الحمض النووي الريبوزي 16S

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 2 صور
الموسوعة الحرة
التركيب الجزيئي للوحدة الفرعية 30S من بكتيريا Thermus thermophilus . تظهر البروتينات باللون الأزرق، بينما يظهر شريط الحمض النووي الريبي المفرد بلون برتقالي-بني باهت. [ 2 ]

يُعدّ الحمض النووي الريبوزي 16S (أو 16S rRNA ) المكون الحمضي النووي الريبوزي للوحدة الفرعية 30S من الريبوسوم بدائي النواة ( SSU rRNA ). ويرتبط بتسلسل شاين-دالغارنو ، ويُشكّل معظم بنية الوحدة الفرعية SSU.

تُعرف الجينات المسؤولة عن ترميز هذا الجين بجينات 16S rRNA ، وتُستخدم في إعادة بناء السلالات التطورية نظرًا لبطء معدل تطور هذه المنطقة من الجين. [ 3 ] كان كارل ووز وجورج إي. فوكس من أوائل من استخدموا جين 16S rRNA في علم الوراثة العرقي عام 1977. [ 4 ] قد توجد تسلسلات متعددة من جين 16S rRNA داخل بكتيريا واحدة . [ 5 ]

مصطلحات

يشير الرمز 16S إلى حجم هذه الوحدات الفرعية للريبوسوم، والذي ينعكس بشكل غير مباشر في سرعة ترسبها عند طرد العينات مركزياً. وبالتالي، فإن 16S تعني 16 وحدة سفيدبيرغ .

الوظائف

برايمرات عالمية

يُستخدم جين 16S rRNA في الدراسات التطورية [ 7 ] نظرًا لحفظه العالي بين أنواع مختلفة من البكتيريا والعتائق. [ 8 ] وقد كان كارل ووز رائدًا في استخدام 16S rRNA عام 1977. [ 3 ] ويُقترح استخدام جين 16S rRNA كساعة جزيئية موثوقة ، إذ أظهرت تسلسلات 16S rRNA من سلالات بكتيرية متباعدة وظائف متشابهة. [ 9 ] تحتوي بعض العتائق المحبة للحرارة (مثل رتبة Thermoproteales ) على إنترونات في جين 16S rRNA تقع في مناطق محفوظة للغاية، ويمكن أن تؤثر على ارتباط البادئات "العالمية" . [ 10 ] كما يتم تضخيم rRNA الميتوكوندري والبلاستيدي . [ 11 ]

تم ابتكار زوج البادئات الأكثر شيوعًا بواسطة وايزبرغ وآخرون (1991) [ 7 ] ، ويُشار إليه حاليًا بالرمزين 27F و1492R؛ ومع ذلك، قد تكون هناك حاجة إلى مُضخّمات أقصر في بعض التطبيقات ، على سبيل المثال، في تسلسل 454 باستخدام كيمياء التيتانيوم، يُستخدم زوج البادئات 27F-534R الذي يُغطي المناطق من V1 إلى V3. [ 12 ] غالبًا ما يُستخدم 8F بدلًا من 27F. البادئتان متطابقتان تقريبًا، لكن 27F يحتوي على M بدلًا من C. AGAGTTTGATC M TGGCTCAG مقارنةً بـ 8F. [ 13 ]

اسم تمهيديالتسلسل (5 ′ –3 ′ )المرجع.
8FAGA GTT TGA TCC TGG CTC AG[ 14 ] [ 15 ]
27 فهرنهايتAGA GTT TGA TC M TGG CTC AG[ 13 ]
336RACT GCT GCS YCC CGT AGG AGT CT[ 16 ]
337 فهرنهايتGAC TCC TAC GGG AGG CWG CAG[ 17 ]
518Rجي تي أي تي تي أي سي سي جي سي جي جي سي تي جي سي تي جي جي
533 فهرنهايتGTG CCA GCM GCC GCG GTA A
785 فهرنهايتGGA TTA GAT ACC CTG GTA
806RGGA CTA CVS GGG TAT CTA AT[ 18 ] [ 19 ]
907RCCG TCA ATT CCT TTR AGT TT
928 فهرنهايتTAA AAC TYA AAK GAA TTG ACG GG[ 16 ]
1100 فهرنهايتYAA CGA GCG CAA CCC
1100RGGG TTG CGC TCG TTG
U1492RGGT TAC CTT GTT ACG ACT T[ 14 ] [ 15 ]
1492RCGG TTA CCT TGT TAC GAC TT[ 20 ]

تطبيقات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) وتقنية التسلسل الجيني من الجيل التالي (NGS)

