما يشير إلى أن تباين البكتيريا والعتائق ناتج عن تطور مشترك مع بوليميرازات الحمض النووي الريبي من نوع 2-DPBB، ومحفزات بوليميراز الحمض النووي الريبي، وعوامل النسخ العامة لبوليميراز الحمض النووي الريبي (GTF). [ 5 ]   لوحظ أن محفزات البكتيريا محفزات قوية تتصل بالوحدات الفرعية σA لبوليميراز الحمض النووي الريبي، لكنها تفتقر إلى بروتين ربط TATA (TBP) وعامل النسخ E (TFE). هذا يدل على فقدان آلية فقاعة النسخ أثناء تباين البكتيريا. [ 6 ]

أثارت التسلسلات المتشابهة بين صندوقي Pribnow وTATA الموجودين في العتائق وحقيقيات النوى على التوالي تكهناتٍ بأن كلاهما كان لهما بنية محفزة مشتركة في السلف المشترك الأخير (LUCA) والتي تباعدت في مرحلة ما. وربما أثر تباعد المحفزات على التطور المشترك مع عوامل النسخ المتفاعلة، مما يشير إلى أن آليات فقاعات النسخ على الأرجح لها أصول مشتركة نابعة من السلف المشترك الأخير (LUCA). [ 5 ]

الأهمية الصيدلانية

نظراً لأهمية فقاعة النسخ في بدء عملية النسخ وانتشارها وإنهائها، فإن الإنزيمات المشاركة في الحفاظ على فقاعة النسخ تُعد أهدافاً قابلة للتطبيق للأدوية التي تعمل من خلال تنظيم التعبير الجيني. [ 8 ]

داكتينوميسين (أكتينوميسين د)

بنية داكتينوميسين (أكتينوميسين د)، وهو دواء كيميائي علاجي واسع الاستخدام يثبط النسخ عن طريق التداخل داخل فقاعات النسخ.

الداكتينوميسين عاملٌ قويٌّ مُقحمٌ ودواءٌ كيميائيٌّ يعمل عن طريق تثبيط تخليق الحمض النووي الريبوزي (RNA). يرتبط مباشرةً بالحمض النووي أحادي السلسلة في منطقة النسخ، وهي المنطقة التي يحدث فيها النسخ بنشاط. [ 47 ] عُزل لأول مرة عام 1940 على يد الكيميائيين سلمان أ. واكسمان وهـ . بويد وودروف من بكتيريا الستربتوميسيس ، ومنذ ذلك الحين أصبح معروفًا على نطاق واسع لاستخدامه في العلاج الكيميائي للسرطان لقدرته على استهداف الخلايا السرطانية وقتلها بشكلٍ انتقائي. [ 48 ] [ 49 ]

يتميز داكتينوميسين بتطبيقاته الواسعة وفعاليته السامة ضد طيف واسع من الكائنات الحية. وهو مبيد بكتيري فعال ، قادر على تثبيط نمو البكتيريا موجبة وسالبة الغرام ، مع الحاجة إلى تخفيفات أعلى لتحقيق نفس التأثيرات المضادة للبكتيريا. في حقيقيات النوى، يكون داكتينوميسين سامًا بشكل خاص للخلايا السرطانية، مما يجعله دواءً فعالًا للعلاج الكيميائي. [ 50 ] [ 51 ] يستطيع داكتينوميسين أن يندمج بين أزواج قواعد الحمض النووي المزدوج أو المفرد، مما يعطل بنيته الطبيعية. يرتبط الدواء بشكل أساسي ببقايا الجوانين والسيتوزين الموجودة على الحمض النووي المفرد المنفصل حديثًا في فقاعات النسخ. [ 47 ] يتداخل الدواء مع آلية تخليق الحمض النووي الريبوزي (RNA ) عند ارتباطه، مانعًا بذلك بوليميراز الحمض النووي الريبوزي من التحرك باتجاه النهاية 3'، وبالتالي يثبط استطالة الحمض النووي الريبوزي. ينتج عن ذلك نقص في تخليق الحمض النووي الريبوزي في الخلية المصابة، مما يؤدي إلى موت الخلية المبكر . [ 51 ]

إلى جانب استخدامه في الطب، فإن قدرة داكتينوميسين على تثبيط إنتاج الحمض النووي الريبي (RNA) تجعله أداة تجريبية فعالة لتحديد كمية الحمض النووي الريبي وتحليله. [ 52 ]