إضافةً إلى مواقع ارتباط البادئات المحفوظة للغاية، تحتوي تسلسلات جين 16S rRNA على مناطق شديدة التغير تُوفر تسلسلات مميزة خاصة بالأنواع، مما يُفيد في تحديد البكتيريا. [ 21 ] [ 22 ] ونتيجةً لذلك، أصبح تسلسل جين 16S rRNA شائعًا في علم الأحياء الدقيقة الطبية كبديل سريع وغير مكلف للطرق الظاهرية لتحديد البكتيريا. [ 23 ] على الرغم من استخدامه في الأصل لتحديد البكتيريا، فقد وُجد لاحقًا أن تسلسل 16S قادر على إعادة تصنيف البكتيريا إلى أنواع جديدة تمامًا ، [ 24 ] أو حتى أجناس جديدة . [ 7 ] [ 25 ] كما استُخدم أيضًا لوصف أنواع جديدة لم يسبق استزراعها بنجاح. [ 26 ] [ 27 ] مع انتشار تقنيات التسلسل من الجيل الثالث في العديد من المختبرات، أصبح من الممكن تحديد آلاف تسلسلات 16S rRNA في غضون ساعات، مما يسمح بإجراء دراسات الميتاجينوم ، على سبيل المثال، دراسة فلورا الأمعاء . [ 28 ] في العينات المأخوذة من المرضى المصابين بعدوى مؤكدة، أظهر تسلسل الجيل التالي للحمض النووي الريبوزي 16S (NGS) تحسناً في الكشف في 40% من الحالات مقارنة بطرق الزرع التقليدية؛ علاوة على ذلك، لم يؤثر تناول المضادات الحيوية قبل أخذ العينات بشكل كبير على حساسية تسلسل الجيل التالي للحمض النووي الريبوزي 16S. [ 29 ]

المناطق شديدة التغير

يحتوي جين 16S البكتيري على تسع مناطق شديدة التغير (V1-V9)، يتراوح طولها بين 30 و100 زوج قاعدي تقريبًا ، وتشارك في البنية الثانوية للوحدة الفرعية الصغيرة للريبوسوم . [ 30 ] يتباين مستوى الحفظ بشكل كبير بين هذه المناطق، حيث ترتبط المناطق الأكثر حفظًا بتصنيفات أعلى، بينما ترتبط المناطق الأقل حفظًا بتصنيفات أدنى، مثل الجنس والنوع. [ 31 ] على الرغم من أن تسلسل 16S الكامل يسمح بمقارنة جميع المناطق شديدة التغير، إلا أن طوله الذي يبلغ حوالي 1500 زوج قاعدي قد يكون مكلفًا للغاية بالنسبة للدراسات التي تسعى إلى تحديد أو توصيف مجتمعات بكتيرية متنوعة. [ 31 ] تستخدم هذه الدراسات عادةً منصة Illumina ، التي تنتج قراءات بتكلفة أقل بـ 50 ضعفًا و12000 ضعف من تقنيتي التسلسل الناري 454 وتسلسل سانجر ، على التوالي. [ 32 ] على الرغم من أن تقنية تسلسل Illumina أرخص وتتيح تغطية أوسع للمجتمع، إلا أنها لا تنتج سوى قراءات يتراوح طولها بين 75 و250 زوجًا قاعديًا (تصل إلى 300 زوج قاعدي مع Illumina MiSeq)، ولا يوجد بروتوكول مُعتمد لتجميع الجين الكامل بشكل موثوق في عينات المجتمع. [ 33 ] مع ذلك، يمكن تجميع المناطق شديدة التغير بالكامل من عملية تشغيل واحدة لتقنية Illumina، مما يجعلها أهدافًا مثالية لهذه المنصة. [ 33 ]

على الرغم من أن المناطق شديدة التغير في جين 16S قد تختلف اختلافًا كبيرًا بين البكتيريا، إلا أن جين 16S ككل يحافظ على تجانس أكبر في الطول مقارنةً بنظيره في حقيقيات النوى ( الحمض النووي الريبوزي 18S )، مما يُسهّل عملية المحاذاة . [ 34 ] بالإضافة إلى ذلك، يحتوي جين 16S على تسلسلات محفوظة للغاية بين المناطق شديدة التغير، مما يُتيح تصميم بادئات شاملة قادرة على إنتاج نفس أجزاء تسلسل 16S بشكل موثوق عبر مختلف التصنيفات . [ 35 ] مع أنه لا توجد منطقة شديدة التغير قادرة على تصنيف جميع البكتيريا بدقة من النطاق إلى النوع، إلا أن بعضها قادر على التنبؤ بمستويات تصنيفية محددة بدقة. [ 31 ] لهذا السبب، تختار العديد من الدراسات المجتمعية مناطق شديدة التغير شبه محفوظة مثل V4، لأنها تُوفر دقة على مستوى الشعبة تُضاهي دقة جين 16S الكامل. [ 31 ] في حين أن المناطق الأقل حفظًا تُعاني في تصنيف الأنواع الجديدة عندما يكون التصنيف الأعلى غير معروف، إلا أنها تُستخدم غالبًا للكشف عن وجود مسببات أمراض محددة. في دراسة أجراها تشاكرافورتي وآخرون عام 2007، قام الباحثون بتوصيف المناطق V1-V8 لمجموعة متنوعة من مسببات الأمراض لتحديد المناطق شديدة التغير الأكثر فائدة لإدراجها في التحليلات الخاصة بالأمراض والتحليلات العامة . [ 36 ] ومن بين النتائج الأخرى، لاحظوا أن المنطقة V3 كانت الأفضل في تحديد جنس جميع مسببات الأمراض التي تم اختبارها، وأن المنطقة V6 كانت الأكثر دقة في التمييز بين الأنواع بين جميع مسببات الأمراض التي راقبها مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها ، بما في ذلك الجمرة الخبيثة . [ 36 ]