ريفامبيسين

الريفامبيسين مضاد حيوي واسع الاستخدام يستهدف بوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري، مما يثبط قدرته على تصنيع الحمض النووي الريبي. وهو فعال بشكل خاص ضد المتفطرة السلية ، البكتيريا المسببة لمرض السل ، ويُستخدم بشكل شائع في العلاج المركب للسل والعدوى البكتيرية الأخرى منذ عام 1965. [ 53 ] [ 54 ] يرتبط الريفامبيسين مباشرة بالوحدة الفرعية β لبوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري داخل فقاعة النسخ فور بدء عملية النسخ، مانعًا بذلك استطالة سلسلة الحمض النووي الريبي بعد النيوكليوتيدات القليلة الأولى. [ 55 ] لا يزال التطور المستمر لسلالات المتفطرة السلية المقاومة للريفامبيسين يمثل تحديات كبيرة لاستخدام هذا الدواء في علاج السل. جميع الطفرات المسجلة المسببة للمقاومة محصورة في تسلسل الوحدة الفرعية β لبوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري، وهو الموقع الذي يرتبط به الريفامبيسين فعليًا. [ 56 ] [ 57 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ موكوبي، فيث (23 أغسطس 2022). "نسخ الحمض النووي (تخليق الحمض النووي الريبي) - مقال، رسوم بيانية وفيديو" . microbenotes.com . تم الاطلاع عليه في 14 فبراير 2025 .
  2. 1 2 3 ريفياكين، أندريه؛ ليو، تشينيو؛ إبرايت، ريتشارد هـ.؛ ستريك، تيرينس ر. (17 نوفمبر 2006). "بدء التضاعف الفاشل والبدء الناجح بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي يتضمنان انضغاط الحمض النووي" . مجلة ساينس . 314 (5802): 1139-1143 . Bibcode : 2006Sci...314.1139R . doi : 10.1126/science.1131398 . ISSN 0036-8075 . PMC 2754787. PMID 17110577 .   
  3. ↑ مورس، كايتلين؛ سويردلو، سارة؛ أونال، إلتشين (2024). "إعادة تشكيل الكروماتين بواسطة Swi/SNF ينظم التداخل النسخي وكبت الجينات" . الخلية الجزيئية . 84 (16): 3080–3097.e9. bioRxiv 10.1101/2023.04.27.538572 . doi : 10.1016/j.molcel.2024.06.029 . PMID 39043178 .  
  4. ↑ أسفالج، روبن؛ ليبيديف، أنطون؛ غونزاليس، عمر غارسيا؛ شيلينغ، أدريان؛ كوخ، سيلفيا؛ إيبن، سيباستيان (28 سبتمبر 2012). "TFIIH هو عامل استطالة لبوليميراز الحمض النووي الريبي الأول" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (2): 650-659 . doi : 10.1093 / nar/gkr746 . ISSN 1362-4962 . PMC 3258137. PMID 21965540 .   
  5. ١ ٢ ٣ ٤ بيرتون، زاكاري ف.؛ أوبرون، كريستوفر؛ وي، غووي؛ غايغر، جيمس هـ. (٢ مارس ٢٠١٦). " نموذج لنشأة أنظمة النسخ" . النسخ . ٧ (١): ١-١٣ . doi : 10.1080/21541264.2015.1128518 . ISSN 2154-1264 . PMC 4802759. PMID 26735411 .   
  6. 1 2 3 لي، لي؛ بيرتون، زاكاري ف. (5 مايو 2021). "التطور المبكر لأنظمة النسخ وتباين العتائق والبكتيريا" . مجلة فرونتيرز في العلوم البيولوجية الجزيئية . 8 651134. doi : 10.3389/fmolb.2021.651134 . ISSN 2296-889X . PMC 8131849. PMID 34026831 .   
  7. ↑ بنسود، أوليفييه (1 مايو 2011). "تثبيط النسخ في حقيقيات النوى. أي مركب نختار؟ كيف نقيم فعاليته؟" . النسخ . 2 ( 3): 103-108 . doi : 10.4161/trns.2.3.16172 . ISSN 2154-1264 . PMC 3173647. PMID 21922053 .   
  8. دانكولوانيتش ، مانشوتا؛ إيشيباشي ، تويوتاكا؛ بينتو، لاكراميوارا؛ بوستامانتي، كارلوس (26 مارس 2014). "الآليات الجزيئية للنسخ من خلال تجارب الجزيء المفرد" . مراجعات كيميائية . 114 ( 6 ) : 3203-3223 . doi : 10.1021/cr400730x . ISSN 0009-2665 . PMC 3983126. PMID 24502198 .   
  9. 1 2 لوديش، هارفي ف. (أبريل 2016). بيولوجيا الخلية الجزيئية . ماكميلان ليرنينج. ISBN 978-1-4641-8339-3. OCLC 1003278428 . 
  10. 1 2 3 غلايد، روبرت؛ يي، فوتشو؛ دارباري، فيديا تشاندرا؛ تشانغ، نان؛ باك، مارتن؛ تشانغ، شياودونغ (6 يوليو 2017). "تكشف بنى معقدات بوليميراز الحمض النووي الريبي المغلقة والوسيطة عن آليات فتح الحمض النووي وبدء النسخ" . الخلية الجزيئية . 67 (1): 106-116.e4. doi : 10.1016/j.molcel.2017.05.010 . ISSN 1097-4164 . PMC 5505868. PMID 28579332 .   
  11. 1 2 ألبرتس، بروس؛ جونسون، ألكسندر؛ لويس، جوليان؛ مورغان، ديفيد؛ راف، مارتن؛ روبرتس، كيث؛ والتر، بيتر (2015). ويلسون، جون؛ هانت، تيم (محررون). البيولوجيا الجزيئية للخلية ( الطبعة السادسة). جارلاند ساينس. الصفحات 306-307 . doi : 10.1201/9781315735368 . ISBN   978-1-315-73536-8.
  12. 1 2 زو، يوهونغ؛ وستيتز، توماس أ. (1 يناير 2017). "نموذج حركي قائم على البنية لعملية النسخ" . النسخ . 8 ( 1): 1-8 . doi : 10.1080/21541264.2016.1234821 . ISSN 2154-1264 . PMC 5279718. PMID 27656764 .   
  13. ↑ هابرلي، فانيا؛ ستارك، ألكسندر (أكتوبر 2018). "المحفزات الأساسية في حقيقيات النوى والأساس الوظيفي لبدء النسخ" . مجلة Nature Reviews Molecular Cell Biology . 19 (10): 621–637 . Bibcode : 2018NRMCB..19..621H . doi : 10.1038/s41580-018-0028-8 . ISSN 1471-0080 . PMC 6205604. PMID 29946135 .   
  14. ↑ بورلي، إس كيه (6 فبراير 1996). "بروتين ربط صندوق تاتا". الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 6 (1): 69-75 . doi : 10.1016/s0959-440x(96)80097-2 . ISSN 0959-440X . PMID 8696975 .  
  15. ↑ إيغلي، جان مارك؛ كوين، فريدريك (15 يوليو 2011). "تاريخ TFIIH: عقدان من البيولوجيا الجزيئية حول عامل النسخ/الإصلاح المحوري". إصلاح الحمض النووي . 10 (7): 714-721 . doi : 10.1016/j.dnarep.2011.04.021 . ISSN 1568-7856 . PMID 21592869 .  