على الرغم من أن تحليل المناطق شديدة التغير في جين 16S يُعد أداةً فعّالة لدراسات تصنيف البكتيريا، إلا أنه يواجه صعوبة في التمييز بين الأنواع المتقاربة. [ 35 ] ففي عائلات Enterobacteriaceae و Clostridiaceae و Peptostreptococcaceae ، قد تتشارك الأنواع في تشابه تسلسلي يصل إلى 99% عبر جين 16S بأكمله. [ 37 ] ونتيجةً لذلك، قد تختلف تسلسلات V4 ببضعة نيوكليوتيدات فقط ، مما يجعل قواعد البيانات المرجعية غير قادرة على تصنيف هذه البكتيريا بدقة على المستويات التصنيفية الأدنى. [ 37 ] ومن خلال حصر تحليل 16S على مناطق شديدة التغير مختارة، قد تفشل هذه الدراسات في رصد الاختلافات بين التصنيفات المتقاربة، وتجمعها في وحدات تصنيفية واحدة، وبالتالي تقلل من تقدير التنوع الكلي للعينة. [ 35 ] علاوةً على ذلك، قد تحتوي الجينومات البكتيرية على جينات 16S متعددة، حيث تحتوي مناطق V1 و V2 و V6 على أكبر قدر من التنوع داخل النوع الواحد. [ 8 ] على الرغم من أنها ليست الطريقة الأكثر دقة لتصنيف أنواع البكتيريا، إلا أن تحليل المناطق شديدة التغير يظل أحد أكثر الأدوات فائدة المتاحة لدراسات المجتمعات البكتيرية. [ 37 ]

تعددية جينات الحمض النووي الريبوزي 16S

انطلاقًا من فرضية أن التطور مدفوع بالانتقال الرأسي ، لطالما اعتُقد أن جينات 16S rRNA خاصة بالأنواع، وأنها مؤشرات جينية موثوقة لاستنتاج العلاقات التطورية بين بدائيات النوى . مع ذلك، تشير ملاحظات متزايدة إلى حدوث انتقال أفقي لهذه الجينات. إضافةً إلى ملاحظات التواجد الطبيعي، تم دعم قابلية انتقال هذه الجينات تجريبيًا باستخدام نظام جيني متخصص من الإشريكية القولونية . باستخدام طفرة منعدمة من الإشريكية القولونية كمضيف، تبين أن نمو السلالة الطافرة يُستكمل بجينات 16S rRNA غريبة، تختلف تطوريًا عن الإشريكية القولونية على مستوى الشعبة. [ 38 ] [ 39 ] لوحظ هذا التوافق الوظيفي أيضًا في بكتيريا Thermus thermophilus . [ 40 ] علاوة على ذلك، في بكتيريا T. thermophilus ، لوحظ كل من الانتقال الجيني الكامل والجزئي. أدى الانتقال الجزئي إلى توليد تلقائي لجينات هجينة عشوائية ظاهريًا بين جينات المضيف والجينات البكتيرية الغريبة. وبالتالي، ربما تكون جينات الحمض النووي الريبوزي 16S قد تطورت من خلال آليات متعددة، بما في ذلك الوراثة الرأسية ونقل الجينات الأفقي ؛ وقد يكون معدل حدوث الأخير أعلى بكثير مما كان يُعتقد سابقًا. [ 41 ]

قواعد بيانات الريبوسوم 16S

يُستخدم جين 16S rRNA كمعيار لتصنيف وتحديد الميكروبات، نظرًا لوجوده في معظمها وظهور تغيرات مناسبة فيه. [ 42 ] تتوفر السلالات النمطية لتسلسلات جين 16S rRNA لمعظم البكتيريا والعتائق في قواعد البيانات العامة، مثل NCBI . مع ذلك، غالبًا ما تكون جودة التسلسلات الموجودة في هذه القواعد غير مُدققة. لذا، تُستخدم على نطاق واسع قواعد البيانات الثانوية التي تجمع تسلسلات 16S rRNA فقط.

سيلفا

توفر قاعدة بيانات SILVA مجموعات بيانات شاملة، تم التحقق من جودتها وتحديثها بانتظام، لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي (rRNA) للوحدات الفرعية الصغيرة (16S/ 18S ، SSU ) والكبيرة ( 23S / 28S ، LSU ) لجميع نطاقات الحياة الثلاثة، بالإضافة إلى مجموعة من أدوات البحث وتصميم البادئات والمحاذاة (البكتيريا، والعتائق، وحقيقيات النوى). [ 43 ]

جرين جينز

GreenGenes هي قاعدة بيانات مرجعية شاملة لجين 16S rRNA، تخضع لرقابة جودة صارمة، وتُصنّف الكائنات الحية بناءً على علم الوراثة التطورية من الصفر ، مما يوفر مجموعات وحدات تصنيفية تشغيلية قياسية . [ 44 ] [ 45 ] وفي عام 2023، تم إصدار GreenGenes2. [ 46 ]

EzBioCloud

تتألف قاعدة بيانات EzBioCloud، المعروفة سابقًا باسم EzTaxon ، من نظام تصنيفي هرمي متكامل يحتوي على 62,988 نوعًا/نمطًا وراثيًا من البكتيريا والعتائق، بما في ذلك 15,290 اسمًا منشورًا صالحًا حتى سبتمبر 2018. وبناءً على العلاقات التطورية، مثل طريقة الاحتمال الأقصى وOrthoANI، يتم تمثيل جميع الأنواع/الأنواع الفرعية بتسلسل واحد على الأقل من جين 16S rRNA. تُراجع قاعدة بيانات EzBioCloud وتُحدّث بانتظام، وتشمل أيضًا الأنواع المرشحة الجديدة. علاوة على ذلك، يوفر الموقع الإلكتروني أدوات معلوماتية حيوية مثل حاسبة ANI، وContEst16S، وقاعدة بيانات 16S rRNA لبرنامجي QIIME وMothur. [ 47 ]

MIMt

MIMt هي قاعدة بيانات 16S مضغوطة وغير متكررة لتحديد عينات الميتاجينوم بسرعة. تتألف من 48,749 تسلسلًا كاملًا لجين 16S تنتمي إلى 24,626 نوعًا من البكتيريا والعتائق المصنفة تصنيفًا دقيقًا. تم الحصول على جميع التسلسلات من جينومات كاملة مودعة في NCBI، ويُقدم لكل تسلسل تسلسل هرمي تصنيفي كامل. لا تحتوي على أي تكرار، لذا تم اعتماد ممثل واحد فقط لكل نوع، مما يجنب استخدام التسلسلات نفسها من سلالات أو عزلات أو أنماط مرضية مختلفة، ما ينتج عنه أداة سريعة جدًا لتحديد الكائنات الدقيقة، متوافقة مع أي برنامج تصنيف (QIIME، Mothur، DADA، إلخ). [ 48 ]

مشروع قاعدة بيانات الريبوسومات

كان مشروع قاعدة بيانات الريبوسومات (RDP) قاعدة بيانات مُنسقة تُقدم بيانات الريبوسومات إلى جانب البرامج والخدمات ذات الصلة. وشملت هذه الخدمات محاذاة مُرتبة تطوريًا لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي (rRNA)، وأشجارًا تطورية مُشتقة، ومخططات البنية الثانوية للحمض النووي الريبوزي، بالإضافة إلى حزم برمجية متنوعة لمعالجة وتحليل وعرض المحاذاة والأشجار. [ 49 ] نظرًا لحجمها الكبير، تُستخدم قاعدة بيانات RDP غالبًا كأساس لتطوير أدوات المعلوماتية الحيوية وإنشاء قواعد بيانات مُنسقة يدويًا. [ 50 ] تم إيقاف خادم RDP عن العمل في عام 2023، ولكن لا يزال البرنامج متاحًا للتنزيل. [ 51 ]