  16. ↑ كومب، إيمانويل؛ إيغلي، جان مارك (10 مايو 2012). "TFIIH: عندما التقت عملية النسخ بإصلاح الحمض النووي". مراجعات الطبيعة. بيولوجيا الخلية الجزيئية . 13 (6): 343-354 . doi : 10.1038/nrm3350 . ISSN 1471-0080 . PMID 22572993 .  
  17. 1 2 كريمر، باتريك (1 يناير 2004). "بنية ووظيفة بوليميراز الحمض النووي الريبي II" . البروتينات في النسخ حقيقيات النوى . المجلد 67. دار النشر الأكاديمية. الصفحات 1-42 . doi : 10.1016/s0065-3233(04)67001-x . ISBN   978-0-12-034267-9PMID 14969722. تم الاطلاع عليه بتاريخ 30 سبتمبر 2019 . {{cite book}}تم |journal=تجاهله ( مساعدة )
  18. ↑ كلارك، ديفيد ب.؛ بازديرنيك، نانيت ج. (1 يناير 2016)، "الفصل 2 - الحمض النووي DNA، والحمض النووي الريبي RNA، والبروتين" ، في كلارك، ديفيد ب.؛ بازديرنيك، نانيت ج. (محرران)، التكنولوجيا الحيوية (الطبعة الثانية) ، أكاديميك سيل، ص 33-61 ، doi : 10.1016/b978-0-12-385015-7.00002-8 ، ISBN  978-0-12-385015-7تم الاطلاع عليه بتاريخ 30 سبتمبر 2019
  19. ↑ روبرتس، جيفري و. (20 سبتمبر 2019). "آليات إنهاء النسخ البكتيري" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . يصل بوليميراز الحمض النووي الريبي إلى 60. 431 (20): 4030-4039 . doi : 10.1016/j.jmb.2019.04.003 . ISSN 0022-2836 . PMID 30978344 .  
  20. ↑ بارك، جو-سوب؛ روبرتس، جيفري و. (28 مارس 2006). "دور إعادة لف فقاعة الحمض النووي في إنهاء النسخ الإنزيمي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 103 (13): 4870-4875 . Bibcode : 2006PNAS..103.4870P . doi : 10.1073/pnas.0600145103 . PMC 1405909. PMID 16551743 .  
  21. ↑ رايدر، أندرو م.؛ روبرتس، جيفري و. (21 نوفمبر 2003). "دور الشريط غير القالب لفقاعة الاستطالة في إنهاء النسخ الذاتي" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 334 (2): 205-213 . doi : 10.1016/j.jmb.2003.09.039 . ISSN 0022-2836 . PMID 14607113 .  
  22. ↑ أبتين، إس إم؛ تشامبرلين، إم جيه (9 ديسمبر 1997). "إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبي في الإشريكية القولونية ينهي عملية النسخ بكفاءة عند مواقع الإنهاء المستقلة عن عامل رو على قوالب الحمض النووي أحادي السلسلة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 94 (25): 13548-13553 . رمز Bibcode : 1997PNAS...9413548U . doi : 10.1073 / pnas.94.25.13548 . ISSN 0027-8424 . PMC 28343. PMID 9391063 .   
  23. ↑ راي-سوني، أنانيا؛ بيلكورت، مايكل جيه؛ لانديك، روبرت (2016). "آليات إنهاء النسخ البكتيري: لكل شيء نهاية" . المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 85 : 319-347 . doi : 10.1146/annurev-biochem-060815-014844 . ISSN 0066-4154 . PMID 27023849 .  
  24. ^ سين ، رانجان. تشاليسيري، جيشا؛ متعب، غزالة (18 يناير 2008). "العوامل المسببة لبكتيريا الإشريكية القولونية" . إيكو سال بلس . 3 (1) 10.1128/ecosalplus.4.5.3.1. دوى : 10.1128/ecosalplus.4.5.3.1 . بميد 26443730 . 
  25. ↑ لوديش، هارفي ف.، محرر. (2013). بيولوجيا الخلية الجزيئية ( الطبعة السابعة). نيويورك: دبليو إتش فريمان وشركاه. ISBN  978-1-4292-3413-9. OCLC 171110915 . 