مراجع

  1. ↑ ووز ، سي آر (يونيو 1987). "تطور البكتيريا" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة . 51 (2): 221-271 . doi : 10.1128/MR.51.2.221-271.1987 . PMC 373105. PMID 2439888 .  
  2. ↑ شلوينزن إف، توسيلج إيه، زاريفاتش آر، هارمز جيه، غلوهمان إم، جانيل دي، وآخرون . (سبتمبر 2000). "بنية الوحدة الفرعية الريبوسومية الصغيرة المنشطة وظيفيًا بدقة 3.3 أنغستروم" . مجلة الخلية . 102 (5): 615-623 . doi : 10.1016/S0092-8674(00)00084-2 . PMID 11007480. S2CID 1024446 .   
  3. 1 2 ووز، سي آر ، فوكس، جي إي (نوفمبر 1977). "البنية التطورية لنطاق بدائيات النوى: الممالك الأولية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 74 (11): 5088-5090 . Bibcode : 1977PNAS...74.5088W . doi : 10.1073/pnas.74.11.5088 . PMC 432104. PMID 270744 .  أيقونة الوصول المفتوح
  4. ↑ ووز، سي آر ، وكاندلر، أو، وويليس، إم إل (يونيو 1990). "نحو نظام طبيعي للكائنات الحية : اقتراح لمجالات العتائق والبكتيريا وحقيقيات النوى" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 87 (12): 4576-4579 . Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC 54159. PMID 2112744 .  
  5. ↑ كيس آر جيه، بوشيه واي، داهلوف آي، هولمستروم سي، دوليتل دبليو إف، كيلبيرغ إس (يناير 2007). " استخدام جينات 16S rRNA وrpoB كعلامات جزيئية لدراسات البيئة الميكروبية" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 73 (1): 278-288 . Bibcode : 2007ApEnM..73..278C . doi : 10.1128/AEM.01177-06 . PMC 1797146. PMID 17071787 .  
  6. ↑ تشيرنيلوفسكي، أ.ب.، كورلاند، س.ج. ، ستوفلر، ج. (أكتوبر 1975). "بروتينات الريبوسوم 30S المرتبطة بالنهاية 3' لـ RNA 16S" . رسائل FEBS . 58 (1): 281-284 . Bibcode : 1975FEBSL..58..281C . doi : 10.1016/0014-5793(75)80279-1 . PMID 1225593. S2CID 22941368 .  
  7. 1 2 3 وايزبرغ، دبليو جي، بارنز، إس إم، بيليتييه، دي إيه، لين، دي جيه (يناير 1991). " تضخيم الحمض النووي الريبوزي 16S للدراسة التطورية" . مجلة علم البكتيريا . 173 (2): 697-703 . doi : 10.1128/jb.173.2.697-703.1991 . PMC 207061. PMID 1987160 .  
  8. 1 2 كوينيه تي، فاندام بي (نوفمبر 2003). "عدم التجانس داخل الجينوم بين أوبرونات الحمض النووي الريبوزي 16S المتعددة في الجينومات البكتيرية المتسلسلة" . رسائل علم الأحياء الدقيقة FEMS . 228 (1): 45-49 . doi : 10.1016/S0378-1097(03)00717-1 . PMID 14612235 . 
  9. ↑ تسوكودا م، كيتارا ك، ميازاكي ك (أغسطس 2017). "تحليل وظائف الحمض النووي الريبوزي المقارن يكشف عن تشابه وظيفي عالٍ بين الحمض النووي الريبوزي 16S البكتيري ذي الصلة البعيدة" . التقارير العلمية . 7 (1) 9993. Bibcode : 2017NatSR...7.9993T . doi : 10.1038/s41598-017-10214-3 . PMC 5577257. PMID 28855596 .  
  10. ↑ جاي زد جيه، إنسكيب دبليو بي (يوليو 2015). " توزيع وتنوع وأهمية إنترونات جين 16S rRNA في رتبة Thermoproteales" . بيولوجي دايركت . 10 (35) 35. doi : 10.1186/s13062-015-0065-6 . PMC 4496867. PMID 26156036 .  
  11. ^ ووكر ، سيدني ب. باريت، موريس. هوجان، جلين. فلوريس بويسو، ينسي؛ كلايسون، ماركوس جيه؛ تجني ، مارك (2020-10-01). "التضخيم غير النوعي للحمض النووي البشري يمثل تحديًا كبيرًا لتحليل تسلسل الجينات الرنا الريباسي 16S" . التقارير العلمية . 10 (1): 16356. دوى : 10.1038/s41598-020-73403-7 . ISSN 2045-2322 . بمك 7529756 . بميد 33004967 .   
  12. ↑ "مشروع الميكروبيوم البشري DACC - الصفحة الرئيسية" . www.hmpdacc.org . مؤرشف من الأصل بتاريخ 30-10-2010.
  13. 1 2 "البادئات، الحمض النووي الريبوزي 16S - مختبر فرانسوا لوتزوني" . lutzonilab.net . مؤرشف من الأصل بتاريخ 27-12-2012.
  14. 1 2 إيدن، ب. أ.، شميدت، ت. م.، بلاكيمور، ر. ب.، بيس، ن. ر. (أبريل 1991). "التحليل التطوري لبكتيريا Aquaspirillum magnetotacticum باستخدام الحمض النووي الريبوزي 16S المُضخّم بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 41 (2): 324-325 . doi : 10.1099/00207713-41-2-324 . PMID 1854644 . 
  15. 1 2 جيمس، جريج (15 مايو 2018). "التعرف الشامل على البكتيريا بواسطة تفاعل البوليميراز المتسلسل وتسلسل الحمض النووي لجين 16S rRNA". تفاعل البوليميراز المتسلسل في علم الأحياء الدقيقة السريري . سبرينغر، دوردريخت. الصفحات 209-214 . doi : 10.1007/978-90-481-9039-3_28 . ISBN  978-90-481-9038-6.