  26. ↑ نيميث، أتيلا؛ بيريز-فرنانديز، خورخي؛ ميركل، فيليب؛ هامبرل، ستيفان؛ جيربر، يوشين؛ غريزنبيك، يواكيم؛ تشوخنر، هربرت (1 مارس 2013). "إنهاء بوليميراز الحمض النووي الريبي الأول: أين النهاية؟" . مجلة بيوشيميكا وبيوفيزيكا أكتا (BBA) - آليات تنظيم الجينات . النسخ بواسطة بوليميرازات الحمض النووي الريبي الفردية. 1829 (3): 306-317 . doi : 10.1016/j.bbagrm.2012.10.007 . ISSN 1874-9399 . PMID 23092677 .  
  27. 1 2 3 ريتشارد، باتريشيا؛ مانلي، جيمس ل. (1 يونيو 2009). "إنهاء النسخ بواسطة بوليميرازات الحمض النووي الريبي النووي" . الجينات والتطور . 23 (11): 1247-1269 . doi : 10.1101/gad.1792809 . ISSN 0890-9369 . PMC 2763537. PMID 19487567 .   
  28. ↑ براودفوت، نيك ج. (10 يونيو 2016). " إنهاء النسخ في الثدييات: إيقاف هرم بوليميراز الحمض النووي الريبي II" . مجلة ساينس . 352 (6291) aad9926. doi : 10.1126/science.aad9926 . PMC 5144996. PMID 27284201 .  
  29. ↑ داي، مايكل جيه؛ براودفوت، نيك جيه (1 يونيو 2001). "يسبق انقسام النسخ المتعدد إطلاق البوليميراز في إنهاء النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي II" . الخلية . 105 (5): 669-681 . doi : 10.1016/S0092-8674(01)00372-5 . ISSN 0092-8674 . PMID 11389836 .  
  30. ↑ كيم، مينكيو؛ كروغان، نيفان جيه؛ فاسيليفا، ليديا؛ راندو، أوليفر جيه؛ نيديا، إدوارد؛ غرينبلات، جاك إف؛ بوراتوفسكي، ستيفن (15 يونيو 2004). "إنزيم الإكسونوكلياز Rat1 في الخميرة يعزز إنهاء النسخ بواسطة بوليميراز الحمض النووي الريبي II" . مجلة نيتشر . 432 (7016): 517-522 . Bibcode : 2004Natur.432..517K . doi : 10.1038/nature03041 . ISSN 1476-4687 . PMID 15565157 .  
  31. ↑ هيلبراند، م.؛ كالوساكاس، ج.؛ سكوكوس، ش.؛ بيشوب، أ.ر. (8 ديسمبر 2020). "توزيعات أعمار الفقاعات وأطوالها في الحمض النووي" . مجلة Physical Review E. 102 ( 6) 062114. arXiv : 2008.08841 . Bibcode : 2020PhRvE.102f2114H . doi : 10.1103/PhysRevE.102.062114 . ISSN 2470-0045 . PMID 33465959 .  
  32. ↑ كوالسكي، د.؛ إيدي، م. ج. (20 ديسمبر 1989). "عنصر فك التفاف الحمض النووي: مكون جديد يعمل في نفس الموقع ويسهل فتح منشأ تضاعف الحمض النووي في بكتيريا الإشريكية القولونية" . مجلة EMBO . 8 (13): 4335-4344 . doi : 10.1002/j.1460-2075.1989.tb08620.x . ISSN 0261-4189 . PMC 401646. PMID 2556269 .   
  33. 1 2 نوتون، كاثرين؛ أفلونيتيس، نيكولاوس؛ كورليس، صموئيل؛ بريندرغاست، جيمس ج.؛ ماتي، يوليا ك.؛ إيك، بول ب.؛ كوكروفت، سكوت ل.؛ برادلي، مارك؛ يلسترا، باوك؛ جيلبرت، نيك (مارس 2013). "يشكل النسخ ويعيد تشكيل نطاقات الالتفاف الفائق التي تكشف عن هياكل الكروماتين واسعة النطاق" . مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 20 (3): 387-395 . doi : 10.1038/nsmb.2509 . ISSN 1545-9985 . PMC 3689368. PMID 23416946 .   
  34. 1 2 شوفلر، ألين جيه؛ بيرغر، جيمس إم. (فبراير 2008). "إنزيمات توبويزوميراز الحمض النووي: تسخير الطاقة وتقييدها للتحكم في بنية الكروموسوم". المراجعات الفصلية للفيزياء الحيوية . 41 (1): 41-101 . Bibcode : 2008QRBio..41...41S . doi : 10.1017/S003358350800468X . ISSN 0033-5835 . PMID 18755053 .  
  35. ↑ موراكيس، خوسيه م.؛ مورافسكي، كريستوفر م.؛ إيمرسون، بيفرلي م. (15 يناير 2010). "تنظيم الاستجابة النسخية للبروتين p53 بواسطة محفزات أساسية متنوعة بنيويًا" . الجينات والتطور . 24 (2): 135-147 . doi : 10.1101/gad.1856710 . ISSN 1549-5477 . PMC 2807349. PMID 20040571 .   
  36. ↑ روثرفورد، ستيفن ت.؛ ليمكي، جاستن ج.؛ فرينتاس، كاثرين إي.؛ غال، تاماس؛ روس، ويلما؛ غورس، ريتشارد ل. (2 مارس 2007). "تأثيرات DksA وGreA وGreB على بدء النسخ: رؤى حول آليات العوامل التي ترتبط بالقناة الثانوية لبوليميراز الحمض النووي الريبي" . مجلة البيولوجيا الجزيئية . 366 (4): 1243-1257 . doi : 10.1016/j.jmb.2006.12.013 . ISSN 0022-2836 . PMC 1839928. PMID 17207814 .   
  37. ↑ كو، إم إتش؛ أليس، سي دي (نوفمبر 1999). "الربط المتقاطع والترسيب المناعي في الجسم الحي لدراسة ارتباطات البروتين بالحمض النووي الديناميكية في بيئة الكروماتين". طرق . 19 (3): 425-433 . doi : 10.1006/meth.1999.0879 . ISSN 1046-2023 . PMID 10579938 .  
  38. ↑ فينكاتيش، سواميناثان؛ وركمان، جيري ل. (مارس 2015). "تبادل الهيستون، وبنية الكروماتين، وتنظيم النسخ" . مجلة نيتشر ريفيوز لعلم الأحياء الخلوي الجزيئي . 16 (3): 178-189 . Bibcode : 2015NRMCB..16..178V . doi : 10.1038/nrm3941 . ISSN 1471-0080 . PMID 25650798 .  
  39. ↑ كيرنز، برادلي ر. (10 سبتمبر 2009). "منطق بنية الكروماتين وإعادة تشكيله عند المحفزات". مجلة نيتشر . 461 (7261): 193-198 . Bibcode : 2009Natur.461..193C . doi : 10.1038/nature08450 . ISSN 1476-4687 . PMID 19741699 .  
  40. ↑ تشيرناينكو، فلاديمير؛ هالفورسون، هربرت ر.؛ كاشليف، ميخائيل؛ لوتر، ليونارد س. (1 فبراير 2008). "تكوين فقاعات الحمض النووي في بدء النسخ" . الكيمياء الحيوية . 47 (7): 1871-1884 . doi : 10.1021/bi701289g . ISSN 0006-2960 . PMID 18205393 .  
  41. ↑ زايتشيكوف، يفغيني؛ دينيسوفا، لودميلا؛ ماير، توماس؛ غوت، ماتياس؛ هيومان، هيرمان (24 يناير 1997). "تأثير أيونات المغنيسيوم (Mg2+) ودرجة الحرارة على تكوين فقاعة النسخ*" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 272 ​​(4): 2259-2267 . doi : 10.1074/jbc.272.4.2259 . ISSN 0021-9258 . PMID 8999932 .  