  16. 1 2 وايدنر إس، أرنولد دبليو، بولر إيه (مارس 1996). "تنوع الكائنات الدقيقة غير المستزرعة المرتبطة بنبات الأعشاب البحرية هالوفيلا ستيبولاسيا، مُقدَّرًا بتحليل تعدد أطوال قطع التقييد لجينات الحمض النووي الريبوزي 16S المُضخَّمة بتقنية تفاعل البوليميراز المتسلسل" ( ملف PDF) . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 62 (3): 766-771 . Bibcode : 1996ApEnM..62..766W . doi : 10.1128/AEM.62.3.766-771.1996 . PMC 167844. PMID 8975607. مؤرشف (ملف PDF) من الأصل بتاريخ 15 يوليو 2011.  
  17. ↑ بارك، تشانغ وو؛ كيم، سيونغ بوم؛ تشوي، سانغ هو؛ كيم، سيل (2021). "مقارنة التنميط الميكروبي القائم على جين 16S rRNA باستخدام خمسة أجهزة تسلسل من الجيل التالي وبادئات متنوعة" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 12 715500. doi : 10.3389/fmicb.2021.715500 . ISSN 1664-302X . PMC 8552068. PMID 34721319 .   
  18. ↑ إيلوي-فادروش إي. أ.، إيفانوفا ن. ن.، وويك ت.، كيربيدس ن. س. (فبراير 2016). "علم الميتاجينوميات يكشف عن ثغرات في الكشف عن التنوع الميكروبي باستخدام تقنية تضخيم الحمض النووي". مجلة نيتشر مايكروبيولوجي . 1 (4) 15032. doi : 10.1038/nmicrobiol.2015.32 . OSTI 1379258. PMID 27572438. S2CID 27232975 .   
  19. ↑ بيرغمان جي تي، بيتس إس تي، إيلرز كي جي، لاوبر سي إل، كابوراسو جي جي، والترز دبليو إيه، وآخرون (يوليو 2011). "هيمنة فيروكوميكروبيا غير المُعترف بها في مجتمعات البكتيريا في التربة" . بيولوجيا وكيمياء التربة . 43 (7): 1450-1455 . Bibcode : 2011SBiBi..43.1450B . doi : 10.1016/ j.soilbio.2011.03.012 . PMC 3260529. PMID 22267877 .   
  20. ↑ جيانغ هـ، دونغ هـ، تشانغ غ، يو ب، تشابمان ل.ر، فيلدز م.و (يونيو 2006). "التنوع الميكروبي في مياه ورواسب بحيرة تشاكا، وهي بحيرة غير بحرية مالحة في شمال غرب الصين" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 72 (6): 3832-3845 . Bibcode : 2006ApEnM..72.3832J . doi : 10.1128/AEM.02869-05 . PMC 1489620. PMID 16751487 .  
  21. ^ بيريرا إف، كارنيرو جي، ماتيسين آر، فان آش بي، بينتو إن، جوسماو إل، أموريم أ (ديسمبر 2010). "تحديد الأنواع عن طريق التحليل المتعدد للتسلسلات ذات الطول المتغير" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (22): هـ203. دوى : 10.1093/نار/gkq865 . بمك 3001097 . بميد 20923781 .  
  22. ↑ كولبرت سي بي، بيرسينغ دي إتش (يونيو 1999). "تسلسل الحمض النووي الريبوزي كأداة لتحديد مسببات الأمراض البكتيرية". الرأي الحالي في علم الأحياء الدقيقة . 2 (3): 299-305 . doi : 10.1016/S1369-5274(99)80052-6 . PMID 10383862 . 
  23. ↑ كلاريدج، جيه إي (أكتوبر 2004). "تأثير تحليل تسلسل جين 16S rRNA لتحديد البكتيريا على علم الأحياء الدقيقة السريري والأمراض المعدية" . مراجعات علم الأحياء الدقيقة السريري . 17 (4): 840-862 ، جدول المحتويات. doi : 10.1128/CMR.17.4.840-862.2004 . PMC 523561. PMID 15489351 .  
  24. ↑ لو تي، ستروت بي جي، أورثر دي بي (يوليو 2009). "النسخ العكسي للحمض النووي الريبوزي 16S لرصد تجمعات البكتيريا المُصنِّعة للريبوسومات في البيئة" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 75 (13): 4589-4598 . Bibcode : 2009ApEnM..75.4589L . doi : 10.1128/AEM.02970-08 . PMC 2704851. PMID 19395563 .  
  25. ↑ بريت بي جيه، ديشازر دي، وودز دي إي (يناير 1998). "بوركهولدرية تايلاندية جديدة، نوع شبيه ببوركهولدرية سودومالي" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 48 الجزء 1 (1): 317-320 . doi : 10.1099/00207713-48-1-317 . PMID 9542103 . 
  26. ↑ شميدت، تي إم، وريلمان، دي إيه (1994). "التحديد الوراثي للميكروبات الممرضة غير المستزرعة باستخدام تسلسلات الحمض النووي الريبوزي" . علم الأمراض البكتيري، الجزء أ: تحديد عوامل الضراوة وتنظيمها . طرق في علم الإنزيمات. المجلد 235. الصفحات 205-222 . doi : 10.1016/0076-6879(94)35142-2 . ISBN   978-0-12-182136-4PMID 7520119​​ 