  42. ↑ وينكلمان، جاريد ت.؛ فيدينسكايا، إيرينا أ.؛ تشانغ، يوانتشاو؛ تشانغ، يو؛ بيرد، جيريمي ج.؛ تايلور، ديان م.؛ غورس، ريتشارد ل.؛ إبرايت، ريتشارد هـ.؛ نيكلز، برايس إي. (4 مارس 2016). " الربط المتقاطع المتعدد للبروتين-الحمض النووي: التكتل في اختيار موقع بدء النسخ" . مجلة ساينس . 351 (6277): 1090-1093 . Bibcode : 2016Sci...351.1090W . doi : 10.1126/science.aad6881 . PMC 4797950. PMID 26941320 .  
  43. ↑ دارست، سيث (1 أبريل 2001). "بوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري" . الرأي الحالي في البيولوجيا التركيبية . 11 (2): 155-162 . doi : 10.1016/S0959-440X(00)00185-8 . ISSN 0959-440X . PMID 11297923 .  
  44. ↑ وينكلمان، جاريد ت.؛ وينكلمان، برادفورد ت.؛ بويس، جوليان؛ مالوني، مايكل ف.؛ تشين، ألبرت ي.؛ روس، ويلما؛ جورس، ريتشارد ل. (3 سبتمبر 2015). "رسم خرائط الروابط المتشابكة بدقة الأحماض الأمينية والقواعد يكشف مسار الحمض النووي المضغوط في المركبات النسخية الأولية" . الخلية الجزيئية . 59 (5): 768-780 . doi : 10.1016/j.molcel.2015.06.037 . ISSN 1097-4164 . PMC 4561013. PMID 26257284 .   
  45. 1 2 ما، جي؛ وانغ، ميشيل د. (1 نوفمبر 2016). " التفاف الحمض النووي الفائق أثناء النسخ" . مراجعات الفيزياء الحيوية . 8 (1): 75-87 . doi : 10.1007/s12551-016-0215-9 . ISSN 1867-2469 . PMC 5338639. PMID 28275417 .   
  46. ↑ نوتون، كاثرين؛ أفلونيتيس، نيكولاوس؛ كورليس، صموئيل؛ بريندرغاست، جيمس ج.؛ ماتي، يوليا ك.؛ إيك، بول ب.؛ كوكروفت، سكوت ل.؛ برادلي، مارك؛ يلسترا، باوك؛ جيلبرت، نيك (17 فبراير 2013). "يشكل النسخ ويعيد تشكيل نطاقات الالتفاف الفائق التي تكشف عن هياكل الكروماتين واسعة النطاق" . مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 20 (3): 387-395 . doi : 10.1038/nsmb.2509 . ISSN 1545-9985 . PMC 3689368. PMID 23416946 .   
  47. 1 2 بيري، روبرت ب.؛ كيلي، دون إي. (1970). "تثبيط تخليق الحمض النووي الريبي بواسطة أكتينوميسين د: استجابة الجرعة المميزة لأنواع مختلفة من الحمض النووي الريبي" . مجلة علم وظائف الخلايا . 76 (2): 127-139 . doi : 10.1002/jcp.1040760202 . ISSN 1097-4652 . PMID 5500970 .  
  48. ↑ ويلر، جلين ب.؛ بينيت، إل إل (1 أبريل 1962). "دراسات متعلقة بآلية عمل أكتينوميسين د" . علم الأدوية الكيميائية الحيوية . 11 (4): 353-370 . doi : 10.1016/0006-2952(62)90057-6 . ISSN 0006-2952 . PMID 14006444 .  
  49. ↑ هولشتاين، أولريش (1 ديسمبر 1974). "أكتينوميسين: الكيمياء وآلية العمل" . المراجعات الكيميائية . 74 (6): 625-652 . doi : 10.1021/cr60292a002 . ISSN 0009-2665 . 
  50. ↑ واكسمان، سلمان أ.؛ وودروف، هـ. بويد (1 نوفمبر 1940). "مواد مثبطة للبكتيريا وقاتلة لها تنتجها بكتيريا أكتينوميسيس التربة.*" . وقائع جمعية البيولوجيا التجريبية والطب . 45 (2): 609-614 . Bibcode : 1940ExpBM..45..609W . doi : 10.3181/00379727-45-11768 . ISSN 0037-9727 . 