  27. ↑ غراي جيه بي ، هيرويغ آر بي (نوفمبر 1996). "التحليل التطوري للمجتمعات البكتيرية في الرواسب البحرية" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 62 (11): 4049-4059 . Bibcode : 1996ApEnM..62.4049G . doi : 10.1128/AEM.62.11.4049-4059.1996 . PMC 168226. PMID 8899989 .  
  28. ↑ سانشاغرين إس، ييرجيو إي (أغسطس 2014). "التسلسل الجيني من الجيل التالي لتضخيم جين الحمض النووي الريبوزي 16S" . مجلة التجارب المصورة (90). doi : 10.3791/51709 . PMC 4828026. PMID 25226019 .  
  29. ^ بوتان، الكسندرو. كامبيشيانو، جوزيبينا؛ زيرباتو، فيرينا؛ دي بيلا، ستيفانو؛ سيمونيتي، عمر؛ بوسيتي، مارينا؛ توك، دان الكسندرو؛ لوزاتي، روبرتو؛ كومار ، مانولا (2024/06/21). "أداء تسلسل الجيل القادم من جينات الرنا الريباسي 16S وطريقة الثقافة في الكشف عن البكتيريا في العينات السريرية" . التشخيص . 14 (13): 1318. دوى : 10.3390/التشخيص14131318 . ISSN 2075-4418 . بمك 11240331 . بميد 39001210 .   
  30. ↑ غراي، إم دبليو، وسانكوف، دي، وسيدرغرين، آر جيه (يوليو 1984). "حول التطور النسبي للكائنات الحية والعضيات: شجرة تطورية عالمية مبنية على نواة هيكلية محفوظة للغاية في الحمض النووي الريبوزي للوحدة الفرعية الصغيرة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 12 (14): 5837-5852 . doi : 10.1093 / nar/12.14.5837 . PMC 320035. PMID 6462918 .  
  31. 1 2 3 4 يانغ ب، وانغ ي، تشيان بي واي (مارس 2016). "حساسية وارتباط المناطق شديدة التغير في جينات الحمض النووي الريبوزي 16S في التحليل التطوري" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 17 (1) 135. doi : 10.1186/s12859-016-0992-y . PMC 4802574. PMID 27000765 .  
  32. ↑ بارترام إيه كيه، لينش إم دي، ستيرنز جيه سي، مورينو-هاغلسيب جي، نيوفيلد جيه دي (يونيو 2011). " إنشاء مكتبات جينية متعددة الملايين من تسلسلات الحمض النووي الريبوزي 16S من مجتمعات ميكروبية معقدة عن طريق تجميع قراءات Illumina المزدوجة الطرف" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 77 (11): 3846-3852 . Bibcode : 2011ApEnM..77.3846B . doi : 10.1128/AEM.02772-10 . PMC 3127616. PMID 21460107 .  
  33. 1 2 Burke CM, Darling AE (2016-09-20). " طريقة لتسلسل عالي الدقة لجينات 16S rRNA شبه كاملة الطول على جهاز Illumina MiSeq" . PeerJ . 4 e2492. doi : 10.7717/peerj.2492 . PMC 5036073. PMID 27688981 .  
  34. ↑ فان دي بير واي، شابيل إس، دي واتشر آر (سبتمبر 1996). "خريطة كمية لمعدلات استبدال النيوكليوتيدات في الحمض النووي الريبوزي البكتيري" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 24 (17): 3381-3391 . doi : 10.1093/nar/24.17.3381 . PMC 146102. PMID 8811093 .  
  35. 1 2 3 فيتروفسكي تي، بالدريان بي (27-02-2013). "تنوع جين 16S rRNA في الجينومات البكتيرية وعواقبه على تحليلات المجتمعات البكتيرية" . PLOS ONE . 8 (2) e57923. Bibcode : 2013PLoSO...857923V . doi : 10.1371/journal.pone.0057923 . PMC 3583900. PMID 23460914 .  
  36. 1 2 تشاكرافورتي إس، هيلب دي، بيرداي إم، كونيل إن، ألاند دي (مايو 2007). "تحليل مفصل لقطاعات جين الحمض النووي الريبوزي 16S لتشخيص البكتيريا الممرضة" . مجلة أساليب علم الأحياء الدقيقة . 69 (2): 330-339 . doi : 10.1016/j.mimet.2007.02.005 . PMC 2562909. PMID 17391789 .  
  37. 1 2 3 جوفيل ج، باترسون ج، وانغ و، هوت ن، أوكيف س، ميتشل ت، وآخرون . (2016-01-01). " توصيف الميكروبيوم المعوي باستخدام تسلسل 16S أو الميتاجينوميات الشاملة" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 7 : 459. doi : 10.3389/fmicb.2016.00459 . PMC 4837688. PMID 27148170 .   
  38. ↑ كيتارا ك، ياسوتاكي ي، ميازاكي ك (نوفمبر 2012). "متانة الحمض النووي الريبوزي 16S ضد الطفرات، كما يتضح من خلال النقل الجيني الأفقي التجريبي في الإشريكية القولونية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 109 (47): 19220-19225 . Bibcode : 2012PNAS..10919220K . doi : 10.1073/pnas.1213609109 . PMC 3511107. PMID 23112186 .  
  39. ↑ تسوكودا م، كيتارا ك، ميازاكي ك (أغسطس 2017). "تحليل وظائف الحمض النووي الريبوزي المقارن يكشف عن تشابه وظيفي عالٍ بين الحمض النووي الريبوزي 16S البكتيري ذي الصلة البعيدة" . التقارير العلمية . 7 (1) 9993. Bibcode : 2017NatSR...7.9993T . doi : 10.1038/s41598-017-10214-3 . PMC 5577257. PMID 28855596 .  
  40. ↑ ميازاكي ك، توماريغوتشي ن (أغسطس 2019). "وجود جينات 16S rRNA وظيفية مُعاد تركيبها عشوائيًا في بكتيريا Thermus thermophilus يشير إلى قابلية التشغيل البيني الجيني والتعددية الجينية لجينات 16S rRNA البكتيرية" . التقارير العلمية . 9 (1) 11233. Bibcode : 2019NatSR...911233M . doi : 10.1038/s41598-019-47807- z . PMC 6677816. PMID 31375780 .  
  41. ↑ ميازاكي، كينتارو؛ توماريغوتشي، ناتسوكي (2019-08-02). "وجود جينات 16S rRNA وظيفية مُعاد تركيبها عشوائيًا في بكتيريا Thermus thermophilus يُشير إلى التوافق الجيني والتعددية الجينية لجينات 16S rRNA البكتيرية" . التقارير العلمية . 9 (1): 11233. Bibcode : 2019NatSR...911233M . doi : 10.1038/s41598-019-47807- z . ISSN 2045-2322 . PMC 6677816. PMID 31375780 .   
  42. ↑ يارزا ب، يلماز ب، برويس إي، غلوكنر إف أو، لودفيغ دبليو، شلايفر كيه إتش، وآخرون . (سبتمبر 2014). "توحيد تصنيف البكتيريا والعتائق المستزرعة وغير المستزرعة باستخدام تسلسلات جين 16S rRNA". مجلة Nature Reviews. علم الأحياء الدقيقة . 12 (9): 635-645 . doi : 10.1038/nrmicro3330 . PMID 25118885. S2CID 21895693 .   
  43. ^ إلمار بروسي، كريستيان كواست، كاترين كنيتيل، بيرنهارد إم فوكس، فولفغانغ لودفيج، يورغ بيبليس، فرانك أوليفر جلوكنر (2007) الدقة الأحماض النووية. SILVA: مورد شامل عبر الإنترنت لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) التي تم فحصها وتوافقها مع ARB. ديسمبر؛ 35(21): 7188-7196.
  44. ↑ دي سانتيس تي زد، هوغنهولتز بي، لارسن إن، روخاس إم، برودي إي إل، كيلر كيه، وآخرون (يوليو 2006). "Greengenes، قاعدة بيانات جينية لـ 16S rRNA مُدققة ضدّ الكيميرا، ومنصة عمل متوافقة مع ARB" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 72 (7): 5069-5072 . Bibcode : 2006ApEnM..72.5069D . doi : 10.1128/aem.03006-05 . PMC 1489311. PMID 16820507 .   
  45. ↑ ماكدونالد د، برايس إم إن، غودريتش ج، ناووركي إي بي، دي سانتيس تي زد، بروبست أ، وآخرون . (مارس 2012). " تصنيف مُحسَّن لـ Greengenes مع رتب صريحة للتحليلات البيئية والتطورية للبكتيريا والعتائق" . مجلة ISME . 6 (3): 610-618 . Bibcode : 2012ISMEJ...6..610M . doi : 10.1038/ismej.2011.139 . PMC 3280142. PMID 22134646 .   
  46. ↑ ماكدونالد د، جيانغ ي، بالابان م، كانتريل ك، تشو كيو، غونزاليس أ، وآخرون . (يوليو 2023). "يوحد Greengenes2 البيانات الميكروبية في شجرة مرجعية واحدة" . مجلة Nature Biotechnology . 42 (5): 715-718 . doi : 10.1038/s41587-023-01845-1 . PMC 10818020. PMID 37500913 .   
  47. ↑ يون، إس إتش، ها، إس إم، كوون، إس، ليم، جيه، كيم، واي، سيو، إتش، وتشون، جيه (2017). تقديم EzBioCloud: قاعدة بيانات موحدة تصنيفياً لتجميعات الحمض النووي الريبوزي 16S والجينوم الكامل. المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري. 67: 1613-1617
  48. ↑ "MIMt - (التعرف الشامل على اختبارات الميتاجينوميات)" . mimt.bu.biopolis.pt . تم الاطلاع عليه بتاريخ 11 فبراير 2024 .
  49. ↑ لارسن ن، أولسن جي جي، مايداك بي إل، مكاوجي إم جي، أوفربيك آر، ماكي تي جي، مارش تي إل، ووز سي آر (يوليو 1993). "مشروع قاعدة بيانات الريبوسوم" . أبحاث الأحماض النووية . 21 (13): 3021-3 . doi : 10.1093 / nar/21.13.3021 . PMC 309730. PMID 8332524 .  
  50. ↑ ألارد جي، رايان إف جيه، جيفري آي بي، كلايسون إم جيه (أكتوبر 2015). "SPINGO: مصنف سريع لأنواع تسلسلات الأمبليكون الميكروبية" . BMC Bioinformatics . 16 (1) 324. doi : 10.1186/s12859-015-0747-1 . PMC 4599320. PMID 26450747 .  
  51. ↑ يتوفر مصنف RDP كأداة مستقلة على الرابط https://sourceforge.net/projects/rdp-classifier/ . وهو مكتوب بلغة جافا، لذا يمكن تشغيله على أي جهاز كمبيوتر مثبت عليه جافا. تتوفر أدوات RDPTools على GitHub وكصورة Docker. راجع تعليمات التثبيت على الرابطين https://john-quensen.com/tutorials/tutorial-1/ و https://jfq3.gitbook.io/rdptools-docker/rdptools-docker/readme . تتوفر تعليمات تنزيل قاعدة بيانات SeqMatch وتشغيلها من سطر الأوامر على الرابط https://john-quensen.com/tutorials/seqmatch/ .