  51. لاي ، وي إس.؛ أرفولا، رينيه إم.؛ غولدستروم، آرون سي.؛ بلاكشير، بيري جيه. (15 فبراير 2019). "تثبيط النسخ في خلايا الحيوانات متعددة الخلايا المستزرعة باستخدام أكتينوميسين د لمراقبة معدل دوران الحمض النووي الريبوزي الرسول" . طرق . 155 : 77-87 . doi : 10.1016/j.ymeth.2019.01.003 . ISSN 1046-2023 . PMC 6392460. PMID 30625384 .   
  52. ↑ فيلهينا، سي.؛ بيتينكورت، أ. (1 مارس 2012). "دابتوميسين: مراجعة للخصائص، والاستخدام السريري، وإيصال الدواء، والمقاومة" . مراجعات موجزة في الكيمياء الطبية . 12 (3): 202-209 . doi : 10.2174/1389557511209030202 . ISSN 1389-5575 . PMID 22356191 .  
  53. ^ جروبيلار ، ميلاني. لو، غيل E.؛ سامبسون، سامانثا L.؛ فان هيلدن، بول د.؛ دونالد، بيتر ر. وارن ، روبن م. (1 أكتوبر 2019). "تطور علاج الريفامبيسين لمرض السل" . العدوى وعلم الوراثة والتطور . 74 103937. بيب كود : 2019InfGE..7403937G . دوى : 10.1016/j.meegid.2019.103937 . ISSN 1567-1348 . بميد 31247337 .  
  54. ↑ أبوالفتحي، أحمد عليو؛ ديكلويت، اريك H.؛ سفينسون، إلين م.؛ دياكون، أندرياس ه.؛ دونالد، بيتر؛ رويترز ، هيلموث (1 سبتمبر 2019). "الحركية الدوائية السريرية والديناميكا الدوائية للريفامبيسين في مرض السل البشري" . الحركية الدوائية السريرية . 58 (9): 1103-1129 . دوى : 10.1007 / s40262-019-00764-2 . ISSN 1179-1926 . بميد 31049868 .  
  55. ↑ كامبل، إليزابيث أ.؛ كورزيفا، ناتاليا؛ موستاييف، أركادي؛ موراكامي، كاتسوهيكو؛ ناير، ساتيش؛ غولدفراب، أليكس؛ دارست، سيث أ. (مارس 2001). "الآلية البنيوية لتثبيط الريفامبيسين لبوليميراز الحمض النووي الريبي البكتيري" . الخلية . 104 (6): 901-912 . doi : 10.1016/S0092-8674(01)00286-0 . PMID 11290327 . 
  56. ↑ تيلينتي، أ؛ إمبودن، ب؛ ماركيزي، ف؛ ماتر، ل؛ شوبفر، ك؛ بودمر، ت؛ لوري، د؛ كولستون، م. ج؛ كول، س (13 مارس 1993). "الكشف عن طفرات مقاومة الريفامبيسين في المتفطرة السلية" . مجلة لانسيت . نُشرت أصلاً في المجلد 1، العدد 8846. 341 (8846): 647-651 . doi : 10.1016/0140-6736(93)90417-F . ISSN 0140-6736 . PMID 8095569 .  
  57. ^ تانيجوتشي، هاتسومي؛ أراماكي، هيرونوري؛ نيكايدو، يوشيهيكو؛ ميزوغوتشي، ياسو؛ ناكامورا، ماساهيرو؛ كوجا، توشيهيكو؛ يوشيدا ، شين إيتشي (أكتوبر 1996). "مقاومة الريفامبيسين وتحور جين rpoB في المتفطرة السلية" . رسائل علم الأحياء الدقيقة FEMS . 144 (1): 103– 108. دوى : 10.1111/j.1574-6968.1996.tb08515.x . بميد 8870258 .